상고이유를 판단한다.

1. 원심은, 구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제6조 제4항 제1호는 법 제6조 제2항에 의한 소득세 또는 법인세 등 국세감면의 적용을 배제하기 위한 규정일 뿐, 법 제119조 제3항 제1호 및 제120조 제3항에 의한 취득세, 등록세 등 지방세의 면제에 관하여는 적용되지 않는다고 보아, 원고 회사가 지논 주식회사와 합병함으로써 법 제6조 제4항 제1호에 해당하여 법 제119조 제3항 제1호, 제120조 제3항 소정의 ‘창업벤처중소기업’에 해당하지 않음을 전제로 취득세 및 등록세 등을 부과한 이 사건 처분은 위법하다고 판단하였다.

2. 그러나 원심의 위와 같은 판단은 다음과 같은 이유로 수긍하기 어렵다.

법 제6조는 제2항에서 "벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업 중 대통령령이 정하는 기업으로서 창업 후 2년 이내에 동법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 ‘창업벤처중소기업’이라 한다)의 경우에는 … 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다."고 규정하여 창업벤처중소기업에 관하여 정의하면서, 같은 조 제4항에서 "제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 이를 창업으로 보지 아니한다."고 하여 같은 조 제2항의 창업으로 보지 않는 경우를 규정하고 있으므로, 법 제6조 이하에서 ‘창업벤처중소기업’에 해당하는지 여부에 관하여는 법 제6조가 적용된다고 할 것이고, 따라서 법 제119조 제3항 제1호, 제120조 제3항 소정의 ‘창업벤처중소기업’에 해당 여부도 법 제6조 규정에 의하여 판단하여야 한다(대법원 2004. 9. 3. 선고 2004두7412 판결 참조).

그럼에도 불구하고, 법 제119조 제3항 제1호, 제120조 제3항에서 규정하고 있는 창업벤처중소기업에 해당 여부를 판단함에 있어서 법 제6조 제4항 제1호가 적용될 수 없음을 전제로 위 규정을 적용하여 이루어진 이 사건 처분이 위법하다고 본 원심판결에는 법 제6조 제2항 및 제4항의 해석에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있고, 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

3. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원으로 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2006. 11. 1. 선고 2006누7944 판결】

【주 문】 처분청패소

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

【이 유】

1. 제1심 판결문의 인용

이 법원의 판결이유는 제1심 판결 6쪽 마지막 행부터 7쪽 5행까지를 아래 따옴표 안의 설시와 같이 정정하는 외에는 제1심 판결의 이유란 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용한다.

"한편, 피고는 「2004년 12월 개정 전의 구 조세특례제한법 제6조 제2항, 제4항은 ‘벤처기업의 창업의 경우 관련 세를 감면해 주되, 창업으로 보지 않는 경우 다시 추징할 수 있다는 규정’이므로, 조세특례제한법 제3조에 의하여 지방세에 대하여도 2004년 12월 개정 전의 구 조세특례제한법 제6조 제4항, 제1호를 적용할 수 있다」고 주장한다.

그러므로 살피건대, 조세특례제한법 제3조는 ‘이 법, 국세기본법 및 조약과 다음 각 호의 법률에 의하지 아니하고는 조세특례를 정할 수 없다’고 규정하고, 제12호는 각 호의 법률에 지방세법을 포함하고 있으나, 조세특례제한법 제3조의 규정은 ‘조세감면에 관한 특례규정은 조세법률주의의 원칙상 각호에 나열하는 법률에 근거해서만 가능하다’는 의미에 불과하고, ‘2004년 12월 개정 전의 구 조세특례제한법 제6조 제4항 제1호가 지방세의 조세감면에 대하여도 적용될 수 있다’는 근거법령이라고 할 수 없으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다."

2. 결 론

그렇다면, 제1심 판결은 정당하므로 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울행정법원 2006. 2. 14. 선고 2005구합30648 판결】

【주 문】 처분청패소

1. 피고가 2005. 2. 11. 원고에 대하여 한 취득세 금 150,233,200원, 농어촌특별세 금 14,403,300원, 등록세 금 147,108,670원, 지방교육세 금 29,421,710원의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【이 유】

1. 부과처분의 경위

다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증, 갑 제2, 3호증의 각 1, 2, 갑 제4, 5호증, 을 제1호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

가. 원고 회사는 2000. 7. 31. 전자통신기기 제조, 도소매업 등을 목적사업으로 설립된 회사로서, 2002. 2. 22. 서울지방중소기업청장으로부터 구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것) 제6조 제2항(이하 ‘구 조세특례법 제6조 제2항’이라 한다) 소정의 창업벤처중소기업으로 확인받았다.

나. 원고 회사는 2002. 3. 14.부터 2003. 8. 7.까지 사이에 서울 동작구 신대방동 693-6 외 5필지 토지 등을 매수하여(상세한 취득내역은 아래 표와 같고, 이하 ‘이 사건 토지 등’이라 한다), 2003. 9. 15. 이 사건 토지 지상에 기존 건축물 중 일부를 철거하고 지하 2층, 지상 8층 건물을 신축하였고(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다), 피고는 2003. 9. 25. 원고가 취득한 이 사건 토지 등 및 건물은 창업벤처중소기업인 원고 회사가 사업을 영위하기 위하여 취득한 사업용 재산에 해당한다는 이유로 이에 대한 취득세, 등록세 등을 면제하였다.

순번소재지취득일자토지 면적건물 면적1위 000동 693-62002. 3. 14.139.2㎡213.99㎡2위 000동 6932002. 5. 14.126.2㎡793.7㎡3위 000동 693-1128.3㎡4위 000동 693-5261.9㎡5위 000동 693-174.6㎡6위 000동 693-42003. 8. 7.151.1㎡226.17㎡

다. 그런데 피고는 원고 회사가 벤처기업으로 확인을 받기 이전인 2001. 11. 30. 00 주식회사(이하 ‘소외 회사’라 한다)를 흡수 합병한 사실을 확인하고, 원고 회사는 합병을 통하여 소외 회사의 사업을 승계하거나 자산을 인수하여 동종의 사업을 영위하였으므로 구 조세특례제한법(2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘2004년 12월 개정 전의 구 조세특례제한법’이라 한다) 제6조 제4항 제1호에 따라 조세가 감면되는 창업에 해당하지 아니한다고 보아, 2005. 2. 11. 원고에 대하여 이 사건 토지 등 및 건물의 취득에 대한 취득세 금 150,233,200원, 농어촌특별세 금 14,403,300원, 등록세 금 147,108,670원, 지방교육세 금 29,421,710원을 각 부과하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).

라. 원고는 이 사건 부과처분에 불복하여 2005. 5. 9. 행정자치부장관에게 이의신청을 하였으나, 행정자치부장관은 2005. 6. 27. 원고의 이의신청을 기각하였다.

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고 회사의 주장

(1) 원고 회사는 2000. 7. 31. 설립되어 2년이 경과하기 이전인 2002. 2. 22. 벤처기업으로 확인을 받았으므로 소외 회사와 합병한 여부에 상관없이 조세특례제한법상의 조세감면 대상인 창업벤처중소기업에 해당한다 할 것이고, 설령 원고 회사가 2004년 12월 개정 전의 구 조세특례제한법 제6조 제4항 제1호 소정의 합병으로 인하여 피합병법인의 사업을 승계하거나, 자산을 인수한 경우에 해당한다 하더라도, 지방세에 관한 구 조세특례제한법(2004. 7. 26. 법률 제7216호로 개정되기 전의 것) 제119조, 제120조 등은 조세감면배제에 관하여 2004년 12월 개정 전의 구 조세특례제한법 제6조 제4항 제1호와 같은 규정을 두고 있지 아니하므로 원고 회사가 소외 회사를 합병하였다는 사정만으로 지방세의 조세감면을 배제할 수는 없다 할 것이므로, 같은 법 제6조 제4항 제1호에 근거하는 이 사건 부과처분은 위법하다.

(2) 2004년 12월 개정 전의 구 조세특례제한법 제6조 제4항 제1호는 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전 사업을 승계하거나 종전 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종 사업을 영위하는 경우를 조세감면의 혜택이 주어지는 창업에 해당하지 아니하는 것으로 규정하고 있는바, 이는 벤처기업육성에 관한 특례법(이하 ‘벤처기업육성법’이라 한다) 및 조세제한특례법 등이 벤처기업의 창업을 촉진하고 벤처기업에 대한 규제를 완화하여 우리 산업의 구조조정을 원활히 하고 경쟁력을 제고하고자 하는 입법취지에 반하는 과도한 제한을 부과하는 것으로서 헌법상 과잉금지의 원칙에 반한다.

(3) 2004년 12월 개정 전의 구 조세특례제한법 제6조 제4항은 ‘창업’의 개념을 규정하지 아니하면서도 각호에서 사실상 창업의 의미에 포섭되는 사항을 조세감면의 혜택이 주어지는 창업의 범주에서 제외하고 있어 그 적용범위에 혼란을 초래하고 있고, 나아가 그 제1호의 사유는 확정적 일의적인 용어를 사용하지 아니한 채 과세관청의 자의적인 해석이 가능한 포괄적 개념을 사용하고 있는바, 이는 조세법률주의가 요구하는 명확성의 원칙에 반한다.

나. 판단

(1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 참조).

(2) 구 조세특례제한법(2004. 7. 26. 법률 제7216호로 개정되기 전의 것) 제119조 제3항, 제120조 제3항에 의하면, 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날)로부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 등록세, 취득세 등이 면제되지만, 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 다른 목적으로 사용하거나 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 면제받은 세액을 추징하도록 규정하고 있다.

한편, 2004년 12월 개정 전의 구 조세특례제한법 제6조 제2항에는 창업 후 2년 이내에 벤처기업으로 확인받은 기업에 대하여는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생하는 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하면서, 다만 2004년 12월 개정 전의 구 조세특례제한법 제6조 제4항 제1호는 같은 법 제6조 제2항을 적용함에 있어 합병 등을 통하여 종전 사업을 승계하거나 종전 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우에는 창업으로 보지 아니한다고 규정함으로써 벤처기업에 대한 소득세 또는 법인세의 감면을 배제하고 있다.

(3) 돌이켜 이 사건을 보건대, 피고는 원고 회사가 창업 후 2년 이내에 벤처기업으로 확인을 받은 기업이라는 이유로 이 사건 토지 등 및 건물의 취득에 대한 취득세, 등록세 및 그에 따른 부가세를 면제하였다가, 원고 회사가 소외 회사와 합병함으로써 2004년 12월 개정 전의 구 조세특례제한법 제6조 제4항 제1호 소정의 요건에 해당한다는 이유로 위와 같이 면제하였던 취득세, 등록세 및 그에 따른 부가세를 추징하는 이 사건 부과처분을 하였으나, 2004년 12월 개정 전의 구 조세특례제한법 제6조 제4항 제1호는 같은 법 제6조 제2항에 따른 소득세 또는 법인세 등 국세의 세액감면 규정의 적용을 예외적으로 배제하는 것이지, 취득세, 등록세 등 지방세의 면제를 배제하는 규정이 아니며, 앞서 본 바와 같이 취득세, 등록세 등에 대하여는 구 조세특례제한법(위 법률 제7216호로 개정되기 전의 것) 제119조 제3항, 제120조 제3항에서 벤처기업이 사업용 재산의 취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용 또는 처분하는 경우라는 별도의 요건을 마련하여 당초 면제받은 취득세, 등록세 등을 추징하도록 규정하고 있을 뿐이다.

따라서, 피고가 2004년 12월 개정 전의 구 조세특례제한법 제6조 제4항 제1호를 근거로 종전에 면제하였던 취득세, 등록세, 농어촌특별세, 지방교육세를 추징하는 이 사건 부과처분을 한 것은 벤처기업의 국세에 관한 세액감면배제에 관한 근거법령을 세목이 전혀 다른 지방세 부과처분의 근거법령으로 적용한 것으로서 위법하다고 할 것이다(원고 회사가 이 사건 토지 등 및 건물을 목적사업에 사용하지 않거나 다른 목적으로 사용하고 있다고 볼 아무런 증거도 없다).

한편, 피고는 조세특례제한법 제3조가 지방세에 대하여도 2004년 12월 개정 전의 구 조세특례제한법 제6조 제4항 제1호를 적용할 수 있는 근거규정이라는 취지로 주장하므로 보건대, 조세특례제한법 제3조는 조세감면에 관한 특례규정은 조세법률주의의 원칙상 각호에 나열하는 법률에 근거해서만 가능하다는 규정에 불과하고, 2004년 12월 개정 전의 구 조세특례제한법 제6조 제4항 제1호가 지방세의 조세감면에 대하여도 적용될 수 있다는 근거법령이라고 할 수 없으므로, 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 나머지 주장에 대하여 나아가 판단할 필요 없이 모두 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.