상고이유를 판단한다.

1. (1) 「지방세법」제105조 제6항은 "법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다. 다만 법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 그러하지 아니하다."고 규정하여 과점주주의 이른바 간주취득이 취득세의 부과대상임을 밝히고 있다.

그렇지만 위와 같은 과점주주의 간주취득도 지방세법 기타 법령의 규정에 의하여 취득세 비과세 또는 감면요건에 해당하게 되면 취득세가 당연히 비과세 또는 감면되며, 그러한 법리는 2005. 12. 31. 지방세법의 개정으로 구 지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것) 제105조 제6항 단서 중 "과점주주에 대한 취득세 납세의무성립일 현재 이 법 및 기타 법령에 의하여 취득세가 비과세·감면되는 부분에 대하여는 그러하지 아니하다."는 부분이 삭제되었다고 하여 달라지지 아니한다.

(2) 한편 「지방세법」제106조 제2항은 "국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납( 「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조 제3호의 규정에 의한 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다."고 규정하고 있는바, ① 국가·지방자치단체·지방자치단체조합(이하 ‘국가 등’이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(이하 ‘기부채납 등’이라 한다)을 조건으로 부동산을 취득한 법인의 과점주주가 되어 그 부동산을 취득한 것으로 간주되더라도 과점주주로 된 자가 그 기부채납 등의 효력을 부인할 수 없고, 따라서 그 부동산을 여전히 최종적으로 국가 등에 귀속될 것인 점, ② 과점주주가 당해 법인으로부터 실제로 그 부동산을 취득하는 경우에는 종전 기부채납계약을 승계하거나 새로이 국가 등과 기부채납계약을 체결함으로써 「지방세법」제106조 제2항의 적용을 받을 수 있는데, 이와 실질적으로 동일하다고 보아 과세하는 간주취득에 있어서는 기부채납 등의 효과를 그대로 받음에도 취득세가 부과된다면 형평에 반할 뿐만 아니라 「지방세법」제106조의 입법 취지에도 부합하지 아니하는 점 등을 고려할 때, 국가 등에 기부채납 등을 조건으로 취득하여 취득세가 비과세된 부동산을 보유한 법인의 과점주주가 됨으로써 그 부동산을 취득한 것으로 간주되는 경우에는 그 과점주주가 기부채납 등의 효력을 부인할 수 없는 이상 그 간주취득 역시 「지방세법」제106조 제2항 소정의 국가 등에 기부채납 등을 조건으로 취득한 경우에 해당한다고 봄이 상당하다.

2. 같은 취지에서 원심이, ○○○ 주식회사(이하 ‘○○○’라 한다)는 30년 후에 국가에 기부채납하는 조건으로 군포시와 양산시에 각각 복합물류터미널 건물 및 구축물(이하 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다)을 신축함으로써 「지방세법」제106조 제2항에 따라 취득세가 부과되지 아니한 사실, 원고가 2008. 8. 14. ○○○의 총 발행주식 9,897,352주 중 8,392,622주(약 84.8%)를 보유하게 되어 ○○○의 과점주주가 된 사실, 원고가 2008. 9. 16. 피고들에게 이 사건 각 부동산 중 원고의 지분비율(약 84.8%)에 해당하는 부분에 대한 취득세와 그에 따른 농어촌특별세를 각 신고·납부한 사실을 인정한 다음, ○○○의 과점주주가 된 원고가 이 사건 각 부동산 기부채납의 효력을 부인할 수 없는 이상 원고의 이 사건 각 부동산에 대한 간주취득도 국가에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득한 경우에 해당하므로 「지방세법」제106조 제2항에 따라 취득세가 부과되지 아니한다고 판단한 것은 정당하고, 거기에 「지방세법」제105조 제6항, 제106조 제2항 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.

3. 그러므로 상고를 모두 기각하고, 상고비용은 패소자들이 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2009. 10. 22. 선고 2009누11333 판결】

【주 문】 처분청패소

1. 피고들의 항소를 모두 기각한다.

2. 항소비용은 피고들이 부담한다.

【이 유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2008. 8. 14. ○○○ 주식회사(변경전 상호, ○○○터미널 주식회사, 이하 ‘ ○○○’라고만 한다)의 총주식 9,897,352주 중 8,392,622주(약 84.8%)를 보유하게 되어 ○○○의 과점주주가 되었다.

나. 당시 ○○○는 군포시에 토지 92,789,420원, 건물 114,023,992,200원, 구축물 1,748,347,027원, 차량운반구 501,549,086원 합계 116,366,677,733원의 자산(이하 ‘군포터미널’이라 한다)을, 양산시에 건물 112,097,225,021원, 구축물 1,196,484,095원, 차량운반구 273,053,151원 합계 113,566,762,267원의 자산(이하 ‘양산터미널’이라 한다)을 각 보유하고 있었다(이하 위 각 터미널을 통칭할 때는 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다).

다. 한편, 군포터미널 및 양산터미널은 사회기반시설에 대한 민간투자법(이하 ‘민간투자법‘이라 한다) 제4조 제3호의 ’사회기반시설의 준공 후 일정기간 동안 사업시행자에게 당해 시설의 소유권이 인정되며 그 기간의 만료시 시설 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식‘에 따라 ○○○가 30년간 운영한 후 국가에 무상귀속시키는 조건으로 취득한 부동산으로서, 「지방세법」제106조 제2항에 따라 ○○○에 대하여는 취득세가 과세되지 아니하였다.

라. 원고는 피고들에게 군포터미널 및 양산터미널에 관하여 ○○○에 대하여 취득세가 비과세되었던 것과 마찬가지로 ○○○의 과점주주가 된 원고에 대하여도 취득세가 비과세되는 것인지 여부에 관하여 질의하였으나, 피고들은 2008. 9. 10. 원고에 대하여는 취득세 비과세대상이 아니라는 취지의 회신을 하였다.

마. 이에 원고는 2008. 9. 16. 군포터미널에 대한 과세표준을 98,675,033,444원(= 116,366,677,733원 × 원고의 지분비율)으로 계산하여 취득세 1,973,500,660원(과세표준 × 2%), 농어촌특별세 197,350,060원(취득세액 × 10%) 합계 2,170,850,720원을, 양산터미널에 대한 과세표준을 96,300,799,191원(= 113,566,762,267원 × 원고의 지분비율)으로 계산하여 취득세 1,926,015,980원(과세표준 × 2%), 농어촌특별세 192,601,590원(취득세액 × 10%) 합계 2,118,617,570원을 각 피고들에게 신고, 납부하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

바. 원고는 이 사건 각 처분 중 ○○○가 30년간 운영한 후 국가에 무상귀속시키는 조건으로 취득한 건물 및 구축물에 대한 취득세 및 농어촌특별세인 청구취지 기재 금액의 취소를 구하고 있다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증, 을나 제3호증(각 가지번호 포함)의 의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 「지방세법」제106조 제2항은 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있으므로, 기부채납을 하기로 한 법인의 주식을 취득하여 그 과점주주가 되는 경우 그 과점주주도 기부채납 조건이 있는 부동산을 취득하는 것이므로 비과세하여야 한다.

2) 만약, 「지방세법」제105조 제6항 및 제106조 제2항을 기부채납을 하기로 한 법인의 과점주주에 대하여는 취득세를 부과하는 것으로 해석한다면, 동일한 재산에 대하여 당해 재산을 직접 취득한 법인은 취득세를 비과세 받음에도 불구하고 이를 간주취득하는 과점주주에게만 취득세를 부담시킨다는 점에서 헌법상 평등원칙, 재산권 보장원칙, 비례의 원칙에 반하는 위헌적인 규정이다.

나. 피고들의 주장

1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건뿐만 아니라 비과세요건도 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는바, 과점주주의 간주취득세 감면 및 비과세에 관하여는 「지방세법」제105조 제6항 단서 및 조세특례제한법 제120조 제6항에 규정된 것 외에는 별도의 규정이 없는데, 원고가 이 사건 각 부동산을 간주취득한 것은 위 각 규정에 해당하지 아니한다.

2) 법인의 부동산 등 당해 재산 자체의 취득행위와 「지방세법」제105조 제6항 본문에 의한 과점주주의 취득간주행위는 서로 개념을 달리하는 독립적인 취득행위로서 별도의 과세객체에 해당하고, 기부채납계약은 기부자가 자신의 소유인 재산을 국가 등에 증여하는 의사표시를 하고 국가 등이 이를 승낙하는 의사를 표시 함으로써 성립하는 증여계약의 일종인데, 이러한 증여계약의 당사자는 ○○○이지 원고가 아니므로, 원고는 기부채납을 조건으로 이 사건 각 부동산을 취득하였다고 할 수 없어 「지방세법」제106조 제2항이 적용되지도 아니한다.

3) 「지방세법」제105조 제6항은 입법 목적의 정당성, 방법의 적절성, 법익의 균형성도 만족하고 있으므로 재산권을 침해하지 않는다.

다. 관계법령

별지 기재와 같다.

라. 판단

1) 「지방세법」제105조 제6항 본문은 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산 등 자산을 취득한 것으로 보고, 당해 법인이 부동산 등을 취득하면서 취득세를 납부한 것과는 별도로 과점주주에게도 당해 법인의 부동산 등의 장부가액을 취득지분의 비율로 취득한 것으로 보아 취득세를 부담하도록 하는 간주취득세 제도에 대하여 규정하고 있는바, 이는 주식 또는 지분의 독과점을 억제하고 이를 분산하도록 세제면에서 규제하는 데 그 목적이 있는 것으로서, 과점주주가 되면 당해 법인의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리운영할 수 있는 지위에 서게 되어 실질적으로 그 재산을 직접 소유하는 것과 크게 다를 바 없으므로, 바로 이 점에서 담세력이 나타난다고 보아 과세하는 것이다( 대법원 1980. 7. 22. 선고 79누136 판결, 1994. 5. 24. 선고 92누11138 판결 등 참조).

2) 원고가 이 사건 각 부동산을 취득한 것이 「지방세법」제105조 제6항 단서 및 조세특례제한법 제120조 제6항 소정의 비과세요건에는 해당하지 아니함이 분명하므로, 결국 이 사건의 쟁점은 부동산을 국가 등에 기부채납하기로 한 법인의 주식을 취득하여 과점주주가 된 경우 그 과점주주의 간주취득도 기부채납 조건이 있는 부동산을 취득한 것에 해당하여 「지방세법」제106조 제2항에 의하여 비과세할 것인지 여부라 할 것이다.

살피건대, 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것이 불가피하다( 대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 등 참조).

그런데, ① 이 사건 각 부동산을 국가에 기부채납한 것은 ○○○이고, 기부채납계약은 일종의 채권적인 계약에 불과하지만, ○○○의 주식을 취득하여 과점주주가 된 원고로서는, 일반적인 제3자가 취득한 경우와는 달리, ○○○가 한 기부채납의 효력을 부인할 수 없는 점(과점주주가 바뀌었다고 하여 ○○○가 기부채납의 효력을 부인할 수도 없다), ② 간주취득세 제도는 과점주주가 되면 당해 법인의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리운영할 수 있는 지위에 서게 되어 실질적으로 그 재산을 직접 소유하는 것과 크게 다를 바 없다고 보아 과세하는 것인데, 국가 등에 기부채납할 것을 조건으로 부동산을 취득한 당해 법인에 대하여는 「지방세법」제106조 제2항에 의하여 취득세를 부과하지 아니하면서, 그런 법인의 과점주주가 됨으로써 그 부동산을 간주취득하였다고 하여 기부채납의 효력을 그대로 받는데도 취득세를 부과한다는 것은 형평에 어긋나고, 「지방세법」제106조의 입법취지와도 부합하지 아니하는 점, ③ 원고가 이 사건 각 부동산에 대한 처분권한을 가지기 위하여 ○○○로부터 이를 양수하는 경우에는 종전의 기부채납계약을 승계하거나 새로이 국가와 기부채납계약을 체결함으로써 「지방세법」제106조 제2항의 적용을 받을 수 있는데도 이와 실질적으로 동일하다고 보아 과세하는 간주취득에 있어서 이를 부정한다는 것은 균형이 맞지 않는 점(간주취득의 경우 종전의 기부채납계약을 승계하거나 새로이 기부채납계약을 체결한다는 것은 있을 수 없고, 다만 간주취득의 성질상 기부채납의 효력을 그대로 받을 뿐이다) 등에 비추어 보면, 부동산을 국가 등에 기부채납하기로 한 법인의 주식을 취득하여 과점주주가 됨으로써 그 부동산을 간주취득하는 경우에도 그 취득 당시 과점주주가 기부채납의 효력에 구속받는 이상 이는 「지방세법」제106조 제2항 소정의 ‘기부채납을 조건으로 취득’한 경우에 해당한다고 봄이 상당하다.

3) 이에 대하여 피고들은, ① 대법원 2001. 1. 30. 선고 99두6897 판결과 ② 2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정된 「지방세법」제105조 제6항 단서에서 "과점주주에 대한 취득세 납세의무성립일 현재 이 법 및 기타 법령에 의하여 취득세가 비과세감면되는 부분에 대하여는 그러하지 아니하다(취득한 것으로 보지 아니한다는 의미임)"는 부분이 삭제된 점을 들고 있으나, ① 위 대법원 판결은, 조례에서 일정한 토지 등을 최초로 분양받은 자를 취득세 면제대상자로 정하고 있는 경우 그 토지 등을 최초로 취득한 당해 법인의 과점주주가 됨으로써 그 토지 등을 다시 취득한 것으로 간주된 경우에도 면제대상자가 될 것인지 여부가 문제된 사안에 관한 것으로서, 이 사건과 사안을 달리하고, ② 위 개정된 지방세법 조항을 간주취득에 대하여는 일체의 비과세조항이 적용될 수 없다는 의미로 받아들일 수는 없다.

4) 따라서, 이 사건 각 처분은 「지방세법」제106조 제2항에 해당하는 취득에 대하여 과세한 것으로서 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 받아들일 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 피고들의 항소를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-수원지방법원 2009. 4. 8. 선고 2008구합10707 판결】

【주 문】 처분청패소

1. 원고에 대하여,

가. 피고 군포시장이 2008. 9. 16. 한 처분 중 취득세 1,963,421,090원, 농어촌특별세 196,342,100원 부분을,

나. 피고 양산시장이 2008. 9. 16. 한 처분 중 취득세 1,921,385,190원, 농어촌특별세 192,138,510원 부분을

각 취소한다.

2. 소송비용은 피고들이 부담한다.

【이 유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2008. 8. 14. ○○○ 주식회사(이하 ‘ ○○○’라 한다)의 총주식 9,897,352주 중 8,392,622주(약 84.8%)를 보유하게 됨으로써 ○○○의 과점주주가 되었다.

나. 당시 ○○○는 군포시에 토지 92,789,420원, 건물 114,023,992,200원, 구축물 1,748,347,027원, 차량운반구 501,549,086원 합계 116,366,677,733원의 자산(이하 ‘ 군포터미널’이라 한다)을 보유하고 있었고, 양산시에 건물 112,097,225,021원, 구축물 1,196,484,095원, 차량운반구 273,053,151원 합계 113,566,762,267원의 자산(이하 ‘ 양산터미널’이라 한다)을 보유하고 있었다(이하 위 각 터미널을 통칭할 때는 ‘이 사건 부동산’이라 한다).

다. 한편, 군포터미널 및 양산터미널은 사회기반시설에 대한 민간투자법(이하 ‘민간투자법‘이라 한다) 제4조 제3호의 사업방식에 따라 ○○○가 30년간 운영한 후 국가에 무상귀속되는 조건으로 취득한 부동산으로서 「지방세법」제106조 제2항에 의한 취득세 비과세 대상이었다.

라. 원고는 피고들에게 군포터미널 및 양산터미널에 관하여 ○○○에 대하여 취득세가 비과세되는 것과 마찬가지로 ○○○의 과점주주가 된 원고에 대하여도 취득세가 비과세되는 것인지 여부에 관하여 질의하였으나, 피고들은 2008. 9. 10. 원고에 대하여는 취득세 비과세 대상이 아니라는 취지의 회신을 하였다.

마. 이에 원고는 2008. 9. 16. 군포터미널에 대한 과세표준을 98,675,033,444원(= 116,366,677,733원 × 원고의 지분비율)으로 계산하여 피고 군포시장의 확인을 받은 후 취득세 1,973,500,660원(과세표준 × 2%), 농어촌특별세 197,350,060원(취득세액 × 10%) 합계 2,170,850,720원을 피고 군포시장에게, 양산터미널에 대한 과세표준을 96,300,799,191원(= 113,566,762,267원 × 원고의 지분비율)으로 계산하여 피고 양산시장의 확인을 받은 후 취득세 1,926,015,980원(과세표준 × 2%), 농어촌특별세 192,601,590원(취득세액 × 10%) 합계 2,118,617,570원을 피고 양산시장에게 각 신고 납부하였다(이하 순차로 ‘이 사건 1, 2처분’이라 하고, 이 사건 1, 2처분을 통칭할 때에는 ‘이 사건 각 처분‘이라 한다).

바. 원고는 이 사건에서 건물 및 구축물에 대한 취득세 등만 비과세라고 다투고 있다. 즉, 군포시에 신고 납부한 취득세 중 건물과 구축물의 합계 115,772,339,227원에 원고의 주식보유비율(8,392,622주/9,897,352주)과 취득세율 2%를 각 곱한 금액인 1,963,421,090원 부분에 관하여, 양산시에 신고 납부한 취득세 중 건물과 구축물의 합계 113,293,709,116원에 원고의 주식보유비율과 취득세율을 각 곱한 금액인 1,921,385,190원 부분에 관하여 각 취소를 구하고 있으며, 농어촌특별세는 다투는 취득세의 10% 부분에 관하여만 그 취소를 구하고 있다.

【인정근거】다툼없는 사실, 갑 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 「지방세법」제106조 제2항은 기부채납을 조건으로 취득하는 "부동산에 대하여는" 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있으므로, 기부채납을 하기로 한 법인(이하 ‘기부채납 법인’이라 한다)의 주식을 취득하여 그 과점주주가 되는 경우 그 과점주주도 기부채납 조건이 있는 부동산을 취득하는 것이므로 비과세하여야 한다.

(2) 만약, 「지방세법」제105조 제6항 및 제106조 제2항을 기부채납을 하기로 한 법인의 과점주주에 대하여는 취득세를 부과하는 것으로 해석한다면, 동일한 재산에 대하여 당해 재산을 직접 취득한 법인은 취득세를 비과세 받음에도 불구하고 이를 간주취득하는 과점주주에게만 취득세를 부담시킨다는 점에서 헌법상 평등원칙, 재산권 보장원칙, 비례의 원칙에 반하는 위헌적인 규정이다.

나. 피고들의 주장

(1) 법인의 부동산 등 당해 재산 자체의 취득행위와 「지방세법」제105조 제6항에 의한 과점주주의 취득간주행위는 서로 개념을 달리하는 독립적인 취득행위로서 별도의 과세객체에 해당하고, 취득세는 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종이므로, 과점주주가 기부채납 자산을 간주취득한 이상 이에 대한 취득세 부과는 적법하다.

(2) 조세법률주의의 원칙상 과세요건뿐만 아니라 비과세요건도 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적인 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는바, 과점주주에 대한 취득세 감면 및 비과세에 관하여 별도의 규정이 없는 이상 과점주주의 간주취득에 대하여는 취득세를 부과함이 타당하다.

(3) 기부채납 계약은 기부자가 자신의 소유인 재산을 국가 등에 증여하는 의사표시를 하고 국가 등이 이를 승낙하는 의사를 표시함으로써 성립하는 증여계약의 일종인데, 이러한 증여계약의 당사자는 ○○○이지 원고가 아니므로, 원고는 기부채납을 조건으로 이 사건 부동산을 취득한 자에 해당하지 아니한다.

(4) 대법원 2001. 1. 30. 선고 99두6897 판결도 당해법인이 부동산 등을 취득하면서 취득세를 면제받았다고 하여 바로 과점주주로 된 자의 취득세 납세의무도 면제되는 것은 아니라고 판시하고 있다.

(5) 「지방세법」제105조 제6항은 입법 목적의 정당성, 방법의 적절성, 법익의 균형성도 만족하고 있으므로 재산권을 침해하지 않는다.

다. 관계법령

별지 기재와 같다.

라. 판단

(1) 간주취득세 제도

「지방세법」제105조 제6항은 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산 등 자산을 취득한 것으로 보고 있는데, 당해 법인이 부동산 등을 취득하면서 취득세를 납부한 것과는 별도로 과점주주에게도 당해 법인의 부동산 등의 장부가액을 취득지분의 비율로 취득한 것으로 보아 취득세를 부담하도록 하는 제도가 간주취득세 제도인바, 이는 주식 또는 지분의 독과점을 억제하고 이를 분산하도록 세제면에서 규제하는데 그 목적이 있는 것으로서 과점주주가 되면 당해법인의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리운영할 수 있는 지위에 서게 되어 실질적으로 그 재산을 직접 소유하는 것과 크게 다를 바 없으므로 바로 이 점에서 담세력이 나타난다고 보아 과세하는 것이다( 대법원 1980. 7. 22. 선고 79누136 판결, 대법원 1994. 5. 24. 선고 92누11138 판결 참조).

(2) 간주취득제도 자체의 위헌여부 및 조세법률주의

「지방세법」제105조 제6항은 법인의 과점주주가 된 경우 당해 법인의 자산에 대한 관리·처분권을 취득하게 되어 실질적으로 당해 법인의 자산을 취득한 것이나 다름없게 되므로 공평과세 및 실질과세원칙상 취득세를 과세하는 것으로서 입법 목적의 정당성이 인정되고, 재산의 이전에 의하여 실질적으로 담세력이 발생한 곳에 과세하는 것으로 공평과세를 기할 수 있으므로 그 방법의 적절성이 인정된다. 또한 법인의 과점주주에 대한 간주취득세 부과는 일반적인 취득세 부과와 달리 법인의 과점주주의 간주 취득세에만 특별히 무거운 세율을 적용하지 않으며, 법인의 모든 과점주주에게 취득세를 부과하는 것이 아니라 법인 설립 시의 과점주주는 취득세 부과 대상에서 제외하고 있고 사실적 지배력을 가진 과점주주에게만 취득세를 부과토록 하여 취득세 부과 대상이 되는 과점주주의 범위를 필요한 정도 내로 제한하고 있는 등 「지방세법」제105조 제6항이 추구하는 공평과세 부과라는 입법목적 달성을 위해 필요 이상의 과잉된 수단이 사용되었다고 볼 수 없고 법익의 균형성도 만족하고 있으므로 재산권을 침해하지 않는다( 헌법재판소 2006. 6. 29. 선고 2005헌바45 결정, 헌법재판소 2008. 4. 24. 선고 2006헌바107 결정).

이와 같이 과점주주에 대하여 간주취득세를 부과할 수 있도록 취득을 간주하는 규정인 「지방세법」제105조 제6항 자체는 과점주주의 재산권을 침해하지 않는다고 할 것이나, 간주취득제도가 원래의 취득개념에는 포섭되지 아니하는 것을 취득으로 간주하여 과세하는 예외적인 규정일 뿐만 아니라, 실제 과점주주가 취득하는 주식의 가치는 당해 법인의 순자산가치(자산 - 부채)를 반영한 것임에도 불구하고 과점주주가 취득한 것으로 간주되는 것은 부채가 전혀 반영되지 아니한 자산가치 전체이어서 과다하게 취득세를 부과하는 면이 있는 만큼 그 해석을 엄격하게 해야 할 필요성이 있고, 그렇게 해석하는 것이 조세법률주의 원칙에 부합한다.

피고들은 간주취득세 제도가 당연하다는 전제하에 그 비과세·감면규정의 적용을 조세법률주의에 의하여 엄격하게 해석해야 한다고 주장하나, 이는 간주취득세 제도의 목적과 취지를 오해한 데서 비롯된 것으로 보인다.

(3) 대법원 2001. 1. 30. 선고 99두6897 판결의 해석

위 사건에서 원고는, 법인이 도세감면조례에 의하여 취득세 및 등록세를 면제받은 이상 그 후에 그 법인의 과점주주가 된 자에 대하여도 당해 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 보지 아니하여야 한다는 취지로 다투었으나, 위 판결은 당해 법인이 부동산 등을 취득하면서 취득세 등을 면제받았다고 하여 바로 과점주주로 된 자의 취득세 납세의무도 면제되는 것은 아니라고 판시함으로써, 과점주주가 된 때 과점주주를 기준으로 지방세 감면 여부를 다시 심사하여야 한다는 취지로 판시하였다. 실제로 위 사건에서 도세감면조례는 농공단지 안에서 토지 등을 "최초로 분양받은 자"만을 취득세 면제대상자로 하는 인적 비과세였으므로, 면제대상자는 법인에 한정될 뿐 그 이후에 과점주주가 됨으로써 법인 소유의 부동산을 다시 취득한 것으로 간주된 자는 최초로 분양받은 자에 해당하지 아니하므로 면제대상자에 해당하지 아니한다고 판단한 것이다.

이에 비해 이 사건은, 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 과세하지 아니한다는 「지방세법」제106조 제2항의 해석과 관련하여, 원고가 과점주주가 될 때인 2008. 8. 14.을 기준으로 "원고가" 기부채납을 조건으로 해당 부동산을 취득한 것으로 볼 수 있는지를 판단하면 되는 것이므로, 위 판례의 존재만으로 피고들의 이 사건 처분이 적법하다고 단정할 수는 없다.

(4) 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산과 과점주주의 비과세 여부

기부채납 계약은 기부자가 자신의 소유인 재산을 국가 등에 증여하는 의사표시를 하고 국가 등이 이를 승낙하는 의사를 표시함으로써 성립하는 증여계약의 일종인데, 이러한 기부채납 계약은 ○○○와 군포시 및 양산시와 사이에 이루어진 것이기는 하나, 갑 제9호증의 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, ○○○의 대표이사는 국토해양부 장관에게 ○○○의 출자자가 변경되었음을 보고하고 그 출자자변경의 승인을 요청하였고, 국토해양부 장관은 출자자변경에 대하여 승인하면서 향후 출자자 변경이 있을 경우에는 ‘군포 복합물류터미널 확장 민간투자사업 실시협약 제9조’ 및 ‘민간투자사업 일반지침‘의 규정에 따라 반드시 국토해양부 장관의 사전승인 등 필요한 절차를 이행하도록 하고, 위 절차를 이행하지 아니할 경우에는 위 실시협약 제58조의 규정에 따라 협약을 해지할 수 있다는 취지의 회신을 보낸 사실을 인정할 수 있는바, ① ○○○의 과점주주가 된 원고는 아무런 제약이 없는 새로운 부동산을 취득하는 것이 아니라 ○○○의 장부상의 자산, 즉, 국가 등에의 귀속 또는 기부채납 조건이 있는 부동산을 취득하는 것인 점, ② ○○○의 과점주주가 바뀌었다고 하여 국가 등에 대한 무상귀속 또는 기부채납 의무가 소멸되지는 않을 뿐만 아니라, 화물복합터미널 등 사회기반시설에 관한 민간투자사업의 경우에는 원고가 과점주주가 되더라도 해당시설을 임의처분할 수 없는 것이어서, 원고가 ○○○의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리운영할 수 있는 지위도 향후 기부채납의무를 이행해야 한다는 의미에서 일정부분 제약이 있는 점, ③ 간주취득세 제도는 과점주주가 되면 당해법인의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리운영할 수 있는 지위에 서게 되어 실질적으로 그 재산을 직접 소유하는 것과 크게 다를 바 없으므로 바로 이 점에서 담세력이 나타난다고 보아 과세하는 것임을 고려할 때, 기부채납 법인의 과점주주가 된 자에게 기부채납의 대상이 된 부동산에 관하여까지 취득세를 과세하여야 할 정당한 입법 목적을 찾을 수 없는 점, ④ 「지방세법」제106조 제2항은 "기부채납을 조건으로 취득하는 부동산"에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있으므로, 그 취득 당시 장차 국가 등에 무상귀속 또는 기부채납될 것이 예정되어 있는 부동산에 대하여는 누가 그 부동산을 취득하든 취득세가 비과세 되는 것으로 해석하여야 하는 점 등에 비추어 보면, 기부채납법인의 과점주주에 대하여도 그 기부채납의 대상이 된 부동산에 관하여는 「지방세법」제106조 제2항에 따라 비과세하여야 한다.

(5) 소결

결국 이 사건 각 처분은 비과세대상에 대하여 과세한 것으로서 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유있으므로, 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.