1. 원심은, 그 채용 증거들을 종합하여 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제138조 제1항 단서의 위임에 의한 법 시행령(2005. 1. 5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법 시행령’이라 한다) 제101조 제1항 제10호는 중과세의 대상에서 제외되는 정부출자법인을 "국가 또는 지방자치단체가 납입자본금의 100분의 20 이상을 직접 출자한 법인에 한한다."라고 정의하고 있고, 출자란 회사설립 또는 주식인수를 위해 주주가 자본을 납입하는 것을 의미한다고 할 것인데, 원고의 법인등기부에 출자의 방법은 ‘없음’이라고 등재되어 있으므로, 비영리법인인 원고는 위 규정 소정의 정부출자법인에 해당한다고 볼 수 없다고 판단하였는바, 관계 법령과 기록에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 사실인정과 판단은 옳은 것으로 수긍이 가고, 거기에 채증법칙 위배로 인한 사실오인이나 법 시행령 제101조 제1항 제10호의 해석에 관한 법리오해 등의 위법이 있다고 할 수 없다.

2. 「 법 제138조 제1항 제3호는 ‘대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기’의 등록세율을 법 제131조에 규정한 일반 세율의 3배로 한다고 규정하는 한편, 법 제138조 제1항 단서는 대도시 안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종에 대하여는 중과세의 예외를 규정하고 있고, 법 시행령 제101조 제1항 제31호는 ‘정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체·체육진흥단체·청소년단체가 그 설립목적을 위하여 수행하는 사업’을 등록세 중과세 제외대상으로 들고 있는데, 여기서 법 제138조 제1항 단서의 규정에 의한 중과세의 예외를 적용받기 위해서는 부동산을 취득한 위 호 소정의 단체가 그 부동산에서 설립목적을 위하여 수행하는 사업을 직접 영위하여야 하고, 이를 임대하는 경우에는 위 규정을 적용받을 수 없다고 할 것이다」(대법원 2001.4.24. 선고 2000두7803 판결 참조).

원심은, 그 채용 증거들을 종합하여 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 정보화촉진 등에 관한 기본계획 및 시행계획의 수립·시행에 필요한 전문기술의 지원, 공공기관의 정보통신망 관리 및 운영의 지원, 공공기관 주요정보의 원활한 유통과 공동활용을 위한 시스템의 구축·운영 및 정보통신표준화의 지원, 공공기관의 정보자원 관리의 지원, 공공기관의 정보화사업에 대한 평가·지원 등을 사업대상으로 삼고 있는 원고가 이 사건 건물 중 1층 내지 8층을 금융기관 등에 임대한 것을 그 목적 사업에 해당한다고 보기 어려울 뿐만 아니라, 원고가 정관 제4조 제16호에 목적사업의 수행과 운영자금 마련을 위한 부동산임대를 사업목적으로 규정하였다고 하더라도 이는 내부적인 규약에 불과하므로 원고의 정관규정을 근거로 부동산임대업이 그 설립목적을 위하여 수행하는 사업이라고 볼 수도 없다고 판단하였는바, 위의 법리와 기록에 의하여 살펴보면, 이러한 원심의 사실인정과 판단은 옳은 것으로 수긍이 가고, 거기에 채증법칙 위배로 인한 사실오인이나 법 시행령 제101조 제1항 제31호의 해석에 관한 법리오해 등의 위법이 있다고 할 수 없다.

3. 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기에 대하여 등록세를 중과하는 지방세법의 입법 취지는 대도시의 인구팽창의 억제, 환경의 순화보존 및 지역 간의 균형적 발전 등을 도모하기 위한 것이므로, 이러한 입법 취지에 비추어 볼 때, 등록세 중과세 대상이 되는 대도시 내로의 법인의 본점 전입에 따른 부동산등기에는 본점의 전입등기는 이루어지지 아니하였지만 실질적으로 대도시 외에서 대도시 내로 본점을 전입한 법인이 그 전입과 관련하여 취득한 부동산등기도 포함한다고 할 것이다.

원심은, 원고의 직원 중 21명은 등기부상 본점 소재지인 용인에서 근무하고 나머지 219명은 이 사건 건물에서 근무하고 있으며, 용인에는 부서 중 총무부만 있고 대외활동과 관련한 부서 사무실은 모두 이 사건 건물에 있는 점을 비추어 보면, 이 사건 건물에 설치된 원고의 사무소로 실질적인 본점 전입이 이루어진 것으로 보아야 한다고 판단하였는바, 위의 법리와 기록에 의하여 살펴보면, 이러한 원심의 사실인정과 판단도 옳은 것으로 수긍이 가고, 거기에 채증법칙 위배와 심리미진으로 인한 사실오인이나 법 제138조 제1항 제3호의 ‘본점의 전입’의 해석에 관한 법리오해, 판단유탈 등의 위법이 있다고 할 수 없다.

4. 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2005. 12. 23. 선고 2005누17807 판결】

【주문】 처분청승소

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 「구 전산망 보급확장과 이용촉진에 관한 법률」제13조(1999. 1. 21. 법률 제5669호로 개정되기 전의 것, 1999. 1. 21.자로 정보화촉진기본법 제10조로 설립 근거 법률 변경)의 규정에 의하여 1987. 1. 6. 국가기관, 지방자치단체 등 공공기관의 정보화촉진과 정보화관련정책 개발을 지원함으로써 창조적 지식정보사회의 기반조성에 이바지함을 목적으로 설립된 비영리법인이고, 법인등기부상 본점 소재지는 용인시 ○○동 168이다.

나. 원고는 2002. 4. 1. 서울 중구 ○○동 77 소재 토지 1,668.6㎡와 그 지상 15층 현대빌딩 건물(이하 이 사건 건물이라 한다)을 450억 원(토지 301억 원, 건물 149억 원, 건물 부가가치세 별도)에 매수하여 2002. 4. 2. 소유권이전등기를 경료하면서, 원고가 직접 사용할 부분(아래 다.항과 같은 건물 연면적 8,672㎡와 이에 대응하는 토지 부분)에 대하여는 등록세가 면제되는 기술진흥단체가 고유 업무에 사용하는 부동산으로 보아 등록세 자진 신고ㆍ납부 대상에서 제외하고, 임대용으로 사용할 부분(건물 연면적 7,773.28㎡와 이에 대응하는 토지 부분)에 대하여는 일반 세율을 적용하여 등록세를 신고ㆍ납부하였다. 한편, 원고는 이 사건 건물을 취득하기 전인 2002. 3. 8. 사업장 소재지를 이 사건 건물로 한 임대사업자등록을 하였다.

다. 원고는 이 사건 건물 중 지하 1층, 지상 9층 내지 15층(연면적 8,672㎡로서 전체 연면적은 16,445.28㎡의 52.73%임)은 원장실, 기획조정부 등 13개 부서 사무실로 직접 사용하고, 나머지 지상 1층 내지 8층(연면적 7,773.28㎡)은 금융기관 등 6개 업체에 임대하여 사용하고 있으며, 원고의 직원 중 21명은 등기부상 본점 소재지인 용인에서 근무하고 나머지 219명은 이 사건 건물에서 근무하고 있으며, 용인에는 부서 중 총무부만 있고 대외활동과 관련한 부서(정보화기획단, 정보화기반구축반, 정보화사업지원단, 정보화성과평가단) 사무실은 모두 이 사건 건물에 있다.

라. 피고는 2004. 2. 10. 원고에게, 원고가 이 사건 건물로 사실상 본점을 이전하였거나 임대사업을 위한 지점을 설치한 것으로서 이 사건 건물에 대한 원고 명의의 소유권이전등기가 대도시(수도권정비계획법에 의한 과밀억제권역) 내 본점 전입 혹은 지점 설치에 따른 부동산 등기에 해당되어 중과세 대상에 해당한다는 이유로, 위 임대 부분에 상응하는 취득가액 21,364,292,577원에 「지방세법」제138조 제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 1,538,229,060원, 지방교육세 282,008,660원을 각 부과하는 처분을 하였다.

【인정근거】 갑1, 갑2의 1, 2, 갑3의 3, 갑5, 을1, 을2의 1, 2, 을3의 1 내지 17, 변론의 전취지

2. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는 「지방세법」제138조 제1항 단서가 규정한 업종을 영위하는 법인으로서 그 시행령 제101조 제1항 제10호 또는 제31호에 해당하여 등록세 중과 대상 법인이 아니므로 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 원고는 본점 이전등기를 하지 않았고, 실제 본점 업무가 등기부상의 본점 소재지에서 이루어지고 있고, 서울사무소의 경우 대외활동과 관련없는 부동산임대업으로만 사업자등록을 하였으며, 임대업무는 본점 총부부에서 수행하고 있으므로 이 사건 건물에 설치된 원고의 사무소는 대도시 내 사실상 본점의 전입 또는 지점의 설치에 해당되지 아니하고, 가사 이에 해당한다고 하더라도 「지방세법」제138조 제1항 제3호는 명확성의 원칙을 결여한 위헌규정이므로 이 사건 처분은 취소되어야 한다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 원고의 첫 번째 주장에 대하여

㈎ 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제138조는 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(대도시) 내에서 법인이 설립등기, 본ㆍ지점 설치, 전입에 대한 법인등기와 이와 관련된 부동산등기를 하는 경우, 이에 대한 등록세 중과에 관하여 규정하고 있는데, 제1항 제3호는 "대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기"의 등록세율을 법 제131조에 규정한 일반 세율의 3배로 한다고 규정하고 있다.

한편, 법 제138조 제1항 단서는 대도시 안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종에 대하여는 중과세의 예외를 규정하고 있고, 법 시행령 제101조 제1항에 의하면, ‘정부출자법인(국가 또는 지방자치단체가 납입자본금의 100분의 20 이상을 직접 출자한 법인에 한함)이 영위하는 사업(제10호)’과 ’정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ기술진흥단체ㆍ문화예술단체ㆍ체육진흥단체ㆍ청소년단체가 그 설립목적을 위하여 수행하는 사업‘(제31호)은 중과세의 예외에 해당하는 업종이다.

㈏ 먼저, 원고가 법 시행령 제101조 제1항 제10호 소정의 정부출자법인에 해당하는지 여부에 관하여 보건대, 법 시행령 제101조 제1항 제10호는 중과세의 대상에서 제외되는 정부출자법인을 국가 또는 지방자치단체가 납입자본금의 100분의 20 이상을 직접 출자한 법인이라고 정의하고 있고, 출자란 회사설립 또는 주식인수를 위해 주주가 자본을 납입하는 것을 의미하며 영리법인인 기업체를 전제로 하고 있는데, 원고의 법인등기부(갑6의 4)에 출자의 방법은 ‘없음’이라고 등재되어 있으므로, 비영리법인인 원고는 정부출자법인에 해당한다고 볼 수 없다.

㈐ 한편, 앞서 살펴 본 바와 같이 원고는 국가기관, 지방자치단체 등 공공기관의 정보화촉진과 정보화관련정책 개발을 지원함으로써 창조적 지식정보사회의 기반조성에 이바지함을 목적으로 정부가 「구 전산망 보급확장과 이용촉진에 관한 법률」에 의하여 설립한 공공법인이므로, 법 시행령 제101조 제1항 제31호에 규정된 기술진흥단체에 해당하는데, 원고의 부동산 취득이 중과세 대상의 예외에 해당하기 위해서는 그 설립목적을 위하여 수행하는 사업이어야 할 것인바, 법 시행령 제101조 제2항은 제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 취득한 재산을 일정한 기간 내에 당해 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우 중과세한다고 규정하고 있고, 법 시행령 제101조 제1항 제8호 후문에는 관계법령에 의하여 임대가 허용되는 매장을 임대하는 경우에 임대하는 부분도 당해 업종에 직접 사용하는 것으로 본다는 규정을 별도로 두고 있는 점에 비추어 볼 때 법 제138조 제1항 단서의 규정에 의한 중과세의 예외를 적용받기 위해서는 법 시행령 제101조 제1항 제8호와 같은 특별한 규정이 없는 한 부동산을 취득한 법인이 그 부동산에서 법 시행령 제101조 제1항 소정의 업종을 직접 영위하여야 하고, 이를 임대하는 경우에는 위 규정을 적용받을 수 없다( 대법원 2001. 4. 24. 선고 2000두7803 판결 참조).

㈑ 원고는 정보화촉진 등에 관한 기본계획 및 시행계획의 수립ㆍ시행에 필요한 전문기술의 지원, 공공기관의 정보통신망 관리 및 운영의 지원, 공공기관 주정보의 원활한 유통과 공동활용을 위한 시스템의 구축ㆍ운영 및 정보통신표준화의 지원, 공공기관의 정보자원 관리의 지원, 공공기관의 정보화사업에 대한 평가ㆍ지원 등을 사업대상으로 삼고 있는데( 정보화촉진기본법 제10조 제3항), 원고가 이 사건 건물 중 1층 내지 8층을 금융기관 등에 임대한 것은 원고의 목적 사업에 해당한다고 보기 어렵고, 한편 원고가 정관(갑10) 제4조 제16호에 목적사업의 수행과 운영자금 마련을 위한 부동산임대를 사업목적으로 규정하였다고 하더라도 이는 내부적인 규약에 불과하므로 원고의 정관규정을 근거로 부동산임대업이 원고가 설립목적을 위하여 수행하는 사업이라고 볼 수 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 두 번째 주장에 대하여

㈎ 법 제138조 제1항 제3호는 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기’에 대하여 중과세를 한다고 규정하고 있고, 법 제138조 제3항은 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있으며, 이러한 위임에 따라 법 시행령 제102조 제2항은 법 제138조 제1항 제3호에서 ‘법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기’라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하며, ‘그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기’라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있다.

이와 같이 법 제138조 제1항 제3호는 인구와 경제력의 편중을 억제함으로써 지역간의 균형발전 내지는 지역경제를 활성화하려는 입법취지에서 규정된 것이고 중과세되는 부동산등기에 관한 내용과 범위를 통상인의 경우 누구라도 예측할 수 있도록 규정하였다고 할 것이므로 조세법률주의나 명확성의 원칙에 위반되지 아니한다.

㈏ 대도시 내에서의 법인설립 및 전입에 대한 등록세를 중과하는 지방세법의 입법취지에 비추어 볼 때 등록세 중과세 대상이 되는 대도시 내로의 법인전입에 따른 부동산등기라 함은 법인의 전입등기는 이루어지지 아니하였지만 실질적으로 대도시 외에서 대도시 내로 전입한 법인이 전입과 관련하여 취득한 부동산등기를 포함한다고 할 것이고, 앞서 인정한 바와 같이 원고의 직원 중 21명은 등기부상 본점 소재지인 용인에서 근무하고 나머지 219명은 이 사건 건물에서 근무하고 있으며, 용인에는 부서 중 총무부만 있고 대외활동과 관련한 부서 사무실은 모두 이 사건 건물에 있다는 점에 비추어 보면, 실질적으로 본점 전입이 이루어진 경우라고 보아야 할 것이다. 따라서 원고의 위 주장도 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리 하여 부당하므로 피고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울행정법원 2005. 7. 6. 선고 2004구합32470 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고가 2004. 2. 10. 원고에 대하여 한 등록세 1,538,229,060원, 지방교육세 282,008,660원의 부과처분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 구 전상망보급확장과이용촉진에관한법률 제13조(1999. 1. 21. 법률 제5669호로 개정되기 전의 것, 1999. 1. 21.자로 정보화촉진기본법 제10조로 설립 근거 법률 변경)의 규정에 의하여 1987. 1. 6. 국가기관, 지방자치단체 등 공공기관의 정보화촉진과 정보화관련정책 개발을 지원함으로써 창조적 지식정보사회의 기반조성에 이바지함을 목적으로 정부가 100% 출자하여 설립한 비영리법인으로서 법인등기부상 본점 소재지는 용인시 ○○동 168이다.

나. 원고는 2002. 4. 1. 서울 중구 ○○동 77소재 토지 1,668.6㎡와 그 지상 15층 현대빌딩 건물(이하 이 사건 건물이라 한다)을 450억 원(토지 301억 원, 건물 149억 원, 건물 부가가치세 별도)에 매수하여 2002. 4. 2. 소유권이전등기를 경료하면서, 원고가 직접 사용할 부분(아래 다.항과 같은 건물 연면적 8,672㎡와 이에 대응하는 토지 부분)에 대하여는 등록세가 면제되는 기술진흥단체가 고유 업무에 사용하는 부동산으로 보아 등록세 자진 신고납부 대상에서 제외하고, 임대용으로 사용할 부분(건물 연면적 7,773.28㎡와 이에 대응하는 토지 부분)에 대하여는 일반 세율을 적용하여 등록세를 신고납부하였다. 한편, 원고는 이 사건 건물을 취득하기 전인 2002. 3. 8. 사업장 소재지를 이 사건 건물로 한 임대사업자등록을 하였다.

다. 원고는 이 사건 건물 중 지하 1층, 지상 9층 내지 15층(연면적 8,672㎡로서 전체 연면적은 16,445.28㎡의 52.73%임)은 원장실, 기획조정부 등 13개 부서 사무실로 직접 사용하고, 나머지 지상 1층 내지 8층(연면적 7,773.28㎡)은 금융기관 등 6개 업체에 임대하여 사용하고 있으며, 원고의 직원 중 21명은 등기부상 본점 소재지인 용인에서 근무하고 나머지 219명은 이 사건 건물에서 근무하고 있으며, 용인에는 부서 중 총무부만 있고 대외활동과 관련한 부서(정보화기획단, 정보화기반구축반, 정보화사업지원단, 정보화성과평가단) 사무실은 모두 이 사건 건물에 있다.

라. 피고는 2004. 2. 10. 원고에게, 원고가 이 사건 건물로 사실상 본점을 이전하였거나 임대사업을 위한 지점을 설치한 것으로서 이 사건 건물에 대한 원고 명의의 소유권이전등기가 대도시(수도권정비계획법에 의한 과밀억제권역) 내 본점 전입 혹은 지점 설치에 따른 부동산 등기에 해당되어 중과세 대상에 해당한다는 이유로, 위 임대 부분에 상응하는 취득가액 21,364,292,577원에 「지방세법」제138조 제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 1,538,229,060원, 지방교육세 282,008,660원을 각 부과하는 처분을 하였다.

[인정근거] 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3호증의 3, 갑 제5호증, 을 제1호증, 을 제2호증의 1, 2, 을 제3호증의 1 내지 17의 각 기재, 변론 전체의 취지.

2. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고의 주장 요지

이 사건 건물에 설치된 사무소가 대도시 내 사실상 본점의 전입 또는 지점의 설치에 해당되지 아니할 뿐만 아니라, 가사 해당한다 하더라도 원고는 등록세 중과 대상 제외 법인이므로 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련 법령

별지 관련 법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 우선 원고가 등록세 중과 대상 제외 법인인지 여부에 관하여 보건대, 「지방세법」제138조 제1항은 본문에서 법인의 대도시 지역 내 본지점 설치, 전입에 대한 법인등기와 이와 관련된 부동산등기의 중과세를 규정하면서 그에 대한 예외로 그 단서에 ‘ 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(대도시)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종’에 대하여는 중과세를 하지 아니한다고 규정하고 있고, 지방세법시행령 제101조 제1항 제10호는 위 「지방세법」제138조 제1항단서에서 규정하고 있는 ‘대통령이 정하는 업종’의 하나로 ‘정부출자법인(국가 또는 지방자치단체가 납입자본금의 100분의 20이상을 직접 출자한 법인에 한한다)이 영위하는 사업’을 규정하고 있다.

원고가 정부가 100% 출자한 법인임은 앞서 본 바와 같은바, 결국 지방세법시행령 제101조 제1항 제10호에 해당하는 정부출자법인의 경우 그 법인의 사업과 관련하여 본지점이 설치, 이전되거나 부동산이 취득되면 그 사업이 법인의 목적 사업에 해당되지 않더라도 「지방세법」제138조 제1항 본문에 의하여 등록세 중과세가 면제된다고 볼 것인지 아니면 법인의 목적 사업에 해당하는 경우에만 중과세 면제가 적용된다고 볼 것인지에 의하여, 원고의 등록세 중과세 대상 법인 해당 여부가 가려질 것이다.

살피건대, 조세 법규의 해석은 가급적 목적론적 해석을 피하고 문리에 따라 엄격하게 행하여야만 하는 것으로서 지방세법시행령 제101조 제1항 제10호에서의 ‘사업’의 의미 역시 일반적인 문면의 의미에 따라 해석하여야 할 것인즉 일반적인 법 해석에 있어서 법인의 사업은 정관에 목적 사업으로 표시된 것에 한하지 않는 것으로 받아들여지고 있는 점, 지방세법시행령 제101조 제1항에서 제10호 외의 다른 호는 업종을 구체적으로 지적하거나 ‘설립목적을 위하여 수행하는 사업’ 등의 형식으로 규정하여 업종을 한정하고 있는 데 비하여 제10호는 이와 달리 ‘정부출자법인이 영위하는 사업’이라고만 규정하여 그 규정 형식을 달리 하고 있어 체계론적 해석에 의하더라도 여기서의 사업은 그 분야를 한정한 것이 아닌 것으로 보아야 하는 점, 수도권정비계획법시행령 제3조 제3호 나목에 해당하는 공공법인의 경우 과밀억제권역( 「지방세법」제138조의 대도시와 동일한 개념임)에서 사무소를 신축 또는 용도변경하는 등의 행위를 하기 위해서는 같은 시행령 제11조에 의하여 건설교통부장관과 협의를 거치거나 승인을 얻도록 되어 있어 이로써 정부출자법인이 본래의 목적 사업 외의 사업을 수행하기 위하여 대도시에 사무소 등을 무분별하게 신축하고 그로 인하여 인구 유입이 증가되는 것을 막을 수 있다고 보이는 점 등에 비추어 보면, 정부출자법인의 경우에는 그 목적 사업뿐만 아니라 그 목적 사업과 직접적인 관계가 없는 사업을 수행하기 위하여 본지점 등을 설치하거나 그에 따른 부동산등기를 하더라도 등록세 중과 대상에서 제외되는 것으로 보아야 할 것이다.

(2) 또한, 가사 이와 달리 보아 대도시 내 법인 설립과 본지점 설치 등을 억제하여 대도시 인구집중을 막기 위한 「지방세법」제138조의 입법취지를 고려하여 지방세법시행령 제101조 제1항 제10호의 ‘사업’에 일정한 제한을 가한다고 하더라도, 위 시행령 조항이 명백히 ‘사업’이라는 문구를 사용하고 있는 이상 여기서의 사업을 곧바로 정부출자법인의 본래의 목적 사업에 한정되는 것으로 해석하여서는 안 될 것이고, 정부출자법인의 경우 사업 수행에 있어서 감독기관의 허가 또는 승인 등을 받고 있고 수도권정비계획법시행령에 의하여 대도시 내 사무소의 신축 또는 용도변경에 있어 건설교통부장관과 협의를 거치거나 승인을 얻도록 되어 있으며 이러한 통제 과정에서 무분별한 대도시 내 본지점 설치 등이 충분히 억제될 수 있고 이로써 「지방세법」제138조의 입법 목적이 달성될 수 있는 점을 감안하면, 최소한 정부출자법인이 사업 수행에 대하여 감독기관의 허가 또는 승인을 받고 사무소 신축 또는 용도변경에 대하여 건설교통부장관과의 협의 등을 거친 경우에 있어서는 등록세 중과세 대상에서 제외되는 것으로 보아야 할 것이다.

이 사건의 경우, 을 제2호증의 2의 기재에 의하여 인정되는 바와 같이 원고가 이 사건 부동산의 취득 및 일부 임대에 관하여 정보통신부장관의 승인 및 수도권정비계획법 제21조에 의하여 설치된 수도권정비위원회의 심의의결을 거쳐 건설교통부장관으로부터 승인을 얻었는바, 지방세법시행령 제101조 제1항 제10호의 정부출자법인의 ‘사업’에 대하여 위와 같은 법리에 따라 일정한 제한을 가한다고 하더라도 원고가 이 사건 건물의 일부에서 부동산 임대업을 영위하는 것은 여전히 등록세 중과 대상 제외에 해당하는 것으로 보아야 할 것이다.

(3) 결국, 원고가 제138조 제1항 단서의 등록세 중과 대상 제외 법인에 해당하는 이상, 위 조항 본문에 해당하는지에 관한 원고의 주장에 대하여 더 나아가 살펴 볼 필요 없이, 피고의 이 사건 등록세 등 부과처분은 위법하다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.