병원 대부분을 진료업무 등에 사용하고 있지만 병원의 일부 건물 및 장례식장을 그 고유업무에 사용하지 아니하는 이상, 대지 전체를 고유업무에 사용하는 것으로 볼 수는 없고 또한 부과제척기간 5년이 경과하지 않아 취득세 처분이 이루어졌으므로 정당하다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 의학, 치의학, 약학 등에 관한 교육연구와 진료를 통하여 의학발전을 도모하고 국민보건향상에 기여함을 목적으로

서울대학교병원설치법에 의하여 설립되어,

서울대학교 의학, 치의학, 약학 등 학생의 임상교육, 의학, 치의학, 약학 등의 연구, 진료사업 등을 목적사업으로 하는 법인이다.

나. 원고는 병원 신축부지로 사용하기 위하여 1992. 11. 30. 한국토지공사와 사이에 성남시

분당구 구미동 300 대 122,386㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 대금 45,650,000,000원에 매수하되, 그 매매대금은 1992. 11. 30.부터 1997. 11. 30.까지 10회에 걸쳐 분할하여 지급하기로 하는 내용의 매매계약을 체결하였고, 위 매매계약에 따라 1997. 11. 30. 위 매매대금을 모두 지급함으로써 이 사건 토지를 취득하였다.

이에 원고는 그 무렵 피고에게 이 사건 토지는 원고의 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이라는 이유로 이 사건 토지의 취득으로 인한 취득세, 등록세 등을 감면하여 줄 것을 신청하였고, 피고는

구 지방세법(1997. 8. 30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라 한다) 제290조 제1항 제15호를 적용하여 취득세, 등록세 등을 감면하여 주었다.

다. 원고는 1996. 10. 8.경 성남시장으로부터 이 사건 토지 중 120,660.1㎡(이하 ‘이 사건 대지’라 한다)에 주용도 의료시설, 부속용도 연구실, 주차장, 근린생활시설, 건축면적 12,454.81㎡, 연면적 124,297.9㎡인 지상 15층, 지하 3층 규모의 병원건물(이하 ‘이 사건 병원’이라 한다)을 신축하기 위한 건축허가를 받았고, 그 무렵부터 병원 신축공사를 진행하여 2003. 4. 4.경 이 사건 병원 본관(연면적 130,300.98㎡)의 신축을 완료하여, 같은 날 피고로부터 임시사용승인을 얻은 다음 그 무렵 이 사건 병원 본관 중 근린생활시설 등 용도로 축조된 부분(면적 합계 3,728.27㎡, 이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)에 관하여

소외 주식회사 호텔롯데,

서울대학교병원 새마을금고,

주식회사 조흥은행 등과 사이에 임대계약, 편의시설 관리운영 위수탁계약 등을 체결하여, 그들로 하여금 이 사건 건물을 은행, 식당, 제과점 등의 용도로 사용하도록 하였으며, 2004. 11.경 이 사건 병원 장례식장 건물(연면적 5804.28㎡)의 신축을 완료하여, 그 무렵부터 그 중 4,632.04㎡(이하 ‘이 사건 장례식장’이라 한다)를 장례식장으로 사용하였다.

라. 그러자 피고는 이 사건 건물의 부속토지 부분은

구 지방세법 제290조 제1항 단서에 의한 취득세 등의 추징대상에 해당한다고 보아 2004. 8. 10. 원고에게 취득세 금 35,180,680원, 등록세 금 158,313,090원, 농어촌특별세 금 3,224,890원, 교육세 금 29,024,060원을 각 부과하였고, 그 후 원고는 2004. 12. 6. 피고에게 이 사건 장례식장의 부속토지 부분에 관한 취득세 금 34,852,660원, 등록세 금 156,837,010원, 농어촌특별세 금 3,485,260원, 교육세 금 31,367,400원을 신고납부하였다(

지방세법 제72조 제1항에 의하면 지방세 신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 의제되는바, 위 2004. 8. 10.자 각 부과처분 및 2004. 12. 6.자로 신고납부한 세액의 각 부과처분을 모두 합하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 3, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3, 4호증, 갑 제5호증의 1, 2, 을 제1호증의 1 내지 3, 을 제2, 5호증의 각 기재, 변론의 전취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고는 이 사건 각 처분이 관련법령에 따른 것이어서 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 각 처분이 위법하다고 주장한다.

(1) 첫째, 원고는 이 사건 대지를 취득하기 이전인 1996. 10. 8. 이 사건 병원의 신축을 위한 건축허가를 받아 그 신축공사를 진행하다가 1997. 11. 30. 이 사건 대지를 취득하였고, 그 이후에도 계속하여 병원 신축공사를 진행하였는바, 이와 같이 원고가 위 취득일 전후에 걸쳐 이 사건 대지에서 원고의 고유업무에 사용하기 위한 의료시설 및 그에 필수적으로 부속되는 은행, 식당 등 편의시설을 신축한 행위는 이 사건 토지를 원고의 고유업무에 직접 사용한 것이어서{원고는

구 지방세법시행령(1997. 10. 1. 대통령령 제15489호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 시행령’이라 한다) 제230조 및

구 지방세법시행령(1997. 12. 31. 대통령령 제15569호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘신 시행령’이라 한다) 제230조에 의하면 ‘당해 법인의 고유업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우’는

구 지방세법 제290조가 정한 직접사용의 범위에 포함된다는 점 등을 근거로 든다},

구 지방세법 제290조 단서가 적용될 수 없음에도 불구하고 위 규정을 적용하여 원고에게 지방세를 추징한 이 사건 각 처분은 위법하다.

(2) 둘째, ‘취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우’라고 규정한

구 지방세법 제290조 단서의 해석상 취득일로부터 1년 이내에 추징사유가 발생하지 않은 경우에는 그 이후에 추징사유가 발생하였다고 하더라도 더 이상 위 규정에 의한 추징은 불가능하다고 보아야 하는바, 원고는 이 사건 대지의 취득일인 1997. 11. 30.부터 1년 이상 이 사건 병원의 신축을 위한 건축공사를 진행하여, 이 사건 대지를 원고의 고유업무에 직접 사용하지 못한데 정당한 사유가 있었고, 따라서 이 사건 대지의 취득일로부터 1년 이내에 추징사유가 발생하지 아니하였음에도 불구하고 위 규정을 적용한 것은 위법하다.

(3) 셋째, 가사 원고가 이 사건 병원의 일부를 원고의 고유업무에 사용하지 아니하였다고 하더라도 원고는 이 사건 병원의 대부분을 원고의 진료업무를 위하여 사용하고 있으므로 이 사건 대지 전체가 원고의 고유업무에 사용되는 것으로 보아야 하고, 이 사건 병원 전체 면적에 대한 이 사건 건물 및 장례식장의 면적 비율에 따라 이 사건 대지에 대한 취득세 등을 부과하는 것은 법령상 근거가 없는 것이어서 과세요건법정주의에 반하여 위법하다.

(4) 넷째, 이 사건 각 처분은 부과 제척기간 5년을 도과한 것이어서 위법하다.

나. 관련법령

■ 구 지방세법

제30조의4 (부과의 제척기간)

① 지방세는 부과할 수 있는 날부터 5년간(납세자가 사기 기타 부정한 행위로서 지방세를 포탈하거나 환부 또는 경감받은 경우에는 10년간) 부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없다. 이 경우 지방세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다.

제120조 (신고납부)

③ 이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일이내에 당해 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 신고납부하여야 한다.

제150조의2 (신고납부)

③ 이 법 또는 다른 법령에 의하여 등록세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 등록세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일이내에 당해 과세표준에 제131조 내지 제149조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 신고납부하여야 한다.

제290조 (공공법인에 대한 과세면제)

① 다음 각호의 법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·종합토지세·도시계획세 및 공동시설세를 면제한다. 다만, 취득일부터 1년이내에 정당한 사유 없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.<개정 1995.12.6>

15. 서울대학교병원설치법 및 국립대학교병원설치법에 의하여 설립된 서울대학교병원 및 국립대학교병원

■ 신 시행령

제14조의2 (제척기간의 기산일)

② 다음 각호의 날은 제1항의 규정에 불구하고 지방세를 부과할 수 있는 날로 한다.

3. 비과세 또는 감면받은 세액등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 그 신고납부기한의 다음날

제230조 (직접사용의 범위) 법 제5장 중 종합토지세에 대한 감면규정을 적용함에 있어 직접사용의 범위에는 당해 법인의 고유업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우를 포함한다.

■ 구 시행령

제84조의4 (법인의 비업무용 토지의 범위)

① 법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다.

1. 법인이 토지를 취득한 날부터 1년(다음 각목에 정하는 토지에 대하여는 당해 각목에서 정하는 기간)내에 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지. 이 경우 건축공사중에는 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 보되, 건축공사중이라 하더라도 정당한 사유없이 건축공사를 중단한 기간을 합한 기간이 1년을 초과하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항에서 "법인의 고유업무"라 함은 다음 각호의 업무를 말한다.<개정 1996·12·31>

1. 법령에서 개별적으로 규정한 업무

2. 법인등기부상 목적사업(행정관청의 인·허가등을 요하는 사업은 인·허가등을 받은 경우에 한한다)으로 정하여진 업무

제230조 (고유업무의 범위) 법 제5장의 규정에서 "고유업무"라 함은 제84조의4 제2항에서 규정한 고유업무를 말한다. 이 경우 고유업무에 직접 사용할 건축물을 건축중인 때에는 당해 건축물의 부속토지는 이를 고유업무에 직접 사용하는 것으로 본다.

다. 판단

(1) 원고의 첫째 주장에 대한 판단

살피건대, 원고가 이 사건 병원에 은행, 식당 등 편의시설 및 장례식장을 두고 이를 운영하게 하는 것 자체를 의료법인인 원고의 고유업무라 할 수 없고, 그것이 원고의 고유업무인 진료업무 등을 위하여 필수불가결한 업무라고 볼 수도 없으므로, 이 사건 대지에서 은행, 식당 등 편의시설로 이용되는 이 사건 건물 및 이 사건 장례식장을 신축한 행위는 이 사건 대지를 원고의 고유업무에 직접 사용한 것이라 할 수 없다.

또한

구 시행령 제230조는 ‘법 제5장의 규정에서 고유업무라 함은

제84조의4 제2항에서 규정한 고유업무를 말한다. 이 경우 고유업무에 직접 사용할 건축물을 건축중인 때에는 당해 건축물의 부속토지는 이를 고유업무에 직접 사용하는 것으로 본다’라고 규정하고 있고, 신

시행령 제230조는 ‘법 제5장 중 종합토지세에 대한 감면규정을 적용함에 있어 직접사용의 범위에는 당해 법인의 고유업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우를 포함한다’고 규정하고 있으나, 위 두 조항에 의하더라도 이 사건 대지에서 은행, 식당 등 편의시설로 이용될 이 사건 건물 및 이 사건 장례식장을 신축한 행위는 원고의 고유업무에 직접 사용할 건축물을 건축하는 경우라고 할 수 없어, 결국 이 사건 대지를 원고의 고유업무에 직접 사용한 것이라 할 수 없다.

따라서 이와 다른 전제에 서 있는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 둘째 주장에 대한 판단

구 지방세법 제290조 제1항 단서에 의하면 법인의 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 인정되어 취득세와 등록세를 면제받은 경우라 하더라도 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 때에는 면제된 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고 있는바, 만일 부동산의 취득일 당시부터 그 부동산을 고유업무에 사용하지 못할 정당한 사유가 있는 경우에는 그 정당한 사유가 소멸한 날로부터 1년 이내에

구 지방세법 제290조 제1항 단서가 정한 위 추징사유가 발생하면 추징할 수 있다고 봄이 상당하다 할 것이고(

대법원 1992. 6. 23. 선고 91누13281 판결 참조), 원고의 이 부분 주장과 같이 취득일 당시부터 1년 동안 계속하여 그 정당한 사유가 있는 경우에는 그 이후 추징사유가 발생하더라도 면제된 취득세 등을 더 이상 추징할 수 없는 것으로 해석할 수 없다.

따라서 이 사건의 경우 원고가 이 사건 대지의 취득일 이전부터 이 사건 대지에서 이 사건 건물 및 장례식장을 신축한 것은 이 사건 대지를 원고의 고유업무에 사용하지 못할 정당한 사유가 된다고 할 것이고, 따라서 그 정당한 사유가 소멸한 때, 즉 이 사건 병원 건물에 관한 사용승인을 거쳐 이를 그 용도에 따라 사용할 수 있게 된 때로부터 1년 이내에 원고가 다른 정당한 사유 없이 이 사건 건물 및 장례식장을 원고의 고유업무에 사용하지 않은 이상 그 부속토지 부분에 관한 취득세 등을 추징한 이 사건 각 처분은 적법하다고 할 것이니, 이를 다투는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(3) 원고의 셋째 주장에 대한 판단

살피건대, 원고가 이 사건 병원 대부분을 원고의 진료업무 등에 사용하고 있다고 하여 원고가 이 사건 대지 전체를 원고의 고유업무에 사용하는 것으로 볼 수는 없고, 원고가 이 사건 병원의 일부인 이 사건 건물 및 장례식장을 그 고유업무에 사용하지 아니하는 이상, 피고로서는 이 사건 병원 전체의 연면적에 대한 이 사건 건물 및 이 사건 장례식장의 연면적 합계 비율을 산정하여 그 비율에 걸맞는 이 사건 대지 부분에 대하여 취득세 등을 추징할 수 있다고 할 것이므로(

대법원 1999. 10. 8. 선고 98두15139 판결 참조), 이를 다투는 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(4) 원고의 넷째 주장에 대한 판단

구 지방세법 제30조의4 제1항은 지방세는 부과할 수 있는 날로부터 5년간 부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없다고 규정하고 있고, 여기에서 ‘부과할 수 있는 날’이라 함은 신

시행령 14조의2 제2항 제3호가 규정하는 바와 같이 ‘비과세 또는 감면받은 세액 등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 그 신고납부기한의 다음날’을 말하는데, 한편

구 지방세법 제120조 제3항은 ‘이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는

제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일 이내에 당해 과세표준액에

제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 신고납부하여야 한다’고 규정하고 있고,

구 지방세법 제150조의2 제3항도 등록세에 관하여

제120조 제3항과 같은 취지로 규정하고 있는바, 이 사건의 경우 이 사건 건물 및 장례식장의 부속토지 부분이

구 지방세법 제290조 제1항 단서에 의한 추징대상으로 된 것은 이 사건 건물에 대한 임시사용승인이 있은 무렵인 2003. 4. 4.경 및 이 사건 장례식장이 완공된 2004. 11.경이라 할 것이고, 그로부터 각 30일이 경과한 시점부터 부과제척기간인 5년이 경과하지 않은 2004. 8. 10. 및 2004. 12. 6. 이 사건 각 처분이 이루어졌으므로, 이 사건 처분은 부과제척기간을 도과하지 않은 것으로서 적법하다고 할 것이니, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로 이를 각 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.