중과세의 대상에서 제외되는 정부출자법인을 국가 또는 지방자치단체가 납입자본금의 100분의 20 이상을 직접 출자한 법인이라고 지방세법에서 정의하고 있고 영리법인인 기업체를 전제로 하고 있는데, 법인등기부에 출자의 방법은 ‘없음’이라고 등재되어 있는 점 등을 보면 비영리법인에 해당한다. 따라서 중과세 제외대상에 해당하지 않아 등록세 등의 부과처분은 정당하다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 「구 전산망 보급확장과 이용촉진에 관한 법률」제13조(1999. 1. 21. 법률 제5669호로 개정되기 전의 것, 1999. 1. 21.자로

정보화촉진기본법 제10조로 설립 근거 법률 변경)의 규정에 의하여 1987. 1. 6. 국가기관, 지방자치단체 등 공공기관의 정보화촉진과 정보화관련정책 개발을 지원함으로써 창조적 지식정보사회의 기반조성에 이바지함을 목적으로 설립된 비영리법인이고, 법인등기부상 본점 소재지는 용인시 죽전동 168이다.

나. 원고는 2002. 4. 1. 서울

중구 무교동 77 소재 토지 1,668.6㎡와 그 지상 15층 현대빌딩 건물(이하 이 사건 건물이라 한다)을 450억 원(토지 301억 원, 건물 149억 원, 건물 부가가치세 별도)에 매수하여 2002. 4. 2. 소유권이전등기를 경료하면서, 원고가 직접 사용할 부분(아래 다.항과 같은 건물 연면적 8,672㎡와 이에 대응하는 토지 부분)에 대하여는 등록세가 면제되는 기술진흥단체가 고유 업무에 사용하는 부동산으로 보아 등록세 자진 신고ㆍ납부 대상에서 제외하고, 임대용으로 사용할 부분(건물 연면적 7,773.28㎡와 이에 대응하는 토지 부분)에 대하여는 일반 세율을 적용하여 등록세를 신고ㆍ납부하였다. 한편, 원고는 이 사건 건물을 취득하기 전인 2002. 3. 8. 사업장 소재지를 이 사건 건물로 한 임대사업자등록을 하였다.

다. 원고는 이 사건 건물 중 지하 1층, 지상 9층 내지 15층(연면적 8,672㎡로서 전체 연면적은 16,445.28㎡의 52.73%임)은 원장실, 기획조정부 등 13개 부서 사무실로 직접 사용하고, 나머지 지상 1층 내지 8층(연면적 7,773.28㎡)은 금융기관 등 6개 업체에 임대하여 사용하고 있으며, 원고의 직원 중 21명은 등기부상 본점 소재지인 용인에서 근무하고 나머지 219명은 이 사건 건물에서 근무하고 있으며, 용인에는 부서 중 총무부만 있고 대외활동과 관련한 부서(정보화기획단, 정보화기반구축반, 정보화사업지원단, 정보화성과평가단) 사무실은 모두 이 사건 건물에 있다.

라. 피고는 2004. 2. 10. 원고에게, 원고가 이 사건 건물로 사실상 본점을 이전하였거나 임대사업을 위한 지점을 설치한 것으로서 이 사건 건물에 대한 원고 명의의 소유권이전등기가 대도시(수도권정비계획법에 의한 과밀억제권역) 내 본점 전입 혹은 지점 설치에 따른 부동산 등기에 해당되어 중과세 대상에 해당한다는 이유로, 위 임대 부분에 상응하는 취득가액 21,364,292,577원에

지방세법 제138조 제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 1,538,229,060원, 지방교육세 282,008,660원을 각 부과하는 처분을 하였다.

【인정근거】 갑1, 갑2의 1, 2, 갑3의 3, 갑5, 을1, 을2의 1, 2, 을3의 1 내지 17, 변론의 전취지

2. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는

지방세법 제138조 제1항 단서가 규정한 업종을 영위하는 법인으로서 그

시행령 제101조 제1항 제10호 또는

제31호에 해당하여 등록세 중과 대상 법인이 아니므로 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 원고는 본점 이전등기를 하지 않았고, 실제 본점 업무가 등기부상의 본점 소재지에서 이루어지고 있고, 서울사무소의 경우 대외활동과 관련없는 부동산임대업으로만 사업자등록을 하였으며, 임대업무는 본점 총부부에서 수행하고 있으므로 이 사건 건물에 설치된 원고의 사무소는 대도시 내 사실상 본점의 전입 또는 지점의 설치에 해당되지 아니하고, 가사 이에 해당한다고 하더라도

지방세법 제138조 제1항 제3호는 명확성의 원칙을 결여한 위헌규정이므로 이 사건 처분은 취소되어야 한다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 원고의 첫 번째 주장에 대하여

㈎

지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제138조는 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(대도시) 내에서 법인이 설립등기, 본ㆍ지점 설치, 전입에 대한 법인등기와 이와 관련된 부동산등기를 하는 경우, 이에 대한 등록세 중과에 관하여 규정하고 있는데,

제1항 제3호는 “대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기”의 등록세율을

법 제131조에 규정한 일반 세율의 3배로 한다고 규정하고 있다.

한편,

법 제138조 제1항 단서는 대도시 안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종에 대하여는 중과세의 예외를 규정하고 있고, 법 시행령 제101조 제1항에 의하면, ‘정부출자법인(국가 또는 지방자치단체가 납입자본금의 100분의 20 이상을 직접 출자한 법인에 한함)이 영위하는 사업(제10호)’과 ’정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ기술진흥단체ㆍ문화예술단체ㆍ체육진흥단체ㆍ청소년단체가 그 설립목적을 위하여 수행하는 사업‘(제31호)은 중과세의 예외에 해당하는 업종이다.

㈏ 먼저, 원고가

법 시행령 제101조 제1항 제10호 소정의 정부출자법인에 해당하는지 여부에 관하여 보건대,

법 시행령 제101조 제1항 제10호는 중과세의 대상에서 제외되는 정부출자법인을 국가 또는 지방자치단체가 납입자본금의 100분의 20 이상을 직접 출자한 법인이라고 정의하고 있고, 출자란 회사설립 또는 주식인수를 위해 주주가 자본을 납입하는 것을 의미하며 영리법인인 기업체를 전제로 하고 있는데, 원고의 법인등기부(갑6의 4)에 출자의 방법은 ‘없음’이라고 등재되어 있으므로, 비영리법인인 원고는 정부출자법인에 해당한다고 볼 수 없다.

㈐ 한편, 앞서 살펴 본 바와 같이 원고는 국가기관, 지방자치단체 등 공공기관의 정보화촉진과 정보화관련정책 개발을 지원함으로써 창조적 지식정보사회의 기반조성에 이바지함을 목적으로 정부가 「구 전산망 보급확장과 이용촉진에 관한 법률」에 의하여 설립한 공공법인이므로,

법 시행령 제101조 제1항 제31호에 규정된 기술진흥단체에 해당하는데, 원고의 부동산 취득이 중과세 대상의 예외에 해당하기 위해서는 그 설립목적을 위하여 수행하는 사업이어야 할 것인바,

법 시행령 제101조 제2항은

제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 취득한 재산을 일정한 기간 내에 당해 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우 중과세한다고 규정하고 있고,

법 시행령 제101조 제1항 제8호 후문에는 관계법령에 의하여 임대가 허용되는 매장을 임대하는 경우에 임대하는 부분도 당해 업종에 직접 사용하는 것으로 본다는 규정을 별도로 두고 있는 점에 비추어 볼 때

법 제138조 제1항 단서의 규정에 의한 중과세의 예외를 적용받기 위해서는

법 시행령 제101조 제1항 제8호와 같은 특별한 규정이 없는 한 부동산을 취득한 법인이 그 부동산에서

법 시행령 제101조 제1항 소정의 업종을 직접 영위하여야 하고, 이를 임대하는 경우에는 위 규정을 적용받을 수 없다(

대법원 2001. 4. 24. 선고 2000두7803 판결 참조).

㈑ 원고는 정보화촉진 등에 관한 기본계획 및 시행계획의 수립ㆍ시행에 필요한 전문기술의 지원, 공공기관의 정보통신망 관리 및 운영의 지원, 공공기관 주정보의 원활한 유통과 공동활용을 위한 시스템의 구축ㆍ운영 및 정보통신표준화의 지원, 공공기관의 정보자원 관리의 지원, 공공기관의 정보화사업에 대한 평가ㆍ지원 등을 사업대상으로 삼고 있는데(

정보화촉진기본법 제10조 제3항), 원고가 이 사건 건물 중 1층 내지 8층을 금융기관 등에 임대한 것은 원고의 목적 사업에 해당한다고 보기 어렵고, 한편 원고가 정관(갑10) 제4조 제16호에 목적사업의 수행과 운영자금 마련을 위한 부동산임대를 사업목적으로 규정하였다고 하더라도 이는 내부적인 규약에 불과하므로 원고의 정관규정을 근거로 부동산임대업이 원고가 설립목적을 위하여 수행하는 사업이라고 볼 수 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 두 번째 주장에 대하여

㈎

법 제138조 제1항 제3호는 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기’에 대하여 중과세를 한다고 규정하고 있고,

법 제138조 제3항은 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있으며, 이러한 위임에 따라

법 시행령 제102조 제2항은

법 제138조 제1항 제3호에서 ‘법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기’라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하며, ‘그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기’라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있다.

이와

같이 법 제138조 제1항 제3호는 인구와 경제력의 편중을 억제함으로써 지역간의 균형발전 내지는 지역경제를 활성화하려는 입법취지에서 규정된 것이고 중과세되는 부동산등기에 관한 내용과 범위를 통상인의 경우 누구라도 예측할 수 있도록 규정하였다고 할 것이므로 조세법률주의나 명확성의 원칙에 위반되지 아니한다.

㈏ 대도시 내에서의 법인설립 및 전입에 대한 등록세를 중과하는 지방세법의 입법취지에 비추어 볼 때 등록세 중과세 대상이 되는 대도시 내로의 법인전입에 따른 부동산등기라 함은 법인의 전입등기는 이루어지지 아니하였지만 실질적으로 대도시 외에서 대도시 내로 전입한 법인이 전입과 관련하여 취득한 부동산등기를 포함한다고 할 것이고, 앞서 인정한 바와 같이 원고의 직원 중 21명은 등기부상 본점 소재지인 용인에서 근무하고 나머지 219명은 이 사건 건물에서 근무하고 있으며, 용인에는 부서 중 총무부만 있고 대외활동과 관련한 부서 사무실은 모두 이 사건 건물에 있다는 점에 비추어 보면, 실질적으로 본점 전입이 이루어진 경우라고 보아야 할 것이다. 따라서 원고의 위 주장도 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리 하여 부당하므로 피고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.