토지를 취득한 이후 3년이 경과하도록 토지를 타인에게 임대하여 임대료를 징수하여 왔을 뿐 학교시설로 사용하기 위한 필수적인 준비절차인 도시계획변경신청 및 공공시설입지 승인신청조차 하지 않다가 세무조사가 실시되자 비로소 토지에 학교시설을 설치할 수 있도록 하는 내용의 도시계획변경신청을 한 점에 비추어 토지를 유예기간 내에 고유업무에 직접 사용하지 못한데에 정당한 사유가 있다고 할 수 없다. 따라서 토지를 비업무용토지로 보아 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

1. 부과처분의 경위

다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1 내지 30, 갑 제9호증의 1 내지 15, 갑 제15호증, 갑 제18호증의 1 내지 3, 을 제13호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 기독정신과 대한민국 교육의 기본이념에 기하여 실업에 관한 전문적인 지식과 이론을 교수, 연구하여 국가사회 발전에 필요한 직업인을 양성함을 목적으로 설립된 학교법인으로서, 그 산하에

전주기전여자전문대학을 설립하여 운영해 왔다.

나. 원고는 1996. 1. 10. 별지 목록 기재 토지(이하 이 사건 토지라 한다) 중 순번 제1부터 제28까지 토지에 대하여 소유자인

소외 강익수와 사이에 위 각 토지를 매수하기로 하는 매매계약을 체결한 후 매매대금을 모두 지급하여 이를 취득하였고, 1996. 2. 8. 이 사건 토지 중 순번 제29, 30 토지에 대하여 소유자들인

소외 박태원,

박분옥,

박분이,

박분임,

박부선,

박영자와 사이에 위 각 토지를 매수하기로 하는 매매계약을 체결한 후 이를 취득하였다고 주장하면서, 2000. 1. 10.부터 2000. 2. 8.까지 세차례에 걸쳐 피고에게 이 사건 토지에 대한 소유권이전등기에 필요한 등록세 비과세 확인서를 발급하여 줄 것을 요구하였다.

다. 이에 대하여 피고는 당초

구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 법이라고 한다) 제107조 제1호,

제127조 제1항 제1호의 규정에 따라 이 사건 토지에 대한 취득세, 등록세 등을 비과세하였으나, 그 후 이 사건 토지에 대한 세무조사결과, 원고가 이 사건 토지의 취득일로부터 3년이 경과하도록 등기부상에 정한 목적사업에 사용하지 아니하였다는 이유로 이 사건 토지가 비과세된 취득세와 등록세 등의 추징대상이 됨은 물론,

법 제112조 제2항,

구 지방세법시행령(2000. 7. 29. 대통령령 제16928호로 개정되기 전의 것, 이하영 이라고 한다) 제84조의4 제1항 라목 및

제3항 제4호 소정의 법인의 비업무용 토지에 해당한다고 보아,

법 제112조 제2항 소정의 중과세율(500/100)을 적용하여 산출한 취득세 693,150,840원(가산세 115,525,140원 포함), 농어촌특별세 63,538,820원(가산세 5,776,250원 포함), 등록세 95,816,160원(가산세 15,969,360원 포함) 및 교육세 17,566,290원(가산세 1,596,930원 포함)을 2000. 5. 10. 원고에게 부과, 고지하였다(이하 이 사건 부과처분이라고 한다).

2. 본안전 항변에 대한 판단

피고는,

법 제81조 제1항에 의하면 법에 의한 처분등에 대하여 행정소송을 제기하고자 할 때에는 심사결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내 또는 심사청구를 신청한 날부터 60일이 경과한 후에 처분청을 당사자로 하여 행정소송을 제기하도록 규정하고 있는데, 원고는 2000. 7. 12. 행정자치부장관에게 심사청구를 제기한 후, 60일이 경과하지 않은 상태에서 이 사건 소를 제기하였으므로, 부적법하다는 취지로 주장한다.

살피건대, 전심절차를 밟지 아니하거나, 전심절차를 제기한 후 60일이 경과하기도 전에 취득세부과처분취소소송을 제기하였다면 제소 당시로 보면 전치요건을 구비하지 못한 위법이 있다 할 것이지만, 소송 계속 중 심사청구를 하여 변론종결 전에 기각결정을 받았다면 위와 같은 전치요건 흠결의 하자는 치유되었다고 볼 것이다(

대법원 1987. 4. 28. 선고 86누29 판결 참조).

그런데 원고가 2000. 7. 21. 행정자치부장관에게 심사청구를 제기한 날로부터 60일이 경과하지 않은 2000. 8. 10. 이 사건 소를 제기한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으나, 한편 을 제18호증의 기재에 의하면, 행정자치부장관은 이 사건 소송 계속 중인 2000. 9. 26. 원고의 심사청구를 기각하는 내용의 결정을 한 사실을 인정할 수 있으므로, 결국 이 사건 소는 전치요건 흠결의 하자가 치유되어 적법하게 되었다고 할 것이다.

따라서 피고의 본안전 항변은 이유 없다.

3. 이 사건 부과처분의 위법 여부

가. 당사자의 주장

피고가 위 처분사유 및 적용법령을 들어 이 사건 부과처분이 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 첫째, 원고의 이사인

소외 강택현과 상임고문인

엄만용 등의 명의를 빌려 이 사건 토지에 대한 매매계약을 체결하였으나, 매도인들이 이 사건 토지 안에 있는 묘지 이전비 및 잔디 이전대금을 추가로 요구하면서 소유권이전등기절차에 협력하지 아니하였을 뿐만 아니라, 부동산실권리자명의등기에관한법률의 시행으로 명의신탁약정이 무효가 됨으로써, 명의신탁자인 원고 명의로 소유권이전등기를 마칠 수 없게 되자 2000. 1. 20.경에 당초 체결한 매매계약을 합의해제하고 새로 매매계약을 체결하였으므로, 이 사건 토지에 대한 취득일은 2000. 1. 20.경으로 봐야 할 것인데, 그로부터 3년이 경과하지 아니한 2000. 5. 10.에 원고에게 취득세 등을 부과한 피고의 이 사건 처분은 위법하고, 둘째, 가사 이 사건 토지의 취득일이 당초 매매계약을 기준으로 정한다고 하더라도 원고는 1997. 10. 16. 교육부장관으로부터

기전여자전문대학 이전계획승인을 받았고, 1999. 10. 4. 전주시에 도시계획시설 학교변경결정 및 지적변경승인신청서를 제출하였으며, 1999. 12.경에는 김제시에

기전여자전문대학 김제캠퍼스 공공시설입지승인신청을 하는 등 이 사건 토지를 원고의 목적사업에 사용하기 위한 노력을 게을리 하지 아니하는 등 취득일로부터 3년내에 법인의 고유업무에 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있으므로, 이 사건 부과처분은 위법하다고 주장한다.

나. 관계법령

○ 법

제107조 (용도구분에 의한 비과세) 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다.

1. 제사종교자선학술기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제111조 (과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 년부로 취득하는 경우에는 년부금액으로 한다.

⑤ 다음에 게기하는 취득(증여기부 기타 무상취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 년부금액에 의한다.

3. 판결문법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득

제112조 (세율) ① 취득세의 표준세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1000분의 20으로 한다.

② 다음 각호의 1에 해당하는 부동산 등을 취득하는 경우(별장 등을 구분하여 그 일부를 취득하는 경우를 포함한다)의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 500으로 한다. 이하 생략

6. 법인의 비업무용 토지 : 법인이 토지를 취득한 후 유예기간내에 정당한 사유없이 목적사업에 직접 사용하지 아니하거나 적정기준을 초과하여 소유하고 있는 토지. 이 경우 유예기간목적사업의 범위적정기준 및 비업무용에서 제외되는 토지의 기준 등은 대통령령으로 정한다.

○ 영

제73조 (취득의 시기등) ① 유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일(계약상 잔금지급일이 명시되지 아니한 경우에는 계약일로부터 30일이 경과되는 날)에 취득한 것으로 본다. 다만, 잔금을 계약상의 지급일전에 사실상 지급한 경우와 법 제111조 제5항 각호의 1에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일에 취득한 것으로 본다.

제79조 (비영리사업자의 범위)① 법 제107조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다.

2. 초중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자 및 사회교육법에 의한 사회교육시설을 운영하는 사회교육단체

제82조의2 (취득가격의 입증등)① 법 제111조제5항제3호에서 "판결문법인장부중 대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호에 정하는 것을 말한다.

1. 판결문 : 민사소송 및 행정소송에 의하여 확정된 판결문 (화해포기인낙 또는 의제자백에 의한 것은 제외한다)

2. 법인장부 : 법인이 작성한 원장보조장출납전표결산서

제84조의 4 (법인의 비업무용 토지의 범위) ① 법 제112조 제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 다음 각 호의 1에 해당하는 토지를 말한다.

1. 법인이 토지를 취득한 날로부터 3년(다음 각목에 정하는 토지는 당해 각목에서 정하는 기간을 말하며, 이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)내에 정당한 사유 없이 법령 또는 당해 법인의 법인등기부상 목적사업으로 정하여진 업무(이하 이 조에서 “목적사업”이라 한다)에 직접 사용하지 아니하는 토지

다. 인정사실

다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제2호증의 1 내지 30, 갑 제3호증의 1 내지 4(갑 제3호증의 1은 을 제9호증의 1과 같다), 갑 제4호증의 1, 2, 5, 6, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제6호증, 갑 제7, 8호증, 갑 제10호증, 갑 제11호증의 1, 2, 갑 제12, 13, 14호증, 을 제2, 3호증, 을 제4호증의 1 내지 3, 을 제5호증의 1 내지 6, 을 제10호증의 4, 을 제12호증의 1 내지 3, 을 제13, 16호증, 을 제17호증의 1 내지 4, 을 제20호증의 1의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 인정할 수 있고, 증인 박진섭의 증언은 이를 믿을 수 없고 달리 반증이 없다.

(1) 원고는 1996. 1. 26. 원고의 이사인

강택현과 상임고문인

엄만용의 명의로

강익수와 사이에 이 사건 토지 중 순번 제1부터 제27 토지 27필지 합계 157,277㎡에 대하여 총매매대금을 3,758,000,000원으로 하되, 계약금 300,000,000원 및 1차중도금 100,000,000원은 계약 당일 지급하고, 2차중도금 1,500,000,000원은 1996. 2. 27.에 지급하며, 잔금 1,858,000,000원은 1996. 7. 26.에 지급하기로 하는 매매계약을 체결하였다.

(2) 위 매매계약 체결 당시 원고와

강익수는 위 각 토지에 산재해 있는 묘지의 이전문제에 대하여는, 측량을 통하여 그 정확한 수량을 파악한 다음 기당 1,000,000원을 넘지 않는 범위에서 매도인이 부담하고, 위 각 토지내에 있는 잔디의 이전에 대하여는 매도인이 책임지고 처리하되, 처리가 되지 않을 경우에는 평당 7,000원으로 정하여 매수인이 매입하기로 약정하였다.

(3) 원고는 또한 1996. 2. 8. 원고의 이사인 조희천 명의로

박태원과 사이에 이 사건 토지 중 순번 제28, 29 토지 2필지 5,419㎡에 대하여 총매매대금을 105,000,000원으로 하되, 계약금 10,000,000원 및 1차중도금 10,000,000원은 계약 당일 지급하고, 2차중도금 40,000,000원은 1996. 2. 28.에 지급하며, 잔금 45,000,000원은 1996. 3. 24.에 지급하기로 하는 매매계약을 각 체결하면서, 위 각 토지 내에 있는 묘지에 대하여는 매도인이 1996. 12. 31.까지 책임지고 처리하기로 약정하였다.

(4) 원고는 이 사건 토지 중 순번 제1 내지 제27 토지에 대하여 1996. 1. 26. 계약금 및 1차중도금 명목으로 400,000,000원, 1996. 2. 27. 2차중도금 1,500,000,000원, 1996. 10. 경에 잔금 중 일부인 250,000,000원, 1996. 10. 31. 나머지 잔금 1,608,000,000원을

강익수에게 각 지급하였으며, 순번 제28, 29 토지에 대하여 1996. 2. 8. 계약금 및 1차중도금 명목으로 20,000,000원, 1996. 2. 28. 2차중도금 40,000,000원, 1996. 4. 9. 잔금 45,000,000원을

박태원에게 각 지급하였다.

(5) 한편

강익수는 이 사건 토지 중 순번 제1 내지 제27 토지에 대한 잔금을 수령한 다음, 위 매매계약의 약정에 따라 원고에게 위 각 토지에 대한 묘지의 이전비용으로 51,000,000원을 지급하였으며, 원고는 묘지이전이 완료되었을 때 남는 잔액을 반환하기로 약정하였다.

(6) 원고는 이 사건 토지의 매매대금을 모두 지급한 후, 이 사건 토지를 인도받아 관리하여 오면서, 1996년부터 2000년까지

강일수,

강연현,

윤재원,

최창덕,

이덕수 등에게 이를 임대하여 경작토록 하였으며, 1997년 이후분 종합토지세 3,763,280원을 납부하여 왔다.

(7) 원고는 1996. 3. 4. 및 같은 해 3. 26. 교육부에 이 사건 토지를 원고의 교육용기본재산 취득예정 증명원 발급신청을 하고, 1997. 10.경

기전여자전문대학 이전계획승인신청을 하여 1997. 10. 16. 교육부로부터 그 승인을 받았으나, 학교이전에 필요한 조치를 취하지 않고 있다가 그 후 1999. 10. 4.에 이르러 비로소 전주시에 전주도시계획시설 학교변경결정 및 지적변경승인신청서를 제출하고, 1999. 12.경 김제시에 기전여자대학교 김제캠퍼스 공공시설입지 승인신청을 하였으나, 1999. 12. 15.부터 2000. 5. 29.까지 3차례에 걸쳐 피고로부터 미비점 등을 보완할 것을 요구받고도 이에 응하지 아니하다가 2000. 6. 7. 사업계획을 수정하여 추후 재접수한다는 이유로 위 승인신청을 철회하였다.

라. 판 단

(1) 이 사건 토지의 취득시기

살피건대, 매매계약을 체결하고 잔금을 지급한 후 토지를 인도받아 이를 업무에 사용할 수 있는 상태가 되었다면 그 때를 비업무용 토지에 대한 유예기간 산정의 기산일이 되는 부동산의 취득시점으로 보아야 할 것이다(

대법원 1999. 7. 9. 선고 97누7219 판결 참조).

그런데 원고가 이사 등의 명의로 이 사건 토지에 대한 매매계약을 체결하고 당초 약정한 잔금을 모두 지급한 후, 종합토지세를 부과하고 농지로 임대하는 등 이를 관리하여 온 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고는

법 제73조 제1항의 규정에 따라 당초 계약상의 잔금지급일에 이를 취득한 것으로 봐야 할 것이므로, 이 사건 토지 중

강익수 소유의 토지에 대하여는 1996. 7. 26.에,

박태원 등 소유의 토지에 대하여는 1996. 3. 24.에 각 취득하였다고 볼 것이므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

(가사 이 사건 토지에 대한 매매대금의 지급이 원고가 발행한 출납전표결산서 등 법인장부에 의하여 인정되어

법 제73조 제1항 단서에 따라 그 사실상의 잔금지급일을 취득일로 보더라도 원고는 적어도 이 사건 토지에 대한 최종 잔금 지급일인 1996. 10. 31.에 이 사건 토지를 취득하였다고 볼 것이다).

(2) 정당한 사유의 존재 여부

살피건대,

법 제107조 소정의 정당한 사유란 법령에 의한 금지 및 제한 등 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함하고, 그 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(

대법원 1996. 1. 26. 선고 95누13104 판결 등 참조).

그런데 원고는 앞서 본 바와 같이 이 사건 토지를 취득한 이후 3년이 경과하도록 이 사건 토지를 타인에게 임대하여 임대료를 징수하여 왔을 뿐 학교시설로 사용하기 위한 필수적인 준비절차인 도시계획변경신청 및 공공시설입지 승인신청조차 하지 아니하다가 피고의 세무조사가 실시되자 토지 취득일로부터 약 3년이 경과한 후에 이르러서야 비로소 이 사건 토지에 대하여 학교시설을 설치할 수 있도록 하는 내용의 도시계획변경신청을 하였는 바, 위와 같은 사실관계에 비추어 보면 원고가 이 사건 토지 취득일로부터 3년 이내에 이 사건 토지를 원고 법인의 고유업무에 사용하지 못한데 대하여 정당한 사유가 있었다고 보기는 어렵다고 할 것이다.

따라서 피고가 이를 법인의 비업무용토지에 해당한다고 보고 이 사건 부과처분을 한 것은 적법하므로 이를 다투는 원고의 둘째 주장 역시 받아들일 수 없다.

4. 결 론

그렇다면 이 사건 과세처분이 위법함을 전제로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.