종전의 기부채납계약을 승계하거나 새로이 국가와 기부채납계약을 체결함으로써 지방세법 제106조 제2항의 적용을 받을 수 있는데도 이와 실질적으로 동일하다고 보아 과세하는 간주취득에 있어서 이를 부정한다는 것은 균형이 맞지 않는 점에 비추어 보면, 부동산을 국가 등에 기부채납하기로 한 법인의 주식을 취득하여 과점주주가 됨으로써 그 부동산을 간주취득하는 경우에도 그 취득 당시 과점주주가 기부채납의 효력에 구속받는 이상 이는 지방세법 제106조 제2항 소정의 ‘기부채납을 조건으로 취득’한 경우에 해당한다고 봄이 타당하다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2008. 8. 14.

한국복합물류 주식회사(변경전 상호,

공영복합화물터미널 주식회사, 이하 ‘

한국물류’라고만 한다)의 총주식 9,897,352주 중 8,392,622주(약 84.8%)를 보유하게 되어

한국물류의 과점주주가 되었다.

나. 당시

한국물류는 군포시에 토지 92,789,420원, 건물 114,023,992,200원, 구축물 1,748,347,027원, 차량운반구 501,549,086원 합계 116,366,677,733원의 자산(이하 ‘군포터미널’이라 한다)을, 양산시에 건물 112,097,225,021원, 구축물 1,196,484,095원, 차량운반구 273,053,151원 합계 113,566,762,267원의 자산(이하 ‘양산터미널’이라 한다)을 각 보유하고 있었다(이하 위 각 터미널을 통칭할 때는 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다).

다. 한편, 군포터미널 및 양산터미널은 사회기반시설에 대한

민간투자법(이하 ‘민간투자법‘이라 한다) 제4조 제3호의 ’사회기반시설의 준공 후 일정기간 동안 사업시행자에게 당해 시설의 소유권이 인정되며 그 기간의 만료시 시설 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식‘에 따라

한국물류가 30년간 운영한 후 국가에 무상귀속시키는 조건으로 취득한 부동산으로서,

지방세법 제106조 제2항에 따라

한국물류에 대하여는 취득세가 과세되지 아니하였다.

라. 원고는 피고들에게 군포터미널 및 양산터미널에 관하여

한국물류에 대하여 취득세가 비과세되었던 것과 마찬가지로

한국물류의 과점주주가 된 원고에 대하여도 취득세가 비과세되는 것인지 여부에 관하여 질의하였으나, 피고들은 2008. 9. 10. 원고에 대하여는 취득세 비과세대상이 아니라는 취지의 회신을 하였다.

마. 이에 원고는 2008. 9. 16. 군포터미널에 대한 과세표준을 98,675,033,444원(= 116,366,677,733원 × 원고의 지분비율)으로 계산하여 취득세 1,973,500,660원(과세표준 × 2%), 농어촌특별세 197,350,060원(취득세액 × 10%) 합계 2,170,850,720원을, 양산터미널에 대한 과세표준을 96,300,799,191원(= 113,566,762,267원 × 원고의 지분비율)으로 계산하여 취득세 1,926,015,980원(과세표준 × 2%), 농어촌특별세 192,601,590원(취득세액 × 10%) 합계 2,118,617,570원을 각 피고들에게 신고, 납부하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

바. 원고는 이 사건 각 처분 중

한국물류가 30년간 운영한 후 국가에 무상귀속시키는 조건으로 취득한 건물 및 구축물에 대한 취득세 및 농어촌특별세인 청구취지 기재 금액의 취소를 구하고 있다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증, 을나 제3호증(각 가지번호 포함)의 의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1)

지방세법 제106조 제2항은 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있으므로, 기부채납을 하기로 한 법인의 주식을 취득하여 그 과점주주가 되는 경우 그 과점주주도 기부채납 조건이 있는 부동산을 취득하는 것이므로 비과세하여야 한다.

2) 만약,

지방세법 제105조 제6항 및

제106조 제2항을 기부채납을 하기로 한 법인의 과점주주에 대하여는 취득세를 부과하는 것으로 해석한다면, 동일한 재산에 대하여 당해 재산을 직접 취득한 법인은 취득세를 비과세 받음에도 불구하고 이를 간주취득하는 과점주주에게만 취득세를 부담시킨다는 점에서 헌법상 평등원칙, 재산권 보장원칙, 비례의 원칙에 반하는 위헌적인 규정이다.

나. 피고들의 주장

1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건뿐만 아니라 비과세요건도 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는바, 과점주주의 간주취득세 감면 및 비과세에 관하여는

지방세법 제105조 제6항 단서 및

조세특례제한법 제120조 제6항에 규정된 것 외에는 별도의 규정이 없는데, 원고가 이 사건 각 부동산을 간주취득한 것은 위 각 규정에 해당하지 아니한다.

2) 법인의 부동산 등 당해 재산 자체의 취득행위와

지방세법 제105조 제6항 본문에 의한 과점주주의 취득간주행위는 서로 개념을 달리하는 독립적인 취득행위로서 별도의 과세객체에 해당하고, 기부채납계약은 기부자가 자신의 소유인 재산을 국가 등에 증여하는 의사표시를 하고 국가 등이 이를 승낙하는 의사를 표시 함으로써 성립하는 증여계약의 일종인데, 이러한 증여계약의 당사자는

한국물류이지 원고가 아니므로, 원고는 기부채납을 조건으로 이 사건 각 부동산을 취득하였다고 할 수 없어

지방세법 제106조 제2항이 적용되지도 아니한다.

3)

지방세법 제105조 제6항은 입법 목적의 정당성, 방법의 적절성, 법익의 균형성도 만족하고 있으므로 재산권을 침해하지 않는다.

다. 관계법령

별지 기재와 같다.

라. 판단

1)

지방세법 제105조 제6항 본문은 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산 등 자산을 취득한 것으로 보고, 당해 법인이 부동산 등을 취득하면서 취득세를 납부한 것과는 별도로 과점주주에게도 당해 법인의 부동산 등의 장부가액을 취득지분의 비율로 취득한 것으로 보아 취득세를 부담하도록 하는 간주취득세 제도에 대하여 규정하고 있는바, 이는 주식 또는 지분의 독과점을 억제하고 이를 분산하도록 세제면에서 규제하는 데 그 목적이 있는 것으로서, 과점주주가 되면 당해 법인의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리운영할 수 있는 지위에 서게 되어 실질적으로 그 재산을 직접 소유하는 것과 크게 다를 바 없으므로, 바로 이 점에서 담세력이 나타난다고 보아 과세하는 것이다(

대법원 1980. 7. 22. 선고 79누136 판결,

1994. 5. 24. 선고 92누11138 판결 등 참조).

2) 원고가 이 사건 각 부동산을 취득한 것이

지방세법 제105조 제6항 단서 및

조세특례제한법 제120조 제6항 소정의 비과세요건에는 해당하지 아니함이 분명하므로, 결국 이 사건의 쟁점은 부동산을 국가 등에 기부채납하기로 한 법인의 주식을 취득하여 과점주주가 된 경우 그 과점주주의 간주취득도 기부채납 조건이 있는 부동산을 취득한 것에 해당하여

지방세법 제106조 제2항에 의하여 비과세할 것인지 여부라 할 것이다.

살피건대, 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것이 불가피하다(

대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 등 참조).

그런데, ① 이 사건 각 부동산을 국가에 기부채납한 것은

한국물류이고, 기부채납계약은 일종의 채권적인 계약에 불과하지만,

한국물류의 주식을 취득하여 과점주주가 된 원고로서는, 일반적인 제3자가 취득한 경우와는 달리,

한국물류가 한 기부채납의 효력을 부인할 수 없는 점(과점주주가 바뀌었다고 하여

한국물류가 기부채납의 효력을 부인할 수도 없다), ② 간주취득세 제도는 과점주주가 되면 당해 법인의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리운영할 수 있는 지위에 서게 되어 실질적으로 그 재산을 직접 소유하는 것과 크게 다를 바 없다고 보아 과세하는 것인데, 국가 등에 기부채납할 것을 조건으로 부동산을 취득한 당해 법인에 대하여는

지방세법 제106조 제2항에 의하여 취득세를 부과하지 아니하면서, 그런 법인의 과점주주가 됨으로써 그 부동산을 간주취득하였다고 하여 기부채납의 효력을 그대로 받는데도 취득세를 부과한다는 것은 형평에 어긋나고,

지방세법 제106조의 입법취지와도 부합하지 아니하는 점, ③ 원고가 이 사건 각 부동산에 대한 처분권한을 가지기 위하여

한국물류로부터 이를 양수하는 경우에는 종전의 기부채납계약을 승계하거나 새로이 국가와 기부채납계약을 체결함으로써

지방세법 제106조 제2항의 적용을 받을 수 있는데도 이와 실질적으로 동일하다고 보아 과세하는 간주취득에 있어서 이를 부정한다는 것은 균형이 맞지 않는 점(간주취득의 경우 종전의 기부채납계약을 승계하거나 새로이 기부채납계약을 체결한다는 것은 있을 수 없고, 다만 간주취득의 성질상 기부채납의 효력을 그대로 받을 뿐이다) 등에 비추어 보면, 부동산을 국가 등에 기부채납하기로 한 법인의 주식을 취득하여 과점주주가 됨으로써 그 부동산을 간주취득하는 경우에도 그 취득 당시 과점주주가 기부채납의 효력에 구속받는 이상 이는

지방세법 제106조 제2항 소정의 ‘기부채납을 조건으로 취득’한 경우에 해당한다고 봄이 상당하다.

3) 이에 대하여 피고들은, ①

대법원 2001. 1. 30. 선고 99두6897 판결과 ② 2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정된

지방세법 제105조 제6항 단서에서 “과점주주에 대한 취득세 납세의무성립일 현재 이 법 및 기타 법령에 의하여 취득세가 비과세감면되는 부분에 대하여는 그러하지 아니하다(취득한 것으로 보지 아니한다는 의미임)”는 부분이 삭제된 점을 들고 있으나, ① 위 대법원 판결은, 조례에서 일정한 토지 등을 최초로 분양받은 자를 취득세 면제대상자로 정하고 있는 경우 그 토지 등을 최초로 취득한 당해 법인의 과점주주가 됨으로써 그 토지 등을 다시 취득한 것으로 간주된 경우에도 면제대상자가 될 것인지 여부가 문제된 사안에 관한 것으로서, 이 사건과 사안을 달리하고, ② 위 개정된 지방세법 조항을 간주취득에 대하여는 일체의 비과세조항이 적용될 수 없다는 의미로 받아들일 수는 없다.

4) 따라서, 이 사건 각 처분은

지방세법 제106조 제2항에 해당하는 취득에 대하여 과세한 것으로서 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 받아들일 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 피고들의 항소를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.