겸용하는 업종 중 어느 한 업종에 관한 지점 설립과 관련하여 취득한 부동산에 대하여 부동산의 전부가 당해 업무에 사용될 것인지 여부와 무관하게 부동산 전부의 등기에 대하여 중과세의 요건이 성립하므로 당해 토지 및 건물에 대한 등기는 지방세법 제138조 제1항 소정의 대도시내 지점의 설치에 대한 등기로서 중과세 적용 대상이다. 법인이 사회간접시설인 노외주차장을 설치한 이상, 이를 임대의 형식으로 운영하더라도 사회간접자본시설의 설치를 위한 부동산 취득에 대하여 등록세를 중과하지 않는다는 지방세법 제138조 제1항 단서 및 법시행령 제101조 제1항 제3호의 입법취지에 따라 노외주차장 토지 부분에 대하여는 중과세를 적용하지 않아야 한다.

1. 이 사건 처분의 경위

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 1호증의 1, 2, 갑 2 내지 5, 갑 6, 7, 8호증의 각 1, 2, 갑 9, 10, 을 1, 2, 을 3호증의 1, 을 4 호증의 각 기재와 을 3호증의 2 내지 7의 각 영상에 변론의 전취지를 종합하면 인정할 수 있다.

가. 원고는 구자동차운수사업법(1997. 12. 13. 법률 제5448호로 여객자동차운수사업법으로 개정․변경되기 전의 것, 이하 구자동차운수사업법이라고 한다) 소정의 운송사업 등을 목적사업으로 하는 법인으로서 1997. 7. 11. 인천 동구 송현동 142의 9 잡종지 9,610.2㎡(이하 이 사건 토지라 한다)를 매수하여 같은 해 8. 5. 소유권이전등기를 하고, 그 지상에 영업용 건물 연건평 629㎡(미등기의 가설 건축물 90㎡를 포함, 이하 이 사건 건물이라고 한다)를 신축하여 1998. 6. 26. 건물보존등기를 마친 후, 같은 해 6. 30. 지점 등기를 하고 같은 해 8. 17. 사업자등록을 하였다.

나. 원고는 이 사건 토지 중 2,438.75㎡를 원고가 경영하는 자동차운송사업의 차고지로 직접 사용하고, 1,131.25㎡는 이 사건 건물부속 토지로 사용하고, 6,040.2㎡는 원고가 주차장법 12조 2항(1999. 2. 8. 법률 제5902호로 삭제되기 전의 것), 동시행규칙 7조 2항(1999. 3. 12. 건설교통부령 제177호로 개정되기 전의 것)에 따라 노외주차장으로 신고한 뒤 소외 장충기에게 임대하였으며, 이 사건 건물 중 368㎡는 원고가 직접 사무실로 사용하고, 나머지 261㎡는 위 장충기에게 임대하였다.

다. 피고는 이 사건 토지와 건물에 대한 원고 명의의 위 소유권이전등기 및 보존등기 중원고가 위 장충기에게 임대한 토지와 건물 부분에 해당하는 부분을

지방세법(이하 법이라고 한다) 제138조 제1항 제3호(1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 소정의 대도시 내의 지점설치에 따른 부동산등기로 보아, 1999. 4. 9. 그 취득가액 1,158,475,710원(토지 1,050,347,140원 + 건물 108,128,570원)을 과세표준으로 하여 원고에 대하여

법 제138조 제1항 소정의 중과세율을 적용하여 별지1과 같이 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 공제한 등록세 155,402,110원, 교육세 28,490,380원을 부과하는 처분(이하 이 사건 부과처분이라 한다)을 하였다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 다음과 같은 사유를 들어 이 사건 부과처분이 위법하다고 주장한다.

첫째,

법시행령 제102조 제2항(1998. 7. 16. 대통령령 제15835호로 개정되기 전의 것)

법시행규칙 제55조의 2(1998. 7. 23. 행정자치부령 제11호로 개정되기 전의 것)에 의하면 ‘지점 등’이라 함은 법인세법, 부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장(법인세법, 부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상 사업장을 포함한다)으로서 인적, 물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말하는바, 원고가 비록 이 사건 토지 및 건물 전부를 화물운송사업용에 직접 사용하지 않고 일부를 임대용으로 사용하고 있다 하더라도 그 임대사실만으로 즉시 법 제138조 제1항의 중과세 대상이 되는 것이 아니고, 법시행령 제101조 제2항(1998. 21. 31. 대통령령 제15982호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 의하면 ‘……다른 업종을 겸용하는 경우 그 겸용부분에 대하여 법 제138조 제1항 본문을 적용한다’라고만 규정되어 있을 뿐이므로 겸용부분이 확인되면 바로 중과세하라는 취지로 해석할 것이 아니라 그 겸용부분에 대하여는 다시 법 제138조 제1항 본문을 적용하여 그 요건을 검토한 뒤 요건에 해당하는 경우에만 중과세하라는 취지로 해석함이 타당한데, 원고는 위 임대업과 관련된 인적 또는 물적 설비를 갖추고 계속하여 사업을 행한 사실이 전혀 없고 다만 임대에 관련된 제반 업무는 서울 본점에서 직접 수행하여 왔기 때문에 비록 사업자등록은 하였지만 위 임대업에 대하여는 중과세 요건인 지점을 설치한 것이 아니므로 피고가 위 임대부분에 대하여 법 제138조 제1항 본문을 적용하여 한 이 사건 처분은 위법하고,

둘째, 이 사건 토지 중 노외주차장 부분은 ‘자법으로 변경&

구사회간접자본시설에대한민간자본유치촉진법(1998. 12. 31. 법률 제5624호 사회간접자본시설에대한민간투#8228;개정되기 전의 것, 이하 구촉진법이라고 한다) 제2조 제3호 차.항에 규정되어 있는

주차장법 제2조 제1호 나.목의 규정에 의하여 노외주차장으로 신고된 부분으로서, 원고가

법 제138조 제1항 본문 적용의 예외 업종 중 하나로

법시행령 제101조 제1항 제3호(1997. 10. 1. 대통령령 제15489호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 규정된 구촉진법 제2조의 규정에 의한 사회간접자본시설사업’을 위하여 취득한 부동산이므로 위 노외주차장 부분에 대하여는 중과세를 부과하지 아니하여야 함에도 불구하고 그 부분에 대하여 중과세율을 적용한 것은 위법하다.

나. 관계 법령

법 제138조 제1항 본문은 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 5배로 한다고 규정하면서 제3호로 ‘대도시내에서의 법인의 설립과 지점 …… 의 설치 …… 에 따른 부동산등기와 그 설립 …… 이후의 부동산등기’를 그 하나로 규정하고, 단서에 ‘다만, 대통령령이 정하는 업종 …… 에 관한 등기에 대하여는 그러하지 아니하다'로 규정하고, 법시행령 제101조는 【대도시내 법인 중과세의 예외】라는 제목 아래 제1항에서는 ‘법 제138조 제1항 단서의 규정에서 "대통령령으로 정하는 업종"이라 함은 다음 각호에 해당하는 업종을 말한다’고 하면서 제3호로 사회간접자본시설에대한민간자본유치촉진법 제2조의 규정에 의한 사회간접자본시설사업(동법 제2조 제2호 및 제3호의 규정에 의한 시설사업에 한하되, 그 부대사업을 포함한다)을, 제9호로 구자동차운수사업법에 의한 자동차운송사업과 화물유통촉진법에 의한 화물터미널사업 및 창고업을 규정하고, 제2항에서는 ‘제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 ……다른 업종을 겸용하는 경우 그 겸용부분에 대하여 법 제138조 제1항 본문을 적용한다.’고 규정하고 있으며, 구촉진법 제2조는 제4호는 ‘"사회간접자본시설사업"이라 함은 사회간접자본시설의 신설․증설 또는 개량에 관한 사업을 말한다’고 규정하고 있다.

다. 판 단

(1) 원고의 첫째 주장에 관한 판단

법시행령 제102조 제2항에서 법인 또는 지점 등의 설립, 설치, 전입에 따른 부동산등기라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립, 설치, 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있는바, 여기서 말하는 일체의 부동산등기라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립 등과 관련하여 그 이전에 취득한 부동산에 관한 등기이면 그 요건이 충족되고, 그 부동산의 전부가 당해 업무에 사용될 것인지의 여부를 묻지 아니 한다고 해석함이 타당하므로 중과세 요건은 당해 부동산의 등기가 원고 지점의 설치와 관련하여 그 이전에 취득한 부동산에 따른 등기인지의 여부에 따라 결정되는 것이지 그 임대부분에 대한 사업자등록이나 그 사업을 위한 설비의 구비여부에 의하여 결정되는 것이 아니라 할 것인데(

대법원 1993. 7. 16. 선고 92누15611판결, 92누15628 판결 참조), 앞서 든 증거들에 의하면, 원고는 지점 설치 이전에 이 사건 토지 및 건물에 대한 각 등기를 마친 후 이 사건 토지 중 1,131.25㎡는 이 사건 건물부속 토지로 사용하고, 6,140.2㎡는 원고가 주차장법 규정에 따라 노외주차장으로 신고한 뒤

소외 장충기에게 임대하였으며, 이 사건 건물 중 261㎡는 위

장충기에게 임대한 사실을 인정할 수 있고 반증이 없는바, 원고의 이 사건 토지 및 건물에 대한 각 등기는 원고의 지점 설치와 관련하여 취득한 부동산에 대한 등기이므로 법 제138조 제1항 중과세 적용의 대상이 된다 할 것이어서 원고의 위 주장은 이유 없다.(원고는 법시행령 제101조 제2항에 의하면 ‘……다른 업종을 겸용하는 경우 그 겸용부분에 대하여 법 제138조 제1항 본문을 적용한다’라고만 규정되어 있을 뿐이므로, 이 규정은 겸용부분이 확인되면 바로 중과세하라는 취지로 해석할 것이 아니라 그 겸용부분에 대하여는 다시 원칙인 법 제138조 제1항 본문을 적용하여 그 겸용업종과 관련된 인적 또는 물적 설비를 갖춘 지점 설치 요건을 검토한 뒤 요건에 해당하는 경우에만 중과세하라는 취지로 해석하여야 한다는 주장을 하나, 법 제138조 제1항 본문의 취지가 다른 업종을 겸용하는 경우 반드시 겸용업종별로 별도의 지점 등의 설치가 있어야 각 겸용부분에 대하여 중과세 요건이 성립한다는 것이 아니라 겸용하는 업종 중 어느 한 업종에 관한 지점 등이 그 설립 등과 관련하여 그 이전에 부동산을 취득하면 그 부동산의 전부가 당해 업무에 사용될 것인지의 여부를 묻지 아니하고 그 부동산 전부의 등기에 대하여 중과세의 요건이 성립한다는 것이므로, 원고의 위 주장도 받아들이지 아니한다.)

(2) 원고의 둘째 주장에 관한 판단

법 제138조 제1항 본문 적용의 예외 업종 중 하나로 법시행령 제101조 제1항 제3호는 ‘구촉진법 제2조의 규정에 의한 사회간접자본시설사업’을 규정하고 있고, 이 사건 노외주차장은 구촉진법 제2조 제3호 차.항에 규정된 주차장법 제2조 제1호 나.목의 규정에 의한 노외주차장으로서 사회간접자본시설에 해당하며, 구촉진법 제2조 제4호는 ‘“사회간접자본시설사업”이라 함은 사회간접자본시설의 신설․증설 또는 개량에 관한 사업을 말한다’고 정의하였을 뿐, 그 시설을 설치한 후 그 시설을 어떻게 운영하여야 하는지의 운영형식에 대하여는 어떠한 규정도 두고 있지 아니한바, 원고가 위 노외주차장을 설치한 이상, 이를 임대의 형식으로 운영하더라도, 사회간접자본시설의 설치를 위하여 부동산을 취득한 데에 대한 등록세를 중과하지 않는다는 법 제138조 제1항 단서 및 법시행령 제101조 제1항 제3호의 입법취지에 따라 피고는 위 노외주차장 토지 부분에 대하여는 중과세를 부과하지 아니하여야 함에도 불구하고 원고에게 별지2와 같이 중과세 166,073,165원을 부과한 처분은 위법하다.[원고는 임대건물 부속 토지 면적 부분의 기납부 등록세 및 교육세를 계산함에 있어서 노외주차장 토지 부분 6,040.2㎡와 임대건물 부속 토지 면적 469.4㎡의 합계면적 6,509.6㎡에 대한 기납부세액에 대하여 469.4/6,040.2(임대건물 부속토지 면적 대 노외주차장 토지 부분의 비율)을 곱하여야 함에도 469.4/9,610.2(임대건물 부속토지 면적 대 이 사건 토지 전체면적의 비율)을 곱하여 착오로 계산한 결과 중과세 164,537,178원의 부과처분이 위법하다고 주장하였다]

그러므로 원고의 둘째 주장은 이유 있다.

(3) 마지막으로 직권으로 이 사건 토지 및 건물 중 위 노외주차장 부분을 제외한 부분에 대한 취득세 및 등록세의 과세표준과 정당한 세액을 산출하면 별지3과 같이 17,819,346원[= 등록세 15,058,608원(= 10,906,468원 + 4,152,140원) + 교육세 2,760,738원(= 1,999,518원 + 761,220원)]이 된다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 등록세 155,402,130원 및 교육세 28,490,380원의 부과처분 중 등록세 15,058,608원 및 교육세 2,760,738원을 초과하는 부분은 위법하고 그 나머지 부분은 적법하다 할 것이므로, 원고의 이 사건 각 청구는 위 위법한 부분의 취소를 구하는 범위 내에서 이유 있어 그 부분 청구를 각 인용하고, 그 나머지 청구는 이유 없어 이를 각 기각한다.