회사가 대도시 안에 지점을 설치한 이상 그 지점 설치의 경위가 행정명령에 따른 것이었다 하여 그 등록세 중과세 규정 적용 여부가 달라지는 것은 아니며, 부동산이 사회간접자본시설사업 또는 그 부대사업에 관한 부동산에 해당하지도 않는다고 할 것이므로 대도시 지역내 법인등기에 대하여 중과세율을 적용한 등록세 및 지방교육세를 부과한 처분은 적법하다.

1. 처분의 경위

가. 토지 부분에 관한 등록세등 부과

(1) 원고는 1996. 5. 22. 무렵

오창현으로부터 고양시 일산구

덕이동 236-1 전 4888m2(이하 ‘이 사건 토지’라 한다. 위 토지는 그 이후 분할되고 지목이 바뀌어

같은 동 236-1 대 4501m2와

같은 동 236-8 전 387m2로 된 것으로 보인다)를 매수하고 1996. 5. 28. 그 소유권이전등기를 마쳤다. 이 때 원고는 위 토지 등기를 위한 등록세와 이에 따른 지방교육세를 신고하면서 위 토지의 가액을, 1996. 5. 28.에 31억 8,500만 원을 신고하였고, 다시 1996. 6. 27.에 1억 271,480원을 추가로 신고하였다(신고액 합계 32억 8,527만 1,480원). 그리고 원고는 1996. 5. 28.과 1996. 6. 27.에 이에 터잡아 등록세로 합계 32,852,710원(토지 가액×10/1000, 10원 미만 버림. 이하 같다)과 지방교육세로 합계 6,570,540원(등록세액×20/100)을 납부하였다.

(2) 그후 피고는 원고가 1998. 4. 8. 무렵 이 사건 토지 위에 원고 회사 경기지점 건물(철근콘크리트조 평슬래브지붕 4층 업무시설 및 방송통신시설 연면적 합계 9,818.70m2, 이하 이 건물을 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 새로이 짓고, 기존에 다른 건물을 임차하여 운영하고 있던 경기지사를 1998. 5. 18. 무렵 이 사건 건물에 이전하여, 원고가 수도권정비계획법상의 과밀억제권역(이하 ‘대도시’라 한다) 안에 지점을 설치하였으므로 대도시 지역 내 등기의 중과세 규정 적용대상이 되었음에도 원고가 그 중과세되는 등록세등 금액을 신고납부하지 아니하였음을 발견하였다. 이에 따라 피고는 2002. 1. 12. 이 사건 토지의 가액에 중과세되는 등록세 세율 5%(1%의 5배)를 곱한 1억 5,925만 원(3,285,271,480원에 대하여 5%를 곱하여야 할 것으로 보이는데 피고는 1996. 5. 28.에 신고한 금액 31억 8,500만 원에 대하여만 5%를 곱하였다)을 산출한 다음, 이 사건 건물 연면적 중 도시가스사업자인 원고가 도시가스사업에 직접 사용하는 부분의 면적 비율인 70.67% 부분에 해당하는 등록세액 112,541,970원(1억 5,925만 원×70.67%)에 대하여는 경기도도세감면조례에 정하여진 도시가스사업지원을 위한 감면 규정을 적용하여 50%를 감면한 후{감면 후 등록세액은 모두 102,979,000원(=159,250,000원-112,541,970원×0.5)이다}, 그 금액에 당초 원고가 1996년에 납부한 등록세액을 뺀 금액{피고가 2003. 5. 22.자 준비서면으로 변론한 바에 따르면, 원고는 (1)항에서 본 바와 같이 등록세 32,852,710원을 납부한 후, 1996. 10. 4. 무렵 위 감면조례에 따라 50%에 해당하는 16,426,250원 가량을 감면받은 것으로 보이는데, 피고는 그 감면 후 실제 납부한 금액을 빼지 않고, 처음에 납부한 32,852,710원을 뺀 것으로 보인다}에 신고불성실가산세 100분의 20을 더한 금액인 84,151,540원을 등록세로 원고에게 부과하였고, 지방교육세로, 위 등록세(이미 납부한 금액을 공제하기 전 계산된 등록세) 102,979,000원의 100분의 20에 해당하는 금액인 20,595,790원에서 이미 납부한 지방교육세 6,570,540원을 뺀 금액(등록세의 경우와 마찬가지로 피고는 원고가 1996. 10. 4. 무렵 지방교육세를 감면받은 후 실제로 납부한 3,285,270원을 빼지 않고 6,570,540원을 뺀 것으로 보인다)에 신고불성실가산세 100분의 10을 더한 금액인 15,427,770원을 지방교육세로 원고에게 부과하였다.

나. 건물 부분에 관한 등록세등 부과

(1) 한편 원고는 1997. 2. 3. 무렵부터 이 사건 토지 위에 이 사건 건물을 짓기 시작하여 앞서 본 바와 같이 1998. 4. 8. 사용승인을 받았다. 그리고 1998. 5. 8. 그 소유권보존등기를 마쳤다. 이 때 원고는 그 소유권보존등기를 위한 등록세와 이에 따른 지방교육세를 신고하면서 위 건물의 가액을 14,145,046,754원으로 신고하였고, 그 중 원고가 이 사건 건물 연면적 가운데 도시가스사업에 직접 사용하는 부분(이하 ‘원고 직접 사용 건물 부분’이라 한다)의 연면적 비율이라고 하는 72.12%에 해당하는 부분의 과세표준을 10,201,407,719원(14,145,046,754원×0.7212)으로 신고하였다. 이에 터잡아 원고는 원고 직접 사용 부분의 등록세로, 위 과세표준에 등록세율 1000분의 8을 곱한 81,611,260원에서 위 감면조례에 따른 50%의 감면을 받은 후의 금액인 40,805,630원을 신고납부하였고, 지방교육세로 위 등록세액의 100분의 20에 해당하는 금액인 8,161,120원을 신고납부하였다.

(2) 그후 피고는 원고가 위와 같이 이 사건 건물을 짓고, 기존에 다른 건물을 임차하여 운영하고 있던 경기지사를 이 사건 건물에 이전한 것이 앞서 본 바와 같이 대도시 안에 지점을 설치함에 따른 대도시 지역 내 등기의 중과세 규정 적용대상이 되었음에도 원고가 이를 신고납부하지 아니하였음을 발견하고, 2001. 12. 11. 이 사건 건물 중 원고 직접 사용 부분 비율을 70.67%로 본 다음 원고 직접 사용 부분의 과세표준 9,996,304,541원(14,145,046,754원×0.7067)에 중과세되는 등록세 세율 4%(0.8%의 5배)를 곱한 399,852,180원에서 위 감면조례에 정하여진 바에 따라 50%를 감면한 후, 그 금액199,926,090원에 당초 원고가 1998년에 납부한 등록세액 40,805,630원을 뺀 금액에 신고불성실가산세 100분의 20을 더한 금액인 190,944,550원을 등록세로 원고에게 부과하였고, 지방교육세로, 위 등록세(이미 납부한 금액을 공제하기 전 계산된 등록세) 199,926,090원의 100분의 20에 해당하는 금액인 39,985,210원에서 이미 납부한 지방교육세 8,161,120원 뺀 금액에 신고불성실가산세 100분의 10을 더한 금액인 35,006,490원을 지방교육세로 원고에게 부과하였다.

(위와 같은 등록세, 지방교육세 부과의 자세한 내역은 별지 두장의 부과내역표 참고. 이하 위와 같이 피고가 2001. 12. 11.과 2002. 1. 12.에 원고에 대하여 부과한 등록세 합계 275,096,090원과 지방교육세 50,434,260원의 부과처분을 ‘이 사건 부과처분’이라고만 한다.)

【인정 근거】갑1-2, 갑2-1(각 납세고지서), 갑4, 5(각 법인등기부등본), 갑8(경기도도세감면조례), 갑31(토지등 거래허가), 갑33(부지매입완료보고), 갑34(등기부등본), 갑36(건축허가신청서 및 허가서), 갑38(건축물 사용승인신청서 및 사용승인서), 갑39(등기부등본), 을1(경기지사 배치계획), 을2-1, 2(각 건물사용현황), 을4, 9-각 1, 2(각 징수결정결의서), 을9-3(등록세 부과분 내역서), 을10-1(세무조사결과통보), 2(등록세 중과세액 산출내역), 변론의 전체 취지.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고가 중과세를 당하게 된 것은 원고가 대도시 안에 지점을 설치하였다는 것 때문인데, 원고가 도시가스를 공급하는 고양시, 김포시, 파주시 등 경기 서북부 지역에 대한 도시가스공급과 관련한 업무는 서울 본사에서 처리하기에 충분하였고, 원고가 이와 같이 경기지사를 설치하게 된 것은 사업 확장을 위한 원고 스스로의 판단에 따른 것이 아니라, 1994년과 1995년에 서울 마포구 아현동과 대구 지하철 공사장에서 도시가스폭발사고가 생기자 여러 행정기관과 지방자치단체들이 안전강화대책을 마련하였고, 이 과정에서 원고는 경기도지사로부터 경기 서북부 지역 안에 원고 회사의 경기지사를 설립하여 장비와 전문 인력을 확보할 것 등을 통보받는 등 행정관청으로부터 행정명령이 있었기 때문인바, 이에 따라 원고는 1995. 9. 22.에 다른 건물을 임차하여 경기지사를 설립한 후, 1996년부터 이 사건 토지를 매입하고 이 사건 건물을 지어 경기지사를 그곳으로 이전하게 된 것이다. 그리고 경기지사 설립으로 말미암아 원고 회사 본점의 근무인원은 상당히 감소하였고, 불필요한 부동산이 생겨 아파트건축 등을 통하여 이를 처분하고 있는바, 위와 같은 지점 설치는 사실상 본점의 일부 이전에 해당하여 등록세 중과세 부과 요건에 해당하지 않는다. 따라서 이와 같이 부득이하게 경기지사를 설립하고 부동산을 매입하고 등기를 마치게 된 것에 대하여는, 지방세법상 등록세 중과세를 할 수 없다.

(2) 그리고 1998년 당시 시행되던 경기도도세감면조례에 따르면 도시가스사업에 사용하는 부동산에 대하여는 등록세를 감면한다고 규정하고 있는바, 이 규정 취지는 지방세법상 대도시 지역 내 등기에 대한 등록세 중과 규정을 적용하지 아니한다는 뜻까지 들어 있으므로, 원고에 대하여 등록세 중과세를 한 이 사건 부과처분은 위법하다.

(3) 지방세법과 그 시행령에 따르면 원고가 운영하는 도시가스사업의 사회간접시설사업의 부대사업을 위한 부동산에 대하여는 등록세 중과세를 하지 않는다고 하고 있으므로, 이 사건 처분은 잘못되었다.

(4) 따라서 이 사건 부과처분 중 원고 직접 사용 건물 부분에 대하여 중과세를 한 부분과 이 사건 토지 가액 중 원고 직접 사용 부분에 해당하는 부분에 대하여 중과세를 한 부분은 위법하고, 이 사건 토지 중 원고가 직접 사용하고 있지 않은 부분에 대하여만 중과세를 할 경우 별지 토지 부분 등록세 부과내역 중 원고 주장 해당 부분 기재와 같은 등록세와 지방교육세만이 적법하므로, 이 사건 부과처분 중 등록세 32,619,210원과 지방교육세 5,772,860원을 초과하는 부분이 취소되어야 한다.

나. 관련 법령 (조문 중 이 사건과 관련한 부분만 발췌하였다.)

○ 중과세

옛 지방세법 (1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것)

제138조 (대도시 지역내 법인등기등의 중과)

① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을

제131조(부동산등기의 등록세 세율에 관한 규정이다. 필자 주)에 규정한 당해 세율의 5배로 한다. 다만, 대통령령이 정하는 업종에 대하여는 그러하지 아니하다.

3. 대도시(대통령령으로 정하는 대도시를 말하고, 이 사건 부동산이 있는 고양시도 이곳에 포함된다. 제1호 단서 참조. 필자 주)내에서의 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 부동산등기와 그 설치 이후의 부동산등기

③ 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

옛 지방세법시행령 (1998. 12. 31. 대통령령 제15982호로 개정되기 전의 것)

제101조 (대도시내 법인중과세의 예외)

①

법 제138조 제1항 단서의 규정에서 "대통령령으로 정하는 업종"이라 함은 다음 각호에 해당하는 업종을 말한다.

1. 삭제 <1997101> {1997. 10. 1. 대통령령 제15489호(시행일 1997. 10. 1.)로 삭제되기 전에는, ‘"가스"를 생산하여 도관에 의하여 공급하는 것을 목적으로 하는 가스업’이라고 되어 있었다.}

3.

사회간접자본시설에대한민간자본유치촉진법 제2조의 규정에 의한 사회간접자본시설사업{

동법 제2조 제2호 및

제3호의 규정에 의한 시설사업에 한하되, 그 부대사업(원고는 변론기일에 진술한 소장과 준비서면에 ‘부대시설업’이라고 기재하고 있으나, 법령에는 ‘부대사업’이라고 되어 있다. 필자 주)을 포함한다.} {1997. 10. 1. 대통령령 제15489호(시행일 1997. 10. 1.)로 개정되기 전에는 위 제3호를, ‘3. 사회간접자본시설에대한민간자본유치촉진법 제2조의 규정에 의한 사회간접자본시설사업(부대사업을 포함한다)’이라고 되어 있었다.}

② 제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 다른 업종을 겸용하는 경우의 그 겸용 부분에 대하여는

법 제138조 제1항 본문의 규정을 적용한다.

○ 사회간접자본시설

옛 사회간접자본시설에대한민간자본유치촉진법 (1998. 12. 31. 법률 제5624호로 전문개정되기 전의 것)

제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. "사회간접자본시설"이라 함은 각종 생산활동의 기반이 되는 시설 및 당해 시설의 효용을 증진시키거나 이용자의 편의를 도모하는 시설과 국민생활의 편익을 증진시키는 시설을 말하며, 제2호의 제1종시설과 제3호의 제2종시설로 구분한다.

3. "제2종시설"이라 함은 사회간접자본시설중 다음 각목의 1에 해당하는 시설을 말한다.

나.

도시가스사업법 제2조 제5호의 규정에 의한 가스공급시설

4. "사회간접자본시설사업"이라 함은 사회간접자본시설의 신설증설 또는 개량에 관한 사업을 말한다.

7. "부대사업"이라 함은 사업시행자가 민자유치사업과 함께 시행하는 제20조 제1항 각호의 사업을 말한다.

제20조 (부대사업의 시행)

① 주무관청은 사업시행자가 제1종시설에 해당하는 민자유치사업을 시행함에 있어서 당해 사회간접자본시설의 투자비 보전 또는 정상적인 운영을 도모하기 위하여 필요하다고 인정하는 경우에는 시설사업기본계획이 정하는 바에 의하여 다음 각호의 1에 해당하는 부대사업을 당해 민자유치사업과 함께 시행하게 할 수 있다.

1. 주택건설촉진법에 의한 주택건설사업

2. 택지개발촉진법에 의한 택지개발사업

3. 도시계획법에 의한 도시계획사업

4. 도시재개발법에 의한 도심재개발사업

5. 산업입지및개발에관한법률에 의한 산업단지개발사업

6. 관광진흥법에 의한 관광숙박업, 관광객이용시설업 및 관광지관광단지 개발사업

7. 화물유통촉진법에 의한 화물터미널사업

8. 항만운송사업법에 의한 항만운송사업

9. 도소매업진흥법에 의한 대형점, 대규모소매점, 도매센타 또는 집배송단지사업

10. 지역균형개발및지방중소기업육성에관한법률에 의한 복합단지 개발사업도소매업진흥법에 의한 대형점, 대규모소매점, 도매센타 또는 집배송단지사업

도시가스사업법

제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

5. "가스공급시설"이라 함은 가스의 제조공급을 위한 시설로서 산업자원부령이 정하는 것을 말한다.

도시가스사업법시행규칙

제2조 (정의)

③

법 제2조 제5호에서 "가스의 제조공급을 위한 시설로서 통상산업부령이 정하는 것"이라 함은 도시가스제조사업소(액화천연가스의 인수기지를 포함한다) 및 이로부터 가스사용자가 소유하거나 점유하고 있는 토지의 경계(공동주택등으로서 가스사용자가 구분하여 소유하거나 점유하는 건축물의 외벽에 계량기가 설치된 경우에는 그 계량기의 전단밸브, 계량기가 건축물의 내부에 설치된 경우에는 건축물의 외벽)까지에 이르는 배관공급설비 및 그 부속설비를 말한다.

○ 지방자치단체의 과세면제, 불균일과세

지방세법

제7조 (공익등 사유로 인한 과세면제 및 불균일과세)

① 지방자치단체는 공익상 기타의 사유로 인하여 과세를 불적당하다고 인정할 때에는 과세하지 아니할 수 있다.

② 지방자치단체는 공익상 기타의 사유로 인하여 필요한 때에는 불균일과세를 할 수 있다.

옛 경기도도세감면조례 (2000. 12. 30. 경기도조례 제3070호로 전문개정되기 전의 것)

제22조(도시가스사업지원을 위한 감면)

도시가스사업법 제3조의 규정에 의하여 허가를 받은 일반도시가스사업자 및 가스도매사업자가 도시가스사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(괄호 안 생략)에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감한다. (단서 생략)

다. 판 단

(1) 원고 회사가 대도시 안에 지점을 설치한 이상 지방세법 등록세 중과세 규정을 적용하여 피고가 이 사건 부과처분을 한 것은 정당하고, 원고가 그 지점 설치의 경위가 행정명령에 따른 것이었다 하여 그 등록세 중과세 규정 적용 여부가 달라지는 것은 아니다. 따라서 행정명령으로 부득이 지점을 설치하게 되었으니 지방세법상 등록세 중과세 규정을 적용하여서는 아니된다는 원고 주장은 받아들이지 아니한다. 그리고 본점의 이전이라는 원고 주장에 관하여 살피건대, 원고 주장을 선해하더라도 원고 회사의 경기지사 설치는 본점의 전부 이전이 아니라 본점의 일부 이전에 해당한다고 볼 것인데, 이러한 경우까지 실질적으로 본점 전부 이전에 해당한다고 보아 등록세 중과세의 적용을 하지 아니할 수 있는 경우에 해당한다고 보여지지 아니한다. 이에 관한 원고 주장 역시 받아들이지 아니한다.

(2) 그리고 위 옛 경기도도세감면조례 제22조의 규정은 이미 계산된 등록세액에서 50%를 감면한다는 취지이지,

지방세법 제138조 제1항에서 정하여진 대도시지역 내 등기에 대한 중과세 규정을 적용하지 않는다는 것을 의미하지는 않는다. 이 점 원고 주장 역시 받아들이지 아니한다.

(3) 원고 주장은 이 사건 토지, 건물 중 원고 직접 사용 부분이 사회간접시설 중 부대시설에 해당하므로

지방세섭 제138조 제1항에 정하여진 등록세 중과세 적용 대상이 아니라는 취지이나, 앞서 거시한 증거들과 원고가 제출한 다른 증거들에 변론의 전체 취지를 보태어 보면, 이 사건 건물 중 원고가 직접 사용하고 있는 부분은 사무실, 방송시설 등을 주로 갖추고 있을 뿐, 위

지방세법시행령 제101조 제1항 제3호,

사회간접자본시설에대한민간자본유치촉진법 제2조 제1호,

제3호,

도시가스사업법 제2조 제5호에 정하여진 사회간접자본시설사업의 하나인 ‘도시가스제조사업소(액화천연가스의 인수기지 포함) 및 이로부터 가스사용자가 소유하거나 점유하고 있는 토지의 경계(공동주택등으로서 가스사용자가 구분하여 소유하거나 점유하는 건축물의 외벽에 계량기가 설치된 경우에는 그 계량기의 전단밸브, 계량기가 건축물의 내부에 설치된 경우에는 건축물의 외벽)까지에 이르는 배관공급설비 및 그 부속설비’을 신설증설하고 개량하는 사업(현행 사회간접자본시설에대한민간투자법에 따르면 신설, 증설, 개량 외에 ‘운영’까지 포함되어 있나, 원고가 이 사건 지점을 설치할 당시 시행되던 법에는 ‘운영’이 빠져 있다)에 관한 부동산이 아님을 알 수 있다. 그리고 위

지방세법시행령 제101조 제1항 제3호에서 말하고 있는 ‘부대사업’이란 위 관련 법령에서 본 바와 같이

옛 사회간접자본시설에대한민간자본유치촉진법 제20조 제1항에서 규정하고 있는 사업으로서

같은 법 제2조 제1항 제2호에 정하여진 ‘제1종 시설’(도로, 철도, 항만, 공항 등이 이에 해당하고 도시가스는 여기에 포함되어 있지 않다) 사업의 민자유치를 위하여 벌이는 주택, 택지개발, 도시계획사업, 관광업, 도매점 등의 사업을 말하지, 원고가 주장하는 것과 같이 위 사회간접자본시설사업에 ‘부수되는 사업’을 말하는 것이 아니다. 따라서 이 사건 건물이 위 사회간접자본시설사업 또는 그 부대사업에 관한 부동산에 해당함을 전제로 이 사건 부과처분의 위법을 주장하는 원고 주장 역시 받아들이지 아니한다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 받아들이지 아니하기로 하여 주문과 같이 판결한다.