상고이유를 판단한다.

1. 구 지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제276조 제1항은 "산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지와 산업집적활성화및공장설립에관한법률에 의한 유치지역 및 산업기술단지지원에관한특례법에 의하여 조성된 산업기술단지 안에서 산업용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령이 정하는 건축물(이하 ‘산업용 건축물 등’이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세·등록세를 추징한다."라고 규정하고 있다.

구 지방세법 제276조 제1항은 그 본문의 괄호규정에서 ‘공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 경우’(이하 ‘이 사건 괄호규정’이라 한다)를 예외적으로 그 본문에 의한 취득세와 등록세 면제 대상에 포함하고 있는바, 위 규정의 입법 취지와 개정 연혁, 그 본문과 단서의 관계 등에 비추어 볼 때, 이 사건 괄호규정의 ‘공장용 부동산’은 그 본문규정의 ‘산업용 건축물 등’과 달리 보기 어렵다(대법원 2012. 11. 29. 선고 2012두17179 판결 참조). 따라서 산업용 건축물 등이 건축되지 않은 공장용지는 이 사건 괄호규정의 ‘공장용 부동산’에 포함되지 않으므로 위와 같은 공장용지를 이 사건 괄호규정이 정하는 중소기업자에게 임대하여 그 중소기업자가 산업용 건축물을 신축하였다 하더라도 구 지방세법 제276조 제1항 본문에 의한 취득세와 등록세의 면제 대상에 해당하지 않는다고 해석함이 타당하다.

2. 그런데 원고가 이 사건 공장용지를 취득한 후 그 일부를 나대지 상태로 중소기업자에게 임대하고, 임차인이 산업용 건축물을 신축한 이 사건에서, 원심은 이러한 경우에도 앞서 본 법리와 달리 취득세와 등록세의 면제 대상에 해당한다고 판단하고 말았으니, 이러한 원심 판단에는 구 지방세법 제276조 제1항의 해석에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.

3. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-부산고등법원 2012. 9. 28. 선고 2012누1495 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 1) 원고 회사는 2005. 9. 22. 피고로부터, 원고가 취득하는 00 0구 00동 27-1 공장용지 127,446.0㎡ 외 2필지가 구 지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7834호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’) 제276조 제1항에 따라 본문에서 규정하는 ‘산업단지 내 산업용 건축물 등을 신·증축하기 위하여 취득하는 부동산’에 해당한다는 이유로 위 각 토지에 관한 취득세와 등록세를 면제받았다.

2) 원고 회사는 2005. 12. 1. 원고 회사의 사내창업제도에 따라 원고 회사의 직원이었던 000 등이 창업한 회사인 주식회사 00000(이하 ‘00000’)에게 위 27-1 공장용지 127,446.0㎡에서 같은 동 27-4 내지 27-6 각 토지가 분할되고 남은 112,871.9㎡(이하 ‘이 사건 토지’) 중 9,900㎡(이하 ‘이 사건 토지부분’)을 임대하였고, 00000은 2006. 11. 9. 이 사건 토지부분 위에 원고 회사의 선박제조공정의 하나인 강제절단 및 선박철구조물제조 공장(구 지방세법 제276조 제1항 본문 소정의 산업용 건축물 등에 해당한다)을 신축·운영하고 있다.

3) 원고 회사는 2008. 4. 25. 주식회사 00에 이 사건 토지를 현물출자하였다가 2011. 6. 7. 위 회사로부터 위 토지를 다시 매수하였다.

나. 피고는 2010. 4. 30. 원고에게, 원고가 이 사건 토지부분을 00000에게 임대하였음을 이유로 취득세 38,113,890원 및 등록세 38,113,890원을 추징하는 처분(이하 이 사건 처분)을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실

2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 당사자의 주장

1) 원고

구 지방세법 제276조 제1항 본문에 의하면 ‘공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자’가 취득하는 부동산도 취득세와 등록세의 감면대상인데, 여기서의 ‘공장용 부동산’에는 산업용 건축물 등이 건축되어 있지 않은 나대지 상태의 토지도 포함되므로, 원고가 중소기업자인 00000에게 산업용 건축물 등을 건축하지 않은 나대지 상태로 이 사건 토지부분을 임대하고자 한 경우도 취득세와 등록세의 감면대상에 해당한다.

그리고 원고로부터 이 사건 토지부분을 임차한 00000이 소정기한 내에 그 위에 산업용 건축물 등을 신축하여 그 용도로 사용하고 있으므로, 구 지방세법 제276조 제1항 단서의 ‘그 취득일로부터 3년 내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 사용일로부터 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우’에 해당하지 않는다(위 지방세법 제276조 제1항 단서의 규정을 원고가 직접 산업용 건축물 등을 신축하여 그 용도에 사용하지 아니하는 한 이에 해당한다고 해석하더라도, 00000은 원고의 직원이었던 000 등이 사내창업한 회사로 원고 회사의 일부에 해당하므로 00000이 산업용 건축물 등을 건축하여 그 용도로 사용하는 것은 곧 원고가 직접 하는 것으로 볼 수 있다).

2) 피고

구 지방세법 제276조 제1항 본문에서 감면대상에 포함시킨 ‘공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자’란 산업용 건축물 등을 신·증축하여 그 부속토지와 함께 중소기업자에게 임대하고자 하는 자로 보아야 하는데, 원고는 이 사건 토지부분을 나대지 상태로 임대하였으므로 이에 해당하지 않는다.

그리고 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 이 사건 토지부분에 산업용 건축물 등을 신축하지 않은 채 나대지 상태로 00000에 임대하였는바, 이는 구 지방세법 제276조 제1항 단서에서 면제된 취득세와 등록세의 추징대상으로 정한 ‘…산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고…다른 용도로 사용하는 경우’에 해당하므로 이 사건 처분은 적법하다.

나. 관계법령

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【구 지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7834호로 개정되기 전의 것】

제276조 (산업단지 등에 대한 감면)

① 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지와 산업집적활성화및공장설립에관한법률에 의한 유치지역 및 산업기술단지지원에관한특례법에 의하여 조성된 산업기술단지안에서 산업용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령이 정하는 건축물(이하 이 조에서 "산업용 건축물등"이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세는 당해 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감(수도권정비계획법 제2조제1호의 규정에 의한 수도권외의 지역에 소재하는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 그 취득일부터 3년내에 정당한 사유없이 산업용 건축물등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(당해 산업단지관리기관·산업기술단지관리기관 또는 당해 산업단지관리기관·산업기술단지관리기관이 지정하는 자가 환매하는 경우를 제외한다)하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다.

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다. 판단

1) 원고가 구 지방세법 제276조 제1항 본문 괄호 소정의 "공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자"(이하 ‘이 사건 쟁점규정’)에 해당하는지 여부

구 지방세법 제276조 제1항 본문은, ‘산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 산업단지 안에서 산업용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령이 정하는 건축물을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고,’라고 규정하고 있는바, ① 이 사건 쟁점규정은 괄호 밖의 ‘건축물을 신축하거나 증축하고자 하는 자‘에 대응하는 것인 점, ② 부동산에는 토지와 건물이 포함되므로 "공장용 부동산"을 공장이 건축되어 있는 토지로 한정하여 해석해야 할 근거가 없는 점, ③ 위 쟁점규정은 지방세법이 1995. 12. 6. 법률 제4995호로 개정될 때 신설되었는데, 당시 중소기업의 창업지원과 물류비용절감을 위하여 유통단지 및 공업단지 안의 공장용지에 대한 지방세를 감면하기 위함에 그 입법취지가 있었던 점 등을 종합하면, 이 사건 쟁점규정은 피고 주장과 같이 산업용 건축물 등을 신축하거나 증축하여 그 부속토지와 함께 중소기업자에게 임대하고자 하는 자에 한정할 것이 아니라 산업용 건축물이 건축되지 않은 공장용 토지를 중소기업자에게 임대하고자 하는 자도 포함하는 것으로 해석함이 상당하다.

따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

2) 구 지방세법 제276조 제1항 단서 소정의 징수사유의 존부

구 지방세법 제276조 제1항 단서(이 사건 처분 당시 시행되고 있던 지방세법 제276조 제1항 단서는 2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것인데, 그 단서 규정과 구 지방세법 제276조 제1항 단서와 그 내용이 같으므로 편의상 위와 같이 표시하고, 이하 ‘이 사건 단서규정’이라 함)는 ‘그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우’에는 면제된 취득세·등록세를 추징한다고 규정하고 있다[한편, 위 단서규정은 그 사용일로부터 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 관하여도 규정하고 있고, 이 사건의 경우 이 사건 토지부분의 사용일인 2006. 11. 9.로부터 2년 내인 2008. 5. 9.에 위 토지부분이 현물출자되어 위 규정에 따른 추징사유의 해당 여부도 논의될 수 있으나, 피고가 이를 추징사유로 삼지 않고 있는 이상(원고는 위 현물출자가 정당한 사유에 해당하는지 여부에 관하여 구 행정자치부장관에게 질의하여 위 장관으로부터 정당한 사유에 해당한다는 회신을 받은 것으로 보인다. 기록 28쪽 참조) 이에 관하여는 판단하지 않는다].

앞서 보았듯이 이 사건 쟁점규정을 산업용 건축물 등을 건축하지 않은 채 공장용 토지를 중소기업자에게 임대하고자 취득하는 토지도 포함되는 것으로 해석하는 이상 이 사건 단서규정의 ‘산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하는’ 자를 반드시 그 토지 취득자로 국한하여 볼 것은 아니다(위 문구상의 ‘직접’이라는 부사어는 건축물의 사용용도를 한정하는 것으로 보일 뿐 그 사용주체까지 한정한다고 보기 어렵다).

게다가 구 지방세법 제276조 제1항에서 산업단지 안에 산업용 건축물 등을 신축 또는 증축하고자 하는 경우 그 취득 부동산에 대한 취득세 등을 면제하는 입법취지는 산업단지를 조성·입주하여 산업용 건축물 등을 건축하는 경우 취득세 등을 면제함으로써 산업단지 내 기업 입주를 촉진하고 산업단지의 경쟁력을 높이기 위한 것이고, 아울러 그 단서에서 감면된 취득세 등을 추징하기로 한 것은 토지 취득자에게 조속한 공장건립과 영업 착수를 독려함과 아울러 공장 건립 외에 부동산의 시세차익을 노리거나 기타 세제상의 혜택만을 활용하고 그 용도를 변경하는 경우 등을 제재하기 위한 목적도 함께 있는 것인바, 중소기업자가 임대한 부동산 위에 산업용 건축물을 신축하거나 증축하여 산업용 건축물의 용도에 사용하는 경우에는 취득세 및 등록세를 면제하여도 위 입법취지에 반하지 아니한다.

따라서 이 사건 단서규정의 ‘산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우’란 토지 취득자가 산업용 건축물 등을 직접 건축한 후 그 용도에 직접 사용하거나 임차인인 중소기업자로 하여금 직접 사용하게 하는 경우가 아닌 경우를 의미하는 것으로 해석할 것은 아니고 토지 임차인인 중소기업자가 그 토지 위에 산업용 건축물 등을 건축하여 그 용도에 직접 사용하는 경우도 이에 해당하지 않는다고 보아야 할 것이다.

따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 있다.

다. 소결론

결국 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 그 일부인 이 사건 토지부분을 나대지 상태로 중소기업자인 00000에게 임대하고, 임차인인 00000이 위 취득일로부터 3년 내에 위 토지부분 위에 산업용 건축물 등을 신축하여 그 용도에 직접 사용한 이상 원고는 이 사건 쟁점규정의 취득세와 등록세의 감면대상에 해당하고, 원고에게 이 사건 단서규정 소정의 취득세와 등록세의 추징사유도 없다 할 것이므로, 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그러므로 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 피고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-울산지방법원 2012. 4. 4. 선고 2011구합2099 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고가 2010. 4. 30. 원고에 대하여 한 취득세 38,113,890원 및 등록세 38,113,890원 의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【이유】

1. 인정사실

가. 1) 원고 회사는 2005. 10. 17. 00광역시로부터 00 0구 00동 27-1 공장용지 127,446.0㎡, 같은 동 28-1 공장용지 100,374.7㎡, 같은 동 29-1 공장용지 107,093.1㎡를 취득하면서 구 지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7834호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라 한다) 제276조 제1항 본문에서 규정하는 ‘산업단지 내 산업용 건축물 등을 신·증축하기 위하여 취득하는 부동산’에 해당한다고 하여 피고로부터 그 취득세 및 등록세를 면제받았다.

2) 그런데 원고 회사는 2005. 12. 1. 원고 회사의 사내창업제도에 따라 원고 회사의 직원이었던 000 등이 창업한 회사인 주식회사 00000(이하 ‘00000’라고만 한다)에게 위 27-1 공장용지 127,446.0㎡에서 같은 동 27-4 내지 27-6 각 토지가 분할되어 나가고 남은 112,871.9㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 중 9,900㎡(이하 ‘이 사건 토지부분’이라 한다)을 임대하였고 00000은 2006. 11. 9. 이 사건 토지 부분 위에 원고 회사의 선박제조공정 중의 하나인 강제절단 및 내부재 밴딩, 선박철구조물 제조·시공 작업을 하는 공장(구 지방세법 제276조 제1항 본문 소정의 산업용 건축물 등에 해당한다)을 신축하여 그 용도로 사용하고 있다.

3) 원고 회사는 이 사건 토지를 2008.경 주식회사 00에게 현물출자하였다가 2011.경 도로 매입하였다.

나. 피고는 원고가 이 사건 토지부분을 00000에게 임대한 사실을 확인하고, 2010. 4. 30. 원고에게 이 사건 토지부분의 취득가액 1,138,000,000원을 과세표준으로 하고 구 「지방세법」제112조 제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 38,113,890원 및 등록세 38,113,890원을 부과·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2010. 6. 4. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2011. 6. 14. 기각결정을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 제2,3호증, 제5호증의 1~4, 제6호증의 1~4, 제9, 10호증의 각 기재, 증인 천광우의 일부 증언, 이 법원의 현장검증 결과, 변론 전체의 취지

2. 관련법령

별지 관계법령 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법여부

가. 당사자들의 주장

(1) 원고의 주장

다음과 같은 사유로 이 사건 처분이 위법하다.

(가) 구 지방세법 제276조 제1항 본문에 의하면 ‘공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자’가 취득하는 부동산도 취득세와 등록세의 감면대상인데, 여기서의 ‘공장용 부동산’에는 산업용 건축물 등이 건축되어 있지 않은 나대지 상태의 토지도 포함되므로, 원고가 중소기업자인 00000에게 산업용 건축물 등을 건축하지 않은 나대지 상태로 이 사건 토지부분을 임대하고자 한 경우도 취득세와 등록세의 감면대상에 해당하고, (나) 원고로부터 이 사건 토지부분을 임차한 00000이 소정기한 내에 그 위에 산업용 건축물 등을 신축하여 그 용도로 사용하고 있으므로, 구 지방세법 제276조 제1항 단서(면제된 취득세와 등록세를 추징하는 경우)의 취득일로부터 3년 내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 사용일로부터 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당한다고 볼 수 없다. (다) 구 지방세법 제276조 제1항 단서의 규정을 원고가 직접 산업용 건축물 등을 신축하여 그 용도에 사용하지 아니하는 한 이에 해당한다고 해석한다 하더라도, 00000은 원고의 직원이었던 000 등이 사내창업한 회사로 원고 회사의 일부에 해당하므로 00000이 산업용 건축물 등을 건축하여 그 용도로 사용하는 것은 곧 원고가 직접 하는 것으로 볼 수 있다.

(2) 피고의 주장

(가) 구 지방세법 제276조 제1항 본문에서 감면대상에 포함시킨 ‘공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자’란 산업용 건축물 등을 신·증축하여 그 부속토지와 함께 중소기업자에게 임대하고자 하는 자로 보아야 하는데, 원고는 이 사건 토지부분을 나대지 상태로 임대하였으므로 이에 해당하지 않는다. (나) 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 이 사건 토지부분에 산업용 건축물 등을 신축하지 않은 채 나대지 상태로 00000에 임대하였는바, 이는 구 지방세법 제276조 제1항 단서에서 면제된 취득세와 등록세의 추징대상으로 정한 ‘…산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고…다른 용도로 사용하는 경우’에 해당한다. 하여 취득세와 등록세를 추징한 이 사건 처분은 적법하다.

나. 판단

(1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다 할 것이다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

(2) 원고의 (가) 주장{피고의 (가) 주장}에 관하여

구 지방세법 제276조 제1항 본문(이하 ‘이 사건 규정 본문’이라 한다)은 "…산업기술단지 안에서 …산업용 건축물 등을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고…"라고 규정하고 있는 바 그 규정의 괄호 속 문구로 취득세와 등록세의 감면대상에 포함된 "공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자"의 의미에 관하여 본다.

우선 이 사건 규정 본문 중 괄호 속 문구와 그 앞 문구의 대응관계를 보면 ‘공장용 부동산을’은 ‘산업용 건축물 등을’과 ‘중소기업자에게 임대하고자 하는’은 ‘신축하거나 증축하고자 하는’에 각기 대응하므로 ‘공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자’에 ‘산업용 건축물 등을 신축하거나 증축하여’라는 문구를 부가하여 해석하는 것은 문맥상 자연스럽지 못하다.

다음으로 이 사건 규정 본문의 괄호 속 문구 중 ‘공장용 부동산’의 의미에 관하여 본다.

우선 구 「지방세법」제104조는 취득세에서 사용하는 ‘부동산’이란 ‘토지 및 건축물을 말한다’고 규정하고 있어 건축물이 건축되어 있지 않는 토지(나대지)도 포함하고 있다.

나아가 구 지방세법령상 ‘공장용 부동산’이라는 용어의 사용례 및 그 의미를 살펴보면 다음과 같다.

구 지방세법 제275조 제1항은 ‘대도시 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 자가 그 공장을 폐쇄하고 대도시 외의 지역으로서 공장설치가 금지되거나 제한되지 아니한 지역으로 이전한 후 당해 사업을 계속 영위하기 위하여 2005년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다’고, 이에 따른 동법 시행규칙 제115조 제2항은 ‘법 제275조 제1항의 규정에 의하여 감면대상이 되는 공장용 부동산은 다음 각호의 요건을 갖추어야 한다. 4. 토지를 취득한 때에는 그 취득일로부터 6월 이내에 공장용 건축물을 착공하여야 하며, 건축물을 취득하거나 토지와 건축물을 동시에 취득한 때에는 그 취득일로부터 6월내에 사업을 개시할 것, 다만 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다(나머지 각호 생략)‘라고 각 규정하고 있는바, 이 규정에서는 ’공장용 부동산‘이란 용어를 사용하면서 이에 건축물이 건축되어 있지 않은 토지를 포함시키고 있다.

또 구 「지방세법」제112조 제3항은 ‘…수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화및공장설립에관한법률의 적용을 받는 산업단지 유치지역 및 도시계획법의 적용을 받는 공업지역을 제외한다) 안에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 300으로 한다’고, 제112조의2 제1항은 ‘토지나 건축물을 취득한 후에 5년 이내에 당해 토지나 건축물이 다음 각 호에 해당하게 된 경우에는 당해 각 호에서 인용한 조항에 규정된 세율을 적용하여 취득세를 추징한다. 3. 제112조 제3항 본문의 규정에 의한 공장의 신설용 또는 증설용 부동산(나머지 각 호 생략)‘이라고 각 규정하고 있는바, 이 규정에서도 ’공장용 부동산‘이란 용어와 유사한 용어인 ’공장의 신설용 또는 증설용 부동산‘이란 용어를 사용하면서 이에 ’토지나 건축물‘이라 하여 토지를 포함시키고 있다.

게다가 구 지방세법 제276조 제1항의 개정연혁을 살펴보면, 2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전에는 "산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지와 공업배치및공장설립에관한법률에 의한 유치지역 및 산업기술단지지원에관한특례법에 의하여 조성된 산업기술단지안에서 공장용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물(이하 이 조에서 "공장용 건축물등"이라 한다) 이 부분은 2002. 12. 30. 법률 제6842호로 개정되면서 "「산업입지및개발에관한법률」에 의하여 지정된 산업단지와 「산업집적활성화및공장설립에관한법률」에 의한 유치지역 및 「산업기술단지지원에관한특례법」에 의하여 조성된 산업기술단지안에서 공장용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물(이하 이 조에서 "공장용 건축물등"이라 한다)"로 바뀌었고, 2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되면서 "「산업입지및개발에관한법률」에 의하여 지정된 산업단지와 「산업집적활성화및공장설립에관한법률」에 의한 유치지역 및 「산업기술단지지원에관한특례법」에 의하여 조성된 산업기술단지안에서 산업용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령이 정하는 건축물(이하 이 조에서 "산업용 건축물등"이라 한다)"로 바뀌었다.

을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고…다만, 공장용 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 공장용에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우 이 부분은 2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되면서 "다만, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 공장용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 공장용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다"고 바뀌었고, 다시 2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되면서 ‘다만 그 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일로부터 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다"고 바뀌었다.

면제된 취득세와 등록세를 추징한다."고 규정되어 있었는데, 이 규정의 문맥상(특히 단서 첫머리에 공장용 부동산이라고 하고 있는 점 등) 이 규정의 공장용 부동산은 공장의 신설용 또는 증설용 부동산을 의미하는 것으로 보이고 이에는 공장 신설용이 포함되는 만큼 공장용 건축물이 건축되어 있지 않은 토지도 포함된다고 볼 것이다.

또 이 사건 규정 단서로 ‘…산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우…면제된 취득세와 등록세 등을 추징한다’고 하고 있을 뿐 그 산업용 건축물 등의 신축 주체에 관하여는 특별한 언급이 없다(그 문구상의 ‘직접’이라는 부사어는 건축된 건축물의 사용 용도를 한정하는 것일 뿐이다)

이상의 점을 종합하면 이 사건 규정상의 ‘공장용 부동산’이란 공장의 신설용 또는 증설용 부동산으로서 산업용 건축물 등이 건축되어 있지 않은 토지도 포함한다고 해석할 것이다. 그러하다면 이 사건 규정 본문의 괄호 속 ‘공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자‘에는 위와 같은 토지를 나대지 상태로(산업용 건축물 등을 신축하지 않은 채) 중소기업자에게 임대하고자 하는 자도 포함된다고 볼 것이다.

따라서 이 사건 규정의 본문에 의하면 공장신설용으로서 산업용 건축물 등이 건축되어 있지 않은 토지를 나대지 상태로 산업용 건축물 등을 신축하지 않은 채 중소기업자에게 임대하고자 하는 자가 취득하는 토지에 대하여도 취득세와 등록세가 면제된다고 볼 것이다.

(3) 원고의 (나) 주장{피고의 (나) 주장}에 관하여

구 지방세법 제276조 제1항 단서(이하 ‘이 사건 규정 단서’라 한다)는 ‘다만, 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다.’고 규정하고 있는바, 그 의미에 관하여 본다.

우선 앞서 보았듯이 구 지방세법 제276조 제1항 본문의 감면대상에 공장 신설용으로서 산업용 건축물 등이 건축되어 있지 않은 토지를 나대지 상태로(산업용 건축물 등을 건축하지 않은 채) 임대하고자 하는 자가 취득하는 토지도 포함된다고 보는 이상(그럴 경우 그 토지 위에 산업용 건축물 등을 건축하여 사용하는 자는 임차인인 중소기업자일 것이므로), 이 사건 규정 단서의 ‘산업용 건축물 등의 용도에(로) 직접 사용하는’ 자를 반드시 그 토지 취득자로 국한하여 볼 것은 아니다(위 문구상의 ‘직접’이라는 부사어는 앞서 보았듯이 건축물의 사용용도를 한정하는 것으로 보일 뿐 그 사용주체까지 한정한다고 보기는 어렵다).

게다가 구 지방세법 제276조 제1항에서 산업단지 안에 산업용 건축물 등을 신축 또는 증축하고자 하는 경우 그 취득 부동산에 대한 취득세 등을 면제하는 입법취지는 산업단지를 조성·입주하여 산업용 건축물 등을 건축하는 경우 취득세 등을 면제함으로써 산업단지 내 기업 입주를 촉진하고 산업단지의 경쟁력을 높이기 위한 것이고, 아울러 그 단서에서 감면된 취득세 등을 추징하기로 한 것은 토지 취득자에게 조속한 공장건립과 영업 착수를 독려함과 아울러 공장 건립 외에 부동산의 시세차익을 노리거나 기타 세제상의 혜택만을 활용하고 그 용도를 변경하는 경우 등을 제재하기 위한 목적도 함께 있는 것인 바, 중소기업자가 임대한 부동산 위에 산업용 건축물을 신축하거나 증축하여 산업용 건축물의 용도에 사용하는 경우에는 취득세 및 등록세를 면제하여도 위 입법취지에 반하지 아니한다.

또 이 사건 규정과 직접적으로 관련이 있는 규정은 아니지만 구 「지방세법」제112조의2 제3항은 제112조 제3항에 의한 공장 신설 또는 증설의 경우에 사업용 과세물건의 소유자와 공장을 신설하거나 증설한 자가 다른 경우에는 그 사업용 과세물건의 소유자가 공장을 신설 또는 증설한 것으로 보아 동항의 세율을 적용한다‘고 규정하고 있는바, 비록 중과세 규정이지만 이와 같이 공장이 신설 또는 증설되었는지만 따질 뿐 이를 누가하였는지 따지지 않고 동일하게 취급하는 규정이 없지 않다.

이상의 점을 종합하면 이 사건 규정 단서의 ‘산업용 건축물 등의 용도에(로) 직접 사용하지 아니하는 경우’란 토지 취득자가 산업용 건축물 등을 직접 건축한 후 그 용도에(로) 직접 사용하거나 임차인인 중소기업자로 하여금 직접 사용하게 하는 경우가 아닌 경우를 의미하는 것으로 해석할 것은 아니고 토지 임차인인 중소기업자가 그 토지 위에 산업용 건축물 등을 건축하여 그 용도에 직접 사용하는 경우도 이에 해당하지 않는다고 보아야 할 것이다.

한편 원고가 이 사건 토지 취득 당시에는 이 사건 토지부분에도 직접 산업용 건축물 등을 신축하고 이를 취득하였는데 나중에 이를 중소기업자인 00000에게 임대하여 그로 하여금 산업용 건축물 등을 신축하여 사용하게 하는 것으로 바꾸었다 하더라도, 앞서 본 이 사건 규정 본문의 해석상 애초부터 이 사건 토지부분을 중소기업자인 00000에게 임대하려고 이를 취득한 경우에 취득세와 등록세의 감면대상이 되는 점 등을 감안하면, 그 사정만으로 이 사건 규정 단서에 해당한다고 볼 것은 아니다.

(4) 소결

결국 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 이 사건 토지부분을 나대지 상태로 중소기업자인 00000에게 임대하고 임차인인 00000이 이 사건 토지부분 위에 산업용 건축물 등을 신축하여 그 용도에 직접 사용하고 있는 이 사건의 경우는 이 사건 규정 본문의 취득세와 등록세의 감면대상에 해당하는 한편 이 사건 규정 단서의 면제된 취득세와 등록세의 추징대상에는 해당하지 아니한다 할 것이다. 하여 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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별지

【관계법령】

■ 구 지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7834호로 개정되기 전의 것

제112조 (세율)

③ 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역안에서 대통령령이 정하는 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축 또는 증축하는 경우와 그 부속토지에 한한다)을 취득하는 경우와 동법 동조의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화및공장설립에관한법률의 적용을 받는 산업단지·유치지역 및 도시계획법의 적용을 받는 공업지역을 제외한다)안에서 공장을 신설 또는 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 공장을 신설 또는 증설하기 위하여 2003년 12월 31일까지 취득하는 사업용 과세물건(동법에 의한 외국인투자비율에 해당하는 과세물건에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

제112조의2 (세율적용)

① 토지나 건축물을 취득한 후 5년 이내에 당해 토지나 건축물이 다음 각호의 1에 해당하게 된 경우에는 당해 각호에서 인용한 조항에 규정된 세율을 적용하여 취득세를 추징한다. 다만, 2003년 12월 31일까지 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업의 공장신설용 또는 증설용 부동산(동법에 의한 외국인투자비율에 해당하는 부동산에 한한다)이 된 때에는 그러하지 아니하다.

1. 제112조제2항의 규정에 의한 별장·골프장·고급주택 또는 고급오락장

2. 제112조제3항 본문의 규정에 의한 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축 또는 증축하는 경우와 그 부속토지에 한한다)

3. 제112조제3항 본문의 규정에 의한 공장의 신설용 또는 증설용 부동산

②고급주택·별장·골프장 또는 고급오락장용 건축물을 증축·개축 또는 개수한 경우와 일반건축물을 증축·개축 또는 개수하여 고급주택 또는 고급오락장이 된 경우에 그 증가되는 건축물의 가액에 대하여 적용할 취득세의 세율은 제112조제2항의 규정에 의한 세율로 한다.

③ 제112조제3항의 규정에 의한 공장 신설 또는 증설의 경우에 사업용 과세물건의 소유자와 공장을 신설 또는 증설한 자가 다른 때에는 그 사업용 과세물건의 소유자가 공장을 신설 또는 증설한 것으로 보아 동항의 세율을 적용한다. 다만, 취득일로부터 공장 신설 또는 증설에 착수한 날까지의 기간이 5년을 경과한 사업용 과세대상물건은 그러하지 아니하다.

④ 동일한 취득물건에 대하여 2이상의 세율이 해당되는 경우에는 그중 높은 세율을 적용한다.

제276조 (산업단지 등에 대한 감면)

① 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지와 산업집적활성화및공장설립에관한법률에 의한 유치지역 및 산업기술단지지원에관한특례법에 의하여 조성된 산업기술단지안에서 산업용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령이 정하는 건축물(이하 이 조에서 "산업용 건축물등"이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세는 당해 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감(수도권정비계획법 제2조제1호의 규정에 의한 수도권외의 지역에 소재하는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 그 취득일부터 3년내에 정당한 사유없이 산업용 건축물등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(당해 산업단지관리기관·산업기술단지관리기관 또는 당해 산업단지관리기관·산업기술단지관리기관이 지정하는 자가 환매하는 경우를 제외한다)하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다.

■ 지방세법시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22586호로 개정되기 전의 것)

제224조의2 (산업용 건축물 등의 범위) 법 제276조제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 건축물"이라 함은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 건축물을 말한다.

1. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제2조의 규정에 의한 공장·지식산업·문화산업·정보통신산업·자원비축시설용 건축물 및 이와 직접 관련된 교육·연구·정보처리·유통시설용 건축물

2. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령」제6조제5항의 규정에 의한 폐수처리업·폐기물수집및처리업·보관및창고업·화물터미널 그 밖에 물류시설을 설치 및 운영하는 사업·운송업(여객운송업을 제외한다)·산업용기계장비임대업·전기업·농공단지에 입주하는 지역특화산업·「도시가스사업법」 제2조제5호의 규정에 의한 가스공급시설용 및 「집단에너지사업법」제2조제6호의 규정에 의한 집단에너지공급시설용 건축물

3. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」의 규정에 의한 연구개발시설 및 시험생산시설용 건축물

4. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제30조제2항의 규정에 의한 관리기관이 산업단지의 관리, 입주기업체 지원 및 근로자의 후생복지를 위하여 설치하는 건축물(법 제107조의 규정에 의한 수익사업용으로 사용되는 부분을 제외한다)

■ 지방세법시행규칙(2010. 8. 9. 행정안정부령 제153호로 개정되기 전의 것)

제115조 (대도시외로의 이전공장의 범위와 적용기준)

① 법 제275조제2항의 규정에 의한 공장의 범위는 별표 3에 규정한 업종의 공장으로서 생산설비를 갖춘 건축물의 연면적(옥외에 기계장치 또는 저장시설이 있는 경우에는 그 시설물의 수평투영면적을 포함한다)이 200제곱미터 이상인 것을 말한다. 이 경우 건축물의 연면적에는 그 제조시설을 지원하기 위하여 공장경계구역안에 설치되는 종업원의 후생복지시설등 각종 부대시설을 포함한다.

② 법 제275조제1항의 규정에 의하여 감면대상이 되는 공장용 부동산은 다음 각 호의 요건을 갖춘 것이어야 한다.

1. 이전한 공장의 사업을 개시하기 이전에 취득한 부동산일 것

2. 공장시설(제조장 단위별로 독립된 시설을 말한다. 이하 같다)을 이전하기 위하여 대도시내에 있는 공장의 조업을 중단한 날까지 6월(임차공장의 경우에는 2년)이상 계속하여 조업한 실적이 있을 것. 이 경우 「수질환경보전법」및 「대기환경보전법」의 규정에 의하여 배출시설이나 오염물질배출시설의 개선명령·이전명령 또는 조업정지의 처분을 받아 조업을 중단한 때의 그조업 중지기간은 이를 조업한 기간으로 본다.

3. 대도시외에서 그 사업을 개시한 날부터 6월(시운전 기간을 제외한다)내에 대도시내에 있는 당해공장시설을 완전히 철거하거나 폐쇄할 것

4. 토지를 취득한 때에는 그 취득일부터 6월이내에 공장용 건축물을 착공하여야 하며, 건축물을 취득하거나 토지와 건축물을 동시에 취득한 때에는 그 취득일부터 6월내에 사업을 개시할 것. 다만, 정당한 사유가 있을 때에는 그러하지 아니하다.

③ 제2항의 규정에 의하여 감면대상이 되는 공장용 부동산의 가액의 합계액이 이전전 공장의 부동산 가액을 초과하는 경우 그 초과액에 대하여는 취득세와 등록세를 과세한다. 이 경우에는 초과액의 산정기준은 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

1. 이전공장용 부동산 가액과 이전전 공장용 부동산 가액이 각각 법 제111조제5항의 규정에 의한 법인장부등에 의하여 입증되는 경우에는 그 차액

2. 제1호외의 경우에는 법 제111조제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액에 의한 이전 공장용 부동산가액과 이전전 공장용 부동산 가액의 차액

④ 제3항의 규정에 의한 부동산의 초과액에 대하여 과세하는 때에는 이전 공장용 토지와 건축물 가액의 비율로 안분하여 계산한 후 각각 과세한다.

■ 산업집적활성화및공장설립에관한법률

제2조(정의)

1. 공장이란 건축물 또는 공작물, 물품제조공정을 형성하는 기계·장치 등 제조시설과 그 부대시설을 갖추고 대통령령으로 정하는 제조업을 하기 위한 사업장으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다. 끝.