상고이유에 대하여 판단한다.

1. 상고이유 제1점에 관하여

구 지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조 제1항 제3호는 대도시 내로의 법인 본점의 전입 이후의 부동산등기에 관하여는 등록세를 중과하도록 규정하고, 구 지방세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20708호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제102조 제2항은 ‘ 법 제138조 제1항 제3호 소정의 법인 본점의 전입 이후의 부동산등기라 함은 법인 본점의 전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다’고 정하면서, 그 괄호 부분에서 ‘채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다’고 규정하고 있다.

원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 채용 증거를 종합하여 원고가 2004. 7. 6. 본점 소재지를 구 「지방세법」제138조 제1항 제3호 소정의 대도시 내인 서울 마포구 서교동 소재 유아이빌딩으로 옮긴 후, 같은 대도시 내인 의정부시 신곡동 소재 이 사건 건물에 관한 임대차보증금 등 채권 30억 원을 회수할 수 없게 되자 이 사건 건물의 전매차익을 남겨 그 손해를 만회할 목적으로 이 사건 건물에 관하여 그 근저당권자들의 경매신청에 따라 개시된 임의경매절차에서 대금 81억 1,000만 원에 이를 낙찰받아 2005. 6. 30. 원고 명의로 소유권이전등기(이하 ‘이 사건 소유권이전등기’라 한다)를 마친 사실, 이에 대하여 피고는 이 사건 소유권이전등기가 대도시 내로의 법인 본점의 전입 이후 5년 이내에 취득하는 부동산등기에 해당한다는 이유로 등록세를 중과하는 내용의 이 사건 처분을 한 사실 등을 인정한 다음, 구 「지방세법 시행령」제102조 제2항 괄호 부분에서 등록세 중과 제외대상으로 규정하고 있는 ‘채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 등기’라 함은 법인이 그 채권의 담보를 취득하기 위하여 하는 등기, 그 채권을 변제받는 방법의 일환으로 하는 등기, 그 채권의 담보권을 실행하는 과정에서 하는 등기 등을 말한다고 전제하고, 이와 달리 이 사건 소유권이전등기는 원고가 이 사건 건물의 전매차익으로 임대차보증금 등 채권의 회수불능에 따른 손해를 만회할 목적에서 비롯된 것이므로 위 등록세 중과 제외대상에 해당하지 않는다고 보아 같은 취지의 이 사건 처분이 정당하다고 판단하였다.

앞서 본 법령과 그 입법 취지 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당한 것으로 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유에서 주장하는 구 「지방세법 시행령」제102조 제2항 괄호 부분 규정에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

2. 상고이유 제2점에 관하여

일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하는 것이 전제되어야 한다( 대법원 2001. 11. 27. 선고 99두10131 판결, 대법원 2005. 8. 19. 선고 2004두7634 판결 등 참조).

원심판결 이유에 의하면, 원심은 원고 주장대로 원고가 이 사건 소유권이전등기에 관하여 일반 세율에 의한 등록세를 신고하자 피고의 직원이 이를 접수하여 그에 따른 등록세 납부고지서를 원고에게 발행하여 주었다고 하더라도 그러한 사유만으로는 피고가 원고에게 이 사건 소유권이전등기에 관하여 등록세를 중과하지 않겠다는 공적인 견해를 표명하였다고 할 수 없으므로 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙에 위배되지 않는다고 판단하였다.

앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 신뢰보호의 원칙 등에 관한 법리오해의 위법이 없다.

3. 결론

그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2008. 7. 23. 선고 2008누5690 판결】

【주문】 처분청승소

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 1991. 12. 17. 부산 동구 수정동 1-10에서 장의사업, 예식업, 관혼상제알선업 등을 목적으로 설립된 주식회사로, 그 본점소재지를 2004. 7. 6. 서울 마포구 서교동 447-4 유아이빌딩으로, 2005. 11. 19. 서울 강남구 역삼동 642-19역삼하이츠빌딩 3층으로 순차 이전하여 그에 관한 등기를 마쳤다.

나. 원고는 2003. 3. 5. 의정부인제병원(변경 전 명칭 : 의정부고려병원)으로부터 기간을 2003. 4. 4.부터 2009. 4. 3.까지, 보증금을 1,500,000,000원, 월차임을 15,000,000원으로 각 정하여 의정부시 신곡동 23-2 대 4,165㎡, 23-6 대 365㎡ 지상 철근콘크리트조 평스라브지붕 4층 의료시설 지하 1층 2941.62㎡, 1층 908.64㎡, 2층 901.89㎡, 3층901.89㎡, 4층 901.89㎡, 옥탑 1층 74.97㎡, 옥탑 2층 61.20㎡(이하, ‘이 사건 건물’이라 한다.) 중 지하 1층 부분을 임차하기로 하는 내용의 임대차계약을 체결하였고, 2003. 3. 17. 보증금을 1,000,000,000원 더 지급하는 대신 위 계약상의 월차임을 지급하지 않는 것으로 그 계약내용을 수정하였다(이하, 수정된 계약을 ‘이 사건 임대차계약’이라 한다.).

다. 이 사건 임대차계약에 관한 계약서(갑 제12호증)에는 의정부인제병원과 함께 이 사건 건물의 소유자인 ㈜서웅물산도 임대인으로 기재되어 있으나, 위 임대차계약서 중 (주)서웅물산 명의 부분은 의정부인제병원의 실질적 운영자인 최창식이 위조한 것이고, 최창식은 위와 같은 위조행위 및 이를 이용하여 원고로부터 이 사건 건물의 임대보증금 등을 편취한 범죄사실 등으로 징역형을 선고받아 그 판결이 확정되었다.

라. 원고는 이 사건 임대차계약에 따라 의정부인제병원에게 보증금으로 2005. 3. 5. 300,000,000원, 2003. 3. 14. 1,000,000,000원, 2003. 3. 17. 700,000,000원, 2003. 3. 20. 500,000,000원 등 합계 2,500,000,000원을 지급하였고, 이와 별도로 2005. 3. 20. 500,000,000원을 대여해 주었다.

마. 그 후 원고는, 이 사건 건물 중 원고가 임차한 부분에 대한 명도가 이루어지지 않아 이 사건 임대차계약을 해지하였으나, 이미 지급한 위 보증금 및 대여금을 반환받지 못하고 있던 중, 이 사건 건물에 관하여 근저당권자들의 경매신청에 따라 개시된 의정부지방법원 2003타경54639, 56024(중복) 임의경매절차(이하, ‘이 사건 경매절차’라 한다.)에 참가하여 2005. 6. 9. 매각대금 8,110,000,000원에 매각허가결정을 받아 2005. 6. 29. 그 매각대금을 완납하고 2005. 6. 30. 원고 명의로 소유권이전등기를 마쳤다(이하, 위 소유권이전등기를 ‘이 사건 소유권이전등기’라 한다.).

바. 원고는 2005. 6. 30. 피고에게 이 사건 건물에 관한 등록세 162,200,000원, 교육세 32,440,000원을 자진신고납부하였다.

사. 그런데, 피고는 2006. 6. 12. 원고에 대하여, 이 사건 소유권이전등기가 「지방세법」제138조 제1항 제3호, 「지방세법 시행령」제102조 제2항 소정의 ‘대도시 내 전입 후 5년 이내 취득하는 부동산등기’에 해당하는 것으로 보아 중과세율 ‘300/100’을 적용하여 기납부세액을 제외하고 등록세 등 501,172,040원(등록세 423,050,040원 및 등록세액의 20/100을 납부하도록 되어 있는 교육세 78,122,000원의 합계액으로서 가산세 포함액)을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

아. 원고는 이에 불복하여 2006. 7. 21. 행정자치부장관에게 심사청구를 하였으나, 같은 해 8. 28. 그 청구가 기각되었다.

【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 12 내지 14, 19호증, 을 제1 내지 9호증의 각 기재(가지번호 붙은 증거 포함), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

⑴ 원고는 이 사건 임대차계약상의 보증금 및 대여금 채권을 보전하거나 행사할 목적으로 이 사건 경매절차에서 이 사건 건물을 경락받아 원고 명의로 소유권이전등기를 마친 것이므로, 이 사건 소유권이전등기는 「지방세법」제102조 제2항에서 등록세 중과세 대상에서 제외하도록 규정하고 있는 ‘채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기’에 해당하므로, 이와 달리 보고 이 사건 소유권이전등기에 관하여 등록세를 중과세한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

⑵ 원고가 2005. 6. 30. 이 사건 소유권이전등기에 대하여 일반세율에 의하여 등록세 신고를 하자, 피고의 직원은 이를 받아들여 등록세 납부고지서를 원고에게 발행하였는바, 이는 이 사건 소유권이전등기가 등록세 중과의 대상에서 제외된다는 점에 관한 공적인 견해를 표명한 것으로서 원고는 이를 신뢰하였음에도 불구하고, 그 뒤 피고는 이 사건 소유권이전등기에 대하여 등록세를 중과하는 이 사건 처분을 하였는바, 이는 신뢰보호의 원칙에 위배되는 부적법한 것이다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

⑴ 이 사건 건물은 2002. 10. 28. (주)서웅물산 명의로 소유권보존등기가 경료되었다.

⑵ 원고는 임대인인 의정부인제병원으로부터 이 사건 임대차계약의 목적물인 이 사건 건물의 지하 부분을 명도받지 못하였고, 이를 이유로 위 임대차계약을 해지하였음에도 불구하고 이미 지급한 임차보증금과 대여금 합계 3,000,000,000원을 반환받지도 못하고 있다가, 2003. 4. 10. 이 사건 건물에 관하여 채무자를 (주)서웅물산, 청구금액을 2,500,000,000원으로 하는 가압류를 하였다.

⑶ 이 사건 건물에 관하여, 2003. 12. 9. 근저당권자인 주식회사 한서상호저축은행 등의 신청에 의하여 이 사건 경매절차가 개시되었고, 원고는 2004. 3월경 경매법원에 권리신고 및 배당요구 신청을 하였다.

⑷ 이 사건 건물은 이 사건 경매절차에서 일괄하여 감정가액이 11,000,578,000원으로 평가되어, 제1회 매각기일의 최저매각가격은 11,000,578,000원, 제2회 매각기일의 최저매각가격은 8,800,462,000원, 제3회 매각기일의 최저매각가격은 7,040,370,000원으로 정해졌고, 한편, 위 경매절차에서 원고보다 배당 선순위인 당해세 조세채권은 172,366,240원, 근저당채권액은 합계 약 10,763,000,000원에 달하였다.

⑸ 원고는 제2회 매각기일까지 입찰자가 없어 매각이 이루어지지 않아 이 사건 건물의 최저매각가격이 저감되자, 이 사건 건물을 직접 경락받은 뒤 이를 전매하여 양도차익을 남겨서 이 사건 임대차보증금반환채권 및 대여금채권을 회수하지 못함으로써 입은 손실을 만회할 목적을 가지고, 입찰가액을 8,110,000,000원으로 하여 제3회 매각기일의 입찰에 참가하여, 2005. 6. 9. 이 사건 건물의 매각을 허가하는 매각허가결정을 받았다.

⑹ 이 사건 경매절차에서 이루어진 배당 결과, 배당할 금액이 원고보다 선순위의 조세채권액 및 근저당채권액에도 못 미쳐 원고는 전혀 배당을 받지 못하였다.

【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 6, 10 내지 15, 18 내지 20, 22 내지 23, 26, 28 내지 31호증, 을 제1, 6, 8, 9호증의 각 기재(각 가지번호 붙은 증거 포함), 변론 전체의 취지

라. 판단

⑴ 이 사건 소유권이전등기가 등록세 중과의 예외 사유에 해당한다는 주장에 대하여

㈎ 「지방세법」제138조는 ‘대도시 지역 내 법인등기 등의 중과’라는 표제 하에 제1항에서 통상의 등록세의 300/100을 중과하는 사유를 거시하고 있는데, 그 중 제3호는 ‘대도시 내로의 법인의 본점주사무소 지점 또는 분사무소의 전입 이후의 부동산등기’를 그 사유의 하나로 규정하고 있고, 한편, 「지방세법 시행령」제102조 제2항은 ‘ 법 제138조 제1항 제3호에서 대도시 내로의 법인의 본점 등 전입 이후의 부동산등기라 함은 법인 등이 전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용비업무용 또는 사업용비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다.’고 하면서, 다만, ‘채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기’는 그 범위에서 제외하고 있다.

이 사건에서 원고는 의정부인제병원으로부터 임차보증금반환채권 및 대여금채권을 회수하지 못하게 되자, 감정평가액보다 현저하게 낮은 가격에 이 사건 건물을 낙찰받은 뒤 이를 전매하여 양도차익을 남김으로써 위 채권을 회수하지 못한 손실을 만회할 목적으로 이 사건 경매절차에 참가하였는바, 위와 같은 과정에서 경료된 이 사건 소유권이전등기가 「지방세법 시행령」제102조 제2항이 정하고 있는 위 등록세 중과의 예외 사유에 해당하는지에 대하여 살펴본다.

㈏ 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다( 대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결 참조).

위 법리에 비추어보면, 대도시에 설립된 법인 등에 대한 등록세 중과 대상에서 제외되는, ‘법인이 채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기’라 함은, 채권자가 그 채권의 담보를 취득하기 위하여 하는 등기(예컨대, 채권에 대한 양도담보로 제공된 부동산에 대한 소유권이전등기), 그 채권을 변제받는 일환으로 하는 등기(예컨대, 채권에 대한 대물변제로 취득한 부동산에 대한 소유권이전등기), 그 채권의 담보권을 실행하는 과정에서 하는 등기(예컨대, 근저당권부채권의 담보물인 부동산에 대한 경매절차에서 채권자가 위 부동산을 직접 경락받아, 매각대금은 자신이 그 경매절차에서 배당받을 금액으로 상계하고서 위 부동산에 대하여 하는 소유권이전등기) 등과 같이, 채권자가 가지고 있는 해당 채권이 직접적으로 보전되거나 행사된 것으로 볼 수 있는 경우에 한정된다 할 것이다.

이와는 달리, 법인이 채권을 회수하지 못하여 손실을 입게 되자 그 손실을 만회하는 방편으로서 부동산의 양도차익을 남길 목적으로 부동산을 경락받아서 한 소유권이전등기는, 설사 그 법인이 그 부동산을 전매하여 경제적으로는 채권 미회수의 손실을 보전할 정도의 양도차익을 얻었다 하더라도, 법률적으로는 그 해당 채권이 보전되거나 행사되었다고 할 수 없으므로(즉, 법인이 부동산의 전매에 따른 양도차익을 얻었는지에 상관 없이 그 해당 채권은 아무런 변동 없이 그대로 존재한다.), 이를 위 등록세 중과의 예외 사유에 포함된다고 할 수 없고(만일, 이러한 경우도 채권을 보전하거나 행사한 경우에 포함된다고 하면, 불량채권을 가진 채권자가 그 손실을 만회하기 위하여 양도차익을 얻을 목적으로 경료하는 모든 소유권이전등기를 등록세 중과의 예외 사유로 보게 될 여지도 있다.), 이러한 결론은, 이 사건의 경우와 같이, 임차보증금반환채권의 채권자가 그 임대차의 목적물이 포함된 부동산에 대한 경매절차에 참가하여 부동산을 경락받았다고 하더라도 달라지지 않는다.

㈐ 나아가, 「지방세법」제138조가 대도시에 설립된 법인 등에 대하여 법인등기를 하는 경우 및 그 법인이 부동산을 취득하는 경우에 고율의 등록세를 중과하고 있는 것은 법인들의 대도시 집중을 막고 지방에서의 기업활동을 촉진하려는 데 그 취지가 있다 할 것이고, 반면, 대도시에 설립된 법인 등이 채권을 보전하거나 행사하는 것은 법인에게 반드시 필요하고 요구되는 행위라고 할 것이어서, 그 과정에서 하게 된 부동산등기까지 등록세를 중과하는 것은 타당하지 않다는 고려에서 「지방세법 시행령」제102조 제2항이 그 예외를 규정하고 있다고 할 것인데, 이 사건의 경우와 같이 기존 채권의 보전 또는 행사를 목적으로 하는 것이 아니라, 기존 채권을 회수하지 못한 데 따른 손실을 만회하기 위한 별도의 방법으로 양도차익을 실현하려는 행위는 「지방세법 시행령」제102조 제2항이 등록세 중과의 예외를 둔 취지에도 부합하지 않는다.

㈑ 그렇다면, 원고가 이 사건 건물을 경락받아 경료한 이 사건 소유권이전등기는 등록세의 중과 규정이 예외적으로 배제되는 ‘채권의 보전 또는 행사를 목적으로 하는 부동산등기’에 해당하지 아니하므로, 이와 같은 전제에서 한 피고의 이 사건 처분은 정당하다.

{원고는, 이 사건 건물의 소유자인 (주)서웅물산도 이 사건 임대차의 공동임대인으로서 원고의 임차보증금반환채권 및 대여금 채권의 채무자라는 취지로 주장하고 있으나, 이 사건 소유권이전등기를 채권을 보전 또는 행사할 목적으로 하는 부동산등기라고 보지 않는 이상, (주)서웅물산이 이 사건 임대차의 임대인인지 여부는 이 사건 소유권이전등기가 등록세 중과의 예외 사유에 해당하는지와 아무런 상관이 없다.}

⑵ 신뢰보호의 원칙 위배 주장에 대하여

등록세는 이른바 신고납세방식을 채택하고 있어서 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세요건의 충족 여부를 조사확인하고 이에 관계되는 세법을 적용하여 과세표준과 세액을 신고함으로써 조세채무가 확정되고, 다만 그 신고 내용에 오류, 탈루가 있어 과세관청이 결정 또는 경정결정을 할 경우에는 보충적으로 그 때에 조세채무가 확정되는 것인바, 원고가 이 사건 소유권이전등기에 관하여 일반 세율에 따라 등록세를 신고납부하자 피고의 직원이 이를 접수하여 등록세 납부고지서를 발행하여 주었다고 하여 피고가 이 사건 소유권이전등기에 대하여 등록세가 중과되지 않는다는 점에 관하여 공적인 견해를 표명하였다고 할 수는 없으므로, 이후 피고가 조사를 거쳐 이 사건 소유권이전등기에 등록세 중과 규정이 적용되어야 한다고 판단하여 한 이 사건 처분이 기존의 견해 표명에 반하는 것이라고 할 수도 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리 하여 부당하므로, 제1심 판결을 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-의정부지방법원 2008. 1. 15. 선고 2006구합6029 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고가 2006. 6. 12. 원고에 대하여 한 등록세 등 501,172,040원(각 가산세를 포함한 등록세 423,050,040원, 교육세 78,122,000원의 합계액)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 1991. 12. 17. 부산 동구 수정동 1-10에서 장의사업, 예식업, 관혼상제알선업 등을 목적으로 설립된 주식회사로, 그 본점소재지를 2004. 7. 6. 서울 마포구 서교동 447-4 유아이빌딩으로, 2005. 11. 19. 서울 강남구 역삼동 642-19 역삼하이츠빌딩 3층으로 순차 이전하여 그에 관한 등기를 마쳤다.

나. (1) 원고는 2003. 3. 5. ㈜서웅물산, 의정부인제병원(변경 전 명칭 : 의정부고려병원)으로부터 기간을 2003. 4. 4.부터 2009. 4. 3.까지, 보증금을 1,500,000,000원, 월차임을 15,000,000원으로 각 정하여 의정부시 신곡동 23-2대 4,165㎡, 23-6대 365㎡ 지상 철근콘크리트조 평스라브지붕 4층 의료시설 지하 1층 2941.62㎡, 1층 908.64㎡, 2층 901.89㎡, 3층901.89㎡, 4층 901.89㎡, 옥탑 1층 74.97㎡, 옥탑 2층 61.20㎡(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다) 중 지하 1층 부분을 임차하기로 하는 내용의 임대차계약을 체결하였고, 2003. 3. 17. 보증금을 1,000,000,000원 더 지급하는 대신 위 계약상의 월차임을 지급하지 않는 것으로 그 계약내용을 수정하였다(이하 수정된 계약을 ‘이 사건 임대차계약’이라 한다).

(2) 그에 따라 원고는 (주)서웅물산, 의정부인제병원에게 보증금으로 2005. 3. 5. 300,000,000원, 2003. 3. 14. 1,000,000,000원, 2003. 3. 17. 700,000,000원, 2003. 3. 20. 500,000,000원 등 합계 2,500,000,000원을 지급하였고, 이와 별도로 2005. 3. 20. 그들에게 500,000,000원을 대여해 주었다.

다. (1) 그 후 원고는, 이 사건 건물 중 원고의 임차부분에 대한 명도가 이루어지지 않아 이 사건 임대차계약을 해지하였으나, 이미 지급한 위 보증금 및 대여금을 반환받지 못하고 있던 중, 이 사건 건물에 관하여 근저당권자들의 경매신청에 따라 개시된 이 법원 2003타경54639, 56024(중복) 임의경매절차(이하 ‘이 사건 경매절차’라고 한다)에 참가하여 2005. 6. 9. 매각대금 8,110,000,000원에 매각허가결정을 받아 2005. 6. 29. 그 매각대금을 완납하고 2005. 6. 30. 원고 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다.

(2) 원고는 2005. 6. 30. 피고에게 이 사건 건물에 관한 등록세 162,200,000원, 교육세 32,440,000원을 자진신고납부하였다.

라. 피고는 2006. 6. 12. 원고에 대하여, 원고의 이 사건 건물에 관한 위 소유권이전등기가 「지방세법」제138조 제1항 제3호(2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것), 같은 법 시행령 제102조 제2항 소정의 ‘대도시 내 전입 후 5년 이내 취득하는 부동산등기’에 해당하는 것으로 보아 중과세율 ‘100분의 300’을 적용하여 기납부세액을 제외하고 등록세 등 501,172,040원(각 가산세를 포함한 등록세 423,050,040원, 교육세 78,122,000원의 합계액)을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

마. 이에 불복하여 원고는 2006. 7. 21. 행정자치부장관에게 심사청구를 하였으나, 같은 해 8. 28. 그 청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 6, 12 내지 14, 19호증, 을 1 내지 9호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 임대차계약상의 보증금 및 대여금 채권을 보전하거나 행사할 목적으로 이 사건 경매절차에서 이 사건 건물을 경락받고 원고 앞으로 소유권이전등기를 마친 것이므로, 원고 앞의 위 소유권이전등기는 「지방세법」제102조 제2항에서 등록세 중과세 대상에서 제외하도록 규정하고 있는 ‘채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기’에 해당함에도 불구하고, 이에 해당하지 않는다고 보아 등록세 등을 중과세한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고는 이 사건 임대차계약의 목적물인 이 사건 건물의 지하 부분을 명도받지 못하여 위 계약을 해지하였음에도 이미 지급한 보증금과 대여금 합계 3,000,000,000원을 반환받지 못하고 있던 중, 이 사건 건물을 소유하고 있던 공동임대인 중 (주)서웅물산이 부도를 낸 사실을 알게 된바, 이 사건 건물에 관하여 채무자를 (주)서웅물산, 청구금액을 2,500,000,000원으로 한 가압류신청을 하여, 2003. 4. 10. 부산지방법원 2003카합872호로 같은 내용의 가압류결정을 받았고, 이 사건 경매절차가 개시된 후에는 2004. 3.경 경매법원에 권리신고 및 배당요구 신청을 하였다.

(2) 이 사건 건물은 이 사건 경매절차에서 일괄경매되어 그 감정가액이 11,000,578,000원으로 평가되었는데, 체납처분된 당해세액은 172,366,240원, 근저당권자 등 원고보다 선순위인 채권자들의 채권액은 합계 약 10,763,000,000원에 달하였다. 2004. 5. 19. 매각명령에 따라 제1회 매각기일(2004. 6. 2.)의 최저매각가격은 11,000,578,000원, 제2회 매각기일(2004. 7. 7.)의 최저매각가격은 8,800,462,000원, 제3회 매각기일(2004. 8. 11.)의 최저매각가격은 7,040,370,000원으로 정해졌는데, 원고는 제2회 기일까지 입찰자가 없어 매각이 이루어지지 않자, 이 사건 건물을 직접 매수하기로 하고 입찰가액을 8,110,000,000원으로 하여 제3회 기일의 입찰에 참가한바, 2005. 6. 9. 원고에게 이 사건 건물의 매각을 허가하는 매각허가결정이 내려졌다. 실제 배당이 이루어진 결과, 배당할 금액은 위 채납처분된 세액과 위 근저당권자들의 채권액에 나누어 배당하기에도 부족하여 원고에 대하여는 전혀 배당이 이루어지지 않았다.

(3) 이 사건 경매절차에서부터 이 사건 건물 중 지하 부분은 이도성, 정미경, 정연태 등이, 1층 내지 3층과 4층 중 일부는 (주)삼성메디칼과 (주)삼성월드디벨롭 등이, 4층 중 나머지 일부는 이영우 등이 그 점유권을 주장하였고, (주)삼성메디칼과 (주)넥스트디씨, 김태성 등이 그 유치권을 주장하였는데, 원고가 이 사건 건물에 관하여 소유권을 취득한 이후에도 위 점유권, 유치권을 주장하는 자들과의 경락부동산인도명령, 점유이전금지가처분, 건물명도청구 등 여러 건의 관련 소송이 계속되어 이 사건 건물을 명도받지 못하고 있다가, 2007. 10.경에 이르러서야 이 법원의 2005. 12. 26.자 2005타기3662 경락부동산인도명령에 따른 명도 집행이 완료되어 이 사건 부동산을 명도받았다.

(4) 원고는 현재 상당기간 방치되어 온 이 사건 건물의 매각을 추진하기 위하여 보수공사를 시행하고 있다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 3, 6, 10 내지 15, 18 내지 20, 22 내지 23, 26, 28 내지 30호증, 을 1, 6, 8, 9호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 피고는 원고의 이 사건 소가 재결서의 정본을 송달받은 날로부터 90일을 도과하여 제기된 것이므로 부적법하다고 주장하나, 을 6, 7호증의 각 기재에 의하면, 원고는 이 사건 처분 후 2006. 7. 21. 행정자치부장관에게 심사청구를 하여 2006. 9. 25. 그 기각결정을 송달을 받은 다음 2006. 12. 26. 이 사건 소를 제기한 사실을 인정할 수 있는바, 기간의 말일(2006. 12. 24.)과 그 다음날(2006. 12. 25.)이 모두 공휴일에 해당하여 그 다음날인 2006. 12. 26.에 제소기간이 만료되는 것이라고 봄이 상당하므로, 이 사건 소는 적법하다.

(2) 위 인정사실에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 점들, 즉 원고는 이 사건 임대차계약을 통해 이 사건 건물 중 지하에서 목적 사업을 영위하고자 하였으나 임차 부분을 명도받지 못하여 사업을 개시하지도 못한 채 이 사건 임대차계약을 해지하였던 점, 원고는 (주)서웅물산이 부도를 낸 사실을 알게 되자 3,000,000,000원 달하는 보증금 및 대여금 채권을 보전하기 위해 이 사건 건물에 가압류 신청을 하는 한편 이 사건 경매절차에 권리신고 및 배당요구 신청을 하는 등 채권보전을 위한 일반적인 법적 조치를 취하였던 점, 이 사건 건물의 감정평가액, 체납처분된 당해세액과 근저당권자 등 원고보다 선순위인 채권자들의 채권액 규모, 경매가 2차례나 유찰되어 최저매각가격이 상당히 저감된 사정 등을 고려할 때, 원고로서는 이 사건 건물을 직접 경락받아 전매시의 차익을 기대하는 외에는 달리 위 보증금 및 대여금 채권을 회수할 수 있는 방법이 없음이 객관적으로 명백한 상황이었으므로, 원고가 이 사건 경매절차에서 이 사건 건물을 경락받게 된 주된 목적은 위 보증금 및 대여금 채권의 보전하기 위한 것이었다고 봄이 상당한 점, 원고가 2005. 6. 30. 그의 앞으로 이 사건 건물에 관한 소유권이전등기를 경료한 이래 이를 처분하지 못하고 있다 하더라도, 이는 이 사건 건물에 관하여 점유권이나 유치권을 주장하는 자들과의 관련 소송이 계속되었던 탓에 2007. 10.경에 이르러서야 이 사건 건물을 명도받을 수 있었기 때문이고, 현재 이 사건 건물을 매각하기 위한 노력을 기울이고 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 원고는 위 보증금 및 대여금 채권을 보전하거나 행사할 목적으로 이 사건 건물을 취득한 것일 뿐 원고의 본점 전입 혹은 지점의 설치 등과 관련하여 이를 취득한 것이 아니므로, 원고의 이 사건 건물에 관한 소유권이전등기는 「지방세법 시행령」제102조 제2항에서 등록세 중과세의 대상에서 제외하는 ‘채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기’에 해당한다고 할 것이다(원고가 채권의 보전이나 행사를 주된 목적으로 하여 이 사건 건물을 취득하였음이 인정되는 이상, 채권액의 약 2.7배에 해당하는 정도의 자금을 들여 이 사건 건물을 취득였다거나, 이 사건 건물의 전매과정에서 채권을 보전하는 것 이상으로 경제적인 이익이 발생될 것이 어느 정도 예상된다는 사정만으로는 이와 달리 볼 수 없다).

(3) 이에 대하여, 피고는 「지방세법 시행령」제102조 제2항의 등록세 중과세 대상에서 제외되는 부동산등기에 관한 ‘채권’은 당해 부동산과 관련된 직접적인 채권에 한정되어야 하는데, 원고는 최창식에게 속아 권한 없는 자들과 이 사건 임대차계약을 체결한 것이어서 이 사건 건물에 관한 직접적인 채권을 가지고 있지 않는 것이므로 등록세 중과세 대상에서 제외될 수 없다는 취지의 주장을 하나, 「지방세법 시행령」제102조 제2항은 등록세 중과세 대상에서 제외되는 부동산등기에 관하여 ‘채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는’ 부동산등기라고만 규정하고 있을 뿐 그 채권의 발생원인 및 취득경위에 대하여 아무런 제한을 두고 있지 아니하고 있으므로, 설령 원고가 권한 없는 자들과 임대차계약을 체결하고 그에 따라 지급한 임대차보증금 등의 반환채권을 회수하기 위하여 이 사건 건물을 취득한 것이라고 하더라도, 이를 위 시행령 제102조 제2항 소정의 ‘채권을 행사할 목적으로 하는’ 부동산 취득에 해당하지 않는다고 볼 수는 없으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

3. 결론

따라서, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.