KILF 한국지방세연구원-지방세 법령정보시스템

2006두19570(20081127)

대통령령이 정하는 기업부설연구소용”에 직접 사용여부

답변요지

지방세법 제282조에서 "대통령령이 정하는 기업부설연구소용"에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 면제하도록 규정하면서 동법시행령 제228조에서 "취득후 4년내 기준을 갖추고 과학기술부장관으로부터 인정을 받은 연구소"로 규정한 것은 법률위임범위를 일탈한 규정이 아니며 이에 해당되지 아니하는 이상 취득세 등을 추징한 것은 적법

본문

상고이유(상고이유서 제출기간 경과 후에 제출된 상고이유 보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.

1. 상고이유 제2, 3점에 대하여

어느 시행령의 규정이 모법의 위임범위를 벗어난 것인지 여부를 판단함에 있어서 중요한 기준 중 하나는 예측가능성인바, 이는 당해 시행령의 내용이 이미 모법에서 구체적으로 위임되어 있는 사항을 규정한 것으로서 누구라도 모법 자체로부터 그 위임된 내용의 대강을 예측할 수 있는 범위 내에 속한 것이어야 함을 의미하고, 이러한 예측가능성의 유무는 당해 특정조항 하나만을 가지고 판단할 것은 아니고 법률의 입법 취지 등을 고려하여 관련 법조항 전체를 유기적ㆍ체계적으로 종합하여 판단하여야 한다.

구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제282조(이하 ‘이 사건 법률조항‘이라 한다)는 "대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(…)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하며, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 및 종합토지세를 면제한다. 다만, 연구소 설치 후 2년 이내에 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다"고 규정하고 있으며, 이 사건 법률조항의 위임을 받은 구 지방세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17052호로 개정되기 전의 것) 제228조(이하 ’이 사건 시행령조항‘이라 한다)는 "법 제282조에서 ’대통령령이 정하는 기업부설연구소‘라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법 시행령 제14조의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 과학기술처장관의 인정을 받은 것을 말한다"고 규정하고 있는바, 위와 같이 기업부설연구소용 부동산 취득에 대하여 면세혜택을 주는 것은 기업의 과학기술연구를 장려하여 고도의 기술혁신을 이룩하는 데 그 취지가 있다 할 것이다(대법원 1987. 10. 26. 선고 85누444 판결 참조).

그런데 ① 이 사건 시행령조항은 취득세와 등록세(이하 ‘취득세 등’이라 한다)의 면제요건의 전제가 되는 ‘기업부설연구소’의 범위를 정한 것으로서 이 사건 법률조항 본문의 구체적인 위임사항을 규정한 것임이 명백한 점, ② 이 사건 시행령조항 중 위 기업부설연구소에 해당하기 위한 첫째 조건인 ‘기술개발촉진법 시행령 제14조의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 과학기술처장관의 인정을 받은 것’이라는 부분은 기업부설연구소의 인적ㆍ물적 시설의 기준을 의미하는 것으로서 이는 이 사건 법률조항 자체로부터 예측될 수 있는 점, ③ 또 다른 조건인 ‘토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 과학기술처장관의 인정을 받은 것’이라는 부분은 이 사건 법률조항의 입법 취지 등에 비추어 볼 때 취득세 등을 면제받기 위하여는 당연히 기업부설연구소를 설치하여야 하는데, 다만 그 설치에 필요한 기간은 기업부설연구소의 인적ㆍ물적 시설의 기준이 시대상황에 따라 수시로 변경될 수 있는 점을 고려하여 이 사건 법률조항이 보다 탄력성이 있는 대통령령에 위임함에 따라 이 사건 시행령조항에서 규정한 것으로서 이 또한 예측가능한 범위 내에 속하여 위임받은 한계를 벗어났다고 보기 어려운 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 시행령조항이 모법의 위임범위를 벗어난 무효의 규정이라고 할 수 없다.

같은 취지의 원심의 판단은 정당하고, 거기에 상고이유로서 주장하는 바와 같은 취득세 등의 면제요건 등에 관한 법리오해의 위법이 없다.

2. 상고이유 제1점에 대하여

기업부설연구소용에 직접 사용하기 위한 목적으로 부동산을 취득하기만 하면 취득세 등이 면제되어야 한다는 이 부분 주장은 원고가 원심에서는 주장하지 아니하다가 상고이유에서 비로소 주장하는 새로운 사실이고 직권조사사항도 아니므로, 적법한 상고이유가 될 수 없다.

3. 결론

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2006. 11. 9. 선고 2006누2673 판결】

【주문】 처분청승소

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 00 주식회사(이하 ‘00’이라고 한다)는 1999. 3. 31. 학교법인 00로부터 서울 00구 00동 219-5 대 21,786㎡ 및 그 지상 철근콘크리트조 스라브지븡 3층 교육연구시설 1층 2,231.97㎡, 2층 2,187.97㎡, 3층 2,167.14㎡, 지하층 818.98㎡, 옥탑 84.96㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)를 330억 원에 취득하였다.

나. 00은 1999. 4. 2.경 피고에게, 이 사건 부동산의 취득과 관련하여 취득세, 등록세, 농어촌특별세, 교육세(이하 ‘취득세 등’이라고 한다)를 신고하면서 이 사건 부동산 중 임대 부분(건물 연면적 11,677.87㎡ 중 3,161.21㎡ 임대, 토지 21,786㎡ 중 10,946㎡ 임대)을 제외한 나머지 부분(건물 8,516.66㎡, 토지 10,840㎡, 안분 취득가액 합계 16,929,529,150원, 이하 ‘이 사건 쟁점 부동산’이라고 한다)은 지방세법(1999. 2. 5. 법률 제5758호로 개정되고 2000. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제282조의 규정에 의한 기업부설 연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이라는 이유로, 이 사건 쟁점 부동산에 해당하는 취득세 등을 감면하여 줄 것을 신청하였다.

다. 피고는 1999. 4. 2. 원고의 위 신청을 받아들여, 원고에 대하여 이 사건 쟁점 부동산의 취득과 관련한 취득세 338,590,580원, 농어촌특별세 67,718,110원, 등록세 507,885,870원, 교육세 101,577,170원을 감면하였다.

라. 한편, 00은 2000. 9. 4. 00 주식회사(이하 ‘구 00’라고 한다)에 흡수합병되었고, 구 00은 2002. 4. 2. 법인을 분할하면서 존속 법인의 상호를 주식회사 00(이하 ‘00’라고 한다)로 하였고, 신설 법인의 상호를 00 주식회사(이하 ‘신 00’라고 한다)로 하였다. 이 과정에서 이 사건 부동산에 관하여 2002. 4. 2. 분할을 원인으로 한 신 00 명의의 소유권이전등기가 경료되었다.

마. 00은 2003. 3. 4. 원고(당시 상호는 주식회사 00)에 흡수합병되었다.

바. 신 00은 2003. 3. 21. 위 같은 동 219-5 대 21,786㎡ 토지에서 분할된 같은 동 219-24 대 10,558㎡ 지상에 지하 4층, 지상 9층의 건물(00정보통신 00동 단말통합연구소)을 신축하는 건축허가를 받았다. 이에 신 00은 이 사건 부동산 중 건물 부분을 멸실하고 위 건축허가 대상 건물을 신축하여 2004. 10. 14. 신 건물의 사용승인을 받은 다음, 2004. 11. 17. 한국산업기술진흥협회장으로부터(기술개발촉진법 제16조의 규정에 의하여 과학기술부장관으로부터 권한을 위임 받음) 신 건물에 관하여 기술개발촉진법 시행령 제15조 제1항의 규정에 의한 기업부설 연구소임을 인정받았다.

사. 한편, 원고는 이 사건 부동산을 취득하고 4년이 경과한 후에도 「지방세법」제120조 제3항에 의한 취득세 신고 납부와 제150조의2 제3항에 의한 등록세 신고 납부를 하지 않았고 농어촌특별세법 및 교육세법에 의한 농어촌특별세 및 교육세 신고 납부도 하지 않았다. 이에 피고는 2004. 12. 10. 원고에게, 취득세 등이 감면된 이 사건 쟁점 부동산을 4년 이내에 기업부설 연구소용으로 이용하지 아니하여 감면요건이 불이행되었음을 이유로, 지방세법 제282조, 같은 법 시행령(2004. 12. 30. 대통령령 제18610호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제228조의 규정을 적용하여 감면된 취득세 등과 동 세액에 대한 00세를 부과하여, 취득세 338,590,580원, 동 00세 67,718,110원, 등록세 507,885,870원, 동 00세 101,577,170원과 농어촌특별세 37,244,950원(00세 3,385,000원 포함), 교육세 111,734,880원(00세 10,157,710원 포함)을 부과하는 이 사건 부과처분을 하였다.

[인정근거] 갑 제1 내지 4호증, 갑 제7호증의 1, 2, 갑 제8호증, 갑 제9호증의 1, 2, 을 제1 내지 9호증(가지 번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지.

2. 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

다음과 같은 사유로 이 사건 부과처분은 위법하다.

⑴ 지방세법 제282조(이하 ‘이 사건 법률조항’이라고 한다)는 ‘대통령령이 정하는 기업부설 연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제’하도록 규정하여 취득세 등의 감면요건으로 기업부설 연구소의 개념, 인적·물적 기준만을 대통령령에 위임하고, 유예기간 및 추징요건에 대하여는 별도로 위임하지 않고 있다. 그럼에도 불구하고, 지방세법 시행령 제228조(이하 ‘이 사건 시행령 조항’이라고 한다)는 위 기업부설 연구소의 개념을 정의하면서 감면요건 또는 추징요건으로 4년이라는 유예기간을 설정함으로써, 모법의 위임범위를 넘어 아무런 위임근거 없이 추징요건을 창설적으로 규정하였으므로 위헌 무효이다.

⑵ 법인의 분할은 그 경제적 동일성이 유지되는 점과 기업의 기술개발지원을 위한 이 사건 법률조항의 입법 취지에 비추어 보면, 법인이 분할된 경우에는 유예기간이 분할 시로부터 기산된다 할 것이고, 단지 분할을 원인으로 한 소유권이전등기가 경료되었다는 사유만으로 감면받은 세액을 추징할 수 없다.

나. 관련 법령

별지 관련 법령 기재와 같다.

다. 판단

⑴ 이 사건 시행령 조항의 무효 주장에 관하여

㈎ 조세의 감면에 관한 규정은 조세의 부과 · 징수의 요건이나 절차와 직접 관련되는 것은 아니지만, 조세란 공공경비를 국민에게 강제적으로 배분하는 것으로서 납세의무자 상호간에는 조세의 전가관계가 있으므로 특정인이나 특정계층에 대하여 정당한 이유 없이 조세감면의 우대조치를 하는 것은 특정한 납세자군이 조세의 부담을 다른 납세자군의 부담으로 떠맡기는 것에 다름 아니므로 조세감면의 근거 역시 법률로 정하여야만 하는 것이 국민주권주의나 법치주의의 원리에 부응하는 것이다. 그런데, 조세감면의 우대조치는 조세평등주의에 반하고 국가나 지방자치단체의 재원의 포기이기도 하여 가급적 억제되어야 하고 그 범위를 확대하는 것은 결코 바람직하지 못하므로 특히 정책목표 달성에 필요한 경우에 그 면제혜택을 받는 자의 요건을 엄격히 하여 극히 한정된 범위 내에서 예외적으로 허용되어야 한다(헌법재판소 1996. 6. 26. 93헌바2 결정 참조). 또한, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 참조).

㈏ 한편, 헌법 제75조는 "대통령은 법률에서 구체적으로 범위를 정하여 위임받은 사항……에 관하여 대통령령을 발할 수 있다"라고 규정함으로써 위임입법의 근거를 마련함과 동시에 위임은 반드시 구체적 · 개별적으로 행하여질 것을 요구하고 있는바, 법률에 미리 대통령령으로 규정될 내용 및 범위의 기본사항을 구체적으로 규정하여 둠으로써 행정권에 의한 자의적인 법률의 해석과 집행을 방지하고 의회입법의 원칙과 법치주의를 달성하고자 하는 헌법 제75조의 취지에 비추어 볼 때 위 "구체적으로 범위를 정하여"란 법률에 대통령령 등 하위법규에 규정될 내용 및 범위의 기본사항이 가능한 한 구체적이고도 명확하게 규정되어 있어서 누구라도 당해 법률 그 자체로부터 대통령령 등에 규정될 내용의 대강을 예측할 수 있음을 의미한다 할 것이고, 위 예측가능성의 유무는 당해 특정조항 하나만을 가지고 판단할 것이 아니라 관련 법조항 전체를 유기적 · 체계적으로 종합 판단하여야 하며 각 대상법률의 성질에 따라 구체적 · 개별적으로 검토하여야 할 것이다(헌법재판소 1995. 10. 26. 선고 93헌바62 결정 참조). 그리고 위임의 구체성 · 명확성의 요구 정도는 그 규율대상의 종류와 성격에 따라 달라질 것이지만 특히 처벌법규나 조세법규와 같이 국민의 기본권을 직접적으로 제한하거나 침해할 소지가 있는 법규에서는 구체성 · 명확성의 요구가 강화되어 그 위임의 요건과 범위가 일반적인 급부행정의 경우보다 더 엄격하게 제한적으로 규정되어야 하는 반면에, 규율대상이 지극히 다양하거나 수시로 변화하는 성질의 것일 때에는 위임의 구체성 · 명확성의 요건이 완화될 수도 있을 것이며, 그 밖에 조세감면규정의 경우에는 법률의 구체적인 근거 없이 대통령령에서 감면대상 · 감면비율 등 국민의 납세의무에 직접 영향을 미치는 감면요건 등을 규정하였는가 여부도 중요한 판단기준으로 삼을 수 있을 것이다(헌법재판소 1997. 2. 20. 95헌바27 결정 참조).

㈐ 이 사건 법률조항은 ‘대통령령이 정하는 기업부설연구소’용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세 및 등록세를 면제하고, 연구소 설치 후 2년 내에 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 면제된 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고 있다. 이에 따라 이 사건 시행령 조항은 위 법률조항의 ‘대통령령이 정하는 기업부설연구소’를 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법(2005. 12. 30. 법률 제7809호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 과학기술부장관의 인정을 받은 것으로 규정하고 있다. 한편, 기술개발촉진법 시행령(2004. 12. 3. 대통령령 제18594호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제1항에 의하면, 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호에서 정하는 기업부설 연구소는 구체적으로 일정한 인적·물적 시설을 갖춘 기업부설 연구기관으로서 과학기술부장관의 인정을 받은 기관을 의미한다.

살피건대, 위 법령 규정들에 의하면 이 사건 법률조항은 핵심 산업기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업을 지원하기 위한 목적으로 일정한 인적·물적 시설을 갖춘 기업부설 연구소를 설립하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 정책적으로 그 취득세 및 등록세를 면제하여 주는 전형적인 조세감면규정의 하나라고 할 것이다. 그런데, 이 사건 법률조항은 취득세 및 등록세를 면제받을 수 있는 ‘기업부설 연구소’의 개념을 대통령령에 위임하고 있고, 이에 따라 이 사건 시행령 조항은 위 ‘기업부설 연구소’로 인정받기 위하여는 ① 위 기술개발촉진법령의 기준에 해당하는 기업부설 연구소로서 과학기술부장관의 인정을 받을 것과 ② 당해 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내 위 ①항의 요건을 갖출 것을 요구하고 있다. 이 사건 시행령 조항이 규정하고 있는 위 ①항의 요건은 기업부설 연구소의 인적·물적 시설의 기준을 의미하는 것으로서, 위와 같은 기준은 시대상황에 맞게 수시로 변경될 수 있는 사항인 점 및 앞서 본 이 사건 법률조항과 위 기술개발촉진법 규정의 내용, 이 사건 법률조항의 입법취지 등을 종합하면, 위 ①항의 요건에 대하여는 구체적인 범위가 정하여져서 대통령령에 위임되고 있음을 충분히 인정할 수 있다. 다만, 이 사건 시행령 조항이 정하고 있는 위 ②항의 요건이 이 사건 법률조항의 위임의 범위를 일탈하였는지에 관하여는 논란이 있으므로 아래에서 살펴본다.

㈑ 이 사건 법률조항의 본문은 일응 ‘기업부설 연구소용으로 사용한다는 목적’을 가지고 부동산을 취득하면 그 당시에 즉시 취득세 및 등록세를 면제한다고 규정하고 있고, 그 단서는 연구소 설치 후 2년 내에 연구소의 폐지 또는 용도 전용 등 연구소 설치 후의 사정변경이 있으면 취득세 및 등록세를 추징한다고 규정하고 있는바, 위 본문은 ‘취득세 및 등록세의 감면요건’을, 그 단서는 ‘취득세 및 등록세의 추징요건’을 각 규정하고 있다고 할 수 있다. 그런데, 앞서 본 바와 같이 이 사건 법률조항이 취득세 및 등록세를 면제하는 이유는 일정 수준의 기업부설 연구소의 설립을 장려하기 위한 정책적인 목적을 달성하기 위한 것이므로, 위와 같은 취득세 및 등록세의 면세 혜택을 향유하기 위하여는 ‘일정 기간 내 기업부설 연구소의 설립’이 전제가 되어야 함은 당연한 논리적 귀결이라고 할 것이다. 왜냐하면, 만일 위와 같은 전제가 인정되지 않는다고 하면, ‘연구소를 설립한다는 목적’만을 신고함으로써 취득세 및 등록세를 면제받은 후 ① 연구소를 설립하지 않은 채 당해 부동산의 소유권을 이전하는 경우 또는 ② 연구소를 무한정 설립하지 않는 경우에도 단지 이 사건 법률조항 단서가 규정하고 있는 추징 요건에 해당하지 않는다는 이유로 취득세 및 등록세의 면제 상태를 그대로 유지하는 것은 조세평등원칙에 비추어 매우 부당하고 이는 입법자가 의도하는 바도 아니기 때문이다.

그렇다면, 입법자는 기업부설 연구소의 설립을 더욱 적극적으로 장려할 목적으로, 부동산을 취득할 당시에 취득세 및 등록세를 납부하게 한 다음 과학기술부장관이 인정하는 기업부설 연구소가 설립된 이후 환급하는 방식 등을 취하지 않고, 기업부설 연구소를 설립할 목적을 밝히기만 하면 일단 부동산 취득세 및 등록세의 납부를 면제하고 실제 기업부설 연구소의 설립에 필요한 기간을 정한 다음 그 기한까지 연구소가 설치되지 않으면 비로소 취득세 및 등록세를 부과하는 방식을 택하고 있다고 보인다. 나아가 입법자는 앞서 본 바와 같이 ‘과학기술부장관이 인정하는 기업부설 연구소의 인적·물적 설비 기준’이 시대상황에 맞게 수시로 변경될 수 있고 이에 맞추어 ‘기업부설 연구소의 설립에 실제 필요한 기간’ 역시 변경될 수밖에 없다는 점을 고려하여 ‘기업부설 연구소의 설립에 필요한 기간’을 일률적으로 법률에 규정하는 것은 바람직하지 않다고 판단하고 이에 대해서도 이 사건 법률조항 중 ‘대통령령이 정하는 기업부설 연구소’ 부분에 위임한 것으로 해석하여야 할 것이다.

요컨대 입법자는, ‘연구소 설치 이후의 연구소 폐쇄 또는 용도 변경 등의 사정 변경’은 수시로 변동하거나 매우 세부적인 사항이 아니라 그 의미가 명확하고 확정적인 점을 고려하여 이 사건 법률조항 단서에서 직접 추징요건으로 규정하고 있으나, 이 사건 법률조항 본문에서는 취득세 및 등록세의 감면 요건으로서 ‘일정 기간 내 연구소 설치’를 당연히 전제한 다음 그 설치기한은 연구소의 규모에 따라 수시로 변경될 수 있다는 점을 고려하여 이를 대통령령(이 사건 시행령)에 위임하고 있는 것이다. 따라서, 이 사건 법률조항의 취득세 및 등록세 감면 요건은 ‘과학기술부장관이 인정하는 기업부설 연구소 설립 목적의 부동산 취득’ 및 ‘위 연구소용 부동산 취득 후 4년 이내의 실제 설립’인바, 기업부설 연구소가 위 기간 내에 설립되지 않으면(해제조건) 종국적으로 감면요건이 이행되지 못하게 되어 취득세 면제의 효과는 위 해제조건의 성취 시점인 ‘당해 부동산 취득일로부터 4년을 경과한 시점’부터 소멸한다고 할 것이다.

한편 위와 같은 이 사건 법률조항의 해석에 비추어 보면, 기업부설 연구소용 부동산을 취득하여 취득세 및 등록세를 면제받은 후 4년의 유예기간 내에 위 연구소를 설치하지 못한 이 사건의 경우는 「지방세법」제120조 제3항 및 제150조의2 제3항에서 각 정하고 있는 ‘이 법에 의하여 취득세 및 등록세를 과세면제 받은 후 당해 과세물건이 취득세 및 등록세 부과대상이 된 때’에 해당한다고 할 것이다. 그런데 위 지방세법 규정들에 의하면, 위와 같이 다시 취득세 및 등록세 부과대상이 된 경우에는 그 사유발생일로부터 30일 이내에 취득세 및 등록세를 신고 납부하도록 되어 있는바, 원고는 이 사건 부동산을 취득하고 4년이 경과한 후에도 30일 이내에 취득세 및 등록세 신고를 하지 않았으므로 위 유예기간 경과시점을 기준으로 한 이 사건 신고불성실 00세 부과 처분은 적법하다. 또한, 농어촌특별세법(1999. 2. 5. 법률 제5758호로 개정되고 2000. 1. 1. 시행되기 전의 것) 제7조, 제11조에 의하면 지방세법에 의한 취득세에 대한 농어촌특별세는 당해 취득세를 신고 납부할 때 함께 신고 납부하여야 하고 이를 이행하지 않을 경우 00세가 부과되고, 교육세법(1999. 12. 3. 법률 제6032호로 개정되기 전의 것) 제9조, 제11조에 의하면 지방세법에 의한 등록세에 대한 교육세는 당해 등록세를 신고 납부할 때 함께 신고 납부하여야 하고 이를 이행하지 않을 경우 00세가 부과되는바, 앞서 본 바와 같이 원고가 4년이 경과한 후에도 30일 이내에 취득세 및 등록세 신고는 물론 농어촌특별세 및 교육세 신고 납부를 하지 않았으므로 각각에 대한 00세 부과 처분 역시 적법하다고 할 것이다.

㈒ 결국 위와 같은 이 사건 법률조항의 입법취지, 이 사건 취득세의 감면 방식, 이 사건 법률조항과 관련 기술개발촉진법 규정의 내용 등에 비추어 볼 때, ‘기업부설 연구소의 설립에 실제 필요한 기간’을 4년으로 정한 이 사건 시행령 규정은 예측 가능한 사항으로서 이 사건 법률 규정의 위임 범위를 벗어났다고 할 수 없으므로, 이 사건 시행령 규정이 무효라는 주장은 이유 없다.

⑵ 법인 분할 시 취득세 및 등록세에 대한 유예기간의 기산일 주장에 관하여

앞서 본 바와 같이 이 사건 부동산을 본래 취득한 00은 2000. 9. 4. 구 00에 흡수합병되었고, 구 00은 2002. 4. 2. 존속법인의 상호를 00로, 신설법인의 상호를 신 00로 분할되었는데 이 과정에서 이 사건 부동산의 소유권이 신 00에게 이전되었으며, 00은 2003. 3. 4. 다시 원고에게 흡수합병되었다.

살피건대, 회사합병이 있는 경우에는 피합병회사의 권리 · 의무는 사법상의 관계나 공법상의 관계를 불문하고 그의 성질상 이전을 허용하지 않는 것을 제외하고는 모두 합병으로 인하여 존속한 회사에게 승계되는 것으로 보아야 할 것이므로(대법원 2004. 7. 8. 선고 2002두1946 판결 참조), 00을 흡수합병한 구 00은 이 사건 쟁점 부동산에 과학기술부장관의 인정을 받은 기업부설 연구소를 4년 이내에 설치하여야 하고 이를 이행하지 않을 경우 「지방세법」제15조(법인의 합병으로 인한 납세의무의 승계)에 의하여 이 사건 쟁점 부동산에 대한 취득세 등을 납부할 의무를 부담한다. 그런데 구 00은 원고(분할 당시 00) 및 이 사건 쟁점 부동산의 소유권을 이전받은 신 00로 다시 분할되었고 이 사건 쟁점 부동산에 기업부설 연구소가 위 부동산 취득시로부터 4년 이내에 설치되지 않았으므로, 법인의 분할시 연대납세의무를 규정한 「지방세법」제18조와 이 사건 법률조항에 의하여 원고는 이 사건 쟁점 부동산에 관한 취득세 등을 납부할 의무를 부담한다고 할 것이나, 단지 기업분할을 원인으로 하여 이 사건 쟁점 부동산의 소유권이 이전되었다는 사유만으로는 이 사건 취득세 및 등록세의 면제효력이 소멸하는 것은 아니라고 할 것이다.

한편, 기업 분할시 연구소 설치의무 유예기간의 기산점이 변경된다는 원고의 주장은 실정법상 아무런 근거가 없을 뿐만 아니라 원고의 주장을 따를 경우 기업분할을 거듭하면 위 유예기간이 무한정 연장될 수밖에 없어 유예기간 설정 제도의 의의가 상실되어 매우 부당하다는 점에 비추어 이를 받아들이지 않는다.

3. 결론

결국, 감면요건이 불이행되었음을 사유로 한 이 사건 부과처분은 적법하다고 할 것이므로 위 처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 없다. 따라서 이와 결론을 달리한 제1심 판결은 더 이상 유지될 수 없어 이를 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【관계법령】

지방세법(1999. 2. 5. 법률 제5758호로 개정되고 2000. 1. 1. 시행되기 전의 것)

제282조 (기업부설연구소에 대한 감면) 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배이내의 것에 한한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하며, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 및 종합토지세를 면제한다. 다만, 연구소 설치후 2년이내에 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

제15조 (법인의 합병으로 인한 납세의무의 승계) 법인이 합병하였을 경우에 합병후 존속하는 법인과 합병으로 인하여 설립된 법인은 합병으로 인하여 소멸된 법인(이하 피합병법인이라 한다)의 합병전의 사실에 대하여 부과할 지방자치단체의 징수금 또는 피합병법인이 납부 또는 납입할 지방자치단체의 징수금을 납부 또는 납입할 의무를 진다.

제18조 (공유물, 공동사업의 연대납세의무)

①공유물(공동주택의 경우에는 제외한다), 공동사용물, 공동사업 또는 이로 인하여 생긴 재산에 대한 지방자치단체의 징수금은 공유자,공동사용자 또는 공동사업자가 연대하여 납부할 의무를 진다.<개정 1962.12.29, 1979.12.28>

②공유물, 공동사용물 또는 공동사업에 관계되어 특별징수의무를 지는 경우에는 공유자, 공동사용자 또는 공동사업자가 연대하여 납입할 의무를 진다.<개정 1962.12.29>

③제1항 및 제2항의 연대납세의무 또는 연대납입의무는 민법 제413조 내지 제416조와 제419조, 제421조, 제423조 및 제425조 내지 제427조의 규정을 준용한다.<개정 1978.12.6, 1994.12.22>

제120조 (신고납부)

①취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날부터 30일[상속으로 인한 경우는 상속개시일부터, 실종으로 인한 경우는 실종선고일부터 각각 6월(납세자가 외국에 주소를 둔 경우에는 각각 9월)]이내에 이를 신고함과 동시에 당해신고과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액(이하 "신고세액"이라 한다)을 신고납부하여야 한다.<개정 1973.3.12, 1984.12.24, 1988.12.26, 1994.12.22, 1995.12.6, 1997.8.30>

②취득세 과세물건을 취득한 후에 당해 과세물건이 제112조제2항·제3항 또는 제5항의 규정에 의한 세율의 적용대상이 된 때에는 대통령령이 정하는 날부터 30일이내에 제112조제2항 또는 제3항의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액(00세를 제외한다)을 공제한 금액을 세액으로 하여 신고납부하여야 한다.<신설 1994.12.22>

③이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일이내에 당해 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(00세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 신고납부하여야 한다.<신설 1994.12.22>

제121조 (부족세액의 추징 및 00세)

①취득세납세의무자가 제120조의 규정에 의한 신고납부를 하지 아니하거나 신고납부세액이 제111조 및 제112조의 규정에 의한 산출세액에 미달한 때에는 제111조 및 제112조의 규정에 의하여 산출한 세액 또는 그 부족세액에 100분의 20을 00한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다.<개정 1979.12.28, 1994.12.22>

제150조의2 (신고납부)

①등기 또는 등록을 하고자 하는 자는 제130조의 규정에 의한 과세표준액에 제131조 내지 제149조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 등기 또는 등록을 하기 전까지 신고납부하여야 한다.<개정 1998.12.31>

②등록세 과세물건을 등기 또는 등록한 후에 당해 과세물건이 제132조의2제3항 또는 제138조의 규정에 의한 세율의 적용대상이 된 때에는 대통령령이 정하는 날부터 30일이내에 제132조의2제3항 또는 제138조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액(00세를 제외한다)을 공제한 금액을 세액으로 하여 신고납부하여야 한다.

③이 법 또는 다른 법령에 의하여 등록세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 등록세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일이내에 당해 과세표준에 제131조 내지 제149조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(00세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 신고납부하여야 한다.

제151조 (부족세액의 추징 및 00세) 등록세 납세의무자가 제150조의2의 규정에 의한 신고납부를 하지 아니하거나 신고납부한 세액이 제130조 내지 제149조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에 미달한 때에는 제130조의 규정에 의한 과세표준에 제131조 내지 제149조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액 또는 부족세액에 100분의 20을 00한 금액을 세액으로 하여 보통징수방법에 의하여 징수한다.<개정 1994.12.22>

지방세법(2003. 12. 31. 법률 제7052호로 개정되고 2005. 1. 1. 시행되기 전의 것)

제120조 (신고 및 납부)

①취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날부터 30일[상속으로 인한 경우는 상속개시일부터, 실종으로 인한 경우는 실종선고일부터 각각 6월(납세자가 외국에 주소를 둔 경우에는 각각 9월)]이내에 그 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다. <개정 1973.3.12, 1984.12.24, 1988.12.26, 1994.12.22, 1995.12.6, 1997.8.30, 2003.12.30>

②취득세 과세물건을 취득한 후에 당해 과세물건이 제112조제2항 또는 제3항의 규정에 의한 세율의 적용대상이 된 때에는 대통령령이 정하는 날부터 30일이내에 제112조제2항 또는 제3항의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액(00세를 제외한다)을 공제한 금액을 세액으로 하여 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다. <신설 1994.12.22, 2000.12.29, 2003.12.30>

제121조 (부족세액의 추징 및 00세)

①취득세 납세의무자가 제120조의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제111조 및 제112조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각호의 00세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다. <개정 2003.12.30>

1. 제120조의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 신고불성실00세

2. 제120조의 규정에 의하여 납부하지 아니하였거나 산출세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 부족한 세액에 금융기관의 연체이자율을 참작하여 대통령령이 정하는 율(이하 "00율"이라 한다)과 납부지연일자를 곱하여 산출한 납부불성실00세

제150조의2 (신고 및 납부)

①등기 또는 등록을 하고자 하는 자는 제130조의 규정에 의한 과세표준액에 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 등기 또는 등록을 하기 전까지 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다. <개정 1998.12.31, 2001.12.29, 2003.12.30>

②등록세 과세물건을 등기 또는 등록한 후에 당해 과세물건이 제138조의 규정에 의한 세율의 적용대상이 된 때에는 대통령령이 정하는 날부터 30일이내에 제138조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액(00세를 제외한다)을 공제한 금액을 세액으로 하여 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다. <개정 2000.12.29, 2003.12.30>

③이 법 또는 다른 법령에 의하여 등록세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 등록세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일이내에 당해 과세표준에 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(00세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다. <개정 2001.12.29, 2003.12.30>

제151조 (부족세액의 추징 및 00세) 등록세 납세의무자가 제150조의2제1항 내지 제3항의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제130조 내지 제143조, 제145조 및 제146조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각호의 00세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다.

1. 제150조의2제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 신고불성실00세

2. 제150조의2제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 납부하지 아니하였거나 산출세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 부족한 세액에 제121조제1항제2호의 규정에 의한 00율과 납부지연일자를 곱하여 산출한 납부불성실00세

제260조의2 (납세의무자) 지방교육의 질적 향상에 필요한 지방교육재정의 확충에 소요되는 재원을 확보하기 위하여 이 법의 규정에 의한 등록세(제196조의2의 규정에 의한 자동차의 등록에 대한 등록세를 제외한다), 레저세, 주민세균등할, 재산세, 비영업용 승용자동차(비영업용 기타 승용자동차를 포함한다)에 대한 자동차세(국가 또는 지방자치단체를 제외한다), 담배소비세 및 종합토지세의 납세의무자는 지방교육세를 납부할 의무를 진다. <개정 2001.12.29>

제282조 (기업부설연구소용 부동산에 대한 면제) 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 및 종합토지세를 면제한다. 다만, 연구소 설치후 4년 이내에 정당한 사유없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다. <개정 2003.12.30>

부칙 제9조 (일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 의한다.

지방세법 시행령(2004. 12. 30. 대통령령 제18610호로 개정되기 전의 것)

제228조 (기업부설연구소) 법 제282조에서 "대통령령이 정하는 기업부설연구소"라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말한다.

기술개발촉진법(2005. 12. 30. 법률 제7809호로 개정되기 전의 것)

제7조 (특정연구개발사업의 추진 등)① 과학기술부장관은 핵심산업기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업(이하 "특정연구개발사업"이라 한다)에 관한 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 다음 각호의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다. 이 경우 제2호의 기관중 대표권이 없는 기관에 대하여는 그 기관이 속한 법인의 대표자와 협약할 수 있다.2. 연구인력·시설 등 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소(이하 "기업연구소"라 한다)

기술개발촉진법 시행령(2004. 12. 3. 대통령령 제18594호로 개정되기 전의 것)

제15조 (특정연구개발사업 참여기관 등의 기준)① 법 제7조제1항제2호에서 "대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소"라 함은 다음 각호의 구분에 따른 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서, 과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 과학기술부장관의 인정을 받은 기관을 말한다. 이 경우 과학기술부장관이 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정하는 때에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다.1. 중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업자가 설립한 기업부설연구소 : 5인 이상2. 국외에 있는 기업부설연구소 : 5인 이상3. 과학기술부령이 정하는 과학기술분야연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업 또는 벤처기업육성에관한특별조치법 제2조의 규정에 의한 벤처기업이 설립하는 기업부설연구소 : 2인 이상(창업일부터 5년간에 한한다)4. 제1호 내지 제3호 외의 기업부설연구소 : 10인 이상② 제1항의 규정에 의한 연구전담요원은 자연계분야의 학사 이상의 학위를 가졌거나 국가기술자격법에 의한 기술·기능계의 기사 이상의 기술자격을 가진 자이어야 한다. 다만, 정보처리분야 또는 산업디자인 분야의 연구전담요원의 경우에는 자연계분야가 아닌 분야의 학사학위를 가진 자로 할 수 있다.③ 제2항의 규정에 불구하고 중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업의 부설연구소의 경우에는 전문대학에서 자연계분야에 관한 학과의 소정의 과정을 마치고 졸업한 자 또는 이와 동등 이상의 학력이 있다고 인정되거나 국가기술자격법에 의한 기술·기능계의 산업기사의 기술자격을 가진 자로서 해당 연구분야에 2년 이상 근무한 자를 연구전담요원으로 할 수 있다. 다만, 정보처리분야 또는 산업디자인분야의 연구전담요원의 경우에는 자연계분야가 아닌 분야의 학력을 가진 자로 할 수 있다.

기술개발촉진법 시행규칙(2006. 4. 24. 부령 제598호로 개정되기 전의 것)

제7조 (기업부설연구소의 신고 등) ② 영 제15조제1항의 규정에 의하여 기업부설연구소로 인정을 받고자 하는 자는 별지 제7호서식에 의한 신고서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 협회장에게 제출하여야 한다.1. 연구사업개요서 1부2. 연구소의 조직 및 직원 현황 1부3. 연구시설명세서 1부4. 중소기업 또는 벤처기업이 설립한 기업부설연구소임을 입증하는 서류 1부(중소기업 또는 벤처기업이 설립한 기업부설연구소에 한한다)5. 제1항의 규정에 의한 연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업의 부설연구소임을 입증하는 서류 1부(연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업의 부설연구소에 한한다)③ 협회장은 제2항의 규정에 의한 신고를 받고 기업부설연구소로 인정하는 때에는 별지 제8호서식에 의한 기업부설연구소인정서를 교부하여야 한다.④ 영 제15조제1항의 규정에 의한 기업부설연구소의 신고에 관하여 그 밖의 필요한 사항은 과학기술부장관이 따로 정하여 고시한다.

농어촌특별세법(1999. 2. 5. 법률 제5758호로 개정되고 2000. 1. 1. 시행되기 전의 것)

제3조 (납세의무자) 다음 각호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.<개정 1994.12.22, 1998.12.28>

5. 지방세법에 의한 취득세 또는 경주·마권세의 납세의무자

제5조 (과세표준과 세율)

①농어촌특별세는 다음 각호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.<개정 1994.12.22, 1998.12.28>

6. 지방세법에 의하여 납부하여야 할 취득세액의 100분의 10

제7조 (신고·납부등)

④제5조제1항제3호 내지 제7호의 규정에 의한 농어촌특별세는 당해 본세를 신고·납부(동항제3호의 경우에는 중간예납을 제외한다)하거나 거래징수(증권거래세법 제9조의 규정에 의한 거래징수를 말한다. 이하 같다)하여 납부하는 때에 그에 대한 농어촌특별세도 함께 신고·납부하여야 한다.

제11조 (00세) 세무서장·세관장 및 시장·군수는 제7조의 규정에 의하여 농어촌특별세를 신고·납부하거나 거래징수 또는 원천징수하여 납부하여야 할 자가 이를 기한내에 납부하지 아니하거나 미달하게 납부한 경우에는 그 납부하지 아니하거나 미달한 세액의 100분의 10에 해당하는 금액을 00세로 00하여 징수한다.

교육세법(1999. 12. 3. 법률 제6032호로 개정되기 전의 것)

제3조 (납세의무자) 다음 각호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 교육세를 납부할 의무를 진다.<개정 1993.12.31, 1994.12.22, 1995.12.29, 1998.12.28>

5. 지방세법의 규정에 의한 등록세(지방세법 제196조의2의 규정에 의한 자동차의 등록에 대한 등록세를 제외한다)의 납세의무자

제5조 (과세표준과 세율)

①교육세는 다음 각호의 과세표준에 해당세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 제1호의 경우에 있어서 한국은행과의 환매조건부외화자금매각거래(이하 "스와프거래"라 한다)와 관련하여 발생하는 수익금액에 대한 교육세액은 대통령령이 정하는 바에 의하여 스와프거래와 관련하여 발생하는 수익금액에서 그와 관련된 제비용을 공제한 금액을 초과하지 못한다.<개정 1993.12.31, 1995.12.29>

5. 지방세법의 규정에 의하여 납부하여야 할 등록세액의 100분의 20

제9조 (신고·납부)

②제3조제2호 내지 제11호의 규정에 의한 납세의무자는 당해 세법의 규정에 의하여 당해 세액을 신고·납부하는 때에는 그에 대한 교육세를 신고·납부하여야 한다.<개정 1995.12.29>

제11조 (00세) 세무서장(제10조제4항의 규정에 의한 교육세에 해당하는 경우에는 시장·군수 또는 그 위임을 받은 공무원)은 제9조제1항 및 제2항의 규정에 의하여 교육세를 납부하여야 할 자가 이를 그 기한내에 납부하지 아니하거나 미달하게 납부한 때에는 그 미납부세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 00세로서 00하여 징수한다.

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【하급심-서울행정법원 2005. 12. 21. 선고 2005구합26786 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고가 2004. 12. 10. 원고에 대하여 한 취득세 338,590,580원, 동 00세 67,718,110원, 농어촌특별세 37,244,950원, 등록세 507,885,870원, 동 00세 101,577,170원, 지방교육세 111,734,880원의 각 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 00 주식회사(이하 00이라 한다)는 1999. 3. 31. 학교법인 00로부터 서울 00구 00동 219-5 대 21,786㎡ 및 그 지상 철근콘크리트조 스라브지븡 3층 교육연구시설 1층 2,231.97㎡, 2층 2,187.97㎡, 3층 2,167.14㎡, 지하층 818.98㎡, 옥탑 84.96㎡(이하 이 사건 부동산이라 한다)를 330억 원에 취득하였다.

나. 00은 1999. 4. 2.경 피고에게, 이 사건 부동산의 취득과 관련하여 취득세, 등록세, 농어촌특별세, 교육세(이하 취득세 등이라 한다)를 신고하면서 이 사건 부동산 중 임대 부분(건물 연면적 11,677.87㎡ 중 3,161.21㎡ 임대, 토지 21,786㎡ 중 10,946㎡ 임대)을 제외한 나머지 부분(건물 8,516.66㎡, 토지 10,840㎡, 안분 취득가액 합계 16,929,529,150원, 이하 이 사건 쟁점 부동산이라 한다)은 지방세법 제282조(2003. 12. 30. 법률 제7013호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)의 규정에 의한 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이라는 이유로, 이 사건 쟁점 부동산에 해당하는 취득세 등을 감면하여 줄 것을 신청하였다.

다. 피고는 1999. 4. 2. 원고에 대하여, 이 사건 쟁점 부동산의 취득과 관련한 취득세 338,590,580원, 농어촌특별세 67,718,110원, 등록세 507,885,870원, 교육세 101,577,170원을 감면하였다.

라. 한편, 00은 2000. 9. 4. 00 주식회사(이하 구 00이라 한다)에 흡수합병되었고, 구 00은 2002. 4. 2. 법인을 분할하면서 존속 법인의 상호를 주식회사 00로 하였고, 신설 법인의 상호를 00 주식회사(이하 신 00이라 한다)로 하였다. 이 과정에서 이 사건 부동산에 관하여 2002. 4. 2. 분할을 원인으로 한 신 00 명의의 소유권이전등기가 경료되었다.

마. 주식회사 00은 2003. 3. 4. 원고(당시 상호는 주식회사 00)에 흡수합병되었다.

바. 신 00은 2003. 3. 21. 위 219-5 대 21,786㎡ 토지에서 분할된 같은 동 219-24 대 10,558㎡ 지상에 지하 4층, 지상 9층의 건물(00정보통신00동단말통합연구소)을 신축하는 건축허가를 받아 위 건물 신축 후 2004. 10. 14. 위 건물의 사용승인을 받은 다음, 2004. 11. 17. 한국산업기술진흥협회장으로부터(기술개발촉진법 제16조의 규정에 의하여 과학기술부장관으로부터 권한을 위임 받음) 위 건물에 관하여 기술개발촉진법 시행령 제15조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소임을 인정받았다.

사. 피고는 2004. 12. 10. 원고에게, 취득세 등이 감면된 이 사건 쟁점 부동산을 4년 이내에 기업부설연구소용으로 이용하지 아니하고 2002. 4. 2. 신 00에 소유권을 이전하여 감면요건이 불이행되었음을 이유로, 지방세법 제282조, 같은 법 시행령 제228조의 규정을 적용하여 감면된 취득세 등과 동 세액에 대한 00세를 부과하여, 취득세 338,590,580원, 동 00세 67,718,110원, 등록세 507,885,870원, 동 00세 101,577,170원과 농어촌특별세 37,244,950원(00세 3,385,000원 포함), 교육세 111,734,880원(00세 10,157,710원 포함)을 부과하는 이 사건 부과처분을 하였다.

[인정근거] 갑 제1 내지 4호증, 갑 제7호증의 1, 2, 갑 제8호증, 갑 제9호증의 1, 2, 을 제1 내지 9호증(가지 번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지.

2. 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

다음과 같은 사유로 이 사건 부과처분은 위법하다.

(1) 지방세법 시행령 제228조의 위헌 무효

지방세법 제282조는 ‘대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제’하도록 규정하여 취득세 등의 감면요건으로 기업부설연구소의 개념만을 대통령령에 위임하고, 유예기간 및 추징요건에 대하여는 별도로 위임하지 않았음에도, 지방세법 시행령 제228조는 위 기업부설연구소의 개념을 정의하면서 감면요건 또는 추징요건으로 4년이라는 유예기간을 규정함으로써, 모법의 위임범위를 넘어 아무런 위임근거 없이 감면요건 또는 추징요건을 창설적으로 규정하였으므로 위헌 무효이다.

(2) 법인의 분할은 그 경제적 동일성이 유지되는 점을 고려하면 기업의 기술개발지원을 위한 지방세법 제282조의 입법 취지에 따라 법인이 분할된 경우에는 유예기간이 분할시로부터 기산된다 할 것이고, 단지 분할을 원인으로 한 소유권이전등기가 경료되었다는 사유만으로 감면받은 세액을 추징할 수 없다.

나. 관련 법령

별지 관련 법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 지방세법 제282조의 위임 범위 및 한계

살피건대, 지방세법 제282조는 "대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 및 종합토지세를 면제한다. 다만, 연구소 설치 후 2년 내에 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다."라고 규정하고 있는바, 위 조항의 전문(前文)은 취득세 등 지방세의 감면요건을, 후문(後文)은 추징요건을 규정하고 있음이 명백하다.

따라서 위 조항 전문의 ‘대통령령이 정하는 기업부설연구소용’이라는 부분에서의 대통령령은 감면요건을 정하여야 하지 추징요건을 정할 수 없는 것이며, 만약 추징요건을 정한다면 그 부분은 모법의 위임의 범위를 벗어난 것으로서 무효라고 할 것이다. 또한, 취득세 등 지방세를 면제한다고 함은 이미 납세의무는 성립하였으나 그 부과·징수를 면제한다는 것이므로, 감면요건은 취득 등의 과세원인 행위시 확정적이어야 하며 일정한 조건을 부가하는 내용으로서 불확정적인 것이 되어서는 아니 되며, ‘대통령령이 정하는 기업부설연구소용’에서의 대통령령 또한 마찬가지라고 할 것인바, 이 점에서 위임의 한계가 정하여져 있다고 할 것이다.

(2) 지방세법 시행령 제228조의 해석

지방세법 시행령 제228조는 "법 제282조에서 ‘대통령령이 정하는 기업부설연구소’라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말한다."라고 규정하고 있는바, 위 조항은 지방세법 제282조에서 위임하고 있는 기업부설연구소의 개념에 관하여 인적, 물적 시설 기준으로 기술개발촉진법 제7조 제1항 제3호, 같은 법 시행령 제15조 제1항의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소라고 하는 외에 ‘취득한 후 4년 이내에 기준을 갖추고 과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 과학기술부장관의 인정을 받은 것’이라는 요건을 더하고 있다.

살피건대, ‘취득 후 4년 이내에 기준을 갖추어 과학기술부장관의 인정을 받은 것’이라는 것은 취득 또는 등록시 면제 여부가 확정되는 것이 아니어서, 이 부분은 앞서 본 지방세법 제282조의 위임의 한계를 벗어난 것으로서 무효로 보아야 하는바, 결국 위 조항에서 ‘취득 후 4년 이내에 인정을 받은 것’이라는 부분은 무의미하고 ‘기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소’라는 부분만이 유효한 것으로 해석하여야 하고, 위와 같은 연구소를 설립하기 위하여 부동산을 취득하면 곧 바로 감면요건이 충족되는 것으로 보아야 할 것이다.

또한 위에서 본 바와 같이 위 지방세법 시행령이 감면요건을 정하여야 하지 추징요건을 정하여서는 안 되므로 위 조항을 추징요건으로 해석할 수는 없는바, 취득 후 4년 이내에 연구소를 설립하여 과학기술부장관의 인정을 받지 못하면 면제된 취득세 등을 추징한다는 의미로 해석하여서는 안 된다.

(3) 피고는 이 사건 과세원인 사유로서 ‘감면요건의 불이행’을 주장하고 있지만, 이 사건 쟁점 부동산이 기업연구소 설립을 위하여 취득·등록 되었을 때 취득세 등 감면요건은 확정적으로 충족된 것이며, 취득 등의 행위 후 4년 이내에 기업연구소가 설립되어 과학기술부장관의 인정을 받지 못하였다고 하여 감면요건이 소급하여 소멸하는 것은 아니라고 보아야 한다.

나아가 피고가 내세우는 이 사건 과세원인 사유를 추징으로 선해할 여지는 있으나, 지방세법 시행령 제228조는 앞서 본 바와 같이 추징요건 혹은 추징사유를 규정한 것으로 보아서는 아니 되며, "연구소 설치 후 2년 내에 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다"는 지방세법 제282조 후문만이 추징요건을 정한 것으로 보아야 하는데, 이 사건에 있어서 4년 이내에 연구소가 설치된 바가 없기는 하지만 정작 추징요건에 해당하는 ‘연구소 설치 후 다른 용도 사용’이라는 사실은 없으므로 추징사유가 존재한다고 볼 수도 없다.

결국 이 사건 부과처분은 과세원인 사실이 존재하지 않는 것으로서 위법하다고 볼 수밖에 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【관계법령】

지방세법(2003. 12. 30. 법률 제7013호로 개정되기 전의 것)

제282조 (기업부설연구소용 부동산에 대한 면제) 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 및 종합토지세를 면제한다. 다만, 연구소 설치후 2년내에 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

지방세법 시행령

기술개발촉진법

기술개발촉진법 시행령

기술개발촉진법 시행규칙