도심재개발사업 시행 중 지방세 감면조례가 개정되어 납세의무자의 사업이 감면대상에서 제외된 경우, 종전의 규정을 새로운 조례 시행 후에도 계속 적용한다는 경과규정을 두지 아니한 이상 개정 후 조례가 적용되어야 하므로 취득세 및 등록세 감면 혜택을 받을 수 없으므로 감면대상에서 제외한 처분은 정당하다.

1. 처분의 경위

가. 도심재개발사업 경과와 원고의 지위

(1) 구 도시재개발법(1976. 12. 31. 법률 제2968호로 제정된 것)에 의하여 서울 종로구 낙원동 283외 38필지 4,117.3㎡(“이 사건 토지”, 사업시행에 따라 같은 동 272로 지번이 변경)가 1978. 9. 26. 건설교통부 고시 제285호로서 공평구역 제12지구 도심재개발사업구역으로 지정되었다.

(2) 그 후 이 사건 토지에 관하여 1991. 8. 2. 서울특별시 고시 제243호로

극동건설 주식회사(‘

극동건설’)를 사업시행자로, 사업시행기간은 1991. 8. 2.부터 2001. 12. 31.로 하는 도심재개발사업 시행인가가 있었는데(“이 사건 도심재개발사업”), 피고는 사업시행자의 자금수급계획의 원활을 위하여 1996. 11. 20. 서울특별시 종로구 고시 제57호로 사업시행자를

극동건설에서

한국부동산신탁 주식회사(‘

한국부동산신탁’)로 변경하는 도심재개발사업 변경인가결정을 했다.

(3) 원고는 2000. 10. 5.

극동건설로부터 이 사건 토지와 부속 미완성 건축물을 매수한 다음 피고에게 이 사건 도심재개발사업의 사업자 변경인가신청을 하여 2000. 10. 25. 피고로부터 서울특별시 종로구 고시 제2000-76호로 사업시행자를

한국부동산신탁에서 원고로, 사업시행기간을 1991. 8. 2.부터 2002. 6. 30.로 변경하는 도심재개발사업 변경인가결정을 받았다.

(4) 원고는 이 사건 도심재개발사업을 추진하여 2002. 2. 19. 이 사건 토지 지상에 건축물(“이 사건 건축물”)을 신축하고, 2002. 6. 30. 이 사건 도심재개발 사업의 시행을 완료했다.

나. 서울특별시의 도심재개발 사업에 대한 지방세 감면조례

(1) 조례 제2687호(1990. 12. 31. 개정, 이하 ‘구 감면조례’)

이 조례는 조례의 명칭을 종전의 서울특별시 재개발구역 내 토지 및 건축물에 대한 시세과세면제에 관한 조례에서 서울특별시 도시개발사업에 대한 시세과세면제에 관한 조례로 변경하고, 제2조 제1항 본문 중 “재개발구역내에서 재개발사업”을 “재개발구역 및 도시저소득민의주거환경개선을위한임시조치법의 규정에 의하여 지정된 주거환경개선지구내에서 주거환경개선사업”로, 제1항 제1호 중 “시행자”를 “시행자 및 도시저소득주민의주거환경개선을위한임시조치법의 규정에 의한 시행자”로, 제2호 중 “시행자로부터 최초로 분양받아 취득하는 당해 재개발사업 시행인가”를 “시행자 및 도시저소득주민의주거환경개선을위한임시조치법의 규정에 의한 시행자로부터 최초로 분양받아 취득하는 당해 재개발사업 최초 시행인가 및 주거환경개선계획 최초고시”로 각 개정하여 취득세 등의 감면사업 범위에 주거환경개선사업을 포함시켰다.

(2) 조례 제2843호(1991. 12. 31. 개정, 이하 ‘개정 감면조례’)

이 조례는 제2조 제1항 본문 중 “재개발구역”을 “재개발구역(도시재개발법 제2조 제2호의 규정에 의한 주택개량재개발사업에 한한다. 이하 같다)”으로, 같은 항 제2호 중 “도시재개발법의 규정에 의한 시행자 및 도시저소득주민의주거환경개선을위한임시조치법의 규정에 의한 시행자로부터”를 “제1호의 규정에 의한 사업시행자로부터”로 각 개정하여, 시세 면제의 혜택을 받는 대상 사업을 도시재개발사업 중 주택개량재개발사업에 한정했는데, 이 조례 본문에 의해 극동건설이 시행하던 도심지 도시재개발사업은 위 감면대상 사업에서 제외되게 되었다.

그런데 위 조례는 부칙 제2항에서 “이 조례 시행 당시 종전의 규정에 의하여 과세 면제하였거나 과세 면제하여야 할 시세에 대하여는 종전의 예에 의한다.”는 경과규정을 두었다.

(3) 조례 3007호(1993. 7. 3. 개정)

이 조례는 제2조 제1항 제1호를 “1. 도시재개발법의 규정에 의한 사업시행자(도시재개발법의 규정에 의하여 사업시행자로 지정받은 자를 포함한다) 및 도시저소득주민의주거환경개선을위한임시조치법의 규정에 의한 사업시행자(도시저소득주민의주거환경개선을위한임시조치법의규정에의하여주민이 사업을 시행하는 경우에는 그 주민을 포함한다).”로 개정했고, 개정 감면조례의 부칙 제2항과 같은 별도의 경과규정을 두지 않았으며, 부칙 제2항에서 “이 조례는 따로 정하는 경우를 제외하고는 1994년 12월 31일까지 시행한다.”고 규정하였다.

(4) 조례 3091호(1994. 4. 14. 개정)

이 조례는 조례 3007호와 같이 개정 감면조례의 부칙 제2항과 같은 별도의 경과규정을 두지 않았으며, 부칙 제2항에서 “이 조례는 1994년 12월 31일까지 효력을 가진다.”고 규정하였다.

(5) 서울특별시세 감면조례

「서울특별시 도시개발사업에 대한 시세과세면제에 관한 조례」는 1994. 12. 31.로 그 시행기간이 경과하였고, 위 조례에서 규정하고 있던 도시재개발법에 의한 주택개량재개발사업에 대한 시세 감면에 관한 규정은 지방세법 제9조의 규정에 의하여 서울특별시세의 과세면제 및 불균일과세에 관한 사항을 통합적으로 규정하여 과세의 공평을 기하고 지방세정책을 효율적으로 수행하기 위하여 제정된 서울특별시세 감면조례 제3145호(1994. 12. 31. 제정) 제19조로 편입되었고, 이 조례 역시 도심지 도시재개발사업에 의한 토지, 건물의 취득은 취득세 및 등록세 등의 면제대상에 포함시키지 않았고, 그 부칙에서도 개정 감면조례 부칙 제2항과 같은 경과규정을 별도로 두지 않았다.

다. 피고의 지방세 감면과 부과처분 경위

(1) 원고는 2000. 10. 5. 극동건설로부터 이 사건 토지를 매수하면서 2000. 10. 6. 피고에게 이 사건 토지에 대한 등록세와 지방교육세 합계 1,382,400,000원을 신고, 납부하였고, 2000. 11. 1. 이 사건 토지의 취득세와 농어촌특별세 합계 281,600,000원을 신고, 납부했는데, 피고는 이 사건 도심재개발사업에 대한 최초 사업시행인가일 당시의 구 감면조례에 의하여 취득세와 등록세가 면제되는 것으로 보아 2002. 6. 19. 이 사건 토지에 대한 취득세와 등록세 등을 직권취소하고, 2002. 6. 21. 원고에 위 취득세와 등록세 등을 환부했다.

(2) 원고는 이 사건 건축물의 신축을 완료할 무렵인 2002. 3. 20. 피고에게 취득세와 등록세의 감면을 신청했는데, 피고는 이 사건 건축물 또한 이 사건 도심재개발사업에 대한 최초 사업시행인가일 당시의 구 감면조례에 의하여 취득세와 등록세가 면제되는 것으로 보아 그 무렵 이 사건 건축물에 대한 취득세와 등록세를 감면했다.

(3) 그 후 피고는 수년이 지난 후 이러한 종전의 입장을 변경하여 이 사건 토지와 건축물에 대한 취득세와 등록세 등(“이 사건 지방세”)이 면제대상이 아니라고 하면서 원고에 대하여 별지 1 목록 기재 지방세 부과내역과 같이 2005. 9. 9. 이 사건 토지에 관하여, 2006. 4. 10. 이 사건 건축물에 관하여 각 취득세와 등록세 등을 부과했다(이하 이 사건 토지에 관한 부과처분을 “이 사건 제1 부과처분”, 이 사건 건축물에 관한 부과처분을 “이 사건 제2 부과처분”이라고 한다.).

[인정근거] 갑 1호증의 1~4, 갑 2, 3호증, 갑 4호증의 1~3, 갑 5호증, 을 1호증의 1~5, 을 2호증의 1~5의 각 기재

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 구 감면조례 제2조 제1항이 적용되던 1991. 8. 2. 이 사건 도심재개발 사업에 대하여 사업인가결정이 있었는데, 도심재개발사업은 그 재개발사업 인가일로부터 재개발사업 완료일까지 최소한 수년의 기간이 필요하기 때문에 만일 구 감면조례 제2조 제1항이 적용되던 시점에 사업인가를 받은 도심재개발사업자가 구 감면조례가 개정된 이후 토지나 건물을 취득하거나 등기를 했다는 이유로 개정 감면조례를 적용한다면 수시로 개정이 이루어지는 한시법적 성격의 감면조례의 특성에 비추어 재개발사업자의 신뢰이익이 침해되고 납득할 수 없는 결과가 초래되므로 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위해 조례제정권자가 개정 감면조례에 부칙 제2항의 경과규정을 두어 납세의무자에게 유리한 종전 조례를 적용하도록 한 것이고, 그러한 경과규정이 없는 경우에도 이와 같은 법리의 적용은 조례가 개정된 후에 비로소 과세요건이 완성되는 경우를 당연히 전제하고 있는 것이므로 이미 기득권 등 보호의 요건이 갖추어져 있는 이상 위 법리는 그대로 적용되어야 하므로, 개정 감면조례 부칙 제2항에 의하여 구 감면조례 제2조 제1항의 규정은 그 조항의 개정이나 폐지에도 불구하고 그 시행기간 동안 사업인가를 받은 도심재개발사업에 기하여 과세 면제할 이 사건 지방세에 대하여 여전히 유효하게 적용되어야 하고, 원고는 구 감면조례 제2조 제1항이 정한 도시재개발법의 규정에 의한 사업시행자에 해당하므로 구 감면조례 제2조 제1항에 따라 이 사건 토지와 건축물에 대한 지방세는 면제되어야 한다.

(2)

극동건설이 피고로부터 이 사건 도시재개발 사업시행인가를 받은 이상 이 사건 도시재개발 사업시행에 따른 지방세감면의 기득권이 발생했는데,

구 도시재개발법 제6조 제2항은 시행자와 권리자의 변동이 있을 때에는 이 법 또는 이 법에 의한 명령이나 규약정관 또는 시행규정이 정하는 바에 의하여 종전의 시행자와 권리자가 행하거나 시행자와 권리자에 대하여 행한 처분절차 기타의 행위는 새로이 시행자와 권리자로 된 자가 행하거나 새로이 시행자와 권리자로 된 자에 대하여 행한 것으로 본다고 규정하고 있으므로, 이에 의하면

극동건설에 대한 1991. 8. 12.자 사업시행인가는 결국 원고에 대하여 행한 것과 마찬가지로 볼 수 있어

극동건설의 이러한 기득권은 새로운 사업시행자인 원고도 그대로 보유하게 된다고 할 것이고, 개정 감면조례 부칙 제2항은 “이 조례 시행 당시 종전 조항에 의하여 과세 면제하여야 할 시세는 종전의 예에 의한다.”고 규정하고 있는데, 위 조항은 특정의 납세의무자에 대하여 종전 규정을 적용하는 것이 아니라 특정의 세목(이 사건의 경우 취득세와 등록세)에 대하여 종전 규정을 적용한다는 것이므로 위 부칙조항의 문리해석에 의하더라도 도시재개발사업의 시행기간 내에 변경된 새로운 사업시행자에 대하여 지방세 감면의 혜택을 배제할 이유는 없으며, 만일 이 사건 도시재개발 구역의 사업시행자로 되고자 하는 회사가 극동건설로부터 토지와 건축물을 양수하면서 별도의 취득세 및 등록세를 부담하여야 한다면 그 회사는 극동건설에 대하여 이러한 추가부담을 이유로 매매대금의 감액을 주장할 것이고, 그러한 경우 극동건설이 위 사업시행 인가결정에 따라 취득한 지방세 감면에 대한 기득권은 사실상 보호되지 못하는 결과를 초래하게 되어 결국 기득권의 부인을 의미하므로 새로운 사업시행자가 되고자 하는 자에 대하여도 구 감면조례의 적용을 허용하는 것이 타당하고, 도시재개발 사업은 기본적으로 장기간이 소요되므로 중간에 최초 사업시행자의 사업수행이 원활하지 못하여 그 사업시행자가 공사를 포기하는 경우에 새로운 사업시행자에 대하여 취득세 등의 면제를 허용하지 않는다면 후발적으로 진입하는 사업시행자는 더 많은 비용을 부담하게 되고, 결국 도시재개발 사업의 전반적인 진행을 저해하는 요소로서 작용할 것이므로 이러한 경우에는 사업시행의 계속추진을 위하여 더더욱 많은 조세상의 혜택 등을 부여하는 것이 바람직하고, 더불어 후발 사업시행자의 토지의 재차 취득은 결국 도시재개발사업의 계속을 위한 것이어서 두 번째 이후의 토지 취득에 대하여 취득세 등은 예상하지 않았던 것이므로 이를 징수하지 않는다고 하더라도 피고로서는 세수상의 불이익은 없고 굳이 그 부분에 대한 취득세 등을 부과하고자 한다면 새로운 사업시행자가 되고자 하는 자에 대하여 사업시행의 변경인가 결정을 허가하지 않으면 되며, 만일 후발적 사업시행자에 대하여 구 감면조례의 적용을 배제한다면 이 사건 도시재개발 사업에 따라 신축되는 건축물에 대하여는 그 누구도 지방세의 감면혜택을 받지 못하는 불합리한 현상이 발생하고, 최초 사업시행자에게 기득권의 원인행위(사업시행인가결정)가 있으면 구 감면조례가 당해 세목의 납세의무 성립시에 자동적으로 적용되는 것이므로 그러한 법률의 적용에 있어 최초 사업시행자의 후발적 개별 사유에 따라 그 적용이 배제된다는 것은 그러한 사유가 별도의 법적용 배제요건으로 구비되어 있지 않는 이상 법률 적용의 일반원칙에서 비추어 납득하기 어려우므로, 이 사건 지방세에 관한 구 감면조례는 도시재개발법에 의한 새로운 사업시행자인 원고에 대하여도 적용되어야 한다.

나. 관계법령

별지 2 목록 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 취득세는 재산의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 세금을 부과하는 세목이고, 등록세는 재산권 기타 권리의 취득 등에 관한 사항을 공부에 등기하는 행위에 대하여 세금을 부과하는 세목이므로 그 과세요건(취득 또는 등기)의 성립시기에 납세의무가 성립하고, 따라서 그 때의 유효한 법령이 적용되는 것이 원칙이므로, 원고가 이 사건 토지와 건축물을 취득 또는 등기할 당시의 취득세, 등록세 등의 과세요건 성립시기인 2000. 10. 5.경 또는 2002. 2. 19.경에 시행되던 조례가 아니라, 그 당시 이미 실효된 구 감면조례가 적용되기 위해서는 이에 관한 명백한 근거가 있어야 한다.

그런데 시세의 과세 또는 면제에 관한 조례가 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과 규정을 두어 납세의무자에게 유리한 종전 조례를 적용하도록 하고 있는 경우(이후 다시 당해 조례가 개정되고 그 개정에 대하여 종전의 예와는 달리 기득권 내지 신뢰보호를 위한 경과 규정을 따로 두지 아니한 경우 포함) 종전 조례를 적용해야 하나, 해당 조례 자체가 실효되고 이를 대체한 새로운 조례가 그 부칙 등에서 “종전의 규정을 새로운 조례 시행 후에도 계속 적용한다.”는 경과규정을 두지 아니한 이상, 다른 특별한 사정이 없는 한 법률불소급의 원칙상 개정 전후의 조례 중에서 납세의무가 성립한 당시에 시행되는 새로운 조례를 적용해야 한다(

대법원 1999. 9. 3. 선고 98두15788 판결 참조).

위에서 본 것처럼 개정 감면조례가 취득세 및 등록세 면제 대상을 ‘도시재개발법의 규정에 의한 사업’에서 ‘

도시재개발법 제2조 제2호 소정의 주택개량재개발사업’으로 축소하고, 재개발사업자에게 유리한 종전의 규정을 적용하도록 부칙 제2항에서 “이 조례 시행 당시 종전의 규정에 의하여 과세 면제하였거나 과세 면제하여야 할 시세에 대하여는 종전의 예에 의한다.”는 경과규정을 두었으나, 개정 감면조례는 시행기간이 1994. 12. 31.로 만료되었고 그 이후 위 시행기간이 연장되지 않았으므로 개정 감면조례 부칙 제2항은 개정 감면조례의 실효와 함께 실효되었다고 보아야 하고, 개정 감면조례를 대체하기 위하여 1994. 12. 31. 새로이 제정되어 그 다음날부터 시행된 「서울특별시세 감면조례」에는 구 감면조례와 같은 주택개량재개발사업자 이외의 재개발사업자를 위한 취득세 등의 면제규정이 없고, 개정 감면조례 부칙 제2항과 같은 특별한 경과규정도 없으므로, 납세의무성립시인 이 사건 토지와 건축물의 취득 또는 등기시 시행되는 조례가 적용되어야 한다. 따라서 이 사건 토지와 건축물에 관하여 여전히 개정 감면조례 부칙 제2항과 구 감면조례의 지방세 감면규정이 적용되어야 한다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

(2) 앞서 본 바와 같이 원고의 경우 개정 감면조례 부칙 제2항의 경과규정이 적용되지 않는다고 하더라도 일반적인 신뢰보호의 원칙에 의하여 구 감면조례를 적용하여야 하는지 살피건대, 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다 할 것이다(

대법원 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결 참조).

그런데 원고가 사업시행자의 지위를 취득한 2000. 10. 25.에는 도심지 재개발사업자를 위한 취득세 등을 면제하는 내용의 조례나 개정 감면조례 부칙 제2항의 경과규정이 규정되어 있지 않았으므로 종전 사업시행자가 납세의무가 성립하기 전의 원인행위시 유효했던 구 감면조례를 적용받을 수 있다고 하더라도 새로운 원인행위 당시 구 감면조례가 이미 실효한 이상 원고 또한 구 감면조례를 적용받을 수 있다고 기대하기는 어렵고, 개정 감면조례 부칙 제2항의 경과규정은 장래 과세요건을 충족하는 경우에도 일정한 기간 내에는 특별히 면제한다는 취지로 규정되어 있지 않고, 오히려 위 경과규정을 규정한 조례의 시행기간이 1994. 12. 31.까지로 정해져 있어 그 이후에는 원고는 물론 변경 전 사업시행자 또한 위 경과규정에 의한 시세 면제의 기득권을 가지고 있다고 보기 어려우며, 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 예외적으로 납세의무자에게 유리한 종전의 법령을 적용하는 경우에도 그 기간이 무한정 연장될 수는 없는데, 이 사건 건축물이 변경 전 사업시행자의 사업시행기간 종료 후 변경된 사업시행기간 내에 완성된 점 등에 비추어 보면, 원고가 이 사건 토지와 건축물의 취득 또는 등기시에 위 경과규정으로 인하여 기득권에 갈음하는 신뢰를 가졌다고 보기는 어렵다.

(3) 나아가 원고가 구 감면조례 제2조 제1항이 정한 도시재개발법의 규정에 의한 사업시행자에 해당하는 것으로 보아 극동건설의 지방세 감면 혜택을 승계할 수 있는지에 관하여 보건대,

구 도시재개발법(1999. 3. 31. 법률 제5956호로 개정된 것) 제6조 제2항의 의미는 재개발사업의 원활한 진행을 위하여 사업의 연속성을 보장하고 새로운 사업시행자가 관계 법령 등에 의한 인·허가 등 절차를 다시 밟는 번거로움을 덜어주기 위한 것이고 이를 지방세 감면 혜택의 지위까지 승계하는 규정으로 해석할 수는 없으며, 비과세감면요건에 해당하는 시점의 법령 등을 그때마다 적용해야 하는 지방세법이나 조례에 있는 비과세감면 요건까지도 승계한다고 해석하는 것은 개별법의 취지·특성 등에 비추어 받아들일 수 없으므로 조례제정권자가 특별히 종전 사업시행자의 변경에 따른 새로운 사업시행자의 지방세 감면에 관한 승계규정을 두고 있지 않은 이상 원고가 주장하는 나머지 사유만으로는

극동건설이 사업시행자로서 갖는 지방세 감면의 혜택을 원고가 극동건설과 동일한 사업시행자의 지위에서 이를 승계하는 근거로 삼을 수 없으므로, 원고가 구 감면조례 제2조 제1항이 정한 도시재개발법의 규정에 의한 사업시행자에 해당하여

극동건설의 지방세 감면 혜택을 승계할 수 있다는 원고의 주장도 받아들일 수 없다.

3. 결 론

그렇다면, 피고의 이 사건 처분은 적법하고 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 이를 받아들이지 않는다.