상고이유를 판단한다.

1. 원고의 상고이유에 대하여

가. 상고이유 제1점

「지방세법」제71조 제1항 제1호는 ‘이 법에 의한 신고납부기한 내에 지방세를 신고납부한 후 과세표준액 및 세액계산의 근거가 되는 면적·가액 등이 공사비의 정산, 건설자금의 이자계산, 확정판결 등에 의하여 변경되거나 확정된 경우에는 수정신고를 할 수 있다’고 규정하고, 제72조 제1항 괄호는 ‘이 법에 의한 신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다’고 규정하고 있다.

원심은 채용 증거를 종합하여, 철도청장과 00산업개발 주식회사 및 00개발산업 주식회사는 1998. 11. 18. 경부고속철도 00역세권에 00민자역사(이하 ‘이 사건 민자역사’라 한다)를 건설하는 내용의 00역세권개발 1단계(민자역사) 사업추진협약(이하 ‘이 사건 협약’이라 한다)을 체결한 다음, 이 사건 민자역사의 건설 및 운영을 목적으로 공동출자하여 원고를 설립한 사실, 이 사건 협약 제12조에는 원고가 설치하는 시설물 중 역무시설과 국유철도사업에 직접 필요로 하는 시설은 준공과 동시에 국가의 소유로 무상귀속되고, 나머지 시설은 원칙적으로 원고의 소유로 하되 국유철도재산에 대한 점용허가기간(30년 이내, 공사기간 제외)이 경과한 후 철도청장이 원상회복의무를 면제한 때에는 국가에 무상귀속시킨다고 규정되어 있는 사실, 원고는 2001. 1.경부터 건설공사를 시작하여 2005. 3.경 00 00구 00로2가 40-999 외 4필지 지상에 역무시설(용도 : 철도역사, 연면적 : 26,427.99㎡)과 상업시설(용도 : 판매 및 영업시설·문화집회시설·업무시설·근린생활시설, 연면적 : 235,756.09㎡)로 이루어진 지하 3층, 지상 9층 규모의 이 사건 민자역사를 완공한 사실, 원고는 이 사건 민자역사를 건설하는 과정에서, ① 2001. 4. 30.경 현장사무소로 사용할 가설건축물(경량철골조 슬래브지붕 사무실 합계 1,063㎡)을 건축하고 그에 대하여 2001. 5. 30. 과세표준액을 103,939,822원으로 하여 취득세 2,078,790원, 농어촌특별세 208,870원을, ② 2001. 9. 20.경 가설건축물을 건축하고 그에 대하여 2001. 10. 20. 과세표준액을 39,695,259원으로 하여 취득세 793,900원, 농어촌특별세 79,390원을, ③ 2003. 1. 17. 00역 임시역사로 사용할 가설건축물 1,790.84㎡를 건축 또는 취득하고 그에 대하여 2003. 2. 14. 과세표준액을 301,472,244원으로 하여 취득세 6,029,440원, 농어촌특별세 602,940원을, ④ 2004. 4. 2.경 북측 주차장 연면적 14,025.39㎡를 신축하여 준공 전 사용허가를 받고 그에 대하여 2004. 5. 3. 과세표준액을 25,456,700,524원으로 하여 취득세 509,134,010원, 농어촌특별세 50,913,400원을, ⑤ 2004. 9. 21. 판매 및 영업시설, 영화관 192,230.36㎡를 신축하여 준공 전 사용허가를 받고 그에 대하여 2004. 10. 21. 과세표준액을 328,037,538,303원으로 하여 취득세 6,640,598,770원, 농어촌특별세 664,059,870원을 각 피고에게 신고납부한 사실(이하 위 각 신고납부를 순차로 ‘이 사건 제1 내지 5차 과세처분’이라 한다), 그 후 원고는 2005. 4. 26. 건설교통부장관으로부터 이 사건 민자역사에 대한 준공확인필증을 교부받은 후, 2005. 5. 26. 이 사건 민자역사 중 역무시설을 제외한 나머지 부분(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)에 대한 총공사비를 479,832,449,873원으로 확정하여 취득세 9,691,486,863원 등을 산정하고, 여기에서 이미 납부한 취득세 7,158,634,910원과 농어촌특별세 715,863,470원을 공제하여 취득세 2,532,851,950원, 농어촌특별세 253,285,190원을 신고납부하였는데(이하 위 신고납부를 ‘이 사건 최종 과세처분’이라 한다), 그 당시 이 사건 제1 내지 4차 과세처분과 관련하여서는 그 과세표준액 및 세액계산의 근거가 되는 면적·가액 등을 변경하지 아니한 사실 등을 인정한 다음, 이 사건 최종 과세처분은 이 사건 제1 내지 4차 과세처분에 대하여 증액수정신고의 관계에 있지 아니하므로 이 사건 제1 내지 4차 과세처분은 이 사건 최종 과세처분과는 별개의 독립한 과세처분이고, 따라서 원심에서의 확장청구 중 이 사건 제1 내지 4차 과세처분 부분은 이미 제소기간이 도과되어 부적법하다고 판단하였다.

앞서 본 규정과 관련 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 지방세법상의 증액수정신고에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

나. 상고이유 제2점에 대하여

「지방세법」제106조 제2항은 "국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납(사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조 제3호의 규정에 의한 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다."고 규정하고 있다.

원심은 채용 증거를 종합하여 그 판시 사실을 인정한 다음, 이 사건 건물은 원고의 점용허가기간 30년이 만료된 이후 곧바로 국가에 귀속되는 것이 아니라, 원칙적으로 원상회복하되 예외적으로 원상회복이 불가능하거나 부적당하여 철도청장이 원상회복의무를 면제한 때에 비로소 국가의 소유로 될 수 있을 뿐인데, 그 취득시점에서 원상회복이 불가능하다고 단정할 수도 없으므로, 국가에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득한 부동산에 해당하지 아니하여 「지방세법」제106조 제2항 소정의 취득세 비과세대상에 해당하지 않는다고 판단하였다.

앞서 본 규정과 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 「지방세법」제106조 제2항 소정의 취득세 비과세대상에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

2. 피고의 상고이유에 대하여

구 지방세법 시행령(2010. 1. 1. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것) 제82조의3에서 말하는 ‘취득가격’에는 과세대상물건의 취득 시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격(직접비용)은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나(취득자금이자, 설계비 등) 그에 준하는 취득절차비용(소개수수료, 준공검사비용 등)도 간접비용으로서 이에 포함된다 할 것이나, 그것이 취득의 대상이 아닌 물건이나 권리에 관한 것이어서 당해 물건 자체의 가격이라고 볼 수 없는 것이라면 과세대상물건을 취득하기 위하여 당해 물건의 취득시기 이전에 그 지급원인이 발생 또는 확정된 것이라도 이를 당해 물건의 취득가격에 포함된다고 보아 취득세 과세표준으로 삼을 수 없다(대법원 1996. 1. 26. 선고 95누4155 판결 참조).

원심은 채용 증거를 종합하여 그 판시 사실을 인정한 다음, 원고가 이 사건 민자역사의 공사기간 중 역무시설 등을 대체하기 위하여 설치하였다가 철거한 임시역사를 비롯한 이 사건 임시시설물의 설치비용은 이 사건 건물 자체를 취득하기 위하여 지급한 비용으로 볼 수 없으므로 이 사건 건물의 취득가격에 포함되지 않는다고 판단하였다.

앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 취득세의 과세표준에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

3. 결론

그러므로 상고를 모두 기각하고, 상고비용은 패소자 각자가 부담하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2007. 6. 15. 선고 2007누56 판결】

【주문】 처분청일부승소

1. 원고의 당심에서의 확장청구 중 피고가 원고에 대하여 한 ① 2001. 5. 30. 취득세 2,078,790원 및 농어촌특별세 208,870원, ② 2001. 10. 20. 취득세 793,900원 및 농 어촌특별세 79,390원, ③ 2003. 2. 14. 취득세 6,029,440원 및 농어촌특별세 602,940원, ④ 2004. 5. 3. 취득세 509,134,010원 및 농어촌특별세 50,913,400원의 각 과세처분의 취소를 구하는 부분의 소를 모두 각하한다.

2. 원고의 당심에서의 확장청구 중 제1항에서 각하한 부분을 제외한 나머지 청구취지 확장에 따라 제1심 판결의 주문 제1, 2항을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고가 2005. 5. 26. 원고에 대하여 한 취득세 9,173,450,720원의 과세처분 중 8,365,480,350원을 초과하는 부분, 농어촌특별세 917,345,060의 과세처분 중 836,548,030원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 피고의 항소를 기각한다.

4. 항소비용은 각자 부담하고, 당심에서 청구의 확장으로 인한 소송비용은 원고가 부담한다.

【이유】

1. 기초사실

다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1 내지 3호증, 갑 제5, 6호증, 갑 제7호증의 1 내지 3, 갑 제8, 9호증의 각 1, 2, 갑 제10호증, 갑 제11호증의 1, 2, 갑 제12호증, 갑 제13호증의 1 내지 4, 갑 제14호증, 갑 제15호증의 1 내지 3, 을 제1호증, 을 제2호증의 1, 2, 을 제3호증, 을 제4호증의 1, 2, 을 제5호증의 1 내지 3, 을 제6, 7호증의 각 기재, 갑 제4호증의 1 내지 6의 각 영상에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 1998. 11. 18. 철도청장과 00산업개발 주식회사 및 00개발산업 주식회사 사이에 체결된 00역세권개발 1단계(민자역사) 사업추진협약(을 제1호증, 이하 ‘이 사건 협약’이라고 한다)에 따라 이 사건 협약의 당사자가 공동출자하여 설립된 회사이다.

나. 이 사건 협약의 당사자는 원고가 설치하는 시설물 중 역무시설과 국유철도사업에 직접 필요로 하는 시설은 준공과 동시에 철도청장의 소유로 무상귀속시키고, 나머지 시설은 원고의 소유로 하되, 점용허가기간(30년 이내, 공사기간 제외)이 경과한 후 철도청장이 원상회복의무를 면제한 때에는 국가에 무상귀속시키기로 약정하였다(이 사건 협약 제12조).

다. 원고는 2001. 1.경부터 00 00구 00로 2가 40-999 외 4필지 지상에 경부고속철도 00민자역사 건설공사를 시작하여 2005. 3.경 지하 3층, 지상 9층의 연면적 합계 262,184.08㎡{역무시설(용도: 철도역사) 연면적 합계 26,427.99㎡, 상업시설(용도: 판매 및 영업시설, 문화집회시설, 업무시설, 근린생활시설) 연면적 합계 235,756.09㎡}의 민자역사(이하 ‘이 사건 민자역사’라고 한다)를 완공하였다.

라. 이 사건 민자역사 공사와 관련하여 원고는,

(1) 2001. 4. 30.경 현장사무소로 사용할 가설건축물(경량철골조 스라브 지붕 사무실 합계 1,063㎡)을 건축하여 그 무렵 사용하였고, 이에 대하여 2001. 5. 30. 피고에게 과세표준액을 103,939,822원으로 하여 취득세 2,078,790원, 농어촌특별세 208,870원을 신고납부하였으며,

(2) 2001. 9. 20.경 가설건축물을 건축하여 그 무렵 사용하였고, 이에 대하여 2001. 10. 20. 피고에게 과세표준액을 39,695,259원으로 하여 취득세 793,900원, 농어촌특별세 79,390원을 신고납부하였으며,

(3) 2003. 1. 17. 00역 임시역사로 사용할 가설건축물 1,790.84㎡를 건축 또는 취득하여 그 무렵 사용하였고, 이에 대하여 2003. 2. 14. 피고에게 과세표준액을 301,472,244원으로 하여 취득세 6,029,440원, 농어촌특별세 602,940원을 신고납부하였으며(2003. 12. 24. 역무시설 지하 3층, 지상 5층 25,910.83㎡를 신축하여 준공전사용허가를 받았다),

(4) 2004. 4. 2.경 민자역사 북측 주차장 연면적 14,025.39㎡를 신축하여 준공전사용허가를 받았고, 이에 대하여 2004. 5. 3. 피고에게 과세표준액을 25,456,700,524원으로 하여 취득세 509,134,010원, 농어촌특별세 50,913,400원을 신고납부하였으며,

(5) 2004. 9. 21. 역무시설 517,16㎡, 판매 및 영업시설, 영화관 192,230.36㎡를 신축하여 준공전사용허가를 받았고, 2004. 10. 21. 피고에게 위 판매 및 영업시설, 영화관에 대하여 과세표준액을 328,037,538,303원으로 하여 취득세 6,640,598,770원, 농어촌특별세 664,059,870원을 신고납부하였으며,

(6) 2005. 4. 26. 건설교통부장관으로부터 이 사건 민자역사에 대한 준공확인필증을 교부받았고, 2005. 5. 26. 이 사건 민자역사 중 역무시설을 제외한 시설(이 사건 민자역사 중 역무시설은 비과세처리되었으며, 나머지 상업시설에 대하여만 취득세 등이 부과되었다. 이하 이 사건 민자역사 중 취득세가 부과된 부분만을 ‘이 사건 건물’이라고 한다)에 대한 총공사비를 479,832,449,873원으로 정산하여 취득세 9,691,486,863원 등을 산정하고 이미 납부한 취득세 7,158,634,910원과 농어촌특별세 715,863,470원을 공제한 다음 취득세 2,532,851,950원, 농어촌특별세 253,285,190원을 신고납부하였다(위 신고로 「지방세법」제72조 제1항에 따라 과세처분이 있었던 것으로 간주되었다).

마. 한편, 원고는 이 사건 협약에 따라 이 사건 민자역사의 공사기간 중 사용할 임시역사(역 대합실 및 승강장), 임시 변경철도선 및 신호체계시스템 등(이하 ‘이 사건 임시시설물’이라고 한다)을 임시로 가설하였다가, 이 사건 민자역사의 완공 이후 철거하였는데, 이 사건 임시시설물의 공사비로 40,398,518,880원이 소요되었고, 이는 이 사건 건물의 공사비에 포함되어 과세처분이 이루어졌다.

바. 원고는 2004. 11. 9. 철도청장으로부터 점용허가기간 2004. 9. 22.부터 2034. 9. 21.까지 30년으로 정하여 국유철도재산(이 사건 민자역사의 부지 등)에 대한 점용허가를 받았는데, 위 점용허가조건 제24조에 의하면 원고는 점용허가기간이 경과하면 위 철도재산을 원상회복하되, 다만 철도청장은 원상회복이 불가능하거나 부적당하다고 인정되는 경우에 점용권자의 신청 또는 직권으로 원상회복의무를 면제할 수 있고, 이 경우 당해 시설물은 국가에 무상으로 귀속되는 것으로 규정되어 있다.

2. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

3. 본안전 항변에 대한 판단

가. 원고의 당심에서의 청구취지 확장과 피고의 본안전 항변

원고는, 제1심에서 피고가 2005. 5. 26. 원고에 대하여 한 취득세 2,532,851,950원, 농어촌특별세 253,285,190원의 각 과세처분의 취소를 구하였다가, 당심에 이르러 위 취득세와 농어촌특별세의 금액에다, 앞서 본 바와 같이 신고납부한 ① 2001. 5. 30. 취득세 2,078,790원 및 농어촌특별세 208,870원, ② 2001. 10. 20. 취득세 793,900원 및 농어촌특별세 79,390원, ③ 2003. 2. 14. 취득세 6,029,440원 및 농어촌특별세 602,940원, ④ 2004. 5. 3. 취득세 509,134,010원 및 농어촌특별세 50,913,400원, ⑤ 2004. 10. 21. 취득세 6,640,598,770원 및 농어촌특별세 664,059,870원의 각 취득세와 농어촌특별세를 세목별로 합하여 취득세 9,691,486,860원(= 2,532,851,950원 + 2,078,790원 + 793,900원 + 6,029,440원 + 509,134,010원 + 6,640,598,770원) 및 농어촌특별세 969,148,660원(= 253,285,190원 + 208,870원 + 79,390원 + 602,940원 + 50,913,400원 + 664,059,870원)의 취소를 구하는 것을 청구취지를 확장하였고, 이에 대하여 피고는, 위 ① 내지 ⑤의 각 과세처분은 제척기간을 도과하여 이미 확정되었으므로 이를 대상으로 한 위 청구취지 확장은 부적법하다고 주장한다.

나. 판단

(1) 「지방세법」제29조, 제30조, 제115조 등의 규정에 의하면, 취득세 및 그에 부가되는 농어촌특별세(이하 이항에서는 ‘취득세 등’이라고 한다)는 과세물건을 취득하는 때에 성립하고, 신고납세방식의 조세로서 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 조세채무가 구체적으로 확정되며, 「지방세법 시행령」제73조 제4항은 ‘건축허가를 받아 건축하는 건축물에 있어서는 사용승인서 교부일(사용승인서 교부일 이전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일)을 취득일로 보고, 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다’고 규정하고 있다.

그런데 앞서 본 바와 같이 원고는 위 ① 내지 ⑤의 취득세 등의 과세대상인 위 각 가설건축물에 대하여는 건축하여 사용한 날부터, 주차장, 판매 및 영업시설, 영화관에 대하여는 건축 후 준공전사용허가를 받은 날부터 모두 약 30일 이내에 취득세 등의 과세표준과 세액을 신고납부하였으므로, 위 각 과세물건에 대한 취득세 등의 납세의무는 각 그 사용일 또는 준공전사용허가일에 성립하였고, 원고가 신고납부함으로써 특별한 사정이 없는 한 그대로 확정된다고 할 것이다.

(2) 한편, 과세표준과 세액을 증액하는 경정처분이 있는 경우 그 경정처분은 당초처분을 그대로 둔 채 당초처분에서의 과세표준과 세액을 초과하는 부분만을 추가 확정하려는 처분이 아니고, 재조사에 의하여 판명된 결과에 따라서 당초처분에서의 과세표준과 세액을 포함시켜 전체로서의 과세표준과 세액을 결정하는 것이므로, 증액경정처분이 되면 먼저 된 당초처분은 증액경정처분에 흡수되어 당연히 소멸하고 오직 경정처분만이 쟁송의 대상이 된다 할 것인데(대법원 2000. 9. 8. 선고 98두16149 판결, 대법원 1991. 10. 8. 선고 91누1547 판결 등 참조), 「지방세법」제71조 제1항 제1호는, ‘지방세법에 의한 신고납부기한 내에 지방세를 신고납부한 자가 그 후 과세표준액 및 세액계산의 근거가 되는 면적·가액 등이 공사비의 정산 등에 의하여 변경된 경우 수정신고를 할 수 있다’고 규정하고 있고, 「지방세법」제72조 제1항은 ‘지방세법에 의한 신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다’고 규정하고 있으므로, 「지방세법」제71조 제1항 제1호에 따라 당초의 과세표준액과 세액을 증액한 수정신고에 대하여는 위 증액경정처분에 관한 법리가 적용된다고 할 것이다.

그리고 원고가 위 ① 내지 ⑤의 과세물건에 대한 신고납부기한 내에 취득세 등을 신고납부하였고, 그 후 2005. 5. 26. 이 사건 민자역사 중 역무시설을 제외한 시설에 대하여 총공사비를 479,832,449,873원으로 정산하여 취득세 등을 산정하고 이미 신고납부한 취득세 7,158,634,910원 및 농어촌특별세 715,863,470원을 공제하여 취득세 2,532,851,950원, 농어촌특별세 253,285,190원을 신고납부하였음은 앞서 본 바와 같다.

그러므로 원고의 위 2005. 5. 26. 신고납부(처분)가 위 ① 내지 ⑤의 신고납부(처분)와의 관계에서 「지방세법」제71조 제1항 제1호에 의한 증액 수정신고(증액경정처분)에 해당하는지에 관하여 살피건대, 앞서 본 증거들에 의하면, 원고는 2005. 5. 26. 위 취득세 등을 신고납부할 때 위 ① 내지 ④의 취득세 등에 관하여는 각 당초에 산정한 과세표준액 및 세액계산의 근거가 되는 면적·가액 등을 공사비의 정산 등에 의하여 변경하지 않았으나, 위 ⑤의 취득세 등에 관하여는 위와 같이 변경하였다고 인정된다.

그렇다면 위 2005. 5. 26.자 과세처분은 위 ① 내지 ④의 각 과세처분과의 사이에서는 「지방세법」제71조 제1항 제1호에 의한 증액 수정신고에 해당하지 않고, 위 ⑤의 과세처분과 사이에서는 위 증액 수정신고에 해당하므로, 위 ① 내지 ④의 각 과세처분은 위 2005. 5. 26.자 과세처분과 별개의 독립한 과세처분이고, 위 ⑤의 과세처분은 위 2005. 5. 26.자 과세처분에 흡수되어 소멸되었다고 할 것이다.

(3) 소결론

(가) 먼저, 원고의 당심에서의 확장청구 중 위 ① 내지 ④의 과세처분은 위 2005. 5. 26.자 과세처분과는 별개의 독립한 처분이므로, 당심에서의 새로운 청구의 추가에 해당한다고 할 것인데, 그 취소를 구하는 청구취지변경신청서가 이 법원에 제출된 2007. 3. 27.은 각 그 처분이 있은 날(2001. 5. 30., 2001. 10. 20., 2003. 2. 14., 2004. 5. 3.이고, 처분이 있음을 안 날도 같다)부터 1년이 경과되었음이 역수상 분명하므로, 위 ① 내지 ④의 과세처분은 이미 그대로 확정되어 더 이상 다툴 수 없다.

따라서, 위 ① 내지 ④의 각 과세처분을 대상으로 하는 이 부분 소는 부적법하다.

(나) 다음, 위 ⑤의 과세처분은 위 2005. 5. 26.자 과세처분에 흡수되어 소멸되었으므로, 위 2005. 5. 26.자 과세처분은 당초의 세목별 금액에다 위 ⑤의 과세처분의 세목별 금액을 합한 취득세 9,173,450,720원(= 2,532,851,950원 + 6,640,598,770원) 및 농어촌특별세 917,345,060원(= 253,285,190원 + 664,059,870원)의 과세처분(이하 ‘이 사건 과세처분’이라고 한다)이 된다.

따라서, 원고는 청구취지의 확장으로 위 ⑤의 과세처분의 취소를 구할 수 있으므로, 이하 이 사건 과세처분에 관하여 살펴본다.

4. 이 사건 과세처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 「지방세법」제106조 제2항은 ‘국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납(사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조 제3호의 규정에 의한 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다’고 규정하고 있고, 이 규정은 위 괄호부분과 관련하여 사회기반시설에 대한 민간투자법(이하 ‘민투법’이라고 한다) 제4조 제3호의 방식(선운영·후기부 방식)에 따른 기한부 귀속만을 취득세의 비과세 대상으로 제한한 것이 아니라, 그 방식과 마찬가지로 일정한 기간이 지난 후에 부동산이 국가에 귀속되는 기한부 귀속 또는 기한부 기부채납의 경우에도 일반적으로 취득세가 과세되지 않는다는 것을 예시적으로 규정한 것으로 보아야 할 것인바, 앞서 본 이 사건 협약 제12조에 의하면, 이 사건 건물은 ‘점용허가기간 30년’이라는 기한과 ‘철도청장의 원상회복의무의 면제’라는 조건 아래 국가에 귀속 또는 기부채납되었다고 할 것이나, 이 사건 건물은 역무시설과 결합하여 하나의 건물로 구성되어 있어, 원고의 점용허가기간이 끝나더라도 이를 역무시설과 분리 철거하여 원상회복하는 것은 원천적으로 불가능하여, 위 조건은 이 사건 건물의 취득 당시 이미 성취되었다고 보아야 할 것이어서, 이 사건 건물은 원고의 점용허가기간이 끝난 후 당연히 국가에 귀속 또는 기부채납되는 것이므로, 이 사건 건물에는 「지방세법」제106조 제2항에 의하여 취득세 등이 부과되지 아니한다. 따라서, 이 사건 과세처분은 위법하다.

(2) 설령 이 사건 건물이 취득세 등의 과세대상이라고 하더라도, 이 사건 임시시설물의 공사비용은 이 사건 민자역사 중 국가에 귀속되는 역무시설과 관련하여 지급한 비용일 뿐이고, 이 사건 건물을 취득하기 위하여 지급한 비용은 아니므로, 이 사건 건물의 취득가격에 포함되지 않는다.

따라서, 이 사건 과세처분 중 이 사건 임시시설물의 공사비용을 이 사건 건물의 취득가격에 포함하여 산정한 취득세 807,970,370원, 농어촌특별세 80,797,030원 부분은 위법하다.

나. 피고의 주장

(1) 취득세 등이 비과세되기 위해서는 부동산의 취득시점에 국가에 대한 기부채납이 확정되어 있어야 하는데, 이 사건 건물은 점용기간 만료 후 원칙적으로 원상회복되도록 약정되어 있을 뿐이고, 국가에 귀속되기 위해서는 원상회복의무의 면제라는 별도의 의사표시가 필요하므로, 이를 두고 기부채납을 조건으로 취득하는 것으로서 취득세 등이 비과세되는 경우라고 볼 수 없다.

민투법 제4조 제3호는 사회기반시설에 한하여 적용된다고 할 것인데, 이 사건 건물은 상업시설이어서 사회기반시설에 해당하지 않고, 이 사건 건물 건설공사의 근거법령은 민투법이 아니라 구 국유철도의 운영에 관한 특례법이므로, 이 점에서도 취득세 등의 비과세 대상이 될 수 없다.

따라서, 이 사건 과세처분은 적법하다.

(2) 「지방세법 시행령」제82조의3 제1항 본문은 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 직접·간접비용을 포함한다고 규정하고 있는바, 이 사건 임시시설물은 이 사건 민자역사를 건설하기 위하여 반드시 설치해야 하는 것이고, 이 사건 민자역사 중 역무시설은 극히 일부분에 불과하므로, 이 사건 임시시설물의 설치비용은 이 사건 건물의 취득대가의 일부로서 취득세의 과세표준이 되는 취득가격에 해당한다.

설령 그렇지 않다고 하더라도, 원고는 이 사건 임시시설물을 취득한 후 이를 철도청장으로 하여금 사용하게 하였으므로, 이 사건 임시시설물 자체의 취득에 대하여 그 공사비를 취득가액으로 하여 취득세를 납부하여야 한다.

따라서, 이 사건 과세처분 중 이 사건 임시시설물의 공사비용을 이 사건 건물의 공사비용에 포함하여 취득세 등을 부과한 부분도 적법하다.

다. 판단

(1) 첫 번째 주장에 관한 판단

「지방세법」제106조 제2항, 민투법 제4조 제3호에 의하면, 사회기반시설의 준공 후 일정기간 동안 사업시행자에게 당해 시설의 소유권이 인정되며 그 기간의 만료시 시설 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식의 민간투자사업에 대하여 취득세 등이 비과세되는 것으로 규정되어 있는바, 위 지방세법의 규정을 원고의 주장과 같은 예시적 규정으로 볼 수 없고, 설령 이를 예시적 규정으로 본다 하더라도, 앞서 본 사실에 의하면, 이 사건 건물은 원고의 점용기간이 만료된 이후 바로 국가에 귀속되는 것이 아니라, 원칙적으로 원상회복하되, 예외적으로 원상회복이 불가능하거나 부적당하여 철도청장이 원상회복의무를 면제한 때에 비로소 국가의 소유로 될 수 있을 뿐이어서, 이 사건 건물의 취득시점에서 이 사건 건물의 원상회복이 불가능하다고 단정할 수는 없으므로, 「지방세법」제106조 제2항이 정한 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 해당하지 않는다고 할 것이다.

따라서, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 두 번째 주장에 관한 판단

(가) 먼저, 「지방세법 시행령」제82조의3 제1항에서 말하는 '취득가격'에는 과세대상물건의 취득 시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격(직접비용)은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나(취득자금이자, 설계비 등) 그에 준하는 취득절차비용(소개수수료, 준공검사비용 등)도 간접비용으로서 이에 포함된다 할 것이나, 그것이 취득의 대상이 아닌 물건이나 권리에 관한 것이어서 당해 물건 자체의 가격이라고 볼 수 없는 것이라면 과세대상물건을 취득하기 위하여 당해 물건의 취득시기 이전에 그 지급원인이 발생 또는 확정된 것이라도 이를 당해 물건의 취득가격에 포함된다고 보아 취득세과세표준으로 삼을 수 없다(대법원 1996. 1. 26. 선고 95누4155 판결 참조).

위 인정사실에 의하면, 이 사건 임시시설물은 이 사건 민자역사의 공사기간 중에 역무시설 등을 대체하기 위하여 임시로 건설된 시설이라고 할 것이므로, 그 설치비용은 원고가 취득하지 아니한 역무시설과 관련하여 지급한 비용일 뿐이지, 이 사건 건물 자체를 취득하기 위하여 지급한 비용이라고 볼 수는 없다.

(나) 다음, 취득세의 과세대상인 건축물에 관하여, 「지방세법」제104조 제4호는 ‘건축법 제2조 제1항 제2호의 규정에 의한 건축물(이와 유사한 형태의 건축물을 포함한다)과 토지에 정착하거나 지하 또는 다른 구조물에 설치하는 레저시설, 저장시설, 도크시설, 접안시설, 도관시설, 급·배수시설, 에너지 공급시설 그 밖에 이와 유사한 시설(이에 부수되는 시설을 포함한다)로서 대통령령이 정하는 것을 말한다’고 규정하고 있고, 구 「지방세법 시행령」제75조의2 제7호(2005. 10. 7. 대통령령 제19082호로 개정되기 전의 것)는 기타시설로 ‘잔교, 기계식 또는 철골조립식 주차장, 방송중계탑, 무선통신기지국용철탑’을 규정하고 있으며, 구 건축법(2005. 5. 26. 법률 제7511호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제1항 제2호는 건축물을 ‘토지에 정착하는 공작물 중 지붕과 기둥 또는 벽이 있는 것과 이에 부수되는 시설물, 지하 또는 고가의 공작물에 설치하는 사무소·공연장·점포·차고·창고 기타 대통령령이 정하는 것을 말한다’고 규정하고 있다.

그런데 이 사건 임시시설물이 위 법령 조항의 토지에 정착하거나 지하 또는 다른 구조물에 설치하는 레저시설, 저장시설, 도크시설, 접안시설, 도관시설, 급·배수시설, 에너지 공급시설, 기타시설에 해당하지 않음은 문언상 분명하다. 또, 앞서 본 증거들에 의하면, 이 사건 임시시설물은 역무시설의 공사 도중 임시로 사용되었고, 당시 운행 중인 철로 위에 이 사건 건물을 건축하여야 하는 관계로 이 사건 건물의 공사진행에 따라 그 옆으로 수시로 이전되었던 사실을 인정할 수 있으므로, 이 사건 임시시설물을 구 건축법 제2조 제1항 제2호의 토지에 정착하는 공작물이라고 보기 어렵다. 따라서, 이 사건 임시시설물은 위 법조항에서 정한 취득세의 과세물건인 건축물에 해당한다고 보기 어렵다.

뿐만 아니라, 앞서 본 바와 같이 이 사건 임시시설물은 임시역사(역 대합실 및 승강장), 임시 변경철도선 및 신호체계시스템 등으로 구성되어 있어, 국유철도사업에 직접 필요로 하는 시설에 해당하는데, 이 사건 협약(제12조 제1항)에서 원고가 설치하는 시설물 중 역무시설과 기타 국유철도사업에 직접 필요로 하는 시설은 준공과 동시에 철도청장에게 무상귀속시키기로 하였음은 앞서 본 바와 같으므로{이 사건 협약의 근거법률인 구 국유철도사업의 운영에 관한 특례법(2003. 12. 31. 법률 제7052호로 폐지되기 전의 것) 제26조 제1항도 점용허가를 받은 자가 설치하는 시설물 중 국유철도사업에 직접 필요로 하는 부분은 준공과 동시에 무상으로 국가에 귀속된다고 규정하고 있다}, 비록 원고가 이 사건 임시시설물을 설치하였다고 하더라도, 원고가 그 소유권을 취득한다고 보기 어렵다.

(다) 따라서, 이 사건 과세처분 중 이 사건 임시시설물의 설치비용을 이 사건 건물의 취득가격에 포함하여 취득세 등을 산정한 부분은 위법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

(3) 취소의 범위

이 사건 과세처분 중 아래 계산에 의한 정당한 취득세 및 농어촌특별세를 초과하는 부분은 각 취소되어야 할 것인바, 취소되는 부분의 금액은 제1심에서 인정한 것과 같다.

- 계산(10원 미만은 버림)

① 정당한 취득세: 8,365,480,350원{= 9,173,450,720원 - 취득세 중 취소되는 부분807,970,370원(= 이 사건 임시시설물의 설치비용 40,398,518,880원 × 0.02)}

② 정당한 농어촌특별세: 836,548,030원{ =917,345,060 - 농어촌특별세 중 취소되는 부분 80,797,030원(= 807,970,370원 × 0.1)}

3. 결론

그렇다면 원고가 당심에서 추가한 위 ① 내지 ④의 각 과세처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하므로 이를 모두 각하하고, 당심에서 확장된 부분을 포함한 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하며, 피고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【관계법령】

지방세법

제29조 (납세의무의 성립시기)

①지방세를 납부할 의무는 다음 각호의 시기에 성립한다.

1. 취득세 : 취득세 과세물건을 취득하는 때

제30조 (납세의무의 확정)

①지방세는 다음 각호에 해당하는 때에 그 세액이 확정된다.

1.납세의무자가 과세표준과 세액을 지방자치단체에 신고납부하는 지방세에 있어서는 이를 신고하는 때

제71조 (수정신고)

①이 법에 의한 신고납부기한내에 지방세를 신고납부한 자가 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 날부터 60일이내에 수정신고를 할 수 있다.

1. 신고납부한 후에 과세표준액 및 세액계산의 근거가 되는 면적·가액등이 공사비의 정산, 건설자금의 이자계산, 확정판결등에 의하여 변경되거나 확정된 경우

2. 신고납부 당시에 있어서 증빙서류의 압수 또는 법인의 청산 기타 부득이한 사유로 인하여 과세표준액 및 세액을 정확하게 계산할 수 없었으나 그 후 당해 사유가 소멸한 경우

제72조 (청구대상)

①이 법에 의한 처분(신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다. 이하 이 절에서 같다)으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 절의 규정에 의한 이의신청 및 심사청구를 할 수 있다.

제106조 (국가 등에 대한 비과세) (2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것)

①국가·지방자치단체·지방자치단체조합·외국정부 및 주한국제기구의 취득에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대한민국 정부기관의 취득에 대하여 과세하는 외국정부의 취득에 대하여는 그러하지 아니하다.

② 국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납(사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조 제3호의 규정에 의한 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다.

제111조 (과세표준)

①취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다.

③건축물을 건축(신축 및 재축을 제외한다) 또는 개수한 경우와 대통령령이 정하는 선박·차량 및 기계장비의 종류변경 또는 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령이 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.

⑦ 제1항 내지 제5항의 규정에 의한 취득세의 과세표준이 되는 가액, 가격 또는 연부금액의 범위 및 그 적용과 취득시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

제112조 (세율)

① 취득세의 표준세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다.

제115조 (징수방법)

취득세의 징수는 신고납부의 방법에 의한다.

제120조 (신고 및 납부)

① 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날부터 30일[상속으로 인한 경우는 상속개시일부터, 실종으로 인한 경우는 실종선고일부터 각각 6월(납세자가 외국에 주소를 둔 경우에는 각각 9월)]이내에 그 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다.

지방세법 시행령

제73조(취득의 시기등)

④건축허가를 받아 건축하는 건축물에 있어서는 사용승인서 교부일(사용승인서 교부일이전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일)을 취득일로 보고, 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다. 다만, 「도시개발법」에 의한 도시개발사업이나 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업에 한한다)으로 건축한 주택을 「도시개발법」제41조의 규정에 의한 환지처분 또는 「도시 및 주거환경정비법」제54조의 규정에 의한 소유권이전에 의하여 취득하는 경우에는 환지처분공고일의 다음 날 또는 소유권이전고시일의 다음날을 취득일로 보며, 환지처분공고일 또는 소유권이전고시일 이전에 사실상 사용하는 경우에는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다. <개정 1981.12.31, 1984.12.31, 1993.12.31, 1994.12.31, 1995.12.30, 1997.10.1, 2003.12.30, 2005.1.5>

제73조(취득의 시기등)(2005. 1. 5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것)

④건축허가를 받아 건축하는 건축물에 있어서는 사용승인서 교부일(사용승인서 교부일이전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일)을 취득일로 보고, 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다. 다만, 도시개발법에 의한 도시개발사업이나 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업에 한한다)으로 건축한 주택을 도시개발법 제41조의 규정에 의한 환지처분 또는 도시및주거환경정비법 제54조의 규정에 의한 소유권이전에 의하여 취득하는 경우에는 환지처분공고일의 다음 날 또는 소유권이전고시일의 다음날을 취득일로 보며, 환지처분공고일 또는 소유권이전고시일 이전에 사실상 사용하는 경우에는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다.

제73조(취득의 시기등)(2003. 12. 30. 대통령령 제18194호로 개정되기 전의 것)

④건축허가를 받아 건축하는 건축물에 있어서는 사용승인서 교부일(사용승인서 교부일이전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일)을 취득일로 보고, 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다.

제75조의2(건축물의 범위)(2005.10.7. 대통령령 제19082호로 개정되기 전의 것)

법 제104조 제4호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 시설물을 말한다.

1. 레저시설 : 풀장, 스케이트장, 골프연습장(「체육시설의 설치·이용에 관한 법률」에 의하여 골프연습장업으로 신고된 20타석 이상의 골프연습장에 한한다), 전망대, 옥외스탠드, 유원지의 옥외오락시설(유원지의 옥외오락시설과 유사한 오락시설로서 옥내 또는 옥상에 설치하여 사용하는 것을 포함한다)

2. 저장시설 : 수조, 저유조, 싸이로, 저장조 등의 옥외저장시설(다른 시설과 유기적인 관련을 가지고 일시적으로 저장기능을 하는 시설을 포함한다)

3. 도크시설 및 접안시설 : 도크, 조선대

4. 도관시설(연결시설을 포함한다) : 송유관, 가스관, 열수송관

5. 급·배수시설 : 송수관(연결시설을 포함한다), 급·배수시설, 복개설비

6. 에너지 공급시설 : 주유시설, 가스충전시설, 송전철탑(전압 20만볼트 미만을 송전하는 것과 주민들의 요구로 전기사업법 제72조의 규정에 의하여 이전·설치하는 것을 제외한다)

7. 기타 시설 : 잔교, 기계식 또는 철골조립식 주차장, 방송중계탑(방송법 제54조제1항제5호의 규정에 의하여 국가가 필요로 하는 대외방송과 사회교육방송중계탑을 제외한다), 무선통신기지국용철탑

제82조의3 (취득가격의 범위)

①취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다. 다만, 매매계약서상의 약정금액을 일시급등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

②토지와 건축물 등을 일괄취득함으로 인하여 토지 또는 건축물에 대한 취득가격이 구분되지 아니하는 경우에는 일괄취득한 가격을 토지 또는 건물 가액 비율로 안분한 금액을 토지·건축물 및 기타물건의 취득가액으로 한다.

③제2항의 경우에 시가표준액이 없는 기타물건이 포함되어 있는 경우에는 토지·건축물 및 기타물건의 감정가액 등을 고려하여 시장·군수가 결정한 비율로 안분한 금액을 토지·건축물 또는 기타물건의 취득가액으로 한다.

사회기반시설에 대한 민간투자법

제2조 (정의)

이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. "사회기반시설"이라 함은 각종 생산활동의 기반이 되는 시설, 당해 시설의 효용을 증진시키거나 이용자의 편의를 도모하는 시설 및 국민생활의 편익을 증진시키는 시설로서, 다음 각목의 1에 해당하는 시설을 말한다.

나. 철도사업법 제2조 제1호의 규정에 의한 철도

오. 철도산업발전기본법 제3조 제2호의 규정에 의한 철도시설

제4조 (민간투자사업의 추진방식)

민간투자사업은 다음 각호의 1에 해당하는 방식으로 추진하여야 한다.

1. 사회기반시설의 준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식(제2호에 해당하는 경우를 제외한다)

2. 사회기반시설의 준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며, 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하되, 그 시설을 국가 또는 지방자치단체 등이 협약에서 정한 기간동안 임차하여 사용·수익하는 방식

3. 사회기반시설의 준공 후 일정기간 동안 사업시행자에게 당해 시설의 소유권이 인정되며 그 기간의 만료시 시설소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식

국유철도의 운영에 관한 특례법(2003. 12. 31. 법률 제7052호로 폐지되기 전의 것)

제30조 (원상회복의무)

① 점용허가를 받은 자는 점용허가기간이 만료되거나 점용을 폐지한 때에는 점용허가된 철도재산을 원상으로 회복하여야 한다. 다만, 철도청장은 원상으로 회복할 수 없거나 원상회복이 부적당하다고 인정되는 경우에는 원상회복의무를 면제할 수 있다.

② 철도청장은 점용허가를 받은 자가 제1항 본문의 규정에 의한 원상회복을 하지 아니하는 때에는 행정대집행법에 의하여 시설물의 철거 기타 필요한 조치를 할 수 있다.

③ 철도청장은 제1항 단서의 규정에 의하여 원상회복의무가 면제되는 시설물을 국가의 소유로 할 수 있다. 이 경우 그 시설물은 철도청장이 관리한다.

철도사업법

제2조 (정의)

이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. "철도"라 함은 철도산업발전기본법(이하 "기본법"이라 한다) 제3조 제1호의 규정에 의한 철도를 말한다.

2. "철도시설"이라 함은 기본법 제3조 제2호의 규정에 의한 철도시설을 말한다.

철도산업발전기본법

제3조 (정의)

이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다.

1. "철도"라 함은 여객 또는 화물을 운송하는 데 필요한 철도시설과 철도차량 및 이와 관련된 운영·지원체계가 유기적으로 구성된 운송체계를 말한다.

2. "철도시설"이라 함은 다음 각목의 1에 해당하는 시설(부지를 포함한다)을 말한다.

가. 철도의 선로(선로에 부대되는 시설을 포함한다), 역시설(물류시설·환승시설 및 편의시설 등을 포함한다) 및 철도운영을 위한 건축물·건축설비

나. 선로 및 철도차량을 보수·정비하기 위한 선로보수기지, 차량정비기지 및 차량유치시설

다. 철도의 전철전력설비, 정보통신설비, 신호 및 열차제어설비

라. 철도노선간 또는 다른 교통수단과의 연계운영에 필요한 시설

마. 철도기술의 개발·시험 및 연구를 위한 시설

바. 철도경영연수 및 철도전문인력의 교육훈련을 위한 시설

사. 그 밖에 철도의 건설·유지보수 및 운영을 위한 시설로서 대통령령이 정하는 시설

농어촌특별세법

제5조 (과세표준과 세율)

① 농어촌특별세는 다음 각호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

끝.

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【하급심-서울행정법원 2006. 11. 14. 선고 2006구합20167 판결】

【주문】 처분청일부승소

1. 피고가 2005. 5. 26. 원고에 대하여 한 취득세 2,532,851,950원의 부과처분 중 1,724,881,580원을, 농어촌특별세 253,285,190원의 부과처분 중 172,488,160원을 각 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 70%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【이유】

1. 과세처분의 경위

가. 원고는 1998. 11. 18. 철도청장과 현대산업개발주식회사 사이에 체결된 용산역세권개발 1단계(민자역사) 사업추진협약(이하 ‘이 사건 협약’이라 한다)에 따라 철도청장과 현대산업개발 주식회사가 공동출자하여 설립된 회사이다. 위 협약 당시 철도청장과 현대산업개발 주식회사는 원고가 설치하는 시설물 중 역무시설과 국유철도사업에 직접 필요로 하는 시설은 준공과 동시에 철도청장의 소유로 무상귀속시키고, 나머지 시설은 원고의 소유로 하되 점용허가기간(30년 이내, 공사기간 제외)이 경과한 후 원상회복의무를 면제한 때에는 국가에 무상귀속시키기로 약정하였다(이 사건 협약서 제12조).

나. 원고는 2001. 1.경부터 서울 용산구 한강로2가 40-999외 4필지 지상에 경부고속철도 용산민자역사(이하 ‘이 사건 민자역사’라 한다) 건설공사를 하였다. 원고는 2003. 12. 24. 건설교통부장관으로부터 역무시설 지하 3층, 지상 5층 25,910.83㎡에 대하여 준공전사용허가를 받았는데, 이에 대하여는 취득세 등이 부과되지 아니하였다. 원고는 2004. 4. 2. 북측 주차장 14,025.39㎡에 대한 준공전사용허가를 받고 취득세 509,134,010원, 농어촌특별세 50,193,400원을 신고납부하였으며, 2004. 9. 21. 역무시설 517,16㎡, 판매 및 영업시설, 영화관 192,230.36㎡에 대한 준공전사용허가를 받고 취득세 6,640,598,770원, 농어촌특별세 664,059,870원을 신고납부하였다. 원고는 2001. 5., 2001. 10., 2005. 1.에 이 사건 민자역사와 관련한 가설건축물의 취득신고를 하고 취득세 8,902,070원, 농어촌특별세 890,020원을 신고납부하였다.

다. 원고는 2004. 11. 9. 철도청장으로부터 점용허가기간 2004. 9. 22.부터 2034. 9. 21.까지 30년으로 정하여 국유철도재산(이 사건 민자역사의 부지 등)에 대한 점용허가를 받았는데, 위 점용허가조건 제24조에 의하면 원고는 점용허가기간이 경과하면 위 철도재산을 원상회복하되, 다만 철도청장은 원상회복이 불가능하거나 부적당하다고 인정되는 경우에 점용권자의 신청 또는 직권으로 원상회복의무를 면제할 수 있고, 이 경우 당해 시설물은 국가에 무상으로 귀속되는 것으로 규정되어 있다.

라. 원고는 이 사건 민자역사에 대한 건축공사가 완공됨에 따라 2005. 4. 26. 건설교통부장관으로부터 이 사건 민자역사에 대한 준공확인필증을 교부받았다. 원고는 2005. 5. 26. 이 사건 민자역사 중 역무시설을 제외한 시설(이 사건 민자역사 262,184.08㎡ 중 역무시설 26,427.99㎡는 비과세처리되었으며, 나머지 판매 및 영업시설, 문화집회시설, 업무시설, 근린생활시설 235,756.09㎡에 대하여만 취득세 등이 부과되었다. 이하 이 사건 민자역사 중 취득세가 부과된 부분만을 지칭하여 ‘이 사건 건물’이라 한다)에 대한 총공사비를 479,832,449,873원으로 정산하여 취득세 등을 산정하고 기납부 취득세 7,158,634,910원, 기납부 농어촌특별세 715,863,470원을 공제한 취득세 2,532,851,950원, 농어촌특별세 253,285,190원을 신고납부하였고, 위 신고로 「지방세법」제72조 제1항에 따라 이 사건 과세처분이 있었던 것으로 간주되었다.

마. 원고는 이 사건 협약에 따라 이 사건 민자역사의 공사기간 중 사용할 임시역사(역 대합실 및 승강장), 임시 변경철도선 및 신호체계시스템 등(이하 ‘이 사건 임시시설물’이라 한다)을 임시로 가설하였다가 이 사건 민자역사의 완공 이후 철거하였는데, 이 사건 임시시설물의 공사비로 40,398,518,880원이 소요되었다. 이 사건 임시시설물의 공사비는 이 사건 건물의 공사비에 포함되어 이 사건 과세처분이 이루어졌다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 3호증, 갑 4호증의 1 내지 6, 갑 5호증, 을 1호증, 을 2호증의 1, 2, 을 3호증, 을 4호증의 1, 2, 을 5호증의 1, 2, 3, 을 6호증, 을 7호증의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지

2. 과세처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 「지방세법」제106조 제2항에서 "국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납( 사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조 제3호의 규정에 의한 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다."라고 규정하고 있는 것은 선운영후기부 방식에 대한 일반적인 비과세를 예시적으로 규정한 것이라고 해석하여야 할 것인데, 이 사건 건물은 역무시설과 하나의 건물로 구성되어 있어, 원고의 점용허가기간이 끝난다고 하더라도 이를 역무시설과 분리 철거하여 원상회복하는 것은 불가능하다 할 것이므로, 원고의 점용허가기간이 경과한 후에는 기부채납이 예정되어 있는 것이라 할 것이어서, 위 지방세법 조항에 의하여 취득세 등이 비과세되어야 함에도 불구하고, 원고에게 이 사건 건물에 관한 취득세 등을 부과한 피고의 이 사건 과세처분은 위법하다.

(2) 설령 이 사건 건물이 취득세 등의 과세대상이라고 하더라도, 이 사건 임시시설물의 공사비용은 이 사건 건물의 취득을 위하여 소요된 비용이 아니라 이 사건 민자역사 중 역무시설과 관련하여 발생한 비용이므로, 이 사건 과세처분 중 이 사건 임시시설물의 공사비용을 이 사건 건물의 취득가액에 포함시켜 취득세로 807,970,370원, 농어촌특별세로 80,797,030원을 부과한 부분은 위법하다.

나. 피고의 주장

(1) 취득세 등이 비과세되기 위해서는 부동산의 취득시점에 국가에 대한 기부채납이 확정되어 있어야 하는데, 이 사건 건물은 점용기간 만료 후 원칙적으로 원상회복되도록 약정되어 있을 뿐이고 국가에 귀속되기 위해서는 원상회복의무의 면제라는 별도의 의사표시가 필요하므로, 이를 두고 기부채납을 조건으로 취득하는 것으로서 취득세 등이 비과세되는 경우라고 볼 수 없다.

민투법 제4조 제3호는 사회기반시설에 한하여 적용된다고 할 것인데, 이 사건 건물은 상업시설이어서 사회기반시설에 해당한다고 할 수 없고, 이 사건 건물 건설공사의 근거법령은 민투법이 아니라 구 국유철도의 운영에 관한 특례법이므로 이 점에서도 취득세 등의 비과세 대상이 될 수 없다. 따라서 이 사건 과세처분은 적법하다.

(2) 이 사건 임시시설물은 이 사건 민자역사의 공사를 하기 위하여 필수적으로 설치가 필요한 것이었고, 이 사건 민자역사 중 역무시설은 극히 일부분에 불과하므로, 이 사건 임시시설의 공사비용을 이 사건 건물의 공사비용에 포함시켜 취득세 등을 부과한 이 사건 과세처분은 적법하다.

다. 관계 법령

별지와 같다.

라. 판단

(1) 첫 번째 주장에 관한 판단

「지방세법」제106조 제2항, 민투법 제4조 제3호에 의하면, 사회기반시설의 준공 후 일정기간 동안 사업시행자에게 당해 시설의 소유권이 인정되며 그 기간의 만료시 시설 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식의 민간투자사업에 대하여 취득세 등이 비과세되는 것으로 규정되어 있는바, 위 지방세법의 규정을 예시적 규정으로 볼 수 없을 뿐만 아니라, 설사 이를 예시적 규정으로 본다 하더라도 앞서 인정한 사실에 의하면, 이 사건 건물은 원고의 점용기간이 만료된 이후 바로 국가에 귀속되는 것이 아니라, 원칙적으로 원상회복하되 예외적으로 원상회복이 불가능하거나 부적당하여 철도청장의 원상회복의무 면제결정에 의하여 비로소 국가의 소유로 될 수 있을 뿐인데 이 사건 건물의 취득시점에서 이 사건 건물의 원상회복이 불가능하다고 단정할 수 없으므로 「지방세법」제106조 제2항이 정한 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 해당하지 아니한다고 할 것이다.

따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

(2) 두 번째 주장에 관한 판단

「지방세법 시행령」제82조의3에서 말하는 '취득가격'에는 과세대상물건의 취득 시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격(직접비용)은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나(취득자금이자, 설계비 등) 그에 준하는 취득절차비용(소개수수료, 준공검사비용 등)도 간접비용으로서 이에 포함된다 할 것이나, 그것이 취득의 대상이 아닌 물건이나 권리에 관한 것이어서 당해 물건 자체의 가격이라고 볼 수 없는 것이라면 과세대상물건을 취득하기 위하여 당해 물건의 취득시기 이전에 그 지급원인이 발생 또는 확정된 것이라도 이를 당해 물건의 취득가격에 포함된다고 보아 취득세과세표준으로 삼을 수 없다( 대법원 1996. 1. 26. 선고 95누4155 판결 참조).

위 인정사실에 의하면 이 사건 임시시설물은 이 사건 민자역사의 공사기간 중에 역무시설 등을 대체하기 위하여 임시로 건설된 시설이라고 할 것이므로, 그 설치비용은 원고가 취득하지 아니한 역무시설과 관련하여 발생한 비용일 뿐 이 사건 건물 자체를 취득하기 위하여 지출한 비용이라고 볼 수는 없다고 할 것이다.

따라서 피고의 이 사건 과세처분 중 이 사건 임시시설의 설치비용을 취득가액에 포함하여 취득세 등을 부과한 부분은 위법하다고 할 것이고, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

(3) 취소의 범위

그러므로 이 사건 과세처분 중 아래 정당한 취득세 및 농어촌특별세를 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 할 것이다.

정당한 취득세: 1,724,881,580원{= 2,532,851,950 - (40,398,518,880 × 0.02)}

정당한 농어촌특별세: 172,488,160원{= 253,285,190 - (40,398,518,880 × 0.02 × 0.1)}

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 받아들이고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 받아들이지 아니하기로 하여 주문과 같이 판결한다.