상고이유{상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 ‘상고이유보충서(ⅱ)’의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서}를 판단한다.

1. 상고이유 제1점에 대하여

구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제137조 제1항은 "법인이 등기를 받을 때에는 다음 각 호의 구분에 의하여 등록세를 납부하여야 한다."고 규정하면서, 제2호 ⑴목에서 비영리법인의 설립 또는 합병으로 인한 등기의 경우 ‘불입한 출자총액 또는 재산가액의 1,000분의 2’를, 제4호에서는 본점 또는 주사무소의 이전으로 인한 등기의 경우 ‘매 1건당 75,000원’을 각각 규정하고 있다. 그리고 구 「지방세법」제138조 제1항 본문은 "다음 각 호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다."고 규정하면서, 제2호에서 "대도시 외의 법인이 대도시 내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다."고 규정하고 있다. 한편 구 「지방세법」제127조 제1항 제3호는 ‘사립학교법에 의한 학교법인 또는 사회복지사업법에 의한 사회복지법인의 설립과 합병의 등기’를 등록세 비과세대상으로 규정하고 있다.

구 「지방세법」제127조 제1항 제3호가 사립학교법에 의한 학교법인 등의 ‘설립과 합병의 등기’에 대하여만 등록세 비과세의 혜택을 부여하도록 규정한 것은 다른 등기에 관하여는 그러한 혜택을 부여할 필요가 없다는 정책적 판단을 반영한 것으로 보이는 점, 구 「지방세법」제138조 제1항 제2호 후문은 등록세 중과세대상인 법인등기에 대하여 중과세제도의 취지에 부합하도록 그 세율의 적용에 관하여만 본점 또는 주사무소의 전입을 법인의 설립으로 보도록 하는 규정일 뿐 등록세 비과세대상을 정하는 규정이 아닌 점 등에 비추어 보면, 사립학교법에 의한 학교법인 등이 대도시 외에서 대도시 내로 주사무소를 전입함에 따른 등기는 구 「지방세법」제138조 제1항 제2호에 의한 등록세 중과세대상에 해당한다고 할 것이다.

같은 취지의 원심 판단은 정당하고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같은 구 「지방세법」제138조 제1항 제2호 소정의 등록세 중과세대상에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

2. 상고이유 제2, 3, 4점에 대하여

일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2006. 4. 27. 선고 2003두7620 판결 등 참조).

원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 피고가 법령해석 등을 잘못하여 원고에게 지방세 비과세결정 통지서 또는 등록세 비과세·감면 확인서 등을 교부하여 주었다고 하더라도 그것은 공적 견해표명에 해당한다고 볼 수 없고, 나아가 원고가 이 사건 이전등기 신청 전에 이미 이 사건 주사무소를 이전하였으며 그 과정에서 이 사건 이전등기가 비과세대상인지 여부가 고려되었다고 볼 만한 사정이 보이지 않는 점 등에 비추어 원고가 위와 같은 과세관청의 언동을 신뢰하여 이 사건 주사무소를 이전하였다거나 이 사건 이전등기를 마친 것으로 볼 수 없다는 이유로, 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙에 반하는 것으로 볼 수 없다고 판단하였다.

관련 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 사실인정과 판단은 정당한 것으로 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같은 채증법칙위반, 신뢰보호의 원칙에 관한 법리오해 등의 위법이 있다고 할 수 없다.

3. 결론

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2012. 12. 5. 선고 2012누9132 판결】

【주 문】 처분청승소

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 원고가 한 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

【이 유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2000. 12. 13. 재단법인 00000로 설립된 후, 2009. 6. 30. 교육과학기술부장관에게 사이버대학인 00000대학교를 설치·운영하는 학교법인으로 조직변경을 인가해 줄 것을 신청하였다.

나. 교육과학기술부장관은 2009. 10. 31. 원고에게 ‘소재지 : 00시 00구 0동 1033-1 00프라자 6층’, ‘설치·경영대학교 : 00000대학교’로 하여 학교법인으로 조직변경을 인가하였고, 이에 따라 원고는 2009. 11. 19. 위 소재지를 주사무소로 하여 설립등기를 하였다.

다. 원고는 2010. 2. 16. 이사회를 개최하여 주사무소를 서울 000 00동 560으로 이전하는 내용의 정관변경에 관한 의결을 하고, 2010. 3. 3. 교육과학기술부장관으로부터 정관변경 인가를 받아 주사무소를 이전하였다.

라. 원고는 2010. 3. 15. 인천지법 00지원 등기과에 ‘주사무소 이전등기 신청서’를 제출한 후 2010. 3. 17. 피고에게 본점 ‘이전’에 대한 지방세감면신청을 하였고, 피고는 2010. 3. 18. ‘「지방세법」제127조 제1항 제3호에 따라『사립학교법』에 의한 학교법인 또는『사회복지사업법』에 의한 사회복지법인의 설립과 합병의 등기에 해당하므로 등록세를 비과세’한다는 취지의 별지 기재 지방세 비과세 결정(을 제2호증)을 함과 동시에 원고에게 ‘학교법인 또는 사회복지법인의 설립과 합병의 등기’에 해당한다는 이유로 납세할 세액이 0원인 등록세(비과세·감면) 확인서(을 제11호증)를 교부하였다.

마. 이에 따라 원고는 2010. 3. 22. 서울 000 00동 560으로 본점이전등기(이하 ‘이 사건 이전등기’라 한다)를 마쳤다.

바. 그 후 피고는 사립학교법인이 대도시 내로 주사무소를 이전하는 경우 등록세 중과세 대상이라는 2010. 4. 8.자 행정안전부의 유권해석을 근거로, 2010. 7. 12. 원고에게 등록세 123,169,990원과 지방교육세 24,633,990원을 부과·고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2010. 9. 13. 조세심판원에 심판을 청구하였으나, 위 청구는 2011. 7. 15. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 10호증, 을 제1 내지 5, 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장

1) 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제127조 제1항 제3호는 사립학교법에 의한 학교법인의 설립등기에 대하여 등록세를 부과하지 않는다고 규정하고 있다. 위 규정의 취지와 「지방세법」제138조 제1항 제2호의 규정에 비추어 보면, 사립학교법에 의한 학교법인의 경우에는 대도시 내로 본점 또는 주사무소를 이전하는 경우에도 등록세는 비과세되어야 한다.

2) 설령, 등록세 비과세 대상이 아니라 하더라도, 원고는 피고가 통지한 지방세 비과세 결정을 신뢰하여 이 사건 이전등기를 한 것이므로, 이 사건 처분은 원고의 보호받을 만한 신뢰에 반하는 위법한 처분이다.

나. 관계 법령

지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것)

제127조 (용도구분에 의한 비과세)

① 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

3. 「사립학교법」에 의한 학교법인 또는 「사회복지사업법」에 의한 사회복지법인의 설립과 합병의 등기

제138조 (대도시 지역내 법인등기등의 중과)

① 다음 각 호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 「수도권정비계획법」제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

2. 대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.

다. 판단

1) 등록세 비과세 대상인지 여부

조세에 관한 법률의 해석에 관하여, 그 부과요건이거나 감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2007두9884 판결 등 참조). 「지방세법」제127조 제1항 제3호는 사립학교법에 의한 학교법인의 ‘설립과 합병의 등기’에 대하여 등록세를 부과하지 않는다고 규정하고 있을 뿐, ‘전입’에 대해서는 규정하지 않고 있다. 또한, 「지방세법」제138조 제1항 제2호에서 "전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다."고 규정한 것은 전입에 따른 등기에 대하여 적용할 세율을 설립에 따른 등기에 적용되는 세율과 같게 적용하려는 취지이지, 다른 규정에서 전입의 경우를 설립의 경우와 같게 해석하는 근거로 삼을 수는 없다.

따라서 사립학교법에 의한 학교법인의 ‘전입’의 경우에도 「지방세법」제127조 제1항 제3호가 적용된다고 볼 수는 없다. 이와 다른 전제에서 이 사건 이전등기가 비과세 대상이라는 원고 주장은 이유 없다.

2) 신뢰보호 원칙에 위배되는지 여부

가) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2001. 11. 27. 선고 99두10131 판결, 대법원 2002. 11. 26. 선고 2001두9103 판결 등 참조).

나) 이러한 법리에 비추어 우선 피고가 원고에게 이 사건 이전등기가 비과세 대상에 해당한다는 지방세 비과세 결정 통지서(을 제2호증) 등을 발급하여 줌으로써 납세자인 원고에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표시하였는지 본다.

관련 규정에 따르더라도 비과세로 등기 또는 등록을 하고자 하는 때에는 납세지를 관할하는 시장·군수의 비과세확인을 받아야 한다고 규정(「지방세법」제127조, 같은 법 시행규칙 제54조 참조)할 뿐 원고 주장과 같은 지방세 비과세 결정 통지서(을 제2호증) 에 관한 규정을 두고 있지 않은 점, 위 통지서에는 납세자, 비과세내역, 결정사유 등이 구체적으로 기재되어 있고 피고의 직인이 날인되어 있기는 하나, 아래에서 보는 사실관계 등을 고려할 때 피고가 이 사건 이전등기에 필요한 서류로서 이를 교부한 것으로 볼 수 없는 점 등에 비추어 보면, 갑 제11호증, 을 제2호증의 각 기재만으로는 피고가 이 사건 이전등기 이전에 원고에게 지방세 비과세 결정 통지서(을 제2호증)를 발급하여 주었다는 점을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

오히려 앞서 든 증거들과 갑 제11호증, 을 제7 내지 10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 수익사업으로 서울 000 00동 173에서 00000평생교육원을 운영할 목적으로 2010. 2. 16. 이사회를 개최하여 주사무소를 같은 동 560으로 이전하는 정관변경에 관한 의결을 한 다음 2010. 3. 3. 교육과학기술부장관으로부터 정관변경인가를 받아 주사무소를 이전한 사실, 그 이후 원고가 2010. 3. 15. 주사무소 이전등기신청서를 제출한 후 같은 달 17. 피고에게 본점 ‘이전’에 관한 지방세감면신청을 제출하였는데, 이에 대하여 피고는 같은 달 18. 행정안전부장관의 유권해석을 전제로 일응 원고의 신청을 받아들이기로 하여 원고에게 ‘학교법인 또는 사회복지법인의 설립과 합병의 등기’에 해당한다는 이유로 납세할 세액이 0원인 등록세(비과세·감면) 확인서(을 제11호증)를 교부하는 한편, 비과세대상 여부에 관한 유권해석을 받기 위하여 행정안전부장관에게 질의회신을 한 사실, 이 사건 이전등기가 2010. 3. 22.자로 마쳐진 이후인 2010. 4. 8.자로 원고의 신청과 달리 이 사건 이전등기가 중과세 대상이라는 질의회신결과가 나온 사실, 이에 따라 피고는 2010. 7. 12. 원고에게 이 사건 처분을 한 다음 그 조세불복 등과 관련한 원고의 요청에 따라 2010. 9.경 별지 기재와 같은 2010. 3. 18.자 ‘지방세 비과세 결정 통지서’(을 제2호증)를 모사전송방식(팩스)으로 원고에게 전송한 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실에 따르면, 이와 같이 주사무소 이전과 관련한 원고의 이 사건 이전등기 신청에 대하여 피고가 법령해석 등을 오인하여 원고에게 등록세(비과세·감면) 확인서 등을 교부하여 주었으나, 이는 원고의 이 사건 이전등기 신청 경위와 피고의 유권해석 의뢰 경위 등에 비추어 유권해석 결과를 염두에 두고 잠정적으로 원고의 신청을 받아들인 것에 불과하다고 볼 수 있는 점, 실제로 원고의 신청과 달리 유권해석 결과가 나오자 피고는 원고에게 이 사건 처분을 하였는데, 그 후 이에 불복하는 원고의 자료송부 요청에 따라 지방세 비과세 결정 통지서를 전송한 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 피고가 등록세 비과세를 주장하는 원고의 신청에 대하여 관련 법령 해석 등을 오인하고 지방세 비과세 결정 통지서를 작성하고 원고에게 등록세(비과세·감면) 확인서 등을 교부하였다는 사유만으로는 피고가 등록세 비과세와 관련한 공적인 견해표명을 한 것으로 보기 어렵다.

다) 나아가 원고는, 만약 피고의 공적인 견해표명이 없었다면 정관 변경 등을 거쳐 주사무소 이전 등을 철회하고 이 사건 이전등기 신청을 취하하는 조치를 하였을 것이므로 공적인 견해표명과 주사무소 이전 등 사이에 인과관계도 있다고 주장한다.

그러나 원고 주장과 같이 지방세 비과세 결정 통지서 또는 등록세(비과세·감면) 확인서 등을 공적인 견해표명으로 본다고 하더라도, 이 사건 이전등기 당시 필요한 서류로서 등록세영수필확인서와 등록세(비과세·감면) 확인서(을 제11호증)가 제출되었을 뿐 지방세 비과세 결정 통지서는 포함되지 않은 점, 원고는 이미 이 사건 이전등기 신청 이전에 수익사업으로 00000평생교육원을 운영할 목적으로 정관 변경 등을 거쳐 2010. 3. 3.자로 주사무소를 이전하였을 뿐 아니라 2010. 2. 4.자로 00000평생교육원 부지로서 서울 000 00동 173 토지를 임차하는 임대차계약을 체결한 점(을 제10호증), 그 과정에서 이 사건 이전등기가 비과세 대상인지 여부가 고려되었다고 볼 만한 사정이 보이지 않는 점, 나아가 이 사건 이전등기 신청 이전에는 원고가 비과세 대상 여부에 관하여 행정관청 등을 상대로 유권해석을 요청한 적도 없는 점(피고 측으로부터 관련된 어떠한 언동도 없었다), 관계 법령상으로도 이 사건 이전등기 절차는 이와 같은 주사무소 이전에 따른 후속절차에 불과한 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 공적인 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 주사무소 이전 또는 이 사건 이전등기를 마쳤다고 볼 수도 없다.

라) 이 사건 처분이 신뢰보호 원칙에 반하여 위법하다고 볼 수는 없다. 이 부분 원고 주장도 이유 없다.

3. 결론

이 사건 처분은 적법하므로 원고가 한 청구는 받아들일 수 없다. 이와 결론을 달리 한 제1심 판결은 부당하므로 이를 취소하고, 원고가 한 청구를 기각한다.

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【하급심-서울행정법원 2012. 2. 17. 선고 2011구합32874 판결】

【주 문】 처분청패소

1. 피고가 2010. 7. 12. 원고에게 한 등록세 123,169,990원, 지방교육세 24,633,990원의 각 부과처분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【이 유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2000. 12. 13. 재단법인 00000로 설립된 후, 2009. 6. 30. 교육과학기술부장관에게 사이버대학인 00000대학교를 설치·운영하는 학교법인으로 조직변경을 인가해 줄 것을 신청하였다.

나. 교육과학기술부장관은 2009. 10. 31. 원고에게 ‘소재지 : 00시 00구 0동 1033-1 00프라자 6층’, ‘설치·경영대학교 : 00000대학교’로 하여 학교법인으로 조직변경을 인가하였고, 이에 따라 원고는 2009. 11. 19. 위 소재지를 주사무소로 하여 설립등기를 하였다.

다. 원고는 2010. 2. 16. 이사회를 개최하여 주사무소를 서울 000 00동 560으로 이전하는 내용의 정관변경에 관한 의결을 하고, 2010. 3. 3. 교육과학기술부장관으로부터 정관변경 인가를 받아 주사무소를 이전하였다.

라. 원고는 2010. 3. 15. 인천지법 00지원 등기과에 ‘주사무소 이전등기 신청서’를 제출한 후 2010. 3. 17. 피고에게 본점 ‘이전’에 대한 지방세감면신청을 하였고, 피고는 2010. 3. 18. 원고에게 "「지방세법」제127조 제1항 제3호에 따라『사립학교법』에 의한 학교법인 또는『사회복지사업법』에 의한 사회복지법인의 설립과 합병의 등기에 해당하므로 등록세를 비과세"한다는 취지의 별지1 기재 지방세 비과세 결정을 통지하였다. 이에 따라 원고는 2010. 3. 22. 서울 000 00동 560으로 본점이전등기(이하 ‘이 사건 이전등기’)를 마쳤다.

마. 이후 피고는 사립학교법인이 대도시 내로 주사무소를 이전하는 경우 등록세 중과세 대상이라는 2010. 4. 8.자 행정안전부의 유권해석을 근거로, 2010. 7. 12. 원고에게 등록세 123,169,990원과 지방교육세 24,633,990원을 부과·고지(이하 ‘이 사건 처분’)하였다.

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2010. 9. 13. 조세심판원에 심판을 청구하였으나, 위 청구는 2011. 7. 15. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 10호증, 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제127조 제1항 제3호는 사랍학교법에 의한 학교법인의 설립등기에 대하여 등록세를 부과하지 않는다고 규정하고 있는바, 위 규정의 취지와 「지방세법」제138조 제1항 제2호의 규정에 비추어 보면, 사립학교법에 의한 학교법인의 경우에는 대도시 내로 본점 또는 주사무소를 이전하는 경우에도 등록세는 비과세되어야 한다.

2) 설령, 등록세 비과세 대상이 아니라 하더라도, 원고는 피고가 통지한 지방세 비과세 결정을 신뢰하여 이 사건 이전등기를 한 것이므로, 이 사건 처분은 원고의 보호받을 만한 신뢰에 반하는 위법한 처분이다.

나. 관계 법령

[지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것)]

제127조 (용도구분에 의한 비과세)

① 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

3. 「사립학교법」에 의한 학교법인 또는 「사회복지사업법」에 의한 사회복지법인의 설립과 합병의 등기

제138조 (대도시 지역내 법인등기등의 중과)

① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 「수도권정비계획법」제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

2. 대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.

다. 판단

1) 첫 번째 주장에 대한 판단

조세에 관한 법률의 해석에 관하여, 그 부과요건이거나 감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2007두9884 판결 등 참조). 「지방세법」제127조 제1항 제3호는 사립학교법에 의한 학교법인의 ‘설립과 합병의 등기’에 대하여 등록세를 부과하지 않는다고 규정하고 있을 뿐, ‘전입’에 대해서는 규정하지 않고 있다. 또한, 「지방세법」제138조 제1항 제2호에서 "전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다."고 규정한 것은 전입에 따른 등기에 대하여 적용할 세율을 설립에 따른 등기에 적용되는 세율과 같게 적용하려는 취지이지, 다른 규정에서 전입의 경우를 설립의 경우와 같게 해석하는 근거로 삼을 수는 없다. 따라서 사립학교법에 의한 학교법인의 ‘전입’의 경우에도 「지방세법」제127조 제1항 제3호를 적용하여 등록세를 부과하지 않아야 한다는 원고의 주장은 이유 없다.

2) 두 번째 주장에 대한 판단

가) 일반적으로 행정상의 법률관계에 있어서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위하여는, 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 기초하여 어떠한 행위를 하였어야 하고, 넷째 행정청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는바, 어떠한 행정처분이 이러한 요건을 충족하는 때에는 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아닌 한 신뢰보호의 원칙에 반하는 행위로서 위법하다. 한편, 행정청의 공적 견해표명이 있었는지의 여부를 판단함에 있어서는, 반드시 행정조직상의 형식적인 권한분장에 구애될 것은 아니고, 담당자의 조직상의 지위와 임무, 당해 언동을 하게 된 구체적인 경위 및 그에 대한 상대방의 신뢰가능성에 비추어 실질에 의하여 판단하여야 하고, 그 개인의 귀책사유라 함은 행정청의 견해표명의 하자가 상대방 등 관계자의 사실은폐나 기타 사위의 방법에 의한 신청행위 등 부정행위에 기인한 것이거나 그러한 부정행위가 없더라도 하자가 있음을 알았거나 중대한 과실로 알지 못한 경우 등을 의미한다고 해석함이 상당하고, 귀책사유의 유무는 상대방과 그로부터 신청행위를 위임받은 수임인 등 관계자 모두를 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2008. 1. 17. 선고 2006두10931 판결 등 참조).

나) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 처분의 경위와 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 피고가 원고에게 한 견해표명에 반하여 이 사건 이전등기에 대하여 등록세를 부과함으로써 원고의 이익을 침해하는 것은 신뢰보호의 원칙상 허용될 수 없다 할 것이므로, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있고, 이 사건 처분은 위법하다.

⑴ 원고는 피고에게 지방세감면을 신청하면서 그 신청서(을 제1호증)에 감면대상 내역을 ‘본점이전(00시→서울)’이라고 명확하게 기재하였다.

⑵ 000청의 담당공무원은 비록 지방세법의 내용을 잘못 이해한 점이 있기는 하지만, 원고에게 이 사건 이전등기가 비과세 대상에 해당한다는 지방세 비과세 결정 통지서(을 제2호증)를 발급하여 줌으로써 납세자인 원고에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표시하였다.

⑶ 위 통지서에는 납세자, 비과세내역, 결정사유 등이 구체적으로 기재되어 있고 피고의 직인이 날인되어 있어서, 단순히 원고의 등록세 감면신청에 대하여 접수처리 한 것에 불과한 것으로 해석할 수 없다.

⑷ 원고는 위와 같은 견해가 정당한 것으로 신뢰하고 그에 따라 이 사건 이전등기에 따른 절차를 진행하였으며, 그 신뢰에 어떠한 귀책사유가 있다고 볼만한 자료가 없다.

⑸ 원고 법인이 운영하는 사이버대학은 학생들의 출석이 요구되지 않으므로, 피고의 위와 같은 견해 표시가 없었다면 원고는 정관을 다시 변경하여 교육과학기술부장관으로부터 변경된 정관에 대한 인가를 받거나, 교육과학기술부장관에게 정관의 인가에 대한 철회를 신청하고 이 사건 등기신청을 취하하는 등의 절차를 거쳤을 것으로 보이고, 일반세율 3배의 등록세 123,169,990원을 납부하면서까지 이 사건 이전등기 절차를 거쳤을 것으로 보이지는 않는다(이는 원고가 2010. 2. 16. 이사회에서 이미 주사무소 이전을 결정하였다고 하여 달리 볼 수 없다).

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.