아파트형공장 중 근린생활시설부분과 그 종류 및 규모가 법 및 법시행령이 정한 범위 안에 있는 지원시설은 조례 제19조 제1항 본문이 정한 면세대상에 해당한다.

1. 기초사실

가. 원고는 아파트형 공장 건설, 분양 및 임대업 등을 목적으로 1997. 8. 27. 설립된 법인이다. 원고는 2002. 4. 9. 서울 영등포구

문래동 1가

39 대 6,666.5㎡ 및 같은 동 1가

39-3 대 1,053.9㎡ 합계 7,720.4㎡(이하 위 두 토지를 ‘이 사건 토지’라 한다. 이 사건 토지는 후에 분할·합병을 거쳐 면적이 늘어나고 지목도 공장용지로 변경되었는데, 아래에서 보는 세액은 모두 원래 면적에 따라 계산되었다.)를 취득하였는데,

구 공업배치 및 공장설립에 관한 법률(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률로 법명이 변경되었다. 이하 ‘법’이라 한다.) 제2조 제6호 소정의 아파트형공장 설립을 목적으로 이 사건 토지를 취득하였다는 사유로 서울특별시세감면조례(2003. 12. 30. 조례 제4160호로 개정되기 전의 것) 제18조에 따라 피고로부터 취득세 등을 면제받았다.

나. 원고는 이 사건 토지 위에 지하 4층, 지상 11층, 연면적 49,613.74㎡의 아파트형공장(이하 ‘이 사건 아파트형공장’이라 한다.)을 신축하여 2004. 4. 21. 피고로부터 사용승인을 받았다. 이때 사용승인된 내용에 따른 이 사건 아파트형공장의 용도별 연면적은 공장 39,457.87㎡, 창고 9,390.77㎡, 근린생활시설 765.1㎡인데, 위 공장면적 중 231.9㎡는 원고의 본점 사업용으로 사용되는 부분이었다.

다. 원고는 2004. 4. 22. 이 사건 아파트형공장 중 공장부분의 연면적을 39,800.87㎡로, 창고 및 근린생활시설부분의 연면적을 9,812.87㎡(창고 9,047.77㎡, 근린생활시설 765.1㎡)로 사용승인된 내용과 다르게 신고한 후, 2004. 5. 12. 이 사건 아파트형공장 중 공장으로 신고한 부분에 대하여는 서울특별시세감면조례(2005. 12. 29. 조례 제4340호로 개정되기 전의 것. 이하 ‘이 사건 조례’라 한다.) 제19조에 따라 취득세 등을 면제받고, 창고 및 근린생활시설로 신고한 부분에 대하여 취득세 138,944,190원, 농어촌특별세 13,894,410원, 등록세 55,577,670원, 지방교육세 11,115,530원 합계 219,531,800원을 신고·납부하였다.

라. 원고는 2004. 6. 15. 이 사건 아파트형공장의 공장부분 중 지하 1층 101호 내지 116호, 1층 105호 내지 110호, 105-1호, 107-1호, 109-1호, 114호, 11층 1116호 내지 1118호 면적 합계 7,992.93㎡를 공장에서 근린생활시설로 용도변경 신청하여 건축물표시변경 처리되었고, 그 중 109호 및 109-1호가 원고의 본점부분 231.9㎡인데 용도변경 후에도 여전히 본점으로 사용되고 있다(한편, 창고부분 9,390.77㎡는 2004. 10. 14.부터 2005. 1. 15. 사이에 4차례에 걸쳐 모두 공장으로 용도변경되었다).

마. 피고는 2005. 6. 13. 원고에 대하여 아래의 사유로 취득세, 등록세 등을 부과·고지하였다.

(1) 신고·납부 누락부분

피고는 이 사건 아파트형공장 중 공장부분만 면세대상이고 본점부분과 창고 및 근린생활시설부분은 과세대상이라는 전제 아래, 원고가 사용승인된 내용과 다르게 용도별 연면적을 신고함으로써 과세면적을 과소 신고하였다고 보아 과소 신고된 면적에 대한 취득세 등을 부과하기로 하였다.

그런데 피고는 과세 전 적부심사 과정에서 제출된 이 사건 아파트형공장 면적표에 일부 오기가 있는 바람에 사용승인된 근린생활시설부분 면적을 1,781.77㎡로 잘못 파악하였고, 그 결과 과세면적을 11,404.44㎡(본점 231.9㎡+창고 9,390.77㎡+근린생활시설 1,781.77㎡)로, 그 중 과소 신고된 면적을 1,591.57㎡(11,404.44㎡-9,812.87㎡)로 계산한 다음, 이를 기초로 정당한 세액을 재계산하고 원고가 이미 신고·납부한 세액을 차감하여, 별지 세액 내역표 순번 1, 2 기재와 같이 취득세 29,645,640원, 농어촌특별세 2,478,910원 합계 32,124,550원 및 등록세 11,939,380원, 지방교육세 2,207,580원 합계 14,146,960원을 부과하였다.

또한, 피고는 위와 같이 계산한 과세면적 11,404.44㎡에 상응하는 이 사건 토지부분에 대한 신고·납부가 누락되었다는 이유로 별지 세액 내역표 순번 3, 4 기재와 같이 취득세 47,801,600원, 농어촌특별세 4,381,800원 합계 52,183,400원 및 등록세 215,107,260원, 지방교육세 39,436,330원 합계 254,543,590원을 부과하였다(이하 위 부과처분을 합하여 ‘이 사건 감액 전 제1처분’이라 한다).

(2) 본점부분에 대한 중과세

피고는 이 사건 아파트형공장 중 본점부분 231.9㎡에 대하여

지방세법 제112조 제3항의 취득세 중과세율(표준세율의 3배)을 적용하면서, 표준세율 해당 세액은 신고·납부 누락부분으로 과세하였다는 이유로 중과분, 즉 표준세율의 2배 해당 세액만을 계산하여 별지 세액 내역표 순번 5 기재와 같이 취득세 8,639,040원, 농어촌특별세 722,380원 합계 9,361,420원을 부과하고, 본점부분에 상응하는 이 사건 토지부분에 대하여 같은 계산 방법에 따라 별지 세액 내역표 순번 6 기재와 같이 취득세 1,990,570원, 농어촌특별세 166,440원 합계 2,157,010원을 부과하였다(이하 위 부과처분을 합하여 ‘이 사건 제2처분’이라 한다).

(3) 근린생활시설로 용도변경된 부분

피고는 이 사건 아파트형공장 중 2004. 6. 15. 공장에서 근린생활시설로 용도변경된 부분 7,992.93㎡에서 신고·납부 누락부분으로 과세한 본점부분 231.9㎡를 뺀 나머지 부분 7,761.03㎡에 대하여 별지 세액 내역표 순번 7, 8 기재와 같이 취득세 142,748,920원, 농어촌특별세 12,088,050원 합계 154,836,970원 및 등록세 57,495,170원, 지방교육세 10,619,900원 합계 68,115,070원을 부과하고, 같은 부분에 상응하는 이 사건 토지부분에 대하여 같은 내역표 순번 9, 10 기재와 같이 취득세 35,214,020원, 농어촌특별세 2,981,930원 합계 38,195,950원 및 등록세 159,561,060원, 지방교육세 29,472,430원 합계 189,033,490원을 부과하였다(이하 위 부과처분을 합하여 ‘이 사건 제3처분’이라 한다).

바. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 행정자치부장관에게 심사청구를 하였고, 행정자치부장관은 2005. 10. 31. 이 사건 아파트형공장 중 창고부분이 실질적으로는 공장 용도에 제공되었다는 이유로 이 사건 감액 전 제1처분 중 창고부분에 대한 부과처분이 위법하다고 판단하는 한편, 나머지 부과처분은 모두 적법하다고 판단하였다. 그런데 행정자치부장관은 세액을 재계산하면서 본점부분 231.9㎡를 제외하고 근린생활시설부분 1,781.77㎡만을 과세면적으로 파악하여 이 사건 감액 전 제1처분으로 부과된 세액을 취득세 7,468,270원, 농어촌특별세 684,580원, 등록세 33,607,230원, 지방교육세 6,161,320원 합계 47,921,400원으로 감액하였고, 이에 따라 피고는 이 사건 감액 전 제1처분을 같은 내용으로 감액·경정하였다(건물부분에 대하여는 재계산한 세액이 이미 신고·납부된 세액에 미달하여 부과된 세액 전액이 감액되고 토지부분에 대하여 부과된 세액만 위와 같이 감액되어 남은 것으로, 이 사건 감액 전 제1처분 중 위와 같이 감액된 나머지 부분을 ‘이 사건 제1처분’이라 한다. 피고는 취득세를 7,470,270원으로 감액하였는데, 이는 가산세를 오기한 결과로 보이고, 원고가 7,468,270원으로 감액되었음을 전제로 그 취소를 구하고 있으므로 이 사건에서는 위 심사결정 내용과 같이 감액된 것으로 본다).

사. 한편, 피고는 이 사건 제1심 소송 계속중 과세자료를 재검토하면서 이 사건 아파트형공장 중 당초 사용승인된 근린생활시설부분 면적이 765.1㎡라는 사실을 알게 되었고, 이에 따라 이 사건 제1처분을 취득세 2,672,420원, 가산세 534,480원, 농어촌특별세 267,240원, 가산세 26,720원 합계 3,500,860원 및 등록세 12,025,910원, 가산세 2,405,180원, 지방교육세 2,405,180원, 가산세 240,510원 합계 17,076,780원으로 감액·경정하였다(근린생활시설부분 765.1㎡만 과세면적으로 계산한 것으로 역시 토지부분에 대한 세액만 위와 같이 감액되어 남았다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 10, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3, 4, 6, 7, 8, 10호증, 을 제1 내지 4호증, 을 제5호증의 1 내지 10, 을 제6 내지 10호증, 을 제11호증의 1, 2, 을 제12호증, 을 제13호증의 1, 2, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 이 사건 제1, 3처분에 관하여

이 사건 조례 제19조 제1항 본문의 ‘아파트형공장’은 법 및 법시행령이 정한 아파트형공장 즉, 동일 건축물 안에 6 이상의 공장이 동시에 입주할 수 있는 3층 이상의 집합 건축물 전체를 의미하는 것이지 그 중 지원시설을 제외한 제조업종의 공장만을 의미하는 것이 아니다.

또한, 이 사건 조례 제19조 제1항 단서의 취지는 용도변경 자체를 금지하는 것이 아니라 아파트형공장 안에 산업시설 내지 그 지원시설 이외의 시설이 입점하는 방법으로 부당하게 감세 받는 것을 방지하려는 것이고, 위 단서의 ‘공장 또는 벤처기업’도 같은 항 본문의 ‘아파트형공장’을 의미하는 것으로 해석되어야 한다.

그렇지 않다 하더라도 이 사건 아파트형공장 안의 근린생활시설 중 미분양·미임대부분 5,324.53㎡ 및 임대되기는 하였으나 제조업을 영위하기 위한 시설로 이용되는 부분 900.05㎡는 추징대상에 해당되지 않고,

법시행령 제36조의4 제3항에 따라 허용된 건축 연면적의 100분의 30 범위 안에서 공장을 근린생활시설로 용도변경한 것은 이 사건 조례 제19조 제1항 단서의 ‘정당한 사유’가 있는 경우에 해당된다고 보아야 한다.

그러므로 이 사건 조례 제19조 제1항 등을 위와 달리 해석하고서 한 이 사건 제1, 3처분은 위법하다.

(2) 이 사건 제2처분에 관하여

이 사건 조례 제19조 제1항의 해석상 아파트형공장 안의 지원시설도 취득세 등의 면제대상이 되고, 이 사건 아파트형공장 중 본점부분은 건축법시행령 별표 1 제4호의 제2종 근린생활시설로서 지원시설에 해당하므로 취득세 등의 면제대상이 되는데, 이 사건 조례 제19조 제1항은 본점 사업용 부동산에 대한 취득세 중과세율을 정한

지방세법 제112조 제3항에 대한 특별법으로서 우선 적용되어야 한다.

지방세법 제112조 제3항의 취지는 수도권 지역 안에서 인구유입과 산업집중을 현저하게 유발하는 본점의 신설 및 증설을 억제하기 위한 것이므로, 본점을 이전하였더라도 수도권 지역 안에서 인구유입과 산업집중을 현저하게 유발하지 않는다면 취득세를 중과할 수 없다. 원고가 설립 당시인 1997. 8. 27. 서울 금천구 소재 부동산에 본점을 둠으로써 이미 과밀억제권역 안에서 원고의 설립으로 인한 인구유입과 산업집중효과가 발생하였고, 원고가 이 사건 토지 및 아파트형공장을 취득하여 본점을 이전하였다고 하더라도 이로 말미암아 인구유입이나 산업집중효과가 추가 발생하지 않았는바, 이 사건 제2처분은 같은 과밀억제권역 안에서 본점을 이전한 것에 대하여 취득세 등을 부과한 것으로서

지방세법 제112조 제3항에 반한다.

같은 과밀억제권역 안에서 부동산을 임차하여 본점으로 사용하다가 새로 취득한 건물로 이전하는 것은 그 과밀억제권역 안에 새로운 인구유입이나 산업집중의 효과를 유발하지 않으므로 취득세를 중과할 필요가 없고 취득세 중과의 입법취지에 반하지 않음에도 이를 중과세 대상이라고 해석하는 것으로 과잉금지의 원칙에 반한다.

그러므로 이 사건 조례 제19조 제1항과

지방세법 제112조 제3항 등을 위와 달리 해석하고서 한 이 사건 제2처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 제1, 3처분에 관하여

이 사건 조례 제19조 제1항은 본문에서 ‘

법 제2조 제6호의 규정에 의한 아파트형공장을 설립할 목적으로 취득하는 부동산’을 취득세 등의 면제대상으로 정하고 있고, 단서에서는 ‘건축물의 사용승인서 교부일부터 5년 이내에 정당한 사유 없이 공장 또는 벤처기업 이외의 용도로 분양·임대하거나 매각하는 경우’ 그 해당 부분에 대하여 면제된 취득세 등을 추징하도록 정하고 있다.

그리고

법 제2조 제6호의 규정에 따른 아파트형공장은 ‘동일 건축물 안에 6 이상의 공장이 동시에 입주할 수 있는 3층 이상의 집합 건축물’을 의미하고(

법 제2조 제6호,

법시행령 제4조의5), 아파트형공장에는 제조업 기타 대통령령이 정하는 사업을 영위하기 위한 시설,

벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항의 규정에 따른 벤처기업을 영위하기 위한 시설 및 기타 입주업체의 생산활동을 지원하기 위한 시설로서 대통령령이 정하는 시설이 입주할 수 있으며(

법 제28조의5 제1항), 위 입주업체의 생산활동을 지원하기 위한 시설에는 건축법시행령 별표 1 제3호 및 제4호의 근린생활시설 등이 있고, 이들 지원시설의 규모는 당해 아파트형공장 건축 연면적의 100분의 30 이내(

법 제2조 제7호의 규정에 따른 산업단지 안의 아파트형공장의 경우에는 100분의 20)로 제한되어 있다(

법시행령 제36조의4 제2항 및

제3항).

조세법률주의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙상, 조세법규의 해석은 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것인바, 이 사건 조례 제19조 제1항 본문이 취득세 등의 면제대상을 ‘

법 제2조 제6호의 규정에 의한 아파트형공장을 설립할 목적으로 취득하는 부동산’이라고 정하였을 뿐,

법 제2조 제1호의 규정에 따른 공장에 한정한다거나 지원시설을 제외한다는 문구를 두지 않았고, 이는 이 사건 조례 제19조 제2항이 ‘

법 제28조의5 제1항 제1호 및

제2호의 규정에 의한 사업 또는 벤처기업을 영위할 목적으로 취득하는 아파트형공장용 부동산’으로 면제대상을 분명하게 한정한 것과도 다른 점, 이 사건 조례에 아파트형공장을

법 제2조 제6호의 규정에 의한 아파트형공장과 다르게 정의한 조항이 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 조례 제19조 제1항 본문의 ‘아파트형공장’은 법 및 법시행령이 정한 아파트형공장 즉, 동일 건축물 안에 6 이상의 공장이 동시에 입주할 수 있는 3층 이상의 집합 건축물 전체를 의미한다고 해석하여야 하고, 따라서 지원시설 역시 그 종류 및 규모가 법 및 법시행령이 정한 범위 안에 있는 한 취득세 등의 면제대상에 해당한다고 보아야 한다.

한편, 이 사건 조례에서 아파트형공장 설립에 따른 취득세 등의 면제를 규정하고 있는 취지가 수도권정비계획법에 따라 수도권 안에서 공장 설립에 대한 규제가 강화된 가운데

법 제2조 제2호의 과밀억제지역인 서울특별시 안에서 산업의 집적을 활성화할 목적으로

법 제20조 제1항 단서의 규정에 따라 국민경제의 발전과 지역주민의 생활환경 조성 등을 위하여 부득이하다고 인정하여 아파트형공장을 설립하고자 하는 경우 예외적으로 그 설립상의 세제 혜택을 주는 데 있다 할 것이나, 지원시설 역시 위와 같은 아파트형공장의 설립 목적에 이바지하는 것이므로 이를 포함한 아파트형공장 전체에 대하여 세제 혜택을 주는 것이 이 사건 조례의 입법취지에 어긋난다고 단정할 수도 없고, 법 및 법시행령이 아파트형공장에 입주할 수 있는 지원시설의 범위와 규모를 제한함으로써 본래 입법취지를 벗어나는 아파트형공장의 설립·사용을 방지하고 있는 점에 비추어 보더라도 조례의 입법취지를 근거로 이 사건 조례 제19조 제1항 본문의 ‘아파트형공장’을 법문과 달리 좁게 해석할 수는 없다.

나아가 이 사건 조례 제19조 제1항 단서의 추징사유에 관하여 보면, 법문상 위 단서의 ‘공장 또는 벤처기업’이 같은 항 본문의 ‘아파트형공장’을 의미한다고 해석할 수는 없을 것이나, 앞서 본 같은 항 본문에 대한 해석론에 비추어 볼 때 위 단서가 정하는 추징사유는 아파트형공장 중

법 제2조 제1호의 규정에 따른 공장부분을 같은 용도 또는 벤처기업 이외의 용도로 분양·임대하거나 매각하는 경우를 가리키는 것이고, 지원시설 등 공장부분 이외의 부분을 위와 같은 용도로 분양·임대하거나 매각하는 경우는 위 추징사유에 해당되지 않는다고 해석해야 할 것이다.

돌이켜 이 사건 아파트형공장에 관하여 살피건대, 이 사건 아파트형공장 중 근린생활시설부분의 전체 연면적은 처음에 사용승인된 부분 765.1㎡와 2004. 6. 15. 공장에서 용도변경된 부분 7,992.93㎡ 합계 8,758.03㎡로 이 사건 아파트형공장의 전체 연면적 49,613.74㎡ 중 17.65%에 불과하고, 이 사건 아파트형공장 안에 다른 지원시설이 없으며, 사용승인 후 두 달도 되지 않아 근린생활시설로 용도변경된 부분이 용도변경 전에 실제

법 제2조 제1호의 규정에 따른 공장으로 사용되었음을 인정할 자료도 없으므로, 이 사건 아파트형공장 중 근린생활시설부분은 처음에 사용승인된 부분이든, 나중에 용도변경된 부분이든 모두 이 사건 조례 제19조 제1항 본문이 정한 면세대상에 해당하고, 분양·임대되었는지 여부에 관계없이 같은 항 단서가 정한 추징대상에 해당되지 않는다고 보아야 한다(용도변경된 근린생활시설부분 중 본점부분 231.9㎡는 이와 별도로 판단해야 할 부분이나, 이 부분에 대한 표준세율 해당액 취득세 등은 용도변경과 관계없이 신고·납부 누락 부분으로 과세되었다가 취소되었으므로 이 사건 제1, 3처분에서 문제되지 않는다).

따라서 이 사건 아파트형공장 중 근린생활시설부분을 과세대상 또는 추징대상으로 보고 한 이 사건 제1, 3처분은 위법하다.

(2) 이 사건 제2처분에 관하여

앞서 본 이 사건 조례 제19조 제1항의 취지에 비추어 볼 때 위 조항이 법인의 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산에 대한 취득세 등에 관하여도 면세 특례를 규정한 것이라고 보기는 어렵고, 본점 사업용 부동산에 대하여는 상위법규인

지방세법 제112조 제3항이 이 사건 조례에 우선 적용되어야 할 것이므로, 이 사건 아파트형공장 중 본점부분이 이 사건 조례 제19조 제1항 본문에 따른 면세대상으로서 여기에

지방세법 제112조 제3항의 취득세 중과세율이 적용되지 않는다고 볼 수는 없다.

그리고

지방세법 제112조 제3항,

제112조의2 제1항의 규정 취지는 수도권 지역 안에서 인구유입과 산업집중을 현저하게 유발하는 본점 또는 주사무소의 신설 및 증설을 억제하기 위하여

수도권정비계획법 제6조에 정한 과밀억제권역 안에서의 법인의 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산의 취득에 대하여 취득세를 중과하려는 것이므로, 이미 위 과밀억제권역 안에 본점 또는 주사무소용 사무실을 가지고 있다가 같은 권역 안에서 사무실을 이전하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한

같은 법 제112조의2 제1항에 따른 취득세 중과대상에 해당되지 않는다 할 것이나, 타인 소유의 부동산을 임차하여 본점 또는 주사무소용 사무실로 사용하다가 위 본점 또는 주사무소용 사무실을 새로 취득한 부동산으로 이전하는 경우까지 취득세 중과대상에 해당되지 않는다고 볼 수는 없다(

대법원 2000. 5. 30. 선고 99두6309 판결 참조).

그런데 갑 제2, 17 내지 20호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 1997. 8. 27. 서울 금천구

가산동 459-8 을 본점으로 하여 설립된 후, 1997. 10. 21.경 이 사건 아파트형공장 소재지인 서울 영등포구

문래동 1가

39 소재 건물을 임차하고 본점을 이전하여 영업을 하다가 이 사건 토지를 취득하고서 이 사건 아파트형공장 신축을 위해 같은 동 1가 소재 다른 건물을 임차하여 사용하였고, 2004. 3. 30.경 이 사건 아파트형공장으로 본점을 이전한 사실을 인정할 수 있는바, 원고가 타인 소유의 부동산을 임차하여 본점 사무실로 사용하다가 위 본점 사무실을 새로 취득한 부동산으로 이전한 이 사건의 경우까지 취득세 중과 대상에 해당되지 않는다고 볼 수는 없다.

따라서 원고가 이 사건 아파트형공장 중 본점부분을 취득한 것은

지방세법 제112조 제3항의 취득세 중과대상이 된다 할 것이고, 이를 가리켜 공익적 목적달성에 적절한 수단이라 할 수 없다거나, 기본권자인 법인이 받는 취득세 등 중과세의 불이익이 그 수단으로 달성하려는 공익적 목적보다 월등히 커서 과잉금지의 원칙에 반한다고 볼 수는 없다.

결국, 이 사건 제2처분의 적법성을 다투는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이 사건 제1, 3처분을 취소하는 범위 안에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결의 원고 패소부분 중 이 사건 제1, 3처분에 관한 부분을 취소하고, 원고의 나머지 항소는 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.