1. 처분의 경위

가. 원고는 건설업, 주택건축 및 택지분양 등을 목적으로 하는 법인으로, 다음과 같이 매매계약(이하 ‘이 사건 계약’이라고 한다)을 체결하고 토지를 취득하였다.

○ 매도인 : 송도신도시개발 유한회사(이하 ‘소외 회사’라고 한다)

○ 매매목적물 : 인천 연수구 송도동 30-3 대 7,294.3㎡, 같은 동 30-4 대 11,438.4㎡(이하 포괄하여 ‘이 사건 토지’라고 한다)

○ 2007. 1. 24. 인천광역시경제자유구역청장에게 토지거래계약허가신청, 2007. 2. 8. 토지거래허가

○ 2007. 2. 9.(다만 번역문에는 2007. 1. 21.로 기재) 소외 회사와 사이에 ‘토지 매매 및 개발 계약서’(이하 ‘이 사건 계약서’라고 한다) 작성 : 이 사건 계약서 제3조에는 아래 내용이 포함되어 있다.

3.1. 매수 가격. NSC(소외 회사)는 총 USD(미화) 13,890,000의 가격으로 대상 토지(이 사건 토지)를 매도하고 SPC(원고)는 이 가격으로 대상 토지를 매수하며, 여하한 체결 후 조정금액은 별도로 한다 (있는 경우) (집합적으로, "매수 가격").

3.2. 지불 일정. SPC는 다음 일정에 따라 NSC에 매수 가격을 지불한다.

⒜ USD 1,389,000("1차 할부금")은 본 계약서 작성일에 지불한다.

⒝ USD 12,501,000("2차 할부금")은 체결일에 지불한다.

⒞ 일체의 체결 후 조정은 3.3항에 따라 지불한다.

3.3. 체결 후 조정

⒜ 대상 토지에 여하한 건물을 완공한 후, 이 건물로부터 여하한 수입이 발생하는 경우(이를테면, 건물의 전부나 일부를 매도하는 데 따른 수익, 이 건물 혹은 여하간 그 부분의 임대에 따라 SPC로 지불되는 여하한 임대료, 관리비 또는 기타 비용을 제한 없이 포함), SPC는 이 건물의 전부나 일부를 매도하는 데 따른 순 수익의 10%와 이 건물의 전부나 일부 매도 외에 건물의 순 영업이익의 10%에 해당하는 금액을 한국 원화로 NSC에 지불해야 한다("체결 후 조정"). 체결 후 조정금액은 건물공사비 그리고 건물의 매도 또는 임대 가격 등의 요소에 따라 결정되나 이런 요소에만 국한되지 않는다.

⒝ 상기 ⒜단락의 체결 후 조정 금액은 대상 토지에 여하한 건물이 완공된 날로부터 180일 내에 결정되어야 하며 체결 후 조정 금액이 결정된 후 30일 내에 지불되어야 한다.

○ 2007. 4 13. 소외 회사에 12,953,814,000원(미화 1,389만 불)을 지급하고 같은 날 이 사건 토지에 관한 원고 명의의 소유권이전등기 경료

나. 원고는 2007. 4. 13. 전항의 12,953,814,000원을 과세표준으로 하여 취득세와 등록세 등 합계 595,875,430원을 산출하고 이를 피고에게 신고납부하였다.

다. 피고는 2009. 8. 17. 감사원으로부터 ‘원고가 신고한 이 사건 토지의 가액이 취득 당시의 정당한 가액을 반영하고 있지 못하므로 시가표준액을 과세표준으로 하여 취득세 등을 추가 징수하라’는 지적을 받고, 시가표준액(56,947,408,000원)과 원고의 신고가액(12,953,814,000원)의 차액에 대하여 추가징수할 세액을 산정한 후, 2010. 8. 18. 원고에게 취득세 1,370,224,470원, 농어촌특별세 137,022,420원, 등록세 1,378,407,280원, 지방교육세 258,084,000원(각 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세 포함)을 각 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

라. 이에 대하여 원고가 불복하여 2010. 9. 17. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2011. 6. 9. 심판청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 7호증(각 가지번호 포함), 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

⑴ 구 지방세법(2007. 7. 20. 법률 제8540호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제111조 제1항, 제2항, 제5항 제3호, 구법 시행령(2007. 7. 23. 대통령령 제20183호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제82조의2 제1항 제2호의 취지를 종합하면, 법인의 장부가액이 특별히 취득가액을 조작한 것이라고 인정되지 않는 한 이를 사실상의 취득가액으로 인정하여 과세표준으로 삼아야 한다. 그럼에도 피고가 시가표준액을 과세표준으로 삼은 것은 위법하다.

⑵ 설령 그렇지 않더라도, 인천광역시경제자유구역청장이 토지거래허가 당시 매매대금(12,953,814,000원)의 적정성을 인정하였던 점, 피고 역시 이를 과세표준으로 산정한 취득세 등 신고납부의 적정성을 인정하였던 점 등에 비추어 보면, 시가표준액을 과세표준으로 한 신고납부의 기대가능성이 없었으므로 이 경우 가산세 부과는 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

⑴ 과세표준의 위법 여부

㈎ 취득세 및 등록세의 과세표준에 관한 구 지방세법 제111조, 제130조의 취지는 납세의무자가 사실상 취득가액으로 신고한 금액을 원칙적인 과세표준으로 하고, 신고를 하지 아니한 경우 또는 신고를 하더라도 신고가액이 시가표준액에 미달하는 경우에는 시가표준액을 과세표준으로 하되, 구 지방세법 제111조 제5항의 요건이 충족된 경우에는 납세의무자의 입증된 사실상의 취득가격으로 과세표준을 정한다는 것이고, 한편 구 지방세법 제111조 제5항에서 법인의 장부가액을 사실상의 취득가액으로 보고 이를 과세표준으로 한 취지는 객관화된 조직체로서 거래가액을 조작할 염려가 적은 법인의 장부가액은 특별히 취득가액을 조작하였다고 인정되지 않는 한 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있음을 전제로 하는 것이므로 법인의 장부가액이 사실상의 취득가격에 부합되는지 여부에 관계없이 무조건 법인의 장부가액을 취득세와 등록세의 과세표준으로 하여야 하는 것은 아니다( 대법원 1993. 4. 27. 선고 92누15895 판결등 참조).

㈏ 앞서 본 증거에 갑 제6호증의 기재를 더하여 보면, 이 사건 토지에 관한 원고의 장부가액이 12,953,814,000원인 사실을 인정할 수 있고, 위 조항 및 법리에 비추어 위 장부가액을 취득세와 등록세의 과세표준으로 하기 위해서는 위 금액이 이 사건 토지의 사실상의 취득가격에 부합하여야 한다. 이 사건의 경우 앞서 본 이 사건 계약서 제3조 소정의 ‘체결 후 조정’ 금액이 사실상의 취득가격에 포함되는 것인지가 문제 되므로 살피건대, 사실상의 취득가격의 범위에 관하여 규정하고 있는 구 지방세법 시행령 제82조의3 제1항은 ‘취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자등 취득에 소요된 직접ㆍ간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다’고 규정하고 있고, 여기서 말하는 ‘취득가격'에는 과세대상 물건의 취득 시기 이전에 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나 그에 준하는 취득절차비용도 간접비용으로서 이에 포함되며, 다만 그것이 과세대상 물건이 아닌 다른 물건이나 권리에 관하여 지급된 것이라면 이는 '취득가격'에 포함되지 아니한다( 대법원 1997. 12. 26. 선고 97누10178 판결 등 참조).

㈐ 이에 비추어 보건대, 위 인정사실 및 앞서 본 증거에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 즉, ① 원고와 소외 회사가 이 사건 계약서 제3조 3.1.항에서 ‘매수 가격'을 기재하면서 여기에 ‘체결 후 조정금액’을 함께 기재한 점, ② 또한 같은 조 3.2.항에서 ‘지불 일정’을 기재하면서 ⒜ ‘1차 할부금’, ⒝ ‘2차 할부금’의 지불 일정에 이어 ⒞ ‘체결 후 조정’의 지불 일정을 기재한 점, ③ 같은 조 3.3.항에서 건물을 완공한 이후 건물로부터 발생한 수입의 일정비율을 ‘체결 후 조정금액’으로 한다고 기재하고 있으나 이는 위 금액의 산정방법 또는 지급시기에 관한 것에 불과하고, 그 지급의무 자체는 이 사건 계약에서 이미 발생한 것인 점(따라서 과세대상 물건인 이 사건 토지의 취득 시기 이전에 그 지급원인이 발생하였다), ④ 소외 회사가 원고와 사이에 ‘체결 후 조정금액’을 포함한 이 사건 계약서에 기재된 ‘매수 가격’과 교환하는 것은 이 사건 토지뿐인 점(따라서 위 돈이 이 사건 토지가 아닌 다른 물건이나 권리에 관하여 지급된 것이라고 볼 수 없다) 등을 종합하여 보면, 이 사건 계약서 제3조 소정의 ‘체결 후 조정금액’은 사실상의 취득가격에 포함된다고 할 것이다.

㈑ 그렇다면 원고의 장부가액은 이 사건 토지의 취득가격의 일부인 ‘체결 후 조정금액’ 부분을 누락하여 사실상의 취득가격에 부합한다고 할 수 없고, 구 지방세법 제111조 제5항의 요건이 충족되지 아니하였으므로 이를 취득세 및 등록세의 과세표준으로 할 수 없다. 이 경우 취득세 및 등록세의 과세표준은 구 지방세법 제111조 제2항, 제130조 제2항에 따라 신고가액보다 큰 시가표준액에 의하므로, 피고가 시가표준액을 과세표준으로 하여 이 사건 처분을 한 것은 적법하고, 이에 관한 원고의 주장은 이유 없다.

⑵ 가산세 부과의 위법 여부

㈎ 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 부과되어야 한다( 대법원 2011. 4. 28. 선고 2010두16622 판결 등 참조).

㈏ 이 사건의 경우, ① 원고는 소외 회사와 사이에 이 사건 계약을 체결한 당사자로서 그 계약서의 ‘매수 가격’에 관한 내용 및 장부가액이 이 사건 토지의 사실상 취득가격을 온전히 반영하고 있지 아니한 사실을 잘 알고 있었고, 이러한 경우 시가표준액을 과세표준으로 삼아야 하는 점, ② 원고가 토지거래계약허가를 신청하면서 계약예정금액에 관한 사항을 기재하였고 인천광역시경제자유구역청장이 위 신청에 따라 토지거래계약허가를 하였다고 하더라도, 나아가 인천광역시경제자유구역청장이 위 계약예정금액이 사실상 취득가격에 부합하는 것이라고 인정한 것이라고 볼 수 없고 이를 인정할 권한도 없는 점[한편 원고는 인천광역시경제자유구역청장 등이 매매대금(장부가액을 일컫는 것으로 보인다)의 적정성을 인정하였다고 주장하나 원고가 주장하는 사유만으로는 이들이 이를 인정하였다고 보기 어려운데다가, 설령 장부가액이 매매대금으로 적정하다고 하더라도 사실상 취득가격과 부합하지 않는 이상 이로써 과세표준을 삼을 수 없으므로, 위 주장은 이유 없다], ③ 피고가 취득신고 겸 자진납부 세액계산서를 접수하였다고 하여 이로써 원고의 장부가액이 사실상 취득가격에 부합하는 것이라고 인정하였다고 볼 수 없는 점 등을 종합하여 보면, 원고에게 가산세를 부과할 수 없는 ‘그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유’가 있다고 할 수 없다.

㈐ 원고는 또한 이 사건 계약서 제3조 소정의 ‘체결 후 조정금액’ 부분이 구 지방세법 제71조소정의 수정신고사유에 해당하므로 가산세 부과가 위법하다고도 주장하나, 법 제71조법문에 의하더라도 이는 ‘지방세를 신고납부한’ 경우에 적용되는 것으로서, 이 사건과 같이 구 지방세법 제111조 제2항단서, 제130조 제2항단서에 따라 시가표준액을 과세표준으로 하는 경우에는 적용될 수 없다. 따라서 ‘체결 후 조정금액’ 부분이 수정신고사유에 해당함을 전제로 하는 원고의 위 주장도 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.