상고이유(원고가 상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출한 상고이유보충서의 기재는 상고이유서를 보충하는 범위 내에서)를 본다.

1. 상고이유 제1점에 대하여

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 참조).

구「중소기업의 구조개선 및 경영안정지원을 위한 특별조치법」(1995. 12. 29. 법률 제5093호로 제정된 것, 이하 ‘중소기업특별조치법’이라 한다)은 제6조 제1항에서 "통상산업부장관은 시장의 재개발을 촉진하기 위하여 도시재개발법에 의한 재개발구역에 속하거나 건축법에 의한 재개발대상건축물이 소재한 시장 중에서 시장·군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다)의 추천을 받아 시장재개발 대상지역을 선정하고 예산의 범위안에서 재건축비용의 일부를 지원할 수 있다"고 규정하면서 중소기업특별조치법의 시행일인 1996. 3. 1. 당시 이미 진행 중이던 시장재개발·재건축사업과 관련하여 별도의 경과규정을 두지 않았는데, 그 후 위 중소기업특별조치법 제6조 제1항은 구「중소기업의 구조개선과 재래시장활성화를 위한 특별조치법」(2002. 1. 26. 법률 제6639호로 제정된 것, 이하 ‘재래시장활성화특별조치법’이라 한다) 제12조 제1항으로 대체되었다가(경과규정으로서 부칙 제7조 제1항에서 "이 법 시행 당시 종전의 법률 제6조 제1항의 규정에 의하여 선정된 사업시행구역은 제12조 제1항의 규정에 의하여 선정된 것으로 본다"고 규정하였다), 다시 구「재래시장육성을 위한 특별법」(2004. 10. 22. 법률 제7235호로 제정된 후 2006. 4. 28. 법률 제7945호로「재래시장 및 상점가 육성을 위한 특별법」으로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ‘재래시장특별법’이라 한다) 제18조 제1항으로 대체되어 "시·도지사는 시장정비사업을 촉진하기 위하여 시장·군수·구청장이 추천한 시장을 제19조 제1항의 규정에 의한 사업시행구역선정심의위원회의 심의를 거쳐 사업시행구역으로 선정할 수 있다"고 규정하였다(경과규정으로서 부칙 제7조 제1항에서 "이 법 시행 당시 종전의 법률의 규정에 따라 중소기업청장이 행한 시장재개발·재건축사업시행구역의 선정, 변경승인 또는 취소 등은 이 법에 의하여 시·도지사가 시장정비사업시행구역의 선정, 변경승인 또는 취소 등을 행한 것으로 본다"고 규정하였다).

한편 구「00시세감면조례」(1997. 3. 20, 00시조례 제3380호로 일부개정된 것, 이하 ‘최초 감면조례’라 한다)는 제24조의3 제1호에서 "중소기업특별조치법 제6조의 규정에 의하여 선정된 시장재개발·재건축사업시행구역 안에서 시장재개발·재건축사업시행자가 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하거나 그 사업시행으로 인하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하며, 구 부동산을 취득한 날부터 2월 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다"고 규정하여 재래시장 재개발·재건축 사업에 대한 감면조항을 신설하였는데, 위 최초 감면조례의 시행일은 1997. 3. 20.이고 중소기업특별조치법 제6조의 규정에 의한 시장재개발·재건축사업시행구역의 선정과정 없이 진행된 시장재개발·재건축사업과 관련하여서는 아무런 경과규정을 두지 않았고, 그 후 최초 감면조례 제24조의3 제1호가 구「00시세감면조례」(1997. 12. 23. 00시조례 제3445호로 전부개정된 것) 제20조 제1호로 대체되는 등으로 같은 취지의 재래시장 재개발·재건축 사업에 대한 감면조항이 계속 유지, 적용되어 오다가 구「00시세 감면조례」(2007. 1. 2. 00시조례 제4459호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘이 사건 감면조례’라 한다) 제20조 제1항 제1호에서 "재래시장특별법 제18조의 규정에 의하여 선정된 시장정비사업시행구역 안에서 시장정비사업시행자가 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하거나 그 사업시행으로 인하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하고, 그 취득일로부터 2월 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다"고 규정하였다.

위와 같은 재래시장 재건축사업 등과 관련한 취득세 등의 감면조항 및 그 감면근거법률의 내용을 앞서 본 법리에 따라 살펴보건대, 이 사건 건물의 취득행위 당시 시행되던 이 사건 감면조례 제20조 제1항 제1호에 의하면 시장정비사업부지가 재래시장특별법이 정한 바에 따라 시장정비사업시행구역으로 선정되어 그 구역 안에서 시장정비사업시행자가 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하거나 그 사업시행으로 인하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세 등이 면제되고, 아울러 재래시장특별법이나 재래시장활성화특별조치법의 각 경과규정에 의하여 재래시장활성화특별조치법이나 중소기업특별조치법이 정한 바에 따라 선정된 시장재개발·재건축사업시행구역 안에서 시장재건축 등의 사업을 시행하여 온 경우에도 취득세 등에 관한 위 감면조례 조항이 적용된다 할 것이나, 그와 같은 시장재건축 등의 사업시행구역의 선정절차 없이 진행된 시장재건축 등의 사업과 관련하여서는 중소기업특별조치법, 재래시장활성화특별조치법 또는 재래시장특별법은 물론이고 최초 감면조례 이래 이 사건 감면조례에 이르기까지 아무런 언급이 없으므로, 이러한 경우에는 취득세 등에 관한 위 감면조례 조항은 적용되지 않는 것으로 해석함이 상당하다.

원심판결 이유에 의하면, 원고는 중소기업특별조치법이 시행되기 전인 1996. 1. 27. 단독 건축주로 건축허가를 받고 이 사건 건물을 신축하기 시작하여 2006. 8. 1. 이 사건 건물에 대한 사용승인을 받았을 뿐, 달리 이 사건 토지에 대하여 중소기업특별조치법, 재래시장활성화특별조치법 또는 재래시장특별법이 정한 시장정비사업시행구역(내지 시장재개발·재건축사업시행구역)으로 선정된 적이 없음을 알 수 있으므로, 원고는 이 사건 감면조례 제20조 제1항 제1호에서 정한 ‘시장정비사업시행구역 안에서 시장정비사업을 시행하는 자’에 해당한다고 볼 수 없고, 원고가 주장하는 이 사건 토지가 도시계획상 시장용지에 해당한다거나 원고가 구「집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률」(1998. 12. 28. 법률 제5592호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제47조 소정의 재건축결의를 거쳐 시장개설허가(내인가) 및 건축허가를 받아 이 사건 건물을 재건축하였다는 등의 사정만으로는 원고가 위 감면조례 조항에서 정한 ‘시장정비사업시행자’에 해당한다고 보기도 어려우므로, 결국 이 사건 취득세 및 등록세(이하 ‘취득세 등’이라 한다)에 대하여는 위 감면조례 조항을 적용할 수 없다 할 것이다.

같은 취지의 원심의 판단은 정당한 것으로 수긍할 수 있다.

원심판결에는 상고이유의 주장과 같이 취득세 및 등록세 면제대상에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

이 부분 상고이유의 주장은 이유 없다.

2. 상고이유 제3점에 대하여

부동산취득세는 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종으로서 부동산의 취득자가 그 부동산을 사용·수익·처분함으로써 얻어질 이익을 포착하여 부과하는 것이 아니므로,「지방세법」제105조 제1항의 ‘부동산취득’이란 부동산 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는지 여부와 관계없이 소유권이전의 형식에 의한 부동산취득의 모든 경우를 포함하는 것으로 해석되고(대법원 2007. 4. 12. 선고 2005두9491 판결 참조), 등록세는 재산권 기타 권리의 취득, 이전, 변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우 그 등기 또는 등록행위 자체를 과세물건으로 하는 조세로서, 그 등기 또는 등록의 유·무효나 실질적인 권리귀속 여부는 등록세 과세대상이 되는 데에 아무런 영향이 없다고 할 것이다(대법원 1996. 7. 26. 선고 95누14855 판결 참조).

원심은, 그 채용증거를 종합하여 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 이 사건 건물 전체에 관하여 원고 명의의 소유권보존등기가 경료되었다가, 그 후 원고를 제외한 나머지 종전 구분소유자들은 매매를 원인으로 하여 각 구분건물에 관하여 소유권이전등기를 경료하였으므로, 원고는 이 사건 건물 전부를 취득하여 자신의 명의로 등기하였다고 할 것이어서, 이 사건 건물 전체의 취득가액을 과세표준으로 하여 이 사건 취득세 등을 부과한 것을 가리켜 중복과세라고 볼 수는 없다고 판단하였다.

원심판결의 이유를 앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하다.

원심판결에는 상고이유의 주장과 같이 채증법칙 위반이나 실질과세의 원칙에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

이 부분 상고이유의 주장은 이유 없다.

3. 상고이유 제2점에 대하여

구「지방세법」(2008. 12. 31. 법률 제9302호로 일부개정되기 전의 것) 제111조 제5항은 법인장부 등 소정의 문서에 의하여 사실상의 취득가액이 명백하게 드러나는 경우 취득자의 신고에 관계없이 그 사실상의 취득가액을 과세표준으로 한다는 규정으로서, 취득자의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 과세시가표준액에 미달한 경우에 한하여 적용되는 것이라고는 할 수 없다(대법원 1998. 11. 27. 선고 97누5121 판결 등 참조).

원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면, 원고는 당초 이 사건 건물이 취득세 등 감면대상에 해당한다고 보아 감면신청서와 함께 별다른 증빙 없이 이 사건 건물의 취득가격을 10,319,103,451원이라고 기재하여 취득세 등 신고서를 제출한 사실, 그런데 외부감사인의 회계감사를 받은 원고의 합계잔액시산표(갑 제28호증의1)나 계정별 원장(갑 제28호증의2) 등 법인장부에는 ‘건설 중인 자산’에서 ‘건물’ 계정 등으로 대체된 금액이 7,932,867,237원으로 기재되어 있는 사실을 알 수 있고, 이에 대해 원고는 당초 신고한 취득가격은 나중에 소송에 의해 감액된 공사대금과 기타비용 등이 포함되어 과다하게 산정된 것이므로 이 사건 건물의 과세표준은 법인장부에 의하여 인정되는 사실상 취득가격이 되어야 한다고 주장해 온 점 등에 비추어 보면, 위 7,932,867,237원을 법인장부에 의하여 인정되는 이 사건 건물의 사실상의 취득가액으로 볼 여지가 있다.

그렇다면 원심으로서는 이 사건 건물의 사실상의 취득가액이 당초 신고한 10,319,103,451원인지 아니면 위와 같이 회계감사를 받은 원고의 법인장부에 기재된 7,932,867,237원인지에 관하여 심리하였어야 할 것임에도 그러한 심리에 나아가지 아니한 채 원고가 당초 신고한 10,319,103,451원이 이 사건 건물의 취득 당시의 법인장부상 취득가격이고 위 7,932,867,237원은 그 후의 법인장부상 변동된 가액일 뿐이라고 단정 함으로써, 이 사건 취득세 등의 과세표준은 원고가 당초 신고한 10,319,103,451원이고 그 후 원고의 재무제표상 이 사건 건물의 장부가액이 낮아졌다고 하여 그 과세표준액을 달리 볼 수 없다고 판단하였다.

앞서 본 법리에 비추어보면, 이와 같은 원심판단에는 취득세의 과세표준에 관한 법리를 오해하여 이 부분 심리를 다하지 아니함으로써 판결결과에 영향을 미친 위법이 있다.

이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

4. 결론

그러므로 원심판결 중 원고패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2009. 9. 1. 선고 2008누34322 판결】

【주문】 처분청일부승소

1. 제1심 판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 2007. 4. 10. 원고에 대하여 한 취득세 가산세 2,476,580원, 농어촌특별세 가산세 1,569,480원의 각 부과처분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송총비용은 이를 10분하여 그 9는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 서울 금천구 독산동 957 대 2,062㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 지상에 있던 기존 재래시장 건물을 소유하고 있던 원고를 비롯한 구분소유자들(이하 ‘종전 구분소유자들’이라 한다)은 1994. 8. 18. 구 집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률(1998. 12. 28. 법률 제5592호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제47조에 따라 위 기존 재래시장 건물을 철거하고 그 자리에 새로이 주상복합건물을 신축하기로 하는 내용의 재건축결의를 하였다.

나. 원고는 피고로부터 1995. 5. 29. 위 재건축 사업과 관련하여 원고를 시장개설자로 하여 구 도·소매업진흥법(1995. 1. 5. 법률 제4889호로 개정되어 1995. 7. 6. 시행되기 전의 것)에 따라 시장개설허가(내인가)를 받았고, 1996. 1. 27. 원고를 단독 건축주로 하여 건축허가를 받은 후, 기존 재래시장 건물을 헐고 이 사건 토지상에 새로이 연면적 9,425.86㎡, 지하 2층, 지상 10층 규모의 주상복합건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 신축하였으며, 2004. 2. 20. 이 사건 건물에 관한 강제경매신청등기의 촉탁으로 위 건물에 관하여 원고 명의의 소유권보존등기가 경료되었고, 그 후 2006. 8. 1. 이 사건 건물에 대한 사용승인이 이루어졌다.

다. 이에 따라 원고는 2006. 8. 31. ‘취득세 및 등록세 신고서’(을 제1호증, 이하 ‘이 사건 신고서’라 한다)에 이 사건 건물의 취득가액(과세표준액)을 10,319,103,451원으로, 각 산출세액은 취득세 206,382,060원, 농어촌특별세 20,638,200원, 등록세 82,552,820원, 지방교육세 16,510,560원으로 각 기재하되, 위 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세(이하 ‘이 사건 취득세 등’이라 한다)는 모두 감면대상이라는 이유로 각 신고세액을 모두 0원으로 기재하여 이 사건 취득세 등을 신고하였고, 아울러 같은 날 피고에게 취득세 206,382,060원, 등록세 82,552,820원의 감면을 신청하는 내용의 ‘서울특별시세 감면신청서’(갑 제34호증)를 제출하였다. 이에 대하여 피고는 같은 날 이 사건 신고서를 정정 없이 그대로 수리하면서도 원고가 서울특별시세감면조례 제20조 제1항 소정의 시장정비사업시행자 등에 해당되지 않는다는 이유로 위 지방세 감면신청서를 반려하는 한편, 원고에게 납부할 세액이 ‘취득세 206,382,060원, 농어촌특별세 20,638,200원, 등록세 120,634,430원, 지방교육세 22,475,810원’으로 된 신고납부서를 작성하여 교부하였다. 그러나 원고는 당초의 이 사건 취득세 등 신고를 그대로 유지한 채 피고가 작성하여 준 위 신고납부서는 피고에게 다시 제출하지 않았다.

라. 그 후 원고는 2006. 9. 26. 피고에게 ‘① 「지방세법」제41조 제1항 제3호(사업이 중대한 위기에 처한 때), ② 재래시장육성을 위한 특별법에 의한 취득세, 등록세를 면제받기 위하여’라는 사유를 내세워(갑 제32호증의 1) 고지유예신청을 하였고, 피고는 2006. 10. 9. 기간을 2006. 10. 10.부터 2006. 12. 31.까지로 하여 고지유예처분을 하였으며, 그 후 원고의 2006. 12. 29. 지방세고지유예기간 연장신청에 따라 2007. 1. 4. 고지유예기간이 2007. 3. 31.까지로 연장되었다.

마. 원고는 위 고지유예기간이 만료하자 피고에게 다시 징수유예신청을 하였으나 피고는 원고의 위 신청을 배척한 다음, 2007. 4. 10. 원고에 대하여 아래 각 세액을 납부할 것을 고지하는 이 사건 처분을 하였다.

-취득세 208,858,640원[본세 206,382,060원(신고된 과세표준액 10,319,103,451원×20/1000)+납부불성실가산세 2,476,580원{본세 206,382,060원×1일 3/10,000×40일(2006. 9. 1.부터 2006. 10. 10.까지)}]

-농어촌특별세 17,264,290원[본세 15,694,810원{취득세 206,382,060원×10/100×과세면적 7,168.12㎡(9,425.86㎡-2,257.74㎡)/이 사건 건물 전체 면적 9,425.86㎡, 이 사건 건물 전체 면적 중 농어촌특별세법 제4조 제11호, 농어촌특별세법 시행령 제4조 제4항, 주택법 제2조 제3호의 각 규정에 의하여 농어촌특별세가 비과세되는 주거전용면적 85㎡ 이하 국민주택규모 아파트의 면적은 합계 2,257.74㎡이다(이는 피고가 산정한 면적이고, 원고는 농어촌특별세의 면제 또는 감액만을 주장하면서 그 전제로서 위 아파트의 면적이 이보다 적은 2,238.12㎡라고 신고하였던바, 원고가 주장하는 위 면적에 의할 경우 농어촌특별세가 오히려 과다하게 되어 피고가 이를 실질적으로 감경한 셈이다)}+납부불성실가산세 1,569,480원{ 구 농어촌특별세법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제11조에 따라 본세의 10%에 해당하는 금액(위 취득세 납부불성실가산세와 같은 기간에 대한 것이다). 한편, 피고는 원고가 2006. 8. 31. 이 사건 농어촌특별세를 20,638,200원으로 신고하였다고 주장하고 있어서 원고의 신고 자체는 적법함을 전제로 하고 있으므로, 위 가산세는 신고불성실가산세가 아닌 납부불성실가산세라고 할 것이다}]

-등록세 82,552,820원(신고된 과세표준액 10,319,103,451원×8/1,000)

-지방교육세 16,510,560원(등록세 82,552,820원×20/100)

바. 이에 원고는 2007. 6. 7. 서울특별시장에게 지방세 이의신청을 하였으나 2007. 8. 20. 기각되었고, 다시 이에 불복하여 행정자치부장관에게 지방세 심사청구를 하였으나 2007. 11. 26. 역시 기각되었다.

[인정근거] 갑 제1 내지 6호증, 갑 제15, 16호증, 갑 제20 내지 22호증, 갑 제32 내지 39호증, 을 제1, 2호증(이상 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 피고의 본안전 항변에 대한 판단

가. 피고의 주장

원고는 이 사건 처분이 조세의 부과처분임을 전제로 이 사건 청구를 하고 있으나, ① 먼저, 이 사건 취득세, 등록세, 지방교육세는 2006. 8. 31. 원고의 신고에 의하여 이 사건 신고서의 각 산출세액 기재와 같이 확정되었고(원고가 위 신고에 따른 조세확정의 하자를 다투지 아니하여 그에 관한 쟁송기간이 이 사건 처분일 이전에 이미 도과하였다), 그 후에 이루어진 이 사건 처분은 위와 같이 이미 확정된 조세채무의 이행을 명하는 징수처분에 불과할 뿐, 취소소송의 대상이 되는 부과처분이라고 할 수 없으며, 징수처분에 불과한 이 사건 처분의 단계에서 조세확정행위의 하자를 다툴 수도 없다고 할 것이고, ② 다음으로, 이 사건 농어촌특별세는 피고가 당초 처분(원고의 신고)을 감액경정한 것으로서 원고가 항고소송의 대상인 당초 처분의 하자를 다투지 아니하여 이 사건 처분일 이전에 이미 그에 관한 쟁송기간이 도과하였으며, ③ 끝으로, 이 사건 가산세 부분에 대하여는 본세의 세액에 관하여 불가쟁력이 발생하였으므로 더 이상 이를 다툴 수 없다.

나. 판단

(1) 본세 부분에 대하여

「지방세법」제30조 제1항은 납세의무자가 과세표준과 세액을 지방자치단체에 신고납부하는 지방세에 있어서는 이를 신고하는 때에(제1호), 제1호의 지방세의 과세표준과 세액을 지방자치단체가 결정하는 경우에는 이를 결정하는 때에(제2호) 각 세액이 확정된다고 규정하고 있는바, 이 사건 취득세 등은 모두 납세의무자의 신고에 의하여 과세표준과 세액이 확정되는 조세라고 할 것인데, 당초 원고가 이 사건 신고서에 이 사건 취득세 등의 신고세액을 모두 0원으로 기재하여 제출하였음은 앞서 인정한 바와 같으므로, 위 신고에 의하여 이 사건 취득세 등의 세액이 확정되었다고 볼 수는 없고(피고가 이 사건 신고 당시 원고에게 위 인정사실에서 본 바와 같은 내용의 신고납부서를 교부하였다거나 그 후 원고가 피고에게 고지유예 신청 및 고지유예기간연장 신청을 하였다는 등의 사정만으로는 이 사건 신고서에 기재된 산출세액과 같은 금액으로 이 사건 취득세 등이 신고된 것이라고 볼 수 없다), 그 후 피고가 원고에게 원고의 신고세액이 아닌 청구취지 기재와 같은 세액의 납부를 고지하는 이 사건 처분을 함으로써 이때 객관적·외부적으로 과세관청인 피고에 의한 이 사건 취득세 등의 경정결정(증액경정)이 있었던 것으로 보아야 할 것이다[이에 관하여 과세관청 내부적으로 명시적인 경정결정 절차가 있었는지는 불확실하지만, 피고가 원고에게 원고의 신고액을 명백히 변경하는 부과처분을 고지한 이상 이러한 사정만으로 위와 같은 판단에 장애가 되지 아니한다(이 사건 처분 중 농어촌특별세에 관한 부분은 피고의 주장에 의하더라도 감액경정에 해당한다고 할 것임에도, 이 부분에 관한 경정결의서 등이 제출되지 아니한 점에 비추어 보더라도 그러하다)].

따라서 위 경정결정에 의하여 이 사건 취득세액 등이 비로소 확정되었다고 할 것인데, 원고가 이 사건 처분에 대하여 지방세법이 정한 기간 내에 같은 법에 의한 이의신청 및 심사청구 절차를 거쳐 이 사건 소송을 제기하였음은 앞서 본 바와 같으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 가산세 부분에 대하여

지방세법상 가산세는 지방세법에 규정하는 의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 그 의무를 이행하지 아니한 경우에 같은 법에 의하여 산출한 세액에 가산하여 징수하는 금액으로서, 그 가산세가 본세의 명목으로 부과·징수된다고 하더라도 본세와는 본질적으로 그 성질이 다른 것이므로, 가산세 부과처분은 본세의 부과처분과 별개의 과세처분이라고 할 것인바( 대법원 2005. 9. 30. 선고 2004두2356 판결, 대법원 1998. 9. 4. 선고 96다31697 판결 각 참조), 위 인정사실에 의하면, 이 사건 처분은 위와 같은 경정결정과 가산세 부과 및 그 징수처분이 혼합된 처분이라고 할 것이고( 대법원 1992. 4. 28. 선고 81누13113 판결 등 참조), 위에서 본 바와 같이 본세의 세액에 관하여 불가쟁력이 발생하였다고 할 수도 없으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부에 대한 판단

가. 원고의 주장

(1) 원고는 재래시장육성을 위한 특별법 제18조, 구 서울특별시세감면조례(2007. 1. 2. 서울시 조례 제4459호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제20조 소정의 시장정비사업시행자에 해당하므로, 이 사건 취득세 등은 위 각 규정에 따라 면제되어야 한다.

(2) 이 사건 건물의 취득가액(과세표준액)은 원고가 당초 이 사건 신고서에 기재한 금액인 10,319,103,451원이 아니라 원고의 2008. 6. 30. 현재 중간재무제표 중 계정별 원장(계정과목 : 건설중인 자산, 갑 제28호증의 2)에 따라 7,932,867,237원으로 수정되어야 하고, 그 중 원고를 제외한 나머지 종전 구분소유자들의 취득가액에 해당하는 부분인 1,034,734,800원은 이를 원고의 취득가액에서 공제하여야만 원고와 종전 구분소유자들에게 취득세 등이 중복하여 과세되는 문제가 없어지게 된다고 할 것인바, 원고를 제외한 나머지 종전 구분소유자들의 취득가액을 공제한 원고만의 취득가액(과세표준액)은 6,898,132,437원(7,932,867,237원-1,034,734,800원)이 되고, 이에 따라 이 사건 취득세 등의 세액 역시 달라져야 할 것임에도, 피고는 이 사건 건물의 취득가액에서 원고를 제외한 나머지 종전 구분소유자들의 취득가액을 공제하지 아니한 채 이 사건 건물의 취득가액 전액을 과세표준으로 하여 이 사건 취득세 등을 산출하였는바, 이는 중복과세에 해당하여 위법하다.

(3) 이 사건 납부불성실가산세는 본세의 세액이 확정되지도 아니한 상태에서 부과된 것이어서 위법하다(원고가 명시적으로 이와 같은 주장을 하고 있지는 아니하나, 변론 전체의 취지로 미루어 그러한 주장을 하고 있는 것으로 볼 수 있다).

나. 판단

(1) 이 사건 취득세 등이 면제대상에 해당하는지 여부

재래시장육성을 위한 특별법 제2조 제2호는 ‘시장정비사업이라 함은 재래시장의 현대화를 촉진하기 위하여 제18조 제1항의 규정에 따라 선정한 시장정비사업시행구역에 속하는 토지나 건축물의 소유자·시장정비사업조합 또는 해당 지방자치단체가 사업시행구역 안에 있는 정비기반시설을 정비하고 유통산업발전법 제2조 제3호의 규정에 의한 대규모점포가 포함된 건축물을 건설하기 위하여 시장을 재개발·재건축하는 일체의 행위를 말한다’고, 제18조 제1항은 ‘시·도지사는 시장정비사업을 촉진하기 위하여 시장·군수·구청장이 추천한 시장을 제19조 제1항의 규정에 의한 사업시행구역선정심의위원회의 심의를 거쳐 사업시행구역으로 선정할 수 있다’고, 구 서울특별시세감면조례 제20조 제1항은 ‘재래시장육성을 위한 특별법 제18조의 규정에 의하여 선정된 시장정비사업시행구역 안에서 시장정비사업시행자가 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하거나 그 사업시행으로 인하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하고, 그 취득일로부터 2월 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다’고 각 규정하고 있는바, 조세에 관한 법률의 해석에 관하여, 그 부과요건이거나 감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 공평의 원칙에도 부합한다고 할 것이다( 대법원 2007. 10. 26. 선고 2007두9884 판결 참조).

위 법률 규정 및 법리에 비추어 살피건대, 이 사건 토지가 재래시장육성을 위한 특별법 제18조 등의 규정에 따라 시장정비사업시행구역으로 선정된 바 없음은 원고 스스로 인정하고 있을 뿐만 아니라, 위 각 증거 및 갑 제14호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 단독 건축주로서 이 사건 건물을 건축하였고, 그 후 원고를 제외한 나머지 종전 구분소유자들은 이 사건 건물의 소유자인 원고로부터 매매를 원인으로 소유권이전등기를 경료받은 사실을 인정할 수 있으므로, 원고는 재래시장육성을 위한 특별법 제18조 및 구 서울특별시세감면조례 제20조 소정의 ‘시장정비사업시행구역 내에서 시장정비사업을 시행하는 자’에 해당한다고 볼 수 없으므로[이 사건 토지가 도시계획상 시장용지에 해당한다거나 원고가 구 집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률 제47조 소정의 재건축결의를 거쳐 시장개설허가(내인가) 및 건축허가를 받아 이 사건 건물을 재건축하였다는 등의 사정만으로는 원고가 시장정비사업시행자에 해당한다고 단정하기 곤란하다], 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 이 사건 취득세 등의 과세표준액

취득세와 등록세는 과세물건의 취득 또는 등기, 등록을 과세요건으로 하는 행위세로서 그 납세의무는 취득시 또는 등기, 등록시에 발생하는 것이고( 대법원 1992. 12. 22. 선고 92누1568 판결 참조), 「지방세법」제111조 제1항 및 제130조 제1항에 의하면 취득세와 등록세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다고 규정하고 있으므로( 같은 법 제111조 제2항 및 제130조 제2항은 취득 당시의 가액은 신고가액에 의한다고 규정하고 있다), 같은 법 제111조 제5항 제3호 및 제130조 제3항에 따라 법인장부상의 취득가액을 사실상의 취득가격으로 인정하는 경우에도 취득 당시의 장부가액을 과세표준으로 하여 1회에 한하여 취득세와 등록세를 부과하는 것이고, 그 후에 자산재평가 등 방법에 의하여 법인의 장부가액이 증감 변동된다고 하여 취득세와 등록세를 추징하거나 환부하는 문제가 생기는 것은 아니라고 할 것이다( 대법원 1993. 4. 27. 선고 92누15895 판결 참조).

위와 같은 법리에 비추어 살피건대, 이 사건 취득세 및 등록세의 과세표준액은 원고가 당초 신고한 금액인 10,319,103,451원이라고 할 것이고, 그 후에 작성된 재무제표상 이 사건 건물의 장부가액이 낮아졌다고 하여 그 과세표준액을 달리할 수는 없다고 할 것이므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

(3) 중복과세 여부

부동산취득세는 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종으로서 부동산의 취득자가 그 부동산을 사용·수익·처분함으로써 얻어질 이익을 포착하여 부과하는 것이 아니므로, 「지방세법」제105조 제1항의 ‘부동산취득’이란 부동산 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는지 여부와 관계없이 소유권이전의 형식에 의한 부동산취득의 모든 경우를 포함하는 것으로 해석되고( 대법원 2007. 4. 12. 선고 2005두9491 판결 참조), 등록세는 재산권 기타 권리의 취득, 이전, 변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우 그 등기 또는 등록행위 자체를 과세물건으로 하는 조세로서, 그 등기 또는 등록의 유·무효나 실질적인 권리귀속 여부는 등록세 과세대상이 되는 데에 아무런 영향이 없다( 대법원 1996. 7. 26. 선고 95누14855 판결 참조).

위와 같은 법리에 비추어 살피건대, 앞서 본 바와 같이 이 사건 건물 전체에 관하여 원고 명의의 소유권보존등기가 경료되었다가, 그 후 원고를 제외한 나머지 종전 구분소유자들은 매매를 원인으로 하여 각 구분건물에 관하여 소유권이전등기를 경료하였으므로, 원고는 이 사건 건물 전부를 취득하여 자신의 명의로 등기하였다고 할 것이어서, 이 사건 건물 전체의 취득가액을 과세표준으로 하여 이 사건 취득세 및 등록세를 부과한 것을 가리켜 중복과세라고 볼 수는 없으므로(설령 원고를 제외한 나머지 종전 구분소유자들이 각 구분건물에 관하여 취득세 및 등록세 등을 납부하였다고 하더라도 달리 볼 것은 아니다), 원고의 위 주장은 이유 없다.

(4) 가산세 부분에 대한 판단

앞서 본 바와 같이 이 사건 취득세 및 농어촌특별세액은 모두 0원으로 신고되었을 뿐이어서 아직 원고가 납부하여야 할 세액이 확정되었다고 볼 수 없다고 할 것인바, 이러한 상태에서 피고가 경정결정에 의하여 이 사건 처분세액과 같은 금액으로 이 사건 취득세 및 농어촌특별세액을 확정하지도 아니한 채, 원고에 대하여 신고세액을 납부하지 아니하였다는 이유로 납부불성실가산세를 부과할 수는 없다고 할 것이므로, 이 사건 가산세 부과처분은 모두 위법하여 취소되어야 할 것이다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 기각할 것인바, 제1심 판결 중 가산세에 관한 부분은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하여 이 사건 취득세 가산세와 농어촌특별세 가산세를 모두 취소하기로 하고, 제1심 판결 중 나머지 부분은 소를 각하하여 부당하다고 할 것이나 제1심에서 본안판결을 할 수 있을 정도로 심리가 되었다고 인정되므로 이 부분을 제1심 법원으로 환송하지 아니하고 본안판결을 하기로 하되, 원고만이 항소한 이 사건에 있어서 불이익변경금지의 원칙상 항소인인 원고에게 불이익하게 제1심 판결을 취소하여 원고 청구기각의 판결을 선고할 수는 없다고 할 것이므로 이 부분에 대한 원고의 항소만을 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울행정법원 2008. 10. 10. 선고 2008구합14784 판결】

【주문】 처분청승소

1. 이 사건 소를 각하한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고 등 구분소유자 약 75명은 서울 금천구 독산동 957대 2062㎡ 및 그 지상에 있던 기존 재래시장을 소유하고 있던 중 1994. 8. 18. 기존 재래시장 건축물을 철거하고 새로이 주상복합건물을 신축하기로 하는 내용의 재건축결의를 하였다.

나. 원고는 피고로부터 1995. 5. 29. 위 재건축 사업과 관련하여 자신을 시장개설자로 하여 구 도·소매업진흥법(1995. 1. 5. 법률 제4889호로 개정되기 전의 것)에 따라 시장개설허가(내인가)를 받았고 1996. 1. 27. 자신을 건축주로 하여 건축허가를 받아 위 토지상에 새로 연면적 11,276.54㎡, 지하 3층, 지상 10층의 주상복합건물(이하 이 사건 건물이라 한다)을 신축하였으며, 2004. 2. 20. 이 사건 건물에 대한 강제경매신청등기의 촉탁으로 원고 명의의 소유권보존등기가 경료되고 2006. 8. 1. 이 사건 건물에 대한 사용승인이 이루어졌다.

다. 원고는 2006. 8. 31. 피고에게 이 사건 건물의 취득가액을 10,319,103,451원으로 하여 그 취득세 206,382,060원, 농어촌특별세 20,683,200원, 등록세 82,552,820원, 지방교육세 16,510,560원을 신고하였다가, 2006. 10. 9. 피고로부터 2006. 10. 10.부터 2006. 12. 31.까지 고지유예를 받은 다음, 다시 2007. 1. 4. 고지유예를 2007. 3. 31.까지로 연장 받았다.

라. 피고는 2007. 4. 10. 원고에 대하여 취득세 206,382,060원, 가산세 2,476,580원, 농어촌특별세 17,264,290원, 등록세 82,552,820원, 지방교육세 16,510,560원을 납부할 것을 고지(이하 ‘이 사건 고지’라 한다)하였다.

마. 이에 원고는 2007. 6. 7. 이 사건 고지가 모두 부과처분임을 전제로 서울특별시장에 이의를 신청하였으나 2007. 8. 20. 기각되었고, 이에 대하여 지방세 심사청구를 하였으나 2007. 11. 26. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 6호증, 을 1, 2호증(이상 가지번호 포함)의 각 기재

2. 이 사건 소의 적법 여부에 관한 판단

가. 원고의 주장

원고는, 이 사건 건물에 대한 취득세ㆍ등록세 등은 서울특별시세감면조례 제20조의 규정에 의하여 면제되어야 하며, 그렇지 않다 하여도 원고의 이 사건 건물 취득가액은 6,898,137,542원(원고와 구분소유자에게 중복과세하는 위법함을 제거하기 위하여 구분소유자 50명의 건축비 1,034,729,695원을 제외하여야 하며, 위 구분소유자가 위 금원에 상당하는 등록세 등을 납부하였다)이므로, 가산세를 포함한 세액 역시 그에 맞추어 다시 계산하여야 한다면서 이 사건 고지는 위법하여 취소되어야 한다고 주장한다.

나. 판단

직권으로 이 사건 소의 적법 여부에 관하여 보건대, 「지방세법」제72조 제1항, 제73조 제1항에 의하면 지방세법에 의한 처분(신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다)으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 90일 이내에 이의신청을 할 수 있다고 할 것인데, 「지방세법」제72조 제1항 괄호 부분의 신고납부 또는 수정신고납부에 납부가 수반되지 아니하는 신고 또는 수정신고도 포함되는 것이다( 대법원 2001. 2. 9. 선고 99두5955 판결 참조).

취득세, 등록세, 지방교육세는 모두 납세의무자의 신고에 의하여 과세표준과 세액이 확정되는 것이므로 이 사건 고지 중 취득세, 등록세, 지방교육세는 모두 조세를 구체적으로 확정하여 부과한 처분이 아니라 원고의 신고에 따라 확정된 조세의 징수만을 고지한 것에 불과하다고 할 것인데, 위 인정사실에 의하면, 원고의 신고에 따라 확정된 위 취득세, 등록세와 지방교육세는 그 신고에 따른 조세 확정의 하자를 다투지 아니하여 그에 관한 쟁송기간이 이 사건 고지일 이전에 이미 도과하였음을 알 수 있다. 그런데 원고는 이 사건 소로서 이 사건 고지처분이 조세부과처분임을 전제로 그 취소를 구하고 있으나, 이는 원고의 신고에 따라 확정된 조세채무의 징수고지에 불과하여 이를 두고 쟁송의 대상이 되는 부과처분이라 할 수 없고, 징수처분에 불과한 이 사건 고지의 단계에서 조세확정행위의 하자를 다툴 수도 없다고 할 것이다.

또한, 이 사건 고지 중 농어촌특별세 부분은 당초 처분(원고의 신고)을 감액경정한 것이므로 그 쟁송대상은 당초 처분 중 감액되어 잔존하는 부분이라고 할 것이므로 아직 취소되지 않고 남아 있는 부분이 위법하다고 하여 다투는 경우에는 항고소송의 대상이 되는 것은 당초의 처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이 된다 할 것이고 경정결정이 항고소송의 대상이 되는 것은 아니라 할 것이므로, 이 경우 제소기간을 준수하였는지 여부도 당초 처분을 기준으로 하여 판단하여야 할 것인데( 대법원 1991. 9. 13. 선고 91누391 판결 등 참조), 위 인정사실에 의하면, 이 부분 역시 원고가 그 신고에 따른 조세 확정의 하자를 다투지 아니하여 그에 관한 쟁송기간이 이 사건 고지일 이전에 이미 도과하였음을 알 수 있다.

나아가 가산세 부분에 관하여 보건대, 원고의 이 부분 주장 역시 본세의 세액이 위법하므로 가산세 역시 위법하여 취소되어야 한다는 것이나, 앞서 본 바와 같이 본세의 세액에 대하여 불가쟁력이 발생하여 이를 다툴 수 없게 된 이상 그와 같은 사유만으로 가산세의 취소를 구할 수 없다.

따라서 이 사건 소는 부적법하다.

3. 결 론

그렇다면, 이 사건 소는 부적법하여 각하한다.