지방세법시행령 제101조 제1항 제10호에 해당하는 정부출자법인의 경우 목적 사업뿐만 아니라 직접적인 관계가 없는 사업을 수행하기 위하여 본․지점 등을 설치하거나 그에 따른 부동산등기를 하더라도 지방세법 제138조 제1항 본문에 의하여 등록세 중과세 대상에 해당하지 않는다. 따라서 등록세 등 부과처분은 부당하다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 구 전상망보급확장과이용촉진에관한법률 제13조(1999. 1. 21. 법률 제5669호로 개정되기 전의 것, 1999. 1. 21.자로 정보화촉진기본법 제10조로 설립 근거 법률 변경)의 규정에 의하여 1987. 1. 6. 국가기관, 지방자치단체 등 공공기관의 정보화촉진과 정보화관련정책 개발을 지원함으로써 창조적 지식정보사회의 기반조성에 이바지함을 목적으로 정부가 100% 출자하여 설립한 비영리법인으로서 법인등기부상 본점 소재지는 용인시 죽전동 168이다.

나. 원고는 2002. 4. 1.

서울 중구 무교동 77소재 토지 1,668.6㎡와 그 지상 15층 현대빌딩 건물(이하 이 사건 건물이라 한다)을 450억 원(토지 301억 원, 건물 149억 원, 건물 부가가치세 별도)에 매수하여 2002. 4. 2. 소유권이전등기를 경료하면서, 원고가 직접 사용할 부분(아래 다.항과 같은 건물 연면적 8,672㎡와 이에 대응하는 토지 부분)에 대하여는 등록세가 면제되는 기술진흥단체가 고유 업무에 사용하는 부동산으로 보아 등록세 자진 신고납부 대상에서 제외하고, 임대용으로 사용할 부분(건물 연면적 7,773.28㎡와 이에 대응하는 토지 부분)에 대하여는 일반 세율을 적용하여 등록세를 신고납부하였다. 한편, 원고는 이 사건 건물을 취득하기 전인 2002. 3. 8. 사업장 소재지를 이 사건 건물로 한 임대사업자등록을 하였다.

다. 원고는 이 사건 건물 중 지하 1층, 지상 9층 내지 15층(연면적 8,672㎡로서 전체 연면적은 16,445.28㎡의 52.73%임)은 원장실, 기획조정부 등 13개 부서 사무실로 직접 사용하고, 나머지 지상 1층 내지 8층(연면적 7,773.28㎡)은 금융기관 등 6개 업체에 임대하여 사용하고 있으며, 원고의 직원 중 21명은 등기부상 본점 소재지인 용인에서 근무하고 나머지 219명은 이 사건 건물에서 근무하고 있으며, 용인에는 부서 중 총무부만 있고 대외활동과 관련한 부서(정보화기획단, 정보화기반구축반, 정보화사업지원단, 정보화성과평가단) 사무실은 모두 이 사건 건물에 있다.

라. 피고는 2004. 2. 10. 원고에게, 원고가 이 사건 건물로 사실상 본점을 이전하였거나 임대사업을 위한 지점을 설치한 것으로서 이 사건 건물에 대한 원고 명의의 소유권이전등기가 대도시(수도권정비계획법에 의한 과밀억제권역) 내 본점 전입 혹은 지점 설치에 따른 부동산 등기에 해당되어 중과세 대상에 해당한다는 이유로, 위 임대 부분에 상응하는 취득가액 21,364,292,577원에

지방세법 제138조 제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 1,538,229,060원, 지방교육세 282,008,660원을 각 부과하는 처분을 하였다.

[인정근거] 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3호증의 3, 갑 제5호증, 을 제1호증, 을 제2호증의 1, 2, 을 제3호증의 1 내지 17의 각 기재, 변론 전체의 취지.

2. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고의 주장 요지

이 사건 건물에 설치된 사무소가 대도시 내 사실상 본점의 전입 또는 지점의 설치에 해당되지 아니할 뿐만 아니라, 가사 해당한다 하더라도 원고는 등록세 중과 대상 제외 법인이므로 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련 법령

별지 관련 법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 우선 원고가 등록세 중과 대상 제외 법인인지 여부에 관하여 보건대,

지방세법 제138조 제1항은 본문에서 법인의 대도시 지역 내 본지점 설치, 전입에 대한 법인등기와 이와 관련된 부동산등기의 중과세를 규정하면서 그에 대한 예외로 그 단서에 ‘

수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(대도시)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종’에 대하여는 중과세를 하지 아니한다고 규정하고 있고,

지방세법시행령 제101조 제1항 제10호는 위

지방세법 제138조 제1항단서에서 규정하고 있는 ‘대통령이 정하는 업종’의 하나로 ‘정부출자법인(국가 또는 지방자치단체가 납입자본금의 100분의 20이상을 직접 출자한 법인에 한한다)이 영위하는 사업’을 규정하고 있다.

원고가 정부가 100% 출자한 법인임은 앞서 본 바와 같은바, 결국

지방세법시행령 제101조 제1항 제10호에 해당하는 정부출자법인의 경우 그 법인의 사업과 관련하여 본지점이 설치, 이전되거나 부동산이 취득되면 그 사업이 법인의 목적 사업에 해당되지 않더라도

지방세법 제138조 제1항 본문에 의하여 등록세 중과세가 면제된다고 볼 것인지 아니면 법인의 목적 사업에 해당하는 경우에만 중과세 면제가 적용된다고 볼 것인지에 의하여, 원고의 등록세 중과세 대상 법인 해당 여부가 가려질 것이다.

살피건대, 조세 법규의 해석은 가급적 목적론적 해석을 피하고 문리에 따라 엄격하게 행하여야만 하는 것으로서

지방세법시행령 제101조 제1항 제10호에서의 ‘사업’의 의미 역시 일반적인 문면의 의미에 따라 해석하여야 할 것인즉 일반적인 법 해석에 있어서 법인의 사업은 정관에 목적 사업으로 표시된 것에 한하지 않는 것으로 받아들여지고 있는 점,

지방세법시행령 제101조 제1항에서

제10호 외의 다른 호는 업종을 구체적으로 지적하거나 ‘설립목적을 위하여 수행하는 사업’ 등의 형식으로 규정하여 업종을 한정하고 있는 데 비하여

제10호는 이와 달리 ‘정부출자법인이 영위하는 사업’이라고만 규정하여 그 규정 형식을 달리 하고 있어 체계론적 해석에 의하더라도 여기서의 사업은 그 분야를 한정한 것이 아닌 것으로 보아야 하는 점,

수도권정비계획법시행령 제3조 제3호 나목에 해당하는 공공법인의 경우 과밀억제권역(

지방세법 제138조의 대도시와 동일한 개념임)에서 사무소를 신축 또는 용도변경하는 등의 행위를 하기 위해서는

같은 시행령 제11조에 의하여 건설교통부장관과 협의를 거치거나 승인을 얻도록 되어 있어 이로써 정부출자법인이 본래의 목적 사업 외의 사업을 수행하기 위하여 대도시에 사무소 등을 무분별하게 신축하고 그로 인하여 인구 유입이 증가되는 것을 막을 수 있다고 보이는 점 등에 비추어 보면, 정부출자법인의 경우에는 그 목적 사업뿐만 아니라 그 목적 사업과 직접적인 관계가 없는 사업을 수행하기 위하여 본지점 등을 설치하거나 그에 따른 부동산등기를 하더라도 등록세 중과 대상에서 제외되는 것으로 보아야 할 것이다.

(2) 또한, 가사 이와 달리 보아 대도시 내 법인 설립과 본지점 설치 등을 억제하여 대도시 인구집중을 막기 위한

지방세법 제138조의 입법취지를 고려하여

지방세법시행령 제101조 제1항 제10호의 ‘사업’에 일정한 제한을 가한다고 하더라도, 위 시행령 조항이 명백히 ‘사업’이라는 문구를 사용하고 있는 이상 여기서의 사업을 곧바로 정부출자법인의 본래의 목적 사업에 한정되는 것으로 해석하여서는 안 될 것이고, 정부출자법인의 경우 사업 수행에 있어서 감독기관의 허가 또는 승인 등을 받고 있고 수도권정비계획법시행령에 의하여 대도시 내 사무소의 신축 또는 용도변경에 있어 건설교통부장관과 협의를 거치거나 승인을 얻도록 되어 있으며 이러한 통제 과정에서 무분별한 대도시 내 본지점 설치 등이 충분히 억제될 수 있고 이로써

지방세법 제138조의 입법 목적이 달성될 수 있는 점을 감안하면, 최소한 정부출자법인이 사업 수행에 대하여 감독기관의 허가 또는 승인을 받고 사무소 신축 또는 용도변경에 대하여 건설교통부장관과의 협의 등을 거친 경우에 있어서는 등록세 중과세 대상에서 제외되는 것으로 보아야 할 것이다.

이 사건의 경우, 을 제2호증의 2의 기재에 의하여 인정되는 바와 같이 원고가 이 사건 부동산의 취득 및 일부 임대에 관하여 정보통신부장관의 승인 및

수도권정비계획법 제21조에 의하여 설치된 수도권정비위원회의 심의의결을 거쳐 건설교통부장관으로부터 승인을 얻었는바,

지방세법시행령 제101조 제1항 제10호의 정부출자법인의 ‘사업’에 대하여 위와 같은 법리에 따라 일정한 제한을 가한다고 하더라도 원고가 이 사건 건물의 일부에서 부동산 임대업을 영위하는 것은 여전히 등록세 중과 대상 제외에 해당하는 것으로 보아야 할 것이다.

(3) 결국, 원고가

제138조 제1항 단서의 등록세 중과 대상 제외 법인에 해당하는 이상, 위 조항 본문에 해당하는지에 관한 원고의 주장에 대하여 더 나아가 살펴 볼 필요 없이, 피고의 이 사건 등록세 등 부과처분은 위법하다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.