종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 토지 및 건물을 고유 업무에 사용하지 아니한 채 매각한 데에 정당한 사유가 있었다고 볼 수 없고, 과세관청이 당해 토지 및 건물을 자신에게 매도할 것을 권유하고 이에 응한 납세의무자에게 취득세 등을 추징한 부과처분이 신의칙을 위배한 것으로 볼 수는 없는 것이라 취득세 등을 부과한 처분은 타당하다.
1. 원심은, 그 채택 증거들에 의하여 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고가 이 사건 제1 토지 및 건물을 취득한 후 그 중 일부를 후암교회의 별관으로 사용하여 온 사실은 인정되나, 이는 새로운 교회 건물이 신축될 때까지 일시적으로 사용한 것이거나 임시로 사용한 것이라고 봄이 상당하므로, 그 부분이 고유 업무에 직접 사용되었음을 전제로 일단 비업무용 토지에서 제외되었다고는 볼 수 없고, 따라서 이 사건 제1, 2 토지 및 건물은 그 전부가 취득일 또는 등기일로부터 3년 내에 원고의 사업 또는 고유업무에 사용되지 아니한 토지 또는 건물에 해당하므로,
구 지방세법시행령(1998. 7. 16. 대통령령 제15835호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라고 한다) 제84조의4 제1항 제1호,
구 지방세법(1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라고 한다) 제127조 제1항 소정의 정당한 사유가 없는 한 취득세 및 등록세 등의 부과 내지 중과세의 대상이 된다 할 것인데, 원고가 이 사건 제1 토지를 취득할 당시 이미 상세계획구역지정을 위한 공람공고나 이에 따른 건축허가 등의 제한이 이미 있었으므로 원고가 비록 이러한 사정을 알지 못하였다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 것으로 보여지고, 그 취득 후에 고유 업무에 직접 사용하지 못한 것도 위와 같은 건축허가 등의 제한이 있었기 때문이며, 한편, 서울특별시장이 1996. 8. 29. 상세계획구역에 대하여 건축허가 등의 제한기간을 1997. 9. 12.로 연장하기는 하였으나 그와 동시에 상세계획수립 전이라도 기본계획에 적합한 경우에는 신·증축을 허용하도록 하였음에도, 원고는 건축사사무소에 설계를 의뢰하였을뿐 건축허가제한을 해소하기 위한 어떠한 노력도 한 바가 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 제1, 2 토지에 대한 건축허가 제한 등의 외부적 사유는 이 사건 제1, 2 토지를 원고의 고유 업무에 사용하지 못한 정당한 사유라고는 볼 수 없고, 그 밖에 원고 주장과 같은 사정 등은 이 사건 제1, 2 토지를 고유 업무에 사용하지 못한 데에 대한 정당한 사유에 해당한다고 할 수 없으며, 따라서 이 사건 제1, 2 토지 및 건물의 취득 이전에 있었던 건축제한과 같은 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고, 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 고유업무에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 이 사건에서, 원고가 이 사건 제1, 2 토지 및 건물을 고유 업무에 사용하지 아니한 채 매각한 데에 정당한 사유가 있었다고 볼 수 없다고 판단하였다.
기록에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단은 환송판결의 취지에 따른 것으로서 옳은 것으로 수긍이 가고, 거기에 정당한 사유의 존부에 관한 법리를 오해하거나 대법원판례에 배치되는 등의 위법이 있다고 할 수 없다.
2. 그리고 원심은, 취득세 등을 부과할 권한이 있는 피고가 원고로부터 이 사건 제1, 2 토지 및 건물을 매수하였다 하여 그러한 매수행위 자체를 향후 원고에게 그에 따른 취득세 등을 추징하지 아니하겠다는 의사를 간접적으로 표시한 것으로 해석하여야 할 아무런 합리적인 근거가 없고, 또한 피고가 이 사건 제1, 2 토지 및 건물을 매수하는 행위와 원고에게 취득세 등을 부과하는 행위는 별개의 행정목적 달성을 위하여 개별법규에 근거한 행위 또는 처분이므로, 피고가 원고에게 이 사건 제1, 2 토지 및 건물을 자신에게 매도할 것을 권유하고, 원고가 이에 응하자 원고에게 취득세 등을 추징하였다 하여 그러한 부과처분이 신의칙상 또는 정의관념상 허용될 수 없는 것으로 볼 수는 없다고 판단하였는바, 관계 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단 역시 옳은 것으로 수긍이 가고, 거기에 신의칙에 관한 법리를 오해한 위법이 있다고 할 수 없다.
3. 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.