상고이유를 판단한다.

1. 구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호, 제184조 제1호 소정의 비영리사업자가 부동산을 그 사업에 직접 사용하는 것인지 아니면 수익사업에 사용하는 것인지의 여부는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것이다 ( 대법원 1996. 1. 26. 선고 95누13104 판결, 2006. 1. 13. 선고 2004두9265 판결 등 참조).

기록과 원심판결에 나타난, 원고가 서울 동대문구 회기동 1-5외 43필지 소재 이 사건 건물 중 학생식당 및 교직원식당으로 사용되는 부분(이하 ‘이 사건 건물부분’이라 한다)을 신동수에게 임대하여 운영하도록 하게 된 경위, 이 사건 건물부분의 설치장소, 대상고객, 판매품목, 판매가격 및 그 운영실태, 신동수로부터 받은 임대료의 지출용도 등 제반 사정을 참작할 때, 원심이 이 사건 건물부분은 원고가 운영하는 경희대학교 서울캠퍼스의 학생 및 교직원들의 후생복지를 위한 시설로서 원고가 수행하는 교육사업에 사용되는 것이라 할 것이고, 비록 원고가 신동수에게 이 사건 건물부분을 위탁관리하도록 하고 신동수로부터 임대보증금 및 임대료를 지급받았다고 하더라도, 이 사건 건물부분이 위와 같이 학생 및 교직원들의 후생복지시설로 운영되고 있고 그 임대차계약에 의하여 그로부터의 이탈이 엄격히 통제되고 있으며, 달리 임대사업으로서의 수익성이 있다거나 임대수익을 목적으로 한 것이라고 볼 증거가 없는 이상, 위와 같은 금원의 취득으로 인해 이 사건 건물부분의 사용이 수익사업으로 되는 것은 아니라고 판단한 것은 정당한 것으로 수긍이 가고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 법 제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호, 제184조 제1호 소정의 부동산을 ‘그 사업에 직접 사용’ 및 ‘수익사업에 사용하는 경우’의 해석에 관한 법리오해 등의 위법이 있다고 할 수 없다.

2. 법 제184조 제1호에 의하면, 위 조항 소정의 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 부과하지 아니하나, 당해 부동산을 유료로 사용하게 하는 경우 등에는 그 사용부분에 대하여는 재산세를 부과한다고 규정하고 있고, 여기서 당해 부동산을 유료로 사용하게 하는 경우라 함은 당해 부동산의 사용에 대하여 대가가 지급되는 것을 말하는 것이므로 ( 대법원 1997. 2. 28. 선고 96누14845 판결, 1998. 1. 23. 선고 97누8731 판결 등 참조), 비영리사업자가 그 고유의 업무를 수행하기 위하여 별도의 재화나 용역을 유료로 공급할 필요가 있어 그 재화나 용역을 공급하는 장소로서 당해 부동산을 사용하는 것이고 그 재화나 용역의 사용자로부터 지급받는 금원이 재화나 용역의 대가에 불과하다면 당해 부동산을 유료로 사용하게 한 때에 해당한다고 할 수 없을 것이며, 한편 재화 또는 용역의 제공은 제3자에게 위탁 또는 임대차등의 방법으로도 할 수 있다고 할 것인바, 위와 같은 경우 비영리사업자가 제3자로부터 관리비 또는 임대료 등의 명목으로 받는 금원이 당해 부동산의 사용대가인지 또는 비영리사업자가 직접 재화나 용역을 공급하고 받을 대가의 일부를 간접 징수하는 것에 불과한지의 여부는, 비영리사업자의 고유의 업무와 관련하여 당해 재화나 용역을 제공할 필요성, 당해 재화나 용역을 제3자에게 위탁 또는 임대의 형식으로 관리·운영할 필요성과 합리성, 그 대상고객, 판매품목, 판매가격 및 그 결정구조, 특히 비영리사업자에게 지급되는 금액이 재화나 용역의 가격결정에 미치는 영향과 비영리사업자와 제3자에 대한 관계 등을 종합하여 판단하여야 할 것이다.

기록에 의하면, 피고는 원고가 이 사건 건물부분을 신동수에게 임대하고 그 대가로 임대보증금 외에도 임대료를 지급받음으로써 이 사건 건물부분을 유료로 사용하게 하였으므로 재산세 및 그 부가세(附加稅)인 도시계획세, 공동시설세, 지방교육세(이하 ‘재산세 등’이라 한다)의 과세대상이 된다는 취지의 주장을 하고 있고, 원고가 이 사건 건물부분을 신동수에게 임대하고 임대보증금 3,000만 원 외에 연간 4,500만 원의 임대료를 지급받은 사실이 인정된다.

그렇다면 원심으로서는, 원고가 이 사건 건물부분을 그가 수행하는 교육사업에 직접 사용하고 있다고 하더라도 위 금원이 이 사건 건물부분의 사용에 대한 대가로 지급된 것인지, 아니면 용역대가의 일부를 간접징수한 정도에 불과한 것인지 여부를 더 심리한 후, 이 사건 재산세 등의 각 부과처분의 당부를 판단하였어야 함에도 불구하고, 원심이 피고의 위 주장에 대하여 아무런 심리, 판단을 하지 아니한 채 이 사건 재산세 등의 각 부과처분이 위법하다고 판단한 것은 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다고 할 것이고, 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

3. 그러므로 원심판결 중 2002년 및 2003년분 재산세 등의 각 부과처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 피고의 나머지 상고를 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2005. 7. 15. 선고 2004누22758 판결】

【주문】 처분청일부승소

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

【이유】

1. 이 사건 처분의 경위

가. 원고는 고등교육, 중등교육, 초등교육 및 유아교육 등을 목적으로 설립된 학교법인으로서 서울 동대문구 00동 1에 00대학교 서울캠퍼스를 운영하고 있는데, 2002. 2. 6. 학생 및 교직원들을 위한 후생복지시설 등으로 사용할 목적으로 서울 동대문구 00동 1-5외 43필지 지상에 철근콘크리트조 평스라브 교육연구시설 및 부설주차장 지하 2층, 지상 1층의 연면적 20,631.52㎡인 00대지하주차장 건물(지하 1층 5003.14㎡, 지하 2층 8245.71㎡, 지상 1층 7,382.67㎡로 2002. 7. 23. 용도를 교육연구시설 및 복지시설, 건축물명칭을 지하주차장으로 변경하였다, 이하 ‘이 사건 건물’이라고 한다)을 신축하고, 2002. 3. 19. 위 건물이 원고가 수행하는 교육사업에 사용되는 부동산이라면서 구 지방세법(2002. 12. 30. 법률 제6838호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 및 제127조에 의한 비과세 신청을 하여 취득세, 등록세 등을 비과세 받았다.

나. 한편 이 사건 건물의 지상 1층은 교육연구시설로, 지하 1층과 지하 2층은 지하주차장 시설로 건축되어, 교직원식당, 학생식당, 의학전문 도서관, 정보디스플레이 연구소, 교수연구실, 지하주차장, 매점 등으로 사용되고 있었는데, 원고는 2001. 11. 19. 00대복지구내식당 대표 신00에게 교직원식당 및 학생식당으로 사용되는 지하 1층 주차장 중 1,020.76㎡(이하 ‘이 사건 건물부분’이라 한다)을 위탁관리 하도록 하여 임대차보증금 3,000만원, 연간 임대료 4,500만원, 임대기간 2002. 2. 1.부터 2004. 1. 31.까지로 정하여 임대차계약을 체결한 후 그로 하여금 운영하도록 하여 왔다.

다. 이에 피고는 지방세세무조사를 거친 결과 2003. 12. 22. 이 사건 건물부분은 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우에 해당하기 때문에 과세대상이라는 사유로 지방세과세예고를 하였고, 이에 대하여 원고가 과세전적부심사청구를 하자 2004. 2. 9. 이 사건 건물부분은 수익사업용 부동산에 해당한다는 등의 이유로 이 사건 과세예고통지는 정당하므로 청구인의 적부심사청구를 채택하지 아니한다는 적부심사결정을 하고 이를 원고에게 통지한 후 2004. 3. 10.에 원고에게 청구취지 기재의 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 재산세, 지방교육세 등을 각 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

(1) 피고의 주장

조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하는 것이 조세 공평의 원칙에 부합하는데, 이 사건 건물부분의 용도가 00대학교 구내에서 학생 및 교직원이 이용하는 편의시설의 하나라고 하더라도 원고가 신oo에게 임대하여 구내식당 운영에 관련된 전기료, 청소료등 사용료를 임대료와 별도로 임차인이 부담하고, 임차인이 적정 수준의 이윤을 추구할 수 있도록 명시하여 그 사용·수익 권한을 부여한 후 임대료 수익을 얻는 이상 원고는 이 사건 건물부분을 교육사업에 직접 사용한 것이 아니라, 임대 수익사업에 사용하고 있다고 할 것이므로 이 사건 건물부분은 비과세대상에 해당하지 아니하여, 결국 이 사건 처분은 적법하다.

(2) 원고의 주장

이 사건 건물부분은 식당으로서 원고가 교육사업을 수행함에 있어 반드시 필수적인 oo대학교 전체 교직원 및 학생들을 위한 후생복지시설인데, 단지 경영합리화 차원에서 이를 신00에게 임대차계약을 체결하는 형식을 빌려 위탁관리 하도록 하고 있을 따름이므로 원고가 직접 운영하지 아니하고 임대함으로써 임대료를 받는다고 하더라도 교육사업을 위한 목적으로 사용한 것일 뿐 수익사업을 운영한 것이라 할 수 없으므로 「지방세법」제107조 등에 의한 비과세대상이라 할 것이다.

게다가 동일한 교육사업을 수행하는데도 국가나 지방자치단체가 운영하는 국공립대학 구내의 후생복지시설은 그 운영방식에 관계없이 취득세와 등록세를 비과세 하면서 원고와 같은 사립대학이 임대차방식으로 후생복지시설을 운영하는 것을 과세하는 것은 과세의 형평에도 위반되는 것이다.

나. 관련 법령

[구 지방세법] (2002.12.30. 법률 제6838호로 개정되기 전의 것)

제105조 (납세의무자등)

①취득세는 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 취득에 대하여 당해 취득물건 소재지의 도(골프회원권·콘도미니엄회원권 및 종합체육시설이용회원권은 골프장·콘도미니엄 및 종합체육시설 소재지의 도를 말한다)에서 그 취득자에게 부과한다.

제107조 (용도구분에 의한 비과세) 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제124조 (납세의무자) 등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록(등재를 포함한다. 이하 같다)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다.

제127조 (용도구분에 의한 비과세)

①다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

제182조 (납세의무자)

①재산세 과세기준일 현재 재산세 과세대장에 재산의 소유자로 등재되어 있는 자는 재산세를 납부할 의무가 있다. 다만, 권리의 양도·도시계획사업의 시행 또는 기타 사유로 인하여 재산세 과세대장에 등재된 자의 권리에 변동이 생겼거나 재산세 과세대장에 등재가 되지 아니하였을 때에는 사실상 소유자가 재산세를 납부할 의무를 진다.

제184조 (용도구분에 의한 비과세) 다음 각호의 부동산(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하거나 유료로 사용하게 하는 경우에는 그 사용부분에 대하여, 당해 부동산을 그 목적에 사용하지 아니하는 경우에는 그 사용하지 아니하는 부분에 대하여 재산세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산

제242조 (재산세 등의 준용)

①재산세의 부과징수등에 관한 규정중 제183조, 제184조, 제189조 및 제191조의 규정은 건축물 및 선박분 공동시설세에 이를 준용한다.

제235조의2 (납세의무자) 도시계획세의 납세의무자는 다음 각호와 같다.

2. 건축물

도시계획세의 과세기준일 현재 제182조의 규정에 의하여 재산세의 납세의무가 있는 자

제260조의2 (납세의무자) 지방교육의 질적 향상에 필요한 지방교육재정의 확충에 소요되는 재원을 확보하기 위하여 이 법의 규정에 의한 등록세(제196조의2의 규정에 의한 자동차의 등록에 대한 등록세를 제외한다), 레저세, 주민세균등할, 재산세, 비영업용 승용자동차(비영업용 기타 승용자동차를 포함한다)에 대한 자동차세(국가 또는 지방자치단체를 제외한다), 담배소비세 및 종합토지세의 납세의무자는 지방교육세를 납부할 의무를 진다.

[구 지방세법시행령] (2002. 6. 29. 대통령령 제17648호로 개정되기 전의 것)

제78조의2 (수익사업의 범위)

①법 제107조 본문 단서에서 "대통령령이 정하는 수익사업"이라 함은 법인세법 제3조제2항의 규정에 의한 수익사업을 말한다.

제79조 (비영리사업자의 범위)

①법 제107조제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각호의 자를 말한다.

2. 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자 및 평생교육법에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체

제93조의2 (수익사업의 범위) 법 제127조제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 수익사업"이라 함은 제78조의2의 규정에 의한 사업을 말한다.

제94조 (비영리사업자의 범위 등)

①법 제127조제1항제1호 본문에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.

제135조 (수익사업의 범위 등)

①법 제184조 단서에서 "대통령령이 정하는 수익사업"이라 함은 제78조의2의 규정에 의한 사업을 말한다.

제136조 (비영리사업자의 범위) 법 제184조제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.

[구 법인세법] (2002. 12. 30. 법률 제6852호로 개정 되기 전의 것)

제2조 (납세의무)

①다음 각호의 법인은 이 법에 의하여 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다.

1. 내국법인

2. 국내원천소득이 있는 외국법인

②내국법인 및 외국법인에게 제55조의2 및 제95조의2의 규정에 의한 토지등양도소득이 있는 때에는 이 법에 의하여 법인세로 납부할 의무가 있다.

③내국법인중 국가 및 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다. 이하 같다)에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다.

④내국법인 및 외국법인과 소득세법에 의한 거주자 및 비거주자는 이 법에 의하여 원천징수하는 법인세를 납부할 의무가 있다.

제3조 (과세소득의 범위)

②비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것

[구 법인세법시행령] (2002. 12. 5. 대통령령 제17791호로 개정되기 전의 것)

제2조 (수익사업의 범위)

①법인세법(이하 "법"이라 한다) 제3조제2항제1호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각호의 사업을 제외한다.

1. 축산업(축산관련서비스업을 포함한다)·조경 및 관련서비스업외의 농업

2. 사업서비스업중 연구 및 개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다)

2의2. 비영리내국법인이 외국에서 영위하는 선급검사용역에 대하여 당해 외국이 법인세를 부과하지 아니하는 경우로서 당해 외국에 본점 또는 주사무소가 있는 비영리외국법인이 국내에서 영위하는 선급검사용역

3. 교육서비스업중 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교와 평생교육법에 의한 원격대학을 경영하는 사업

4. 보건 및 사회복지사업중 사회복지사업법에 의한 사회복지사업

5. 연금 및 공제업중 다음 각목의 사업

가. 국민연금법에 의한 국민연금사업

나. 특별법에 의하거나 정부로부터 인가 또는 허가를 받아 설립된 단체가 영위하는 사업(기금조성 및 급여사업에 한한다)

6. 비생명보험업중 국민건강보험법에 의한 의료보험사업과 산업재해보상보험법에 의한 산업재해보상보험사업

7. 주무관청에 등록된 종교단체가 공급하는 용역중 부가가치세법 제12조제1항제16호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업

8. 기타 제1호 내지 제7호와 유사한 사업으로서 재정경제부령이 정하는 사업

[구 농어촌특별세법] (2003. 12. 31. 법률 제7026호로 개정되기 전의 것)

제2조 (수익사업의 범위) 다음 각호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.

5. 지방세법에 의한 취득세 또는 레저세의 납세의무자

다. 인정사실

(1) 원고가 운영하는 00대학교에서는 1997. 5.경 부족한 강의공간을 확보하기 위하여 종합강의동을 신축하기로 하고 해당구청으로부터 주차공간 확보를 위한 부설 지하주차장의 설계를 진행하는 것을 조건으로 건축허가를 얻게 되자 1999. 12.경 00중·고등학교의 운동장을 활용한 지하 2층 규모의 주자창인 이 사건 건물의 착공에 들어가게 되었는데, 그 공사를 진행하던 중 부족한 교수연구실, 도서열람실, 창업지원센터등 교육연구시설 및 복지회관 2층에 있다가 없어진 학생식당의 대체공간으로 이 사건 건물 내에 교육연구시설과 학생식당 및 매점 등 편의시설을 마련할 수 있도록 증축하였다.

(2) 00대학교에서는 1990. 6.경 학교당국과 총학생회가 협의하여 재학생 후생복지 증진을 위한 학생복지위원회를 구성한 후 1990. 6. 25. 이 위원회에서 학생후생복지사업의 관리와 관련하여 합의서(갑 11-2)를 마련하였는바, 그 합의서 내용에 의하면 이 사건 건물부분과 같은 학생식당은 학생후생복지사업의 내용으로 포함되게 되었다{제1항 (나)}.

(3) 또한 위 합의서에 따르면, 복지사업은 효율적인 운영을 위하여 외부전문업자에 임대운영하기로 하고(제2항), 임대업자의 선정은 공개경쟁 입찰방식을 취하도록 하였는데(제3항), 원고는 학교법인으로서 직접 이 사건 건물부분을 식당으로 운영하는 것은 식당개설 및 추가 직원 채용등 재정과 시간의 낭비로서 무리라는 판단 하에 임대운영하기로 하고 그 식당운영자 선정을 위해 2001. 9.경 공개경쟁 입찰절차를 밟게 되었고, 그 절차에서 00푸드시스템 주식회사, 00국토개발 주식회사, 00대복지구내식당, 주식회사 00홈등 4개 회사가 입찰하게 되었으며, 결국 00푸드시스템 주식회사가 1억원, 00국토개발 주식회사가 5,600만원으로 00대복지구내식당보다 더 높은 임대료를 제시하였으나 식당 운영능력, 식당 이용가격에서 높은 평가를 받은 신00가 대표로 있는 00대복지구내식당이 낙찰자로 결정되었다.

(4) 한편 이 사건 건물은 캠퍼스 내에 위치하고 있고 지하주차장은 유료(30분당 1,500원의 주차요금)로 운영되고 있어 인근주민들이 이 사건 건물부분을 이용하는 경우는 거의 없으며 일반학생과 교직원들이 주로 이용하고 있는데, 식당의 음식요금은 2003년도 기준으로 1,400원 내지 1,800원 정도로 대체로 일반 시중가격 4,000원 내지 5,000원 보다 저렴하다.

(5) 다른 대학들도 교육본연의 업무에 많은 지장과 비능률·비생산성을 초래한다는 이유로 대부분 후생복지시설의 관리를 외부업체에 위탁하여 운영하고 있는 실정이다.

(6) 원고와 신00 사이에 체결된 임대차계약서(갑 9)에 의하면, 이 계약은 원고가 지정한 식당을 신00에게 임대하여 00대학교의 교수·직원·학생의 후생복지향상과 증진에 기여하고 신00가 적정한 수준의 이윤을 추구할 수 있음을 목적으로 하고(제1조), 신00는 이 사건 건물부분을 식당영업장 용도로 사용하기 위하여 임차하며 임차물건을 목적 외의 다른 용도로 사용할 수 없게 되어 있으며(제14조 제1항), 영업을 운영함에 있어 학원정상화에 위배되는 일은 일체 금하고 항상 원고의 지도감독을 받게 되어 있고(제14조 제4항), 물품 판매품목은 원고가 정하는 것으로 하되 판매가격은 제안서에 근거하여 시중가격보다 저렴하게 판매하여야 하며(제10조 제1항), 계약서에 첨부한 물품 이외 추가품목을 판매하고자 할 경우 원고에게 그 내용을 서면으로 제출하여 승인을 얻어야 하고(제10조 제4항), 물품 판매가격을 변경하고자 할 경우 그 합당한 사유를 서면으로 제출하여 원고와 합의가 있어야만 변경할 수 있으며(제10조 제5항), 종업원의 위생을 철저히 하고 원고의 교수·직원·학생에게 친절한 봉사를 위하여 교육과 감독을 철저히 하여야 하고(제17조 제1항), 매년 1회 이상 결산공고를 원고에게 제출하도록 되어 있다(제22조).

(7) 또한 원고가 신oo로부터 받은 연간 임대료는 학교내 다른 각종 임대수입과 함께 학생복지위원회의 협의를 거쳐 그 전액이 복지장학금 지급, 규찰대 근로장학금 지급, 대동제 지원비, 농활지원비, 한가위 귀향사업, 학생용 다이어리 제작비, 총학생회 인권복지위원회 운영비, 각종 학생복지지원금 등 재학생의 후생복지사업에 사용되고 예산상 학생지원비로 별도 관리되고 있다.

(8) 한국대학교육협의회에서 실시하는 대학종합평가에서는 대학이 일정 수준 이상의 후생복지시설을 갖추고 이를 관리·운영하고 있는지 여부가 평가항목이 되고 있다.

라. 판단

지방세법은 원고와 같이 고등교육 등을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 경우 원칙적으로 취득세, 등록세, 재산세, 공동시설세, 도시계획세, 지방교육세 등을 부과하지 않도록 하되, 다만 위 부동산을 구 법인세법 제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업에 사용하는 경우 등에는 위 각 세금을 부과하도록 규정하고 있고, 구 법인세법시행령 제2조 제1항은 구 법인세법 제3조 제2항의 수익사업을 규정하면서 아울러 단서 제3호에 수익사업에서 제외되는 사업으로 "초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교……를 경영하는 사업"을 규정하고 있으며, 한편 피고의 이 사건 처분사유가 이 사건 건물부분은 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우에 해당하기 때문에 과세대상이라는 것임은 앞에서 본바와 같으므로, 결국 이 사건 건물부분이 구 법인세법시행령 제2조 제1항 소정의 수익사업에 사용되고 있는지 여부, 즉 같은 조항 단서 제3호 소정의 수익사업에서 제외되는 사업인 "학교……를 경영하는 사업"에 사용되고 있는지 여부가 쟁점이라고 할 것이다(이 점에서 원고가 이 사건 건물부분을 ‘직접’ 사용하고 있는지 여부가 쟁점이라는 피고의 주장은 이유 없다).

위 인정사실에 의하여 알 수 있는 바와 같이 학생 및 교직원들을 위한 후생복지시설은 대학의 교육사업 수행에 있어 필수적인 요소라고 할 것인 점, 이 사건 건물부분이 학생식당 및 교직원식당으로서 학생 및 교직원들의 후생복지시설로 운영되고 있고 이 사건 임대차계약에 있어 그로부터의 이탈이나 판매품목, 판매가격, 결산 등이 엄격히 통제되고 있는 점, 원고는 학교법인으로서 이 사건 건물부분을 직접 식당으로 운영하는 것은 무리라는 판단 하에 임대운영하기로 하였던 것이고 다른 대학들도 교육본연의 업무에 많은 지장과 비능률·비생산성을 초래한다는 이유로 대부분 후생복지시설의 관리를 외부업체에 위탁하여 운영하고 있는 실정인 점, 이와 같이 일반인이 대학내의 식당을 운영케 하기 위해서는 적정규모의 이윤은 보장할 수밖에 없는 점, 더구나 이 사건 건물부분은 대학내에 설치되어 교직원과 학생들을 대상으로 판매품목이 한정되고 저렴한 이용요금으로 운영되고 있는 점, 원고가 신00로부터 받은 임대료는 학생의 후생복지사업에 사용되고 예산상으로도 학생지원비로 관리되고 있는 점 등을 종합하여보면, 이 사건 건물부분은 그 실제 사용용도나 운영실태, 임차인에게 허용된 사용용도나 수익구조, 임대수익금의 지출용도 등이 모두 일반학생 및 교직원들의 후생복지를 위한 것으로서 원고가 운영하는 oo대학교를 "경영하는 사업"에 사용되고 있다 할 것이다(비록 원고가 신oo로 하여금 위 건물부분을 위탁관리 하도록 하고 신oo로부터 임대차보증금 및 임대료를 받았다 하더라도, 이로 인하여 이 사건 건물부분의 사용이 학교를 경영하는 교육사업으로서의 본질을 벗어나는 것은 아니라고 할 것이다).

따라서, 이 사건 건물부분은 원고가 oo대학교를 경영하는 교육사업 즉, 수익사업에서 제외되는 사업에 사용되었음에도 불구하고 위 건물부분이 수익사업에 사용되었음을 전제로 하여 취득세 등을 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있어 이를 모두 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로 피고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울행정법원 2004. 10. 8. 선고 2004구합12247 판결】

【주문】 처분청일부승소

1. 피고가 원고에 대하여 한

가. 2004. 3. 10.자 취득세 12,185,500원, 농어촌특별세 1,340,400원, 등록세 4,874,200원, 지방교육세 1,072,320원의 각 부과처분,

나. 2004. 3. 10.자 각 재산세 849,780원(2002년도분), 876,570원(2003년도분), 각 도시계획세 566,520원(2002년도분), 584,380원(2003년도분), 각 공동시설세 430,210원(2002년도분), 444,500원(2003년도분), 각 지방교육세 169,950원(2002년도분), 175,310원(2003년도분)의 각 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【이유】

1. 이 사건 처분의 경위

가. 원고는 고등교육, 중등교육, 초등교육 및 유아교육 등을 목적으로 설립된 학교법인으로서 서울 동대문구 00동 1에 00대학교 서울캠퍼스를 운영하고 있는데, 2002. 2. 6. 학생 및 교직원들을 위한 후생복지시설 등으로 사용할 목적으로 서울 동대문구 00동 1-5외 43필지 지상에 철근콘크리트조 평스라브 교육연구시설 및 부설주차장 지하 2층, 지상 1층의 연면적 20,631.52㎡인 경희대지하주차장 건물(지하 1층 5003.14㎡, 지하 2층 8245.71㎡, 지상 1층 7,382.67㎡로 2002. 7. 23. 용도를 교육연구시설 및 복지시설, 건축물명칭을 지하주차장으로 변경하였다, 이하 ‘이 사건 건물’이라고 한다)을 신축하고, 2002. 3. 19. 위 건물이 원고가 수행하는 교육사업에 사용되는 부동산이라면서 구 지방세법(2002. 12. 30. 법률 제6838호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 및 제127조에 의한 비과세 신청을 하여 취득세, 등록세 등을 비과세 받았다.

나. 한편 이 사건 건물의 지상 1층은 교육연구시설로, 지하 1층과 지하 2층은 지하주차장 시설로 건축되어, 교직원식당, 학생식당, 의학전문 도서관, 정보디스플레이 연구소, 교수연구실, 지하주차장, 매점 등으로 사용되고 있었는데, 원고는 2001. 11. 19. 복지구내식당 대표 신00에게 교직원식당 및 학생식당으로 사용되는 지하 1층 주차장 중 1,020.76㎡(이하 ‘이 사건 건물부분’이라 한다)을 위탁관리하도록 하여 임대차보증금 3,000만 원, 연간 임대료 4,500만 원, 임대기간 2002. 2. 1.부터 2004. 1. 31.까지로 정하여 임대차계약을 체결한 후 그로 하여금 운영하도록 하여 왔다.

다. 이에 피고는 지방세세무조사를 거친 결과 2004. 3. 10.에 이르러 이 사건 건물부분은 교육사업이 아닌 수익사업에 이용되고 있어 비과세대상이 아니라는 이유로 원고에게 주문 기재의 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 재산세 등을 각 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

(1) 피고의 주장

조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하는 것이 조세 공평의 원칙에 부합하는데, 이 사건 건물부분의 용도가 00대학교 구내에서 학생 및 교직원이 이용하는 편의시설의 하나라고 하더라도 원고가 신00에게 임대하여 구내식당 운영에 관련된 전기료, 청소료등 사용료를 임대료와 별도로 임차인이 부담하고, 임차인이 적정 수준의 이윤을 추구할 수 있도록 명시하여 그 사용·수익 권한을 부여한 후 임대료 수익을 얻는 이상 원고는 이 사건 건물부분을 교육사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 없으므로, 결국 원고가 임대 수익사업에 사용하고 있다고 할 것이어서 과세대상에 해당하므로 이 사건 처분은 적법하다.

(2) 원고의 주장

이 사건 건물부분은 식당으로서 원고가 교육사업을 수행함에 있어 반드시 필수적인 oo대학교 전체 교직원 및 학생들을 위한 후생복지시설인데, 단지 경영합리화 차원에서 이를 신00에게 임대차계약을 체결하는 형식을 빌려 위탁관리하도록 하고 있을 따름이므로 원고가 직접 운영하지 아니하고 임대함으로써 임대료를 받는다고 하더라도 교육사업을 위한 목적으로 사용한 것일 뿐 수익사업을 운영한 것이라 할 수 없으므로 「지방세법」제107조 등에 의한 비과세대상이라 할 것이다.

게다가 동일한 교육사업을 수행하는데도 국가나 지방자치단체가 운영하는 국공립대학 구내의 후생복지시설은 그 운영방식에 관계없이 취득세와 등록세를 비과세 하면서 원고와 같은 사립대학이 임대차방식으로 후생복지시설을 운영하는 것을 과세하는 것은 과세의 형평에도 위반되는 것이다.

나. 관련 법령

[구 지방세법] (2002.12.30. 법률 제6838호로 개정되기 전의 것) 제105조 (납세의무자등)

①취득세는 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 취득에 대하여 당해 취득물건 소재지의 도(골프회원권·콘도미니엄회원권 및 종합체육시설이용회원권은 골프장·콘도미니엄 및 종합체육시설 소재지의 도를 말한다)에서 그 취득자에게 부과한다.

제107조 (용도구분에 의한 비과세) 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제124조 (납세의무자)

등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록(등재를 포함한다. 이하 같다)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다.

제127조 (용도구분에 의한 비과세)

①다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

제182조 (납세의무자)

①재산세 과세기준일 현재 재산세 과세대장에 재산의 소유자로 등재되어 있는 자는 재산세를 납부할 의무가 있다. 다만, 권리의 양도·도시계획사업의 시행 또는 기타 사유로 인하여 재산세 과세대장에 등재된 자의 권리에 변동이 생겼거나 재산세 과세대장에 등재가 되지 아니하였을 때에는 사실상 소유자가 재산세를 납부할 의무를 진다.

제184조 (용도구분에 의한 비과세)

다음 각호의 부동산(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하거나 유료로 사용하게 하는 경우에는 그 사용부분에 대하여, 당해 부동산을 그 목적에 사용하지 아니하는 경우에는 그 사용하지 아니하는 부분에 대하여 재산세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산

제242조 (재산세 등의 준용)

① 재산세의 부과징수등에 관한 규정중 제183조, 제184조, 제189조 및 제191조의 규정은 건축물 및 선박분 공동시설세에 이를 준용한다.

제235조의2 (납세의무자)

도시계획세의 납세의무자는 다음 각호와 같다.

2. 건축물도시계획세의 과세기준일 현재 제182조의 규정에 의하여 재산세의 납세의무가 있는 자

제260조의2 (납세의무자)

지방교육의 질적 향상에 필요한 지방교육재정의 확충에 소요되는 재원을 확보하기 위하여 이 법의 규정에 의한 등록세(제196조의2의 규정에 의한 자동차의 등록에 대한 등록세를 제외한다), 레저세, 주민세균등할, 재산세, 비영업용 승용자동차(비영업용 기타 승용자동차를 포함한다)에 대한 자동차세(국가 또는 지방자치단체를 제외한다), 담배소비세 및 종합토지세의 납세의무자는 지방교육세를 납부할 의무를 진다.

[구 지방세법시행령] (2002. 6. 29. 대통령령 제17648호로 개정되기 전의 것) 제78조의2 (수익사업의 범위)

①법 제107조 본문 단서에서 "대통령령이 정하는 수익사업"이라 함은 법인세법 제3조제2항의 규정에 의한 수익사업을 말한다.

제79조 (비영리사업자의 범위)

①법 제107조제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각호의 자를 말한다.

2. 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자 및 평생교육법에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체

제93조의2 (수익사업의 범위)

법 제127조제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 수익사업"이라 함은 제78조의2의 규정에 의한 사업을 말한다.

제94조 (비영리사업자의 범위 등)

①법 제127조제1항제1호 본문에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.

제135조 (수익사업의 범위 등)

①법 제184조 단서에서 "대통령령이 정하는 수익사업"이라 함은 제78조의2의 규정에 의한 사업을 말한다.

제136조 (비영리사업자의 범위) 법 제184조제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.

[구 법인세법] (2002. 12. 30. 법률 제6852호로 개정 되기 전의 것) 제2조 (납세의무)

①다음 각호의 법인은 이 법에 의하여 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다.

1. 내국법인

2. 국내원천소득이 있는 외국법인

②내국법인 및 외국법인에게 제55조의2 및 제95조의2의 규정에 의한 토지등양도소득이 있는 때에는 이 법에 의하여 법인세로 납부할 의무가 있다.

③내국법인중 국가 및 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다. 이하 같다)에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다.

④내국법인 및 외국법인과 소득세법에 의한 거주자 및 비거주자는 이 법에 의하여 원천징수하는 법인세를 납부할 의무가 있다.

제3조 (과세소득의 범위)

②비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것

[구 법인세법시행령] (2002. 12. 5. 대통령령 제17791호로 개정되기 전의 것) 제2조 (수익사업의 범위)

①법인세법(이하 "법"이라 한다) 제3조제2항제1호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각호의 사업을 제외한다.

1. 축산업(축산관련서비스업을 포함한다)·조경 및 관련서비스업외의 농업

2. 사업서비스업중 연구 및 개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다)

2의2. 비영리내국법인이 외국에서 영위하는 선급검사용역에 대하여 당해 외국이 법인세를 부과하지 아니하는 경우로서 당해 외국에 본점 또는 주사무소가 있는 비영리외국법인이 국내에서 영위하는 선급검사용역

3. 교육서비스업중 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교와 평생교육법에 의한 원격대학을 경영하는 사업

4. 보건 및 사회복지사업중 사회복지사업법에 의한 사회복지사업

5. 연금 및 공제업중 다음 각목의 사업

가. 국민연금법에 의한 국민연금사업

나. 특별법에 의하거나 정부로부터 인가 또는 허가를 받아 설립된 단체가 영위하는 사업(기금조성 및 급여사업에 한한다)

6. 비생명보험업중 국민건강보험법에 의한 의료보험사업과 산업재해보상보험법에 의한 산업재해보상보험사업

7. 주무관청에 등록된 종교단체가 공급하는 용역중 부가가치세법 제12조제1항제16호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업

8. 기타 제1호 내지 제7호와 유사한 사업으로서 재정경제부령이 정하는 사업

[구 농어촌특별세법] (2003. 12. 31. 법률 제7026호로 개정되기 전의 것) 제2조 (수익사업의 범위)

다음 각호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.

5. 지방세법에 의한 취득세 또는 레저세의 납세의무자

다. 인정사실

(1) 원고가 운영하는 oo대학교에서는 1997. 5.경 부족한 강의공간을 확보하기 위하여 종합강의동을 신축하기로 하고 해당구청으로부터 주차공간 확보를 위한 부설 지하주차장의 설계를 진행하는 것을 조건으로 건축허가를 얻게 되자 1999. 12.경 00중·고등학교의 운동장을 활용한 지하 2층 규모의 주자창인 이 사건 건물의 착공에 들어가게 되었는데, 그 공사를 진행하던 중 부족한 교수연구실, 도서열람실, 창업지원센터등 교육연구시설 및 복지회관 2층에 있다가 없어진 학생식당의 대체공간으로 이 사건 건물 내에 교육연구시설과 학생식당 및 매점 등 편의시설을 마련할 수 있도록 증축하였다.

(2) 00대학교에서는 1990. 6.경 학교당국과 총학생회가 협의하여 재학생 후생복지 증진을 위한 학생복지위원회를 구성한 후 1990. 6. 25. 이 위원회에서 학생후생복지사업의 관리와 관련하여 합의서(갑 11-2)를 마련하였는바, 그 합의서 내용에 의하면 이 사건 건물부분과 같은 학생식당은 학생후생복지사업의 내용으로 포함되게 되었다{제1항 (나)}.

(3) 또한 위 합의서에 따르면, 복지사업은 효율적인 운영을 위하여 외부전문업자에 임대운영하기로 하고(제2항), 임대업자의 선정은 공개경쟁 입찰방식을 취하도록 하였는데(제3항), 원고는 학교법인으로서 직접 이 사건 건물부분을 식당으로 운영하는 것은 식당개설 및 추가 직원 채용등 재정과 시간의 낭비로서 무리라는 판단하에 임대운영하기로 하고 그 식당운영자 선정을 위해 2001. 9.경 공개경쟁 입찰절차를 밟게 되었고, 그 절차에서 00푸드시스템 주식회사, 00국토개발 주식회사, 00대복지구내식당, 주식회사 00홈등 4개 회사가 입찰하게 되었으며, 결국 00푸드시스템 주식회사가 1억원, 00국토개발 주식회사가 5,600만 원으로서 00대복지구내식당보다 더 높은 임대료를 제시하였으나 식당 운영능력, 식당 이용가격에서 높은 평가를 받은 신oo가 대표로 있는 경희대복지구내식당이 낙찰자로 결정되었다.

(4) 한편 이 사건 건물은 캠퍼스 내에 위치하고 있고 지하주차장은 유료(30분당 1,500원의 주차요금)로 운영되고 있어 인근주민들이 이 사건 건물부분을 이용하는 경우는 거의 없으며 일반학생과 교직원들이 주로 이용하고 있는데, 식당의 음식요금은 2003년도 기준으로 1,400원 내지 1,800원 정도로 대체로 일반 시중가격 4,000원 내지 5,000원 보다 저렴하다.

(5) 다른 대학들도 교육본연의 업무에 많은 지장과 비능률·비생산성을 초래한다는 이유로 대부분 후생복지시설의 관리를 외부업체에 위탁하여 운영하고 있는 실정이다.

(6) 원고와 신oo 사이에 체결된 임대차계약서(갑 9)에 의하면, 이 계약은 원고가 지정한 식당을 신00에게 임대하여 oo대학교의 교수·직원·학생의 후생복지향상과 증진에 기여하고 신oo가 적정한 수준의 이윤을 추구할 수 있음을 목적으로 하고(제1조), 신00는 이 사건 건물부분을 식당영업장 용도로 사용하기 위하여 임차하며 임차물건을 목적외의 다른 용도로 사용할 수 없게 되어 있으며(제14조 제1항), 영업을 운영함에 있어 학원정상화에 위배되는 일은 일체 금하고 항상 원고의 지도감독을 받게 되어 있고(제14조 제4항), 물품 판매품목은 원고가 정하는 것으로 하되 판매가격은 제안서에 근거하여 시중가격보다 저렴하게 판매하여야 하며(제10조 제1항), 계약서에 첨부한 물품 이외 추가품목을 판매하고자 할 경우 원고에게 그 내용을 서면으로 제출하여 승인을 얻어야 하고(제10조 제4항), 물품 판매가격을 변경하고자 할 경우 그 합당한 사유를 서면으로 제출하여 원고와 합의가 있어야만 변경할 수 있으며(제10조 제5항), 종업원의 위생을 철저히 하고 원고의 교수·직원·학생에게 친절한 봉사를 위하여 교육과 감독을 철저히 하여야 하고(제17조 제1항), 매년 1회 이상 결산공고를 원고에게 제출하도록 되어 있다(제22조).

(7) 또한 원고가 신00로부터 받은 연간 임대료는 학교내 다른 각종 임대수입과 함께 학생복지위원회의 협의를 거쳐 그 전액이 복지장학금 지급, 규찰대 근로장학금 지급, 대동제 지원비, 농활지원비, 한가위 귀향사업, 학생용 다이어리 제작비, 총학생회 인권복지위원회 운영비, 각종 학생복지지원금 등 재학생의 후생복지사업에 사용되고 예산상 학생지원비로 별도 관리되고 있다.

(8) 한국대학교육협의회에서 실시하는 대학종합평가에서는 대학이 일정 수준 이상의 후생복지시설을 갖추고 이를 관리·운영하고 있는지 여부가 평가항목이 되고 있다.

라. 판단

지방세법은 원고와 같이 고등교육 등을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 경우 원칙적으로 취득세, 등록세, 재산세, 공동시설세, 지방교육세 등을 부과하지 않도록 하되, 다만 위 부동산이 구 법인세법 제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업에 사용되는 경우에는 위 각 세금을 부과하도록 규정하고 있으므로, 이 사건 건물부분이 교육사업에 사용되고 있는지, 아니면 수익사업에 사용되고 있는지의 여부가 쟁점이라고 할 것이다.

위 인정사실에 의하여 알 수 있는 바와 같이 학생 및 교직원들을 위한 후생복지시설은 대학의 교육사업 수행에 있어 필수적인 요소라고 할 것인 점, 이 사건 건물부분이 학생식당 및 교직원식당으로서 학생 및 교직원들의 후생복지시설로 운영되고 있고 이 사건 임대차계약에 있어 그로부터의 이탈이나 판매품목, 판매가격, 결산 등이 엄격히 통제되고 있는 점, 원고는 학교법인으로서 이 사건 건물부분을 직접 식당으로 운영하는 것은 무리라는 판단하에 임대운영하기로 하였던 것이고 다른 대학들도 교육본연의 업무에 많은 지장과 비능률·비생산성을 초래한다는 이유로 대부분 후생복지시설의 관리를 외부업체에 위탁하여 운영하고 있는 실정인 점, 이와 같이 일반인이 대학내의 식당을 운영케 하기 위해서는 적정규모의 이윤은 보장할 수 밖에 없는 점, 더구나 이 사건 건물부분은 대학내에 설치되어 교직원과 학생들을 대상으로 판매품목이 한정되고 저렴한 이용요금으로 운영되고 있는 점, 원고가 신oo로부터 받은 임대료는 학생의 후생복지사업에 사용되고 예산상으로도 학생지원비로 관리되고 있는 점 등에 비추어 이 사건 건물부분은 원고가 운영하는 00대학교의 일반학생 및 교직원들의 후생복지를 위한 시설로서 원고의 교육사업에 사용되고 있다고 할 것이고, 비록 원고가 신oo로 하여금 위 건물부분을 위탁관리하도록 하고 신oo로부터 임대차보증금 및 임대료를 받기로 하였다고 하더라도, 위와 같은 금원의 취득으로 인해 이 사건 건물부분의 사용이 교육사업으로서의 본질을 벗어나 수익사업으로 되는 것은 아니라고 할 것이다.

따라서, 원고가 수행하는 교육사업에 사용되어 비과세대상인 이 사건 건물부분에 대하여 취득세 등을 부과한 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용한다.