교회의 신도 수 등에 비추어 볼 때 위 교회에 담임목사 외에 부목사 등이 필요한 점은 인정되나, 부목사는 교회의 필요에 따라 담임목사를 보좌하기 위하여 수시로 노회의 승낙을 받아 임명되어 임의로 시무하는 목사라는 점에서 필요불가결한 중추적인 지위에 있다고는 할 수 없고, 부목사에게 사택을 제공하는 것이 예배와 포교에 필수적으로 수반되는 것이라고 볼 수도 없다. 따라서 부동산이 부목사의 사택으로 사용되는 것은 그 종교적 목적사업에 직접 사용되는 것이 아니므로 부과처분은 정당하다.

1. 처분의 경위

가. 이 사건 각 부동산의 취득 및 비과세

⑴ 원고는 2001. 8. 20.

김형관으로부터 부산 영도구

동삼동 327-79 주택 83.66㎡(이하 ‘이 사건 제1-1 부동산’이라 한다)를 증여받고, 2001. 8. 21. 피고에게 이를 종교용 재산으로 취득신고하여 이에 대한 취득세 및 등록세 등(농어촌특별세 및 지방교육세 포함, 이하 같다)의 부과를 면제받았다.

⑵ 원고는 2001. 10. 25.

김봉완으로부터 부산 영도구

동삼동 510-11 동삼절영아파트 215동 801호(이하 ‘이 사건 제1-2 부동산’이라 한다)를 매수하고, 같은 날 피고에게 이를 종교용 재산으로 취득신고하여 이에 대한 취득세 및 등록세 등의 부과를 면제받았다.

⑶ 원고는 2002. 3. 25.

정태숙으로부터 부산 영도구

동삼동 산47 임야 6,248㎡(이하 ‘이 사건 제2 부동산’이라 한다)를 매수하고, 같은 날 피고에게 이를 종교용 재산으로 취득신고하여 이에 대한 취득세 및 등록세 등의 부과를 면제받았다.

⑷ 원고는 2002. 6. 10. 부산지방법원 2001타경28014호 부동산임의경매 절차에서 부산 영도구

동삼동 산46-5 임야 7,351㎡ 중 3,107/7,351 지분(이하 ‘이 사건 제3 부동산’이라 한다. 위 산46-5 토지는 2003. 11. 20. 같은 동 산46-5 임야 4,244㎡ 및 같은 동 산46-14 임야 3,107㎡로 분할되었고, 원고는 그 중 위 공유지분에 해당하는 위 산46-14 임야의 단독소유자가 되었다)과 같은 동 산46-13 임야 6,812㎡(이하 ‘이 사건 제4 부동산’이라 한다)를 경락받고, 같은 날 피고에게 이를 종교용 재산으로 취득신고하여 이에 대한 취득세 및 등록세 등의 부과를 면제받았다.

⑸ 또한, 원고는 2002. 6. 10.

백철홍으로부터 부산 영도구

동삼동 680-12 에덴금호타운 제상가동 201호(이하 ‘이 사건 제5 부동산’이라 한다)를 매수하고, 2002. 6. 20. 피고에게 이를 종교용 재산으로 취득신고하여 이에 대한 취득세 및 등록세 등의 부과를 면제받았다.

나. 이 사건 처분

⑴ 피고는 2006. 8. 16. 원고에게 당초 이 사건 각 부동산을 종교용 재산으로 보아 비과세하였으나, 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 용도에 직접사용하지 아니하였다는 이유로, 이 사건 각 부동산에 대하여 별지 목록 기재와 같이 취득세 20,356,830원, 농어촌특별세 1,753,820원, 등록세 28,233,720원, 지방교육세 5,176,160원의 각 부과처분을 하였다.

⑵ 이에 대하여 원고는 2006. 11. 6. 행정자치부장관에게 위 각 부과처분에 관한 심사청구를 제기하여, 이 사건 제5 부동산에 대한 취득세 및 등록세 등의 각 부과처분을 취소하고, 이 사건 제1-1 부동산에 대한 등록세율을 1,000분의 15에서 1,000분의 8로 감액하는 내용의 경정결정을 받았고, 피고는 2007. 2. 28.경 위 심사결정에 따라 별지 목록 기재와 같이 이 사건 각 부동산에 대한 취득세 및 등록세 등을 각 감액하는 처분을 하였다(이하 위와 같이 감액된 취득세 및 등록세 등의 각 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 4호증, 갑 15호증, 을 1 내지 6호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 증인

박준식의 증언, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

⑴ 원고는 이 사건 제1-1, 1-2 부동산을 각 부목사의 사택으로, 이 사건 제2 부동산을 원고교회 선교원의 자연체험학습장으로, 이 사건 제3, 4부동산을 원고 교회의 주차장으로 각 사용해 왔으므로, 이 사건 각 부동산은 종교적 용도에 사용되는 재산으로서 비과세 대상이다.

⑵ 가사, 이 사건 제2, 3, 4 부동산이 종교적 용도에 사용되지 않았다 하더라도, 교회신축을 위한 노력을 계속해 오는 등 그 용도에 직접 사용하지 않은 데에 정당한 사유가 있으므로, 위 각 부동산은 지방세법 소정의 비과세 대상이다.

⑶ 따라서, 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련법령

[지방세법]

제107조 (용도구분에 의한 비과세 )

다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제127조 (용도구분에 의한 비과세 )

①다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

다. 인정사실

⑴ 원고 교회는 현재 교인수가 4,700여명이고, 목사의 수가 23명(담임목사 1명, 부목사 22명)에 이르는 교회이다.

⑵ 원고는 이 사건 제1-1, 1-2 부동산을 그 취득일로부터 계속 원고 교회 부목사의 사택으로 사용해왔으며, 현재 이 사건 제1-1 부동산은 원고 교회의 부목사인

김종구가, 이 사건 제1-2 부동산은 원고 교회의 부목사인

김창혁이 각 사택으로 사용하고 있다.

⑶ 원고는 2004.경부터 교회 건물 내에서 민간보육시설인

새싹어린이집을 운영해오고 있는데, 현재 이 사건 제2 부동산 중 일부인 약 420㎡ 토지에는 텃밭이 조성되어 있고, 위 어린이집에서는 이를 자연체험 학습장으로 사용하고 있다.

⑷ 원고는 교인수의 증가로 인한 주차난을 해소하기 위하여 이 사건 제3, 4토지를 매입하였는데, 그 중 원래부터 예비군 교육장으로 사용되던 이 사건 제4 토지는 시멘트 또는 자갈로 평탄화 작업을 하여 원고 교회의 주차장으로 사용해왔으나, 이 사건 제3 토지는 차량진입이 불가능한 임야인 관계로 매입이후 현재까지 그대로 방치되어 있는 상태이다.

⑸ 원고의 행정사무국장인

최동석은, 이 사건 제4 토지 중 535㎡에 관하여 시멘트 포장공사를 하고 주차장으로 사용함으로써 관할관청의 허가 없이 위 토지를 불법형질변경하였다는 범죄사실로, 부산지방법원 2004고정564호 국토의계획및이용에관한법률위반 사건에서 벌금 2,000,000원의 약식명령을 받았다.

⑹ 한편, 원고는 2005. 5.경 피고에게 이 사건 제2, 3, 4 부동산과 연접해 있는 교회건물 부지인 부산 영도구

동삼동 666-2 종교용지 11,446㎡(이하 ‘이 사건 교회부지’라 한다) 토지 위에 교회건물을 신축하기 위하여 건축허가신청을 하였다가 이를 취하하였고, 같은 해 6. 및 8.경 다시 건축허가신청을 하였다가 위 각 신청을 취하한 바 있다.

⑺ 또한, 원고는 2006. 9.경 피고에게 이 사건 2, 3, 4 부동산에 관하여 주차장 시설확보를 위한 개발행위(토지형질변경)허가를 신청하였으나, 피고는 2006. 10. 10. 이에 대하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 및 동법 시행령 상의 개발행위허가 규모에 적합하지 않다는 이유로 불허가 결정을 하였다.

[인정 근거] 갑 3 내지 9호증, 갑 11 내지 13호증, 을 5 내지 9호증의 각 기재, 증인

박준식의 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

⑴ 이 사건 제1-1, 2 부동산이 종교적 용도에 사용되는지 여부

살피건대, 위 인정사실에 의하면, 원고교회의 신도 수 등에 비추어 볼 때 위 교회에 담임목사 외에 부목사 등이 필요한 점은 인정되나, 부목사는 교회의 필요에 따라 담임목사를 보좌하기 위하여 수시로 노회의 승낙을 받아 임명되어 임의로 시무하는 목사라는 점에서 그 교회의 종교활동에 필요불가결한 중추적인 지위에 있다고는 할 수 없고, 부목사에게 사택을 제공하는 것이 예배와 포교에 필수적으로 수반되는 것이라고 볼 수도 없으므로, 위 각 부동산이 부목사의 사택으로 사용되는 것은 그 종교적 목적사업에 직접 사용되는 것이라고 할 수 없고, 따라서 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.

⑵ 이 사건 제2 부동산이 종교적 용도에 사용되는지 여부

살피건대,

지방세법 제107조 및

제127조 소정의 용도에 직접 사용되는지의 해당 여부는 당해 비영리법인의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것이고(

대법원 1995. 4. 14. 선고 94누8211, 94누8228 판결 참조), 종교적 용도에 사용되는 토지라 함은 종교의식, 예배, 종교교육, 선교 등에 직접 공여되는 토지를 말한다고 할 것인바, 위 법리에 비추어 보면, 앞에서 본 바와 같이 원고교회 부설 어린이집에서 이 사건 제2 부동산을 텃밭으로 조성하여 자연체험 학습장으로 사용하고 있다고 하더라도, 이를 들어 이 사건 제2 부동산이 종교적 용도에 직접 사용되는 것이라고 할 수는 없으므로(더욱이 그 면적도 이 사건 제2 부동산의 전체면적 6,248㎡ 중 420㎡에 불과한 점에 비추어 보면, 위 텃밭은 원고가 이 사건 제2 부동산을 매수할 당시 원래 예정하였던 용도는 아니고, 단지 이 사건 제2 부동산을 방치할 수 없어 그 중 일부를 임시적으로 활용하고 있는 것에 불과해 보인다), 이 부분 원고의 주장도 이유 없다.

⑶ 이 사건 제3 부동산이 종교적 용도에 사용되는지 여부

살피건대, 원고는 이 사건 제3 부동산이 원고 교회의 주차장으로 사용되고 있다고 주장하나, 이를 인정할 아무런 증거가 없으므로(오히려, 이 사건 제3 부동산이 매입이후 현재까지 임야인 상태 그대로 방치되어 있는 사실은 앞서 본 바와 같다), 이 부분 원고의 주장 또한 이유 없다.

⑷ 이 사건 제4 부동산이 종교적 용도에 사용되는지 여부

살피건대, 지방세법상 비과세대상인 종교적 용도에의 ‘사용’이란 법인의 목적사업을 전제로 그 적법한 수행을 뜻하는 것이므로, 그 과정에서 사소한 행정법규의 위반이 있다는 등의 경우에까지 ‘사용’에 해당하지 않는다고는 할 수 없지만, 토지의 용도에 관한 법적 규제에 위반하거나 형질변경 허가신청조차 없이 무단으로 형질을 변경하여 언제든지 철거 또는 시정명령의 대상이 되는 임시적ㆍ불법적 사용의 경우까지 여기에서 말하는 사용에 해당한다고 할 수는 없다 할 것인데, 앞에서 본 바와 같이 원고가 관할관청으로부터 허가를 받지 아니하고 임야인 이 사건 제4 부동산을 형질변경하여 주차장으로 사용해 왔고, 이에 대하여 원고의 사무국장이 법원으로부터 약식명령을 받기도 하였으니, 위와 같은 원고의 위 행위를 들어 원고가 이 사건 제4 부동산을 고유목적인 종교생활에 직접 사용한 것이라고 볼 수는 없으므로, 이 부분 원고의 주장도 이유 없다.

⑸ 종교적 용도에 사용하지 않는 정당한 사유가 있는지 여부

위 각 관련 법령의 비과세규정의 취지는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여, 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득 및 이에 관한 등기에 대하여는 취득세 및 등록세를 과세하지 아니하는 혜택을 주되, 취득 및 등기일로부터 3년 이내에 이를 정당한 사유 없이 고유의 목적사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는, 취득세 및 등록세를 부과함으로써, 부동산의 효용가치를 증대시키고, 부동산투기 등을 근절하는 데 있다고 할 것이고, 위 각 규정에서 '정당한 사유'라 함은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법 취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령ㆍ사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(

대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두229 판결 등 참조).

이 사건으로 돌아와 보건대, 위 인정사실을 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, 이 사건 제2, 3, 4 부동산은 그 지목이 임야로 되어 있어 지목변경 등의 절차를 거치지 아니한 상태에서는 이를 원고의 고유의 목적사업에 직접 사용할 수 없었던 점, 원고는 위 각 부동산에 관하여 관할관청인 피고에게 개발행위허가(토지형질변경) 신청을 한 바 있으나, 이는 위 각 부동산을 취득한 후 3년이 경과함은 물론, 이 사건 처분이 이루어진 이후에야 이루어진 것일 뿐만 아니라, 위 신청은 관련법령에 규정된 개발행위허가의 규모를 초과하는 것이어서 신청대로 허가가 이루어질 수 없는 점, 원고는 교회건물신축에 관한 건축허가신청을 한 바 있으나, 이는 위 각 부동산이 아닌 이 사건 교회부지에 관한 건축허가신청일 뿐이고, 더욱이 원고는 위 건축허가신청을 3차례 하였다가 위 신청을 모두 취하한 점, 이외에 원고가 위 각 부동산을 고유의 목적사업에 사용하기 위하여 노력을 기울였다고 볼만한 자료가 없는 점 등에 비추어 보면, 원고가 비영리법인이라고 할지라도 위 각 부동산을 취득할 당시 이미 위 각 부동산 위에 종교시설을 건축하기 어려운 사유가 있음을 알았거나, 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황 하에서 위 각 부동산을 취득한 후 유예기간을 경과하였다고 할 것이고, 이는 취득 및 등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 이 사건 토지 및 건물을 그 사업에 사용하지 아니한 경우에 해당하여 취득세 및 등록세 등의 비과세대상에서 제외된다 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

⑹ 따라서, 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.