국유철도재산에 대한 점용허가기간 경과 후 철도청장이 원상회복의무를 면제한 때에만 국가에 무상귀속시키기로 한 것은 국가에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득한 부동산에 해당하지 않으므로 취득세 비과세대상이 아니지만, 임시시설의 설치비용은 건물을 취득하기 위하여 지출한 비용이라고 볼 수 없어서 취득세 과세표준으로 삼을 수 없으므로 취득세부과처분은 타당하다.

1. 과세처분의 경위

가. 원고는 1998. 11. 18. 철도청장과

현대산업개발주식회사 사이에 체결된 용산역세권개발 1단계(민자역사) 사업추진협약(이하 ‘이 사건 협약’이라 한다)에 따라 철도청장과

현대산업개발 주식회사가 공동출자하여 설립된 회사이다. 위 협약 당시 철도청장과

현대산업개발 주식회사는 원고가 설치하는 시설물 중 역무시설과 국유철도사업에 직접 필요로 하는 시설은 준공과 동시에 철도청장의 소유로 무상귀속시키고, 나머지 시설은 원고의 소유로 하되 점용허가기간(30년 이내, 공사기간 제외)이 경과한 후 원상회복의무를 면제한 때에는 국가에 무상귀속시키기로 약정하였다(이 사건 협약서 제12조).

나. 원고는 2001. 1.경부터

서울 용산구 한강로2가 40-999외 4필지 지상에 경부고속철도 용산민자역사(이하 ‘이 사건 민자역사’라 한다) 건설공사를 하였다. 원고는 2003. 12. 24. 건설교통부장관으로부터 역무시설 지하 3층, 지상 5층 25,910.83㎡에 대하여 준공전사용허가를 받았는데, 이에 대하여는 취득세 등이 부과되지 아니하였다. 원고는 2004. 4. 2. 북측 주차장 14,025.39㎡에 대한 준공전사용허가를 받고 취득세 509,134,010원, 농어촌특별세 50,193,400원을 신고납부하였으며, 2004. 9. 21. 역무시설 517,16㎡, 판매 및 영업시설, 영화관 192,230.36㎡에 대한 준공전사용허가를 받고 취득세 6,640,598,770원, 농어촌특별세 664,059,870원을 신고납부하였다. 원고는 2001. 5., 2001. 10., 2005. 1.에 이 사건 민자역사와 관련한 가설건축물의 취득신고를 하고 취득세 8,902,070원, 농어촌특별세 890,020원을 신고납부하였다.

다. 원고는 2004. 11. 9. 철도청장으로부터 점용허가기간 2004. 9. 22.부터 2034. 9. 21.까지 30년으로 정하여 국유철도재산(이 사건 민자역사의 부지 등)에 대한 점용허가를 받았는데, 위 점용허가조건 제24조에 의하면 원고는 점용허가기간이 경과하면 위 철도재산을 원상회복하되, 다만 철도청장은 원상회복이 불가능하거나 부적당하다고 인정되는 경우에 점용권자의 신청 또는 직권으로 원상회복의무를 면제할 수 있고, 이 경우 당해 시설물은 국가에 무상으로 귀속되는 것으로 규정되어 있다.

라. 원고는 이 사건 민자역사에 대한 건축공사가 완공됨에 따라 2005. 4. 26. 건설교통부장관으로부터 이 사건 민자역사에 대한 준공확인필증을 교부받았다. 원고는 2005. 5. 26. 이 사건 민자역사 중 역무시설을 제외한 시설(이 사건 민자역사 262,184.08㎡ 중 역무시설 26,427.99㎡는 비과세처리되었으며, 나머지 판매 및 영업시설, 문화집회시설, 업무시설, 근린생활시설 235,756.09㎡에 대하여만 취득세 등이 부과되었다. 이하 이 사건 민자역사 중 취득세가 부과된 부분만을 지칭하여 ‘이 사건 건물’이라 한다)에 대한 총공사비를 479,832,449,873원으로 정산하여 취득세 등을 산정하고 기납부 취득세 7,158,634,910원, 기납부 농어촌특별세 715,863,470원을 공제한 취득세 2,532,851,950원, 농어촌특별세 253,285,190원을 신고납부하였고, 위 신고로

지방세법 제72조 제1항에 따라 이 사건 과세처분이 있었던 것으로 간주되었다.

마. 원고는 이 사건 협약에 따라 이 사건 민자역사의 공사기간 중 사용할 임시역사(역 대합실 및 승강장), 임시 변경철도선 및 신호체계시스템 등(이하 ‘이 사건 임시시설물’이라 한다)을 임시로 가설하였다가 이 사건 민자역사의 완공 이후 철거하였는데, 이 사건 임시시설물의 공사비로 40,398,518,880원이 소요되었다. 이 사건 임시시설물의 공사비는 이 사건 건물의 공사비에 포함되어 이 사건 과세처분이 이루어졌다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 3호증, 갑 4호증의 1 내지 6, 갑 5호증, 을 1호증, 을 2호증의 1, 2, 을 3호증, 을 4호증의 1, 2, 을 5호증의 1, 2, 3, 을 6호증, 을 7호증의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지

2. 과세처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1)

지방세법 제106조 제2항에서 “국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납(

사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조 제3호의 규정에 의한 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다.”라고 규정하고 있는 것은 선운영후기부 방식에 대한 일반적인 비과세를 예시적으로 규정한 것이라고 해석하여야 할 것인데, 이 사건 건물은 역무시설과 하나의 건물로 구성되어 있어, 원고의 점용허가기간이 끝난다고 하더라도 이를 역무시설과 분리 철거하여 원상회복하는 것은 불가능하다 할 것이므로, 원고의 점용허가기간이 경과한 후에는 기부채납이 예정되어 있는 것이라 할 것이어서, 위 지방세법 조항에 의하여 취득세 등이 비과세되어야 함에도 불구하고, 원고에게 이 사건 건물에 관한 취득세 등을 부과한 피고의 이 사건 과세처분은 위법하다.

(2) 설령 이 사건 건물이 취득세 등의 과세대상이라고 하더라도, 이 사건 임시시설물의 공사비용은 이 사건 건물의 취득을 위하여 소요된 비용이 아니라 이 사건 민자역사 중 역무시설과 관련하여 발생한 비용이므로, 이 사건 과세처분 중 이 사건 임시시설물의 공사비용을 이 사건 건물의 취득가액에 포함시켜 취득세로 807,970,370원, 농어촌특별세로 80,797,030원을 부과한 부분은 위법하다.

나. 피고의 주장

(1) 취득세 등이 비과세되기 위해서는 부동산의 취득시점에 국가에 대한 기부채납이 확정되어 있어야 하는데, 이 사건 건물은 점용기간 만료 후 원칙적으로 원상회복되도록 약정되어 있을 뿐이고 국가에 귀속되기 위해서는 원상회복의무의 면제라는 별도의 의사표시가 필요하므로, 이를 두고 기부채납을 조건으로 취득하는 것으로서 취득세 등이 비과세되는 경우라고 볼 수 없다.

민투법 제4조 제3호는 사회기반시설에 한하여 적용된다고 할 것인데, 이 사건 건물은 상업시설이어서 사회기반시설에 해당한다고 할 수 없고, 이 사건 건물 건설공사의 근거법령은 민투법이 아니라 구 국유철도의 운영에 관한 특례법이므로 이 점에서도 취득세 등의 비과세 대상이 될 수 없다. 따라서 이 사건 과세처분은 적법하다.

(2) 이 사건 임시시설물은 이 사건 민자역사의 공사를 하기 위하여 필수적으로 설치가 필요한 것이었고, 이 사건 민자역사 중 역무시설은 극히 일부분에 불과하므로, 이 사건 임시시설의 공사비용을 이 사건 건물의 공사비용에 포함시켜 취득세 등을 부과한 이 사건 과세처분은 적법하다.

다. 관계 법령

별지와 같다.

라. 판단

(1) 첫 번째 주장에 관한 판단

지방세법 제106조 제2항,

민투법 제4조 제3호에 의하면, 사회기반시설의 준공 후 일정기간 동안 사업시행자에게 당해 시설의 소유권이 인정되며 그 기간의 만료시 시설 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식의 민간투자사업에 대하여 취득세 등이 비과세되는 것으로 규정되어 있는바, 위 지방세법의 규정을 예시적 규정으로 볼 수 없을 뿐만 아니라, 설사 이를 예시적 규정으로 본다 하더라도 앞서 인정한 사실에 의하면, 이 사건 건물은 원고의 점용기간이 만료된 이후 바로 국가에 귀속되는 것이 아니라, 원칙적으로 원상회복하되 예외적으로 원상회복이 불가능하거나 부적당하여 철도청장의 원상회복의무 면제결정에 의하여 비로소 국가의 소유로 될 수 있을 뿐인데 이 사건 건물의 취득시점에서 이 사건 건물의 원상회복이 불가능하다고 단정할 수 없으므로 지방세법 제106조 제2항이 정한 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 해당하지 아니한다고 할 것이다.

따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

(2) 두 번째 주장에 관한 판단

지방세법 시행령 제82조의3에서 말하는 '취득가격'에는 과세대상물건의 취득 시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격(직접비용)은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나(취득자금이자, 설계비 등) 그에 준하는 취득절차비용(소개수수료, 준공검사비용 등)도 간접비용으로서 이에 포함된다 할 것이나, 그것이 취득의 대상이 아닌 물건이나 권리에 관한 것이어서 당해 물건 자체의 가격이라고 볼 수 없는 것이라면 과세대상물건을 취득하기 위하여 당해 물건의 취득시기 이전에 그 지급원인이 발생 또는 확정된 것이라도 이를 당해 물건의 취득가격에 포함된다고 보아 취득세과세표준으로 삼을 수 없다(

대법원 1996. 1. 26. 선고 95누4155 판결 참조).

위 인정사실에 의하면 이 사건 임시시설물은 이 사건 민자역사의 공사기간 중에 역무시설 등을 대체하기 위하여 임시로 건설된 시설이라고 할 것이므로, 그 설치비용은 원고가 취득하지 아니한 역무시설과 관련하여 발생한 비용일 뿐 이 사건 건물 자체를 취득하기 위하여 지출한 비용이라고 볼 수는 없다고 할 것이다.

따라서 피고의 이 사건 과세처분 중 이 사건 임시시설의 설치비용을 취득가액에 포함하여 취득세 등을 부과한 부분은 위법하다고 할 것이고, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

(3) 취소의 범위

그러므로 이 사건 과세처분 중 아래 정당한 취득세 및 농어촌특별세를 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 할 것이다.

정당한 취득세: 1,724,881,580원{= 2,532,851,950 - (40,398,518,880 × 0.02)}

정당한 농어촌특별세: 172,488,160원{= 253,285,190 - (40,398,518,880 × 0.02 × 0.1)}

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 받아들이고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 받아들이지 아니하기로 하여 주문과 같이 판결한다.