1. 이 사건 처분의 경위

가.소외 주식회사 센추리(이하 '센추리’라한다)는 에어컨 부품인 공기압축기, 냉동기, 송풍기 둥의 제조 및 판매업 둥을 목적으로 설립된 법인으로서， 2000. 3. 30. 주력사업인 에어컨 이외의 사업을 분사하기로 하고 부천시 오정구 내동 222-9 외 2필지 토지 15，161㎡( 이하, 이사건 토지 라 한다) 및 그 지상 건물을 현물출자하여 원고회사를 설립하였고， 한편l 위 현물출자한 부동산에 대하여는 구 조세특례제한법 (2000. 12. 29.법률 제6297호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제120조 제1항 제6호의 규정에 따라 취득세를 면제받았다.

나.그 후 원고는 2000. 4. 29. 이 사건 토지 중 일부인 위 같은 동 222-114 공장용지 202㎡를 소외 이택기에게 매도한 것을 비롯하여 2001. 1. 9.까지 총 6회에 걸쳐 이 사건 토지 전부를 제3자에게 분할,매각하였다.

다.이에 대하여 피고는 2001. 6. 12. 원고가 이 사건 토지를 위와 같이 매각함에 따라 당초 과세면제되었던 이 사건 토지의 취득이 구 지방세법 (2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조 제2항 제6호 및 구지방세법시행령 (2000. 12. 29. 대통령령 제17052호로 개정되기 전의 것,이하 같다) 제84조의 4 제1항 제2호 소정의 취득세 추정대상에 해당한다고 보고, 그 취득가액인 금 8，714，050，000원에 구 지방세법 제112조 제2항 소정의 세율을 적용하여 산출한 취득세 1，045，686，000원 및 농어촌특별세 54，151，920원을 부과하는 처분(이하 '이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

【인정증거】갑1 내지 5호증 갑6호증의 1 2，갑7호증의 1，2，3，갑8호증, 갑9호증의 1내지 4，갑10호증, 을1호증의 1 ，2，을2호증의 1 ，2，3，을3 내지 9호증,을10호증의 내지 10，을11호증 을12호증의,내지 4，을13호증의 1 ，2，변론의 전취지

2. 이 사건 처분의 적법여부에 대한 판단

가.원고의 주장

원고는 첫째,구 조세특례제한법은 제120조 제1항 제6호에서 현물출자된 재산을 취득하는 경우 취득세를 면제한다고 규정하고 있을 뿐이고， 어떠한 경우에 면제받은 취득세를 다시 추정할 수 있는지에 관하여 별도의 규정을 두고 있지 아니한 이상,원고가 현물출자받은 이 사건 토지를 매각하여 동법 제38조에 의하여 사업을 폐지한 것으로 간주된다 하더라도 그로 인하여 과세면제된 취득세를 추정함은 조세법률주의에 반하여 위법하고, 둘째，원고는 센추리로부터 이 사건 토지 및 그 지상 건물과 아울러 에어컴프레서 제조를 위한 설비 일체를 양수받아 그 설립 직후부터 에어컴프레서 제조 및 판매업을 영위하였으나,이 사건 토지의 높은 가격에 비추어 이를 공장부지로 계속 사용하는 것은 비효율적일 뿐 아니라 상습침수지역에 위치하고 있어 에어컴프레서를 제조하는 데도 부적당하여, 결국 이 사건 토지를 매각하기로 하고,보다 경제적이고 입지여건에서 유리한 시화공단내 공장부지를 매입, 이전해 동일한 사업을 계속하고 있다면서, 원고는 이 사건 토지의 매각대금으로 시화공단내 공장부지를 매입하였을 뿐 아니라 그 나머지 대금으로 센추리에 대한 미수금을 변제함으로써 재무구조도 개선하였으므로, 이 사건 토지의 매각이 취득세 면제를 규정하고 있는 구 조세특례제한법 제120조 제1항 제6호의 입법취지에도 반하지 아니하고, 또한 대법원 판결(대법원 1992. 5.12. 선고 91누9015 판결 및 대법원 1993. 3. 23. 선고 92누8019 판결)에 비추어 볼 때도 이 사건 토지가 비업무용 토지에 해당하지 않음이 명백함에도, 피고가 취득세 중과규정인 구 지방세법 제112조 제2항을 적용하여 추정한 것은 위법하다고 주장한다.

나.관련법령

구 조세특례제한법,

제38조 (현물출자에 대한 과세특례)①내국법인이 다음 각 호의 요건을 갖춘 현물출자에 의하여 새로운 내국법인(이하 이 조에서 ”신설법인”이라한다)을 설립하는 경우에는 그 출자로 인하여 취득한 신설법인의 주식가액 중 현물출자로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 당해 사업년도의 소득금액계산에 있어서 대통령령이 정하는 바에 따라 이를 손금에 산입하여 과세를 이연밭을 수 있으며， 특별부가세에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 이월 과세를 적용받을 수 있다.

1. 신설법인의 설립등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 현물 출자할것

2. 주식 또는 대통령령이 정하는 자산을 현물출자할 것

④ 내국법인이 제1항의 규정에 의하여 양도차익상당액을 손금에 산입한 후 다음 각 호의 1에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업년도의 당해 내국법인의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입한 금액 중 제3항의 규정에 의하여 익금에 산입되지 아니한 금액 전액을 억금에 산입한다.

1. 신설법인이 설립등기일이 속하는 사업년도의 다음 사업년도 개시일부터 3년이내에 당해 내국법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

2. 제2항 단서의 규정에 의하여 설립된 신설법인이 지주회사에 해당하지 아니하게 되는경우

⑦ 내국법인이 자산재평가법에 의하여 재평가한 자산을 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 현물 금액을 익금에 산입하지 아니하고 대통령령이 정하는 바에 따라 다시 과세를 이연받을 수 있다.

⑨ 제1항 내지 제5항의 규정을 적용함에 있어서 손금산입대상 양도차익의 계산， 승계받은 사업의 폐지에 관한 판정기준， 현물출자에 관한 명세서 제출 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제120조 (취득세의 면제등 )① 다음 각호의 1에 해당하는 재산의 취득에 대하여는 취득세를 면제한다.

6. 제38조 및 제38조의 2의 규정에 의한 현물출자 및 분사에 따라 취득하는 재산

구 조세특례쩨한법시행령 (2000. 12. 29. 대통령령 제17034호로 개정되기 전의 것， 이하 같다)

제35조 (현물출자에 대한 과세특례)⑦법 제38조제4항의 규정을 적용함에 있어서 신설법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 현물출자에 의하여 승계받은 사업을 폐지한 것으로 본다.

이 경우 201상의 사업(한국표준산업분류상 소분류를 기준으로 한다)을 승계한 경우에는 각 사업별로 판정한다.

1. 신설법인이 현물출자받은 자산을 승계받은 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 현물출자받은 자산가액익 3분으1 201상에 해당하는 가액의 자산을 처분하는 경우

2. 승계받은 사업을 6월이상 계속하여 휴업하거나 폐업하는 경우

구지방세법

제112조 (세율)① 취득세의 표준세율은 취득물건의 가액 또는 년부금액의 1，000 분의 20으로 한다.

② 다음 각호의 해당하는 부동산 등을 취득하는 경우(별장 등을 구분하여 그 일부를 취득

하는 경우를 포함한다)의 취득세율은 제 1항의 세율의 100분으1500 으로 한다.

6. 법인의 비업무용 토지 :법인이 토지를 취득한 후 유예기간내에 정당한 사유 없이 목적사업에 직접 사용하지 아니하거나 적정기준을 초과하여 소유하고 있는 토지. 이 경우 유예기간ㆍ목적사업의 범위ㆍ적정기준 및 비업무용에서 제외되는 토지의 기준 등은 대통령령으로정한다.

구 지방세법시행령

제84조의 4 (법인의 비업무용 토지의 범위 )① 법 제 112 조제2항 제6호의 규정에 의한 법인의 비업무용 토지는 다음 각 호으1 1에 해당하는 토지를 말한다.

1. 법인이 토지를 취득한 날부터 3년(다음 각목에 정하는 토지는 당해 각목에서 정하는 기간을 말하며， 이하 이 조에서 ”유예기간”이라한다)내에 정당한 사유 없이 법령 또는 당해 법인의 법인등기부상 목적사업으로 정하여진 업무(이하 이 조에서 ”목적사업”이라 한다)에 직접 사용하지 아니하는 토지 (이하생략)

2. 법인이 토지를 취득한 후 목적사업에 직접 사용한 날을 합한 기간이 2년을 초과하지 아니한 토지로서 취득일부터 5년 내에 정당한 사유 없이 매각(매매계약이 체결된 경우를 말하며，매매계약이 해제된 경우를 제외한다. 이하 이 호에서 같다)한 토지. 다만， 다음 각목의 1에 해당하는 토지에 대하여는 그러하지 아니하다.

가.삭제

나.기업의 경영합리화 또는 구조조정을 위하여 기업을 분할 또는 합병하거나 양도ㆍ양수함에 따라 소유권을 이전한 토지

다.법인이 법인세법시행령 제 61조제2항 각 호에서 규정한 금융기관 등에 대한 부채상환을 위하여 매각한 토지로서 잔금수렁일부터 30일내에 금융부채를 상환한 사실이 입증되는 토지.이 경우 매각대금 총액 중 부채상환비율이 100분의 50이상인 경우에는 양도한 토지 전체를 비업무용에서 제외하고， 100분의 50에 미달되는 경우에는 그 비율에 해당하는 토지를 제외대상으로 한다.

라.금융기관부실자산등의효율적처리및한국자산관리공사의설립에관한법률 제4조 및 제5조의 규정에 의하여 한국자산관리공사에 매각하거나 한국자산관리공사에 의뢰하여 매각한 토지

마.민사소송법에 의한 강제경매 또는 저당권 실행을 위한 경매，국세징수법 또는 지방세법에 의한 공매절차에 의하여 매각된 토지

바.행정자치부령이 정하는 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 제3자에게 매도할 목적으로 취득하여 매각한 토지

사.법령의 규정에 의하여 단지를 조성하거나 공유수면을 매랍하여 분양하는 토지

아.공업배치및공장설립에관한법률에 의한 아파트형 공장을 건축하여 분양하거나 건설산업기본법에 의한 건설업을 목적사업으로 하는 법인이 건축물을 건축하여 분양하는 토지

자.법인이 소유하는 토지로서 공용 또는 공공용에 사용할 목적으로 국가 또는 지방자치단체에 의하여 매수 또는 수용되거나 국가 또는 지방자치단체와 교환하는 토지

차.제227조제2호 내지 제5호의 규정에 의한 금융기관 등 법인의 본점ㆍ지점ㆍ영업장ㆍ연수원 기타 직원복지시설용 부동산을 합병 또는 영업의 전부 양도에 의하여 취득함으로써 동일한 용도의 부동산이 2 이상이 됨에 따라 매각하는 토지로서 관계부처장관 또는 조합합 병추진위원회가 확인한 명세서에 의하여 그 사실이 확인되는 토지

다.판단

우선, 원고의 첫째 주장에 관하여 보건대, 구 조세특례제한법 제120조 제1항 제6호에서 현물출자된 재산을 취득하는 경우 취득세를 면제하도록 규정하고 있는 것은 법인의 분할을 용이하게 하여 구조조정을 촉진하고자 하는 규정으로서 그 속에는 현물출자 전후를 통하여 그 재산이 업무용으로 사용되어지는 것을 당연한 전제조건으로 내재하고 있다 할 것이고, 취득세 중과세를 규정한 구 지방세법 제112조 제2항 및 동법시행령 제84조의 4 제1항 제2호의 규정은 직접 사용한 날을 합한 기간이 2년을 초과하지 아니한 상태에서 토지 취득일로부터 5년내에 정당한 사유 없이 매각한 경우 취득세를 중과세하겠다는 것이므로, 토지를 현물출자하여 일단 취득세를 면제받았다 하더라도 그 면제는 절대적인 것이 아니고, 그 법인이 다시 이를 업무용으로 사용하지 아니하는 경우에는 위 구 지방세법의 규정에 의해 취득세를 중과세활 수 있다고 할 것이므로(대법원 1992. 5. 12. 선고 91누9015 판결 참조) 피고가 구 지방세법 제112조 제2항 및 동법시행령 제84조의 4 제1항 제2호에 원고에 대하여 한 이 사건 처분이 원고의 주장처럼 조세법률주의에 반하여 위법하다고 볼 수는 없을 것이다.따라서,원고의 위 첫째 주장은 이유 없다.

다음으로, 원고의 둘째 주장에 관하여 보건대 l 원고가 2000. 3. 30. 이 사건 토지를 센추리로부터 현물출자에 의하여 취득한 후 2000. 4. 29.부터 2001. 1. 9.까지 총 6회에 걸쳐 이 사건 토지 전부를 제3자에 게 분할,매각한 사실은 앞서 본 바와 같은바, 위 인

정사실에 의하면, 원고는 이 사건 토지를 취득한 후 그 목적사업에 직접 사용한 날을 합한 기간이 2년을 초과하지 아니한 상태에서 토지 취득일로부터 5년내에 이를 매각한 것이고, 그 매각시기 둥에 비추어 이 사건 토지의 매각에 정당한 사유가 있다고도 볼수 없어, 결국 이 사건 토지는 구 지방세법 제112조 제2항 및 동법시행령 제84조의 4 제1항 제2호 소정의 비업무용 토지에 해당한다고 할 것이므로 l 원고의 위 둘째 주장도 이유 없다(원고는 대법원 1992. 5. 12. 선고 91누9015 판결 및 대법원 1993. 3. 23. 선고 92누8019 판결을 들어 이 사건 토지가 업무용으로 사용되었음이 명백하다고 주장하나, 위 대법원 판결은 모두 구 지방세법시행령 제84조의 4 제1항 제2호가 신설되기 전의사건에 대한 것으로 이 사건에 그대로 적용할 수는 없다).

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분이 위법함을 전제로 한 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.