구 소득세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것) 제168조의3은 지정지역의 지정기준을 주택매매가격상승률과 지가상승률로 이원화하고 있고, 그에 따라 재정경제부장관도 지정지역을 주택에 관한 지정지역과 주택 외의 부동산에 관한 지정지역으로 구분하여 지정하고 있는 점, 주택에 관한 지정지역은 그 지역에 있는 주택의 매매가격상승률이 일정수준 이상으로 높아 주택에 대한 투기적 수요가 우려되어 그에 대한 세제상의 불이익을 가할 목적으로 지정된 지역이므로 그와 같은 투기적 수요의 우려가 없는 주택 외의 부동산에 대해서까지 지정지역에 있다는 이유만으로 주택의 경우와 동일하게 세제상의 불이익을 가하는 것은 지정지역의 취지에 반하는 점 등을 고려하면, 주택에 관한 지정지역은 그 지역에 소재하는 주택에 관해서만 지정지역으로서 법적 효력을 지니고 그 외의 부동산에 관하여는 그와 같은 법적 효력이 없다고 보아야 하며, 이러한 법리는 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라 한다)에서 인용하고 있는 지정지역에 관하여도 그대로 적용된다고 할 것이므로, 주택에 관한 지정지역에서 주택 외의 부동산을 대체취득하는 경우는 구 지방세법 제109조 제1항 제1호 (다)목 단서 조항에 해당하지 않는다고 해석하는 것이 타당하다.

상고이유를 판단한다.

1. 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제109조 제1항 본문은 ‘관계 법령의 규정에 의하여 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산 등이 매수 또는 수용되거나 철거된 자가 계약일 또는 당해 사업인정고시일 이후에 대체취득할 부동산 등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년 이내에 이에 대체할 다음 각 호의 구분에 따른 지역에서 부동산 등을 취득한 때에는 그 취득에 대한 취득세를 부과하지 아니한다’고 규정하면서, 그 제1호 (다)목에서 농지 외의 부동산 등에 관하여 "매수·수용·철거된 부동산 등이 소재하는 특별시·광역시·도와 연접한 특별시·광역시·도 내의 지역. 다만 소득세법 제104조의2 제1항의 규정에 따른 지정지역은 제외한다."고 규정하고 있고(위 단서 조항을 이하 ‘이 사건 단서 조항’이라 한다), 구 「지방세법」제127조의2 제2항은 " 제109조의 규정에 의하여 취득세가 비과세되는 부동산 등의 등기·등록에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다."고 규정하고 있다.

그리고 구 소득세법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조의2 제1항은 "재정경제부장관은 당해 지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있는 경우에 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정지역으로 지정할 수 있다."고 규정하고, 그 위임에 의한 구 소득세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제168조의3 제1항 전문은 구 소득세법 제104조의2 제1항 소정의 지정지역에 관하여 ‘주택매매가격상승률과 지가상승률이 각 일정수준 이상인 지역으로서 재정경제부장관이 지정하는 지역을 말한다’고 규정하고 있으며, 그에 따라 재정경제부장관은 지정지역을 주택에 관한 지정지역과 주택 외의 부동산에 관한 지정지역으로 구분하여 지정하고 있다.

2. 원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 채용 증거를 종합하여 ① 원고 소유의 서울 마포구 상암동 (지번 1 생략) 대 2,955㎡ 및 그 지상 건물이 에스에이치(SH) 공사가 시행하는 공익사업용 부동산으로 편입됨에 따라 원고가 2007. 6. 29. 에스에이치 공사로부터 수용보상금 6,736,681,280원을 수령한 사실, ② 원고는 위 부동산을 대체하기 위하여 2008. 6. 9. 신우이앤씨 주식회사로부터 안양시 만안구 석수동 (지번 2 생략) 등 2필지 토지 및 그 지상 근린생활시설(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 50억 원에 매수한 후 같은 달 25일 그에 관한 소유권이전등기를 마친 사실, ③ 이에 관하여 원고는 2008. 6. 25. 피고에게 등록세 1억 원 등을, 같은 해 7. 14. 취득세 1억 원 등을 각 신고납부한 사실( 구 「지방세법」제72조 제1항에 의하면 이러한 신고납부를 처분으로 보므로 이를 이하 ‘이 사건 처분’이라 하고, 위 취득세, 등록세 등을 이하 ‘취득세 등’이라 한다), ④ 재정경제부장관은 구 소득세법 시행령 제168조의3의 위임에 따라 2003. 5. 29. 안양시 전체를 주택에 관한 지정지역으로, 2005. 7. 20. 안양시 동안구를 주택 외의 부동산에 관한 지정지역으로 각 지정한 사실 등을 인정한 다음, 이 사건 단서 조항은 구 소득세법 제104조의2 제1항에 따른 ‘지정지역’을 취득세 비과세지역에서 제외한다고만 규정하고 있을 뿐 ‘지정지역 안의 부동산'을 취득세 비과세대상에서 제외한다고 규정하고 있지는 않으므로, 조세법규에 관한 엄격해석원칙 등에 비추어 원고가 구 소득세법 제104조의2 제1항에 따른 ‘지정지역'에서 이 사건 부동산을 취득한 이상 이 사건 단서 조항에 의하여 취득세 등의 비과세대상에서 제외되어야 한다고 판단하였다.

3. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유로 수긍할 수 없다.

구 소득세법 시행령 제168조의3은 지정지역의 지정기준을 주택매매가격상승률과 지가상승률로 이원화하고 있고, 그에 따라 재정경제부장관도 지정지역을 주택에 관한 지정지역과 주택 외의 부동산에 관한 지정지역으로 구분하여 지정하고 있는 점, 주택에 관한 지정지역은 그 지역에 소재하는 주택의 매매가격상승률이 일정수준 이상으로 높아 주택에 대한 투기적 수요가 우려되어 그에 대한 세제상의 불이익을 가할 목적으로 지정된 지역이므로 그와 같은 투기적 수요의 우려가 없는 주택 외의 부동산에 대해서까지 그 지정지역에 소재한다는 이유만으로 주택의 경우와 동일하게 세제상의 불이익을 가하는 것은 지정지역의 취지에 반하는 점 등을 고려하면, 주택에 관한 지정지역은 그 지역에 소재하는 주택에 관해서만 지정지역으로서의 법적 효력을 지니며 그 외의 부동산에 관하여는 그와 같은 법적 효력이 없다고 보아야 하고, 이러한 법리는 지방세법에서 인용하고 있는 지정지역에 관하여도 그대로 적용된다고 할 것이므로 주택에 관한 지정지역에서 주택 외의 부동산을 대체취득하는 경우는 이 사건 단서 조항에 해당하지 않는다고 해석함이 타당하다 .

원심이 인정한 바와 같이 재정경제부장관은 2003. 5. 29. 안양시를 주택에 관한 지정지역으로, 2005. 7. 20. 안양시 동안구를 주택 외의 부동산에 관한 지정지역으로 각 지정하였고, 원고는 2008. 6. 25. 안양시 만안구에 소재하는 주택 외의 부동산인 이 사건 부동산을 대체취득하였는바, 이러한 사정을 위 법리에 비추어 살펴보면 이 사건 부동산이 소재하는 안양시 만안구는 주택에 관한 지정지역으로 지정되었을 뿐 주택 외의 부동산에 관한 지정지역으로 지정된 적은 없으므로 이 사건 부동산의 취득과 그에 관한 등기는 이 사건 단서 조항의 적용대상이 될 수 없다고 할 것이다.

그럼에도 이와 달리 원심은 이 사건 부동산의 취득과 그에 관한 등기는 이 사건 단서 조항에 의하여 취득세 등의 비과세대상에서 제외된다고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 이 사건 단서 조항에 관한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

4. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2009. 11. 13. 선고 2009누10637 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결의 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

⑴ 원고는 이 사건 수용부동산을 대체하기 위하여 이 사건 수용부동산이 소재한 서울특별시와 연접한 경기도 안양시에 소재한 이 사건 취득부동산을 취득하였으므로, 그 취득은 「지방세법」제109조 제1항 제1호 다목, 제127조의2 제2항에 의하여 취득세 등 비과세 대상에 해당한다.

⑵ 「지방세법」제109조 제1항 제1호 다목 단서는 소득세법 제104조의2 제1항의 규정에 따른 지정지역 안의 부동산 취득을 취득세 비과세 대상에서 제외하고 있으나, 재정경제부장관은 2003. 5. 29. 주택에 관하여 안양시를 지정지역으로, 2005. 7. 20. 주택 외의 부동산에 관하여 안양시 동안구를 지정지역으로 각 지정하였을 뿐이므로, 안양시 만안구에 위치한 주택 외의 부동산인 이 사건 취득부동산은 위 단서 조항에서 정한 지정지역 안의 부동산에 해당하지 않는다.

⑶ 그럼에도 피고는 재정경제부장관이 안양시를 지정지역으로 지정하였다는 사실만을 근거로 위 지정지역의 대상 부동산인 주택이 아닌 이 사건 부동산에 관하여도 위 단서 조항을 적용하여 취득세 등을 부과하는 이 사건 처분을 하였는바, 이는 위 단서 조항의 입법취지에도 어긋날 뿐만 아니라 조세법률주의의 원칙상 허용되지 않는 확장해석 또는 유추해석에 의한 것이어서 위법하다.

나. 관련법령

별지 관련법령 기재와 같다.

다. 판단

소득세법상 '지정지역 안의 부동산'에 관하여는 양도소득세 부과에 있어 기준시가가 아닌 실지거래가액에 의하여 양도가액을 계산하고 일정한 가산세율을 적용하게 되는데, 위 '지정지역 안의 부동산'은 지정지역 안에 소재하는 모든 부동산을 의미하는 것이 아니라 대통령령이 정하는 일정한 종류의 부동산을 의미한다. 한편, 갑 제8 내지 10호증(각 가지번호 포함)의 각 기재를 종합하면 실제로 재정경제부장관(현 기획재정부장관, 이하 같다)이 지정지역을 지정함에 있어서도 지정지역만을 따로 지정한 것이 아니라 대상 부동산 종류별로 지정지역을 지정하여 왔으며, 2003. 5. 29. 주택에 관하여 안양시를 지정지역으로, 2005. 7. 20. 주택 외의 부동산에 관하여 안양시 동안구를 지정지역으로 각 지정한 사실은 인정된다.

그러나, ① 소득세법 제104조의2는 제1항에서 재정경제부장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역을 지정지역으로 지정할 수 있다고 규정하고, 같은 조 제2항에서 실지거래가액에 의하여 양도가액을 계산하고 일정한 가산세율을 적용하는 '지정지역 안의 부동산'은 위 지정지역에 소재하는 부동산 중 대통령령이 정하는 부동산을 말한다고 규정하여 '지정지역'과 '지정지역 안의 부동산'을 구별하여 규정하고 있는 점(재정경제부장관의 안양시에 대한 위 지정지역 지정 당시의 근거법령인 2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 구 소득세법 및 같은 법 시행령의 규정도 마찬가지이다), ② 「지방세법」제109조 제1항 제1호 가목 단서는 소득세법 제104조의2 제1항의 규정에 따른 '지정지역'을 제외한다고만 규정하고 있을 뿐 소득세법 제104조의2 제2항의 규정에 따른 '지정지역 안의 부동산' 취득을 제외한다고 규정하고 있지는 않은바, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으므로(대법원 2004.5.27. 선고 2002두6781 판결 등 참조), 위 단서조항을 법문대로 소득세법 제104조의2 제1항에서 정한 지정지역 안에서 대체부동산을 취득할 경우 부동산의 종류에 관계 없이 취득세 비과세 대상에서 제외된다고 해석하는 것이 조세법률주의에 반한다거나 합리적인 이유 없는 확장해석 또는 유추해석이라고 볼 수는 없는 점, ③ 투기지역의 가격상승이익에 대하여 적절히 과세함으로써 투기억제에 효과적으로 대처하고자 하는 위 소득세법 조항의 입법취지와 수용보상금이 투기성 유동자금으로 유입되어 부동산가격상승의 요인으로 작용하는 것을 방지하기 위하여 대체부동산 취득시의 취득세 등 비과세대상지역의 범위를 제한하고자 하는 위 지방세법 조항의 입법취지가 서로 유사하기는 하나, 서로 별개인 위 각 법률 조항의 입법목적 달성을 위하여 실지거래가격에 의하여 과세하는 부동산의 범위와 취득세 비과세대상에서 제외하는 부동산의 범위가 반드시 일치하는 것이라고 볼 수도 없는 점 등의 사정을 종합하여 보면, 원고가 소득세법 제104조의2 제1항에서 정한 '지정지역'에서 이 사건 취득부동산을 취득한 이상 이는 「지방세법」제109조 제1항 제1호 가목 단서 의하여 취득세 등 비과세 대상에 해당하지 않는다고 할 것이므로, 이와 같은 전제에서 이루어진 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 제1심 판결은 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-수원지방법원 2009. 3. 30. 선고 2008구합10950 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 별지목록 기재 순번 1. 부동산(이하에서는 ‘이 사건 수용부동산’이라고 한다)의 소유자였으나, 위 부동산이 소외 에스에이치(SH) 공사가 시행하는 공익사업용 부동산으로 편입됨에 따라 2007. 6. 29. 에스에이치(SH) 공사로부터 수용보상금 6,736,681,280원을 수령하였다.

나. 이후 원고는 이 사건 수용부동산을 대체하기 위하여 2008. 6. 9. 소외 신우이앤씨주식회사로부터 별지목록 기재 순번 2. 부동산(이하에서는 ‘이 사건 취득부동산’이라고 한다)을 매수한 후 같은 달 25. 소유권이전등기를 경료함으로써 위 순번 2. 부동산을 대체취득하고, 같은 날 피고에게 등록세 100,000,000원, 지방교육세 20,000,000원을, 같은 해 7. 14. 취득세 100,000,000원, 농어촌특별세 10,000,000원을 각 신고납부( 「지방세법」제72조 제1항의 규정에 따라 위 각 신고납부를 통칭하여 ‘이 사건 처분’이라 하고, 위 등록세, 취득세, 지방교육세, 농어촌특별세를 통칭하여 ‘취득세 등’이라고 한다)하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(각 가지번호 포함), 갑 제6호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

(1) 이 사건 취득부동산은 토지수용 등으로 인하여 원고가 대체취득한 것으로서 「지방세법」제109조 제1항, 제127조의2 제2항의 각 규정에 따라 취득세 등을 과세할 수 없는 부동산임에도 불구하고, 피고는 같은 법 제109조 제1항 제1호 다목 단서에 따라 이 사건 취득부동산이 소득세법 제104조의2 제1항에서 규정하고 있는 지정지역에 위치하고 있다는 이유로 취득세 등에 관한 이 사건 처분을 하였다.

(2) 그러나 구 소득세법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 일부개정되기 전의 것) 제104조의2 제1항에 따라 재정경제부 장관이 2003. 5. 29. 주택에 한하여 안양시를 지정지역으로 지정하였고, 주택 외의 부동산에 대하여는 2005. 7. 20. 안양시 동안구를 지정지역으로 지정하였을 뿐이므로, 대지, 근린생활시설 및 도로로서 안양시 만안구에 위치한 이 사건 취득부동산은 「지방세법」제109조 제1항 제1호 다목 단서에 해당하지 않는다.

(3) 따라서 이 사건 취득부동산이 위 「지방세법」제109조 제1항 제1호 다목 단서에 해당함을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관련법령

별지 관련법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다( 대법원 2004. 5. 27. 선고 2002두6781 판결 등 참조).

(2) 돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 「지방세법」제109조 제1항 제1호 다목 본문 소정의 대체취득의 경우에도 취득세가 부과되도록 규정한 같은 목 단서규정은 ‘ 소득세법 제104조의2 제1항의 규정에 따른 지정지역’ 내 부동산을 대체취득한 경우라고 규정하고 있고, 소득세법 제104조의2 제1항은 ‘지정지역’으로 지정될 수 있는 요건을 규정하고 있을 뿐이며, 같은 법 제104조의2 제2항에서 비로소 ‘ 제96조 제2항 제7호 및 제104조 제4항 제1호와 제2호에서의 지정지역 안의 부동산이라 함은 제1항의 규정에 의한 지정지역에 소재하는 부동산 중 대통령령이 정하는 부동산을 말한다’고 규정하고 있는바, 결국 「지방세법」제109조 제1항 제1호 다목 단서에서 인용한 소득세법 제104조의2 제1항은 지정지역의 지정과 관련하여 부동산의 종류를 구분하고 있지 아니하므로, 원고의 주장과 같이 2003. 5. 29. 안양시 전체가 이미 지정지역으로 지정되어 있는 이상 안양시 내에 있는 부동산을 대체취득하는 경우에는 취득한 부동산의 종류를 불문하고 「지방세법」제109조 제1항 제1호 다목 단서에 따라 취득세 비과세 대상에 해당하지 아니하고, 나아가 같은 법 제127조의2 제2항에 따라 등록세 비과세 대상에도 해당하지 않는다고 할 것이다.

(3) 따라서 이 사건 처분은 「지방세법」제109조 제1항 제1호 다목 단서에 따른 적법한 처분이므로, 이에 반하는 원고의 위 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

【참조조문】

구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제109조 제1항 제1호 (다)목

지방세특례제한법 제73조 제1항 제1호 (다)목

제127조의2 제2항

구 소득세법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되