상고이유를 판단한다.

1. 원고가 ‘기술진흥단체’에 해당한다는 상고이유에 대하여

구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라 한다) 제288조 제2항에서 정한 ‘기술진흥단체’란 그 규정의 취지에 비추어 ‘과학 및 산업기술을 연구·개발하여 이를 보급하거나 지원하는 것을 주된 목적으로 하는 단체’를 의미하고, 과학 및 산업기술의 연구·개발 등이 그 부대사업의 하나에 불과한 단체는 위 조항에서 정한 ‘기술진흥단체’에 해당한다고 볼 수 없으며, 어느 단체가 ‘기술진흥단체’에 해당하는지 여부는 단체의 명칭 여하에 불문하고 설립근거인 법령, 정관의 목적사업, 주된 수행업무 등 실질적인 활동내역, 예산집행상황 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다.

원심은 그 채용 증거들을 종합하여 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고의 설립근거인 건설기술관리법 제36조의8은 "건설기술자는 건설기술자의 품위 유지 및 복리증진과 건설공사의 견실시공 및 품질관리의 향상을 위하여 건설기술인협회를 설립할 수 있다"고 규정함으로써 그 문언상 건설기술에 대한 연구·개발 등을 주된 목적으로 하는 법인설립을 예정하고 있지는 아니한 것으로 보이고, 같은 법 제36조의11은 건설기술인협회의 업무로 건설기술의 연구·개발 등을 규정하고 있지 아니한바, 이러한 규정내용을 전체적으로 고려하면 원고의 주된 업무인 건설기술자의 경력관리업무가 곧바로 건설기술진흥업무에 해당한다고 보기는 어렵고, 그밖에 원고의 정관내용, 활동내역 및 예산집행상황 등에 의하더라도 건설기술의 연구·개발 등이 원고의 주된 목적이라고 보기 어려우므로, 원고는 구 지방세법 제288조 제2항에서 정한 ‘기술진흥단체’에 해당한다고 볼 수 없다고 판단하였는바, 앞에서 본 법리 및 기록에 비추어 살펴보면 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 거기에 위 법조항 소정의 ‘기술진흥단체’에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

2. 이 사건 처분이 ‘신의성실의 원칙’에 위배된다는 상고이유에 대하여

원심은 그 채용 증거들을 종합하여 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 내무부장관 또는 건설교통부장관이 원고 협회를 ‘기술진흥단체’로 확인해 주었다거나 피고가 종전에 원고가 취득한 재산들에 대하여 등록세 등을 면제해 주었다는 사정만으로는 피고가 비과세에 대한 어떠한 공적인 견해표명을 하였다고 보기 어렵고, 원고가 취득세가 부과되리라는 사정을 알았다고 하더라도 그러한 사유를 들어 이 사건 부동산의 신축을 포기하였을 것으로 보이지는 아니하므로, 이 사건 각 처분이 신뢰보호의 원칙 내지 신의성실의 원칙에 반하여 위법하다는 원고의 주장은 이유가 없다고 판단하였다.

그러나 원심의 이러한 판단은 다음 이유에서 수긍하기 어렵다.

일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는, ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, ② 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, ③ 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, ④ 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다.

그리고 과세관청의 공적인 견해표명은 원칙적으로 일정한 책임 있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어짐을 요하나, 신의성실의 원칙 내지 금반언의 원칙은 합법성을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의, 형평에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에 적용되는 것으로서 납세자의 신뢰보호라는 점에 그 법리의 핵심적 요소가 있는 것이므로, 위 요건의 하나인 과세관청의 공적 견해표명이 있었는지의 여부를 판단하는 데 있어 반드시 행정조직상의 형식적인 권한분장에 구애될 것은 아니고 담당자의 조직상의 지위와 임무, 당해 언동을 하게 된 구체적인 경위 및 그에 대한 납세자의 신뢰가능성에 비추어 실질에 의하여 판단하여야 한다(대법원 1995. 6. 16. 선고 94누12159 판결, 대법원 1996. 1. 23. 선고 95누13746 판결 등 참조).

기록에 의하여 살펴보면, (1) 원고는 이 사건 부동산을 취득하기 전에 원고에 대한 감독기관인 건설교통부장관에게 원고가 취득세 등을 면제받는 구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제290조 제1항 제18호(나중에 위에서 본 구 지방세법 제288조 제2항으로 개정되었다) 소정의 '기술진흥단체'에 해당되는지 여부를 질의하였고, 이에 대하여 건설교통부장관이 1997. 3. 6. 원고에게 원고가 위 기술진흥단체에 해당한다고 회신한 사실, (2) 구 정부조직법(1998. 2. 28. 법률 제5529호로 전문개정되기 전의 것) 제31조 및 ‘내무부와 그 소속기관 직제(1998. 2. 28. 대통령령 제15715호로 폐지되기 전의 것)’ 제15조에 의한 피고의 상급기관으로서 지방세의 부과·징수에 관한 지도·감독과 지방세에 관한 질의 회신 등의 업무를 관장하고 있던 내무부장관 또한 1997. 4. 22. 원고에게 원고가 ‘기술진흥단체’에 해당되어 지방세법상의 취득세 및 등록세가 면제된다는 취지의 회신을 한 사실, (3) 이에 따라 피고는 원고에게, ① 1997. 10. 24. 서울 강남구 논현동 238-5 소재 토지에 대한 등록세의 감면확인을 하였고, ② 1997. 12. 26. 서울 강남구 논현동 238-1 소재 토지에 대한 등록세의 감면확인을 하였으며, ③ 2000. 9. 15. 서울 강남구 삼성동 65-2 소재 토지에 대한 취득세, 등록세의 감면통지를 하는 등 수차례에 걸쳐 원고가 취득하는 부동산에 대하여 취득세 등을 면제해 주는 결정을 해 왔던 사실을 알 수 있는바, 그렇다면 피고와 피고의 상급기관인 내무부장관은 원고에게 원고가 취득세 등을 면제받는 구 지방세법 제288조 제2항 소정의 ‘기술진흥단체’에 해당된다는 공적 견해를 구체적이고도 명백하게 표명하였다고 볼 여지가 충분하고, 또한 원고는 위와 같은 피고 및 내무부장관 등의 공적인 견해 표명을 신뢰하고 2002. 9.경 이 사건 부동산을 취득하였으며, 원고측이 위 견해 표명을 신뢰한 데 대하여 어떠한 귀책사유가 있다고 볼 수도 없다.

그럼에도 원심이, 이 사건 각 처분이 신의성실의 원칙에 반한 것으로 볼 수 없다고 판단하였음은, 조세법에 적용되는 신의성실의 원칙에 관한 법리를 오해하였거나 그 요건에 대한 심리를 다하지 아니하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다.

3. 결론

그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

-------------------------------------------------------

【하급심-서울고등법원 2007. 12. 11. 선고 2007누12509 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

【이유】

1. 제1심 판결의 인용

이 사건에 관하여 이 법원이 설시할 이유는 제1심 판결 2면 16행의 ‘2006. 5. 14.’을 ‘2006. 5. 10.’로 고치고, 제1심 판결 10면의 ‘(2) 신뢰보호원칙에 반한다는 주장에 관하여’ 부분 이하를 다음과 같이 고쳐 쓰며, 원고의 당심에서의 새로운 주장에 대하여 판단을 추가하는 외에는 제1심 판결의 이유와 같으므로 행정소송법 제8조, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 모두 그대로 인용한다.

[ 다시 쓰는 부분 ]

(2) 신뢰보호원칙에 반한다는 주장에 관하여

조세행정상의 법률관계에 있어서 행정청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙 또는 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는, 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 상응하는 어떠한 행위를 하였어야 하고, 넷째 행정청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, 마지막으로 위 견해표명에 따른 행정처분을 할 경우 이로 인하여 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아니어야 한다. 그런데 일반적으로 조세법률주의의 원칙은 조세법률관계를 법률에 의하여 명확히 할 것을 요구하고 있는 데 반해, 신의칙은 그 특성상 구체적 사정을 감안하여 개개의 사안에 적용될 수밖에 없어 그 기준이 명확하다고 볼 수 없으므로, 일반론으로서는 합법성의 원칙이 신의칙보다 우월하게 평가되어야 할 것이고 따라서 신의칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 신뢰를 보호할 필요가 있다고 인정되는 경우에 한하여 적용된다고 봄이 상당하다.

이 사건으로 돌아와 보건대, 원고가 주장하는 바와 같이 내무부장관 또는 건설교통부장관이 원고 협회를 기술진흥단체로 확인해주었다거나 피고가 종전에 원고가 취득한 재산들에 대하여 등록세 등을 면제해 주었다는 사정만으로는 피고가 비과세에 대한 어떠한 공적인 견해표명을 하였다고 볼 수는 없는 점, 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위하여는 납세자가 과세관청의 언동을 신뢰하고 그 신뢰를 바탕으로 하여 어떤 처리를 하였어야 하고 그 사이에 상당인과관계가 있어야 한다고 할 것인데, 원고가 취득세가 부과되리라는 사정을 알았다고 하더라도 그러한 사유를 들어 이 사건 부동산의 신축을 포기하였을 것으로 보이지는 아니하는 점 등을 종합하여 보면 위 요건에 해당하지 아니할 뿐만 아니라, 합법성의 원칙을 희생하여서라도 신뢰를 보호할 필요가 있다고 인정되는 경우에 해당한다고 보기 어려우므로 신뢰보호원칙을 근거로 이 사건 처분의 취소를 구할 수는 없다고 할 것이다.

한편, 국세기본법 제18조 제3항에 규정된 비과세 또는 불과세 관행이 성립하려면, 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며, 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 한다고 할 것인데, 이 사건에서 피고는 처음 원고가 지방세법 소정의 면세 대상이 되는 것으로 판단하고 착오로 과세를 하지 아니한 것으로서 이는 단순한 과세누락에 불과하다고 할 것이므로 비과세 관행이 성립되었다는 원고의 주장 또한 받아들일 수 없다.

(3) 행정절차법위반 주장에 관하여

원고는, 이 사건 처분은 침익적 행정행위에 해당하여 행정절차법 제21조 제1항에서 정한 사전통지절차를 거쳐야 하고, 같은 법 제22조 제3항에서 정한 의견제출의 기회를 주었어야 함에도 불구하고 이를 하지 아니하여 위법하므로 취소되어야 한다고 주장하므로 살피건대, 행정절차법 제3조는 법의 적용범위를 규정하면서 제2항 제9호에서 행정절차에 준하는 절차를 거친 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항을 그 제외사항으로 하고 있고 이에 따라 행정절차법 시행령 제2조 제5호는 조세관계법령에 의한 조세의 부과·징수에 관한 사항을 제외사유로 정하고 있으므로, 이 사건 처분은 위 제외사유에 해당한다. 따라서 행정절차법의 적용을 받음을 전제로 한 이 부분 주장 또한 이유 없다.

2. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

-------------------------------------------------------

【하급심-서울행정법원 2007. 4. 24. 선고 2006구합47322 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【이유】

1. 과세처분의 경위

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제5호증의 1, 2, 갑제6호증의 각 기재와 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 서울 강남구 삼성동 65-2 일반철골구조 철근콘크리트평슬래브지붕 2층 업무시설 1층 343.14㎡, 2층 343.14㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)을 신축한 후 2002. 9. 18. 피고에게 구 지방세법(2005. 1. 5 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구지방세법’이라 한다) 제288조 제2항의 규정에서 정한 ‘기술진흥단체’에 해당함을 이유로 이 사건 부동산에 대한 취득세 및 등록세의 감면신청을 하여 같은 해 9. 23. 그 감면처리를 받았다.

나. 그런데 그 후, 피고는 원고가 위 지방세법 규정에서 정한 ‘기술진흥단체’에 해당하지 아니하므로 원고에 대하여 행한 이 사건 부동산에 대한 취득세 및 등록세 등에 대한 감면은 부당하다는 이유로 2006. 5. 14. 청구취지 기재와 같이 원고에 대하여 취득세 8,981,870원, 농어촌특별세 898,180원, 등록세 3,592,750원 및 지방교육세 718,500원을 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)을 하였다.

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는 건설기술관리법 제36조의8에 의거하여 같은 법 제36조의10 제1항 규정에 따라 건설기술자의 품위유지 및 복리증진과 건설공사의 견실시공 및 품질관리의 향상을 통하여 국가 건설기술진흥 및 발전에 기여함을 목적으로 건설교통부의 인가를 받아 설립된 단체로서 건설기술진흥업무에 해당하는 건설기술자 경력관리업무를 주된 사업으로 하고 있고, 이 사건 부동산은 원고의 고유업무인 건설기술자 경력관리업무를 수행하는데 사용하고 있으므로 구 지방세법 제288조 제2항에 따라 이 사건 부동산에 대한 취득세 등은 면제되어야 함이 명백함에도, 이와 달리 보고 한 피고의 이 사건 각 처분은 위법하다.

(2) 내무부장관은 1997. 4. 22. 원고에 대하여 원고는 구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제290조 제1항 제18호상의 기술진흥단체로 원고가 취득하는 부동산에 대하여 취득세 등이 면제된다고 하였고 그 후 피고는 원고의 이 사건 부동산에 대하여 취득세 등을 면제하여 준 것을 포함하여 원고의 다른 부동산에 대한 등록세 등의 지방세를 면제해 주었으며, 원고는 이러한 내무부장관과 피고의 견해를 정당하다고 신뢰한 데 대하여 아무런 귀책사유가 없고, 피고의 견해를 신뢰하여 이 사건 부동산을 취득하게 되었으므로 이 사건 각 처분은 신뢰보호의 원칙 내지 신의성실의 원칙에 반하여 위법하다.

나. 관계법령

구 지방세법 (2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것)

제288조 (사회단체 등에 대한 감면)

② 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체·체육진흥단체·청소년단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·종합토지세·도시계획세 및 공동시설세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

건설기술관리법

제36조의8 (건설기술인협회의 설립)

①건설기술자는 건설기술자의 품위유지 및 복리증진과 건설공사의 견실시공 및 품질관리의 향상을 위하여 건설기술인협회(이하 이 장에서 "협회"라 한다)를 설립할 수 있다.

②협회는 법인으로 한다.

③협회는 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.

제36조의9 (협회의 회원)

①건설기술자는 협회의 정관이 정하는 바에 의하여 협회의 회원이 될 수 있다.

③국가기술자격법에 의하여 국가기술자격의 취소 또는 정지처분을 받거나 이 법에 의한 업무정지처분을 받은 회원의 자격은 취소인 경우 회원의 자격이 상실되고 정지처분의 경우 그 정지기간중 회원의 자격이 정지된다.

제36조의10 (협회의 설립인가등)

①협회를 설립하고자 할 때에는 협회의 회원중 30인 이상의 발기인이 정관을 작성하여 총회의 의결을 거친후 건설교통부장관의 인가를 받아야 한다.

②협회의 정관에 기재하여야 할 사항은 대통령령으로 정한다.

③건설교통부장관은 제1항의 규정에 의한 인가를 한 때에는 이를 공고하여야 한다.

제36조의11 (업무) 협회의 업무는 다음 각호와 같다.

1. 건설기술자의 품위유지 및 자질향상을 위한 업무

2. 건설기술자의 복리증진 및 권익옹호를 위한 업무

3. 협회의 홍보와 간행물의 발행

4. 건설기술자의 관리 및 자질향상을 위한 사항으로서 협회의 정관이 정하는 업무

5. 건설기술자의 관리 및 자질향상을 위한 연구업무

6. 기타 건설교통부장관이 위탁하는 업무

다. 인정사실

앞서 든 각 증거에 갑제1 내지 4호증, 갑제8, 10호증, 갑제11호증의 2, 3, 갑제12호증, 갑제13호증의 1 내지 5, 갑제14호증의 1, 2, 3, 갑제15호증의 1 내지 6, 갑제16호증, 갑제17호증의 1 내지 7, 갑제18호증의 1 내지 6, 을제2호증의 각 기재와 변론의 전취지를 종합하면 다음 각 사실을 인정할 수 있다.

(1) 원고는 1988. 2. 22. 회원의 품위유지 및 복리증진과 건설공사의 견실시공 및 품질관리의 향상을 통하여 국가건설기술의 진흥 및 발전에 기여하기 위하여 건설기술관리법 제36조의8에 의거하여 건설교통부장관의 인가를 받아 설립된 법인으로서, 원고의 정관 제2조는 원고의 설립목적에 관하여 "회원의 품위유지 및 복리증진과 건설공사의 견실시공 및 품질관리의 향상을 통하여 국가 건설기술 진흥 및 발전에 기여함을 목적으로 한다"고 규정하고 있고, 같은 정관 제5조 제1항, 제2항은 제2조의 목적을 달성하기 위하여 원고 협회는 일반업무로서 건설기술자의 품위유지 및 자질향상을 위한 업무, 건설기술자의 복리증진 및 권익옹호를 위한 업무, 협회의 홍보와 간행물의 발행, 건설기술자의 관리 및 자질향상을 위한 연구업무, 아시아태평양경제협력체(APEC) 엔지니어 심사등록 업무, 기타 건설교통부장관이 위탁하는 업무를 수행하고, 이러한 일반업무를 효율적으로 수행하기 위하여 건설기술관리법에 의한 제증명서 발급, 건설기술자의 건설기술경력증 발급, 회원의 등록 및 관리, 회원의 교육에 관한 사항, 건설기술의 연구개발, 건설에 관련된 기술자문과 기술용역, 건설기술관리법, 산업안전보건법, 주택건설촉진법 및 시설물안전관리에관한특별법에 의한 안전진단 및 유지관리업무, 회원의 무료 취업안내, 건설기술 자료의 축적, 건설기술 국제 세미나 참석 및 정보교류, 협회 공동 이용시설의 설치·운영 및 관리, 협회 재산 및 기타 부대시설의 임대 및 운영·관리, 기타 회원의 복리증진에 관한 업무를 수행할 수 있는 것으로 규정하고 있다.

(2) 원고가 실제 수행하는 주된 업무는 건설교통부장관으로부터 위탁받은 건설기술인의 경력신고 접수·관리 및 경력증명서 발급업무로서 원고 소속 총 임직원 175명 중 115명이 위 건설기술인의 경력관리·경력증명업무를 담당하고 있다.

(3) 원고 협회의 2002년부터 2005년까지 예산편성 및 집행내역을 살펴보면, 건설기술인력의 수급·관리 및 활용을 위하여 전체예산의 78.91%, 건설기술인력에 대한 정보화사업비로 7.86%, 교육·연수·책자발간비로 10.57%, 건설기술자의 자질향상을 위한 연구개발비로 0.84%, 기타 경비로 1.81%를 사용하였고, 원고 협회의 2006년도 예산편성·집행내역의 비율에도 거의 변동이 없다.

(4) 원고 협회는 이 사건 부동산을 건설기술자의 경력신고 접수·관리 및 경력증명서 발급업무를 수행하는 용도 및 건설기술자에 대한 교육장 용도로 사용하고 있다.

(5) 그 밖에, 원고 협회는 ① 건설기술인들의 지식·정보의 수준을 고양하기 위하여 ‘건설기술인’이라는 제호의 잡지를 격월지로 발간해오고 있는데, 이 잡지는 건설기술자들의 기술력향상 및 국가기술경쟁력을 강화하기 위한 신기술·신공법과 그 연구·개발사례 등을 소개하기도 하고, ② 매년 약 5,000명의 건설기술인들에게 기술교육 및 정기 세미나를 실시해오고 있으며, ③ 우리나라 건설기술인 중에서 아시아태평양경제협력체(APEC) 기준에 부합하는 건설기술인을 등록·증명함으로써 건설기술인들의 국외 활동을 지원하고 있고, ④ 기술자의 사회적 지위향상 및 권익증진을 위해 2001년도부터 매년 3월 25일을 기술인의 날로 제정하여 유공기술자를 발굴 포상하고 아울러 건설기술자에게 불합리한 정책 및 제도를 발굴하여 그 시정을 요구해 오고 있으며, ⑤ 조달청의 전자조달시스템, 건설교통부의 건설산업종합전산망에 원고의 건설기술인에 대한 정보자료를 제공하고 있다.

(6) 내무부장관은 1997. 4. 22. 원고가 한 취득세 과세면제 법인에의 해당여부 질의에 대한 회신으로 원고가 구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제290조 제1항 제18호의 기술진흥단체에 해당하여 원고가 취득하는 부동산은 취득세와 등록세가 면제된다고 통보하였고, 건설교통부장관은 1997. 3. 6. 원고가 한 질의에 대한 회신으로 원고가 구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제290조 제1항 제18호에서 규정한 기술진흥단체에 해당한다고 통보하였다.

(7) 피고는 원고에게, ① 1997. 10. 24. 서울 강남구 논현동 238-5 소재 토지에 대한 등록세의 감면확인을 하였고, ② 1997. 12. 26. 서울 강남구 논현동 238-1 소재 토지에 대한 등록세의 감면확인을 하였으며, ③ 2000. 9. 15. 서울 강남구 논현동 65-2 소재 토지에 대한 취득세, 등록세의 감면통지를 하였다.

라. 판단

(1) 기술진흥단체인지 여부에 관하여

(가) 살피건대, 과세대상인 토지나 건축물 등이 비과세 또는 면제 대상임을 주장하여 비과세 또는 면제받기 위해서는 이를 주장하는 납세의무자가 그 면제요건 등에 해당함을 입증하여야 하는 것이고, 구 지방세법 제288조 제2항에 규정된 기술진흥단체라 함은 과학 및 산업기술을 연구·개발하여 이를 보급하거나 지원하는 것을 주된 목적으로 하는 단체를 의미한다고 할 것이므로 이러한 과학 및 산업기술의 연구와 개발 등이 부대사업의 하나에 불과한 경우에는 위 조항에서 정한 기술진흥단체로 볼 수 없다고 할 것이며, 또한 어느 단체가 이러한 기술진흥단체에 해당하는지 여부는 명칭 여하에 불문하고 설립근거 법령, 정관의 목적사업, 주된 수행업무 등 실질적인 활동내역, 예산집행상황 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것이다.

(나) 그런데, 앞서 본 바와 같이 원고의 설립근거가 된 건설기술관리법 제36조의8은 "건설기술자는 건설기술자의 품위유지 및 복리증진과 건설공사의 견실시공 및 품질관리의 향상을 위하여 건설기술인협회를 설립할 수 있다"고 규정함으로써 건설기술인들의 품위유지, 복리증진 등을 주된 목적으로 하는 법인설립을 예정하여 규정하고 있을 뿐 건설기술에 대한 연구·개발 등의 건설기술진흥을 주된 목적으로 하는 법인설립을 예정하고 있지는 않은 것으로 보여진다.

또한, 원고는 정관 제2조에서 그 설립목적에 관하여 "회원의 품위유지 및 복리증진과 건설공사의 견실시공 및 품질관리의 향상을 통하여 국가 건설기술 진흥 및 발전에 기여함을 목적으로 한다"고 규정하면서 이러한 목적을 달성하기 위하여 일반업무로서 건설기술자의 품위유지 및 자질향상을 위한 업무, 건설기술자의 복리증진 및 권익옹호를 위한 업무, 협회의 홍보와 간행물의 발행, 건설기술자의 관리 및 자질향상을 위한 연구업무, 아시아태평양경제협력체(APEC) 엔지니어 심사등록 업무, 기타 건설교통부장관이 위탁하는 업무를 수행하고, 이러한 일반업무를 효율적으로 수행하기 위하여 건설기술관리법에 의한 제증명서 발급, 건설기술자의 건설기술경력증 발급, 회원의 등록 및 관리, 회원의 교육에 관한 사항, 건설기술의 연구개발, 건설에 관련된 기술자문과 기술용역, 건설기술관리법 등에 의한 안전진단 및 유지관리업무, 회원의 무료 취업안내, 건설기술 자료의 축적, 건설기술 국제 세미나 참석 및 정보교류, 협회 공동 이용시설의 설치·운영 및 관리, 협회 재산 및 기타 부대시설의 임대 및 운영·관리, 기타 회원의 복리증진에 관한 업무를 수행할 수 있다고 규정하고 있어 원고의 설립목적과 수행하는 업무 또한 건설기술을 연구·개발하는 등의 건설기술진흥을 주된 목적으로 하고 있는 것으로 보기 어렵다.

나아가 앞에서 본 바와 같이, 원고 협회가 실제로 수행하는 주된 업무는 건설기술인의 경력신고 접수·관리 및 경력증명서 발급업무로서 협회 직원의 대다수가 이 업무를 수행하는데 관련이 있을 뿐만 아니라 협회 예산의 대부분도 이 업무를 수행하는데 사용되며 이 사건 건물 또한 주로 이 업무를 수행하는 용도로 사용되는데, 이러한 건설기술인의 경력신고 접수·관리 및 경력증명서 발급업무를 건설기술의 연구·개발을 주된 내용으로 한 기술진흥행위에 해당한다고 보기 어려운 점, 그 밖에 원고 협회가 수행하고 있는 건설기술인들의 지식·정보의 수준을 고양하기 위한 잡지 등의 발간, 건설기술인들에 대한 기술교육 및 정기 세미나 개최, 아시아태평양경제협력체(APEC) 기준에 부합하는 건설기술인의 등록·증명사무, 조달청의 전자조달시스템, 건설교통부의 건설산업종합전산망에 원고의 건설기술인에 대한 정보자료를 제공하는 등의 사무도 직접적으로 건설기술의 연구·개발을 주된 내용으로 한 기술진흥행위에 해당한다고 보기 어려운 점, 건설기술자의 자질향상을 위한 연구개발비로 전체예산 중 불과 0.84%를 편성하여 집행해오고 있는 점 등에 비추어 원고 협회는 건설기술을 연구·개발하는 등의 건설기술진흥을 주된 목적으로 하는 기술진흥단체로 보기 어렵다 할 것이다.

(다) 따라서, 원고 협회가 기술진흥단체임을 전제로 하는 원고의 이 부분 주장은 이유없다.

(2) 신뢰보호원칙에 반한다는 주장에 관하여

일반적으로 행정상의 법률관계에 있어서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는, 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 상응하는 어떠한 행위를 하였어야 하고, 넷째 행정청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, 마지막으로 위 견해표명에 따른 행정처분을 할 경우 이로 인하여 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아니어야 하는바, 원고가 주장하는 바와 같이 내무부장관 또는 건설교통부장관이 원고 협회를 기술진흥단체로 확인해주었다거나 피고가 종전에 원고가 취득한 재산들에 대하여 등록세 등을 면제해 주었다는 사정만으로는 피고가 비과세에 대한 어떠한 공적인 견해표명을 하였다거나 비과세관행이 성립되었다고 보기 어렵고 종전에 유사 사례에서 과세관청이 관계 법령에 대한 해석 착오로 잘못 판단하였다가 이 사건 각 처분으로 이를 시정하였던 것으로 봄이 상당하므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.