1. 처분의 경위

가. 원고는 2000. 12. 13. 재단법인 디지털스쿨로 설립된 후, 2009. 6. 30. 교육과학기술부장관에게 사이버대학인 서울디지털대학교를 설치#8228;운영하는 학교법인으로 조직변경을 인가해 줄 것을 신청하였다.

나. 교육과학기술부장관은 2009. 10. 31. 원고에게 ‘소재지 : 부천시 원미구 중동 1033-1 금영프라자 6층’, ‘설치#8228;경영대학교 : 서울디지털대학교’로 하여 학교법인으로 조직변경을 인가하였고, 이에 따라 원고는 2009. 11. 19. 위 소재지를 주사무소로 하여 설립등기를 하였다.

다. 원고는 2010. 2. 16. 이사회를 개최하여 주사무소를 서울 마포구 도화동 560으로 이전하는 내용의 정관변경에 관한 의결을 하고, 2010. 3. 3. 교육과학기술부장관으로부터 정관변경 인가를 받아 주사무소를 이전하였다.

라. 원고는 2010. 3. 15. 인천지방법원 부천지원 등기과에 ‘주사무소 이전등기 신청서’를 제출한 후 2010. 3. 17. 피고에게 본점 ‘이전’에 대한 지방세감면신청을 하였고, 피고는 2010. 3. 18. 원고에게 “지방세법 제127조 제1항 제3호에 따라『사립학교법』에 의한 학교법인 또는『사회복지사업법』에 의한 사회복지법인의 설립과 합병의 등기에 해당하므로 등록세를 비과세”한다는 취지의 별지1 기재 지방세 비과세 결정을 통지하였다. 이에 따라 원고는 2010. 3. 22. 서울 마포구 도화동 560으로 본점이전등기(이하 ‘이 사건 이전등기’)를 마쳤다.

마. 이후 피고는 사립학교법인이 대도시 내로 주사무소를 이전하는 경우 등록세 중과세 대상이라는 2010. 4. 8.자 행정안전부의 유권해석을 근거로, 2010. 7. 12. 원고에게 등록세 123,169,990원과 지방교육세 24,633,990원을 부과#8228;고지(이하 ‘이 사건 처분’)하였다.

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2010. 9. 13. 조세심판원에 심판을 청구하였으나, 위 청구는 2011. 7. 15. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 10호증, 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제127조 제1항 제3호는 사랍학교법에 의한 학교법인의 설립등기에 대하여 등록세를 부과하지 않는다고 규정하고 있는바, 위 규정의 취지와 지방세법 제138조 제1항 제2호의 규정에 비추어 보면, 사립학교법에 의한 학교법인의 경우에는 대도시 내로 본점 또는 주사무소를 이전하는 경우에도 등록세는 비과세되어야 한다.

2) 설령, 등록세 비과세 대상이 아니라 하더라도, 원고는 피고가 통지한 지방세 비과세 결정을 신뢰하여 이 사건 이전등기를 한 것이므로, 이 사건 처분은 원고의 보호받을 만한 신뢰에 반하는 위법한 처분이다.

나. 관계 법령

별지2 기재와 같다.

다. 판단

1) 첫 번째 주장에 대한 판단

조세에 관한 법률의 해석에 관하여, 그 부과요건이거나 감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2007두9884 판결 등 참조). 지방세법 제127조 제1항 제3호는 사립학교법에 의한 학교법인의 ‘설립과 합병의 등기’에 대하여 등록세를 부과하지 않는다고 규정하고 있을 뿐, ‘전입’에 대해서는 규정하지 않고 있다. 또한, 지방세법 제138조 제1항 제2호에서 “전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.”고 규정한 것은 전입에 따른 등기에 대하여 적용할 세율을 설립에 따른 등기에 적용되는 세율과 같게 적용하려는 취지이지, 다른 규정에서 전입의 경우를 설립의 경우와 같게 해석하는 근거로 삼을 수는 없다. 따라서 사립학교법에 의한 학교법인의 ‘전입’의 경우에도 지방세법 제127조 제1항 제3호를 적용하여 등록세를 부과하지 않아야 한다는 원고의 주장은 이유 없다.

2) 두 번째 주장에 대한 판단

가) 일반적으로 행정상의 법률관계에 있어서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위하여는, 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 기초하여 어떠한 행위를 하였어야 하고, 넷째 행정청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는바, 어떠한 행정처분이 이러한 요건을 충족하는 때에는 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아닌 한 신뢰보호의 원칙에 반하는 행위로서 위법하다. 한편, 행정청의 공적 견해표명이 있었는지의 여부를 판단함에 있어서는, 반드시 행정조직상의 형식적인 권한분장에 구애될 것은 아니고, 담당자의 조직상의 지위와 임무, 당해 언동을 하게 된 구체적인 경위 및 그에 대한 상대방의 신뢰가능성에 비추어 실질에 의하여 판단하여야 하고, 그 개인의 귀책사유라 함은 행정청의 견해표명의 하자가 상대방 등 관계자의 사실은폐나 기타 사위의 방법에 의한 신청행위 등 부정행위에 기인한 것이거나 그러한 부정행위가 없더라도 하자가 있음을 알았거나 중대한 과실로 알지 못한 경우 등을 의미한다고 해석함이 상당하고, 귀책사유의 유무는 상대방과 그로부터 신청행위를 위임받은 수임인 등 관계자 모두를 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2008. 1. 17. 선고 2006두10931 판결 등 참조).

나) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 처분의 경위와 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 피고가 원고에게 한 견해표명에 반하여 이 사건 이전등기에 대하여 등록세를 부과함으로써 원고의 이익을 침해하는 것은 신뢰보호의 원칙상 허용될 수 없다 할 것이므로, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있고, 이 사건 처분은 위법하다.

⑴ 원고는 피고에게 지방세감면을 신청하면서 그 신청서(을 제1호증)에 감면대상 내역을 ‘본점이전(부천시→서울)’이라고 명확하게 기재하였다.

⑵ 마포구청의 담당공무원은 비록 지방세법의 내용을 잘못 이해한 점이 있기는 하지만, 원고에게 이 사건 이전등기가 비과세 대상에 해당한다는 지방세 비과세 결정 통지서(을 제2호증)를 발급하여 줌으로써 납세자인 원고에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표시하였다.

⑶ 위 통지서에는 납세자, 비과세내역, 결정사유 등이 구체적으로 기재되어 있고 피고의 직인이 날인되어 있어서, 단순히 원고의 등록세 감면신청에 대하여 접수처리 한 것에 불과한 것으로 해석할 수 없다.

⑷ 원고는 위와 같은 견해가 정당한 것으로 신뢰하고 그에 따라 이 사건 이전등기에 따른 절차를 진행하였으며, 그 신뢰에 어떠한 귀책사유가 있다고 볼만한 자료가 없다.

⑸ 원고 법인이 운영하는 사이버대학은 학생들의 출석이 요구되지 않으므로, 피고의 위와 같은 견해 표시가 없었다면 원고는 정관을 다시 변경하여 교육과학기술부장관으로부터 변경된 정관에 대한 인가를 받거나, 교육과학기술부장관에게 정관의 인가에 대한 철회를 신청하고 이 사건 등기신청을 취하하는 등의 절차를 거쳤을 것으로 보이고, 일반세율 3배의 등록세 123,169,990원을 납부하면서까지 이 사건 이전등기 절차를 거쳤을 것으로 보이지는 않는다(이는 원고가 2010. 2. 16. 이사회에서 이미 주사무소 이전을 결정하였다고 하여 달리 볼 수 없다).

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.