부동산이 기업연구소 설립을 위하여 취득ㆍ등록 되었을 때 취득세 등 감면요건은 확정적으로 충족된 것이며, 취득 등의 행위 후 4년 이내에 기업연구소가 설립되어 과학기술부장관의 인정을 받지 못하였다고 하여 감면요건이 소급하여 소멸하는 것은 아니다. 또한 추징요건에 해당하는 ‘연구소 설치 후 다른 용도 사용’이라는 사실은 없으므로 추징사유가 존재한다고 볼 수도 없다. 결국 이러한 부과처분은 과세원인 사실이 존재하지 않는 것으로서 부당하다.

1. 처분의 경위

가.

엘지정보통신 주식회사(이하

엘지정보통신이라 한다)는 1999. 3. 31. 학교법인

한국산업기술대학으로부터 서울 금천구

가산동 219-5 대 21,786㎡ 및 그 지상 철근콘크리트조 스라브지ㅤㅂㅡㅇ 3층 교육연구시설 1층 2,231.97㎡, 2층 2,187.97㎡, 3층 2,167.14㎡, 지하층 818.98㎡, 옥탑 84.96㎡(이하 이 사건 부동산이라 한다)를 330억 원에 취득하였다.

나. 엘지정보통신은 1999. 4. 2.경 피고에게, 이 사건 부동산의 취득과 관련하여 취득세, 등록세, 농어촌특별세, 교육세(이하 취득세 등이라 한다)를 신고하면서 이 사건 부동산 중 임대 부분(건물 연면적 11,677.87㎡ 중 3,161.21㎡ 임대, 토지 21,786㎡ 중 10,946㎡ 임대)을 제외한 나머지 부분(건물 8,516.66㎡, 토지 10,840㎡, 안분 취득가액 합계 16,929,529,150원, 이하 이 사건 쟁점 부동산이라 한다)은

지방세법 제282조(2003. 12. 30. 법률 제7013호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)의 규정에 의한 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이라는 이유로, 이 사건 쟁점 부동산에 해당하는 취득세 등을 감면하여 줄 것을 신청하였다.

다. 피고는 1999. 4. 2. 원고에 대하여, 이 사건 쟁점 부동산의 취득과 관련한 취득세 338,590,580원, 농어촌특별세 67,718,110원, 등록세 507,885,870원, 교육세 101,577,170원을 감면하였다.

라. 한편,

엘지정보통신은 2000. 9. 4.

엘지전자 주식회사(이하

구 엘지전자라 한다)에 흡수합병되었고,

구 엘지전자는 2002. 4. 2. 법인을 분할하면서 존속 법인의 상호를 주식회사

엘지이아이로 하였고, 신설 법인의 상호를

엘지전자 주식회사(이하

신 엘지전자라 한다)로 하였다. 이 과정에서 이 사건 부동산에 관하여 2002. 4. 2. 분할을 원인으로 한

신 엘지전자 명의의 소유권이전등기가 경료되었다.

마. 주식회사 엘지이아이는 2003. 3. 4. 원고(당시 상호는

주식회사 엘지씨아이)에 흡수합병되었다.

바.

신 엘지전자는 2003. 3. 21. 위

219-5 대 21,786㎡ 토지에서 분할된

같은 동 219-24 대 10,558㎡ 지상에 지하 4층, 지상 9층의 건물(

엘지전자정보통신가산동단말통합연구소)을 신축하는 건축허가를 받아 위 건물 신축 후 2004. 10. 14. 위 건물의 사용승인을 받은 다음, 2004. 11. 17. 한국산업기술진흥협회장으로부터(

기술개발촉진법 제16조의 규정에 의하여 과학기술부장관으로부터 권한을 위임 받음) 위 건물에 관하여

기술개발촉진법 시행령 제15조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소임을 인정받았다.

사. 피고는 2004. 12. 10. 원고에게, 취득세 등이 감면된 이 사건 쟁점 부동산을 4년 이내에 기업부설연구소용으로 이용하지 아니하고 2002. 4. 2.

신 엘지전자에 소유권을 이전하여 감면요건이 불이행되었음을 이유로,

지방세법 제282조,

같은 법 시행령 제228조의 규정을 적용하여 감면된 취득세 등과 동 세액에 대한 가산세를 부과하여, 취득세 338,590,580원, 동 가산세 67,718,110원, 등록세 507,885,870원, 동 가산세 101,577,170원과 농어촌특별세 37,244,950원(가산세 3,385,000원 포함), 교육세 111,734,880원(가산세 10,157,710원 포함)을 부과하는 이 사건 부과처분을 하였다.

[인정근거] 갑 제1 내지 4호증, 갑 제7호증의 1, 2, 갑 제8호증, 갑 제9호증의 1, 2, 을 제1 내지 9호증(가지 번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지.

2. 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

다음과 같은 사유로 이 사건 부과처분은 위법하다.

(1)

지방세법 시행령 제228조의 위헌 무효

지방세법 제282조는 ‘대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제’하도록 규정하여 취득세 등의 감면요건으로 기업부설연구소의 개념만을 대통령령에 위임하고, 유예기간 및 추징요건에 대하여는 별도로 위임하지 않았음에도,

지방세법 시행령 제228조는 위 기업부설연구소의 개념을 정의하면서 감면요건 또는 추징요건으로 4년이라는 유예기간을 규정함으로써, 모법의 위임범위를 넘어 아무런 위임근거 없이 감면요건 또는 추징요건을 창설적으로 규정하였으므로 위헌 무효이다.

(2) 법인의 분할은 그 경제적 동일성이 유지되는 점을 고려하면 기업의 기술개발지원을 위한

지방세법 제282조의 입법 취지에 따라 법인이 분할된 경우에는 유예기간이 분할시로부터 기산된다 할 것이고, 단지 분할을 원인으로 한 소유권이전등기가 경료되었다는 사유만으로 감면받은 세액을 추징할 수 없다.

나. 관련 법령

별지 관련 법령 기재와 같다.

다. 판단

(1)

지방세법 제282조의 위임 범위 및 한계

살피건대,

지방세법 제282조는 “대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 및 종합토지세를 면제한다. 다만, 연구소 설치 후 2년 내에 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.”라고 규정하고 있는바, 위 조항의 전문(前文)은 취득세 등 지방세의 감면요건을, 후문(後文)은 추징요건을 규정하고 있음이 명백하다.

따라서 위 조항 전문의 ‘대통령령이 정하는 기업부설연구소용’이라는 부분에서의 대통령령은 감면요건을 정하여야 하지 추징요건을 정할 수 없는 것이며, 만약 추징요건을 정한다면 그 부분은 모법의 위임의 범위를 벗어난 것으로서 무효라고 할 것이다. 또한, 취득세 등 지방세를 면제한다고 함은 이미 납세의무는 성립하였으나 그 부과ㆍ징수를 면제한다는 것이므로, 감면요건은 취득 등의 과세원인 행위시 확정적이어야 하며 일정한 조건을 부가하는 내용으로서 불확정적인 것이 되어서는 아니 되며, ‘대통령령이 정하는 기업부설연구소용’에서의 대통령령 또한 마찬가지라고 할 것인바, 이 점에서 위임의 한계가 정하여져 있다고 할 것이다.

(2)

지방세법 시행령 제228조의 해석

지방세법 시행령 제228조는 “

법 제282조에서 ‘대통령령이 정하는 기업부설연구소’라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에

기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말한다.”라고 규정하고 있는바, 위 조항은

지방세법 제282조에서 위임하고 있는 기업부설연구소의 개념에 관하여 인적, 물적 시설 기준으로

기술개발촉진법 제7조 제1항 제3호,

같은 법 시행령 제15조 제1항의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소라고 하는 외에 ‘취득한 후 4년 이내에 기준을 갖추고 과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 과학기술부장관의 인정을 받은 것’이라는 요건을 더하고 있다.

살피건대, ‘취득 후 4년 이내에 기준을 갖추어 과학기술부장관의 인정을 받은 것’이라는 것은 취득 또는 등록시 면제 여부가 확정되는 것이 아니어서, 이 부분은 앞서 본

지방세법 제282조의 위임의 한계를 벗어난 것으로서 무효로 보아야 하는바, 결국 위 조항에서 ‘취득 후 4년 이내에 인정을 받은 것’이라는 부분은 무의미하고 ‘

기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소’라는 부분만이 유효한 것으로 해석하여야 하고, 위와 같은 연구소를 설립하기 위하여 부동산을 취득하면 곧 바로 감면요건이 충족되는 것으로 보아야 할 것이다.

또한 위에서 본 바와 같이 위 지방세법 시행령이 감면요건을 정하여야 하지 추징요건을 정하여서는 안 되므로 위 조항을 추징요건으로 해석할 수는 없는바, 취득 후 4년 이내에 연구소를 설립하여 과학기술부장관의 인정을 받지 못하면 면제된 취득세 등을 추징한다는 의미로 해석하여서는 안 된다.

(3) 피고는 이 사건 과세원인 사유로서 ‘감면요건의 불이행’을 주장하고 있지만, 이 사건 쟁점 부동산이 기업연구소 설립을 위하여 취득ㆍ등록 되었을 때 취득세 등 감면요건은 확정적으로 충족된 것이며, 취득 등의 행위 후 4년 이내에 기업연구소가 설립되어 과학기술부장관의 인정을 받지 못하였다고 하여 감면요건이 소급하여 소멸하는 것은 아니라고 보아야 한다.

나아가 피고가 내세우는 이 사건 과세원인 사유를 추징으로 선해할 여지는 있으나,

지방세법 시행령 제228조는 앞서 본 바와 같이 추징요건 혹은 추징사유를 규정한 것으로 보아서는 아니 되며, “연구소 설치 후 2년 내에 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다”는

지방세법 제282조 후문만이 추징요건을 정한 것으로 보아야 하는데, 이 사건에 있어서 4년 이내에 연구소가 설치된 바가 없기는 하지만 정작 추징요건에 해당하는 ‘연구소 설치 후 다른 용도 사용’이라는 사실은 없으므로 추징사유가 존재한다고 볼 수도 없다.

결국 이 사건 부과처분은 과세원인 사실이 존재하지 않는 것으로서 위법하다고 볼 수밖에 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.