회사가 건물에 벤처기업집적시설을 조성하기 위한 노력을 하였으나 회사정리절차가 개시됨에 따라 벤처기업법시행규칙 소정의 지정요건을 제대로 충족하지 못하게 되었고, 그 과정에서 회사의 회생을 위한 불가피한 방법으로 부동산을 처분한 것이므로, 이는 벤처기업집적시설을 조성하지 못한 정당한 사유에 해당한다. 따라서 등록세 등을 부과한 처분은 부당하다.

1. 부과처분의 경위

아래 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1, 2호증의 각 1, 2, 갑 제3호증, 갑 제5호증의 1, 2, 3, 을 제1, 2호증의 각 1, 2, 을 제3, 4호증의 각 1, 2, 3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

⑴ 원고회사는 컴퓨터와 PC 모니터의 제조, 판매업을 하는 회사인데, 2000. 2. 15.

소외 서산관광 주식회사와 사이에

서울 서초구 서초동 1305, 1305-1대 860.8㎡ 및 그 지상 15층 건물 10,590.66㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)을 190억원에 매수하기 위한 매매계약을 체결하였다.

⑵ 그런 후 원고회사는 서울특별시장으로부터 2000. 4. 24. 이 사건 부동산 중 7,360.30㎡(지상 3, 4, 6 내지 13층 : 벤처시설 각 4,773.30㎡, 지하 1, 2층, 지상 6층 : 관련시설 각 1,505㎡, 지하 3, 4, 5층 : 공용시설 각 1,082㎡, 이하 ‘이 사건 건물’이라고 한다)에 대하여

벤처기업육성에관한특별조치법(2001. 2. 3. 법률 제6416호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘벤처기업법‘이라고 한다) 제18조에 의한 ’벤처기업집적시설‘ 지정을 받았다.

⑶ 그 과정에서 원고회사는 2000. 2. 28.

지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제276조 제4항에 의하여 피고로부터 이 사건 건물의 취득에 대한 취득세 등을 면제받았고, 그 후 2000. 5. 1.자로 이 사건 부동산에 관하여 소유권이전등기절차를 마쳤다.

⑷ 그런데 피고는 원고회사가

벤처기업법 제18조 제3항,

벤처기업법시행규칙 제5조 제1항 제1호 소정의 벤처기업집적시설의 지정요건인 6개 이상의 벤처기업을 입주시키지 아니한 채 취득일로부터 3년 내인 2003. 4. 3. 정당한 사유 없이 이 사건 부동산을

소외 금강 주식회사에 매각하였고 이는

지방세법 제276조 제4항 단서 소정의 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하지 아니하는 경우에 해당한다는 이유로 2004. 7. 10. 원고회사에 대하여 취득세 316,911,010원(본세 264,092,510원 + 가산세 52,818,500원), 농어촌특별세 29,050,170원, 등록세 1,426,099,560원(본세 1,188,416,300원 + 가산세 237,683,260원) 및 교육세 261,451,580원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라고 한다).

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고회사의 주장

원고회사는 이 사건 건물에 5개의 벤처기업을 유치하였고 나머지 1개의 벤처기업을 유치하기 위하여 나름대로의 노력을 하였으나 원고회사의 자금사정 악화로 인하여 회사정리절차가 개시됨에 따라 사실상 벤처기업을 유치하기 어렵게 되었고, 정리계획안에 의하면 이 사건 부동산의 처분에 관하여 명시적인 규정은 없었으나 정리담보권자 등에 대한 변제자금의 조달방법으로 원고회사의 보유부동산을 처분하는 것이 규정되어 있으며 그에 따라 이 사건 부동산을 처분한 것으로서 원고회사의 회생에 있어서 이 사건 부동산의 처분은 불가피하였다는 사정을 종합하여 보면,

지방세법 제276조 제4항 단서 소정의 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하지 아니한 정당한 사유가 있다 할 것임에도 이를 부정한 이 사건 부과처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.

다. 인정사실

아래 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 위에서 든 각 증거와 갑 제4, 6호증, 갑 제7호증의 1, 2, 3, 갑 제8 내지 12호증, 갑 제13호증의 1, 2, 갑 제14, 15, 16호증, 갑 제17호증의 1, 2, 갑 제18, 19, 20호증의 각 1, 2, 3, 갑 제21호증, 갑 제22, 23호증의 각 1, 2, 갑 제24, 25, 26호증, 을 제7호증의 각 기재와 증인 김명식의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있고, 을 제5, 6호증의 각 1, 2의 각 기재는 이에 방해가 되지 아니한다.

⑴ 원고회사는 서울특별시장으로부터 이 사건 건물에 대하여 벤처기업집적시설의 지정을 받은 후인 2000년 6월경부터 임대대행업체인 주식회사

이엑스개발컨설팅을 통하여 벤처기업에 대한 임대를 하였는데 벤처기업법시행규칙 소정의 벤처기업집적시설의 최소 지정요건인 6개의 벤처기업보다 1개가 모자란 5개의 벤처기업(입주면적 4,492.17㎡)을 입주하게 하였다.

⑵ 그런데 원고회사는 2000년 하반기부터 컴퓨터 업계의 경기가 침체되고 해외매출채권의 회수가 지연되는 등 경영사정이 악화되고 금융기관 차입금의 증가로 인하여 자본잠식 상태가 되자 2001. 10. 25. 대구지방법원에 회사정리절차를 신청하였다. 정리법원인 대구지방법원은 2001. 11. 19.자로 원고회사에 대하여 회사재산보전처분을 하였고 그에 따라 원고회사는 그 이후의 회사소유 재산에 대한 양도, 담보권, 임차권의 설정 및 기타 일체의 처분행위는 법원의 허가를 받아야만 가능하도록 되었다. 그런 후 2001. 11. 24. 회사정리절차가 개시되었다.

⑶ 원고회사는 기업인수합병(M&A)을 전제로 하여 변제자금의 조달은 인수자인 ‘

코니아-거버너스 컨소시엄(컨소시엄대표 : 거버너스 M&A 사모펀드 2호)’으로부터 조달된 인수자금(신주인수대금 550억원, 금융기관차입금 200억원)과 영업수익금 및 보유부동산의 처분대금으로 충당함을 원칙으로 하고, 보충적으로 위 자금이 부족한 경우에는 법원의 허가를 얻어 차입금으로 변제자금에 충당하여 정리담보권자 등에게 변제를 한 후 회사를 갱생시키는 내용의 정리계획안을 정리법원에 제출하였고, 그 정리계획안은 2003. 2. 6. 인가받아 확정되었다.

⑷ 원고회사는 정리계획안에 따라 2003. 2. 7. 원고회사 소유의 주요한 재산인 이 사건 부동산(원고회사는 이 사건 부동산 이외에도 구미시 소재 아파트와 기숙사 및 금강방송 주식회사의 주식을 소유하고 있었으나 이를 모두 합한 금액은 7억 7,000만원 정도였다)을 우리종합금융 주식회사에 담보로 제공하고 200억원을 차입하기로 하는 내용으로 정리법원의 허가를 받았으나 우리종합금융 주식회사의 사정변화로 실현되지 못하게 되자 2003. 2. 27. 다시 이 사건 부동산을 금강 주식회사에 담보로 제공하고 200억원을 차입하기로 하여 정리법원의 허가를 받았다.

⑸ 한편 원고회사와

거버너스 M&A 사모펀드 2호는 공동으로, 2002. 11. 26. 이 사건 부동산을 매매대금 285억원으로 하여 금강 주식회사에 매각하기로 하는 가계약을 체결하면서

금강 주식회사로부터 계약금조로 28억 5,000만원을 지급받았고, 이 사건 부동산을 금강 주식회사에 담보로 제공하고 200억원을 차입하기로 정리법원의 허가를 받은 2003. 2. 27. 원고회사의 관리인을 대리하여 매매대금을 278억원으로 하는 가계약을 체결하면서 200억원을 지급받았으며 그 이후 잔금을 모두 지급받았는데, 다만 등기는 일단 2003. 2. 27.자로 이 사건 부동산에 금강 주식회사를 근저당권자로, 채권최고액을 300억원으로 하는 근저당권을 설정하였다.

⑹ 원고회사는 이 사건 부동산에 대한 매각대금인 위 278억원과 인수자로부터 유입된 인수자금 등을 변제자금으로 삼아 정리담보권자 등에 대하여 변제를 함으로써(갑 제8호증) 원고회사의 재정 및 경영상태가 정상화되어 2003. 3. 26. 회사정리절차가 종결되었다.

⑺ 그런 후 원고회사는 2003. 4. 3. 이 사건 부동산을 위와 같은 경위로 근저당권자로 등기되어 있던 금강 주식회사와 정식 매매계약에 의하여 매도하였고 2003. 7. 23. 서울특별시장에게 이 사건 건물에 대한 벤처기업집적시설지정에 대한 취소신청을 하였다.

라. 판단

⑴

지방세법 제276조 제4항이 벤처기업집적시설의 경우 취득세, 등록세를 면제하는 등의 혜택을 주고 있는 것은 기존 기업의 벤처기업으로의 전환과 벤처기업의 창업을 촉진하여 우리 산업의 구조조정을 원활히 하고 경쟁력을 높이는데 기여함을 목적으로 하고, 같은 항 단서에서 규정한 정당한 사유란 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하지 못한 사유가 행정관청의 금지, 제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 그 시설을 조성하기 위하여 정상적인 노력을 다하였음에도 불구하고 객관적인 사유로 인하여 부득이 조성할 수 없는 경우를 말한다고 할 것이다.

⑵ 이 사건에서 위 인정사실에 의하면, 원고회사가 이 사건 건물에 벤처기업집적시설의 요건인 6개 이상의 벤처기업을 입주시키지 아니하고 이 사건 부동산을 매각함으로써 취득일로부터 3년 이내에 벤처기업집적시설을 조성하지 아니하였으나, 그 한편 원고회사는 벤처기업집적시설지정을 받은 후 임대컨설팅 회사와 계약을 체결하면서 벤처기업을 유치하려고 나름대로의 노력을 기울인 결과 5개의 벤처기업을 입주시켜 그 면적이 당초 지정면적의 71.55%(4,492.17㎡)에 이르렀고 나머지 1개의 벤처기업의 입주만 정리절차의 개시로 인하여 완료하지 못하게 되었으며(앞서 본 바와 같이 새로운 임대차계약을 체결하기 위해서는 정리법원의 허가를 얻어야 하는 등 그 절차가 종전보다 어렵게 되었고, 앞서 든 각 증거에 의하면 실제로 정리법원은 장기의 임대차계약에 소극적이었음을 알 수 있다), 정리계획안에는 이 사건 부동산의 처분에 관한 조항은 명시적으로 기재되어 있지는 않았으나, 변제자금조달 방법으로 원고회사의 보유부동산 처분자금으로 충당하도록 되어 있는 점, 이 사건 부동산이 원고회사의 주요한 부동산이라는 점, 실제로 이 사건 부동산을 매각한 자금으로 정리담보권자 등에게 변제한 점 및 원고회사에 대한 정리절차가 기업인수합병을 전제로 한 것으로서 일정기간 동안의 정리담보권 등의 변제유예를 받아 회사갱생을 유도하는 일반적인 정리절차와 비교하여 상대적으로 빠른 시일 내에 종결된 점에 비추어 볼 때, 이 사건 부동산의 처분자금을 이용한 변제도 실질적으로 정리계획의 실행과정에서 이루어진 것으로 볼 여지가 있는 점을 종합하여 보면, 원고회사는 이 사건 건물에 벤처기업집적시설을 조성하기 위하여 나름의 노력을 하였으나 회사정리절차가 개시됨에 따라 벤처기업법시행규칙 소정의 지정요건을 제대로 충족하지 못하게 되었고 그 과정에서 원고회사의 회생을 위한 불가피한 방법으로 이 사건 부동산을 처분한 것이라 할 것이므로, 앞서 본 법리에 따르면 이는 벤처기업집적시설을 조성하지 못한 정당한 사유에 해당한다 할 것이다.

3. 결 론

그렇다면, 이와 다른 전제에 선 이 사건 부과처분은 위법하다 할 것이므로 취소를 구하는 원고회사의 청구를 인용하기로 하여 주문과 같이 판단한다.