상고이유를 판단한다.

1. 구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것 및 2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제184조 제1호, 제234조의12 제2호 소정의 비영리사업자가 부동산을 그 사업에 직접 사용하는 것인지 아니면 수익사업에 사용하는 것인지의 여부는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것이다 ( 대법원 1996. 1. 26. 선고 95누13104 판결, 2006. 1. 13. 선고 2004두9265 판결 등 참조).

기록과 원심판결에 나타난 원고가 수원시 장안구 천천동 300 지상의 이 사건 건물들 중 학생 및 교수식당, 매점, 서점, 사진관, 안경점, 우체국, 은행 등으로 사용되고 있는 시설부분(이하 ‘쟁점부분’이라 한다)을 삼성에버랜드 주식회사 등 20여 개 업체에게 위탁 또는 임대하여 관리ㆍ운영하게 된 경위, 쟁점부분의 설치장소, 대상고객, 판매품목, 판매가격 및 그 운영실태, 위 위탁관리인 또는 임차인들로부터 지급받은 금원의 지출용도 등 제반 사정을 참작할 때, 원심이 쟁점부분은 원고가 운영하는 성균관대학교 자연과학캠퍼스의 학생 및 교직원들의 후생복지를 위한 시설로서 원고가 수행하는 교육사업에 사용되는 것이라 할 것이고, 비록 원고가 쟁점부분을 위탁 또는 임대하여 위탁관리인 또는 임차인들로부터 계약보증금, 복지장학금 및 임대료 등의 명목으로 금원을 받았다 하더라도, 쟁점부분이 위와 같이 학생 및 교직원들의 후생복지시설로 운영되고 있고 그 운영계약 등에 의하여 그로부터의 이탈이 엄격히 통제되고 있으며, 달리 임대사업으로서의 수익성이 있다거나 임대수익을 목적으로 한 것이라고 볼 증거가 없는 이상, 위와 같은 금원의 취득으로 인해 쟁점부분의 사용이 수익사업으로 되는 것은 아니라고 판단한 것은 정당한 것으로 수긍이 가고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 사실오인 등의 위법이 있다고 할 수 없다.

2. 법 제184조 제1호 및 제234조의12 제2호에 의하면, 위 각 조항 소정의 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산 또는 토지에 대하여는 재산세 또는 종합토지세를 부과하지 아니하나, 당해 부동산을 유료로 사용하게 하거나 당해 토지가 유료로 사용되는 경우 등에는 재산세 및 종합토지세를 부과한다고 규정하고 있고, 여기서 당해 부동산을 유료로 사용하게 하거나 당해 토지가 유료로 사용되는 경우라 함은 당해 부동산 또는 토지의 사용에 대하여 사용자가 그 대가를 지급하는 것을 말하는 것이므로 ( 대법원 1997. 2. 28. 선고 96누14845 판결, 1998. 1. 23. 선고 97누8731 판결 등 참조), 비영리사업자가 그 고유의 업무를 수행하기 위하여 별도의 재화나 용역을 유료로 공급할 필요가 있어 그 재화나 용역을 공급하는 장소로서 당해 부동산이나 토지를 사용하는 것이고 그 재화나 용역의 사용자로부터 지급받는 금원이 재화나 용역의 대가에 불과하다면 당해 부동산이나 토지를 유료로 사용하게 한 때에 해당한다고 할 수 없을 것이며, 한편 재화 또는 용역의 제공은 제3자에게 위탁 또는 임대차 등의 방법으로도 할 수 있다고 할 것인바, 위와 같은 경우 비영리사업자가 제3자로부터 관리비 또는 임대료 등의 명목으로 받는 금원이 당해 부동산 또는 토지의 사용대가인지 또는 비영리사업자가 직접 재화나 용역을 공급하고 받을 대가의 일부를 간접징수하는 것에 불과한지의 여부는, 비영리사업자의 고유의 업무와 관련하여 당해 재화나 용역을 제공할 필요성, 당해 재화나 용역을 제3자에게 위탁 또는 임대의 형식으로 관리ㆍ운영할 필요성과 합리성, 그 대상고객, 판매품목, 판매가격 및 그 결정구조, 특히 비영리사업자에게 지급되는 금액이 재화나 용역의 가격결정에 미치는 영향과 비영리사업자와 제3자에 대한 관계 등을 종합하여 판단하여야 할 것이다.

기록에 의하면, 피고는 원고가 쟁점부분을 위와 같이 위탁 또는 임대하고 그 대가로 계약보증금 외에도 복지장학금 등의 명목으로 매월 일정 금액을 지급받음으로써 쟁점부분을 유료로 사용하게 하였으므로 재산세 및 종합토지세 등의 과세대상이 된다는 취지의 주장을 하고 있고, 원고가 쟁점부분을 위탁 또는 임대하고 위탁관리인 등으로부터 계약보증금 외에 복지장학금 또는 임대료 등의 명목으로 일정한 금액을 지급받고 있음을 알 수 있다.

그렇다면 원심으로서는, 원고가 쟁점부분을 그가 수행하는 교육사업에 직접 사용하고 있다고 하더라도 위 각 금원이 쟁점부분의 사용에 대한 대가로 지급된 것인지, 아니면 용역대가의 일부를 간접징수한 정도에 불과한 것인지 여부를 더 심리한 후, 이 사건 각 부과처분의 당부를 판단하였어야 함에도 불구하고, 원심이 피고의 위 주장에 대하여 아무런 심리·판단을 하지 아니한 채 이 사건 각 부과처분이 위법하다고 판단한 것은 판결 결과에 영향을 미친 판단누락의 위법이 있다고 할 것이고, 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

3. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원으로 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2005. 7. 28. 선고 2004누21861 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고의 부담으로 한다.

【이유】

1. 제1심 판결 이유의 인용

이 법원이 이 사건에 대하여 설시할 판결 이유는, 제1심 판결 중 청구취지 다.항 관련 부분을 제외한 나머지 부분의 그것과 같으므로(제1심 법원은 청구취지 다.항 부분에 대하여 소를 각하하는 판결을 선고하였고 이에 대하여 원, 피고가 항소를 제기하지 청구취지 다.항 부분은 확정되었다), 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용하기로 한다.

2. 결 론

그렇다면, 제1심 판결은 정당하므로 피고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-수원지방법원 2004. 10. 6. 선고 2004구합2302 판결】

【주문】 처분청패소

1. 이 사건 소 중 피고가 2003. 10. 29. 원고에 대하여 한 2003년 정기분 종합토지세 금 6,083,370원, 도시계획세 금 2,561,120원, 지방교육세 금 1,216,670원, 농어촌특별세 금 431,820원의 각 부과처분 취소청구 부분을 각하한다.

2. 가. 피고가 2003. 6. 12. 원고에 대하여 한 ○○○ 각 부과처분을 취소한다

2. 소송비용은 이를 8분하여 그 1은 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.

【이유】

1. 처분의 경위

아래 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증 내지 갑 제5호증, 을 제1 내지 5호증의 각 기재와 증인 신도환의 증언에 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 고등교육 등을 목적으로 설립된 학교법인으로서 수원시 장안구 천천동 300 지상에 성균관대학교 자연과학캠퍼스를 운영하면서 그 지상에 1981년 무렵에는 학생회관을, 1983년 무렵에는 도서관을, 1994년 무렵에는 제2공학관을, 1997년 무렵에는 복지회관(아래에서는 이를 합하여 이 사건 건물들이라고 쓴다)을 각 신축한 다음 삼성에버랜드주식회사 등 22개 업체와의 사이에 각 위탁운영 및 임대차계약을 체결하고 위 학생회관 건물 중 1,758㎡, 도서관 건물 중 159㎡, 제2공학관 건물 중 407㎡, 복지회관 건물 중 1,962.21㎡ 합계 4,286.21㎡(아래에서는 쟁점부분이라고 쓴다)를 각 임대해 주어 위 업체들이 그곳에서 식당, 매점, 레포츠, 음반, 빨래방, 사진관, 서점, 안경점, 우체국, 은행 등의 각종 편의시설을 운영하고 있다.

나. 이에 피고는 이 사건 건물들 중 쟁점부분은 교육사업이 아닌 수익사업에 이용되고 있어 비과세대상이 아니라는 이유로 원고에게 2003. 6. 12. 주문 제2 가.항과 같이, 2003. 7. 2. 주문 제2 나.항과 같이(아래에서는 2003. 6. 12.자 부과처분 및 2003. 7. 2.자 부과처분을 합하여 이 사건 각 부과처분이라고 쓴다), 2003. 10. 29. 주문 제1항 기재(아래에서는 2003. 10. 29.자 부과처분이라고 쓴다)와 같이 각 재산세 및 종합토지세 등을 부과하는 처분을 하였다.

2. 이 사건 소 중 2003. 10. 29.자 부과처분 취소청구의 적법여부에 대한 판단

살피건대, 종합토지세 등 지방세 부과처분에 대한 행정소송은 당해 처분이 있은 것을 안 날(이의신청이나 심사청구를 한 경우에는 위 이의신청이나 심사청구에 대한 결정서의 정본을 송달받은 날부터 기산한다)로부터 90일 이내에 제기하여야 하도록 되어 있다. 그런데 앞서 든 각 증거들에 의하면 원고는 피고가 2003. 10. 29. 한 주문 제1항 기재 종합토지세 부과처분을 그 무렵 송달받고도 그로부터 90일 이상 경과하였음이 역수상 분명한 2004. 5. 3.에 이르러서야 비로소 이 사건 소를 제기하였음을 알 수 있다.

따라서, 이 부분 소는 제소기간이 도과되어 제기된 것이므로 부적법하다.

3. 이 사건 각 부과처분의 적법여부에 관한 판단

가. 원고의 주장

쟁점부분은 원고가 교육사업을 수행함에 있어 반드시 필요한 학생 및 교직원들을 위한 후생복지시설로서 지방세법 제184조 제1호및 제234조의 12 제2호 등에 의한 비과세대상이라 할 것임에도 교육사업이 아닌 수익사업에 이용되었다고 하여 재산세 및 종합토지세 등을 부과한 이 사건 각 부과처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령과 같다.

다. 판단

(1) 지방세법은 고등교육 등을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 경우 원칙적으로 재산세, 종합토지세, 공동시설세, 지방교육세 등을 부과하지 않도록 하되, 다만 위 부동산이 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정 되기 전의 것) 제1조(위와 같이 개정된 이후에는 제3조 제2항)의 규정에 의한 수익사업에 사용되는 경우에는 위 각 세금을 부과하도록 규정하고 있으므로, 결국 이 사건에 있어서는 쟁점부분이 교육사업에 사용되고 있는지, 아니면 수익사업에 사용되고 있는지가 쟁점이라고 할 것이다.

(2) 살피건대, 갑 제6 내지 12호증, 갑 제14 내지 17호증, 을 제2호증의 각 기재와 증인 신도환의 증언에 변론의 전취지를 종합하면, 이 사건 건물들은 캠퍼스 내에 위치하고 있어 인근주민들이 쟁점부분의 매장을 이용하는 경우는 거의 없으며, 학생, 교직원들이 주로 이용하고 있는 사실, 쟁점부분에서 운영되는 업종은 학생 및 교직원식당, 우체국, 은행, 서점, 문구점, 레포츠, 음반, 매점, 안경점, 사진관, 여행사, 이용실, 기획사(행사용 팜플렛 및 학습용 교재 제작), 빨래방, 양품, 의류점, 자동차보험대리점, 패스트푸드점, 복사실 등으로서 모두 학생들과 교직원들의 필요를 충족시키기 위한 것들인 사실, 쟁점부분의 각 시설 이용요금은 대체로 일반 시중가격보다 저렴한 사실, 자연과학캠퍼스 부총장을 위원장으로 하는 자연과학캠퍼스학생후생복지위원회가 구성되어 쟁점부분의 운영을 관리감독하고 있으며, 임차인들로부터 수수한 위탁관리비 중 일부는 재산관리를 위하여, 나머지는 학생들의 근로장학금 및 학생복지시설비로 사용되고 있는 사실을 인정할 수 있는바, 학생 및 교직원들을 위한 후생복지시설은 대학의 교육사업 수행에 있어 필수적인 요소라고 할 것인데, 위에서 인정한 쟁점부분의 설치장소, 대상고객, 취급업종, 이용요금 및 임차인들로부터 수령한 위탁관리비의 사용 현황 등에 비추어 보면 쟁점부분은 원고가 운영하는 자연과학캠퍼스의 학생 및 교직원들의 후생복지를 위한 시설로서 원고의 교육사업에 사용되고 있다고 할 것이고 임차인들로부터 위탁관리비를 수수하였다고 하여 쟁점부분의 사용이 교육사업으로서의 본질을 벗어나 수익사업으로 되는 것은 아니라고 할 것이다.

(3) 따라서, 원고가 수행하는 교육사업에 사용되어 비과세대상인 쟁점부분에 대하여 재산세, 종합토지세 등을 부과한 이 사건 각 부과처분은 위법하다고 할 것이다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 소 중 2003. 10. 29.자 부과처분 취소청구부분은 부적법하여 이를 각하하고, 이 사건 각 부과처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.