KILF 한국지방세연구원-지방세 법령정보시스템

2006두11781(20090312)

대학병원이 토지를 취득하여 병원과 일부장례식장 건물을 신축취득한 경우 장례식장에 해당하는 부분의 토지는 감면대상에서 배제되어 추징대상이라고 할 것인 데, 추징일로부터 부과제척기간

답변요지

대학병원이 토지를 취득하여 병원과 일부장례식장 건물을 신축취득한 경우 장례식장에 해당하는 부분의 토지는 감면대상에서 배제되어 추징대상이라고 할 것인 데, 추징일로부터 부과제척기간(5년)이 경과된 경우에는 추징이 불가함

본문

상고이유(상고이유서 제출기간이 지나서 제출된 준비서면의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 함께 판단한다.

1. 추징의 과세요건 충족 여부에 대하여

가. 조세법률주의의 원칙상 조세의무는 각 세법이 정한 과세요건이 완성된 때에 성립하고( 대법원 1993. 5. 11. 선고 92누18399 판결 등 참조), 세금의 부과는 납세의무 성립시, 즉 과세요건 완성 당시에 유효한 법령의 규정에 의하여야 하며, 세법의 개정이 있을 경우에도 특별한 사정이 없는 한 개정 전후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하여야 한다( 대법원 1997. 10. 14. 선고 97누9253 판결 등 참조). 한편, 구 지방세법(1997. 8. 30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 지방세법’이라 한다) 제290조 제1항은 "공공법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다"고 규정하고 있는바, 그 규정에 의하여 면제된 취득세와 등록세의 추징을 위한 과세요건에는 해당 부동산의 취득 외에 유예기간 1년의 경과도 포함된다고 할 것이므로( 대법원 1991. 2. 26. 선고 90누7050 판결, 대법원 1997. 7. 11. 선고 96누14494 판결 등 참조), 법인이 부동산을 취득한 날로부터 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니한 데 정당한 사유가 있는 경우라고 하더라도, 추징을 위한 과세기준일은 부동산 취득일로부터 1년이 경과한 날이 되고, 정당한 사유가 소멸된 날로부터 1년이 경과한 날이 되는 것은 아니라고 할 것이다( 대법원 2005. 5. 27. 선고 2003다66271 판결 참조). 따라서 원고가 1997. 11. 30. 이 사건 대지를 취득한 것이 취득세와 등록세 면제대상이 되는 것인지 여부는 그 취득 당시의 법률인 개정 전 지방세법 제290조 제1항 및 그 시행령의 규정에 따라 판단되어야 할 것이지만, 원고가 이 사건 대지를 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하여 취득세와 등록세를 추징할 사유에 해당하는지 여부는 특별한 사정이 없는 한 위 1년의 유예기간이 경과된 1998. 12. 1. 당시의 관련 지방세 법령의 규정에 따라 판단되어야 할 것이다.

나. 그런데 원고가 이 사건 대지를 취득하기 전에 시행되던 구 지방세법 시행령(1997. 10. 1. 대통령령 제15489호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 시행령’이라 한다) 제84조의4 제1항 제1호는 "법인이 토지를 취득한 날부터 일정한 유예기간(원칙적으로 1년) 내에 정당한 사유 없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 비업무용토지로 규정하면서 건축공사 중에는 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 보되, 건축공사중이라 하더라도 정당한 사유 없이 건축공사를 중단한 기간을 합한 기간이 1년을 초과하는 경우에는 그러하지 아니하다"고 규정하고 있는 한편, 제230조에서 "지방세법 제5장의 규정에서 ‘고유업무’라 함은 제84조의4 제2항에서 규정한 고유업무를 말한다. 이 경우 고유업무에 직접 사용할 건축물을 건축중인 때에는 당해 건축물의 부속토지는 이를 고유업무에 직접 사용하는 것으로 본다"고 규정하고 있었으나, 1997. 10. 1. 대통령령 제15489호로 개정된 구 지방세법 시행령(이하 ‘개정 후 시행령’이라 한다) 제230조는 "지방세법 제5장 중 종합토지세에 대한 감면규정을 적용함에 있어 직접사용의 범위에는 당해 법인의 고유업무에 사용할 건축물을 건축중인 경우를 포함한다"고 규정하게 되었고, 위 개정조문과 관련하여 그 부칙에서는 별도의 경과규정을 두지 않았다.

이와 같이 개정 전 지방세법 제290조 제1항에서 원고를 비롯한 공공법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득하는 경우 그 취득 부동산에 대한 취득세와 등록세를 면제하면서도 그 단서에서 감면된 취득세와 등록세의 추징규정을 둔 취지, 건축물의 건축공사는 원칙적으로 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 불과한 점 ( 대법원 1994. 3. 25. 선고 92누19279 판결, 대법원 1999. 11. 26. 선고 98두6012 판결 등 참조), 위 개정 전·후의 구 지방세법 시행령 제230조의 문언의 내용과 그 개정 경과 등에 비추어 볼 때, 지방세법 제5장 중 취득세와 등록세의 감면규정과 관련하여 개정 전 시행령 제230조와 같은 규정이 없는 개정 후 시행령 아래에서는, 토지를 취득하여 고유업무에 직접 사용하기 위한 건축 등의 공사를 하였다고 하더라도 그것만으로는 그 토지를 고유업무에 직접 사용한 것이라고 볼 수 없고 ( 대법원 2008. 5. 29. 선고 2008두3319 판결 참조), 다만 그 고유업무에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 하되, 그 정당한 사유가 있는 범위는 특별한 사정이 없는 한 건축중인 건물의 연면적 중 고유업무에 직접 사용되는 건물부분이 차지하는 비율에 해당하는 토지부분으로 제한된다고 할 것이다.

다. 기록에 의하면, 원고가 이 사건 토지를 취득하기 전인 1996. 10. 8. 이 사건 부지 위에 주용도 의료시설, 부속용도 연구실, 주차장, 근린생활시설인 이 사건 병원의 건축허가를 받고 그 무렵 착공하여 2003. 4. 무렵까지 공사를 계속한 사실, 원고는 2003. 4. 4.경 이 사건 병원의 신축을 완료하여 피고로부터 임시사용허가를 받고 근린생활시설인 이 사건 건물을 제3자에게 임대한 사실, 한편 원고는 2003. 3.경 이 사건 토지 위에 이 사건 병원의 장례식장 건물(연면적 5,804.28㎡)의 신축공사를 진행하여 2004. 11.경 이를 완공한 후, 그 무렵부터 위 건물 중 4,632.04㎡(이하 ‘이 사건 장례식장’이라 한다)를 장례식장 용도로 사용한 사실을 알 수 있다.

이에 의하면, 원고가 이 사건 토지의 취득일로부터 1년의 유예기간 경과일인 1998. 12. 1. 현재 ‘이 사건 병원의 연면적 중 근린생활시설 부분이 차지하는 비율에 해당하는 토지 부분’은 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하였다고 할 것이므로 이 부분은 면제된 등록세, 취득세의 추징 대상이 된다고 할 것이나, 이를 제외한 ‘이 사건 병원의 연면적 중 근린생활시설을 제외한 부분이 차지하는 비율에 해당하는 토지 부분’은 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는 경우라고 할 것이므로 이에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징할 수 없고, 이와 같이 이 사건 토지의 취득으로 인한 취득세 등이 면제된 것으로 확정된 이상, 나중에 원고가 이 사건 토지 중 일부에 이 사건 장례식장 건물을 신축하여 장례식장 용도로 사용하더라도 그 부속토지에 대하여 취득세 등을 추징할 수는 없다고 할 것이다.

그렇다면 원심이, 원고가 1997. 11. 30. 이 사건 토지를 취득하여 1년 이상 이 사건 토지상에 이 사건 병원 건물의 건축공사를 진행함으로써 이 사건 토지를 직접 사용하였다고 판단한 것은 잘못이라고 할 것이나, 원심이 이 사건 장례식장 부속토지 부분에 대한 과세처분을 위법하다고 본 것은 결과적으로 정당하여 원심의 위 잘못은 판결 결과에 영향이 없다. 이 부분 상고이유의 주장은 받아들일 수 없다.

2. ‘이 사건 병원의 연면적 중 근린생활시설 부분이 차지하는 비율에 해당하는 토지 부분’에 대한 과세처분의 적법 여부에 대하여

가. 구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항은 상속세 및 증여세를 제외한 국세의 부과제척기간은 원칙적으로 국세를 부과할 수 있는 날로부터 5년간으로 규정하고 있고(다만, 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간, 납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간)으로 규정하고 있고, 구 지방세법(1997. 8. 30. 법률 제5406호로 개정된 후 2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 후 지방세법’이라 한다) 제30조의4 제1호에서는 "지방세를 부과할 수 있는 날로서 대통령령으로 정하는 날로부터 5년간 부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없다"고 규정하고 있으며, 그 시행령 제14조 제2항 제3호에서 ‘비과세 또는 감면받은 세액 등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 그 신고·납부기한의 다음날이 지방세를 부과할 수 있는 날’이라고 규정하고 있다. 그리고 개정 후 「지방세법」제120조 제3항 및 제150조의2 제3항에서 "이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세·등록세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 취득세·등록세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고, 그 사유발생일로부터 30일 이내에 당해 과세표준액에 제112조 및 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 신고·납부하여야 한다"고 규정하고 있고, 농어촌특별세법 제7조, 구 교육세법(2000. 12. 29. 법률 제6296호로 개정되기 전의 것) 제9조는 "당해 본세를 신고·납부하는 경우에는 그에 대한 농어촌특별세 내지 교육세를 신고·납부하여야 한다"고 규정하고 있다. 한편, 신고납세 방식의 조세에 있어서는 납세의무자가 과세표준과 세액을 과세관청에 제출하는 납세신고에 의하여 조세채무가 확정되고, 이때 조세채무를 확정시키기 위해서는 기한 내에 신고가 있어야 할 것이나, 신고납세방식의 조세라 하더라도 납세의무자가 법정신고 기한 내에 신고하지 아니하여 그 기한이 경과된 경우에는 부과납세방식의 조세로 변경된다고 보아야 할 것이다( 대법원 2005. 5. 27. 선고 2003다66271 판결 참조).

나. 따라서 이 사건에서 이 사건 병원의 연면적 중 근린생활시설 면적에 해당하는 비율의 부속토지가 취득세·등록세 등의 추징대상이 된다고 하여도, 원고가 위 부속토지 부분에 대하여 이 사건 추징사유 발생일인 1998. 12. 1.부터 30일(1998. 12. 31.) 이내에 추징세액을 신고·납부하지 아니하였으므로, 피고는 위 신고·납부기한 다음날인 1999. 1. 1.부터 5년간 원고에게 취득세, 등록세 등의 추징세액을 부과·징수할 수 있다고 할 것인데(한편, 원고가 1997. 12.경 피고에게 이 사건 토지에 대한 취득세, 등록세 등 감면신청서를 제출한 사실은 앞에서 본 바와 같고, 이러한 감면신청서의 제출은 납세자인 원고가 ‘법정신고기간 내에 과세표준 신고서를 제출한 경우’와 동일하게 보아야 할 것이므로, 농어촌특별세에 대한 부과제척기간도 5년이라고 할 것이다), 피고가 그 제척기간 만료일(2004. 1. 1.)이 경과한 2004. 8. 10.에 이르러서야 비로소 이 사건 건물 중 근린생활시설 부분에 해당하는 토지에 대하여 취득세, 등록세 등을 추징 과세한 것은 위법하다고 할 것이다.

그렇다면 원심이, 원고가 1997. 11. 30. 이 사건 토지를 취득하여 1년 이상 이 사건 토지상에 이 사건 병원을 건축함으로써 이 사건 토지 전부를 직접 사용하였다고 판단한 것은 잘못이나, 이 사건 병원의 연면적 중 근린생활시설 면적에 해당하는 비율의 부속토지 부분에 대한 과세처분이 위법하다고 본 결론에 있어서는 정당하다. 이 부분 상고이유의 주장은 나아가 판단할 필요 없이 이유 없다.

3. 결 론

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2006. 6. 16. 선고 2005누18145 판결】

【주문】 처분청패소

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 원고에 대하여 한 2004. 8. 10.자 취득세 금35,180,680원, 등록세 금 158,313,090원, 농어촌특별세 금 3,224,890원, 교육세 금 29,024,060원의 각 부과처분 및 2004. 12. 6.자 취득세 금 34,852,660원, 등록세 금 156,837,010원, 농어촌특별세 금 3,485,260원, 교육세 금 31,367,400원의 각 부과처분을 각 취소한다.

3. 소송비용은 제1, 2심 모두 피고의 부담으로 한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 의학, 치의학, 약학 등에 관한 교육연구와 진료를 통하여 의학발전을 도모하고 국민보건향상에 기여함을 목적으로 00대학교병원설치법에 의하여 설립되어, 00대학교 의학, 치의학, 약학 등 학생의 임상교육, 의학, 치의학, 약학 등의 연구, 진료사업 등을 목적사업으로 하는 법인이다.

나. 원고는 병원 신축부지로 사용하기 위하여 1992. 11. 30. 한국토지공사와 사이에 성남시 00구 구미동 300 대 122,386㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 대금 45,650,000,000원에 매수하되, 그 매매대금은 1992. 11. 30.부터 1997. 11. 30.까지 10회에 걸쳐 분할하여 지급하기로 하는 내용의 매매계약을 체결하였고, 위 매매계약에 따라 1997. 11. 30. 위 매매대금을 모두 지급함으로써 이 사건 토지를 취득하였다.

이에 원고는 그 무렵 피고에게 이 사건 토지는 원고의 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이라는 이유로 이 사건 토지의 취득으로 인한 취득세, 등록세 등을 감면하여 줄 것을 신청하였고, 피고는 구 지방세법(1997. 8. 30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라 한다) 제290조 제1항 제15호를 적용하여 취득세, 등록세 등을 감면하여 주었다.

다. 원고는 1996. 10. 8.경 성남시장으로부터 이 사건 토지 중 120,660.1㎡(이하 ‘이 사건 대지’라 한다)에 주용도 의료시설, 부속용도 연구실, 주차장, 근린생활시설, 건축면적 12,454.81㎡, 연면적 124,297.9㎡인 지상 15층, 지하 3층 규모의 병원건물(이하 ‘이 사건 병원’이라 한다)을 신축하기 위한 건축허가를 받았고, 그 무렵부터 병원 신축공사를 진행하여 2003. 4. 4.경 이 사건 병원 본관(연면적 130,300.98㎡)의 신축을 완료하여, 같은 날 피고로부터 임시사용승인을 얻은 다음 그 무렵 이 사건 병원 본관 중 근린생활시설 등 용도로 축조된 부분(면적 합계 3,728.27㎡, 이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)에 관하여 소외 주식회사 호텔롯데, 00대학교병원 새마을금고, 주식회사 조흥은행 등과 사이에 임대계약, 편의시설 관리운영 위수탁계약 등을 체결하여, 그들로 하여금 이 사건 건물을 은행, 식당, 제과점 등의 용도로 사용하도록 하였으며, 2004. 11.경 이 사건 병원 장례식장 건물(연면적 5804.28㎡)의 신축을 완료하여, 그 무렵부터 그 중 4,632.04㎡(이하 ‘이 사건 장례식장’이라 한다)를 장례식장으로 사용하였다.

라. 그러자 피고는 이 사건 건물의 부속토지 부분은 구 지방세법 제290조 제1항 단서에 의한 취득세 등의 추징대상에 해당한다고 보아 2004. 8. 10. 원고에게 취득세 금 35,180,680원, 등록세 금 158,313,090원, 농어촌특별세 금 3,224,890원, 교육세 금 29,024,060원을 각 부과하였고, 그 후 원고는 2004. 12. 6. 피고에게 이 사건 장례식장의 부속토지 부분에 관한 취득세 금 34,852,660원, 등록세 금 156,837,010원, 농어촌특별세 금 3,485,260원, 교육세 금 31,367,400원을 신고납부하였다(「지방세법」제72조 제1항에 의하면 지방세 신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 의제되는바, 위 2004. 8. 10.자 각 부과처분 및 2004. 12. 6.자로 신고납부한 세액의 각 부과처분을 모두 합하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 3, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3, 4호증, 갑 제5호증의 1, 2, 을 제1호증의 1 내지 3, 을 제2, 5호증의 각 기재, 변론의 전취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고는 이 사건 각 처분이 관련법령에 따른 것이어서 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 각 처분이 위법하다고 주장한다.

(1) 첫째, 원고는 이 사건 대지를 취득하기 이전인 1996. 10. 8. 이 사건 병원의 신축을 위한 건축허가를 받아 그 신축공사를 진행하다가 1997. 11. 30. 이 사건 대지를 취득하였고, 그 이후에도 계속하여 병원 신축공사를 진행하였는바, 이와 같이 원고가 위 취득일 전후에 걸쳐 이 사건 대지에서 원고의 고유업무에 사용하기 위한 의료시설 및 그에 필수적으로 부속되는 은행, 식당 등 편의시설을 신축한 행위는 이 사건 토지를 원고의 고유업무에 직접 사용한 것이어서{원고는 구 지방세법시행령(1997. 10. 1. 대통령령 제15489호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 시행령’이라 한다) 제230조 및 구 지방세법시행령(1997. 12. 31. 대통령령 제15569호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘신 시행령’이라 한다) 제230조에 의하면 ‘당해 법인의 고유업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우’는 구 지방세법 제290조가 정한 직접사용의 범위에 포함된다는 점 등을 근거로 든다}, 구 지방세법 제290조 단서가 적용될 수 없음에도 불구하고 위 규정을 적용하여 원고에게 지방세를 추징한 이 사건 각 처분은 위법하다.

(2) 둘째, ‘취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우’라고 규정한 구 지방세법 제290조 단서의 해석상 취득일로부터 1년 이내에 추징사유가 발생하지 않은 경우에는 그 이후에 추징사유가 발생하였다고 하더라도 더 이상 위 규정에 의한 추징은 불가능하다고 보아야 하는바, 원고는 이 사건 대지의 취득일인 1997. 11. 30.부터 1년 이상 이 사건 병원의 신축을 위한 건축공사를 진행하여, 이 사건 대지를 원고의 고유업무에 직접 사용하지 못한데 정당한 사유가 있었고, 따라서 이 사건 대지의 취득일로부터 1년 이내에 추징사유가 발생하지 아니하였음에도 불구하고 위 규정을 적용한 것은 위법하다.

(3) 셋째, 가사 원고가 이 사건 병원의 일부를 원고의 고유업무에 사용하지 아니하였다고 하더라도 원고는 이 사건 병원의 대부분을 원고의 진료업무를 위하여 사용하고 있으므로 이 사건 대지 전체가 원고의 고유업무에 사용되는 것으로 보아야 하고, 이 사건 병원 전체 면적에 대한 이 사건 건물 및 장례식장의 면적 비율에 따라 이 사건 대지에 대한 취득세 등을 부과하는 것은 법령상 근거가 없는 것이어서 과세요건법정주의에 반하여 위법하다.

(4) 넷째, 이 사건 각 처분은 부과 제척기간 5년을 도과한 것이어서 위법하다.

나. 관련법령

■ 구 지방세법

제30조의4 (부과의 제척기간)

① 지방세는 부과할 수 있는 날부터 5년간(납세자가 사기 기타 부정한 행위로서 지방세를 포탈하거나 환부 또는 경감받은 경우에는 10년간) 부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없다. 이 경우 지방세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다.

제120조 (신고납부)

③ 이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일이내에 당해 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 신고납부하여야 한다.

제127조 (용도구분에 의한 비과세)

①다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기 또는 등록일로부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다.<개정 1991.12.14, 1994.12.22, 1995.12.6>1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기2. 대통령령이 정하는 마을회등 주민공동체의 주민공동소유 부동산의 등기3. 사립학교법에 의한 학교법인 또는 사회복지사업법에 의한 사회복지법인의 설립과 합병의 등기4. 삭제<1994.12.22>5. 기타 대통령령으로 정하는 등기 또는 등록②삭제<1995.12.6>

제150조의2 (신고납부)

③ 이 법 또는 다른 법령에 의하여 등록세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 등록세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일이내에 당해 과세표준에 제131조 내지 제149조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 신고납부하여야 한다.

제290조 (공공법인에 대한 과세면제)

① 다음 각호의 법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·종합토지세·도시계획세 및 공동시설세를 면제한다. 다만, 취득일부터 1년이내에 정당한 사유 없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.<개정 1995.12.6>

15. 00대학교병원설치법 및 국립대학교병원설치법에 의하여 설립된 00대학교병원 및 국립대학교병원

■ 신 시행령

제14조의2 (제척기간의 기산일)

② 다음 각호의 날은 제1항의 규정에 불구하고 지방세를 부과할 수 있는 날로 한다.

3. 비과세 또는 감면받은 세액등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 그 신고납부기한의 다음날

제230조 (직접사용의 범위) 법 제5장 중 종합토지세에 대한 감면규정을 적용함에 있어 직접사용의 범위에는 당해 법인의 고유업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우를 포함한다.

■ 구 시행령

제84조의4 (법인의 비업무용 토지의 범위)

① 법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다.

1. 법인이 토지를 취득한 날부터 1년(다음 각목에 정하는 토지에 대하여는 당해 각목에서 정하는 기간)내에 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지. 이 경우 건축공사중에는 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 보되, 건축공사중이라 하더라도 정당한 사유없이 건축공사를 중단한 기간을 합한 기간이 1년을 초과하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항에서 "법인의 고유업무"라 함은 다음 각호의 업무를 말한다.<개정 1996·12·31>

1. 법령에서 개별적으로 규정한 업무

2. 법인등기부상 목적사업(행정관청의 인·허가등을 요하는 사업은 인·허가등을 받은 경우에 한한다)으로 정하여진 업무

④ 다음 각호의 1에 해당하는 토지는 제1항 내지 제3항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용 토지로

보지 아니한다.

7. 법인이 직접 사용하기 위하여 취득한 건축물로서 취득한 날로부터 1년이내에 당해 법인이 직접 사용하는 부분(당해 법인이 출자총액의 100분의 10이상을 출자한 법인이 사용하는 부분을 포함한다)의 연면적이 그 건축물의 연면적의 100분의 50이상이 되는 경우(당해법인이 출자한 법인이 사용하는 부분을 제외한 부분의 연면적이 그 건축물연면적의 100분의 20이상이 되는 경우에 한한다)에는 당해 건축물의 부속토지와 법인이 직접 사용하는 연면적이 그 건축물의 연면적의 100분의 50에 미달하는 경우에는 그 건축물의 연면적에 대한 사용면적의 비율에 해당하는 건축물의 부속토지. 이 경우 부속토지의 범위는 이 경우 부속토지의 범위는 제3항 제5호 및 제6호의 규정에 의한다.

제230조 (고유업무의 범위) 법 제5장의 규정에서 "고유업무"라 함은 제84조의4 제2항에서 규정한 고유업무를 말한다. 이 경우 고유업무에 직접 사용할 건축물을 건축중인 때에는 당해 건축물의 부속토지는 이를 고유업무에 직접 사용하는 것으로 본다.

다. 판단

(1) 원고가 이 사건 병원을 건축하는 동안 이 사건 토지를 직접 사용한 것인지 아니면 정당한 사유 없이 고유업무에 직접 사용하지 못한 것인지 여부에 대한 판단

1994. 12. 31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 구 지방세법시행령 하에서는, 제84조의4 (법인의 비업무용 토지의 범위)에서 "①법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용 토지는 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년(내무부장관이 상공자원부장관과 협의하여 정하는 공장용부지는 2년) 이내에 정당한 사유 없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 말한다"라고만 규정하여 고유 업무에 직접 사용하기 위한 건축 등의 공사를 하였다고 하더라도 그것만으로는 고유업무에 직접 사용하기 위한 준비단계에 불과하여 당해 토지를 현실적으로 고유업무에 직접 사용하였다고 볼 수 없었다. 그런데 1994. 12. 31. 구지방세법시행령을 개정하면서 제84조의4 제1항 제1호를 "1. 법인이 토지를 취득한 날부터 다음 각목에 정하는 기간 내에 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지. 이 경우 건축공사에 착공한 때에는 고유업무에 직접 사용하는 것으로 보되, 정당한 사유 없이 공사를 중단한 기간을 합한 기간이 1년을 초과하는 경우에는 그러하지 아니하다."고 변경하여 건축공사에 착공한 때에는 고유업무에 직접 사용하는 것으로 규정하였고, 그에 맞추어 구지방세법 시행령 제230조에 "고유업무에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 때에는 당해 건축물의 부속토지는 이를 고유업무에 직접 사용하는 것으로 본다."는 조문을 신설하였다. 그러므로 1994. 12. 31. 이후로는 원고와 같은 공공법인이 토지를 취득하여 그 날로부터 1년 이상 고유업무에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 때에는 당해 건축물의 부속토지는 고유업무에 직접 사용하는 것으로 보아 정당한 사유 없이 공사를 중단한 기간을 합한 기간이 1년을 초과하지 않는 이상 구법 제290조 제1항에 의하여 취득세 등을 면제받는다 할 것이다.

살피건대, 앞서 인정한 바와 같이 원고는 1997. 11. 30. 이 사건 대지를 취득하여 1년 이상 이 사건 대지상에 이 사건 병원을 건축함으로써 이 사건 대지를 직접 사용하였다 할 것이므로, 과세 면제 대상인 원고에 대하여 피고가 한 이 사건 과세처분은 부적법하다 할 것이다.

(2) 이에 대하여 피고는, 1996. 12. 31.자로 구 시행령 제84조의4 제1항 제1호가 다시 개정되면서 "건축공사에 착공한 때에는 고유업무에 직접 사용하는 것으로 본다"는 내용이 "이 경우 건축공사 중에는 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 보되,"로 개정되었으므로, 비록 구 시행령 제230조가 개정되지 않아 종전과 같은 내용으로 남아 있게 되었다 하더라도, 구 시행령 제84조의4 제1호가 위와 같이 변경됨으로써 그 이후로는 법인이 고유 업무에 사용하기 위한 건물을 건축 공사 중인 경우에는 이를 법인이 직접 사용한 것으로 볼 것이 아니라 고유 업무에 사용하지 못할 정당한 사유가 있는 것으로 해석해야 하고, 이 사건 편의시설과 장례식장은 원고의 고유 업무에 사용되는 부분이 아니므로 정당한 사유가 소멸한 때 즉 원고가 사용승인을 거쳐 이 사건 병원을 그 용도에 따라 사용할 수 있게 된 때로부터 이 사건 편의시설과 장례식장의 부속 토지에 관하여 취득세 등을 추징할 수 있다고 주장한다.

살피건대, 구 시행령 제84조의4는 법인의 비업무용 토지의 범위를 정하는 조항으로서 동조 제4항에는 법인이 취득한 건축물 중 직접사용하는 부분에 대한 부속토지 범위를 규정하고 있을 뿐, 고유업무에 사용되는지 여부는 상관하지 않는 점, 이에 비해 공공법인에 대한 과세면제에 관한 구 법 제290조와 시행령 제230조에서 여전히 고유업무와 직접사용이라는 개념이 별도로 사용되고 있고, 구 시행령 제84조의4의 개정에도 불구하고 직접사용의 범위를 정한 시행령 제230조가 여전히 남아 있는 점 등에 비추어 원고와 같은 공공법인이 토지를 취득하여 그 지상에 고유업무에 직접 사용하기 위한 건축물을 건축 중인 경우에는 그 토지를 고유 업무에 사용하지 못할 정당한 사유가 있는 것이 아니라 이를 직접 사용한 것으로 보아야 할 것이므로, 위 주장은 이유 없다.

(3) 다음으로 피고는, 이 사건 건물 및 장례식장은 고유 업무에 사용되는 건축물이 아니므로 그 부속토지는 직접 사용하는 것으로 볼 수 없다고 주장한다.

살피건대, 이 사건 병원 일부에 설치된 은행, 식당 등 편의시설 및 장례식장의 운영이 원고의 목적 사업인 00대학교 의학계 학생의 임상교육, 진료사업 및 이와 관련된 사업이라거나, 이를 위하여 필수불가결한 업무라고 볼 수 없어, 이 사건 건물과 장례식장이 고유 업무에 사용되는 부분이라고 보기는 어렵다. 그러나, 용도 구분에 의한 등록세 비과세를 규정한 구시행령 제127조에서는 정당한 사유 없이 부동산의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여 등록세를 부과한다고 정하고 있는데 비하여 공공법인에 대한 과세면제를 정한 구법 제290조 제1항에서는 부동산의 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에 그 부분에 대하여 과세한다는 규정을 두고 있지 않고, 시행령 제230조에서도 건축물의 일부가 고유업무에 사용되지 않는 경우 그에 해당하는 부속 토지는 직접사용하고 있는 것으로 보지 않는다는 규정을 두고 있지 않는 점, 구 지방세법이 2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되면서 종전의 제290조 제1항에 해당하는 조문이 제287조 (국민건강증진사업자 등에 대한 감면)로 변경되었는데, 제1항에서 "다음 각호의 법인이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·종합토지세·도시계획세 및 공동시설세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다. 4. 00대학교병원설치법에 의하여 설치된 00대학교병원과 국립대학교병원설치법에 의하여 설치된 국립대학교병원"라고 규정하여 이때부터 고유 업무에 직접 사용하지 않는 부분에 대하여 면제된 취득세와 등록세를 추징할 수 있게 변경되었고, 부칙 제10조 (일반적 경과조치)에서 "이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 예에 의한다"고 규정한 점, 이 사건 병원 본관과 별관의 연면적은 각 130,300.98㎡과 5,804.28㎡이고, 본관 건물 중 근린생활시설이 차지하는 면적은 3,728.27㎡, 별관 건물 중 장례식장이 차지하는 부분은 4,632.04㎡으로서 직접 사용하지 않는 부분은 연면적 합계 136,105.26㎡ 중 8,414.31㎡로서 10%도 되지 않는 점 등에 비추어 이 사건 병원 건물 대부분이 고유업무에 직접 사용되는 이상 이 사건 병원 건축 중에는 이 사건 대지 전체가 고유업무에 직접 사용되었다고 함이 타당하므로 위 주장은 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 이와 결론을 달리한 제1심 판결은 부당하므로 이를 취소하고, 원고의 항소는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-수원지방법원 2005. 7. 20. 선고 2005구합914 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

【이유】

1. 처분의 경위

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(4) 넷째, 이 사건 각 처분은 부과 제척기간 5년을 도과한 것이어서 위법하다.

나. 관련법령

■ 구 지방세법

제30조의4 (부과의 제척기간)

제120조 (신고납부)

제150조의2 (신고납부)

제290조 (공공법인에 대한 과세면제)

15. 00대학교병원설치법 및 국립대학교병원설치법에 의하여 설립된 00대학교병원 및 국립대학교병원

■ 신 시행령

제14조의2 (제척기간의 기산일)

② 다음 각호의 날은 제1항의 규정에 불구하고 지방세를 부과할 수 있는 날로 한다.

3. 비과세 또는 감면받은 세액등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 그 신고납부기한의 다음날

■ 구 시행령

제84조의4 (법인의 비업무용 토지의 범위)

① 법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다.

② 제1항에서 "법인의 고유업무"라 함은 다음 각호의 업무를 말한다.<개정 1996·12·31>

1. 법령에서 개별적으로 규정한 업무

2. 법인등기부상 목적사업(행정관청의 인·허가등을 요하는 사업은 인·허가등을 받은 경우에 한한다)으로 정하여진 업무

다. 판단

(1) 원고의 첫째 주장에 대한 판단

살피건대, 원고가 이 사건 병원에 은행, 식당 등 편의시설 및 장례식장을 두고 이를 운영하게 하는 것 자체를 의료법인인 원고의 고유업무라 할 수 없고, 그것이 원고의 고유업무인 진료업무 등을 위하여 필수불가결한 업무라고 볼 수도 없으므로, 이 사건 대지에서 은행, 식당 등 편의시설로 이용되는 이 사건 건물 및 이 사건 장례식장을 신축한 행위는 이 사건 대지를 원고의 고유업무에 직접 사용한 것이라 할 수 없다.

또한 구 시행령 제230조는 ‘법 제5장의 규정에서 고유업무라 함은 제84조의4 제2항에서 규정한 고유업무를 말한다. 이 경우 고유업무에 직접 사용할 건축물을 건축중인 때에는 당해 건축물의 부속토지는 이를 고유업무에 직접 사용하는 것으로 본다’라고 규정하고 있고, 신 시행령 제230조는 ‘법 제5장 중 종합토지세에 대한 감면규정을 적용함에 있어 직접사용의 범위에는 당해 법인의 고유업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우를 포함한다’고 규정하고 있으나, 위 두 조항에 의하더라도 이 사건 대지에서 은행, 식당 등 편의시설로 이용될 이 사건 건물 및 이 사건 장례식장을 신축한 행위는 원고의 고유업무에 직접 사용할 건축물을 건축하는 경우라고 할 수 없어, 결국 이 사건 대지를 원고의 고유업무에 직접 사용한 것이라 할 수 없다.

따라서 이와 다른 전제에 서 있는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 둘째 주장에 대한 판단

구 지방세법 제290조 제1항 단서에 의하면 법인의 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 인정되어 취득세와 등록세를 면제받은 경우라 하더라도 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 때에는 면제된 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고 있는바, 만일 부동산의 취득일 당시부터 그 부동산을 고유업무에 사용하지 못할 정당한 사유가 있는 경우에는 그 정당한 사유가 소멸한 날로부터 1년 이내에 구 지방세법 제290조 제1항 단서가 정한 위 추징사유가 발생하면 추징할 수 있다고 봄이 상당하다 할 것이고(대법원 1992. 6. 23. 선고 91누13281 판결 참조), 원고의 이 부분 주장과 같이 취득일 당시부터 1년 동안 계속하여 그 정당한 사유가 있는 경우에는 그 이후 추징사유가 발생하더라도 면제된 취득세 등을 더 이상 추징할 수 없는 것으로 해석할 수 없다.

따라서 이 사건의 경우 원고가 이 사건 대지의 취득일 이전부터 이 사건 대지에서 이 사건 건물 및 장례식장을 신축한 것은 이 사건 대지를 원고의 고유업무에 사용하지 못할 정당한 사유가 된다고 할 것이고, 따라서 그 정당한 사유가 소멸한 때, 즉 이 사건 병원 건물에 관한 사용승인을 거쳐 이를 그 용도에 따라 사용할 수 있게 된 때로부터 1년 이내에 원고가 다른 정당한 사유 없이 이 사건 건물 및 장례식장을 원고의 고유업무에 사용하지 않은 이상 그 부속토지 부분에 관한 취득세 등을 추징한 이 사건 각 처분은 적법하다고 할 것이니, 이를 다투는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(3) 원고의 셋째 주장에 대한 판단

살피건대, 원고가 이 사건 병원 대부분을 원고의 진료업무 등에 사용하고 있다고 하여 원고가 이 사건 대지 전체를 원고의 고유업무에 사용하는 것으로 볼 수는 없고, 원고가 이 사건 병원의 일부인 이 사건 건물 및 장례식장을 그 고유업무에 사용하지 아니하는 이상, 피고로서는 이 사건 병원 전체의 연면적에 대한 이 사건 건물 및 이 사건 장례식장의 연면적 합계 비율을 산정하여 그 비율에 걸맞는 이 사건 대지 부분에 대하여 취득세 등을 추징할 수 있다고 할 것이므로(대법원 1999. 10. 8. 선고 98두15139 판결 참조), 이를 다투는 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(4) 원고의 넷째 주장에 대한 판단

구 「지방세법」제30조의4 제1항은 지방세는 부과할 수 있는 날로부터 5년간 부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없다고 규정하고 있고, 여기에서 ‘부과할 수 있는 날’이라 함은 신 시행령 14조의2 제2항 제3호가 규정하는 바와 같이 ‘비과세 또는 감면받은 세액 등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 그 신고납부기한의 다음날’을 말하는데, 한편 구 「지방세법」제120조 제3항은 ‘이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일 이내에 당해 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 신고납부하여야 한다’고 규정하고 있고, 구 「지방세법」제150조의2 제3항도 등록세에 관하여 제120조 제3항과 같은 취지로 규정하고 있는바, 이 사건의 경우 이 사건 건물 및 장례식장의 부속토지 부분이 구 지방세법 제290조 제1항 단서에 의한 추징대상으로 된 것은 이 사건 건물에 대한 임시사용승인이 있은 무렵인 2003. 4. 4.경 및 이 사건 장례식장이 완공된 2004. 11.경이라 할 것이고, 그로부터 각 30일이 경과한 시점부터 부과제척기간인 5년이 경과하지 않은 2004. 8. 10. 및 2004. 12. 6. 이 사건 각 처분이 이루어졌으므로, 이 사건 처분은 부과제척기간을 도과하지 않은 것으로서 적법하다고 할 것이니, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로 이를 각 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.