상고이유를 판단한다.

구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것) 제276조 제1항(이하 ‘이 사건 규정’이라 한다)은 ‘산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 산업단지와 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 의한 유치지역 및 산업기술단지지원에 관한 특례법에 의하여 조성된 산업기술단지 안에서 공장용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물을 신축하거나 증축하고자 하는 자가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다’라고 규정하고 있는바, 위 규정의 내용, 입법 취지 및 입법 연혁 등에 비추어 보면, 산업단지 안에서 공장용 건축물을 신축하거나 증축하고자 하는 자가 산업단지 안의 토지를 분양받은 자로부터 그 지위를 승계하여 당해 토지에 대한 분양잔금을 지급하고 최초로 그 소유권을 취득한 경우 당해 토지 전부에 대한 취득세와 등록세(이하 ‘취득세 등’이라 한다)는 이 사건 규정에 의한 면제대상에 포함된다고 봄이 상당하다.

원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 채용증거를 종합하여, 원고가 2002. 9. 25. 신동페인트공업 주식회사로부터 칠서지방산업단지 안의 이 사건 토지에 대한 수분양자 지위와 그 지상의 공장용 건축물 7,927.20㎡를 양수한 후 2003. 2. 20.까지 그 지상에 공장용 건축물 2,250㎡를 증축하고, 2004. 7. 22. 칠서지방산업단지관리공단으로부터 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기를 경료받은 사실을 인정한 다음, 원고가 산업단지 안의 이 사건 토지를 취득한 후 그 지상에 공장용 건축물을 증축한 이상 기존의 공장용 건축물에 관한 토지부분을 포함한 이 사건 토지 전부가 이 사건 규정에 의한 취득세 등의 면제대상에 포함된다고 판단하였다.

위 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 위와 같은 원심 판단은 그 이유 설시에 다소 부적절한 점은 있으나 이 사건 토지 전부가 이 사건 규정에 의한 취득세 등의 면제대상에 포함된다고 본 결론은 정당한 것으로 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유의 주장과 같은 이 사건 규정의 해석·적용에 관한 법리오해 등의 잘못이 없다.

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-부산고등법원 2007. 9. 14. 선고 2006누5557 판결】

【주문】 처분청일부승소

1. 제1심 판결 중 피고 경상남도에 대한 부분을 취소하고, 원고의 피고 경상남도에 대한 소를 각하한다.

2. 피고 경상남도 함안군수의 항소를 기각한다.

3. 원고와 피고 경상남도 사이에 생긴 소송 총비용은 원고가, 원고와 피고 경상남도 함안군수 사이에 생긴 항소비용은 피고 경상남도 함안군수가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

원고가 2002. 9. 25. 신동페인트공업 주식회사로부터 산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 산업단지인 경상남도 함안군 칠서지방공업단지 내 산업용 건축물인 공장 건물 12동 총면적 7,927.20㎡를 양수하고, 공장 부지인 경상남도 함안군 칠서면 계내리 632-2번지 공장용지 30,770.7㎡(‘이 사건 토지’라 한다)에 관하여는 신동페인트공업 주식회사의 칠서지방공업단지 분양권자의 지위를 이전받아 2003. 2. 20. 공장 건물 2,250㎡ 가량을 신·증축하고, 칠서지방공업단지의 산업단지개발사업이 준공된 후인 2004. 7. 22. 칠서지방공업단지관리공단으로부터 이 사건 토지에 대한 소유권을 이전받았는바, 피고 경상남도 함안군수가 2004. 7. 22. 원고의 신청에 따라 이 사건 토지에 관해 지방세법 276조 제1항에 의하여 취득세, 등록세를 면제하였다가 2005. 7. 12. 산업단지 내 기존 공장용 건축물이 있는 토지를 취득하는 것은 공장용 건축물을 신·증축하기 위하여 취득하는 부동산으로 볼 수 없으므로 그 등록세, 취득세 면제가 잘못되었다는 이유로 원고에 대하여 이 사건 토지 취득에 관하여 취득세 85,960,810원, 등록세 128,941,220, 지방교육세 25,788,240원을 부과하는 처분(‘이 사건 처분’이라 한다)을 하여 원고가 2005. 7. 31. 그 합계 240,690,270원을 납부한 사실은 당사자 사이에 명백한 다툼이 없다.

2. 원고의 주장

원고는, 피고 경상남도 함안군수에 대하여는, 이 사건 처분이 무효이거나 위법한 처분으로서 취소되어야 한다고 주장하고, 피고 경상남도에 대하여는, 피고 경상남도가 위와 같이 무효이거나 위법한 처분으로서 취소되어야 할 이 사건 처분을 권원으로 하여 제1항 기재 취득세, 등록세, 지방교육세 합계 240,690,270원을 부당이득 하였으므로, 원고에게 이를 반환하여야 한다고 주장한다.

3. 소의 적법성에 관한 판단

가. 피고 경상남도는, 원고가 이미 부과된 세금을 납부하였으므로 피고 경상남도 함안군수에 대하여 그 부과처분의 무효 확인을 구할 이익이 존재하지 않아 피고 경상남도 함안군수에 대한 이 사건 소는 부적법하고, 피고 경상남도에 대한 부당이득반환청구는 행정소송절차가 아닌 민사소송절차에 따라야 하므로 피고 경상남도에 대하여 행정소송절차에 따라 제기한 이 사건 소 역시 부적법하다고 주장한다.

나. 살피건대, 조세 부과처분 후 세금을 이미 납부하였다 하더라도 부과처분의 하자가 치유되는 것이 아니므로 납세의무자는 부과처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 소를 제기할 수 있는 것인데, 피고 경상남도 함안군수에 대한 원고의 청구에는 조세 부과처분의 위법을 이유로 한 취소청구가 포함되어 있으므로 피고 경상남도 함안군수에 대한 이 사건 소는 적법하다.

다. 나아가 피고 경상남도에 대한 이 사건 소는 행정소송법 제10조 제2항에 규정된 관련청구소송의 하나이므로 피고 경상남도 함안군수에 대한 이 사건 소와 병합하여 청구할 수 있다 할 것이나, 한편 피고의 부당이득반환의무는 이 사건 처분이 취소 확정되어야 비로소 발생하므로(이 사건 처분이 무효임을 전제로 할 경우 이미 이 사건 처분에 따른 세금을 납부한 원고로서는 이 사건 처분의 무효 확인을 구할 이익이 없어 피고 경상남도 함안군수에 대한 소는 부적법하다 할 것인데, 행정소송법 제10조에 의한 관련청구소송은 본래의 항고소송이 적법할 것을 요건으로 하는 것이어서 본래의 항고소송이 부적법하여 각하되면 그에 병합된 관련청구도 소송요건을 흠결한 부적법한 것으로 각하되어야 한다), 원고의 피고 경상남도에 대한 이 사건 소는 장래 이 사건 처분이 취소 확정될 경우 피고 경상남도의 이행을 구하는 소로서, 장래의 이행을 청구하는 소는 미리 청구할 필요가 있는 경우에 한하여 제기할 수 있다.

그런데 여기서 미리 청구할 필요가 있는 경우라 함은 이행기가 도래하지 않았거나 조건 미성취의 청구권에 있어서는 채무자가 미리부터 채무의 존재를 다투기 때문에 이행기가 도래되거나 조건이 성취되었을 때에 임의의 이행을 기대할 수 없는 경우를 말한다 할 것인바( 대법원 2000. 8. 22. 선고 2000다25576 판결 참조), 피고 경상남도가 현재 이 사건 처분의 위법성 여부를 다투고 있기는 하나, 처분 등을 취소하는 확정판결은 그 사건에 관하여 당사자인 행정청과 그 밖의 관계행정청을 기속하는 효력( 행정소송법 제30조)이 있고, 지방세법은 과오납금 및 그에 대한 환부이자의 지급 등 처리방법에 관하여 별도로 규정( 제45조에서 47조)하고 있어, 이 사건 처분이 취소 확정될 경우 피고 경상남도가 원고로부터 수령한 세금의 반환채무에 관한 임의이행을 거부할 것이라고 보기 어렵고, 달리 미리 청구할 필요가 있다고 볼 만한 자료가 없다.

따라서 원고의 피고 경상남도에 대한 소는 장래이행의 소로서의 요건을 갖추지 못하여 부적법하다.

4. 피고 경상남도 함안군수에 대한 청구에 관한 판단

가. 지방세법 제276조 제1항은 "산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 산업단지와 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 의한 유치지역 및 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 의하여 조성된 산업기술단지 안에서 산업용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령이 정하는 건축물(이하 이 조에서 "산업용 건축물 등"이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고…한다."고 규정하고 있다.

나. 이에 대하여 피고 경상남도 함안군수는 취득세 등이 면제되는 산업단지 내의 토지란 건물을 신축하고자 하는 자가 건축물이 없는 산업단지 내의 토지를 취득한 경우의 토지만을 의미하고, 이 사건의 경우처럼 토지 취득 당시 기존의 건축물이 존재하고 있는 경우 는 건물을 신축하고자 취득한 것이 아니므로 면제대상이 될 수 없다고 주장한다.

살피건대, 위 규정에서 말하는 "건축물을 신축하거나 증축하고자 하는 자가 취득하는 부동산"이란 기존 건물을 취득하여 증축을 하거나 기존 건물을 철거하고 신축을 하거나 건물을 신축하여 취득하는 경우의 건물, 건물이 없는 토지를 취득하여 그 지상에 건물을 신축하거나 기존 건물이 있는 토지를 취득하여 그 건물을 증축하거나 기존 건물을 철거하고 신축하는 경우의 토지를 모두 포함한 것으로 해석되고, 피고들이 주장하는 바와 같이 기존 건물이 있는 토지를 취득하여 그 건물을 증축하거나 다른 건물을 신축하는 경우의 토지를 제외하는 것으로 해석해야 할 근거가 전혀 없다.

다. 따라서 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있고, 피고 경상남도 함안군수의 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

5. 결론

그렇다면, 원고의 피고 경상남도에 대한 소는 부적법하여 각하하고, 피고 경상남도 함안군수에 대한 청구는 이유 있어 인용할 것인바, 제1심 판결 중 피고 경상남도에 대한 부분은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 제1심 판결 중 피고 경상남도에 대한 부분을 취소하고, 위 피고에 대한 소를 각하하고, 피고 경상남도 함안군수에 대한 부분은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 피고 경상남도 함안군수의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-창원지방법원 2006. 11. 2. 선고 2006구합1409 판결】

【주문】 처분청일부승소

1. 피고 경상남도 함안군수에 대한 농어촌특별세 부과처분 취소의 소를 각하한다.

2. 피고 경상남도 함안군수가 2005. 7. 12. 원고에 대하여 취득세 85,960,810원, 등록세 128,941,220원, 지방교육세 25,788,240원을 부과한 처분을 취소한다.

3. 피고 경상남도는 원고에게 240,690,270원과 이에 대하여 2005. 8. 1.부터 2006. 11. 2.까지는 연 5%, 그 다음날부터 다 지급하는 날까지는 연 20%의 비율로 계산한 돈 을 지급하라.

4. 피고 경상남도에 대한 나머지 청구를 기각한다.

5. 소송비용 중 원고 패소부분에 대한 인지대와 변호사 보수는 원고가 부담하고, 나머 지는 피고들이 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

원고는 2002. 9. 25. 00페인트공업 주식회사로부터 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지인 00남도 00군 00지방공업단지 내 산업용 건축물인 공장 건물 12동 총면적 7,927.20㎡를 양수하고, 공장 부지인 00남도 00군 00면 00리 632-2번지 공장용지 30,770.7㎡(‘이 사건 토지’라 한다)에 관하여는 00페인트공업 주식회사의 00지방공업단지 분양권자의 지위를 이전받아 2003. 2. 20. 공장 건물 2,250㎡ 가량을 신·증축하고, 00지방공업단지의 산업단지개발사업이 준공된 후인 2004. 7. 22. 00지방공업단지관리공단으로부터 이 사건 토지에 대한 소유권을 이전받았는바, 피고 00남도 00군수는 2004. 7. 22. 원고의 신청에 따라 이 사건 토지에 관해 지방세법 276조 제1항에 의하여 취득세, 등록세를 면제하였다가 2005. 7. 12. 산업단지 내 기존 공장용 건축물이 있는 토지를 취득하는 것은 공장용 건축물을 신·증축하기 위하여 취득하는 부동산으로 볼 수 없으므로 그 등록세, 취득세 면제가 잘못되었다는 이유로 원고에 대하여 이 사건 토지 취득에 관하여 취득세 85,960,810원, 등록세 128,941,220, 지방교육세 25,788,240원을 부과하는 처분을 하여 원고는 2005. 7. 31. 그 합계 240,690,270원을 납부하였다.

2. 원고의 주장

원고는 피고 00남도 00군수에 대하여는, 피고 00남도 00군수는 2005. 7. 12. 이 사건 토지 취득에 관하여 제1항 기재 취득세, 등록세, 지방교육세를 부과하고, 농어촌특별세 8,596,080원도 부과하였는바, 이는 모두 무효이거나 위법한 처분으로서 취소되어야 한다고 주장하고, 피고 00남도에 대하여는, 피고 00남도는 위와 같이 무효이거나 위법한 처분으로서 취소되어야 할 처분을 권원으로 하여 제1항 기재 취득세, 등록세, 지방교육세 합계 240,690,270원과 농어촌특별세 8,596,080원을 부당이득하였으므로 원고에게 그 합계 249,286,350원을 반환하고 이에 대한 지연손해금을 지급하여야 한다고 주장한다.

3. 피고 00남도의 소의 적법성에 관한 주장에 관한 판단

피고 00남도는, 원고가 부과된 세금을 납부하였으므로 피고 00남도 00군수에 대하여 그 부과처분의 무효 확인을 구할 이익이 존재하지 않아 피고 00남도 00군수에 대한 이 사건 소는 부적법하고, 피고 00남도에 대한 부당이득반환청구는 행정소송절차가 아닌 민사소송절차에 따라야 하므로 피고 00남도에 대하여 행정소송절차에 따라 제기한 이 사건 소 역시 부적법하다고 주장하므로 살피건대, 조세 부과처분 후 세금을 이미 납부하였다 하더라도 부과처분의 하자가 치유되는 것이 아니므로 납세의무자는 부과처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 소를 제기할 수 있는 것 (대법원 1983. 7. 26. 선고 82누333 판결 등)인데 피고 00남도 00군수에 대한 원고의 청구에는 조세 부과처분의 위법을 이유로 한 취소청구가 포함되어 있으므로 피고 00남도 00군수에 대한 이 사건 소는 적법하고, 피고 00남도에 대한 이 사건 소는 행정소송의 일종인 당사자소송이거나 행정소송법 제10조 제2항에 규정된 관련청구소송의 하나이므로 피고 00남도에 대한 이 사건 소 역시 적법하다.

4. 취득세, 등록세, 지방교육세에 관한 판단

지방세법 제276조 제1항은 "산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 산업단지와 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 의한 유치지역 및 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 의하여 조성된 산업기술단지 안에서 산업용 건축물ㆍ연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령이 정하는 건축물(이하 이 조에서 "산업용 건축물 등"이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제 … 한다."고 규정하는바, 그 규정에서 말하는 "건축물을 신축하거나 증축하고자 하는 자가 취득하는 부동산"이란 기존 건물을 취득하여 증축을 하거나 기존 건물을 철거하고 신축을 하거나 건물을 신축하여 취득하는 경우의 건물, 건물이 없는 토지를 취득하여 그 지상에 건물을 신축하거나 기존 건물이 있는 토지를 취득하여 그 건물을 증축하거나 기존 건물을 철거하고 신축하는 경우의 토지를 모두 포함한 것으로 해석되고, 피고들이 주장하는 바와 같이 기존 건물이 있는 토지를 취득하여 그 건물을 증축하거나 다른 건물을 신축하는 경우의 토지를 제외하는 것으로 해석해야 할 근거가 전혀 없으므로 피고 00남도 00군수가 이와 다른 견지에서 원고에게 제1항 기재 취득세, 등록세, 지방교육세를 부과한 처분은 위법하여 모두 취소되어야 하고, 그 취득세 등의 귀속 주체인 피고 00남도는 원고에게 원고가 그 처분에 따라 납부한 취득세, 등록세, 지방교육세 합계 240,690,270원을 반환하고 이에 대한 지연손해금을 지급할 의무가 있다.

5. 농어촌특별세에 관한 판단

갑 제10호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2004. 7. 22. 피고 00남도 00군수에게 농어촌특별세법 제3조에 따라 취득세, 등록세 면제분에 대한 농어촌특별세 42,980,400원을 납부하였던바, 피고 00남도 00군수가 2005. 7. 12. 제1항 기재와 같이 원고에게 취득세와 등록세를 부과하면서 그 42,980,400원에서 농어촌특별세법 제5조 제1항 제6호에 따라 취득세를 본세로 하여 산출된 농어촌특별세 8,596,080원을 공제한 금액에 이자를 더한 액수를 환급한 사실이 인정되지만, 이는 그 8,596,080원이 원고에게 반환되지 않은 것이라고 볼 수 있을 뿐 피고 00남도 00군수가 농어촌특별세 8,596,080원을 원고에게 부과하는 처분을 한 것이라고 볼 수는 없고, 달리 피고 00남도 00군수가 원고에게 농어촌특별세를 부과하는 처분을 하였다고 인정할 증거가 없으므로 피고 00남도 00군수에 대한 이 부분 소는 적법하지 않고, 농어촌특별세법 제10조에 따르면 농어촌특별세는 시장·군수가 징수하여 국고에 납입하는 국세로서 원고가 납부한 농어촌특별세는 국고로 납입될 뿐 피고 00남도는 그 귀속 주체가 아니므로 피고 00남도에 대한 이 부분 청구는 더 나아가 판단할 필요 없이 이유 없다.

6. 결론

위와 같은 이유로 주문과 같이 판결한다.