1. 처분의 경위

가. 원고는 2005. 4. 1. 공학 및 기술연구개발, 자동차 부품의 제조 등을 목적으로 하여 설립된 법인으로서, 2005. 8. 3. 인천지방 중소기업청장으로부터 예비벤처기업확인서를 발급받고, 2005. 9. 29. 인천 부평구 ○○○○ 소재 토지 6,674㎡ 및 건물 7,011.44㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 취득하였으며, 이에 관하여 조세특례제한법 제6조 제2항, 제119조 제3항 제1호, 제120조 제3항에 의한 창업벤처중소기업이 창업일로부터 2년 이내에 취득한 사업용 부동산의 취득, 등기로서 취득세(농어촌특별세 포함), 등록세(지방교육세 포함)를 면제받았다.

나. 이후 피고는 원고가 이 사건 부동산을 취득할 당시 예비벤처기업에 불과하였고, 예비벤처기업은 조세특례제한법 소정의 창업벤처중소기업에 해당되지 않는다는 이유로, 이 사건 부동산 중 기업부설연구소용에 직접 사용하고 있는 부분을 제외한 나머지 부분(토지 4,747㎡, 건물 4,987.14㎡)에 대하여 2006. 11. 10. 취득세 101,942,460원, 농어촌특별세 10,194,240원을, 2006. 12. 12. 등록세 101,942,460원, 지방교육세 20,388,490원을 각 부과, 고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 7, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 2005. 8. 3. 인천지방 중소기업청장으로부터 예비벤처기업확인서를 발급받았고, 그 후 2006. 3. 3. 벤처기업확인서를 발급받았는데, 위 각 확인서의 유효기간이 2005. 8. 3.부터 2007. 8. 2.까지로 동일하게 기재되어 있고, 예비벤처기업으로 확인받은 이후에는 별도의 절차를 거치지 않고 6개월이라는 시간의 경과만으로 벤처기업의 확인을 받게 되는 점 등에 비추어 보면, 예비벤처기업 역시 벤처기업에 해당한다고 봄이 합리적이므로 원고가 조세특례제한법상 ‘벤처기업으로 확인받은 날’은 예비벤처기업확인서를 발급받은 2005. 8. 3.이라고 보아야 할 것이고, 그로부터 2년 이내에 취득한 이 사건 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세가 면제되어야 한다.

나. 관계법령

◆ 구 조세특례제한법(2006. 12. 30 법률 제8138호로 개정되기 전의 것) 제6조 【창업중소기업등에 대한 세액감면】

② 벤처기업육성에관한특별조치법 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업 중 대통령령이 정하는 기업으로서 창업 후 2년 이내에 동법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 "창업벤처중소기업"이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항의 규정을 적용받는 경우를 제외하며, 감면기간중 벤처기업의 확인이 취소된 경우에는 취소일이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다.

제119조 【등록세의 면제등】 ③ 다음 각호의 1에 해당하는 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 제1호의 경우 등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용ㆍ처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.

1. 창업중소기업, 창업벤처중소기업 및 고용창출형창업기업(수도권과밀억제권역내에 소재하는 고용창출형창업기업을 제외한다. 이하 이 조, 제120조 및 제121조에서 같다)이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 관한 등기

제120조 【취득세의 면제등】 ③ 창업중소기업, 창업벤처중소기업 및 고용창출형창업기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용ㆍ처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.

◆ 조세특례제한법 시행령제5조 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】

④ 법 제6조제2항에서 "대통령령이 정하는 기업"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 기업을 말한다.

1. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조의2의 요건을 갖춘 중소기업(동조제1항제3호 나목에 해당하는 중소기업을 제외한다)

◆ 구 벤처기업육성에 관한 특별조치법(2006. 3. 3. 법률 제7868호로 개정되기 전의 것)제25조 【벤처기업의 해당 여부에 대한 확인】

① 벤처기업으로서 이 법에 의한 지원을 받고자 하는 기업은 벤처기업 해당 여부에 관하여 중소기업청장에게 확인을 요청할 수 있다.

② 중소기업청장은 제1항의 규정에 의하여 요청을 받은 경우에는 산업자원부령이 정하는 기간내에 확인하여 그 결과를 요청인에게 통지하여야 한다. 이경우 당해 기업이 벤처기업에 해당하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 유효기간을 정하여 벤처기업확인서를 발급하여야 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 확인절차 등에 관하여 필요한 사항은 산업자원부령으로 정한다.

◆ 구 벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령(2006. 3. 23. 대통령령 제19395호로 개정되기 전의 것) 제18조의3 【벤처기업확인서의 유효기간】 법 제25조제2항 후단의 규정에 의한 벤처기업확인서의 유효기간은 다음 각호의 1과 같다.

1. 법제2조의2제1항제3호가목의 규정에 의한 벤처기업은 확인일부터 1년

2. 법제2조의2제1항제3호나목 및 다목의 규정에 의한 벤처기업은 확인일부터 2년

◆ 벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행규칙 제8조 【벤처기업에의 해당여부에 관한 확인절차】

① 법 제25조제1항에 따라 벤처기업에의 해당여부에 관하여 확인을 받고자 하는 자는 중소기업청장이 정하여 고시하는 신청서에 법 제2조의2제1항제3호 각 목의 어느 하나에 해당함을 증명하는 서류를 첨부하여 영 제18조의3에 따른 벤처기업확인기관(이하 "벤처기업확인기관"이라 한다)의 장에게 제출하여야 한다.

④그 밖에 벤처기업에 해당하는지 여부에 관한 확인절차 등에 관하여 필요한 사항은 중소기업청장이 정하여 고시한다.

◆ 중소기업청 고시 제2003-12호 벤처기업 확인요령 제1조 【목적】 이 요령은 벤처기업육성에관한특별조치법(이하 "법"이라 한다) 제25조의 규정에 의한 벤처기업 확인절차 등에서 필요한 사항을 정함을 목적으로 한다.

제2조 【정의】

1. "예비벤처기업"이라 함은 법인설립 또는 사업자등록을 준비 중인 자 및 창업 후 6개월 이내의 자로서 예비적으로 벤처기업임을 확인받은 자를 말한다.

제7조 【벤처기업 확인서의 발급】 ① 지방중소기업청장은 제6조 제4항의 규정에 의한 평가의견서를 검토하여 벤처기업 요건에 해당된다고 확인한 때에는 「벤처기업 확인서」(이하 "확인서"라 한다)를 발급하여야 한다. 벤처기업 요건의 미비 등으로 확인서 발급대상이 되지 않는 경우에는 그 사유를 신청기업에게 통보하여야 한다.

② 예비벤처기업의 확인서에는 반드시 ‘예비벤처기업’임을 명시하여야 한다.

제8조 【확인서의 유효기간 산정】 시행령 제18조의 2 규정에 의한 ‘확인일’이라 함은 다음 각호와 같다.

1. 기존 벤처기업이 유효기간 만료일전 2개월, 만료일후 1개월 이내에 신청하는 경우 : 종전 유효기간 만료일 익일

2. 제1호에 해당하지 않는 기업의 경우 : 확인서 발급일

제9조 【확인서의 재발급】 ① 벤처기업은 유효기간 중 다음 각호의 사유가 발생한 때에는 지방중소기업청장에게 확인서의 재발급을 신청하여야 한다.

4. 창업 전에 예비벤처확인을 받은 기업이 창업을 완료하였거나 창업 후 예비벤처확인을 받은 기업이 확인일로부터 6개월이 경과한 경우

② 재발급한 확인서의 유효기간은 종전 확인서의 유효기간으로 한다. 단, 합병의 경우에는 지분율이 높은 기업의 확인서의 유효기간으로 한다.

다. 인정사실

(1) 원고는 2005. 7. 4. 인천지방 중소기업청장에 대하여 자동차부품 개발기술에 관한 신기술기업으로서 벤처기업확인신청을 하였고, 이에 대하여 인천지방 중소기업청장은 2005. 8. 3. 원고에 대한 중소기업진흥공단 인천지역본부의 현장실사 및 적격평가를 거쳐 원고에게 예비벤처기업확인서(제051722041-1-00150호, 확인유형 : 예비벤처기업, 유효기간 : 2005. 8. 3. ∼ 2007. 8. 2.)를 발급하였고, 그 후 원고는 2005. 9. 29. 사업용 재산으로서 이 사건 부동산을 취득하였다.

(2) 원고는 예비벤처기업확인일로부터 6개월이 경과한 이후 인천지방 중소기업청장에 대하여 벤처기업확인서의 재발급을 신청하였고, 이에 인천지방 중소기업청장은 2006. 3. 3. 원고의 재발급 신청서, 사업자등록증명원 조회, 예비벤처기업확인서 원본확인 등 서류상 이상 유무를 확인한 후 원고에게 벤처기업확인서(제051722032-1-00150호, 확인유형 : 신기술기업, 유효기간 : 2005. 8. 3.∼2007. 8. 2.)를 재발급하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑제1, 2, 3, 6호증의 각 기재, 이법원의 중소기업진흥공단 인천지역본부장 및 인천지방 중소기업청장에 대한 각 사실조회결과, 변론 전체의 취지

라. 판단

구조세특례제한법(2006. 12. 30 법률 제8138호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조세특례제한법’이라고만 한다)제6조 제2항에서는 창업 후 2년 이내에 벤처기업육성에관한특별조치법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인받은 기업을 ‘창업벤처중소기업’으로 규정하고, 동법 제119조 제3항 제1호, 제120조 제3항에서는 창업벤처중소기업의 경우 벤처기업으로 확인받은 날로부터 2년 이내에 당해 사업을 영위하기 위하여 취득하는 사업용재산에 관한 등기에 대하여는 취득세, 등록세를 면제한다고 규정하고 있으며, 구벤처기업육성에 관한 특별조치법(2006. 3. 3. 법률 제7868호로 개정되기 전의것)제25조제3항, 동법 시행규칙 제8조 제4항의 위임에 따라 제정된 중소기업청 고시제2003-12호 벤처기업 확인요령 제2조, 제9조에 의하면, 법인설립 또는 사업자등록을 준비 중인 자 및 창업 후 6개월 이내의 자로서 예비적으로 벤처기업임을 확인받은 자를 ‘예비벤처기업’이라고 정의하고, 창업 전에 예비벤처확인을 받은 기업이 창업을 완료하였거나 창업 후 예비벤처확인을 받은 기업이 확인일로부터 6개월이 경과한 경우 지방중소기업청장에게 확인서의 재발급을 신청하여야 하는 것으로 규정하고 있는바, 원고가 2005. 8. 3. 예비벤처기업확인서를 발급 받을 당시 그 기술성 및 사업성에 관하여 중소기업진흥공단의 현장 실사 등을 거쳐 적격 요건을 갖추었다는 판정을 받았으나 다만, 창업 후 6개월이 경과하지 아니하여 예비벤처기업으로서 확인을 받게 된 것인 점, 원고는 예비벤처기업으로 확인받고 6개월이 경과한 후 인천지방 중소기업청장에게 확인서의 재발급을 요청하여 실질적인 조사 내지 평가를 거치지 않고 서류상의 이상 유무만을 확인받은 뒤 2006. 3. 3. 벤처기업확인서를 발급받았고, 벤처기업확인서상의 유효기간도 예비벤처기업확인서의 유효기간과 동일한 2005. 8. 3. 부터 2007. 8. 2.까지로 기재되어 있는 점, 원고가 예비벤처기업 및 벤처기업확인서를 발급받을 당시에 적용되던 관계규정하에서 예비벤처기업확인서 발급 후 6개월 이후 다시 벤처기업확인서를 재발급하는 이유는 단지 창업의 유무를 확인하기 위한 것에 불과한 것이었던 점 등에 비추어 보면, 조세특례제한법 제119조 제3항 제1호, 제120조 제3항 소정의 창업중소벤처기업에 대한 조세감면규정을 적용함에 있어 예비벤처기업으로 확인받은 경우를 벤처기업으로 확인받은 경우와 실질적으로 다르게 취급할 이유가 없다고 할 것이므로, 조세특례제한법상 원고가 벤처기업으로 확인받은 날은 2005. 8. 3.로 봄이 상당하고, 원고는 그로부터 2년 이내에 사업용 재산으로서 이 사건 부동산을 취득하였으므로 이 사건 부동산에 관한 취득세 및 등록세는 조세특례제한법 제119조 제3항 제1호, 제120조 제3항에 의한 감면대상에 해당한다. 따라서 피고가 이와 다른 전제에서 원고가 벤처기업으로 확인받은 날을 2005. 8. 3.이 아닌 2006. 3. 3.로 보아 원고에 대하여 취득세, 등록세 등을 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.