상고이유를 판단한다.

「지방세법」제107조 제1호와 제127조 제1항 제1호는 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 및 그 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있는바, 위 각 규정에서 비영리사업자가 당해 부동산을 ‘그 사업에 사용’한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 사용’의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2005. 12. 23. 선고 2004다58901 판결 등 참조).

원심판결 이유와 같이 원고 교회의 신도 수 등에 비추어 담임목사 외에 부목사가 필요한 사정은 수긍이 되나, 한편 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면, 원고 교회에 적용되는 헌법에서 부목사는 담임목사를 보좌하는 임기 1년의 임시목사로서 계속 시무하게 하려면 매년 당회장이 노회에 청원하여 승낙을 받도록 정하고 있는 점 등을 알 수 있는바, 원고 교회의 부목사가 담임목사를 보좌할 목적으로 수시로 노회의 승낙을 받아 임시로 시무하는 것이라면 원고 교회의 종교 활동에 필요불가결한 중추적인 지위에 있다고는 할 수 없으므로, 부목사의 사택으로 제공된 부동산들이 원고 교회의 목적사업에 직접 사용되는 것이라고는 할 수 없어 위 각 규정에서 정한 비과세 대상에 해당하지 않는다고 할 것이다(대법원 1997. 12. 12. 선고 97누14644 판결 등 참조).

그럼에도 원심은 위 각 규정의 해석상 교회의 목적사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 그 용도에 직접 사용하는지 여부를 묻지 않고 취득세와 등록세를 부과할 수 없다고 판단하고, 가사 위 각 규정에서 정한 비과세 대상에 해당하기 위하여는 해당 부동산을 그 용도에 직접 사용할 것이 요구된다고 하더라도 원고 교회와 같은 대형화된 교회에서는 부목사의 도움 없이 담임목사 혼자서 교회의 본질적인 업무를 수행하는 것이 불가능한 점 등 그 판시와 같은 사정에 비추어 원고 교회의 부목사는 원고 교회의 종교 사업에 필요불가결한 존재이고, 따라서 부목사에게 사택을 제공하는 것은 원고의 목적사업인 예배와 포교에 필수적으로 수반되는 것으로서 그 목적사업에 직접 사용하는 것이라 봄이 상당하다고 판단하였으니, 이러한 원심판결에는 위 각 규정에서 정하는 ‘그 사업에 사용’하는 점에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있고, 이를 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

그러므로 원심판결 중 피고 패소부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 관여 대법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.

-------------------------------------------------------

【하급심-부산고등법원 2009. 2. 6. 선고 2008누2705 판결】

【주문】 처분청일부승소

1. 제1심 판결 중 다음에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소한다.

피고가 2006. 8. 16. 원고에 대하여 한 부과처분 중 취득세 4,292,700원, 농어촌특별세 281,290원, 등록세 3,063,480원, 지방교육세 561,630원에 대한 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송총비용은 이를 4분하여 그 3은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【이유】

1. 제1심 판결 이유 기재의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결문 제6면 라. 판단 중 "(1) 이 사건 제1-1, 2 부동산이 종교적 용도에 사용되는지 여부" 및 "(6)"항 이하 부분을 다음과 같이 고쳐 쓰는 외에는 제1심 판결 이유 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 당심에서 고쳐쓰는 부분

"⑴ 이 사건 제1-1, 2 부동산이 종교적 용도에 사용되는지 여부

(가) 그 용도에 직접 사용하여야만 비과세 대상인지 여부

1) 「지방세법」제107조는 "제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여 취득세를 부과한다."는 취지로 규정하고 있다(「지방세법」제127조는 등록세에 대하여도 동일한 취지로 규정하고 있으므로 이하에서는 취득세에 대하여만 판단하나 그 내용은 동일하다).

2) 따라서 위 조항의 본문에만 충실하면 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자(이 사건에서는 교회가 쟁점이 되어 있으므로 이하에서는 이를 줄여서 ‘교회’라고만 표시한다)가 취득하는 부동산은 목적 사업에 사용하기만 하면 그 용도에 직접 사용하든지 않든지를 불문하고 취득세를 부과하지 아니한다고 해석하여야 할 것이다.

3) 그런데 취득 부동산을 교회의 목적 사업에 사용하기는 하지만 그 용도에 직접 사용하지 않았을 경우에 본문에 의하여 비과세 하였다가 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로 과세를 할 수 있다고 한다면, 당초의 비과세처분은 진정한 의미의 비과세가 아니라 단순한 과세유예에 불과한 것으로 되기 때문에 받아들일 수 없다. 따라서 교회의 목적사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 그 용도에 직접 사용하는지 여부를 묻지 않고 취득세를 부과할 수 없다고 해석하여야 할 것이다.

4) 한편, 위 조항은 1995. 12. 29. 법률 제5109호로 개정되기 전에는 "교회가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다."고 규정되어 있다가 위 개정 이후에는 "교회가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다."로 규정되어 본문과 단서에서 ‘직접’이라는 용어가 모두 빠졌다가 2000. 12. 29. 법률 제6312호로 현재와 같이 개정되는 등 그 본문 또는 단서에서 ‘직접’이라는 용어가 삽입되기도 하고 삭제되기도 하였는바, 1995년 법률개정에 따라 ‘직접’이라는 용어가 삭제되자 당시 내무부는 종교단체에 대한 부동산의 비과세 범위를 정하면서 "담임목사뿐만 아니라 부목사, 전도사의 주거용으로 사용하기 위한 사택의 목적으로 취득하는 부동산에 대하여도 취득세 또는 등록세를 비과세한다."는 기준(내무부 세정 13430-58, 1996. 2. 6.)을 설정한 바 있는데, 이는 과세관청 역시 ‘직접’이라는 요건을 요구할 때는 부목사의 사택에 대하여는 취득세를 부과하여야 하지만, 그렇지 않으면 비과세 한다는 기준을 설정한 것으로 보이는 바, 그 이후 위 조항의 본문은 아무런 변경이 없는데도 부목사의 사택이 교회의 목적 사업에 ‘직접’ 사용되지 않는다는 이유로 취득세를 부과하는 것은 그 해석 및 적용에 일관성이 없다는 비난을 면하기 어렵다.

(나) 부목사가 교회에 필요불가결한 존재인지 여부

1) 가사 위 조항을 교회의 목적 사업에 사용하기 위한 것이기는 하지만 ‘직접’ 사용에 해당하지 않으면 비과세 할 수 없다고 해석한다고 하더라도, 교회의 목적 사업에 ‘직접’ 사용한다는 의미는 문언 그대로 그 사업자체에 직접 사용되는 것으로 한정할 것은 아니고, 교회의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것인바, 교회의 경우 교회의 본질적 특성인 예배와 전도 등을 위하여 그 부동산을 사용하거나 그 사용이 예배 및 전도 등의 활동에 필수적으로 수반되는 경우라면 교회의 목적사업에 직접 사용된다고 할 수 있을 것이다.

2) 그러므로 살피건대, 갑6호증, 갑8호증, 갑25호증 내지 31호증의 각 기재(각 가지번호 포함), 제1심 증인 박○○, 당심 증인 이○○의 각 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정되는 다음과 같은 사정 즉, 목사는 일정한 신학교육을 받고나서 전도사 및 강도사 등의 단계를 밟은 후 노회에서 목사 안수를 받은 자로서 그리스도의 복음을 전파하고, 성례를 거행하며, 교회를 치리하는 자이고, 그 구체적인 직무는 교인을 위해 기도하는 일, 하나님의 말씀을 봉독하고 설교하는 일, 찬송을 지도하는 일, 성례를 거행하는 일, 하나님의 사자로서 축복하는 일, 교인을 교육하는 일, 교인을 심방하는 일, 장로와 협력하여 치리권을 행사하는 일 등이 있는데, 그 중 설교하는 일, 성례를 거행하는 일, 하나님의 사자로서 축복하는 일은 장로를 포함한 일반 교인은 물론 전도사나 강도사의 자격으로서도 할 수 없고 반드시 목사의 자격을 구비한 사람만이 할 수 있는 점, 전통적인 농촌사회에서는 마을 단위의 소규모 교회가 대부분이었고 그러한 소규모 교회에서는 담임목사 한 사람이 위와 같은 교회의 제반 업무를 담당할 수 있었지만, 도시화가 급격히 진행됨에 따라 전통적인 사회에서는 상상할 수 없었던 규모인 수천에서 수만 명, 심지어 수십만 명의 교인들이 그 도시 안에서는 물론 인근 도시에서까지 찾아와 모여 예배를 보는 대형화된 교회가 다수 나타났고, 그와 같은 대형교회에서는 담임목사 혼자서는 목사 자격을 구비하여야만 할 수 있는 설교, 성례, 축복 등의 일을 감당하기에도 버겁게 되었고 나아가 전도, 심방, 교회행정, 교육, 상담, 교회음악 등 목사로서의 제반 업무를 수행하면서 교회를 유지·발전시킨다는 것은 거의 불가능한 실정에 이르렀으며, 그와 같은 사정 하에서 담임목사를 보좌하거나 때로는 대행하기 위한 부목사라는 직책이 필연적으로 등장하게 된 점, 부목사는 평상시에는 주일 낮 예배의 설교를 주로 담당하면서 교회의 전반적인 업무를 통할하는 담임목사를 보좌하여 주일예배의 사회 그리고 수요일 예배, 금요철야기도회, 새벽기도회의 사회 및 설교, 주일학교 등 교회 내의 각 기관의 관리·지도, 각 권역별 교구를 맡아 교인들을 관리하고 구역예배를 인도하는 일, 환자나 낙심한 자를 심방하는 일 등을 담당하고 있지만, 담임목사가 다른 교회로 이동하고 새로운 담임목사가 부임하지 못하고 있는 장기간의 공백 기간(그 기간이 때로는 수년이 되는 경우도 있다) 동안은 물론 부흥집회로 인한 출타, 질병으로 인한 입원 등의 단기간 부재 시에도 담임목사의 직무를 대행하는 경우가 있고 또 담임목사와 마찬가지의 신학교육을 받고 노회에서 안수받은 목사로서 교회에 부임하게 되면 목사 직무에만 전임하고 별도의 직업을 겸하여 가질 수 없는 점, 부목사가 노회에서 안수를 받는 것은 목사로서 안수를 받는 것이지 부목사로서 안수를 받는 것이 아니기 때문에 부목사로 시무하다가 다른 교회의 담임목사로 이동하기도 하고, 담임목사로 시무하다가 다른 교회의 부목사로 이동할 수도 있고, 담임목사의 경우에는 세례교인 전체로 구성된 공동의회의 결의로 청빙(본 교회에서 시무하여 달라고 요청하는 것을 뜻한다)하지만 부목사는 목사 및 장로로 구성된 당회 또는 교회 제직으로 구성된 제직회의 결의로 청빙하는 점에 차이가 있기는 하나 담임목사가 부목사를 마음대로 청빙할 수 있는 것은 아니고, 담임목사나 부목사를 청빙하기 위해서는 어느 경우나 노회의 허락을 받아야 하는 점, 담임목사 중에는 조직교회의 청빙을 받아 위임받은 목사도 있지만(위임이라 함은 목사를 정년까지 시무하도록 허락한다는 교회의 공식적인 약속을 의미한다), 당회가 조직되어 있지 않은 미조직교회의 청빙을 받았거나 조직교회에서 청빙을 받았으나 사정상 위임을 받지 못한 임시목사(임시목사라고 할 때 ‘임시’라는 것은 임기의 정함도 없이 일시적으로 잠깐 혹은 잠정적으로 근무한다는 취지가 아니라 정년이 보장되지 않는다는 정도의 의미이다. 그렇기에 임시목사의 임기는 잠깐이 아니라 1년으로 교회헌법상 규정되어 있는 것이다) 등 두 종류가 있는데, 위임목사는 정년인 70세 또는 75세까지 시무할 수 있지만, 임시목사는 교회헌법상 임기는 1년이지만 실제로는 교회헌법의 규정과는 달리 위임목사와 마찬가지로 별다른 절차 없이 정년까지 시무하는 경우가 대부분이고, 부목사도 위임받지 못한 임시목사이기 때문에 임기가 1년이지만 실제로는 교회를 이동할 때까지는 노회의 연임허락을 받지 않고 계속 시무할 수 있는 경우가 대부분인 점(따라서 부목사도 다른 교회로 이동하지 않는 한 정년까지 시무할 수 있고, 또한 다른 교회로 이동할 때 노회의 허락을 받아야 하는 것은 위임목사인 담임목사도 마찬가지이다), 원고 교회는 가 2008년 현재 4,700여 명이고, 담임목사 이외에 24명의 부목사가 있으며, 원고 교회는 지역별로 7개의 교구가 있고, 원고

주소지 소재 본부 이외에도 17개의 지교회(그 중 해외에 9개)를 두고 있으며, 각 교구 또는 지교회에는 대체로 부목사를 책임자로 세워 운영하고 있고, 담임목사인 류○○는 다락방전도운동이라는 활동을 활발히 전개하여 국내 220여 곳에서 다락방 전도학교를 개설 운영하고 있으며, 또한 대한예수교장로회 소속 전도총회교단을 창립하여 교단을 주도적으로 이끌고 있어서 원고 교회의 업무에만 전념하지 못하고 출타하는 일이 잦아서 많은 업무를 부목사에게 분담시키고 있는 점, 원고 교회 목사들의 거주 현황을 보면 원고 교회의 담임목사인 류○○는 본인 소유의 집에서 거주하고 있으며, 부목사 중 8명에게는 원고 교회 소유의 사택을 제공하고, 10명에게는 전세금을 지원하며, 6명은 본인 소유의 집에서 거주하고 있는 점 등에 비추어 보면, 부목사는 담임목사를 보좌하는 업무를 주로 수행하고 있다고 하더라도 원고 교회와 같이 대형화된 현대 교회에서는 부목사라는 존재의 도움이 없이 담임목사 혼자서는 교회의 본질적 사업인 예배와 전도 등을 감당하며 교회를 유지, 발전시켜 나간다는 것은 불가능한 현실이고 따라서 원고 교회에서도 부목사는 원고 교회의 종교사업에 필요불가결한 존재라고 인정하지 않을 수 없으며, 그와 같은 사정하에서 부목사에게 사택을 제공하는 것은 원고의 목적사업인 예배와 포교에 필수적으로 수반되는 것으로서 그 목적사업에 직접 사용하는 것이라 봄이 상당하다(피고는 부목사가 수시로 노회의 승낙을 받아 임명되어 임의로 시무하는 목사라고 표현하고 있으나 그 의미가 무엇인지 이해하기 어렵다. 노회의 승낙 또는 허락을 받아야 시무할 수 있는 것은 부목사뿐 아니라 담임목사의 경우도 마찬가지이기 때문에 부목사에게만 해당되는 특수한 사정이라 보기 어렵고, 또한 임의로 시무한다는 표현 역시 임시목사를 달리 표현한 것이 아닌가 짐작되지만, 위에서 본 바와 같이 임시목사라는 의미가 일시적으로 잠깐 혹은 잠정적으로 근무한다는 의미가 아니라 정년이 보장되지 않는다는 의미라고 파악하는 이상 그 지위를 임의로 시무한다거나 임시로 시무한다고 표현하는 것 역시 부목사에 대한 표현으로는 적합하지 않고, 설사 부목사 개인의 임기가 1년이라는 사실 때문에 그 신분에 불안정한 면이 있다고 하더라도 특정 부목사가 아니라 부목사라는 직책 자체가 교회의 종교사업에 필요불가결하다는 사실에는 변함이 없기에 그 표현 역시 적합하다고 볼 수 없다).

3) 대법원은 일찍이 의료법인이 설치, 운영하는 병원에서 근무하는 간호사 및 일반사무직원을 위한 기숙사로 사용하기 위하여 취득한 아파트는 그 의료법인의 목적사업에 직접 사용하는 재산에 해당하므로 취득세의 비과세 대상에 해당한다는 판결을 선고한 바 있는데(대법원 1992. 9. 22. 선고 92누7351 판결 참조), 그 판결의 취지에 비추어보더라도 부목사의 사택으로 사용하기 위한 부동산의 취득을 교회의 목적사업에 직접 사용되는 부동산의 취득에 해당한다고 보는 것이 균형에 맞을 것이다.

"(6) 따라서 이 사건 처분 중 이 사건 제1-1, 2 부동산에 부과한 취득세 4,292,700원, 농어촌특별세 281,290원, 등록세 3,063,480원, 지방교육세 561,630원에 관한 처분은 위법하고, 나머지 제2, 제3, 4, 제5 부동산에 부과한 처분은 적법하다."

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이 사건 제1-1, 2 부동산에 부과한 취득세 4,292,700원, 농어촌특별세 281,290원, 등록세 3,063,480원, 지방교육세 561,630원에 대한 부분만 이유 있어 이를 인용하고 나머지는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로 제1심 판결 중 위에서 인용한 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소하고, 그 부분에 해당하는 피고의 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

-------------------------------------------------------

【하급심-부산지방법원 2008. 6. 12. 선고 2007구합2075 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 이 사건 각 부동산의 취득 및 비과세

⑴ 원고는 2001. 8. 20. 김00로부터 부산 ○○구 00동 327-79 주택 83.66㎡(이하 ‘이 사건 제1-1 부동산’이라 한다)를 증여받고, 2001. 8. 21. 피고에게 이를 종교용 재산으로 취득신고하여 이에 대한 취득세 및 등록세 등(농어촌특별세 및 지방교육세 포함, 이하 같다)의 부과를 면제받았다.

⑵ 원고는 2001. 10. 25. 김00로부터 부산 ○○구 00동 510-11 00아파트 215동 801호(이하 ‘이 사건 제1-2 부동산’이라 한다)를 매수하고, 같은 날 피고에게 이를 종교용 재산으로 취득신고하여 이에 대한 취득세 및 등록세 등의 부과를 면제받았다.

⑶ 원고는 2002. 3. 25. 정○○으로부터 부산 ○○구 00동 산47 임야 6,248㎡(이하 ‘이 사건 제2 부동산’이라 한다)를 매수하고, 같은 날 피고에게 이를 종교용 재산으로 취득신고하여 이에 대한 취득세 및 등록세 등의 부과를 면제받았다.

⑷ 원고는 2002. 6. 10. 부산지방법원 2001타경28014호 부동산임의경매 절차에서 부산 ○○구 00동 산46-5 임야 7,351㎡ 중 3,107/7,351 지분(이하 ‘이 사건 제3 부동산’이라 한다. 위 산46-5 토지는 2003. 11. 20. 같은 동 산46-5 임야 4,244㎡ 및 같은 동 산46-14 임야 3,107㎡로 분할되었고, 원고는 그 중 위 공유지분에 해당하는 위 산46-14 임야의 단독소유자가 되었다)과 같은 동 산46-13 임야 6,812㎡(이하 ‘이 사건 제4 부동산’이라 한다)를 경락받고, 같은 날 피고에게 이를 종교용 재산으로 취득신고하여 이에 대한 취득세 및 등록세 등의 부과를 면제받았다.

⑸ 또한, 원고는 2002. 6. 10. 백○○으로부터 부산 ○○구 00동 ***-12 ○○타운 ○○동 201호(이하 ‘이 사건 제5 부동산’이라 한다)를 매수하고, 2002. 6. 20. 피고에게 이를 종교용 재산으로 취득신고하여 이에 대한 취득세 및 등록세 등의 부과를 면제받았다.

나. 이 사건 처분

⑴ 피고는 2006. 8. 16. 원고에게 당초 이 사건 각 부동산을 종교용 재산으로 보아 비과세하였으나, 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 용도에 직접사용하지 아니하였다는 이유로, 이 사건 각 부동산에 대하여 별지 목록 기재와 같이 취득세 20,356,830원, 농어촌특별세 1,753,820원, 등록세 28,233,720원, 지방교육세 5,176,160원의 각 부과처분을 하였다.

⑵ 이에 대하여 원고는 2006. 11. 6. 행정자치부장관에게 위 각 부과처분에 관한 심사청구를 제기하여, 이 사건 제5 부동산에 대한 취득세 및 등록세 등의 각 부과처분을 취소하고, 이 사건 제1-1 부동산에 대한 등록세율을 1,000분의 15에서 1,000분의 8로 감액하는 내용의 경정결정을 받았고, 피고는 2007. 2. 28.경 위 심사결정에 따라 별지 목록 기재와 같이 이 사건 각 부동산에 대한 취득세 및 등록세 등을 각 감액하는 처분을 하였다(이하 위와 같이 감액된 취득세 및 등록세 등의 각 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 4호증, 갑 15호증, 을 1 내지 6호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 증인 박○○의 증언, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

⑴ 원고는 이 사건 제1-1, 1-2 부동산을 각 부목사의 사택으로, 이 사건 제2 부동산을 원고교회 선교원의 자연체험학습장으로, 이 사건 제3, 4부동산을 원고 교회의 주차장으로 각 사용해 왔으므로, 이 사건 각 부동산은 종교적 용도에 사용되는 재산으로서 비과세 대상이다.

⑵ 가사, 이 사건 제2, 3, 4 부동산이 종교적 용도에 사용되지 않았다 하더라도, 교회신축을 위한 노력을 계속해 오는 등 그 용도에 직접 사용하지 않은 데에 정당한 사유가 있으므로, 위 각 부동산은 지방세법 소정의 비과세 대상이다.

⑶ 따라서, 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련법령

[지방세법]

제107조 (용도구분에 의한 비과세 )

다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제127조 (용도구분에 의한 비과세 )

①다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

다. 인정사실

⑴ 원고 교회는 현재 교인수가 4,700여명이고, 목사의 수가 23명(담임목사 1명, 부목사 22명)에 이르는 교회이다.

⑵ 원고는 이 사건 제1-1, 1-2 부동산을 그 취득일로부터 계속 원고 교회 부목사의 사택으로 사용해왔으며, 현재 이 사건 제1-1 부동산은 원고 교회의 부목사인 김○○가, 이 사건 제1-2 부동산은 원고 교회의 부목사인 김○○이 각 사택으로 사용하고 있다.

⑶ 원고는 2004.경부터 교회 건물 내에서 민간보육시설인 새싹어린이집을 운영해오고 있는데, 현재 이 사건 제2 부동산 중 일부인 약 420㎡ 토지에는 텃밭이 조성되어 있고, 위 어린이집에서는 이를 자연체험 학습장으로 사용하고 있다.

⑷ 원고는 교인수의 증가로 인한 주차난을 해소하기 위하여 이 사건 제3, 4토지를 매입하였는데, 그 중 원래부터 예비군 교육장으로 사용되던 이 사건 제4 토지는 시멘트 또는 자갈로 평탄화 작업을 하여 원고 교회의 주차장으로 사용해왔으나, 이 사건 제3 토지는 차량진입이 불가능한 임야인 관계로 매입이후 현재까지 그대로 방치되어 있는 상태이다.

⑸ 원고의 행정사무국장인 최○○은, 이 사건 제4 토지 중 535㎡에 관하여 시멘트 포장공사를 하고 주차장으로 사용함으로써 관할관청의 허가 없이 위 토지를 불법형질변경하였다는 범죄사실로, 부산지방법원 2004고정564호 국토의계획및이용에관한법률위반 사건에서 벌금 2,000,000원의 약식명령을 받았다.

⑹ 한편, 원고는 2005. 5.경 피고에게 이 사건 제2, 3, 4 부동산과 연접해 있는 교회건물 부지인 부산 ○○구 00동 666-2 종교용지 11,446㎡(이하 ‘이 사건 교회부지’라 한다) 토지 위에 교회건물을 신축하기 위하여 건축허가신청을 하였다가 이를 취하하였고, 같은 해 6. 및 8.경 다시 건축허가신청을 하였다가 위 각 신청을 취하한 바 있다.

⑺ 또한, 원고는 2006. 9.경 피고에게 이 사건 2, 3, 4 부동산에 관하여 주차장 시설확보를 위한 개발행위(토지형질변경)허가를 신청하였으나, 피고는 2006. 10. 10. 이에 대하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 및 동법 시행령 상의 개발행위허가 규모에 적합하지 않다는 이유로 불허가 결정을 하였다.

[인정 근거] 갑 3 내지 9호증, 갑 11 내지 13호증, 을 5 내지 9호증의 각 기재, 증인 박○○의 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

⑴ 이 사건 제1-1, 2 부동산이 종교적 용도에 사용되는지 여부

살피건대, 위 인정사실에 의하면, 원고교회의 신도 수 등에 비추어 볼 때 위 교회에 담임목사 외에 부목사 등이 필요한 점은 인정되나, 부목사는 교회의 필요에 따라 담임목사를 보좌하기 위하여 수시로 노회의 승낙을 받아 임명되어 임의로 시무하는 목사라는 점에서 그 교회의 종교활동에 필요불가결한 중추적인 지위에 있다고는 할 수 없고, 부목사에게 사택을 제공하는 것이 예배와 포교에 필수적으로 수반되는 것이라고 볼 수도 없으므로, 위 각 부동산이 부목사의 사택으로 사용되는 것은 그 종교적 목적사업에 직접 사용되는 것이라고 할 수 없고, 따라서 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.

⑵ 이 사건 제2 부동산이 종교적 용도에 사용되는지 여부

살피건대, 「지방세법」제107조 및 제127조 소정의 용도에 직접 사용되는지의 해당 여부는 당해 비영리법인의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것이고(대법원 1995. 4. 14. 선고 94누8211, 94누8228 판결 참조), 종교적 용도에 사용되는 토지라 함은 종교의식, 예배, 종교교육, 선교 등에 직접 공여되는 토지를 말한다고 할 것인바, 위 법리에 비추어 보면, 앞에서 본 바와 같이 원고교회 부설 어린이집에서 이 사건 제2 부동산을 텃밭으로 조성하여 자연체험 학습장으로 사용하고 있다고 하더라도, 이를 들어 이 사건 제2 부동산이 종교적 용도에 직접 사용되는 것이라고 할 수는 없으므로(더욱이 그 면적도 이 사건 제2 부동산의 전체면적 6,248㎡ 중 420㎡에 불과한 점에 비추어 보면, 위 텃밭은 원고가 이 사건 제2 부동산을 매수할 당시 원래 예정하였던 용도는 아니고, 단지 이 사건 제2 부동산을 방치할 수 없어 그 중 일부를 임시적으로 활용하고 있는 것에 불과해 보인다), 이 부분 원고의 주장도 이유 없다.

⑶ 이 사건 제3 부동산이 종교적 용도에 사용되는지 여부

살피건대, 원고는 이 사건 제3 부동산이 원고 교회의 주차장으로 사용되고 있다고 주장하나, 이를 인정할 아무런 증거가 없으므로(오히려, 이 사건 제3 부동산이 매입이후 현재까지 임야인 상태 그대로 방치되어 있는 사실은 앞서 본 바와 같다), 이 부분 원고의 주장 또한 이유 없다.

⑷ 이 사건 제4 부동산이 종교적 용도에 사용되는지 여부

살피건대, 지방세법상 비과세대상인 종교적 용도에의 ‘사용’이란 법인의 목적사업을 전제로 그 적법한 수행을 뜻하는 것이므로, 그 과정에서 사소한 행정법규의 위반이 있다는 등의 경우에까지 ‘사용’에 해당하지 않는다고는 할 수 없지만, 토지의 용도에 관한 법적 규제에 위반하거나 형질변경 허가신청조차 없이 무단으로 형질을 변경하여 언제든지 철거 또는 시정명령의 대상이 되는 임시적·불법적 사용의 경우까지 여기에서 말하는 사용에 해당한다고 할 수는 없다 할 것인데, 앞에서 본 바와 같이 원고가 관할관청으로부터 허가를 받지 아니하고 임야인 이 사건 제4 부동산을 형질변경하여 주차장으로 사용해 왔고, 이에 대하여 원고의 사무국장이 법원으로부터 약식명령을 받기도 하였으니, 위와 같은 원고의 위 행위를 들어 원고가 이 사건 제4 부동산을 고유목적인 종교생활에 직접 사용한 것이라고 볼 수는 없으므로, 이 부분 원고의 주장도 이유 없다.

⑸ 종교적 용도에 사용하지 않는 정당한 사유가 있는지 여부

위 각 관련 법령의 비과세규정의 취지는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여, 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득 및 이에 관한 등기에 대하여는 취득세 및 등록세를 과세하지 아니하는 혜택을 주되, 취득 및 등기일로부터 3년 이내에 이를 정당한 사유 없이 고유의 목적사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는, 취득세 및 등록세를 부과함으로써, 부동산의 효용가치를 증대시키고, 부동산투기 등을 근절하는 데 있다고 할 것이고, 위 각 규정에서 정당한 사유라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법 취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두229 판결 등 참조).

이 사건으로 돌아와 보건대, 위 인정사실을 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, 이 사건 제2, 3, 4 부동산은 그 지목이 임야로 되어 있어 지목변경 등의 절차를 거치지 아니한 상태에서는 이를 원고의 고유의 목적사업에 직접 사용할 수 없었던 점, 원고는 위 각 부동산에 관하여 관할관청인 피고에게 개발행위허가(토지형질변경) 신청을 한 바 있으나, 이는 위 각 부동산을 취득한 후 3년이 경과함은 물론, 이 사건 처분이 이루어진 이후에야 이루어진 것일 뿐만 아니라, 위 신청은 관련법령에 규정된 개발행위허가의 규모를 초과하는 것이어서 신청대로 허가가 이루어질 수 없는 점, 원고는 교회건물신축에 관한 건축허가신청을 한 바 있으나, 이는 위 각 부동산이 아닌 이 사건 교회부지에 관한 건축허가신청일 뿐이고, 더욱이 원고는 위 건축허가신청을 3차례 하였다가 위 신청을 모두 취하한 점, 이외에 원고가 위 각 부동산을 고유의 목적사업에 사용하기 위하여 노력을 기울였다고 볼만한 자료가 없는 점 등에 비추어 보면, 원고가 비영리법인이라고 할지라도 위 각 부동산을 취득할 당시 이미 위 각 부동산 위에 종교시설을 건축하기 어려운 사유가 있음을 알았거나, 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황 하에서 위 각 부동산을 취득한 후 유예기간을 경과하였다고 할 것이고, 이는 취득 및 등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 이 사건 토지 및 건물을 그 사업에 사용하지 아니한 경우에 해당하여 취득세 및 등록세 등의 비과세대상에서 제외된다 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

⑹ 따라서, 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.