1. 처분의 경위원고는 2002. 9. 25. 신동페인트공업 주식회사로부터 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지인 경상남도 함안군 칠서지방공업단지 내 산업용 건축물인 공장 건물 12동 총면적 7,927.20㎡를 양수하고, 공장 부지인 경상남도 함안군 칠서면 계내리 632-2번지 공장용지 30,770.7㎡(‘이 사건 토지’라 한다)에 관하여는 신동페인트공업 주식회사의 칠서지방공업단지 분양권자의 지위를 이전받아 2003. 2. 20. 공장 건물 2,250㎡ 가량을 신증축하고, 칠서지방공업단지의 산업단지개발사업이 준공된 후인 2004. 7. 22. 칠서지방공업단지관리공단으로부터 이 사건 토지에 대한 소유권을 이전받았는바, 피고 경상남도 함안군수는 2004. 7. 22. 원고의 신청에 따라 이 사건 토지에 관해 지방세법 276조 제1항에 의하여 취득세, 등록세를 면제하였다가 2005. 7. 12. 산업단지 내 기존 공장용 건축물이 있는 토지를 취득하는 것은 공장용 건축물을 신증축하기 위하여 취득하는 부동산으로 볼 수 없으므로 그 등록세, 취득세 면제가 잘못되었다는 이유로 원고에 대하여 이 사건 토지 취득에 관하여 취득세 85,960,810원, 등록세 128,941,220, 지방교육세 25,788,240원을 부과하는 처분을 하여 원고는 2005. 7. 31. 그 합계 240,690,270원을 납부하였다. 2. 원고의 주장원고는 피고 경상남도 함안군수에 대하여는, 피고 경상남도 함안군수는 2005. 7. 12. 이 사건 토지 취득에 관하여 제1항 기재 취득세, 등록세, 지방교육세를 부과하고, 농어촌특별세 8,596,080원도 부과하였는바, 이는 모두 무효이거나 위법한 처분으로서 취소되어야 한다고 주장하고, 피고 경상남도에 대하여는, 피고 경상남도는 위와 같이 무효이거나 위법한 처분으로서 취소되어야 할 처분을 권원으로 하여 제1항 기재 취득세, 등록세, 지방교육세 합계 240,690,270원과 농어촌특별세 8,596,080원을 부당이득하였으므로 원고에게 그 합계 249,286,350원을 반환하고 이에 대한 지연손해금을 지급하여야 한다고 주장한다.3. 피고 경상남도의 소의 적법성에 관한 주장에 관한 판단피고 경상남도는, 원고가 부과된 세금을 납부하였으므로 피고 경상남도 함안군수에 대하여 그 부과처분의 무효 확인을 구할 이익이 존재하지 않아 피고 경상남도 함안군수에 대한 이 사건 소는 부적법하고, 피고 경상남도에 대한 부당이득반환청구는 행정소송절차가 아닌 민사소송절차에 따라야 하므로 피고 경상남도에 대하여 행정소송절차에 따라 제기한 이 사건 소 역시 부적법하다고 주장하므로 살피건대, 조세 부과처분 후 세금을 이미 납부하였다 하더라도 부과처분의 하자가 치유되는 것이 아니므로 납세의무자는 부과처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 소를 제기할 수 있는 것1)1) 대법원 1983. 7. 26. 선고 82누333 판결 등 인데 피고 경상남도 함안군수에 대한 원고의 청구에는 조세 부과처분의 위법을 이유로 한 취소청구가 포함되어 있으므로 피고 경상남도 함안군수에 대한 이 사건 소는 적법하고, 피고 경상남도에 대한 이 사건 소는 행정소송의 일종인 당사자소송이거나 행정소송법 제10조 제2항에 규정된 관련청구소송의 하나이므로 피고 경상남도에 대한 이 사건 소 역시 적법하다. 4. 취득세, 등록세, 지방교육세에 관한 판단지방세법 제276조 제1항은 "산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 산업단지와 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 의한 유치지역 및 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 의하여 조성된 산업기술단지 안에서 산업용 건축물ㆍ연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령이 정하는 건축물(이하 이 조에서 "산업용 건축물 등"이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제 … 한다."고 규정하는바, 그 규정에서 말하는 "건축물을 신축하거나 증축하고자 하는 자가 취득하는 부동산"이란 기존 건물을 취득하여 증축을 하거나 기존 건물을 철거하고 신축을 하거나 건물을 신축하여 취득하는 경우의 건물, 건물이 없는 토지를 취득하여 그 지상에 건물을 신축하거나 기존 건물이 있는 토지를 취득하여 그 건물을 증축하거나 기존 건물을 철거하고 신축하는 경우의 토지를 모두 포함한 것으로 해석되고, 피고들이 주장하는 바와 같이 기존 건물이 있는 토지를 취득하여 그 건물을 증축하거나 다른 건물을 신축하는 경우의 토지를 제외하는 것으로 해석해야 할 근거가 전혀 없으므로 피고 경상남도 함안군수가 이와 다른 견지에서 원고에게 제1항 기재 취득세, 등록세, 지방교육세를 부과한 처분은 위법하여 모두 취소되어야 하고, 그 취득세 등의 귀속 주체인 피고 경상남도는 원고에게 원고가 그 처분에 따라 납부한 취득세, 등록세, 지방교육세 합계 240,690,270원을 반환하고 이에 대한 지연손해금을 지급할 의무가 있다. 5. 농어촌특별세에 관한 판단갑 제10호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2004. 7. 22. 피고 경상남도 함안군수에게 농어촌특별세법 제3조에 따라 취득세, 등록세 면제분에 대한 농어촌특별세 42,980,400원을 납부하였던바, 피고 경상남도 함안군수가 2005. 7. 12. 제1항 기재와 같이 원고에게 취득세와 등록세를 부과하면서 그 42,980,400원에서 농어촌특별세법 제5조 제1항 제6호에 따라 취득세를 본세로 하여 산출된 농어촌특별세 8,596,080원을 공제한 금액에 이자를 더한 액수를 환급한 사실이 인정되지만, 이는 그 8,596,080원이 원고에게 반환되지 않은 것이라고 볼 수 있을 뿐 피고 경상남도 함안군수가 농어촌특별세 8,596,080원을 원고에게 부과하는 처분을 한 것이라고 볼 수는 없고, 달리 피고 경상남도 함안군수가 원고에게 농어촌특별세를 부과하는 처분을 하였다고 인정할 증거가 없으므로 피고 경상남도 함안군수에 대한 이 부분 소는 적법하지 않고, 농어촌특별세법 제10조에 따르면 농어촌특별세는 시장군수가 징수하여 국고에 납입하는 국세로서 원고가 납부한 농어촌특별세는 국고로 납입될 뿐 피고 경상남도는 그 귀속 주체가 아니므로 피고 경상남도에 대한 이 부분 청구는 더 나아가 판단할 필요 없이 이유 없다. 6. 결론위와 같은 이유로 주문과 같이 판결한다.