선교단체가 2006년에 대표자 명의로 취득(매매예약)한 사무실을 2008년에 이전등기하고 임대하여 수익용임이 입증되므로, 3년의 유예기간을 기다릴 필요 없이 바로 취득세 부과대상이 된다고 보아야 하므로 원고의 주장은 이유 없다. 그러나 과세표준에 대하여 원고가 신고한 가액보다 높은 시가표준액을 기준으로 부과한 처분은 잘못이 없지만 시가표준액을 산정시 감산특례 적용을 누락하였으므로 세액을 감액하여야 할 것이다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2008. 3. 7. 고양시 일산서구

주엽동 18자유프라자 804호 대지권 1498.3분의 20.558㎡ 및 건물 106.31㎡(이하 ‘804호 부동산’이라 한다), 위

자유프라자 805호 대지권 1498.3분의 16.955㎡ 및 건물 87.85㎡(이하 ‘805호 부동산’이라 한다)에 관하여 2008. 1. 10. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 원고는 2008. 2. 12. 804, 805호 부동산에 관하여

구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라 한다) 제107조 제1호 및

제127조 제1항 제1호에 의한 종교용 부동산으로 취득세 등을 비과세 받았다.

다. 피고는 2010. 4. 21. 및 2010. 7. 1. 현지조사 결과 805호 부동산이

주식회사 쏘노스페이스인터내셔날(이하 ‘소외 회사’라 한다)에게 임대되었음을 확인하고, 805호 부동산의 시가표준액 172,905,080원을 과세표준으로 하여 2010. 7. 14. 원고에게 취득세 4,572,990원, 농어촌특별세 457,290원, 등록세 4,572,990원, 지방교육세 845,430원(각 가산세 포함)을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2호증, 을 제4, 5, 7호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는 805호 부동산의 전 소유자인

송삼숙과 소외 회사 대표인

민영기 사이에 체결된 임대차계약을 승계한 것에 지나지 않으므로, 원고가

민영기에게 805호 부동산을 임대하였음을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 위법하고, 설령 피고가 원고에게 취득세 등을 부과한다 하더라도 구 지방세법 소정의 유예기간 3년이 경과한 2011. 3. 7.이 그 기준이 되어야 할 것이다.

(2) 원고는 804, 805호 부동산을 195,000,000원에 매수하였음에도, 피고는 805호 부동산의 시가표준액을 172,905,080원으로 과다 책정하여 원고에 대한 취득세 등을 산정한 위법이 있고, 「시가표준액이 시가보다 높은 건물의 시가반영 차등 감산특례(이하 ‘감산특례’라 한다)」 또한 적용하지 아니하였다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령의 기재와 같다.

다. 판 단

(1) 원고가

민영기에게 직접 805호 부동산을 임대하였는지 여부

살피건대, 을 제3, 4호증의 각 기재에 의하면, 805호 부동산을

민영기가 임차한다는 내용의 임대차계약서의 작성일자가 2008. 1. 4.로 되어 있는 사실, 위 임대차계약서상 임대인이 805호 부동산의 전 소유자인

송삼숙으로 기재되어 있는 사실,

송삼숙과 원고 사이의 매매계약서의 작성일자가 2008. 1. 10.로 되어 있는 사실은 인정된다.

그러나 갑 제3호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면,

송삼숙과 원고의 대표인

최요셉재규 사이에 805호 부동산에 관한 부동산 매매예약서가 2006. 2. 22. 이미 작성되어 있었던 사실, 위 매매예약서에 따르면 원고 명의로 직접 등기하기 위한 준비과정에 많은 시간이 소요되므로 일단 원고 대표 개인 명의로 매매예약서를 작성한 후 장차 원고 명의로 새로 매매계약서를 작성하고 소유권이전등기도 원고 명의로 하기로 한 사실, 위 매매예약 당시 작성된 임대인 변경 확인서에 따르면, 2006. 2. 22.분부터 805호 부동산에 관한 임대료 수납권리가 바로 새로운 소유자에게 이전되는 것으로 정해진 사실,

민영기의 2008. 1. 4.자 임대차계약서에 원고 대표가 계약대리인, 부동산가등기권자 자격으로 함께 날인한 사실, 위 임대차계약서에도 임대인이 원고로 변경될 것이 예정되어 있는 사실, 위 임대차계약서 작성 전 이미 원고가 사단법인

기독교국제선교협회의 회원단체로 인정받았고, 이를 증명하기 위한 2007. 12. 11.자 단체소속증명서에도 원고의 본부소재지가 ‘

자유프라자 804, 805호’로 되어 있는 사실, 2007. 12. 20.에는 원고가

고양세무서장으로부터 고유번호증도 부여받은 사실(위 고유번호증에도 원고의 소재지가

자유프라자 804, 805호로 되어 있다),

민영기와 사이에 임대차계약서가 작성된 후 일주일도 지나지 않은 2008. 1. 10. 원고 명의의 매매계약서가 새로 작성된 사실이 인정되는바, 위 인정사실에 비추어 보면, 805호 부동산에 관한 매매예약서가 작성될 당시에는 아직 원고 명의로 직접 등기를 마치기 위한 준비작업이 완료되지 않은 관계로 일단 원고 대표 명의로 매매예약서를 작성한 것이나, 위 매매예약과 동시에 805호 부동산에 관한 임대차계약 체결 권한은 이미 원고 측으로 이전되었고, 나아가 2007. 12.경부터는 원고가 사단법인

기독교국제선교협회의 회원단체로 인정받고, 고유번호를 부여받는 등 비법인사단으로서의 실체를 갖춰 직접 임대차계약을 체결하거나 부동산등기용 등록번호를 부여받을 수 있는 상태에 있었음에도, 비과세 혜택 등을 유지할 목적으로 전 소유자인

송삼숙 명의로 임대차계약서를 작성하고 원고 대표의 확인인만을 날인해 두었을 뿐, 실제

민영기와 사이에 임대차계약을 체결한 것은 원고라고 봄이 상당하다.

따라서 원고는 805호 부동산을 수익사업에 사용하였으므로, 3년의 유예기간을 기다릴 필요 없이 바로 취득세 부과대상이 된다고 보아야 하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

(2) 피고의 시가표준액 산정이 위법한지 여부

살피건대,

구 지방세법 제111조 제2항,

제130조 제2항에 따르면 신고가액이 시가표준액에 미달하는 때에는 시가표준액을 취득세 및 등록세의 과세표준으로 보도록 규정하고 있으므로, 피고가 원고의 신고가액보다 높은 시가표준액을 기준으로 하여 취득세 등을 부과하였다 하여 어떠한 위법이 있다고 볼 수 없고, 을 제4호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고 역시 취득신고 당시 805호 부동산의 시가표준액을 172,905,080원으로 기재한 사실이 인정된다.

다만, 피고가 805호 부동산의 시가표준액을 정함에 있어 감산특례의 적용을 누락하였음은 피고 또한 인정하는 바이고, 감산특례를 적용할 때 을 제12, 15호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 805호 부동산의 정당한 세액은 취득세 3,573,360원, 농어촌특별세 357,320원, 등록세 3,573,350원, 지방교육세 660,610원(각 가산세 포함)이 되므로, 이 사건 처분은 위 세액을 초과하는 범위에서 위법하여 취소되어야 한다1)1) 피고는 아직 감산특례를 적용하여 취득세액 등을 감액하는 추가 처분을 정식으로 행하지는 않은 것으로 보인다.

(위와 같이 감산특례를 적용하였음에도 남아있는 세액에 대하여는 원고가 취득세 등의 신고 납부 의무를 게을리 이행하게 된 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로, 위 잔존 세액 부분에 해당하는 가산세는 그대로 유지되어야 한다).

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.