1. 처분의 경위

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제3호증, 갑 제4호증의 1, 2, 갑 제5호증의 각 기재에 변론의 전 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

가. 주식회사 00여행사(이하 ‘00여행사’라고 한다)는 2001. 12. 28. 국내외 여행알선 및 전세버스 운송사업을 목적으로 설립된 회사인데 원래 00여행사의 대표이사인 원고 정00이 총 발행주식 20,000주 중 9,850주(49.25%)를 소유하고 있었다.

나. 그런데 원고 정00의 동생인 원고 정00가 2004. 3. 31. 00여행사의 주식 6,700주(33.50%)를, 원고 정00의 형부인 원고 김00가 같은 날 00여행사의 3,250주(16.25%)를 각 취득함으로써 원고들은 구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제22조 제2호, 지방세법 시행령 제6조 제1항 제1, 2호 소정의 과점주주(원고들 주식합계 19,800주, 99%)로 되었고, 이에 원고들은 구 지방세법 제105조 제6항, 지방세법 시행령 제78항 제6항에 의하여 당시까지 00여행사가 소유하고 있던 별지 ‘차량목록’ 기재 차량 23대(이하 ‘이 사건 차량’이라고 한다)에 대한 취득세를 신고, 납부하여야 함에도 이를 납부하지 아니하였다.

다. 이에 피고는 2006. 4. 15. 원고들에게 2004. 3. 31.을 기준으로 00여행사가 2004. 12. 31. 기준으로 작성한 재무제표상 이 사건 차량에 대한 가액 중 원고들 지분비율에 따른 600,556,401원을 과세표준으로 하고{차량가액 612,750,128원(746,802,166원 - 134,052,038원)에 원고들 지분 비율 99%를 곱하면 606,622,627원이 산출되나, 피고는 착오로 위와 같이 산출된 금액에 99%를 더 곱하여 산출된 600,556,401원을 과세표준으로 삼은 것으로 보인다}, 여기에 구 지방세법 제112조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 16,535,700원{12,011,120원(600,556,401원 x 2%) + 가산세 4,524,580원}을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

라. 이에 원고들은 2006. 2. 3. 행정자치부에 심사청구를 하였으나 행정자치부장관은 2006. 3. 27 원고들의 청구를 기각하였다.

마. 한편, 00여행사는 2002. 2. 2.부터 2003. 3. 31.까지 사이에 이 사건 차량을 별지 ‘차량목록’ 기재 ‘취득가액’란 기재 각 금액에 매수하여 이를 각 해당연도 재무제표 작성시 유형자산(차량운반구)란에 계상하였으나 2003.과 2004. 재무제표 작성시에도 이 사건 차량에 대한 감가상각을 전혀 하지 아니한 채 이를 취득가액 그대로 계상하였고, 피고도 이 사건 부과처분을 함에 있어 위와 같이 취득가액 그대로 계상된 00여행사의 2004년 재무제표상의 가액을 기준으로 과세표준을 산정하였다{을 제1호증의 2(과세자료조사서)에 의하면 피고가 이 사건 부과처분을 함에 있어 장부가액 746,802,166원에서 감가상각누계액 134,052,038원을 공제하여 과세표준 606,622,627원을 산출한 것으로 기재되어 있으나, 을 제3호증의 2(계정별원장)에 의하면 위 감가상각누계액으로 표시한 134,052,038원은 2003. 3. 31.까지 00여행사가 보유하고 있다가 매각한 차량으로 인한 매각금액 및 처분손실금 누적액이다}.

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

피고는 이 사건 차량에 대한 취득세를 감가상각비가 반영되지 아니한 재무제표상의 가액을 과세표준으로 하여 산정하였는바, 취득세에 있어서 과세표준은 취득당시의 가액으로 하여야 하고 또 차량의 시가표준액을 정함에 있어서 제조가격 및 거래가격 등을 참작하여 정한 기준가액에 차량의 경과년수별 잔존가치율을 적용하도록 하고 있는 지방세법 및 지방세법 시행령의 취지에 비추어 볼 때, 피고가 막연히 감가상각비가 반영되지 아니한 장부가액만을 기초로 이 사건 차량의 과세표준을 산정한 것은 위법하다.

나. 관계법령

[구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것)]

제22조 (출자자의 제2차납세의무) 법인(주식을 한국증권거래소에 상장한 법인을 제외한다)의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부 또는 납입할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목에 있어서는 납기개시일) 현재 다음 각호의 1에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차납세의무를 진다. 다만, 제2호의 규정에 의한 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식을 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 과점주주의 소유주식수(의결권이 없는 주식을 제외한다) 또는 출자액(제2호 가목 및 나목의 과점주주의 경우에는 당해 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식수 또는 출자액)을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

2. 과점주주(주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 51 이상인 자들을 말한다. 이하 같다)중 다음 각목의 1에 해당하는 자

제105조 (납세의무자등)

⑥ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다. 다만, 법인설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우 또는 과점주주에 대한 취득세 납세의무성립일 현재 이 법 및 기타 법령에 의하여 취득세가 비과세·감면되는 부분에 대하여는 그러하지 아니하다.

⑦ 제6항의 경우 납세의무를 지는 과점주주에 대하여는 제18조의 규정을 준용한다.

제18조(공유물 등에 대한 연대납세의무)

① 공유물(공동주택의 경우를 제외한다)·공동사업 또는 당해 공동사업에 속하는 재산에 관계되는 지방자치단체의 징수금은 그 공유자 또는 공동사업자가 연대하여 납부 또는 납입할 의무를 진다.

제111조 (과세표준)

① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 년부로 취득하는 경우에는 년부금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.

2. 토지외의 과세대상에 대한 시가표준액은 당해 지방자치단체의 장이 거래가격, 수입가격, 신축·건조·제조가격 등을 참작하여 정한 기준가격에 종류·구조·용도·경과년수 등 대통령령이 정하는 과세대상별 특성을 감안하여 결정한 매년 1월 1일 현재의 가액. 다만, 시가표준액이 결정되지 아니한 과세대상의 경우에는 납세의무성립일 현재를 기준으로 결정한 가액을 시가표준액으로 하고, 이미 결정된 시가표준액이 기준가격의 변동 또는 기타 사유로 현저하게 불합리하다고 인정되는 경우에는 시가표준액을 변경하여 결정할 수 있다

④ 제105조 제6항의 규정에 의하여 과점주주가 취득한 것으로 보는 당해 법인의 부동산·거량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권에 대한 과세표준은 그 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로써 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액을 과세표준액으로 한다. 이 경우 과점주주는 조례가 정하는 바에 의하여 과세표준액 및 기타 필요한 사항을 신고하여야 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준액에 미달하는 때에는 시장·군수가 당해 법인의 결산서 기타 장부등에 의한 취득세 과세대상자산총액을 기초로 전단의 계산방법에 의하여 산출한 금액을 과세표준액으로 한다.

제112조 (세율)

① 취득세의 표준세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다.

[지방세법 시행령]

제6조 (친족 기타 특수관계인의 범위)

① 법 제22조 제2호에서 "대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 자를 말한다. 다만, 주주 또는 유한책임사원이 출가녀인 경우에는 제9호 내지 제13호의 경우를 제외하고 그 남편과의 관계에 의한다.

1. 6촌이내의 부계혈족과 4촌이내의 부계혈족의 처

2. 3촌이내의 부계혈족녀의 부(남편) 및 자

제78조 (과점주주의 취득등)

① 법인의 과점주주가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분을 취득함으로써 최초로 과점주주가 된 경우 또는 증자 등으로 인하여 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 당해 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 법 제105조 제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다.

제80조 (토지 또는 주택외의 과세대상에 대한 시가표준액의 결정 등)

① 법 제111조 제2항 제2호의 규정에 의한 토지 또는 주택외의 과세대상에 대한 시가표준액의 결정은 과세대상별 구체적 특성을 감안한 다음 각호의 방식에 의한다.

3. 차량 : 차종·정원·적재정량·제조연도별 제조가격(수입하는 경우는 수입가격) 및 거래가격 등을 참작하여 정한 기준가액에 차량의 경과연수별 잔존가치율을 적용한다.

다. 판단

(1) 살피건대, 구 지방세법 제105조 제6항, 제111조 제4항에 의하면 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 자는 당해 법인의 부동산, 차량 등을 취득한 것으로 보고, 그 부동산, 차량 등의 총가액을 그 법인의 주식총수로써 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식의 수를 곱한 금액을 과세표준으로 하여 이에 대한 취득세를 신고·납부하여야 하는데, 다만 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준액에 미달하는 때에는 시장·군수가 당해 법인의 결산서 기타 장부에 의한 취득세 과세대상자산총액을 기초로 위 계산방법에 의하여 산출한 금액을 과세표준액으로 하여 부과하도록 규정되어 있는 바, 일응 납세의무자인 과점주주가 주식을 취득하고 나서도 법인의 보유자산에 대한 취득세를 신고·납부하지 아니한 경우 과세관청인 피고로서는 당해 법인의 장부를 기초로 과세표준액을 산출하여 부과할 수 있다고 할 것이다.

그러나 지방세법 제111조 제1항, 제2항이 취득세는 취득당시의 가액으로 하고 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의하되, 다만 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 시가표준액(토지외의 과세대상에 대한 시가표준액은 당해 지방자치단체의 장이 거래가격, 수입가격, 신축·건조·제조가격 등을 참작하여 정한 기준가격에 종류·구조·용도·경과년수 등 대통령령이 정하는 과세대상별 특성을 감안하여 결정한 매년 1월 1일 현재의 가액)에 미달한 때에는 그 시가표준액에 의하도록 규정하고 있는 점에 비추어 볼 때, 법인의 장부가액을 사실상의 취득가액으로 보고 이를 과세표준으로 한 취지는 객관화된 조직체로서의 거래가액을 조작할 염려가 적은 법인의 장부가액은 특별히 취득가액을 조작하였다고 인정되지 않는 한 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있음을 전제로 하는 것이지 법인의 장부가액이 사실상의 취득가격에 부합하는지 여부에 관계없이 무조건 법인의 장부가액을 취득세의 과세표준으로 삼아야 하는 것은 아니라고 할 것이다(대법원 1993. 4. 27. 선고 92누15895 판결 참조).

(2) 그러므로 이 사건에서 보건대, 앞서 본 바와 같이 00여행사의 2004. 재무제표상 이 사건 차량의 가액은 단순히 취득할 당시의 취득가액 그대로 기재되어 있고 달리 감가상각비가 계상되어 있지 아니한바, 차량의 경우에는 경과연수별로 그 가치의 저감이 현저하여 지방세법 시행령 제80조 제1항 제3호에서도 차량의 경우 기준가액에 차량의 경과연수별 잔존가치율을 적용하여 시가표준액을 결정하도록 하고 있는 점에 비추어 보면 원고들이 00여행사의 주식을 취득한 2004. 3. 31. 당시 위 재무제표상의 가액은 사실상의 취득가격에 부합하지 않는다고 할 것이므로, 피고는 막연히 00여행사의 장부가액만을 기초로 이 사건 차량의 과세표준을 산출할 것은 아니라고 할 것이다. 따라서 이 점을 들어 이 사건 부과처분이 위법하다는 원고들의 주장은 이유 있는바 본 사건에서는 이 사건 차량에 관한 정확한 감가상각액을 산정할 자료가 부족하므로 이 사건 부과처분액 모두를 취소할 수 밖에 없다.

3. 결 론

그렇다면, 이 사건 부과처분은 위법하다고 할 것이므로, 원고들의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.