건축에 소요될 자금에 대한 준비 없이 교회건물의 신축을 진행한 점 등에 비추어 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였다고 보기 어려우므로 토지를 유예기간 내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 할 수 없다. 따라서 토지는 비업무용토지에 해당한다고 할 것이므로 중과세율을 적용한 취득세 등의 부과처분은 정당하다.

1. 이 사건 부과처분의 경위

가. 원고는 국내ㆍ외 선교사업, 영ㆍ유아 보육시설사업 등 종교사업을 목적으로 하는 비영리법인이다.

나. 원고는 유치원부지로 사용하기 위하여 1992. 6. 26.

소외 한국토지개발공사로부터 대전 서구

갈마동 984대 1,263.1㎡(이하 이 사건 토지라고 한다)를 대금 645,200,000원에 매수하고, 1994. 11. 25.까지 그 대금을 모두 지급한 다음, 1996. 2. 26. 문화체육부장관으로부터 기본재산취득인가를 받고, 1996. 6. 21. 피고에게 등록세 비과세를 신청하여 등록세를 부과받지 않고 1996. 6. 24. 원고 명의로 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 원고는 1997. 11. 13. 이 사건 토지상에 지하 1층, 지상 1층, 연면적 490.05㎡의 유치원을 건축한다는 건축허가를 받아 1997. 11. 21. 공사를 착공하였다가 터파기공사 및 지하 1층 기초공사를 하고 1998. 2. 17. 공사를 중단하였다. 원고는 1999. 10. 22. 연면적을 35.15㎡ 증가하는 것으로 건축설계변경허가를 받고 2000. 2. 10.에 이르러 공사를 재개하여 2000. 5. 12. 공사를 완료한 후 2000. 5. 17. 피고로부터 사용승인을 받아 현재 선교원 및 유치원시설로 사용하고 있다.

라. 피고는 2000. 5. 13., 원고가 이 사건 토지상에 건축공사착공을 한 후 정당한 사유 없이 1년을 초과하여 공사를 중단하였으므로 이 사건 토지가 법인의 비업무용 토지에 해당한다고 보고, 중과세율로 산정한 세액에서 원고가 이미 일반세율로 산정하여 납부한 세액을 공제한 취득세 68,707,270원 및 위 취득세를 본세로 하는 농어촌특별세 6,298,160원, 비과세하였던 등록세 25,765,220원 및 위 등록세를 본세로 하는 교육세 4,723,620원을 각 부과하는 처분을 하였다(이하 이 사건 부과처분이라고 한다).

[채택증거 : 갑 1-1,2, 갑 2-2, 갑 3-2, 갑 4-1,2, 갑 5-3, 갑 6-2,4, 갑 13, 갑 15-1,2, 갑 16, 갑 17-1,2, 을 1 내지 7, 을 8-2,3, 을 9, 을 14-1 내지 6, 을 18, 을 11-1 일부, 을 12 일부]

[배척증거 :을 11-2 일부, 을 12 일부]

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는, ① 피고의 요청에 따라 원고가 이 사건 토지를 1997. 11. 20.까지 공한지 무료주차장으로 제공하였는데 이는 지방세법시행령에서 말하는 공공공지로 제공된 것에 해당하여 이 사건 토지에 대한 유예기간은 위 무료주차장으로서 제공이 끝나는 날부터 새로 기산하여야 하므로, 이 사건 부과처분 당시 아직 유예기간이 경과하지 아니하여 비업무용 토지에 해당하지 아니하고, ② 그렇지 않다고 하더라도 피고가 이 사건 토지를 무료주차장으로 사용하여 달라고 요청하여 위 기간까지 이 사건 토지를 그 직원 등의 무료주차장으로 사용하고서도 무료주차장으로 사용한 위 기간까지 유예기간에 포함시켜 이 사건 토지가 비업무용 토지에 해당한다고 하여 이 사건 부과처분을 한 것은 신의칙에 반하며, ③ 원고는 그 수입의 대부분을 신도들의 헌금에 의존하여야 하는 실정인데, 원고는 교회당 건축용 부지구입과 그 건물 신축 및 이 사건 토지의 구입, 유치원 신축공사를 비슷한 시기에 진행함으로써 자금조달이 여의치 아니하였고, 위 유치원건물을 신축하기 이전에 원고의 교회가 분교되어 신도수가 반감되었는데다가 그 무렵 IMF 사태가 발생하여 헌금모금이 부진하게 되었으며, 비영리 종교법인이라는 특성상 타인으로부터의 자금차입도 어려운 등의 사정으로 위 건축공사를 장기간 중단할 수 밖에 없었고, 현재는 건축공사를 완료하여 원래의 용도인 유치원 등으로 사용하고 있는 등의 사정을 고려하면, 위와 같은 공사중단에 정당한 사유가 있다고 할 것이므로, 이 사건 부과처분은 위법하다고 주장한다.

나. 관련 법령의 규정

지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 법이라고 한다)

제112조 (세율)

① 취득세의 표준세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다.

② 다음 각호의 1에 해당하는 부동산 등을 취득하는 경우(별장 등을 구분하여 그 일부를 취득하는 경우를 포함한다)의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 500으로 한다.(이하 생략)

6. 법인의 비업무용 토지 : 법인이 토지를 취득한 후 유예기간내에 정당한 사유 없이 목적사업에 직접 사용하지 아니하거나 적정기준을 초과하여 소유하고 있는 토지. 이 경우 유예기간ㆍ목적사업의 범위ㆍ적정기준 및 비업무용에서 제외되는 토지의 기준 등은 대통령령으로 정한다

제127조 (용도구분에 의한 비과세)

① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기 또는 등록일로부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유 없이 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다.

1. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

법인세법시행령(1999. 12. 31. 대통령령 제16673호로 개정되기 전의 것, 이하 시행령이라고 한다)

84조의4 (법인의 비업무용 토지의 범위)

① 법 제112조 제2항 제6호의 규정에 의한 법인의 비업무용 토지는 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다.

1. 법인이 토지를 취득한 날부터 3년(다음 각목에 정하는 토지는 당해 각목에서 정하는 기간을 말하며, 이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)내에 정당한 사유 없이 법령 또는 당해 법인의 법인등기부상 목적사업으로 정하여진 업무(이하 이 조에서 "목적사업"이라 한다)에 직접 사용하지 아니하는 토지

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서는 다음 각호의 정하는 바에 의한다.

1. 제1항 제1호의 규정에 의한 유예기간이 경과하기 전에 다음 각목에 정하는 토지가 된 경우에는 당해 각목에서 정하는 날부터 유예기간을 새로이 기산한다.

나. 건축법에 의한 건축허가와 관련하여 공공공지로 제공한 경우에는 공공 공지로의 제공이 끝나는 날

6. 토지를 취득한 후 유예기간 종료일 현재 목적사업에 직접 사용할 건축물의 건축공사를 착공한 때(착공일이 분명하지 아니한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)에는 목적사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 본다. 다만, 건축공사에 착공한 후 정당한 사유 없이 건축공사를 중단한 기간을 합한 기간이 1년(취득후 1년 이내에 착공한 경우에는 2년)을 초과하는 경우에는 그러하지 아니하다.

다. 인정사실

(1) 원고는 1990년경 새로 교회당 및 유치원 등을 신축하기로 하고, 1990. 9. 17. 위 한국토지개발공사로부터 교회당부지로 대전 서구 갈마동 986 종교용지 909.1㎡를 매수하고 1994. 11. 1. 건축허가를 받아 위 토지 지상에 교회당건축공사를 착공하여 1995. 3. 16. 완공하였다.

(2) 한편 원고는 위 교회당부지의 매입과 교회당건축, 이 사건 토지의 매입 등에 소요되는 자금을 신도들의 헌금과 당초 교회당부지로 소유하던 토지의 매도 등으로 충당하였는데 자금조달이 여의치 아니하자 교회당건축에 우선 자금을 투입하게 되었다.

(3) 원고가 자금사정으로 이 사건 토지를 공지로 방치하자 마침 주차문제로 고심하던 피고는, 대전광역시 서구청으로부터 150여m 떨어져 있는 이 사건 토지를 무료주차장으로 사용하기 위하여, 원고의 승낙을 받아 1994. 9. 10.경부터 1997. 11. 20.경까지 이 사건 토지에 공한지 무료주차장을 설치하고 주로 서구청 직원들의 주차장으로 사용하였다.

(4) 원고는 1997. 11. 13. 이 사건 토지상에 유치원건축공사를 착공하였다가 원고가 운영하는 교회의 분교로 인한 헌금액의 감소와 그 무렵 생긴 IMF 사태 등으로 건축자금이 제때 조달되지 아니하여 위와 같이 1998. 2. 17. 공사를 중단하였다.

[증거 : 갑 5-1,2,3, 갑 6-3, 갑 7-1,2, 갑 8, 9, 갑 10-1 내지 22, 갑 11, 갑 12-1,2, 갑 18-1,2,3, 갑 19-1,2, 갑 20-1 내지 5, 증인 이신길, 변론의 전취지]

라. 판단

(1) 이 사건 토지가 비업무용 토지에 해당하는지 여부

우선 이 사건 토지에 대한 유예기간이 공한지 무료주차장으로 사용이 종료된 날부터 새로이 기산되어야 하는지에 관하여 본다.

살피건대, 시행령 제84조의4 제3항 제1호 나목의 규정과

도시계획법 제43조 제1항 제2호,

도시계획법시행령 제42조 제2항 제8호, 도시계획시설기준에관한규칙 제64조의 규정 등을 종합하여 보면, 위에서 말하는 공공공지는 건축허가시에 허가권자가 신청인으로 하여금 일정한 토지를 도시내의 주요시설물 또는 환경의 보호, 경관의 유지, 재해대책, 보행자의 통행과 시민의 일시적 휴양공간의 확보를 위하여 제공하도록 하는 공지를 의미한다고 할 것인데, 위에서 본 사실관계에 의하면, 이 사건 토지는 건축허가와 관련하여 위 공한지 무료주차장으로 제공된 것이 아님이 분명하고, 나아가 위 공한지 무료주차장이 위에서 말하는 공공공지에 해당한다고 보이지도 아니한다.

따라서 이 사건 토지의 유예기간은 위 시행령 제84조의4 제1항 제1호, 제3항 제6호의 규정에 의하여 산정하여야 할 것인데, 원고는 이 사건 토지의 잔금을 1994. 11. 25. 지급하고, 1997. 11. 21. 공사에 착공하였다가 1998. 2. 17.부터 공사를 중단하였으므로, 위 공사를 중단한 날로부터 1년이 경과한 1999. 2. 17.부터 이 사건 토지는 법인의 비업무용 토지에 해당한다고 할 것이다.

(2) 이 사건 부과처분이 신의칙에 반하는지 여부

살피건대, 앞서 본 바와 같이 피고는 원고의 승낙을 얻어 이 사건 토지상에 공한지 무료주차장을 설치하였고, 피고가 원고에게 이 사건 토지를 공한지 무료주차장으로 제공할 것을 요청하면서 그 제공된 기간을 유예기간 산정시 공제하거나, 제공이 종료된 때로부터 유예기간을 산정할 뜻을 표명하였다고 볼 아무런 증거도 없으며, 위 지방세의 부과징수는 지방세법 등 관련 법령에 따른 것이므로, 이러한 피고의 부과처분이 신의칙 또는 신뢰보호의 원칙에 반한다고 할 수 없다.

(3) 정당한 사유의 존부

살피건대, 취득세가 중과되는 법인의 비업무용 토지인지 여부의 판단 기준이 되는 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함한다 할 것이고, 나아가 그 정당 사유의 유무를 판단함에 있어서는 그 중과의 입법 취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령ㆍ사실상의 장애사유와 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(

대법원 2000. 10. 24. 선고 99두9315 판결 등 참조).

돌이켜 이 사건에서 보건대, 원고는 이 사건 토지를 취득한 지 3년이 경과될 무렵인 1997. 11. 21. 비로소 목적사업인 유치원건축공사에 착공하였다가 불과 3개월여만인 1998. 2. 17.부터 공사를 중단하고는 2년여가 지난 2000. 2. 10. 다시 공사를 재개하여 2000. 5. 12. 완공하였으므로, 실제 공사에 소요된 기간은 6개월 정도에 불과하고 5년여의 기간 동안 공사를 진행하지 않았으며, 건축에 소요될 자금에 대한 준비 없이 교회당 건축부지의 매수 및 교회당 건축, 이 사건 토지의 매수 등을 거의 동시에 진행하였다는 점 등을 고려하면, 비록 원고가 비영리 종교법인으로 건축자금의 조달을 대부분 헌금에 의존하고, 그 무렵 교회의 분교와 IMF 사태 등이 있었다고 하는 사정을 고려하더라도, 원고가 이 사건 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였다고 보기는 어렵다고 할 것이다.

(4) 따라서 피고가 이 사건 토지가 비업무용 토지에 해당된다고 보고, 취득세를 중과하고 등록세를 추징하며, 각 그를 본세를 하는 농어촌특별세, 교육세를 부과한 이 사건 처분이 위법하다고 할 수 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.