1. 처분의 경위

가. 원고는 2007. 9. 14. 소외 세계기독교통일신령협회로부터 서울 중교 장교동 1 소재 장교빌딩 1205호, 1206호(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 증여받아 취득한 후, 같은 날 이 사건 부동산이 원고가 수행하는 종교사업에 사용되는 부동산이라는 이유로 피고에 대하여 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호에 의한 비과세 신청을 하여 취득세, 등록세 등을 비과세 받았다.

나. 그 후 피고는, 2010. 7.경 이 사건 부동산의 사용현황에 대한 현장조사를 실시한 결과 원고가 이 사건 부동산을 사단법인 세계기독교통일신령협회, 남북통일운동국민연합, 세계평화교수협의회(이하 ‘이 사건 각 협회’라 한다)에 각 무상으로 임대하여 이 사건 각 협회가 이 사건 부동산을 사용하고 있음을 확인하고, 2011. 1. 12. 원고가 이 사건 부동산을 취득일로부터 3년 이내에 종교사업 용도에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로 원고에 대하여 구 「지방세법」제107조 제1호 단서, 제127조 제1항 제1호단서에 따라 취득세 62,133,130원(가산세 22,173,560원 포함), 등록세 24,982,720원, 농어촌특별세 6,213,300원, 지방교육세 4,676,850원(각 가산세 포함)을 부과하였다(위 취득세, 등록세, 지방교육세 및 농어촌특별세를 모두 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증의 1, 2, 갑 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 국내외 선교사업 등을 목적으로 설립된 종교재단으로서 원고의 목적사업을 수행하는 그 산하 섭리기관인 이 사건 각 협회에 무상의 임대차 방식으로 이 사건 부동산을 사용할 수 있도록 한 것일 뿐 이 사건 부동산을 임대사업에 사용한 것이 아니다. 따라서 이 사건 부동산은 원고의 목적사업인 종교사업에 직접 사용되고 있다 할 것이므로, 이와 다른 전제에 있는 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고는 1963. 10. 28. 세계기독교통일신령협회에서 실시하는 선교 및 교육사업을 지원보조하기 위하여 국내외 선교사업, 종교교육사업, 육영사업 등을 목적으로 설립된 재단법인이다.

2) 원고는 2007. 9. 14. 이 사건 부동산을 취득한 후, 같은 날 피고에게 이 사건 부동산을 고유 목적사업, 즉 예배당(1205호), 기도실(1206호)로 사용하기 위하여 취득한다는 내용의 이사회회의록을 첨부하여 앞서 본 바와 같이 비과세 신청을 하여, 취득세, 등록세 등을 비과세 받았다.

3) 피고 담당공무원이 2010. 7.경 이 사건 부동산의 사용현황에 대한 현장조사를 실시한 결과, 이 사건 부동산이 당시 이 사건 각 협회에 임대되어 이 사건 각 협회의 사무실로 사용되고 있음을 확인하였다. 원고와 이 사건 각 협회 사이에 체결된 각 임대차계약서에는 원고가 위 각 협회에 이 사건 부동산을 무상으로 임대한다는 내용이 기재되어 있다.

4) 원고의 정관 제4조에 의하면, 원고는 그 목적사업으로 국내외 선교사업(1호), 종교교육사업(2호) 외에 세계기독교통일신령협회(6호), 남북통일운동국민연합(10호)을 정하고 있다. 한편, 사단법인 세계기독교통일신령협회는 신앙강화 친교회 등을, 사단법인 남북통일운동국민연합은 남북통일 지도자 양성 등을, 사단법인 세계평화교수협의회는 평화를 위한 학술연구 등을 그 목적사업으로 정하고 있다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 3, 4호증의 각 1 내지 4, 갑 10호증의 1 내지 3, 갑 11호증, 을 1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

구 「지방세법」제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호, 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전문개정되기 전의 것) 제79조 제1항 제1호, 제94조 제1항에 의하면, 종교사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 부과하지 아니하고, 다만 취득ㆍ등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니한 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세ㆍ등록세를 부과한다고 규정하고 있으며, 구 지방세법 제260조의4에 의하면, 지방세법에 의한 등록세 납세의무자는 지방교육세를 납부할 의무를, 구 농어촌특별세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제5호에 의하면, 지방세법에 의한 취득세 납세의무자는 농어촌특별세를 납부할 의무를 각 부담한다고 규정하고 있다.

위 구 「지방세법」제107조 제1호및 제127조 제1항의 각 규정에서 비영리사업자가 당해 부동산을 ‘그 사업에 사용’한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 사용’의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 한다( 대법원 2002. 10. 11. 선고 2001두878 판결 등 참조).

위와 같은 법리에 비추어 원고가 이 사건 부동산을 ‘취득ㆍ등기일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우’에 해당하는지 여부에 관하여 보건대, 앞서 본 인정사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 취득세 및 등록세의 비과세신청을 하면서 이 사건 부동산의 용도를 예배당, 기도실로 신고하였음에도 이와 달리 이 사건 부동산을 이 사건 각 협회의 일반 사무실로 사용하도록 하고 있는 점, ② 비록 이 사건 각 협회가 실질적으로 원고의 재정적 지원을 받는 산하기관이라 하더라도, 별도의 법인인 이 사건 각 협회로 하여금 각 그 사무실로 사용하게 하는 것을 원고의 목적사업인 선교사업, 종교교육사업에 직접 사용하는 것으로 볼 수 없고, 이는 원고가 앞서 본 바와 같이 정관에 이 사건 각 협회의 운영을 사업내용으로 삼고 있고, 무상의 사용대차 방식으로 이 사건 부동산을 이 사건 각 협회에 제공하였다 하더라도 달리 볼 것은 아닌 점, ③ 이 사건 각 협회는 그 사업목적이 앞서 본 바와 같이 신앙강화 친교회, 남북통일 지도자 양성, 평화를 위한 학술연구에 있다 할 것이고, 이 사건 부동산 역시 그와 같은 사업을 수행하기 위한 일반 사무실로 사용하는 것에 불과할 뿐인 점 등을 종합하여 보면, 원고는 이 사건 부동산을 취득ㆍ등기일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하였다고 봄이 상당하므로, 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.