유통개발단지내 사업시행자가 신축한 건축물 다블록 중 지하 1층 토지 및 건물을 취득한 경우로서 해당 토지는 구 지방세법 제280조 제5항 제2호 등에 규정한 '물류단지시설을 설치하기 위해 최초로 취득한' 것으로서 감면대상에 해당한 이상, 전체 부동산에 대해 취득세 등을 부과했던 처분은 토지분을 경정하여야 한다.

1. 처분의 경위

가.

서울특별시장은 2004. 11. 25. 서울특별시 고시 제2004-391호로 서울 송파구

문정동 280 일대 515,116㎡ (약 155,823평)를 서울동남권유통단지(이하 ‘이 사건 물류단지’라 한다)로,

에스에이치공사(이하 ‘

SH공사’라 한다)를 위 유통단지개발사업의 사업시행자로 지정ㆍ고시하였다(이후 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률의 규정에 따라 위 유통단지는 물류단지로,

SH공사는 유통단지개발사업시행자에서 물류단지개발사업시행자로 변경지정되었다).

나.

SH공사는 물류단지개발사업시행자로서 이 사건 물류단지를 조성하는 한편, 전문상가의 입점을 위한 집합건축물(이하 ‘가든파이브’라 한다)을 신축하여 2009. 2. 3. 소유권보존등기를 한 후, 2010. 2.경부터 이를 분양하였다.

다. 원고는 백화점 및 대형

소매점(대형 할인마트) 경영 등의 유통업을 주된 사업으로 하는 법인으로서, 이 사건 물류단지 안에서 물류단지시설인

대형마트(이마트)를 운영하기 위하여 2010. 3.경

SH공사로부터

가든파이브 다블록지하 1층 전체 토지 및 건물(대지지분: 3,495.09㎡, 분양면적: 33,783.69㎡, 이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 874억 원에 분양받는 계약을 체결하고 2010. 12. 31.까지 위 분양대금을 모두 지급한 후 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 경료하였다(다만 대지지분에 관한 소유권이전등기는 미경료 상태임).

라. 원고는 2010. 12. 31. 별지 과세내역 기재와 같이 이 사건 부동산에 관한 취득세, 등록세 등을 신고납부하였다[

구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제72조 제1항에 의하면 지방세를 신고납부한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 의제하고 있으므로, 이하 원고의 위 취득세, 등록세 등의 신고납부를 ‘이 사건 처분’이라 한다].

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 1 내지 7호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

구 지방세법 제280조 제5항 제2호는 물류단지 안에서 물류사업을 영위하고자 하는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있는바, 원고는 이 사건 물류단지 안에서 물류사업을 영위하고자 하는 자로서 물류사업용 부동산인 이 사건 부동산을 최초로 취득하였으므로 이 사건 부동산에 관한 취득세와 등록세가 면제되어야 함에도 원고가

SH공사로부터 이 사건 부동산을 승계취득하였음을 이유로 그 취득세와 등록세가 면제되지 않는다고 본 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1)

구 지방세법 제280조 제5항은 대통령령이 정하는 물류단지 안에서 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각 호에서 정하는 바에 의하여 취득세ㆍ등록세 및 재산세를 감면한다고 규정하면서, 그 제1호에서 물류단지개발사업시행자가 물류단지를 개발하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세의 100분의 50을 경감한다고 하고 있고, 그 제2호에서 물류사업을 영위하고자 하는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 물류사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 그 부동산을 취득한 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감하도록 하고 있다.

그리고

구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제226조의2 제2항은

구 지방세법 제280조 제5항 제2호에서 ‘물류사업을 영위하고자 하는 자가 취득하는 물류사업용 부동산’이라 함은 물류시설의

개발 및 운영에 관한 법률 제2조 제7호 각 목의 물류단지시설을 설치하기 위하여 물류단지 안에서 최초로 취득하는 토지와 그 토지 취득일부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물(토지 취득일 전에 그 사용승인을 얻어 신축한 건축물을 포함하며, 기존 건축물을 취득한 경우를 제외한다)을 말한다고 규정하고 있고, 물류시설의

개발 및 운영에 관한 법률 제2조 제7호나목은 위 물류단지시설의 하나로 화물의 판매 등을 위하여 물류단지 안에 설치되는

유통산업발전법 제2조 제3호의 대규모점포를 들고 있다.

위 규정들의 입법취지는 물류단지개발사업시행자와 물류사업을 영위하려는 자에게 물류단지를 개발하거나 물류사업을 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 세제 혜택을 부여하여 물류단지개발 촉진 및 물류비용 절감을 통한 물류사업 촉진을 도모하고자 함에 있다고 할 것이다.

2) 원고가 이 사건 물류단지 안에서 물류사업을 영위하고자 이 사건 부동산을 취득하였다는 점에 대하여는 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 이 사건의 쟁점은 이 사건 부동산이

구 지방세법 시행령 제226조의2 제2항에 정한 ‘물류사업을 영위하고자 하는 자가 취득하는 물류사업용 부동산’에 해당하는지 여부이다.

살피건대,

구 지방세법 제280조 제5항 제2호에 의하여 취득세 등이 감면되는 ‘물류사업을 영위하고자 하는 자가 취득하는 물류사업용 부동산’은 ① 물류단지시설을 설치하기 위하여 물류단지 안에서 최초로 취득하는 토지와, ② 그 토지 취득일부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물(토지취득일 전에 그 사용승인을 얻어 신축한 건축물을 포함하며, 기존 건축물을 취득한 경우를 제외한다)일 것을 요하는바, 위 ①과 관련하여서는 물류사업을 영위하고자 하는 자가 물류단지시설을 ‘설치하기 위하여’ 물류단지개발사업시행자 등으로부터 물류단지 안의 토지를 취득할 것을 요하고(이점에서 이미 물류단지시설이 설치되어 있는 상태에서 이를 승계취득한 경우에는 물류사업을 영위하고자 하는 자가 물류단지 안에서 최초로 토지를 취득하는 경우라 하더라도 취득세, 등록세가 면제되지 않는다 할 것이고, 물류단지개발사업시행자가 물류단지를 ‘개발하기’ 위하여 취득하는 부동산과도 구별된다고 할 것이다), 위 ②와 관련하여서는 위 ①에 해당하는 토지를 취득하였음을 전제로 그 토지 취득일부터 5년 이내에 추가로 물류사업을 위한 토지를 취득하거나 물류사업을 위한 건축물을 ‘신축’하여 취득하여야 하고, 최초 토지 취득일부터 5년 이내의 물류사업을 위한 취득이라 하더라도 기존 건축물을 취득한 경우는 이에 해당하지 않는다 할 것이며(이점에서 위 규정의 기존 건축물은 물류사업자들 사이에서 승계취득한 건축물만을 의미한다는 원고의 주장은 이유 없다), 다만 최초 토지 취득일 전에 그 토지에 대한 사용승인을 얻어 ‘신축’한 물류사업을 위한 건축물은 최초 토지 취득일 이후에 신축한 건축물과 달리 볼 이유가 없으므로 그 역시 취득세, 등록세가 면제되는 물류사업용 부동산에 해당된다고 할 것이다.

이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실에 의하면, 원고는 이 사건 물류단지 안에서 물류단지시설인

대형마트(이마트)를 설치하기 위하여 이 사건 부동산을 취득한 것으로 보이므로, 이 사건 부동산 중 토지부분(대지지분)은

구 지방세법 제280조 제5항 제2호,

같은 법 시행령 제226조의2 제2항의 ‘물류사업을 영위하는 자가 물류단지시설을 설치하기 위하여 물류단지 안에서 최초로 취득하는 토지’에 해당한다고 할 것이나, 이 사건 부동산 중 건물 부분은 물류단지개발사업시행자인

SH공사가 신축한 기존 건축물을 취득한 것이어서 위 규정에 의한 취득세 등 감면대상 건축물에 해당된다고 볼 수 없다.

피고는,

SH공사에 의하여 이미 물류단지시설이 설치된 상태에서 원고가 이를 승계취득한 것이므로 위 규정에 의한 감면대상 부동산에 해당되지 않는다는 취지로 주장하나, 앞서 본 인정사실에 의하면,

SH공사는 물류단지개발사업시행자로서 물류단지를 개발, 조성하기 위하여 가든파이브의 부속토지를 포함한 일단의 토지를 취득하고 건물을 신축한 것으로 보이고, 따라서

SH공사가 이 사건 부동산 중 건물 부분을 신축한 것을 원고가 설치하려고 한 물류단지시설인 대형마트를 설치한 것으로 볼 수는 없으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

3) 원고의 주장에 대한 판단

가) 원고는 물류사업을 영위하고자 하는 자의 입장에서 최초 취득한 부동산이라는 점에는 다름이 없는데도 이 사건 부동산 중 대지지분에 대하여만 취득세 등이 면제되고, 건물 부분에 대하여는 취득세 등이 면제되지 않는다고 해석하는 것은

구 지방세법 제280조 제5항 제2호의 입법목적에 부합하지 않는다는 취지로 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 엄격하게 하여야 하고 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않으며(

대법원 2004. 3. 12. 선고 2002두5955 판결 참조), 또한 위와 같은 해석이 물류사업을 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 관하여 세제 혜택을 부여하여 물류비용 절감을 통한 물류사업 촉진을 도모하고자 하는 위 규정의 입법취지에 어긋난다고 할 수도 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

나) 원고는 모법인

구 지방세법 제280조 제5항의 위임이 없음에도

구 지방세법 시행령 제226조의2 제2항의 규정을 모법과 달리 제한하여 해석하는 것은 조세법률주의의 엄격해석원칙과 위임입법의 한계에 어긋난다고 주장하나,

구 지방세법 시행령 제226조의2 제2항의 규정은 모법인

구 지방세법 제280조 제5항 제2호의 의미를 구체화ㆍ명확화한 것에 불과하고,

구 지방세법 제280조 제5항의 문언 자체가 위와 같은 구체화ㆍ명확화를 예정하고 있다고 봄이 상당하므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.

다) 원고는

구 지방세법 제280조 제5항 단서에서 취득세 등이 감면되는 부동산을 그 취득일부터 일정 기간 내에 직접 사용하지 않거나 매각하는 등 다른 용도로 사용하는 경우 면제된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있는데, 만약 물류단지개발사업자로부터 최초로 분양받은 물류사업용 부동산에 대하여 취득세 등의 면제를 부인한다면 물류사업을 영위하고자 하는 자가 처음부터 분양받은 물류사업용 부동산을 물류사업과 무관한 용도로 사용하거나 시세차익을 노리고 전매하더라도 아무런 불이익이 따르지 않기 때문에 위 규정의 단서 조항이 독자적인 의미가 없다고 주장하나, 위와 같은 사정을 근거로 이 사건 부동산 중 건물 부분이

구 지방세법 제280조 제5항 제2호에 정한 취득세 등이 면제되는 물류사업용 부동산이라고 해석할 수는 없고, 원고가 지적한 위와 같은 사안은 물류시설의

개발 및 운영에 관한 법률 제65조 제7호에 따라

같은 법 제51조 제1항 위반을 이유로 형사처벌을 함으로써 규제가 가능하므로, 원고의 위 주장역시 이유 없다.

4) 소결론

그렇다면 이 사건 처분 중 이 사건 부동산의 토지부분(대지지분)에 대하여 취득세 및 농어촌특별세가 면제되지 않는다고 본 부분은 위법하고, 나머지 각 부과처분은 적법하다 (피고는, 원고가

구 지방세법 제292조에 정한 감면신청 절차를 거치지 않고 이 사건 부동산 중 대지지분에 관한 취득세를 신고납부하고도 위 취득세가 면제되어야 한다고 주장하는 것은 그 자체로 이유가 없거나 신의칙에 반한다고 주장하나, 위 감면신청에 관한 규정은 취득자로 하여금 감면자료를 제출하도록 하는 협력의무를 부과한 것에 불과하다 할 것이고,

구 지방세법 제280조 제5항 제2호의 요건이 충족되면 취득세, 등록세가 당연히 면제되는 것이며, 취득자의 감면신청이 있어야만 면제되는 것은 아니라고 봄이 상당하므로, 피고의 위 주장은 이유 없다).

따라서 별지 과세내역 기재 1,603,678,140원의 취득세 부과처분 중 이 사건 부동산의 토지부분(대지지분)의 취득세액 158,153,320원(= 취득가액 7,907,666,049원 × 20/1,000, 10원 미만 버림, 이하 같다)을 제한 정당한 세액 1,445,524,820원을 초과하는 부분, 160,367,810원의 농어촌특별세 부과처분 중 이 사건 토지부분(대지지분)의 농어촌특별세액 15,815,332원(= 이 사건 부동산의 토지부분의 취득세액 158,153,320원 × 10/100) 을 제한 정당한 세액 144,552,470원을 초과하는 부분은 각 위법하여 취소되어야 한다.

3. 결 론

원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각한다.