아파트 건설계획은 건설교통부장관에 의하여 수립된 국가계획인 주택건설종합계획의 일부로 편입되었고, 주택건설사업계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득한 지구 내의 지상 건물인 아파트에 대하여는 지방세법에 의하여 취득세 및 등록세가 면제된다. 따라서 취득세 등의 부과처분은 부당하다.

이 유

1. 제1심 판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결 이유 제1항을 다음과 같이 고쳐 쓰는 외에는 제1심 판결의 이유 기재와 같으므로

행정소송법 제8조 제2항,

민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용한다.

[고쳐 쓰는 부분]

“1. 과세처분의 경위

가. 원고는 1997. 11. 20. 총무처장관으로부터

서울 동대문구 휘경동 49-309 외 2필지 국립건설시험소 부지 82,663㎡(이하 ‘이 사건 부지’라 한다)를 취득하였다.

나. 원고는 이 사건 부지의 취득과 관련하여,

구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6305호로 개정되기 전의 것) 제278조(비축ㆍ공급용 토지에 대한 감면)에 의하여 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득하는 부동산임을 이유로 피고에게 취득세, 등록세 면제신청을 하여 취득세와 등록세를 면제받았다.

다. 그 후 원고는 이 사건 부지 위에 공공임대주택 400호(60㎡ 이하), 공공분양주택 1,624호(60㎡ 이하 소형주택 400호, 60㎡ 초과 주택 1,224호)를 신축한 후 소유권보존등기를 하면서, 2001. 12. 11. 피고에게 공공임대주택에 대하여는

지방세법 제269조 제1항(소규모 임대주택 등에 대한 감면)에 의하여, 공공분양주택에 대하여는

구 지방세법(2003. 12. 31. 법률 제7052호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제289조 제1항에 의하여 지방세 면제신청을 하여 2001. 12. 12. 취득세, 등록세의 면제확인을 받았다.

라. 그런데, 서울특별시장이 2003. 6. 9. 원고에 대하여 실시한 세무조사 결과 원고의 이 사건 부지 및 그 지상 아파트의 취득이 원고의 자체사업계획에 따른 것이므로

지방세법 제269조 제2항에 의하여 면제되는 부동산을 제외한 나머지 부동산의 취득에 대하여는 취득세, 등록세 면제대상에 해당되지 않는다고 지적하자, 피고는 2003. 10. 8. 그 취득가액을 과세표준으로 하여

지방세법 제112조 제1항의 취득세 세율과

제131조 제1항의 등록세 세율을 적용하여 산출한 취득세 3,157,815,650원, 등록세 3,394,469,260원, 지방교육세 622,319,350원을, 2004. 1. 12. 위 취득세에 대한 가산세 631,563,130원을 각 부과하는 처분을 하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 2004. 1. 5. 행정자치부장관에게 심사청구를 하였고, 행정자치부장관은 2004. 4. 26. 이 사건 부지 중

지방세법 제269조 제2항에 의하여 취득세와 등록세가 면제되는 부분을 제외한 나머지 부지의 취득 및 등기에 대한 취득세, 등록세, 지방교육세의 부과처분은 제척기간이 도과하여 위법하고 그 지상 아파트에 대한 부과처분은 적법하다는 이유로 취득세를 1,423,271,020원, 등록세를 831,581,420원(이 사건 아파트 부분에 해당하는 등록세가 832,581,420원인 점에서 832,581,420원의 오기로 보인다.), 지방교육세를 152,639,920원으로 각 경정하는 내용의 결정을 하였으며, 이에 따라 피고는 2004. 5.경 2003. 10. 8.자 부가처분 중 취득세를 1,423,271,020원으로, 등록세를 832,581,420원으로, 지방교육세를 152,639,920원으로, 2004. 1. 12.자 취득세에 대한 가산세를 284,708,660원으로 각 감액 경정하고, 이를 2004. 11. 4.(제1심 제1차 변론준비기일)에 원고에게 통지하였다(이하 감액경정된 취득세, 등록세, 지방교육세 및 취득세에 대한 가산세 부과처분을 ‘이 사건 과세처분’이라고 한다).

【인정근거】갑4, 갑5의 1, 2, 3, 갑6의 1 내지 4, 갑9의 1, 2, 갑10의 1 내지 4, 을1, 을2, 3의 각 1, 2, 을4, 을21의 1 내지 7의 각 기재, 변론 전체의 취지”

2. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여(피고가 2003. 10. 8. 원고에 대하여 한 취득세 1,076,416,550원, 등록세 832,581,420원, 지방교육세 152,639,920원의 각 부과처분 및 2004. 1. 12. 원고에 대하여 한 취득세에 대한 가산세 631,563,130원의 부과처분 취소를 구하는 원고의 구소는 당심에서의 교환적 변경으로 취하되어 이에 대한 제1심 판결은 실효되었다), 주문과 같이 판결한다.