감면조례의 개정 경위나 전후 사정에 비추어 보면, 취득세 등의 납세의무의 성립시점인 취득시점이 아니라 그 원인이 되는 계약체결시점을 기준으로 개정규정의 소급적용을 규율 하려고 하였다고 봄이 상당하며, 개정 조례가 납세의무자에게 유리한 경우라면 헌법이나 법률에 위배되지 아니하는 한 입법자가 그 개정 조례를 소급하여 적용하도록 하는 규정을 둘 수 있음은 물론 그와 같은 규정 내용대로의 해석은 얼마든지 가능한 것이고, 이러한 이치는 이미 납세의무가 성립되어 그 납세까지 다 마친 조세에 대한 것이라 하더라도 마찬가지라 할 것이므로 취득세 등의 환급거부처분은 부당하다.

1. 사실 관계 등

가. 처분의 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 변론의 전취지에 의해서도 명백히 다투지 아니한 것으로 인정된다.

(1) 원고는 1998. 5. 4. 건설장비와 기타 관련 장비 등의 제조·판매·무역 등을 영위할 목적으로 설립된 회사로서, 같은 해 7. 2. 현재 그 총자본금 2,758억원 중 외국인 투자금액이 2,398억원으로, 외국인 투자비율이 86.95%에 이르는 이른바 외국인투자기업이다.

(2) 원고는 같은 해 5. 7.

삼성중공업 주식회사로부터 위 회사의 금융기관부채의 상환을 위하여 그 건설중장비사업부문의 영업을 포괄적으로 양수하기로 하면서 그 사업용 재산인 창원시

귀현동 1 등 320필지의 토지 합계 1,162,247.1㎡와 그 지상 건축물(이하 이 사건 부동산이라 한다)을 대금 155,755,055,251원에 매수하는 계약을 체결하고, 같은 해 7. 1.경 이 사건 부동산을 취득하여 그 소유권등기를 마쳤다.

(3) 원고는 피고에게 아래와 같이 등록세 및 교육세, 취득세 및 농어촌특별세를 신고납부하였다(

지방세법 제72조 제1항에는, 이러한 신고납부를 신고납부처분으로 본다고 규정하고 있으므로, 이하에서는 이를 이 사건 신고납부처분이라 하고, 이미 신고납부한 이들 세금을 함께 일컬을 때에는 이 사건 등록세 등이라 한다).

(가) 같은 해 7. 1. 위 (2)항 판시의 이 사건 부동산 취득이 아래 나.(1)항 판시의 구 경상남도세감면조례(이하 구 감면조례라 한다) 제28조 소정의 등록세 감면 대상에 해당된다고 하여 그 등록세의 100분의 50을 경감받은 것으로 보고 등록세 2,336,325,820원과 아래 2.나.(2)(나)2)가)항 판시의 과세표준 및 세율에 따른, 교육세 467,265,160원(위 등록세액의 100분의 20) 및 동액 상당의 농어촌특별세(감면등록세액의 100분의 20)를 신고납부하였다.

(나) 같은 달 31. 위 (2)항 판시의 이 사건 부동산의 취득이 구 감면조례 제28조 및

구 외국인투자및외자도입에관한법률(1998. 9. 16. 법률 제5559호로 폐지되기 전의 것) 제14조 제4항 제1호 가.목(이 규정에 의하면, 외국인투자기업이 일정 사업을 영위하기 위하여 취득하는 재산에 대한 취득세의 경우 그 사업개시일로부터 5년 이내에는 당해 재산의 산출세액에 외국인투자비율을 곱한 금액의 전액을 감면하도록 되어 있다) 소정의 취득세 감면 대상에 해당된다고 하여 상대적으로 그 감면비율이 높은 위 법률의 규정에 의하여 그 취득세의 산출세액에 위 (1)항 판시의 외국인투자비율을 곱한 금액의 전액을 감면받은 것으로 보고 취득세 406,520,700원과 아래 2.나.(2)(나)2)가)항 판시의 과세표준 및 세율에 따른, 농어촌특별세 40,652,070원(위 취득세액의 100분의 10)을 신고납부하였다.

(4) 그 후 구 감면조례가 같은 해 8. 20. 아래 나.(2)항 판시의 경상남도세감면조례(이하 신 감면조례라 한다)로 개정되었다.

(5) 원고는 신 감면조례 부칙 제3항에 의하여 이 사건 부동산 취득의 경우에도 신 감면조례 제28조가 소급적용되어 취득세 및 등록세 면제대상에 해당한다고 하여 같은 해 9. 19. 피고에게 이 사건 등록세 등에 관하여 신 감면조례에 의한 지방세 감면신청,

지방세법 제71조 소정의 수정신고,

같은 법 시행령 제38조 소정의 세입과오납금환부신청의 형식으로 감면 및 환부 신청을 하였다(이하 이 사건 신청이라 한다).

(6) 피고는 같은 해 9. 21. 원고에 대하여, 신 감면조례 부칙 제4항에는 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하였거나 하여야 할 도세는 종전의 예에 의한다고 규정하고 있으므로, 이미 구 감면조례에 의하여 부과 또는 감면받아 이 사건 등록세 등을 납부한 이 사건 부동산 취득의 경우에는 신 감면조례 제28조, 제29조(이하 이 사건 개정규정이라 한다)가 적용되지 아니하여 그 면제대상이 아니어서 기납부된 이 사건 등록세 등의 환부가 불가하다는 취지의 내용이 기재된, ‘취득세 등록세 환급신청 반려’라는 제목의 문서를 보내는 방법으로 이 사건 신청을 반려한다고 통보하였다(이하 이 사건 환부거부처분이라 한다).

나. 관계 조례

(1) 구 경상남도세감면조례(1998. 8. 20. 조례 2581호로 개정되기 전의 것)

(가) 제28조에 의하면, 제조업등 사업을 영위하는 기업자가 주거래 은행의 요청에 의하여 금융부채상환을 위하여 매각하는 부동산을 취득하는 자와 금융기관부실자산등의효율적처리및성업공사의설립에관한법률의 규정에 의하여 설립된 성업공사가 금융기관 부실채권 정리를 위하여 인수한 부동산을 성업공사로부터 취득하는 자에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있다.

제29조에 의하면, 제조업 등 사업을 영위하는 기업자가 기업의 구조조정을 위하여 다른 기업자와의 사업양수도로 인하여 취득하는 사업용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있다.

(나) 그 부칙은 아래와 같이 규정하고 있다.

① (시행일) 이 조례는 1998년 1월 1일부터 시행한다.

② (유효기간) 이 조례는 2000년 12월 31일까지 시행한다.

④ (기업의 금융채무 정리 및 구조조정 세제지원에 대한 적용례) 제28조 및 제29조의 규정은 이 조례 시행일 이후 적용시한 만료일 이전에 계약이 체결된 부동산에 대하여 적용한다.

⑤ (경과조치) 이 조례 시행당시 종전의 조례에 의하여 감면하였거나 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 조례에 의한다.

(2) 경상남도세감면조례(1998. 8. 20. 조례 2581호로 개정된 것)

(가) 제28조 제1항에 의하면, 부동산매매계약체결일 현재 계속하여 5년이상 사업을 영위한 기업이 은행법·보험업법·신탁업법 및 그 밖의 법률에 의한 금융기관(이하 이 조에서 금융기관이라 한다)의 부채(1997년 6월 30일 이전에 채무가 성립한 부채에 한한다)상환을 위하여 금융기관의 담보물권이 설정된 부동산을 당해 금융기관의 요청 또는 동의를 얻어 매도하는 경우에 그 부동산을 취득하는 자에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 다만,

법인세법시행령 제43조 제2항 및

제3항의 규정에 의한 부동산업 또는 서비스업(다른 사업을 겸업하고 있는 경우에는 부동산의 매도일이 속하는 사업년도의 직전 사업년도의 사업별 수입금액 중 부동산업 또는 소비성서비스업의 수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 영위하고 있는 기업이 매도하는 부동산을 취득하는 경우에는 그러하지 아니하며, 그 제2항에는, 금융기관부실자산등의효율적처리및성업공사의설립에관한법률의 규정에 의하여 설립된 성업공사가 금융기관의 부실채권의 정리를 위하여 동법의 규정에 의하여 인수한 부동산을 성업공사로부터 취득하는 자에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있다.

제29조에 의하면, 사업양수도계약일 현재 계속하여 2년 이상 사업을 영위한 기업이 당해 사업과 관련한 권리의무를 다른 기업에 포괄적으로 양도하는 경우에 그 사업양수도로 인하여 다른 기업이 양수하는 당해 사업용재산(

지방세법 제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 다만,

법인세법시행령 제43조 제2항 및

제3항의 규정에 의한 부동산업 또는 소비성서비스업(다른 사업을 겸업하고 있는 경우에는 사업양수도계약일이 속하는 사업년도의 직전 사업년도의 사업별 수입금액 중 부동산업 또는 소비성서비스업의 수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)의 양수도와

지방세법 제22조 제2호의 규정에 의한 친족 기타 특수관계에 있는 자간의 사업양수도에 대하여는 그러하지 아니하며, 사업을 양수한 기업이 양수재산을 정당한 사유없이 그 취득일부터 계속하여 3년이상 당해사업에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우에는 면제한 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있다.

(나) 그 부칙은 아래와 같이 규정하고 있다.

① (시행일) 이 조례는 공포한 날부터 시행한다.

② (적용시한) 제2조 제3항·제4항 및 제4조 제1항·제2항의 개정규정은 2000년 12월 31일까지 적용하고, 제13조 제2항 제3호의 개정규정은 1999년 6월 30일까지 적용하며, 제28조 및 제29조의 개정규정은 1999년 12월 31일까지(제29조의 단서규정에 의하여 면제한 취득세와 등록세를 추징하는 경우를 제외한다) 적용한다.

③ (적용례) 제13조 제2항 제3호의 개정규정은 1998년 5월 22일 이후 이 조례 적용시한 만료일 이전에 취득하였거나, 1999년 6월 30일 이전에 분양계약이 체결된 경우로서 2001년 6월 30일까지 취득하는 공동주택에 대하여 적용하고, 제28조 및 제29조의 개정규정은 1998년 1월 1일 이후 이 조례 적용시한 만료일 이전에 매매계약 또는 사업양수도계약이 체결된 부동산 또는 사업용 재산에 대하여 적용한다.

④ (일반적 경과조치) 이 조례 시행당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 도세에 대하여는 종전의 예에 의한다.

다. 관계 조례의 개정 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑8호증의 1 내지 17, 갑9, 10호증의 각 1, 2, 3, 을3, 4호증의 각 1, 2, 을5 내지 8호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 인정된다.

(1) 행정자치부장관은 1998. 2. 12. 각 시·도지사 등에게 당시에 직면한 국가적 외환위기 등 국가경제난 극복대책의 일환으로 기업의 재무구조개선과 구조조정을 유도, 촉진하기 위하여 구 감면조례 제28조와 제29조를 개정하여 같은 해 1. 1.부터 소급적용하도록 하는 내용의 지방세감면조례중개정조례(안)을 통보한 데 이어, 같은 해 4. 17. 구 감면조례 제28조에 의한 도세 감면의 폭을 50%에서 100%로 늘려 개정하도록 하는 내용의 지방세감면조례중개정조례(안)을 통보하면서 각 시·도의 감면조례를 위 개정조례(안)의 내용과 같이 개정해 줄 것을 요청하였는데, 그 개정조례(안)의 부칙 조항을 보면, 전자의 그것은 1998. 1. 1.이후 이 조례 적용시한 만료일 이전에 매매계약 또는 사업양수도계약이 체결된 부동산 또는 사업용 재산에 대하여, 후자의 그것은 1998. 1. 1.이후 이 조례 적용시한 만료일 이전에 매매계약이 체결된 부동산에 대하여 그 각 개정규정을 적용하도록 되어 있었다.

(2) 위 통보 당시 행정자치부장관은 위와 같은 개정에 대하여는

지방세법 제9조의 규정에 의한 장관의 허가를 얻은 것으로 볼 터이니 조속한 시일 내에 지방의회의 의결을 거쳐 공포·시행하도록 하였는데, 경상남도지사는 위 각 통보에 의한 조례개정안뿐만 아니라 행정자치부장관이 같은 해 5. 27. IMF 시대의 침체된 건설 및 주택경기를 활성화하기 위하여 공동주택 입주자 등에 대한 지방세감면대상을 확대하기 위하여 통보한 조례개정안도 함께 그 조례·규칙심의회의 심의에 붙인 다음 같은 해 7. 1. 도의회에 제출하여 같은 해 8. 10. 본회의에서 그 개정조례안이 의결되자, 같은 달 20. 신 감면조례를 공포하여 같은 날부터 시행되도록 하였다.

(3) 한편, 행정자치부장관의 위와 같은 내용의 통보에 따라, 경상남도뿐만 아니라 서울특별시를 제외한 다른 광역시·도에서도 위 (1)항 판시의 지방세감면조례중개정조례(안)의 내용(부칙 조항 포함)과 동일·유사하게 그 감면조례를 개정함으로써, 그 내용 및 형식, 체제 등이 이 사건 개정규정 및 부칙 조항과 거의 동일한 도세감면조례 규정을 두고 있는데, 경상남도에서는 그 개정절차가 늦어져 1998. 8. 20.경에야 비로소 신 감면조례가 개정, 시행된 데 반하여, 대구광역시를 제외한 다른 광역시·도에서는 그 이전인 같은 해 5.-6.경 신 감면조례와 같은 내용의 감면조례가 개정, 시행되었다.

2. 원고의 주장에 대한 판단

가. 원고의 주장

원고의 주장 요지는, 원고가 이 사건 부동산 취득 후 이 사건 등록세 등을 신고납부하였으나 그 납부 후 개정된 신 감면조례에 따라 이 사건 부동산 취득의 경우에도 그 부칙 제3항에 의하여 이 사건 개정규정이 소급 적용되어 이 사건 등록세 등이 전액 면제되어야 하고, 이에 원고가 이 사건 신청을 한 이상, 피고는 원고에게 이 사건 등록세 등을 면제, 환부하여야 할 것이므로, 이 사건 신고납부처분은 더 이상 그대로 유지될 수 없는 위법사유가 발생하였고, 그렇지 않다 하더라도 이 사건 환부거부처분은 이 사건 개정규정을 적용하여야 할 이 사건 부동산 취득에 대하여 구 감면조례를 적용하여 이 사건 등록세 등의 감면 및 환부를 거부한 위법이 있다고 주장하면서, 위 주위적 청구로서 이 사건 신고납부처분의 취소를, 예비적 청구로서 이 사건 환부거부처분의 취소를 구하고 있다.

나. 판단

(1) 주위적 청구 부분

직권으로, 이 사건 소 중 주위적 청구 부분에 관한 소의 적법 여부를 판단한다.

(가)

행정소송법 제20조 제1항에 의하면, 취소소송은 처분 등이 있음을 안 날로부터(재결의 경우 그 재결서를 송달받은 날로부터) 90일 이내에 제기하여야 하고,

지방세법 제80조에 의하면, 이 법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익을 침해당한 자가 감사원법에 의한 심사청구를 한 경우에는 그 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날)로부터 60일 이내에 하여야 하고,

같은 법 제81조에는, 처분 등에 관한 행정소송은

제74조 및

제80조 소정의 심사결정의 통지를 받은 날로부터 90일 이내에 제기하여야 한다고 규정하고 있다.

(나) 갑7호증의 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 1998. 10. 19. 이 사건 환부거부처분에 대하여 감사원법에 의한 심사청구를 하였는데, 1999. 9. 3. 감사원에서 그 심사청구가 기각된 사실, 이에 원고는 같은 해 12. 1. 원심법원에 이 사건 환부거부처분의 취소를 구하는 이 사건 소송을 제기하였다가 2000. 4. 19. 청구취지 및 항소취지의 기재와 같이 이 사건 신고납부처분의 취소도 아울러 구하면서 이를 주위적 청구로 삼고 종래의 청구를 예비적 청구로 삼는 내용의 청구취지 및 청구원인 변경신청서를 제출한 사실이 인정된다.

(다) 위 (가)항 판시의 관계 법령과 위 1.가.(3)(가)(나)항 및 위 (나)항 판시 사실을 종합하면, 위 (나)항 판시의 심사청구는 이 사건 환부거부처분에 대한 것으로서 이 사건 신고납부처분에 대한 것으로 볼 수 없을 뿐만 아니라 이 사건 환부거부처분에 대하여 심사청구절차를 거쳤다 하여 이 사건 신고납부처분에 대하여는 그러한 전심절차를 거칠 필요가 없다고 할 수는 없고, 달리 이 사건 신고납부처분에 대하여 지방세법 소정의 전심절차를 거쳤다고 볼 만한 자료가 없는바, 사정이 이와 같은 이상, 이 사건 신고납부처분의 취소소송의 경우 그 제소기간은 이 사건 신고납부처분이 있음을 안 날인 1998. 7. 1.경 및 같은 달 31.경부터 진행된다고 봄이 상당하고, 비록 원고가 주장하는 바와 같이 이 사건 신고납부처분 이후 위 1.나.항 판시의 관계 조례의 개정으로 그 처분의 위법을 다투게 되었다 하더라도, 이 사건 신고납부처분의 취소소송의 제소기간이 위 (나)항 판시의 이 사건 환부거부처분에 대한 감사원의 심사결정의 통지를 받은 날로부터 진행된다고 볼 수는 없으므로, 이 사건 소 중 주위적 청구 부분에 관한 소는 그 제소기간을 도과하여 제기된 것임이 분명하다.

(라) 따라서, 이 부분 소는 부적법하다.

(2) 예비적 청구 부분

(가) 이 사건 환부거부처분의 내용

1) 신 감면조례 제31조 제1항에 의하면, 이 조례에 의하여 도세를 감면받고자 하는 자는 소정의 서식에 의한 경상남도세감면신청서 및 그 사실을 증명할 수 있는 서류를 갖추어 시장·군수에게 신청하여야 하고, 다만 시장·군수가 감면대상임을 알 수 있는 때에는 신청이 없는 경우라도 직권으로 감면할 수 있으며, 그 제2항에는, 시장·군수가 제1항의 규정에 의한 신청을 받은 때에는 감면 여부를 조사·결정하고 그 내용을 신청인에게 통지하여야 한다고 규정하고 있는바, 이들 규정의 취지와 내용, 신고납부하는 등록세 및 취득세의 성격 등을 종합하면, 이 사건 개정규정 소정의 면제대상인 등록세 및 취득세는 당연히 또는 납세자의 감면신청만으로 곧바로 면제되는 것이 아니라 과세관청이 직권으로 또는 납세자의 감면신청을 받아들여 감면결정을 하여야만 비로소 면제되는 것이고, 만일 과세관청이 그 감면신청에 따른 감면결정을 거부하는 결정을 한 경우에는, 이에 관한 감면신청권이 있는 납세자로서는 행정쟁송절차를 통하여 그 거부결정을 취소받기 전에는 그 납세의무의 유무가 확정되지 아니하여 이미 신고납부한 등록세 및 취득세를 환급받을 수 없는 형태를 띠고 있다고 봄이 상당하다(

지방세법 제71조 제1항에 의하면, 신고납부기한 내에 지방세를 신고한 납부자가 ① 신고납부 후에 과세표준액 및 세액계산의 근거가 되는 면적, 가격 등이 공사비의 정산, 건설자금의 이자계산, 확정판결 등에 의하여 변경되거나 확정되는 경우, ② 신고납부 당시에 있어서 증빙서류의 압수 또는 법인의 청산 기타 부득이한 사유로 인하여 과세표준액 및 세액을 정확하게 계산할 수 없었으나 그 후 당해 사유가 소멸한 경우에는 대통령령이 정하는 날로부터 60일 이내에 수정신고하여야 하고,

그 제2항에는 그 수정신고로 인하여 초과납부세액이 발생한 경우에는 당해 지방자치단체는 이를 즉시 환부하여야 한다고 규정하고 있으나, 그 규정 내용에 비추어 신 감면조례에 의한 등록세 및 취득세의 감면은 위 규정 소정의 수정신고 사유에 해당한다고 보기 어렵다).

2) 그런데, 갑1, 6호증의 각 기재에 의하여 인정되는 이 사건 신청 및 이 사건 환부거부처분의 내용을 보면, 이 사건 신청(그 신청서에는, 제목이 ‘등록세 및 취득세 등의 감면신청 및 환급처분 등 신청’으로 되어 있고, 신 감면조례 제28조에 의한 등록세 및 취득세에 대한 ‘감면신청서’, 이에 따른

지방세법 제71조에 의한 등록세 및 교육세, 취득세 및 농어촌특별세에 대한 ‘수정신고서’,

지방세법 시행령 제38조에 의한 이들 세에 대한 ‘세입과오납금환부청구서’가 별도로 첨부되어 있다)은, 이 사건 등록세 등이 이 사건 개정규정의 면제대상에 해당하여 이를 면제, 환부받아야 하므로, 신 감면조례의 규정에 의한 감면신청, 수정신고(그 수정신고이유서에는

지방세법 제71조 제1항 소정의 수정신고사유를 적시하지 아니하고, 위 감면신청의 사유를 그대로 적고 있다), 과오납금환부신청을 한다는 내용으로서, 그 실질은 신 감면조례의 규정에 의한 감면신청이라 할 것이고, 이 사건 환부거분처분 역시, 이 사건 등록세 등은 이미 구 감면조례에 의하여 감면, 납부한 것으로서 이 사건 개정규정의 면제대상이 아니므로, 위 수정신고에 대하여는 별도의 통지 없이, 감면신청 및 과오납금환부신청을 반려한다는 내용으로서, 위 감면신청에 의한 감면결정을 거부한 것으로 볼 것이다.

3) 그리고, 이 사건 변론에 나타난 원고의 주장 내용을 검토해 보면, 그 청구 형태가

지방세법 제71조 소정의 감액수정신고에 대한 환부거부처분의 취소라는 표현을 쓰고 있기는 하나, 그 주된 내용은 이 사건 등록세 등이 이 사건 개정규정의 면제대상에 해당함에도 불구하고, 원고가 위 2)항 판시와 같은 내용의 이 사건 신청을 한 데 대하여, 피고가 같은 항 판시와 같은 내용의 이 사건 환부거부처분을 함으로써, 위법한 이 처분이 취소되지 아니하고서는 이 사건 등록세 등을 환급받을 수 없게 되어 있었으니, 이를 취소해 달라는 취지임을 알 수 있다.

4) 위 1), 2), 3)항 판시의 사정을 종합하면, 이 사건 환부거부처분은 원고의 신 감면조례 규정에 의한 이 사건 신청을 받아들이지 아니하고 그 감면결정을 거부하는(따라서, 이 사건 등록세 등은 환부될 수 없음을 통지하는) 의미의 처분이고, 원고는 이 사건 등록세 등을 반환받기 위하여 그 전제로서 위와 같은 의미의 이 사건 환부거부처분의 취소를 구하고 있는 것이므로, 아래에서는 이러한 의미에서의 이 사건 환부거부처분의 적법 여부를 판단하기로 한다.

(나) 이 사건 환부거부처분의 적법 여부

1) 먼저, 이 사건 등록세[위 1.가.(3)(가)항] 및 취득세[위 1.가.(3)(나)항]의 면제에 관한 주장 부분에 대하여 판단한다.

세법의 개정이 있을 경우 개정 전후의 법령 중에서 납세의무가 성립할 당시의 법령을 적용하여야 하고, 특히 그 개정 규정이 납세의무자에게 불리할 경우에는 이를 소급하여 적용할 수 없으며, 조세법규의 해석은 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석을 하여서는 아니된다는 등의 조세법상의 일반원칙에다가, 위 1.가.(2)항 판시의 이 사건 부동산 매매계약의 내용 및 그 체결일자, 위 1.나., 다.항 판시의 관계 조례의 내용 및 그 개정의 경위 등을 종합하여 판단하면, 이 사건 부동산 취득의 경우에는 아래와 같은 사유로 신 감면조례 부칙 제3항 소정의 1998. 1. 1. 이후 이 조례 적용시한 만료일 이전에 매매계약 등이 체결된 부동산 등에 해당하므로 이 사건 개정규정이 소급 적용되어야 한다고 해석함이 상당하고, 따라서 그 등록세 및 취득세는 면제되어야 한다.

즉, 가) 신 감면조례 부칙(이하 그냥 부칙이라 한다) 제1항에 의하여 신 감면조례가 그 공포일부터 시행됨으로써, 원칙적으로, 과세 또는 면제에 관한 사항에 관하여, 그 이후 납세의무가 성립하는 도세의 경우는 신 감면조례를, 그 이전에 납세의무가 성립하는 도세의 경우는 구 감면조례를 각 적용하여야 할 것인데, 굳이 조례 개정 전후의 경과조치로서 부칙 제4항의 규정을 둔 취지는, 만약 신 감면조례의 내용이 납세의무자에게 불리한 경우에는 납세의무자의 기득권 내지 신뢰 보호를 위하여 그에게 유리한 구 감면조례를 적용하도록 하기 위하여 부칙 제4항의 규정을 두었다 할 것이므로, 이러한 부칙 제4항의 규정이 있다 하여 신 감면조례가 납세의무자에게 유리한 경우에 있어서까지 이를 적용하지 아니하고 납세의무자에게 불리한 구 감면조례를 적용하여야 한다고 해석할 수는 없다(따라서, 특별한 사정이 없는 한, 신 감면조례 시행 이전에 이미 납세의무가 성립한 도세에 대해서 구 감면조례를 적용하는 것은 구 감면조례가 납세의무 성립 당시에 시행된 조례인 데 기인할 따름이다).

나) 부칙 제3항과 제4항의 내용과 그 상호 관계를 보면, 부칙 제4항에는 이미 납세의무가 성립한 도세(즉, 이미 부과·감면하였거나 하여야 할 도세)에 대해서는 종전의 예(즉, 구 감면조례)를 적용한다는 일반적인 경과규정을 두면서도, 그 제3항에서는 신 감면조례 시행 이전인 1998. 1. 1. 이후 매매계약 등이 체결된 부동산에 대하여는 구 감면조례가 아닌 신 감면조례를 적용한다는 별도의 규정을 두고 있는바, 이는 이미 납세의무가 성립한 도세에 있어서도 납세의무자에게 불리하지 아니한 일정한 경우에는 구 감면조례 아닌 신 감면조례를 우선 적용하여야 한다는 것으로서(그렇지 아니하고 납세의무 성립 당시의 감면조례에 따른다고 하면, 부칙 제1항, 제4항의 규정을 둠으로써 충분하지, 굳이 부칙 제3항의 규정을 둘 필요가 없다), 부칙 제3항은 부칙 제4항과 그 적용이 경합되는 범위 내에 있어서는 그 조항에 우선하는 특별규정이라고 봄이 상당하다.

다) 이 사건 개정규정 및 부칙 제3항의 문언을 보면, 과세요건이 되는 ‘취득’과 그 원인이 되는 ‘계약 체결’을 명확히 구분하고 있으므로(특히, 부칙 제3항 전단에서는 … 이전에 ‘취득’하였거나 … 이전에 ‘분양계약’이 체결된 경우로서, …까지 ‘취득’하는 공동주택에 … 라고 규정하고,그 후단에서는 … 이전에 ‘매매계약 또는 사업양수도계약’이 체결된 부동산에 … 라고 규정하여, 같은 항에 규정된 신 감면조례의 각 규정의 적용례 부칙에 있어서도, ‘취득’과 ‘계약 체결’을 엄연히 구분하고 있고, 구 감면조례 부칙 제4항에도 … 이전에 ‘계약’이 체결된 부동산에 … 라고 규정하고 있다), 이러한 문언의 의미와 달리 해석하여야 할 특별한 사정이 없는 한, 그 문언은 그 의미 그대로 충실하게 해석하여야 한다.

라) 이 사건 감면조례의 개정 경위나 전후 사정에 비추어 보면, 정부에서는 국가 경제난 극복을 위한 기업의 재무구조개선 및 구조조정의 촉진, 외국자본의 국내 투자 확대 유도 등의 목적으로, 각 시·도의 감면조례 개정을 통하여 가능한 한 전 지역에서 빠른 시일 내에 일률적 기준으로 취득세 및 등록세를 감면해 줄 필요가 있게 되자, 전국 각 시·도에 위 1.다.(1)항 판시의 지방세감면조례중개정조례(안)을 통보하여 이에 따라 감면조례를 개정, 시행해 줄 것을 요청하고, 전국 각 시·도에서는 그 개정 시기에 조금씩 차이가 있을 뿐, 위 개정조례(안)의 내용에 맞추어 위 1.나.항 판시의 구·신 감면조례 규정 및 그 부칙 조항과 같은 내용의 도세감면조례 규정을 두게 된 것이므로, 이와 같은 형태의 도세감면조례 개정의 필요성에다가, 타 시·도와 달리 경상남도에서는 그와 같은 감면조례의 개정이 늦어지는 바람에, 정부에서 통보된 개정조례(안)의 내용이나 타 시·도의 개정된 감면조례대로 하자면 면제되었을 이 사건 부동산 취득과 같은 경우의 등록세 등을 감면받지 못하게 된다면, 그러한 조례의 개정이 아무리 지방자치단체의 자치권에 속하는 것이라 하더라도, 형평성의 문제가 제기될 것이 명백하여 이 때문에 가능한 한 그 개정 규정이 적용시점이나 대상에 있어서 타 시·도의 그것과 동일하게 적용될 수 있는 조례 개정의 형식을 취했으리라는 점 등을 감안하면, 그 당시 조례 개정자의 의사 역시 납세의무의 성립 시점 즉, ‘취득’ 시점이 아니라 그 원인이 되는 ‘계약 체결’ 시점을 기준으로 이 사건 개정규정의 소급적용을 규율하려고 하였다고 보는 것이 합리적이다.

마) 피고 주장은, 부칙 제3항, 제4항의 규정을 함께 고려하여, 이 사건 개정규정이 1998. 1. 1.이후 매매계약 등이 체결되어 신 감면조례 시행 후 취득하는 부동산의 경우에만 적용되는 것으로 해석하여야 한다는 것이나, 이러한 해석은 부칙 제3항 규정의 문언과 배치되게 그 적용요건을 제한하는 것일 뿐만 아니라, 부칙 제4항은 앞서 본 바와 같이 납세의무자에게 불리하게 조례가 개정된 경우를 대비하여 규정한 경과조치일 뿐, 이 사건과 같이 조례가 납세의무자에게 유리하게 개정된 경우에 있어서 그 적용을 제한하려는 취지에서 둔 규정이 아니어서, 이를 들어 위 부칙 제3항을 위와 같이 한정적으로 해석할 것은 아니다.

바) 나아가 앞서 본 바와 같은 입장에서의 해석이 납세의무 성립 후 납세의무자에게 불리하게 조례가 개정된 경우에도 그 조례를 적용하여야 한다는 것이라면 조세법률불소급의 원칙에 반하는 것이라 하겠지만, 그 개정 조례가 납세의무자에게 유리한 경우라면 헌법이나 법률에 위배되지 아니하는 한 입법자가 그 개정 조례를 소급하여 적용하도록 하는 규정을 둘 수 있음은 물론 그와 같은 규정 내용대로의 해석은 얼마든지 가능한 것이고, 이러한 이치는 이미 납세의무가 성립되어 그 납세까지 다 마친 조세에 대한 것이라 하더라도 마찬가지라 할 것이다.

2) 다음, 이 사건 교육세[위 1.가.(3)(가)항] 및 농어촌특별세[위 1.가.(3)(나)항]의 면제에 관한 주장 부분에 대하여 판단한다.

가)

구 교육세법(1999. 12. 28. 법률 제6050호로 개정되기 전의 것) 제3조 제5호에 의하면, 지방세법의 규정에 의한 등록세의 납세의무자는 교육세를 납세할 의무를 지고,

제5조 제1항에는, 교육세는 다음 각 호의 과세표준에 해당하는 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다고 하면서,

그 제5호에 과세표준이 지방세법에 의하여 납부하여야 할 등록세액인 경우 세율을 100분의 20으로 규정하고 있고,

제12조 제3항에는, 등록세액에 부과되는 교육세의 과오납금은 지방세 환급의 예에 의하여 이를 환급한다고 규정하고 있다.

구 농어촌특별세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것) 제3조 제1호,

제5호에 의하면, 지방세법에 의하여 취득세 또는 등록세의 감면을 받는 자, 지방세법에 의한 취득세 납부의무자 등은 농어촌특별세를 납부할 의무를 지고,

제5조 제1항에는, 농어촌특별세는 다음 각 호의 과세표준에 해당 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다고 하면서,

그 제1호에 과세표준이 지방세법에 의하여 감면을 받는 취득세 또는 등록세의 감면 세액인 경우에는 세율을 100분의 20으로,

그 제6호에 과세표준이 지방세법에 의하여 납부하여야 할 취득세액인 경우에는 세율을 100분의 10으로 한다고 규정하고 있고,

제12조에는, 농어촌특별세의 과오납금 등(감면을 받은 세액을 추징함에 따라 발생하는 환급금을 포함한다)에 대한 환급은 본세의 환급의 예에 의한다고 규정하고 있다.

나) 위 가)항 판시의 관계 법령의 내용과 위 1)항 판시의 사정 등을 종합하면, 본세인 이 사건 등록세 및 취득세에 부가되는 이 사건 교육세 및 농어촌특별세 역시 본세의 감면 및 그 절차에 따라 면제되어야 한다고 해석함이 상당하다.

3) 사정이 위 1), 2)항 판시와 같은 이상, 그 판시의 이 사건 등록세 등은 면제, 환부되어야 할 것이므로, 이 사건 환부거부처분은 위법하여 취소를 면할 수 없다.

따라서, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 소 중 주위적 청구 부분에 관한 소는 부적법하여 이를 각하하고, 예비적 청구 부분은 이유 있어 이를 인용할 것인바, 원심판결은 이와 결론을 달리 하여 원고의 청구를 모두 기각하고 있어 부당하므로, 원고의 항소를 받아들여 원심판결을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.