상고이유를 판단한다.

1. 구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4 제1항은 "세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다"고 규정하고, 제2항은 "세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다"고 규정하면서, 제3호에서 재조사가 예외적으로 허용되는 경우 중 하나로 ‘2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’를 들고 있다.

구 국세기본법 제81조의4 제1항은 세무조사는 기본적으로 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서만 행하여져야 함을 규정한 것이고, 제2항은 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 재조사를 원칙적으로 금지하는 한편, 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 등의 예외적인 경우에는 재조사를 할 수 있도록 규정한 것이다. 이러한 관련 규정들의 문언과 체계 및 입법취지 등에 비추어 보면, 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에서 정한 재조사의 예외적인 허용사유인 ‘2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’란 하나의 원인으로 인하여 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이 발생한 경우를 의미한다고 해석함이 타당하다. 따라서 다른 사업연도에 발견된 것과 같은 종류의 잘못이 해당 사업연도에도 단순히 되풀이되는 때에는 이러한 재조사의 예외적인 허용사유에 해당한다고 볼 수 없다. 그런데 완결적인 하나의 행위가 원인이 되어 같은 잘못이 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 자동적으로 반복되는 경우는 물론, 하나의 행위가 그 자체로 완결적이지는 아니하더라도 그로 인해 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락의 원인이 되는 원칙이 결정되고, 이후에 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 그 내용이 구체화되는 후속조치가 이루어질 때에는, 이러한 후속조치는 그 행위 당시부터 예정된 것이므로 마찬가지로 하나의 행위가 원인이 된 것으로서 이에 해당한다고 볼 수 있다. 그리고 위법한 세무조사를 금지하고 세무조사권의 남용을 방지하고자 하는 구 국세기본법 제81조의4의 규정 취지에 비추어 보면, 재조사의 예외적인 허용사유는 재조사 개시 당시에 구비되어야 할 것이므로, 과세관청이 하나의 원인으로 인하여 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이 발생한 경우임을 뒷받침할 만한 구체적인 자료에 의하여 재조사를 개시한 경우에 비로소 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에 따른 적법한 재조사에 해당한다고 할 것이다.

2. 가. 원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 채택증거를 종합하여 다음과 같은 사실을 인정하였다.

(1) 원고는 2006 사업연도부터 2010 사업연도까지 원고의 등기이사 겸 이사회의장이자 원고의 주식 38.10%를 보유한 소외인에게 성과상여금 명목으로 각 9억 원, 15억 원, 18억 원, 19억 원, 19억 원(이하 이를 통틀어 ‘이 사건 성과상여금’이라 한다)을 각 지급하였다.

(2) 서울지방국세청장은 2008. 7. 14.부터 2008. 8. 8.까지 원고에 대한 2005 사업연도 법인사업자통합조사(이하 ‘제1차 세무조사’라 한다)를 하였는데, 당시 원고가 작성한 ‘세무조사반 요청서류’에 의하면 임원보수와 관련하여 2005 사업연도부터 2008 사업연도까지의 이사회회의록, 임원성과급규정 등이 제출된 것으로 기재되어 있다.

(3) 이후 서울지방국세청장은 2008. 8. 4. 원고에게 2003 내지 2007 사업연도 법인세 항목이 적출된 제1차 세무조사 결과를 통지하였으나, 소외인에게 지급된 성과상여금에 대해서는 별다른 조치를 취하지 아니하였다.

(4) 서울지방국세청장은 2011. 11. 8. 원고에 대한 2007 내지 2010 사업연도 법인제세 통합조사를 개시한 다음, 2012. 2. 14. 원고에게 그 조사범위에 2006 사업연도 중 일부를 포함하는 내용의 조사범위확대통지를 하고 2006 사업연도 법인제세 부분조사를 개시하였다(이하 위와 같이 이루어진 세무조사 가운데 2006, 2007 각 사업연도에 대한 세무조사 중 소외인에게 지급된 성과상여금에 관한 조사 부분을 ‘제2차 세무조사’라 한다).

(5) 서울지방국세청장은 2012. 3. 14. 원고에게, 이 사건 각 성과상여금은 지급기준 없이 지급된 잉여금 처분이므로 손금에 산입될 수 없다는 내용이 포함된 조사결과를 통지하였고, 이에 피고는 이 사건 성과상여금을 손금에 불산입하는 등 그 조사결과에 따른 내용을 반영하여 원고의 2006 내지 2010 사업연도의 법인세를 각 증액경정하였다.

나. 그런 다음 원심은, ⓛ 제1차 세무조사에서 2003 사업연도 이후의 주주명부 등이 이미 제출된 바 있고, 원고가 제출한 ‘세무조사반 요청서류’에 따르면 임원보수와 관련하여 2005 사업연도부터 2008 사업연도까지의 이사회의사록, 임원성과급규정이 제출된 것으로 기재되어 있는 점, ② 제1차 세무조사에서 원고의 2006, 2007 사업연도 법인세 항목이 적출된 바 있는데, 제2차 세무조사에서 다시 2006 사업연도 부분조사 및 2007 사업연도 전부조사가 실시된 점 등을 고려하면, 제2차 세무조사는 재조사에 해당한다고 판단하였다.

이어 원심은, 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에서 정한 ‘2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’란 어떠한 잘못이 2개 이상의 사업연도와 모두 관련되어 있으면서 그와 같은 잘못이 하나의 원인행위에서 비롯하여 2개 이상의 사업연도에 계속되는 경우를 의미한다고 전제한 다음, ① 비록 원고의 이사회가 2005. 11. 8. ‘당기순이익이 발생하는 경우 소외인에게 매년 백화점 및 호텔 임대수입의 10% 이내에서 성과상여금을 지급하되, 그 지급시기 및 금액 등은 매년 이사회에서 정한다’고 결의하기는 하였으나, 위 결의만으로는 소외인에게 매년 지급될 성과상여금의 구체적인 액수 및 그 지급여부에 관한 의사결정이 이루어졌다고 보기 어려운 점, ② 원고가 2006, 2007 각 사업연도에 소외인에게 지급한 각 성과상여금은 각 해당 연도에 개최된 주주총회 및 이사회에서 그 지급여부와 구체적인 지급액수가 정하여진 점 등에 비추어 보면, 이 사건 성과상여금을 손금에 산입한 것은 ‘2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’에 해당하지 아니한다는 이유로, 제2차 세무조사에 재조사의 예외적 허용사유가 있다는 피고의 주장을 배척하였다.

3. 가. 이러한 원심의 판단 중 제2차 세무조사가 재조사에 해당하지 아니한다는 취지의 피고의 상고이유 주장은, 결국 사실심인 원심의 전권사항에 속하는 증거의 취사선택이나 사실인정을 탓하는 것에 불과하여 적법한 상고이유가 될 수 없고, 나아가 원심의 판단을 기록에 비추어 살펴보더라도 거기에 상고이유 주장과 같이 논리와 경험의 법칙을 위반하여 자유심증주의의 한계를 벗어나는 등의 위법이 없다.

나. 그러나 제2차 세무조사가 예외적으로 허용되는 재조사에 해당하지 아니하여 위법하다는 원심의 판단은 다음과 같은 이유로 수긍하기 어렵다.

원심판결 이유 및 원심이 적법하게 채택한 증거들에 의하면, ① 원고는 부동산임대업 등을 영위하는 법인으로 원고 발행 주식 대부분을 원래는 소외인이 보유하고 있었지만, 원고의 자금사정 악화로 인하여 그 주식 일부가 매각되어 2006년 무렵부터 2010년 무렵까지 통일교 관련단체인 Meteor Limited, Winova JV Ltd, Great River Technology Ltd, Intersian Digital Technology Ltd 등 4개 법인이 원고 발행 주식의 60.02%를, 소외인이 38.10%를 각 보유하고 있었던 사실, ② 원고는 2003 사업연도까지 순손실이 발생하였으나 신세계백화점과 메리어트호텔 등을 임차인으로 유치하는 등 그 영업이 정상화됨에 따라 2005 사업연도의 당기순이익이 260억 9,200만 원으로 급증한 사실, ③ 2005. 11. 8. 개최된 원고의 이사회에서 ‘소외인이 창업주로서 건물을 분양하지 않고 임대시설로 유지하여 지속적인 수익가능모델을 만드는 데 일익하였고, 대형 임차인의 유치와 수수료율 인상 등 수익구조 개선에 크게 기여하였으며, 이사회의장으로서 조달자금의 금리인하와 절세방안을 제시하는 등 경영상 업적이 지대한 점을 감안하여, 향후 당기순이익이 발생하는 경우에 한하여 매년 임대수입의 10% 이내에서 성과상여금을 지급한다. 지급시기 및 금액 등은 원고의 여건, 자금사정 등을 고려하여 매년 이사회에서 정한다’는 내용의 이사회결의가 이루어진 사실, ④ 2006 내지 2010 각 사업연도에 원고의 당기순이익으로 각 243억 5,600만 원, 213억 200만 원, 243억 5,700만 원, 282억 8,600만 원, 373억 2,100만 원이 발생하자, 원고는 해당 사업연도에 소외인에게 백화점 및 호텔의 임대수입의 10% 이내의 범위에서 각 9억 원, 15억 원, 18억 원, 19억 원, 19억 원의 이 사건 성과상여금을 지급하는 한편, 다른 대주주인 통일교 관련단체에는 각 해당 사업연도 기간 동안 그 관련단체에 기부금 및 광고선전비 명목으로 17억 3,300만 원, 28억 원, 30억 원, 36억 원, 38억 2,900만 원을 각 지급한 사실, ⑤ 이러한 성과상여금과 기부금 등은 당시 원고의 지분율에 따라 배분된 것으로, 원고는 임원 상여금의 지급기준과 산정근거에 관한 규정을 별도로 두고 있지 않아 대표이사가 임의로 판단하여 상여금을 책정하였으며, 소외인에게는 다른 임원들과도 차등을 두어 성과상여금을 지급한 사실 등을 알 수 있다.

이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 2006 내지 2010 각 사업연도에 이 사건 성과상여금을 지급한 것은 원고의 창업주이자 이사회의장의 지위에 있었던 소외인에게 매년 임대수입의 10% 이내에서 상여금을 지급하기로 한 2005. 11. 8.자 이사회결의에 기초한 것이고, 이러한 이사회결의는 그 내용 및 전후 경과에 비추어 보면 별다른 지급기준도 없이 실질적으로 잉여금 처분을 위한 분배금을 매년 소외인에게 지급하면서도 명목상으로만 손금산입대상이 되는 상여금의 형식을 갖추기로 한 것으로 볼 수 있으며, 비록 소외인에게 지급될 구체적인 성과상여금의 액수 등은 해당 사업연도별로 개최되었던 주주총회와 이사회 등에서 확정되었다고 하더라도 이는 소외인과 통일교 관련단체가 원고 지분의 98% 이상을 차지하고 있는 상황 등을 감안할 때 앞서 2005. 11. 8.자 이사회결의에서 성과상여금을 지급하기로 결정한 후 그 당시 예정한 바대로 각 사업연도별로 후속절차로서 이루어진 것으로서 그와 함께 이 사건 성과상여금의 지급원인이 되었다고 봄이 상당하므로, 이러한 사정에 근거하여 이루어진 재조사는 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에서 예외적으로 허용하고 있는 재조사에 해당한다고 볼 여지가 있다.

다. 그렇다면 원심으로서는 서울지방국세청장이 위와 같은 사정을 뒷받침할 만한 구체적 자료에 의하여 제2차 세무조사를 개시한 것인지 또는 그와 무관하게 아무런 예외적인 허용사유 없이 재조사를 개시한 것은 아닌지 등에 관하여 나아가 심리한 후 제2차 세무조사가 위법한지 여부를 판단하였어야 했다. 그런데도 원심은 그 판시와 같은 사정만을 들어 제2차 세무조사가 예외적으로 허용되는 재조사에 해당하지 아니한다고 단정하고 그에 따른 과세처분이 위법하다고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에 정한 ‘2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’의 해석 등에 관한 법리를 오해한 나머지 필요한 심리를 다하지 아니하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 피고의 상고이유 주장은 이유 있다.

4. 그러므로 원심판결 중 피고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2014. 4. 9. 선고 2013누23852 판결】

【주문】 처분청일부패소

1. 제1심판결 중 2006 사업연도 및 2007 사업연도의 각 법인세(가산세 포함) 부분을 취소한다.

2. 피고가 원고에게 한, 2012. 3. 2.자 2006 사업연도 법인세 368,603,690원(가산세 포함)의 부과처분과 2012. 4. 2.자 2007 사업연도 법인세 787,229,940원(가산세 포함)의 부과처분 중 225,668,940원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

3. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

4. 소송총비용 중 70%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【이유】

1. 제1심판결을 인용하는 부분

이 법원이 설시할 이유 중 ‘처분의 경위’, 이 사건 처분의 적법 여부 중 ‘관계법령’, ‘인정사실’ 부분은 제1심판결서 2쪽 9행부터 3쪽 9행까지, 4쪽 20행부터 17쪽 5행까지의 각 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 각 인용한다.

2. 새로 고쳐 쓰는 부분

가. 원고의 주장 요지

1) 재조사의 예외적 허용사유에 관한 주장

원고가 2006 사업연도 및 2007 사업연도에 관하여 소외 1에게 지급한 성과상여금은 각 사업연도별로 별도로 정하여진 것이기 때문에, 재조사의 예외적 허용사유인 ‘2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’에 해당한다고 볼 수 없다.

2) 성과상여금에 관한 주장

소외 1에 대한 성과상여금은 소외 1의 경영성과를 반영하여 이사회결의에서 정해진 급여지급기준에 따라 지급된 점, 소외 1은 지배주주가 아닌 점 등을 고려할 때, 성과상여금 전액을 손금산입하여야 하는데도, 이익처분에 의한 상여임을 전제로 전액 손금불산입하여 이루어진 법인세 부과처분은 위법하다.

3) 용역비에 관한 주장

원고와 주식회사 비앤에스디포(이하 ‘비앤에스디포’라 한다)와의 계약에서 물가변동 등으로 추가비용이 소요되거나 감액되는 때에는 계약금액을 조정할 수 있고 일정한 기업이윤도 보장하도록 정하였는바, 원고는 비앤에스디포와의 용역계약에 규정된 원고의 의무를 이행하기 위하여 비앤에스디포에게 발생한 인건비 증가분과 누적된 손실금액 중 일부를 보전해 준 것으로서, 이는 특수관계자에게 자금을 지원한 것이 아니고 경제적 합리성이 있는 지출에 해당하여 손금산입함이 타당하다.

나. 판단

1) 재조사의 예외적 허용사유에 관한 주장에 대한 판단

가) 재조사의 해당 여부

(1) 관련 법령

구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것) 제81조의4 제2항에서는 ‘세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다’고 규정하면서 그 각 호에서 ‘1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 3. 2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우, 4. 제65조 제1항 제3호(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의 결정에 따라 조사를 하는 경우, 5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우’를 들고 있고, 제81조의11에서는 ‘세무조사는 특정한 세목만을 조사할 필요가 있는 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 납세자의 사업과 관련하여 세법에 따라 신고·납부의무가 있는 세목을 통합하여 실시하는 것을 원칙으로 한다’고 규정하고 있다.

(2) 판단

위 인정사실에서 살핀 바와 같이, ① 원고는 1차조사에서 2003 사업연도 이후의 주주명부, 이사회회의록, 주주총회결의서를 피고에게 이미 제출하였던 점, ② 원고가 제출한 ‘세무조사반 요청서류’에 임원 보수와 관련하여 2005 사업연도부터 2008 사업연도까지의 이사회의사록, 임원성과급규정을 제출한 것으로 기재되어 있고, 소외 2의 진술 또한 이에 부합하고 있는 점, ③ 1차조사에서 2006 사업연도 및 2007 사업연도 법인세 항목이 적출되었는데, 2차조사에서 다시 2006 사업연도에 대한 부분조사 및 2007 사업연도에 대한 전부조사를 실시하였던 점 등에 비추어 보면, 2차조사는 재조사에 해당한다.

나) 재조사의 예외적 허용사유 해당 여부

(1) ‘2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’의 의미

세무조사는 기본적으로 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서 행하여져야 하고, 더욱이 동일한 세목 및 과세기간에 대한 재조사는 납세자의 영업의 자유 등 권익을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 과세관청에 의한 자의적인 세무조사의 위험마저 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있는 점, 재조사를 금지하는 입법 취지에는 납세자의 실질적인 권익보호뿐만 아니라 세무조사 기술의 선진화를 유도하기 위한 것도 포함되어 있다고 보이는 주1)점 등에 비추어 보면, 재조사가 허용되는 예외사유를 해석함에 있어서는 그 범위를 제한적으로 해석하는 것이 타당하다.

이러한 관점에서 본다면, 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에서 정한 ‘2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’란 단순히 사업연도마다 같은 종류의 잘못이 반복되고 있어서 어느 사업연도의 잘못을 시정하는 기회에 다른 사업연도의 잘못도 함께 시정할 수 있는 경우를 말하는 것이 아니라, 어떠한 잘못이 2개 이상의 사업연도와 모두 관련되어 있으면서 그와 같은 잘못이 하나의 원인행위에서 비롯하여 2개 이상의 사업연도에 계속되는 경우를 말하는 것이라고 보아야 한다.

(2) 판단

위 인정사실에 의하면, 원고의 이사회는 2005. 11. 8. ‘당기순이익이 발생하는 경우 소외 1에게 매년 백화점 및 호텔 임대수입의 10% 이내에서 성과상여금을 지급하되, 그 지급시기 및 금액 등은 매년 이사회에서 정한다’고 결의한 후, ① 2006. 3. 3. 개최된 이사회와 2006. 3. 22. 개최된 주주총회에서 임원보수 한도를 30억 원으로 정하고, 2006. 4. 20. 개최된 이사회에서 소외 1에 대한 성과상여금을 9억 원으로 정하였으며, ② 2007. 3. 6. 개최된 주주총회와 2007. 3. 16. 개최된 이사회에서 임원보수 한도를 50억 원으로 정하였다가, 2007. 5. 15. 개최된 이사회에서 임원 성과상여금 한도를 19억 원으로 정하고, 2007. 5. 22. 개최된 이사회에서 소외 1에 대한 성과상여금을 15억 원으로 정하였음을 알 수 있다.

위와 같이 ① 비록 원고의 이사회가 2005. 11. 8. 소외 1에 대한 성과상여금의 한도를 정해두기는 하였으나, 이는 ‘백화점 및 호텔 임대수입의 10% 이내’라는 내용에 불과하여 이와 같은 이사회 결의만으로는 매년 소외 1에게 지급할 성과상여금의 구체적인 액수 및 그 지급 여부에 관한 의사결정이 이루어졌다고는 보기 어려운 점, ② 원고가 소외 1에게 2006 사업연도 및 2007 사업연도에 지급하였던 성과상여금은 각 연도별로 개최되었던 주주총회 및 이사회에 의하여 비로소 그 지급 여부와 금액이 구체적으로 정하여졌던 점 등에 비추어 보면, 2006 사업연도 및 2007 사업연도에 소외 1에게 지급된 성과상여금은 각 연도별로 행해졌던 주주총회 및 이사회의 결의에 기한 것이라 할 것이고, 그와 같은 주주총회와 이사회 결의가 각 연도별로 별도로 행해진 이상 이를 들어 하나의 원인행위에서 비롯하였다고 보기는 어렵다.

따라서 원고가 2006 사업연도 및 2007 사업연도에 각 별도의 주주총회와 이사회를 거쳐 소외 1에 대한 각 성과상여금을 확정하여 지급한 것은 ‘2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’에 해당한다고 볼 수 없어 재조사의 예외적 허용사유에 해당한다고 볼 수 없고, 피고가 2차조사에서 이에 대하여 재조사를 한 후 2006 사업연도 및 2007 사업연도의 각 법인세(가산세 포함)를 부과한 것은 위법하다 할 것이므로, 원고의 이 부분에 관한 주장은 이유 있다.

2) 성과상여금에 관한 주장에 대한 판단

이하에서는 2008, 2009, 2010 사업연도의 각 법인세 부분에 대하여만 살피기로 한다.

위 인정사실에서 살핀 바와 같이, ① 원고의 주주총회 및 이사회는 임원보수한도만을 정하였을 뿐 임원의 성과상여금의 구체적인 액수를 정하지는 아니하였고, 이사회는 대표이사에게 성과상여금의 개별적·구체적인 지급기준이나 성과평가방법을 정함이 없이 지급을 위임하였으며, 대표이사는 구체적인 지급사유나 성과평가에 관한 근거자료 없이 소외 1의 성과상여금을 결정하였던 점에 비추어 보면, 원고는 급여지급기준이 없이 소외 1에게 성과상여금을 지급하였다고 보아야 할 것인 점, ② 소외 1의 경영성과를 뒷받침할 만한 객관적인 자료가 부족한 반면, 원고는 소외 1의 성과상여금, 통일교 관련 단체 기부금 및 광고선전비 한도를 대주주 지분율에 근거하여 함께 검토·책정하여 지급하였던 주2)점에 비추어 보면, 원고는 대주주간 이익배분을 도모하기 위하여 그 지분율에 따라 성과상여금을 지급하였다고 보이는 점, ③ 소외 1에 대한 성과상여금은 당기순이익 발생연도에만 지급되었는데, 당기순이익은 주주총회를 거쳐 이익잉여금으로 대체되는 항목이고, 2010 사업연도까지 성과상여금 이외에 소외 1에게 배당이 이루어지지는 않았으며, 원고의 성과상여금 중 90%는 소외 1에게 지급된 점 등을 종합하면, 소외 1에 대한 성과상여금은 잉여금 처분의 상여에 해당한다고 봄이 상당하다.

따라서 소외 1에 대한 성과상여금을 손금불산입하여 이루어진 법인세 부과처분은 적법하므로, 이 부분에 관한 원고의 주장은 이유 없다.

3) 용역비에 관한 주장에 대한 판단

위 인정사실에서 살핀 바와 같이, ① 비앤에스디포와의 계약상 용역비는 정액으로 약정되는 것이고, 원고는 단지 비앤에스디포가 물가변동 등을 이유로 계약금액의 조정을 요구하는 경우 이에 응하여 계약금액을 조정하는 정도의 의무만을 부담할 뿐 비앤에스디포의 결손금을 보전해야 할 의무가 있다고는 보이지 않는 점, ② 비앤에스디포는 원고로부터 출자를 받고 원고와의 사이에 터미널관리를 위탁받은 법인인데, 비앤에스디포와는 별도의 법인격을 갖고 있는 원고가 비앤에스디포의 결손금을 보전하여 주는 것이 사회통념이나 상관행에 부합한다고는 보이지 않는 점 등에 비추어 보면, 원고는 비앤에스디포에 대한 용역비를 지급한다는 명목으로 부당한 자금지원행위를 하였다고 봄이 상당하다. 따라서 원고가 비앤에스디포에게 지급한 용역비를 손금불산입하거나 매입세액 불공제하여 이루어진 법인세 부과처분 및 부가가치세 부과처분은 적법하므로, 이 부분에 관한 원고의 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구 중 피고가 원고에게 한 2012. 3. 2.자 2006 사업연도 법인세 368,603,690원(가산세 포함)의 부과처분과 2012. 4. 2.자 2007 사업연도 법인세 787,229,940원(가산세 포함)의 부과처분 중 225,668,940원을 초과하는 부분의 취소 청구는 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 이와 결론을 일부 달리한 제1심판결 중 2006 사업연도 및 2007 사업연도의 각 법인세(가산세 포함) 부분에 관한 원고의 항소를 받아들여 이를 취소하고, 원고의 나머지 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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주1) 대법원 2010. 12. 29. 선고 2008두10461 판결 참조

주2) 지분율과 성과상여금 지급비율의 일부 차이는 소외 1과 지배주주의 상호양해에 의하여 용인되었다.

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【하급심-서울행정법원 2013. 6. 28. 선고 2012구합34594 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2006 사업연도부터 2010 사업연도까지 (등기이사 겸 이사회의장이고, 38.1%의 주식을 보유한) 신BBBB에게 아래 <표1> 기재와 같이 성과상여금을 지급하였다. 원고는 (원고로부터 33.3%를 출자받고, 터미널관리를 위탁받은) 주식회사 CCCCC디포(변경전 상호: CCCCC맨파워, 이하 ‘CCCCC’이라 한다)에게 2008년 상반기 임금인상분 및 손실 보전 명목으로 용역비 599,550,000원을 지급하였다.

( <표1> 신BBBB 성과상여금 지급내역 생략 )

나. 피고는 원고에게 "신BBBB의 성과상여금은 지급기준 없이 지급된 잉여금 처분이다. CCCCC의 용역비는 용역 제공과 무관한 자금지원의 부당행위이다."는 이유로, 각 손금불산입하고, CCCCC의 용역비를 매입세액 불공제하여, ① 2012. 3. 2. 2006 사업연도 법인세 0000원(가산세 포함), ② 2012. 4. 2. 2007 사업연도 법인세 0000원(가산세 포함), 2008 사업연도 법인세 0000원(가산세 포함), 2009 사업연도 법인세 00000원, 2010 사업연도 법인세 0000원(가산세 포함), 2008년 제1기분 부가가치세 0000원(가산세 포함)을 각 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

다. 원고는 2012. 5. 15. 심사청구를 제기하였으나, 2012. 7. 20. 국세청장으로부터 기각결정을 받았다.

[인정근거] 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 세무조사의 위법성에 관하여

(가) 중복조사 및 예외적 허용사유에 관하여

2006 사업연도 및 2007 사업연도에 신BBBB에게 지급된 성과상여금은 중복조사되었고, 중복조사의 예외적 허용사유에 해당하지 아니하므로, 성과상여금을 손금불산입하여 이루어진 2006 사업연도 및 2007 사업연도 법인세 부과처분은 위법하다.

(나) 조사범위확대통지에 관하여

(중복조사의 예외적 허용사유에 해당한다 하더라도) 2006 사업연도로 조사범위를 확대하면서 확대사유와 범위를 통지하지 아니하였으므로, 2006 사업연도 법인세 부과처분은 위법하다.

(2) 성과상여금에 관하여

이익처분이 아니라 이사회결의에서 정해진 급여지급기준에 따라 지급된 점, 신BBBB의 경영성과를 반영한 점, 신BBBB는 지배주주가 아닌 점 등을 고려할 때, 성과상여금 전액을 손금산입하여야 하는데도, 이익처분에 의한 상여임을 전제로 전액 손금불산입하여 이루어진 법인세 부과처분은 위법하다.

(3) 용역비에 관하여

① 계약상 인건비를 비롯한 공과잡비를 부담하고, 기업이윤보장을 위하여 손실을 보전해 줄 의무가 있으므로, 용역비는 임금협상 지연에 따른 임금인상분 및 누적된 손실 중 일부를 보전한 것이고, ② (계약상 의무가 없더라도) 인건비 증가분 보전은 인력파견 및 관리업체의 일반적인 거래관행인 점, CCCCC의 용역은 원고의 사업수행에 필수적인 점, 임금 인상이나 물가 상승으로 비용 지출이 늘었는데도, 낮은 요율의 용역비를 정액으로 지급받았기 때문에 CCCCC의 누적손실이 발생한 점, 손실보전액은 과거에 적게 지급하였던 용역비를 물가 상승 및 임금 인상 수준에 맞추어 지급한 것이므로 매년 실비정산한 것과 동일한 점, CCCCC의 노동조합에서 노동쟁의를 할 경우 발생하는 추가비용(원고의 사업 방해, 다른 용역업체를 물색하거나 직접 용역을 수행함에 따른 거래비용), CCCCC이 파산할 경우 출자자로서의 손실 뿐만 아니라 원고의 영업에 큰 타격이 발생하는 점 등을 고려할 때, 누적손실 중 일부를 보전한 것에 경제적 합리성이 있으므로, 용역비 지급이 용역 제공과 무관한 특수관계인에 대한 자금지원의 부당행위임을 전제로 손금불산입하고 매입세액 불공제하여 이루어진 법인세 부과처분과 부가가치세 부과처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 세무조사 관련

(가) ① 원고는 2008. 7. 3. 서울지방국세청장으로부터 아래와 같이 세무조사 사전통지를 받았다(이하 ‘1차조사’라 한다). 이에 첨부된 ‘세무조사 준비사항 안내’에 2003년 이후 주주명부, 이사회회의록, 주주총회결의서를 제출하도록 되어 있다.

② 원고는 2008. 8. 4. 서울지방국세청장으로부터 1차조사결과통지를 받았는데, 이에 첨부된 조사항목별 적출내역은 아래 <표2> 기재와 같다.

( <표2> 적출항목 생략 )

③ 원고가 이 법원에 제출한 ‘세무조사반 요청서류’에 아래와 같이 기재되어 있다.

(나) ① 서울지방국세청창은 원고에게, 2007 사업연도 내지 2010 사업연도 법인제세 통합조사 사전통지 후(이하 ‘2차조사’라 한다), 2012. 2. 14. 아래와 같이 조사범위확대통지를 하고, 원고로부터 수령증을 교부받았다.

② 원고는 2012. 3. 14. 서울지방국세청장으로부터 2차조사결과통지를 받았다.

(다) 김DDDD은 이 법원에서 아래와 같이 진술하였다.

(생략)

(2) 성과상여금 관련

(가) 임원 성과상여금 지급내역

원고가 임원에게 지급한 성과상여금은 아래 <표3> 기재와 같다.

( <표3> 임원 성과상여금 지급내역 생략 )

(나) 주주현황

2006 사업연도부터 2010 사업연도까지 원고의 주주현황은 아래 <표4> 기재와 같다. 신BBBB 지분을 제외한 나머지 지분의 소유자는 EEEE 관련 단체이다

( <표4> 주주현황 생략 )

(다) 대주주별 지급내역

원고가 신BBBB에게 지급한 성과상여금, EEEE 관련 단체에 지급한 기부금 및 광고선전비는 아래 <표5> 기재와 같다.

( <표5> 대주주별 지급내역 생략 )

(라) 임원 성과상여금 등 지급근거

1) 원고의 정관 제35조 제1항은 "전체 임원의 보수한도는 주주총회의 결의로서 정하고, 개별 임원의 보수는 이사회 의결로 정한다"고, 원고의 이사회운영규정 제15조는 "이사회의 결의를 거쳐야 할 사항 중 법령 또는 정관에 정한 것을 제외하고는 이사회의 결의로써 대표이사에게 그 결정을 위임할 수 있다"고 각 규정하고 있다.

2) 원고의 이사회는 2005. 11. 8. "신BBBB는 창업주로서 건물을 분양하지 않고 임대시설로 유지하여 지속적인 수익가능모델을 만드는 데 일익한 점, 수익의 큰 부분을 차지하는 신세계백화점과 메리어트호텔 유치, 신세계백화점 임대면적 추가제공 및 수수료율 인상으로 인한 수익구조 개선 등의 장기적·지속적인 손익개선에 크게 기여한 점, 이사회 의장으로서 주도적으로 자금조달시 금리인하 유도, 지방세 절세방안 제시 등 경영상 업적이 지대한 점을 감안하여, 당기순이익이 발생하는 경우에 한하여 매년 백화점 및 호텔 임대수입의 10% 이내에서 성과상여금을 지급한다. 지급시기 및 금액 등은 원고의 여건, 자금사정 등을 고려하여 매년 이사회에서 정한다."고 결의하였다.

3) 원고의 주주총회 및 이사회는 전체 임원 성과상여금의 한도만을 정하고, 이사회는 그 집행시기, 대상, 배분 기준을 대표이사에게 위임하였다.

4) 원고의 주주총회 및 이사회에서 아래 <표6> 기재와 같이 임원의 보수 및 성과상여금, 기부금에 관하여 결의하였다.

( <표6> 주주총회 및 이사회결의 생략)

5) 원고의 내부문서인 ‘사별성과급지급현황’에 2006 사업연도 및 2007 사업연도 신BBBB 성과상여금 지급기준은 지분율로 기재되어 있다. 원고의 경영기획팀에서 기안한 2008. 3. 27.자 ‘기부금/성과급 한도 설정 검토’에 아래와 같이 기재되어 있다.

6) 원고의 내부문서인 ‘대주주 주식수 및 성과·기부금 배분율’에 아래와 같이 기재되어 있다.

7) 원고는 기부금 및 성과상여금 지출내역을 함께 집계·관리하였다.

(마) 원고의 재무현황

1) 원고의 사업장인 서울 서초구 OO동 소재OOO터미널에 OOO백화점 및 OOOO호텔을 유치함에 따른 당기순이익은 아래 <표7> 기재와 같다.

( <표7> 당기순이익 생략 )

2) 원고는 2004 사업연도부터 순이익이 발생되었고, 주주들에게 2011. 2.경 000원, 2012. 2.경 0000원을 현금배당하였다.

(바) 신BBBB의 급여

원고가 신BBBB에게 지급한 급여내역(상여금은 없다)은 아래 <표8> 기재와 같다.

( <표8> 신BBBB 급여내역 생략 )

(사) 김DDDD 등 진술

1) 김DDDD은 세무조사에서 아래와 같이 진술하였다. 김DDDD은 이 법원에서 아래와 같이 진술하였다.

2) 이FF은 세무조사에서 아래와 같이 진술하였다.

(3) 용역비 관련

(가) 원고는 CCCCC과 아래 <표9> 기재와 같이 ‘리DDDD버스운행용역계약’ 및 ‘터미널관리운영도급계약’을 체결하였다.

( <표9> 계약내역 생략 )

(나) ‘리DDDD버스운행용역계약’ 및 ‘터미널관리운영도급계약’의 각 내용은 아래와 같다.

(다) CCCCC은 2008. 4. 16. 원고에게 아래와 같이 공문을 발송하였다.

(라) 원고의 2008. 6. 24.자 ‘결손금 보전계획서’에 아래와 같이 기재되어 있다.

(마) 원고는 2008. 6. 30. CCCCC으로부터 "품목: 2008년도 매표대행용역비 소급분, 공급가액: 000원, 부가가치세액: 000원"으로 기재된 세금계산서를 교부받았다.

(바) CCCCC의 수입금액 및 순이익 현황은 아래 <표10> 기재와 같다.

( <표10> CCCCC의 재무현황 생략 )

(사) 원고는 2012. 7. 31. 주식회사 GG이앤씨와 아래와 같이 ‘AAAA시티 오/중수 처리시설 관리대행도급계약’을 체결하였다. 원고는 2012년경 상호불상의 회사(이하 ‘수탁회사’라 한다)와 아래와 같이 ‘미화관리도급계약’을 체결하였다.

[인정근거] 갑 제3 내지 15호증, 을 제3 내지 28호증(가지번호 포함)의 각 기재, 증인 김DDDD의 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 세무조사의 위법성에 관하여

(가) 중복조사 및 예외적 허용사유에 관하여

1) 중복조사의 해당성

국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의3은 납세자가 제출한 신고서 등이 진실한 것으로 추정하고 있는 점, 국세기본법 제81조의11은 특정한 세목만을 조사할 필요가 있는 경우[동 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24366호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조의12는 ① 세목의 특성, 납세자의 신고유형, 사업규모, 세금탈루 혐의 등을 고려하여 특정 세목만을 조사할 필요가 있는 경우, ② 조세채권의 확보 등을 위하여 긴급히 조사할 필요가 있거나 혐의 내용이 특정 사업장, 특정 항목 또는 특정 거래에만 한정되어 그와 관련된 특정 세목만을 조사할 필요가 있는 경우, ③ 그 밖에 세무조사의 효율성, 납세자의 편의 등을 고려하여 특정 세목만을 조사할 필요가 있는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우로 한정하고 있다]를 제외하고는 세목을 통합하여 실시하는 것을 원칙으로 정하고 있는 점, 국세기본법 제81조의4 제2항은 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 "① 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, ② 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, ③ 2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우, ④ 제65조 제1항 제3호에 따른 필요한 처분의 결정에 따라 조사를 하는 경우, ⑤ 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우"에만 재조사를 할 수 있다고 제한한 점 등을 고려할 때, 세무조사는 통합조사를 하여야 하고, 예외적으로 특정 세목만을 조사할 수 있으며, 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여는 법에서 정한 예외적 사유가 있어야만 재조사를 할 수 있다. 나아가 특정 세목 중 일부 항목에 관하여 조사를 한 경우 나머지 항목에 관하여 재조사할 수 있는지에 관하여 보건대, 세무조사 과정에는 필연적으로 납세자에 대한 어느 정도의 권리침해가 수반되므로, 가급적 이를 제한할 필요가 있는 점, 국세기본법은 "통합조사를 원칙으로 하고, 특정 세목만을 조사하지 못한다"고 규정하고 있는데, 이는 조사로 인한 납세자의 권리침해를 방지하기 위한 규정인 점, 만일 같은 세목이라 하더라도 항목별로 아무런 제한 없이 재조사할 수 있다고 해석한다면, 재조사를 제한한 국세기본법 제81조의4 제2항을 무력화하는 효과가 발생하는 점, 국세기본법 제81조의4 제2항에 의한 사유가 있다면 재조사를 할 수 있으므로, 같은 세목 중 일부 항목에 대한 조사 후에도 재조사를 할 수 없다고 하더라도 조세포탈 등에 관하여 대처할 수 있는 점 등을 고려할 때, 같은 세목인 법인세 중 일부 항목에 관하여 조사를 한 경우에도 "국세기본법 제81조의4 제2항에서 정한 예외적 사유가 없는 한 재조사를 할 수 없다"고 해석함이 타당하다(조사사무처리규정 제12조 제3항도 국세기본법 제81조의4 제2항에 의하여 재조사를 할 경우 이미 실시한 조사부분을 제외하는 취지로 해석할 수 있으므로, 이러한 해석이 조사사무처리규정과 반하는 것도 아니다). 이 사건으로 돌아와 보건대, 위 인정사실에 의하면 1차조사에서 2003 사업연도 이후 주주명부, 이사회회의록, 주주총회결의서를 제출한 점, 원고가 제출한 ‘세무조사반 요청서류’에 임원 보수와 관련하여 2005 사업연도부터 2008 사업연도까지의 이사회의사록, 임원성과급규정을 제출한 것으로 기재되어 있는 점, 이에 부합하는 김DDDD의 진술이 있는 점, 1차조사에서 2006 사업연도 및 2007 사업연도 법인세 항목이 적출된 점, 2차조사에서 2006 사업연도 부분조사 및 2007 사업연도 전부조사를 조사한 점 등을 고려할 때, 중복조사에 해당한다.

2) 예외적 허용사유의 해당성

국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에 의하면, ‘2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’ 같은 세목 및 같은 과세기간에 관하여 재조사를 할 수 있는바, 단일한 원인행위로부터 파생하여 매년 발생하는 비용에 대한 세무조정은 ‘2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’에 해당한다. 이 사건으로 돌아와 보건대, 뒤에서 보는 바와 같이 신BBBB의 성과상여금은 2005. 11. 8.자 이사회결의에 따라 급여지급기준 없이 신BBBB의 지분율에 따라 지급된 점, 신BBBB가 성과상여금을 지급받는 기간 동안 신BBBB의 지분율에 변동이 없었던 점 등을 고려할 때, 신BBBB의 성과상여금은 매년 동일한 원인으로 지급되었고, 이는 ‘2개 이상의 과세연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’에 해당하므로, 원고의 위 주장은 이유 없다

(나) 조사범위확대통지에 관하여

피고는 2012. 2. 14. 원고에게 "2006 사업연도를 부분조사한다"는 조사범위확대통지를 하였고, 원고로부터 수령증을 교부받았으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 성과상여금에 관하여

(가) 주식회사의 자본은 자본금과 잉여금으로 구분되는데, 잉여금은 일정시점에서 자본금을 초과하는 자기자본 초과액을 의미한다. 잉여금은 (주식의 납입, 환급 자본 수정 등 자본거래로 발생하는) 자본잉여금과 (기업의 경상적인 영업활동, 고정자산의 처분, 그밖의 자산의 처분 및 기타 임시적인 손익거래에서 발생하는) 이익잉여금으로, 이익잉여금은 미처분이익잉여금(세금공제 후의 당기순이익에서 임의적립금·특별충당금을 차감하고 전기이월액을 가산한 금액)과 처분필이익잉여금(특정 및 일반목적을 위하여 미처분이익에서 유보된 금액으로 적립금이라고도 한다)으로 각 분류된다. 한편 이익처분이란 회사가 미처분이익잉여금에 임의적립금이입액(전기 이전에 적립하여 둔 미사용분으로서 다시 잉여금으로 돌려놓은 금액)을 가산한 금액을 주주총회의 결의에 의해 처분하는 것을 말한다. 이익처분항목에는 사외유출항목으로서 배당금·임원상여금 등이 있고, 사내유보항목으로서 이익준비금·임의적립금·차기이월이익잉여금 등이 있다. 따라서 이익처분은 잉여금 처분이고, 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제1항은 잉여금 처분을 손금에서 제외하고 있으므로, 동 시행령 제43조 제1항은 "이익처분에 의한 상여금을 손금불산입한다"고 규정하고 있다. 그런데 임원은 상여지급의 결정권을 갖고 있으므로, 이들에게 지급한 상여는 잉여금 처분으로서 본래적 의미의 상여인 경우가 많고, 잉여금 처분의 상여인지, 아니면 잉여금 처분이 아닌 상여인지를 구분하기 곤란하므로, 동 시행령 제43조 제2항은 정관ㆍ주주총회 또는 사원총회나 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 상여금에 한하여 손금으로 인정하고 있다. 따라서 잉여금 처분에 의하지 아니하고 급여지급기준 없이 지급된 상여라도, 실질이 잉여금 처분의 상여라면 손금불산입하는 것이 과세형평 및 실질과세의 원칙에 부합한다. 나아가 동 시행령(2006 사업연도 및 2007 사업연도 법인세는 2008. 2. 22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것, 나머지 사업연도 법인세는 위 대통령령으로 개정된 것) 제43조 제3항은 과세관청으로 하여금 정당사유 또는 ‘동일직위에 있는 지배주주 등 외의 임원 또는 사용인에게 지급한 금액의 범위’만을 입증함으로써 손쉽게 손금불산입할 수 있도록 한 규정인 점, 제4항은 부당행위계산부인의 범위를 제외한다는 일반 규정을 그대로 확인하는 의미밖에 없는 점 등을 고려할 때, (지배주주 등인지, 상근, 비상근인지를 불문하고) 임원에게 잉여금 처분에 의하지 아니하고 급여지급기준 없이 지급된 상여라도 실질이 잉여금 처분의 상여라면 상여금 전부를 손금불입하여야 한다.

(나) 이 사건으로 돌아와 보건대, ① 급여지급기준: 주주총회 및 이사회는 임원보수한도만을 정한 점, 주주총회나 이사회에서 정한 임원보수한도액을 급여지급기준이라고 한다면 지배주주에 의한 이익처분을 허용하는 결과가 되어 법인세법 시행령 제43조 제1항의 규정을 무력화하게 되는 점, 이사회는 대표이사에게 상여금의 개별적·구체적인 지급기준이나 성과평가방법을 정함이 없이 지급을 위임한 점, 구체적인 지급사유나 성과평가에 관한 근거자료 없이 이사회결의로 지급액만 의결하거나 대표이사의 결정만으로 혹은 지급결정 없이 임의로 지급된 점 등을 고려할 때, 급여지급기준이 없는 경우에 해당하고, ② 신BBBB의 공로: 신BBBB가 경영에서 물러난 후 흑자법인으로 된 점, 신BBBB의 경영성과를 뒷받침할 만한 자료가 없는 점 등을 고려할 때, 원고의 성장과 수익창출이 신BBBB의 능력만으로 발생하였다고 단정할 수 없고, ③ 배분방식: 신BBBB의 성과상여금, EEEE 관련 단체 기부금 및 광고선전비 한도를 대주주 지분율에 근거하여 함께 검토·책정하고, 이를 이사회결의로 확정하였으며, 그 지출내역을 연도별로 함께 관리한 점, 지분율과 성과상여금 지급비율의 일부 차이는 신BBBB와 지배주주의 상호양해에 의하여 용인된 점 등을 고려할 때, 대주주간 이익배분을 도모하기 위하여 지분율에 따라 성과상여금을 지급하였다고 봄이 타당하고, ④ 지급의 특성: 당기순이익 발생연도에만 지급된 점, 당기순이익은 주주총회를 거쳐 이익잉여금으로 대체되는 항목인 점, 2010 사업연도까지 성과상여금 이외에 신BBBB에게 배당이 이루어지지 않은 점, 원고의 성과상여금 중 90%는 신BBBB에게 지급된 점 등을 고려할 때, 성과상여금은 잉여금 처분의 상여에 해당한다. 따라서 성과상여금을 손금불산입하여 이루어진 법인세 부과처분은 적법하다.

(3) 용역비에 관하여

(가) 법인세법 제52조의 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고, 동 시행령(2006 사업연도 법인세는 2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것, 2007 사업연도 법인세는 2008. 2. 22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것, 2008 사업연도 법인세는 2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것, 2009 사업연도 및 2010 사업연도 법인세는 2011. 6. 3. 대통령령 제22951호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고, 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이다. 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여, 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2010. 10. 28. 선고 2008두15541 판결 참조). 한편 부가가치세 제17조 제1항에 의하면, 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액이고, 매입세액은 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급이나 재화의 수입에 대한 세액이다. 따라서 재화 또는 용역의 공급이나 재화의 수입과 무관한 지출에 대한 세액은 매입세액에 해당하지 않으므로, 매입세액으로 공제하여서는 아니된다.

(나) 이 사건으로 돌아와 보건대, ① 계약내용: CCCCC과의 계약상 용역비는 정액이고, 용역비 변경은 사전에 서면합의에 의하며, 용역비에 가산되는 기업이윤의 지급기준은 별도합의하도록 되어 있는 점, 용역비 변경에 관한 사전 서면합의나 용역비에 가산되는 기업이윤의 지급기준이 없는 점, "누적 결손금을 보전하여 달라"는 CCCCC의 요청을 받고 지급된 점 등을 고려할 때, 용역비 변경이 아니라 누적 결손금을 보전하여 준 것인데, 누적 결손금 보전은 계약상 의무가 아니고, ② 사회통념: 기업은 최대한 이윤창출을 위하여 통상 제3자와의 거래에서 매출가액을 최대한 높게, 원가를 최대한 낮게 책정하는 것이 일반적이므로, 거래상대방의 결손금 보전은 이례적이고, ③ 상관행: 원고가 제3자와 체결한 용역계약상 용역내용을 변경, 추가하거나 용역의 전부나 일부를 중지하는 등의 사유로 계약금액이 증감되거나, 물가변동 등의 불가항력적인 사유로 추가비용이 발생하는 경우 상호합의로 장래에 향하여 계약금액을 조정하거나 추가비용을 부담하도록 되어 있으므로, 용역제공과 무관하게 결손금 보전목적으로 자금지원한 행위는 상관행이라고 볼 수 없다. 따라서 CCCCC의 용역비는 부당행위에 해당하므로, 손금불산입하거나 매입세액 불공제하여 이루어진 법인세 부과처분 및 부가가치세 부과처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

【참조조문】

구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것) 제81조의4 제1항, 제2항 제3호