학교법인이 운영하던 열악한 시설의 중학교를 동일 학군으로 이전하기 위해 부득이하게 수 필지로 분할된 해당 토지를 취득하였으며, 진입로가 반드시 필요한 상황에서 각 소유자들과 협의하던 중 불합리한 보상가격을 요구받는 등 취득일로부터 1년 이내에 용도를 변경하여 직접사용하기에 어려움이 있었던 바, 이를 정당한 사유로 인정하지 않고 감면된 취득세 등을 부과한 처분은 타당하지 않다.

1. 이 사건 부과처분의 경위

다음 각 사실은 을 제1호증의 1 내지 을 제2호증의 3의 각 기재 및 변론의 전취지를 종합하여 인정할 수 있고 반증 없다.

가. 원고법인은 유아원교육, 중등교육 및 여성의 전문적 직업고등교육을 실시함을 목적으로 하는 학교법인으로서

신라대학교(구 부산여자대학교)와

부일여자중학교를 설치하여 운영해 오던 중, 위 중학교를 이전하기로 하여 그 학교부지로 사용하기 위하여 1995. 6. 30. 부산 부산진구

양정동 산 56 임야 11,790㎡ 및 같은 동 산 59 임야 6,515㎡ 합계 18,305㎡(신지번 부산 부산진구

양정동 25의 4, 같은 동 25의 5, 같은 동 산 59의 2)를, 1995. 12. 30. 같은 동 25의 1 답 1,289㎡(이하, 위 임야 및 답을 이 사건 토지들이라고 한다.)를 취득하였다.

나. 피고는, 원고가 그 목적사업에 직접 사용하기 위하여 이 사건 토지들을 취득한 것으로 보고 취득세를 과세하지 않고 있다가 원고가 정당한 사유 없이 이 사건 토지들을 그 취득일로부터 1년이 지나도록 그 지목을 변경하여 고유사업에 직접 사용하지 아니하였다 하여

지방세법 제112조 제2항,

같은 법 시행령 제84조의4 제3항 제4호 소정의 법인의 비업무용토지에 대한 세율을 적용하여 1998. 1. 15. 원고에 대하여 주문기재의 취득세, 등록세, 농어촌특별세 및 교육세를 부과(이하 이 사건 부과처분이라 한다.)하였다.

2. 이 사건 부과처분의 적법여부

가. 당사자의 주장

피고는 이 사건 부과처분은 관계 법령에 비추어 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는, 첫째, 원고가 이 사건 토지들을 그 취득일로부터 1년 이내에 원고의 고유업무인 중학교를 설치․운영하기 위한 부지로 직접 사용치 못한 데에 정당한 사유가 있으므로 이 사건 부과처분은 위법하고, 둘째 원고는 농업 등을 주업으로 하지 아니하는 법인이나 이 사건 토지들을 학교부지로 이용하기 위하여 취득하였으므로 이 사건 토지들을 취득하는 데에 정당한 사유가 있으므로 비록 그 취득 후 1년 이내에 그 고유업무에 사용하지 아니하였더라도 법인의 비업무용토지라고 할 수 없어 이 사건 부과처분은 위법하며, 셋째 이 사건 취득세 등의 부과 요건은 “취득한 날”로부터 1년 이내에 법인의 고유업무에 직접사용하지 아니할 때이고, 여기서 말하는 “취득한 날”이라는 뜻은 이 사건 개개 토지들만을 취득한 날로 보아서는 아니 되고 학교설치에 필요한 진입도로부지까지를 포함한 일단의 토지전부를 취득한 날로 새겨야 하므로 원고가 1997. 12. 12.에야 진입도로부지의 일부로

소외 장정신의 소유토지를 수용해 일단의 토지의 취득을 마쳤으니 그 때부터 1년 이내에 고유업무에 사용하였는지 여부에 따라 취득세 등을 추징하여야 하는데 이 사건 개별 토지들을 취득한 때로부터 1년 이내 고유업무에 사용하지 않았다고 하여 부과한 이 사건 부과처분은 위법하고, 넷째 원고는 비영리법인으로서 비과세규정인 지방세법 제107조의 적용을 받아 이 사건 토지들의 취득일로부터 3년 이내에 고유업무에 사용하지 아니하였을 때에 취득세 등을 부과하여야 함에도 1년 이내 사용하지 아니하였다고 취득세 등을 부과한 이 사건 부과처분은 위법하다고 주장한다.

나. 관계 법령

지방세법 제107조는 “다음 각 호의 1에 해당하는 것(

제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일로부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유 없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다”고 규정하면서, 그 제1호에서 “제사․종교․자선․학술․기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득”을 그 하나로 정하고 있고,

같은 법 시행령 제79조 제1항은 “

법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각 호에 게기하는 자를 말한다”고 하면서 그 제2호에서 “교육법에 의한 학교를 경영하는 자 및 사회교육법에 의한 사회교육시설을 운영하는 사회교육단체”를 들고 있으며,

법 제127조 제1항에서는 “다음 각 호의 1에 해당하는 것(

제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기 또는 등록일로부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유 없이 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다”고 규정하고, 그 제1호에서 “제사․종교․자선․학술․기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기”를 그 하나로 규정하며,

같은 법 시행령 제94조 제1항은 “

법 제127조 제1항 제1호 본문에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다”고 규정하고 있다.

한편,

같은 법 제112조 제2항은 “대통령령으로 정하는 별장․골프장․고급주택․고급오락장․법인의 비업무용 토지․고급자동차․고급선박을 취득할 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다”고 규정하고,

같은 법 시행령 제84조의4 제1항에서는 “

법 제112조 제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다”고 규정하며, 그 제3항에서는 “다음 각 호에 정하는 토지는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용토지로 본다. 다만, 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다”고 규정하고, 그 제4호에서는 “내무부령이 정하는 농업․축산업 또는 산림업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 취득하는 전․답․과수원목장용지임야(이하 이 호에서 “농지등”이라 한다). 다만 다음 각목의 1에 해당하는 경우를 제외한다��고 규정하고, 그 가목에서는 “농지등을 취득한 날로부터 1년 이내에 지목을 변경하여 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하는 경우”라고 규정하고 있다.

다. 판 단

(1)

지방세법 제107조 및

제127조 제1항에서는

법 제112조의 규정에 의한 과세대상을 제외한 나머지 부동산의 취득 및 등록의 경우에 비과세를 한다고 규정하고 있으므로

법 제112조 제2항 소정의 과세대상에 해당하지 아니한 경우에만

법 제107조 및

제127조에 의한 비과세 대상이 된다고 해석이 되고(따라서 원고의 위 네 번째 주장은 이 점에서 받아들이기 어렵다.),

지방세법 제112조 제2항,

같은 법 시행령 제84조의4 제3항 제4호가 특히 농업, 축산업, 산림업 등 토지와 직접 관련이 있는 사업에 관하여 비업무용토지 여부의 판정기준을 강화하고 있는 취지는 법인이 이들 사업을 빙자하여 과다한 토지를 취득․보유하려는 것을 방지하려고 함에 있으며(

대법원 1995. 4. 7. 선고 94누13473판결 참조.), 또

같은 법 시행령 제84조의4 제3항 제4호의 취지는 농업, 축산업 또는 산림업을 주업으로 하지 않는 법인이 취득하는 전, 답, 과수원, 목장용지 및 임야는 당해 법인의 고유업무에 농업 등의 업종이 포함되어 있건 없건, 그리고 농업 등의 고유업무에 직접 사용되는 여부와는 상관없이 원칙적으로 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세한다는 것이고, 다만 그렇게 되면 농업 등을 주업으로 하지 않는 법인이 그 고유업무에 사용하기 위하여 임야, 답 등을 취득하는 모든 경우가 일률적으로 비업무용토지로 간주되게 되어 취득세가 중과세되는 불합리함이 있게 되므로 이를 시정하기 위하여 그 단서규정을 둔 것이므로(

대법원 1994. 2. 22. 선고 93누20030판결 참조.), 결국

지방세법시행령 제84조의 4 제3항 본문 및 단서,

같은 항 제4호를 종합하면, 농업 등을 주업으로 하지 아니하는 법인이 취득하는 전, 답 등은 그 법인이 취득일로부터 1년 이내에 그 지목을 전, 답 등 이외의 지목으로 변경하여 당해 법인의 고유업무에 해당하는 용도에 직접 사용하는 경우를 제외하고는 비업무용토지로 보지만(이 점에서 전․답 등을 정당하게 취득하기만 하면 비업무용토지가 안 된다는 원고의 위 두 번째 주장도 받아들이기 어렵다.), 법인이 그 지목을 변경하여 고유업무에 해당하는 용도에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있으면 이를 비업무용토지로 보지 아니하도록 해석된다(위 94누13473판결 참조.). 또 위 규정의 “취득한 날”이란 학교부지로 전․답 등을 일체로 보아 그 전부를 취득한 날이 아니라 개개의 해당 토지 그 자체의 취득을 의미하고(따라서 이 점에서 원고의 위 세 번째 주장도 받아들이기 어렵다.), 위

시행령 제84조의4 제3항의 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 그 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 중과세의 입법취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하는 것이 타당할 것이다.

그러면 원고의 위 첫 번째 주장인 이 사건 토지들을 원고의 고유업무에 사용하지 못한 데에 “정당한 사유”가 있는지에 대해서 판단한다.(이 사건 부과처분 중 농어촌특별세는 취득세를, 교육세는 등록세를 전제로 하여 부과된 것이므로 이에 대해서는 따로 판단하지 아니한다.)

(2) 다음 각 사실은 갑 제1호증의 1 내지 갑 제50호증, 을 제4호증의 각 기재, 증인 한종규의 증언에 변론의 전취지를 종합하여 인정할 수 있고 반증 없다.

원고는, 부산 동래구

연산동 825의 1 소재

신라대학교 부지 일부에서 운영하던

부일여자중학교의 부지가 학교부지로 지적고시되지 아니하여 주변에 상가가 밀집하여 형성되어 있고 학교시설의 노후와 협소로 교육시설기준에 미달하여 면학분위기를 조성할 수 없어서 동일 학군 내에서 주위환경이 양호한 이 사건 토지들 소재지로 이전하기로 방침을 정한 뒤, 위 중학교의 이전부지로서는 이 사건 토지들 및 부산광역시 소유의 같은 동 24의 13 학교부지 60㎡와 대한민국 소유의 같은 동 479의 50 구거 1,289㎡ 합계 21,312㎡(이하 학교부지 토지들이라고 한다.)로 하기로 하고, 공로로 통하는 진입도로 부지는 대한민국 소유의 부산 부산진구

양정동 479의 59 구거 중 59㎡, 소외 서정복 소유의 부산 연제구

연산동 산 185 임야 13,289㎡ 중 92㎡, 부산광역시 소유의 같은 동 산 186의 29 임야 1,331㎡ 중 147㎡, 부산광역시 연제구청 소유의 같은 동 산 186의 18 임야 25㎡ 중 21㎡ 및 같은 동 2027의 7 대 34㎡ 중 27㎡, 원고 소유의 같은 동 2027의 8 대 142㎡ 중 89㎡ 및

소외 장정신 소유의 같은 동 산 186의 5 임야 6,274㎡ 중 1,502㎡ 합계 1,262㎡(이하 진입도로부지 토지들이라고 한다.)로 하기로 각 정하여, 위 각 소유자들로부터 그 소유의 각 토지들을 매수하여 학교부지 및 진입도로부지로 사용하는 데 대한 사전동의를 받아낸 다음 1994. 6. 17.

소외 부산광역시 교육감에게 위 중학교의 이전계획승인을 신청하였고, 같은 해 7. 25. 위 교육감으로부터 위 중학교 이전계획승인을 받은 사실, 그 뒤 원고는 같은 해 11. 4. 부산광역시로부터 위 중학교에 대한 도시계획시설결정을 받았으며, 같은 달 28.

소외 (주) 현대종합기술단과 위 중학교에 대한 학교시설사업시행계획승인 신청도서 작성용역 계약을 체결하였고, 같은 해 12. 9.

소외 (주) 신동아건축종합건축사사무소와 위 중학교신축에 대한 설계 및 감리용역계약을 체결하였으며, 1995. 6. 3. 부산광역시 동부교육청장으로부터 원고가 위 중학교 학교부지 및 진입도로부지로 사용하기 위하여 매수하기를 요청한 국가 및 지방자치단체 소유인 이 사건 답 및 위 부산 부산진구

양정동 24의 13, 같은 시 연제구

연산동 189의 29 토지들을 원고에게 매각한다는 부동산(토지)매각통보를 받아냈고, 같은 달 16. 위 교육감으로부터 위 학교부지 토지들에 대하여 학교시설사업시행계획(안) 공람공고 명령을 받아 같은 달 20.

소외 부산매일신문에 이를 공고한 사실, 이어 원고는 같은 달 23. 부산광역시 연제구청장으로부터 위 진입도로부지 토지들에 대한 진입도로개설공사 도시계획사업의 시행자로 지정받았고, 1995. 7. 19. 위 교육감으로부터 위 학교부지 토지들을 수용 또는 사용할 토지로 하여 학교시설사업 시행계획 승인을 받았으며, 같은 해 7. 20. 위 연제구청으로부터 위 진입도로부지 토지들을 수용 또는 사용할 토지로 하여 도시계획사업실시 계획인가를 받았고, 같은 해 9. 14. 피고에게 위 중학교이전에 따른 학교시설사업 시행에 따른 협조를 요청하였으며, 같은 달 18. 피고로부터 위 학교부지 토지들 내의 소나무 등 지장수목의 벌채를 승인 받은 사실, 원고는 같은 달 22.

(주) 현대종합기술단과 위 학교부지 토지들에 대한 지질조사 용역계약을 체결하였고, 같은 해 11. 1. 위 동부교육청교육장으로부터 위 1995. 6. 3.자로 매각통보를 받은 이 사건 답 외 2필지를 합계 175,490,000원으로 하여 매각한다는 통보를 받았고, 같은 해 11. 6. 위 동부교육청교육장으로부터 위 토지들에 대하여 사용동의를 받았으며, 같은 달 8. 위 동부교육청교육장으로부터 위 중학교이전건축승인을 받았고, 1996. 3. 13. 위 교육감으로부터 위 중학교 이전예정일을 1996. 3. 1.에서 1998. 3. 1.로 변경하는 학교이전계획 승인사항의 변경승인을 받은 사실, 원고는 1996. 7. 10. 위 연제구청장에게 진입도로부지의 일부인 위 부산 연제구

연산동 186의 29 임야에 대하여 분할신청을 하여 같은 달 16. 위 토지가 부산 연제구

연산동 산 186의 32로 분할되자, 원고는 같은 해 8. 30.

소외 (주) 경동과 위 중학교 신축공사 계약을 체결하였고, 1996. 12. 10. 위

(주) 현대종합기술단과 위 중학교 부지조성공사에 대한 감리용역계약을 체결하였으며, 1997. 1. 30.

소외 한경숙에게 위 중학교이전 예정지 내 지장물(무허가 건물)인 목조 주택에 대한 보상금을 지급하였고, 같은 해 2. 13. 위 연제구청장에게 진입도로 사업의 착수가 지연되어 착공 및 준공기간을 1997. 3. 및 1999. 2.로 연기신청을 하였으며, 1997. 3. 11. 위 연제구청장에게 진입도로의 착공신고를 하여 같은 해 4. 9. 위 연제구청장은 위 진입도로 착공계를 수리하였으며, 같은 달 18.

소외 대한보증보험주식회사에 위 진입도로개설공사 도시계획사업인가에 따른 공사이행보증금을 예치하였고, 1998. 2. 24. 위 교육감으로부터 위 중학교이전예정일을 2000. 3. 1.로 하는 변경승인을 받은 사실, 같은 해 3. 26.

소외 대한지적공사부산광역시지사에게 진입도로부지 토지들에 대하여 토지분할 측량신청을 하였고, 같은 해 4, 3, 위 연제구청장에게 진입도로부지 토지들에 대하여 토지분할신청을 하여 진입도로에 필요한 대부분 토지의 확보에는 별 어려움이 없었으나 나머지 진입도로부지 소유자인 위

장정신이 그 소유의 위 임야 1,502㎡의 매도가격을 임야시세의 10배가 넘는 인근 대지와 같은 평당 금 6,000,000원으로 요구해 옴에 따라, 원고는 1994. 4. 14.부터 1997. 6. 30.까지 불필요한 민원의 야기를 막으려고 수십 차례에 걸쳐 위 토지의 가격에 대하여 협의를 계속하였고 결국 협의가 성립되지 않음에 따라 1997. 7. 12. 부산광역시 지방토지수용위원회에 위 임야에 대하여 토지수용재결신청을 하였고, 위 수용위원회는 같은 해 11. 17. 위 임야의 보상금액을 금 250,804,000원으로, 수용일은 1997. 12. 12.로 하여 수용재결을 하였으며, 원고는 같은 해 12. 12. 부산지방법원동부지원에 위 보상금을 공탁한 사실, 위

장정신은 위 수용재결에 불복하여 1998. 1경 위 지원에 위 진입도로의 공사에 대하여 공사금지가처분신청을 하여 위 법원으로부터 같은 달 26. 위 신청을 기각당하였으나 위 수용재결에 불복하여 중앙토지수용위원회에 이의신청을 하여 위 위원회는 같은 해 7. 21. 위 임야에 대한 보상금을 금 273,409,400원으로 하는 이의재결을 함에 따라, 원고는 같은 해 8. 10. 위

장정신에게 위 보상금의 수령을 통보해 놓고 있는 사실, 변론종결당시 현재 이 사건 토지들은 위와 같이 공로로 통하는 진입도로개설이 지연되는 바람에 나무들을 벌채하고 건물자리를 위한 지질조사는 완료하였으나 중장비를 투입할 수 없어 본격적인 공사를 하지 못하고 있는 상태에 놓여 있다.

위 인정 사실들을 종합하면, 원고가 이 사건 답과 임야를 취득하여 1년 이내에 지목을 변경하여 고유업무에 직접 사용하지 아니한 점은 인정되나,

지방세법 제112조 제2항 및

같은 법 시행령 제84조의4 제3항 제4호의 입법취지가 주로 부동산 투기를 막는 데 있는 점, 원고는 교육을 목적으로 하는 비영리법인인 점, 위 중학교의 시설이 열악하고 동일 학군으로 이전해야하기 때문에 이 사건 토지들이 수 필지로 나누어져 있었으나 동일 학군 내에 별다른 부지를 찾지 못하여 부득이 이 사건 토지들을 위 중학교의 부지로 선정할 수 밖에 없었던 점, 이 사건 토지들은 황령산 산록에 위치하여 공로로 통하는 진입로가 없어 진입도로가 반드시 필요한 점, 토지의 진입도로를 개설하기 위해서는 여러 필지의 토지가 필요하고 또 해당 각 소유자들로부터 일부 필요한 부분만 매수하여 이를 분할하여야하기 때문에 그 소유자들과 일일이 협의를 하여야 하는 점, 애초 원고가 세운 진입도로확보계획에 별 무리가 있었던 점은 보이지 않고 오히려 진입로 확보에 차질이 생긴 것은 위

장정신이 토지의 보상가격에 엄청나게 무리한 요구를 해 옴에 따라 발생한 점, 원고는 그로부터 불필요한 민원의 야기를 막으려고 그와 협의하는 데 많은 시일이 걸렸고 또한 협의에 실패하여 결국 위

장정신의 토지를 토지수용절차를 거치는 데 3년여의 상당한 시일이 소요되어 결국 1997. 12. 12. 수용된 점, 위

장정신의 수용재결에 대한 이의신청 등의 법적 분쟁을 하여 결국 1998. 7. 21.에서야 위

장정신과의 분쟁이 일단락 된 점, 한편 원고는 수 필지로 나누어진 위 중학교의 부지를 취득하기 위해 여러 명의 소유자와 협의하느라 많은 시일이 소비한 외에도 위 중학교를 건립하기 위하여 부산광역시 교육감 등 여러 유관기관의 승인 및 협의를 거치는 데에도 많은 시일이 걸릴 수 밖에 없었던 점, 원고는 현재 위 중학교를 이전하는 데 필요한 인․허가 등을 모두 마친 점 등이 인정되는 바, 사정이 위와 같다면 원고가 위 중학교를 이전하기 위해 추진한 위 일련의 과정을 전체적으로 파악할 때 원고는 종전 학교와 동일한 학군 내의 임야와 답을 개발해 학교부지를 마련 할 수 밖에 없었던 위와 같은 장소적 여건 하에서 지금까지 위 중학교 설립을 위한 제반 절차를 진지하고 꾸준하게 밟아 나가고 있는 것으로 보이므로 결국 원고는 이 사건 토지들을 취득한 날로부터 1년 이내에 그 지목을 변경하여 그 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 함이 상당하다 할 것이다.

따라서 이 사건 토지들이 그 취득일로부터 1년 이내에 원고의 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 없었다고 보아서 한 이 사건 부과처분은 위법하다 할 것이다.

3. 결 론

그렇다면, 이 사건 부과처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하고, 소송비용은 패소자인 피고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.