부동산의 임대행위는 지역신용보증재단법 제17조 제1호와 제7호에 규정한 기본재산의 관리업무 및 그에 부수되는 업무로서 시․도지사의 승인을 얻은 것에 상당하므로 해당 건축물 중 임대부분 또한 00 감면조례 제27조 제1항을 적용하여 취득세 등을 감면하여야 한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 서울특별시 지역 내 소기업소상공인 등의 채무를 보증하여 자금융통 및 지역경제의 활성화 등을 목적으로 설립된 법인이다.

나. 원고는 2009. 6. 30.

미래에셋생명 주식회사(이하 ‘소외 회사’라 한다)로부터

서울 마포구 공덕동 168 토지 2,824㎡ 및 그 지상 18층, 지하 5층 건물 연면적 29,472㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 매수하여 취득한 후, 2009. 7. 29. 이 사건 부동산 취득이 구 서울특별시 감면조례(2009. 12. 31. 서울특별시조례 제4889호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조례’라 한다) 제27조 제1항 소정의 ‘

지역신용보증재단법 제17조의 규정에 따른 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’에 해당한다는 이유로 피고에 대하여 취득세 및 등록세의 감면을 신청하였다.

다. 이에 대하여 피고는 2009. 7. 30. 이 사건 부동산 중 임대부분 18,901㎡(이하 ‘이 사건 임대부분’이라 한다)가 구 조례 제27조 제1항에서 규정하고 있는 위 취득세등록세의 감면대상에 해당하지 않는다는 이유로 이 사건 임대부분에 관한 원고의 감면신청을 반려하면서 나머지 부분에 관한 취득세 679,891,220원 및 등록세 679,891,220원만을 면제하였다.

라. 한편, 피고는 2009. 7. 31. 원고에 대하여 이 사건 임대부분에 관한 취득세 1,215,540,110원, 등록세 1,215,540,110원, 지방교육세 243,108,020원, 농어촌특별세 121,554,010원[위 지방교육세는

구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제260조의3,

제260조의4에 의하여 등록세 납세의무를 지는 자에 대하여 등록세액의 100분의 20에 해당하는 금액을 세액으로 부과하는 조세로서 등록세부과처분의 당부와, 위 농어촌특별세는

구 농어촌특별세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제5호,

제5조 제1항 제6호에 의하여 취득세 납세의무를 지는 자에 대하여 취득세액의 100분의 10에 해당하는 금액을 세액으로 부과하는 조세로서 취득세부과처분의 당부와 각 그 결론을 같이하므로, 이에 관하여는 별도로 언급하지 아니한다.] 및 취득세등록세 감면부분에 관한 농어촌특별세 271,956,480원(＝취득세 감면세액 679,891,220원 × 20% ＋ 등록세 감면세액 679,891,220원 × 20%, 위 농어촌특별세는

구 농어촌특별세법 제3조 제1호,

제5조 제1항 제1호에 의하여 구 지방세법에 의하여 취득세등록세의 감면을 받는 자에 대하여 취득세등록세 각 감면세액의 100분의 20에 해당하는 금액을 세액으로 부과하는 조세이다)을 부과하였다(위 취득세, 등록세, 지방교육세 및 각 농어촌특별세를 모두 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2009. 9. 18. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2010. 10. 12. 기각 결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 4, 5, 6, 7호증, 을 1호증의 1, 2, 을 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

원고는, 이 사건 부동산 중 일부를 임대한 것은

지역신용보증재단법 제17조 제1호의 기본재산의 관리업무 또는 적어도

제7호의 기본재산의 관리업무에 부수되는 업무에 해당하므로, 이 사건 임대부분 역시

구 지방세법 제7조 제1항, 구 조례 제27조 제1항에 따라 취득세 및 등록세 면제대상에 해당한다고 주장한다.

이에 대하여 피고는,

지역신용재단보증법 제17조에서 임대 등 수익사업을 원고가 수행하는 업무로 규정하고 있지 아니한 점, 이 사건 임대부분의 면적이 이 사건 부동산 전체 면적의 64.13%에 해당하여 임대업을 기본재산의 관리에 부수되는 업무라고 볼 수 없는 점, 2009. 12. 31. 개정된 서울특별시 감면조례(이하 ‘신 조례’라 한다) 제24조 제1항에서는 임대용부동산을 취득세등록세 감면대상에서 제외한다는 취지를 명시하고 있는 점에 비추어 보면, 이 사건 임대부분은 지역신용보증재단법 제17조의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산에 해당하지 아니한다고 주장한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고는

서울 강남구 역삼동 679-5 소재 건물을 임차하여 본점으로 사용하고 있던 중, 차임을 절감할 목적으로 이 사건 부동산을 매수하여 본점 및 지점으로 사용하면서 남는 부분이 있으면 이를 임대하여 그 수익을 원고의 주요업무인 신용보증의 재원으로 사용하려는 계획을 수립하는 한편, 2009. 6. 22. 서울특별시에 대하여 위 임대업을 기본재산의 관리에 부수되는 업무로 승인하여 줄 것을 신청(이하 ‘이 사건 신청’이라 한다)하였다.

2) 이에 대하여 서울특별시장은 2009. 6. 30. 원고에게 효율적인 재산관리 및 위탁업무의 성실한 수행을 위하여 재단업무의 목적에 저촉되지 않는 범위 내에서 재단의 본점 및 지점의 건물에 한하여 원고의 임대업을

지역신용보증재단법 제17조 제7호의 기본재산의 관리에 부수되는 업무로서 승인하였다.

3) 이에 원고는 2009. 6. 30. 소외 회사와 사이에 이 사건 부동산에 관하여 매매대금 합계 940억 원(＝토지대금 48,786,000,000원 ＋ 건물대금 45,214,000,000원)으로 정하여 매매계약을 체결하였다.

4) 또한, 원고는 같은 날 소외 회사와 사이에 이 사건 부동산 중 소외 회사가 사용 중인 지상 2, 3, 4층 및 지하 1층, 지상 1층 일부를 기간은 2012. 7. 31.까지, 보증금은 1,147,080,000원, 차임은 매월 114,708,000원, 관리비는 매월 57,159,400원으로 정하여 소외 회사에게 임대하는 내용의 임대차계약을 체결하였고, 2009. 7. 7. 한국엠에스디 주식회사와 사이에 이 사건 부동산 중 위 회사가 임차하여 사용 중인 지상 8 내지 12층에 관하여 기존 임대차계약(기간 2011. 11. 14.까지, 보증금 993,937,000원, 차임 매월 108,156,000원, 관리비 매월 61,660,000원)을 그대로 유지하기로 하는 내용의 계약을 체결하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2, 3, 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

구 지방세법 제7조 제1항,

제9조는 지방자치단체는 공익상 기타의 사유로 인하여 과세를 부적당하다고 인정할 때에는 행정안전부장관의 허가를 얻어 당해 지방자치단체의 조례로 정하여 과세하지 아니할 수 있다고 규정하고 있고, 이에 따른 구 조례 제27조 제1항은 원고가

지역신용보증재단법 제17조 제1호부터

제7호까지의 규정에 따른 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되,

구 지방세법 제112조 제2항에 따른 과세대상은 면제대상에서 제외한다고 규정하고 있다. 한편,

지역신용보증재단법 제17조는 원고가 행하는 업무로

제1호에서 기본재산의 관리업무,

제7호에서 기본재산의 관리 등의 업무에 부수되는 업무로서 시도지사의 승인을 얻은 업무를 규정하고 있다.

원고가 이 사건 부동산 중 이 사건 임대부분을 임대한 것이 취득세 및 등록세 감면대상이 되는

지역신용보증재단법 제17조 제1호의 기본재산의 관리업무 또는

제7호의 기본재산의 관리업무에 부수되는 업무에 해당하는지에 관하여 살펴본다.

위 인정사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 기본적으로 이 사건 부동산을 본점 및 지점으로 사용하기 위하여 취득한 것으로 보이는 점, ② 서울특별시장은 2009. 6. 30. 원고의 이 사건 신청에 대하여

지역신용보증재단법 제17조 제7호에 따른 기본재산의 관리에 부수되는 업무로서 임대업을 승인하였고, 원고는 그와 같은 서울특별시의 승인내용을 신뢰하여 이 사건 매매계약을 체결하고 이 사건 임대부분을 소외 회사 등에 임대한 것으로 보이는 점, ③ 원고는 임대수익을 원고의 주요업무인 신용보증의 재원으로 조성하고자 하는 것으로,

지역신용보증재단법 제35조의6 제1항 제3호에서도 원고 중앙회의 신용보증을 위한 기본재산을 사업의 수익금 등으로 조성한다고 규정하고 있는 점, ④ 앞서 본 이 사건 부동산의 취득경위 등에 비추어 보면, 이 사건 임대부분의 면적이 이 사건 부동산 전체 면적의 64.13%에 해당한다는 사정만으로 원고가 이 사건 부동산을 임대 등 부동산의 운용수익을 주된 목적으로 취득하였다거나, 위 임대업이 기본재산의 관리에 부수되는 업무가 아닌 주된 수익업무로서 효율적인 재산관리 및 위탁업무의 성실한 수행을 위한 원고 재단업무의 목적에 저촉된다고 단정할 수는 없는 점, ⑤ 이 사건 부동산 취득 당시 시행 중이던 구 조례 제27조 제1항은

구 지방세법 제112조가 정한 취득세 중과대상을 취득세등록세의 감면대상에서 제외한다고 규정하였을 뿐, 신 조례 제24조 제1항에서와 같이 임대용부동산을 감면대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지 않은 점, ⑥ 신 조례 부칙 제3조의 ‘이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 감면하였거나 감면하여야 할 시세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’는 경과규정에 따라 신 조례의 시행(2010. 1. 1.) 후에 과세요건이 완성된 경우에도 유리한 종전 규정의 적용에 관한 납세의무자의 정당한 신뢰를 보호하기 위하여 종전 규정을 적용할 수 있다는 것이므로, 이 사건의 경우와 같이 신 조례 시행 전에 이미 과세요건이 완성된 경우에 구 조례 제27조 제1항 규정의 취지를 취득세등록세의 감면대상에서 임대용부동산을 제외하는 것으로 해석할 수는 없는 점 등을 종합하여 보면, 원고의 이 사건 부동산의 임대행위는

지역신용보증재단법 제17조 제7호가 규정한 기본재산의 관리업무에 부수되는 업무로서 시도지사의 승인을 얻은 것에 해당한다고 봄이 상당하므로, 이 사건 임대부분 역시 구 조례 제27조 제1항에 따른 취득세등록세의 면제대상에 해당한다고 할 것이다.

라. 소결

따라서 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 처분 중 이 사건 임대부분에 관한 취득세 1,215,540,110원, 등록세 1,215,540,110원, 지방교육세 243,108,020원 및 농어촌특별세 121,554,010원 부분은 위법하고, 취득세등록세 감면부분에 관한 농어촌특별세 271,956,480원 부분은 이 사건 부동산 중 이 사건 임대부분을 제외한 나머지 부분에 관한 취득세등록세 감면세액을 과세표준으로 하여 부과된 것이므로 적법하다고 할 것이다.

3. 결론

원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고 나머지 청구는 기각한다.