1.처분의 경위

갑 1호증의 1，2，갑2호증， 갑3，4호증의 각 1，2，갑5 내지 14호증， 갑 15호증의 1，2，갑 16호증의 1 내지 4，을 1호증의 1，2，을2 내지 5호증， 을 7, 10，11，12，13호증의 각 1，2，을 14호증의 1，2，3，을 15호증의 1 내지 18의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 아래 각 사실이 인정된다.

가.원고는 1994. 4. 26. 예배 전도 포교사업을 주목적으로 설립된 재단인데， 서울특별시가 같은 해 9. 12. 도시계획에 의거 서울 용산구 일대에 관하여 건축이 제한되는 상세계획구역 결정예정의 공람공고를 한 상태에서， 같은 해 12. 12. 새 교회건물 건축용 부지로 사용하기 위하여 위 상세계획구역 내에 위치한 서울 용산구 갈월동 51의 19 외 5필지 토지 1，135.8㎡( 이하 ‘제1토지’라고 한다) 및 그 지상 건축물 741.56㎡ 를 취득하였다. 그 후 서울특별시는 1995. 3. 2. 위 공람공고일인 1994. 9.12.부터 위 용산구 일대를 상세계획구역으로 결정하는 고시를 하면서 1차로 같은 날부터 1996. 9. 12.까지 위 일대의 건축을 제한하였다가 다시 그 다음날부터 1997. 9.12.까지 건축제한기간을 연장하였다.

나.원고는 제 1토지 지상에 건축이 제한되어 있었던 관계로 새 교회 건축을 미루어 오다가 같은 해 11.경위 토지 지상 새 교회건물 신축계획안을 마련하였다. 그 후 원고는 피고가 1997. 8. 1.원고에게 위 토지상에 종합사회복지관을 짓겠다며 이를 위 매도할 것을 요청한(갑6호증) 후인 같은 달 21.새 교회건물 신축용 부지로서 제 1토지 인근의 서울 용산구 갈월동 52의 20 외 1필지 토지 223.4㎡(이하 ‘제2토지’라고 한다) 및 그 지상 건축물 121. 95㎡ 을 추가로 취득하였다가， 위 건축제한 및 재정적 부담을 감당하기 어렵게 되어 새 교회건물 신축을 포기하고 같은 해 12. 26. 피고에게 위 1，2토지 및 그 지상 건축물을 모두 매각하였다.

다.피고는 1998. 12. 10. 원고가 제2토지를 취득한 날로부터 3년 이내에 정당한사유 없이 법인의 고유목적에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로 구 지방세법(1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것，이하 ‘법’이라고한다) 제 107조 제1항 제 1호，제 112조 제2항，제 127조 제 1항 제 1호구 법시행령 (1998. 7. 16. 대통령령 제 15835호로 개정되기 전의 것)제84조의 4 제 1항 제 1호 라목에 의거 그 취득가액에 중파세율인 일반세율의 7.5배를 곱하여 산정한 취득세 150.030.000 원 및 농어촌특별세 13，752，750원， 등록세 30，006 ，000원， 교육세 4，194，300 원을 각 부과ㆍ고지하는 이 사건 제 1처분을 하였다. 그 후 피고는 1999. 1. 10. 원고가 제 1토지 및 그 지상 건축물을 취득한 날로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 고유목적에 사용하지 아니하거나 그 취득한 날로부터 5년 이내에 정당한 사유 없이 매각하였다는 이유로 법 제107조 제 1항 제 1호，제 112조 제2항，제 127조 제 1항 제 1호，법시행령 제84조의 4 제 1항 제2호에 의거 그 취득가액에 중과세율인 일반세율의 7.5배를곱하여 산정한 취득세 297，000 ，000원 및 농어촌특별세 27，225，000원，등록세 59，400，000원，교육세 10，890，000원을 각 부과 ?고지하는 이 사건 제2처분을 하였고， 그 후 원고가 제기한 이의신청 절차에서 서울특별시장이 같은 해 4. 28. 토지뿐만 아니라 건물에 관하여도 취득세의 중과세율을 잘못 적용하였다며 이를 바로잡아 토지에 대하여만 중과세율을 적용하고， 건물에 관하여는 일반세율을 적용하여 산정한 취득세 277，407，930원，농어촌특별세 25，429，060원으로 각 감액경정하였다.

2. 처분의 적법 여부

가.원고의 주장

원고는， ①이 사건 토지 일대가 상세계획구역으로 지정되어 건축이 제한된 것을 전혀 알지 못한 상태에서 이 사건 토지를 취득하여 새 교회건물의 신축을 위한 준비를 하고 있던 중，피고가 그 지상에 종합사회복지관을 건립한다며 그 매도를 요청하자， 위 건축제한이 언제 해제될지 모르는 상태에서 계속 늘어만 가는 차입금의 이자 부담 등 재정적 부담을 피하기 위하여 이 사건 토지 둥을 피고에게 매각한 것으로서 원고의 고유목적사업에 사용하지 아니하거나， 매각한데 대하여 정당한 사유가 있다고 할 것이고，②또한 이 사건 토지 등은 공공목적으로 지방자치단체에 매각된 것이고， 이러한 경우 1998. 7. 1.부터시행되는 지방세법시행령에 의하면 법인의 비업무용 토지에서 제외하고 있음에 비추어 그 정당한 사유가 있다고 할 것임에도 이와 달리 정당한 사유가 없다는 이유로 한 이 사건 각 처분은 위법하다고 주장하면서 그 취소를 구하고 있다.

나.관계 법령법

제 107조 제 1항 제 1호， 제 127조 제 1항 제 1호에 의하면， 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 또는 그에 따른 등기를 한 경우에 있어서는 취득세 및 등록세를 부과하지 않도록 하면서 다만 제 112조 제2항 소정의 법인의 비업무용 토지 및 그 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 고유사업에 사용하지 아니하는 경우를 제외하도록 규정하고 있고， 제 112조 제2항은 대통령령으로 정하는 법인의 비업무용 토지를 취득한 경우의 취득세율은 일반세율의 100분의 750으로 한다고 규정하고 있으며， 법시행령 제84조의 4 제 1항은 취득세가 중과세되는 법인의 비업무용 토지는 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다고 하면서 제 1호 라목에서 종교법인이 토지를 취득한 날로부터 3년 내에 정당한 사유 없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지， 제2호에서 법인이 토지를 취득한 날부터 5년 이내에 정당한 사유 없이 매각한 토지. 다만 당해 법인의 고유업무에 직접 사용한 날을 합한 기간이 2년을 초과하는 토지는 그러하지 아니하다고 규정하고 있다.여기서 토지를 취득한 날로부터 3년 이내에 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 않는다라 함은 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 위 기간을 경과한 경우뿐만 아니라 그 고유업무에 사용하지 아니한 채 3년 이내에 이를 타에 매각 처분하는 둥으로 그 고유사업에 사용하지 아니하게 된 경우를 포함한다 할 것이다(대법원 1986. 10. 28. 선고 96누58 판결 참조).

다.판단

(1) 그러므로 먼저 ①의 점에 관하여 보건대， 원고가 제 1토지를 취득할 당시 위 상세계획구역 지정에 따른 건축제한의 장애사유를 몰랐다는 점은 증인 최석윤의 일부 증언만으로는 인정하기에 부족한 반면，위 취득 당시 이미 서울특별시의 상세계획구역 결정예정의 공람공고가 있었던 점 및 위 토지의 취득 경위 등에 비추어 원고는 위 상세계획구역 지정에 따라 위 토지에 건축이 제한되어 있어서 새 교회건물 신축용 부지로 사용할 수 없다는 점을 잘 알고서 이를 취득하였다고 할 것이고，설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알수 있었다고 할 것이며，그 후 위와 같은 건축제한으로 인하여 그 지상에 본래의 취득목적인 새 교회건물 신축공사에 착공하지도 못하고 있었고， 1997. 8.경에는 제2토지를 같은 목적으로 취득하고서도 위 사업에 전혀 사용하지 아니하다가 위 건축제한의 장애 등으로 인하여 위 새 교회건물 신축사업을 포기하고 위 1토지를 취득한지 약 3년，위 2토지를 취득한 지 약 4개월만인 같은 해 12. 피고에게 이 사건 토지를 모두 매각한 것으로서， 위 1토지를 취득한 후 5년 내에 매각하거나 위 2토지를 취득한 후 3년 내에 고유목적에 사용하지 못한 데에는 재정적 부담 외에도 서울특별시의 상세계획구역 결정에 따른 건축제한의 장애가 주된 사유로 작용하였다 할것이므로， 취득 전에 있었던 위와 같은 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 고유업무에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 이 사건에서， 원고가 이 사건 토지 둥을 고유목적에 사용하지 아니한 채 매각한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다고 하겠다(대법원 1999. 3. 9. 선고 98두19940 판결，1998. 7. 10. 선고 98두7626 판결 등 참조).이 부분에 관한 원고의 주장은 이유 없다.

(2) 다음으로 ②의 점에 관하여 보건대， 1998. 7. 16. 개정되어 같은 달 1.현재 비업무용 토지의 유예기간이 경과되지 아니한 것에 적용되는 지방세법시행령 제84조의4 제 1항 제2호 자목에 의하면， 법인이 소유하는 토지로서 공용 또는 공공용에 사용할 목적으로 국가 또는 지방자치단체에 매수되는 토지는 그 취득일로부터 5년 이내에 매각하더라도 비업무용 토지로 보지 않도록 규정하고 있으나， 이 사건 토지를 타에 매각함으로써 위 규정 시행 전에 이미 비업무용 토지임이 확정되어 위 규정이 적용되지 아니하는 이 사건에서 추후에 위 시행령이 원고에게 유리하게 개정되었다고 하여 그 매각에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 원고의 위 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 각 처분은 적법하다 하겠으므로 그 취소를 구하는 원고의 청구

는 모두 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.