상고이유를 판단한다.

구 지방세법(2009. 5. 13. 법률 제9669호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제289조 제1항은 ‘대한주택공사가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다’고 규정하고, 구 지방세법 시행령(2008. 12. 31. 대통령령 제21217호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라 한다) 제225조 제2호, 구 대한주택공사법(2007. 4. 27. 법률 제8408호로 개정되기 전의 것) 제3조 제1항 제1호는 법 제289조 제1항 소정의 ‘대통령령이 정하는 사업’의 하나로 ‘주택의 건설·개량·공급·임대 및 관리’를 규정하고 있다. 한편 법 제269조 제1항은 ‘대한주택공사가 임대를 목적으로 취득하여 소유하는 대통령령이 정하는 소규모 주택용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다’고 규정하면서, 같은 조 제3항은 ‘토지를 취득한 후 대통령령이 정하는 기간 내에 소규모 주택의 건축을 착공하지 아니한 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세·등록세를 추징한다’고 규정하고, 시행령 제223조 제1항은 법 제269조 제1항 소정의 ‘대통령령이 정하는 소규모 주택용 부동산’이라 함은 ‘1구당 건축면적(전용면적을 말한다)이 60㎡ 이하의 공동주택 및 그 부속 토지를 말한다’고 하고, 같은 조 제2항은 법 제269조 제3항 소정의 ‘대통령령이 정하는 기간’은 ‘소규모의 주택용 토지를 취득한 날(최종 취득일 이전에 사업계획 승인을 얻은 경우에는 그 사업계획승인일을 말한다)부터 4년을 말한다’고 규정하고 있다. 한편 법 제292조는 ‘이 장의 규정에 의하여 지방세의 감면을 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 지방세 감면신청을 하여야 한다. 다만, 시장·군수가 감면대상임을 알 수 있을 때에는 직권으로 감면할 수 있다’라고 규정하고 있다.

원심은 채용 증거를 종합하여, ① 대한주택공사(2009. 10. 1. 원고로 합병되었다, 이하 ‘원고’라고 한다)가 2004. 12. 30. 건설교통부장관으로부터 양산시 물금읍 가촌리에 1가구당 면적이 36㎡ 내지 51㎡인 국민임대아파트 12개동 957세대를 건설하는 양산가촌 주공국민임대주택건설사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)에 대한 사업계획승인을 받은 사실, ② 원고는 2007. 11.경 이 사건 사업의 부지인 이 사건 토지가 국가의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득한 부동산이라는 이유로 법 제289조 제1항의 규정에 의하여 취득세, 등록세, 교육세, 농어촌특별세(이하 ‘취득세 등’이라 한다)의 면제신청을 하였고, 그에 따라 피고는 2007. 11. 27. 이 사건 토지에 대한 취득세 등을 면제한다는 취지의 이 사건 면제결정을 한 사실, ③ 그 후 피고는 2009. 10. 19. 이 사건 사업을 통해 건축하고자 하는 국민임대주택의 1가구당 건축면적이 60㎡ 이하인 소규모 공동주택에 해당되어 법 제269조 제1항에 의해 그 부속토지인 이 사건 토지에 대하여 취득세 등을 면제하였으나 원고가 그 사업계획승인일로부터 4년 이내에 국민임대주택의 건축을 착공하지 않았다는 이유로 원고에 대하여 법 제269조 제3항, 시행령 제223조 제2항에 의해 면제된 취득세 등을 추징하는 이 사건 추징처분을 한 사실 등을 인정하였다.

원심은 이러한 사실관계를 토대로 하여, 피고가 이 사건 토지의 취득이 법 제289조 제1항 및 제269조 제1항의 각 면제요건에 모두 해당한다고 보고 그 중 추징요건이 없어 납세자에게 유리한 법 제289조 제1항에 의하여 이 사건 면제결정을 한 이상 이를 법 제269조 제1항의 면제요건에도 해당한다고 보아 제269조 제3항에 의한 추징처분을 할 수는 없다고 할 것이고, 가사 이 사건 토지의 취득이 법 제289조 제1항에서 정한 면제요건에 해당하지 않음에도 피고가 착오로 또는 그 면제요건을 잘못 이해하여 이 사건 면제결정을 하였다면 피고는 이 사건 면제결정을 취소하고 다시 취득세 등의 부과처분을 하는 것은 별론으로 하고 이 사건 면제결정을 법 제269조 제1항에 의한 면제결정으로 보고 법 제269조 제3항에 의한 추징처분을 할 수 없는 것이니, 이 사건 추징처분은 위법하다고 판단하였다.

그러나 동일한 과세대상에 대하여 조세를 감면할 근거 규정이 둘 이상 존재하는 경우에 어느 하나의 감면규정에 정한 감면요건이 충족되고 그 규정에 따른 감면에 대해서는 추징규정이 없거나 추징사유가 발생하지 아니하였다면 나머지 다른 감면규정에 부속된 추징사유가 발생하여 그 규정에 따른 추징처분은 가능하게 되었다고 하더라도 원래의 감면사유가 여전히 존재하는 이상 추징처분을 하는 것은 허용되지 않는다고 할 것이다. 따라서 복수의 감면규정 중 어느 하나의 규정에 따라 감면이 이루어진 후 다른 감면규정에 종속하는 추징규정에 근거하여 추징처분이 이루어진 경우에는 당초에 한 감면결정의 근거가 된 감면사유가 존재하는지를 먼저 판단하여 그 감면사유가 존재한다면 다른 감면규정에 따른 추징요건을 충족하는지와 상관없이 추징처분은 위법하다고 할 것이다. 반면 당초 감면결정의 감면사유가 인정되지 않는다면 거기에서 나아가 추징처분의 바탕이 된 감면규정에 정한 감면사유 및 추징사유의 존부를 가려 그 처분의 위법 여부를 판단하여야 할 것이다. 그리고 이 경우 추징처분이 적법하기 위해서 그 전제가 되는 감면결정이 먼저 있어야 하는지는 해당 법령의 성격 등을 따져서 할 것인바, 그 감면결정에 당사자의 감면신청이 필요적 요건이 아니라면 따로 감면결정이 없었더라도 곧바로 추징처분을 할 수 있다고 볼 것이다.

이러한 법리에 비추어 보면, 이 사건에서 피고가 당초에 한 면제결정의 내용대로 법 제289조 제1항에 정한 면제요건이 충족된다면, 설령 법 제269조 제1항을 전제로 한 제269조 제3항의 추징요건이 충족된다고 하더라도 추징처분은 위법한 것이 되고, 반대로 이 사건 면제결정이 법 제289조 제1항에 정한 면제사유에 대한 착오나 법리오해 등으로 잘못 이루어진 것이라면 나아가 법 제269조 제1항과 제3항의 요건에 해당하는지를 심리하여 이 사건 추징처분의 위법 여부를 판단하여야 할 것이다. 그리고 법 제292조의 취지 등 관련 규정에 비추어 보면 법 제269조 제1항에 의한 면제의 경우에는 납세의무자의 면제신청이나 과세관청의 면제결정이 필요적 요건이라고 할 수 없고 위 규정에 따른 면제요건이 충족되면 당연히 면제된다고 할 것이므로, 이 사건 토지의 취득이 법 제289조 제1항의 면제요건에는 해당하지 않지만 법 제269조 제1항의 면제요건과 제3항의 추징요건에 해당한다면 법 제269조 제1항에 의한 면제결정이 없었다 하더라도 같은 조 제3항에 의한 추징처분을 할 수 있다고 봄이 상당하다.

그럼에도 원심은 이 사건 면제결정이 적법한 것인지, 그리고 나아가 법 제269조 제1항 및 제3항의 요건이 충족되는지에 대해서는 전혀 판단하지 아니한 채, 법 제269조 제1항에 의한 면제결정 없이 제269조 제3항에 의한 추징처분을 한 것 자체로 이 사건 추징처분은 위법하다는 취지로 판단하였으니, 이러한 원심판단에는 법 제289조 제1항 및 제269조 제1항, 제3항에 관한 법리를 오해하거나 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결 결과에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

이상의 이유로 원심판결을 파기하고 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 관여 대법관의 의견이 일치되었다. 이에 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-부산고등법원 2010. 11. 5. 선고 2010누3527 판결】

【주문】 처분청승소

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 2009. 10. 19. 원고에 대하여 한 취득세 354,471,530원, 농어촌특별세 69,104,940원, 등록세 301,840,820원, 지방교육세 58,809,390원의 각 추징처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑제1, 2호증, 갑제3호증의 1, 2, 갑제4호증, 갑제5호증의 1 내지 4, 갑제6, 7, 8호증, 갑제10호증의 1, 2, 을제2, 3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 건설교통부장관은 2004. 12. 30. 대한주택공사가 양산시 물금읍 가촌리 780-1 일원 34,993.8㎡(이하 ‘이 사건 사업지구’라 한다)에 1채당 면적이 36㎡ 내지 51㎡인 국민임대아파트 12개동 957세대를 건설하는 양산가촌 주공국민임대주택건설사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 사업기간을 2004년 12월∽2008년 12월로 하여 구 국민임대주택건설등에관한특례법(2009. 3. 20. 법률 제9511호 보금자리주택건설 등에 관한 특례법으로 전면 개정되기 전의 것) 제23조의 규정에 따라 승인하고, 이를 2005. 1. 6. 건설교통부고시 2004-510호로 고시하였다.

나. 대한주택공사(2009. 10. 1. 한국토지주택공사법에 의하여 원고로 합병됨에 따라 원고가 대한주택공사의 재산과 채권·채무, 그 밖의 권리·의무를 포괄적으로 승계하였다. 이하 ‘원고’라 한다)는 2006. 12. 22. 피고에게 이 사건 사업지구 내에 산지전용이 불가능한 토지가 있어 사업계획을 변경하고자 주택법 제16조 제7항에 따라 착공연기를 신청하였고, 이에 피고는 2006. 12. 26. 원고에게 이 사건 사업의 착공예정일을 2006. 7.에서 2007. 12. 30.로 한 착공연기 확인서를 교부하였다.

다. 건설교통부장관은 2007. 7. 3. 이 사건 사업의 착공예정일을 2008. 8.로, 사용검사예정일을 2011. 10.로 변경하는 사업계획 변경승인을 하였다.

라. 원고는 2008. 4.경 건설교통부장관에게 이 사건 사업지구내 산지전용이 불가능한 부분에 대해 녹지시설로 변경하는 내용의 사업계획변경승인 신청을 하였고, 이에 대하여 국토해양부장관은 2008. 10. 29. 이 사건 사업지구 내 산지전용 불가한 부분을 제척하여 이 사건 사업면적을 34,993.8㎡에서 33,431.5㎡로, 규모를 957세대에서 700세대로, 사업기간을 2004. 12.∽2012. 5.로 변경하는 사업계획 변경승인을 하고, 이를 2008. 11. 5. 국토해양부 고시 제2008-621호로 이를 고시하였다.

마. 한편 원고는 2007. 11.경 피고에게 자신이 취득한 이 사건 사업의 부지인 양산시 물금읍 가촌리 748 외 146필지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 대하여 국가의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득한 부동산이라는 이유로 지방세법 제289조 제1항, 같은 법 시행령 제225조 제2호 등의 규정에 의하여 취득세, 등록세, 교육세, 농어촌특별세(이하 ‘취득세 등’이라 한다)의 감면신청을 하였고, 이에 피고는 2007. 11. 27. 지방세법 제289조 제1항의 ‘원고가 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득한 부동산’에 해당되어 이 사건 토지에 대한 취득세 277,169,080원, 농어촌특별세 54,034,680원, 등록세 236,015,970원, 지방교육세 45,984,360원을 면제한다는 결정(이하 ‘이 사건 면제결정’이라 한다)을 하고, 원고에게 지방세 면제확인서를 교부하였다.

바. 피고는 2009. 7. 22. 이 사건 사업의 국민임대주택이 1 가구당 건축면적이 60㎡ 이하인 소규모 공동주택에 해당되어 지방세법 제269조 제1항에 의해 그 부속토지에 관한 취득세, 등록세 등을 감면하였으나 원고가 이 사건 사업에 관한 사업계획승인을 받은 2004. 12. 31.로부터 4년 내에 착공하지 않았다는 이유로 지방세 과세예고 통지를 한 다음, 2010. 10. 19. 원고에 대하여 지방세법 제269조 제3항, 같은 법 시행령 제223조 제2항에 의해 면제된 취득세 등에 신고불성실 가산세를 더한 취득세 332,602,890원, 농어촌특별세 64,841,610원, 등록세 283,219,160원, 지방교육세 55,181,230원을 각 추징하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 추징처분’이라 한다).

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

⑴ 피고는 당초 지방세법 제289조 제1항에 의해 이 사건 감면결정을 하였는데 위 조항에 의한 지방세 면제에 대하여는 사후에 추징할 수 있는 근거규정이 없고, 지방세 제269조 제3항에 의한 추징은 같은 조 제1항의 감면을 전제로 하는 것인데, 피고가 지방세법 제269조 제1항에 의한 감면결정을 한 바 없으므로, 이 사건 처분은 그 처분사유가 존재하지 아니한다.

⑵ 이 사건 면제결정은 공적인 견해표명에 해당하고, 건설교통부가 2004. 5. 작성하여 원고 등에게 배포한 국민임대주택 업무편람에도 이 사건 사업 등에 대한 취득세 등을 면제한다는 내용이 포함되어 있으므로, 원고는 이 사건 면제결정에 의해 착공여부와 관계없이 취득세 등의 면제가 유지되는 것으로 믿었으므로, 이 사건 추징처분은 위와 같은 비과세처리를 믿은 원고의 신뢰이익을 침해한 것으로서 신뢰보호의 원칙 또는 신의성실의 원칙에 위배된다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판 단

⑴ 이 사건의 쟁점

지방세법 제289조 제1항은 원고가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여 취득세 및 등록세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 제269조 제1항은 원고가 임대를 목적으로 취득하여 소유하는 대통령령으로 정하는 소규모 공동주택용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제3항에서 대통령령으로 정하는 기간 내에 소규모 공동주택의 건축에 착공하지 아니한 때에 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

한편 지방세법 제292조, 같은 법 시행령 231조는 지방세법 제269조 제1항 또는 지방세법 제289조 제1항 등의 규정에 의하여 지방세의 감면을 받고자 하는 자는 지방세 감면신청서를 제출하여야 한다고 규정하고 있고, 「지방세법」제25조의2는 "지방자치단체의 장은 지방세의 부과징수가 위법 또는 부당한 것임을 확인한 때에는 즉시 그 처분을 취소하여야 한다"고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제7조는 "지방자치단체의 장이 법 제25조의2 규정에 의하여 지방세의 부과를 취소하거나 변경을 하였을 때에는 별지 제4호 서식에 의하여 이해관계인에게 통지하여야 한다"고 규정하고 있다.

이 사건에 관하여 살피건대, 원고가 2007. 11.경 피고에게 이 사건 토지에 대하여 국가의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 일시취득한 부동산이라는 이유로 지방세법 제289조 제1항의 규정에 의하여 취득세 등의 감면신청을 하였고, 이에 피고는 2007. 11. 27. 원고에게 지방세법 제289조 제1항에 의하여 취득세 등을 면제하는 이 사건 면제결정을 한 사실, 피고는 2009. 7. 22. 이 사건 사업의 국민임대주택이 1 가구당 건축면적이 60㎡ 이하인 소규모 공동주택에 해당되어 지방세법 제269조 제1항에 의해 그 부속토지에 관한 취득세, 등록세 등을 감면하였으나 원고가 이 사건 사업에 관한 사업계획승인을 받은 2004. 12. 31.로부터 4년 내에 착공하지 않았다는 이유로 이 사건 추징처분을 한 사실은 앞서 본 바와 같다.

따라서 원고가 지방세법 제289조 제1항에서 정한 면제사유에 해당한다고 신청을 하여 피고로부터 이 사건 면제결정을 받았는데, 피고가 지방세법 제269조 제3항의 추징요건에 해당하는 사유가 발생하였다고 하여 이 사건 추징처분을 할 수 있는지가 이 사건의 쟁점이다.

⑵ 이 사건 추징처분의 적법 여부

㈎ 추징처분은 일단 면제요건에 해당하면 그 세액을 면제하고 그 후에 당초의 면제취지에 합당한 사용을 하느냐에 대한 사후관리의 측면에서 규정한 것으로 본래의 부과처분과는 그 요건을 달리하는 별개의 처분이라고 할 것이므로, 추징처분이 해당 법에서 규정한 추징요건을 갖추지 못하였다면 그 추징처분은 위법한 처분이 되는 것이고, 면제요건을 갖추지 못하여 본래의 부과처분을 할 사유가 있다고 하더라도 그와 같은 사정이 위법한 추징처분을 적법한 것으로 할 사유가 될 수 없다( 대법원 2001. 3. 9. 선고 99두11677 판결 등 참조).

그런데 이 사건 면제결정은 지방세법 제289조 제1항의 규정에 의하여 이루어졌는데, 지방세법 제289조 제1항의 규정에 의한 취득세 등의 면제결정에는 면제된 취득세 등에 대한 추징규정이 존재하지 않는다.

위와 같은 법리 및 법 규정에 비추어 살펴보면, 원고가 이 사건 토지의 취득에 대하여 한 지방세법 289조 제1항에 의한 취득세 등의 면제신청에 대하여 피고는 지방세법 제289조 제1항의 규정에 의한 요건을 심사하여 원고의 이 사건 토지의 취득이 지방세법 제289조 제1항의 규정에 의한 면제요건에 해당하면 취득세 등의 면제처분을 하고, 지방세법 제289조 제1항의 규정에서 정한 면제요건에 해당하지 않으면 지방세법에 따라 취득세 등의 부과처분을 하면 되는 것이고, 지방세법 제289조 제1항의 규정에서 정한 면제요건에 해당하지 않음에도 착오 등으로 면제결정을 하였다면 「지방세법」제25조의2의 규정에 따라 이를 취소하고 원고에게 지방세법에 따라 취득세 등의 부과처분을 하여야 할 것이다.

㈏ 지방세법 제289조 제1항에서 정한 면제요건에 해당하려면 원고가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산이어야 하고, 같은 법 제269조 제1항에서 정한 면제요건에 해당하려면 원고가 임대를 목적으로 취득하여 소유하는 소규모 공동주택용 부동산이어야 하므로 그 요건이 전혀 다르고, 여기에 지방세법 제292조, 같은 법 시행령 제231조, 같은 법 시행규칙 117조의 규정에 의하면 지방세 감면신청과 지방세 감면신청에 대한 통지는 일정한 서식에 의하여 하도록 규정하고 있는 점과 지방세법 제294조에 의하면 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면함에 있어 2이상의 감면규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다고 규정하고 있는 점을 더하여 보면, 피고가 원고의 이 사건 토지 취득이 지방세법 제289조 제1항 및 지방세법 제269조 제1항의 면제요건에 모두 해당한다고 보고 원고에게 유리한 사후 추징규정이 없는 지방세법 제289조 제1항의 면제요건을 적용하여 이 사건 면제결정을 한 이상 이를 지방세법 제269조 제1항의 면제요건에도 해당한다고 보아 지방세법 제269조 제3항에 의한 추징처분을 할 수는 없다고 할 것이다.

가사 원고의 이 사건 토지의 취득이 국가의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 일시취득한 부동산이라는 지방세법 제289조 제1항에서 정한 면제요건에 해당하지 않음에도 피고가 착오 또는 지방세법 289조 제1항의 면제요건을 잘못 이해하여 이 사건 면제결정을 하였다면 피고는 취소권제한의 법리에 어긋나지 않는 범위 내에서 이 사건 면제결정을 취소하고 지방세법의 규정에 따라 취득세 등의 부과처분을 하는 것은 별론으로 하고 이 사건 면제결정을 지방세법 제269조 제1항에 의한 면제결정으로 보고 지방세법 제269조 제3항에 의한 추징처분을 할 수는 없다고 할 것이다.

㈐ 따라서 피고가 지방세법 제289조 제1항에 의한 이 사건 면제결정을 한 후 사후에 이를 지방세법 269조 제1항에 의한 면제처분으로 보아 지방세법 제269조 제3항에 따라 이 사건 추징처분을 한 것은 위법하다 할 것이다.

3. 결 론

그렇다면, 이 사건 추징처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 인용할 것인바, 이와 결론을 달리한 제1심 판결은 부당하므로 이를 취소하고 원고의 청구를 모두 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-울산지방법원 2010. 6. 23. 선고 2009구합3525 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 대한주택공사는 2004. 12. 31. 건설교통부장관으로부터 00시 00읍 00리 780-1 일원에 아파트 1채당 면적이 36㎡ 내지 51㎡인 국민임대아파트 12개동, 957세대를 건설하는 국민임대주택건설사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)의 사업계획승인을 받았다.

나. 대한주택공사는 2007. 11.경 피고에게 자신이 취득한 이 사건 사업의 부지인 00시 00읍 00리 748 외 146필지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)가 제3자에게 공급할 목적으로 일시취득한 부동산이라는 이유로 지방세법 제289조 제1항 등에 의한 취득세 등의 감면신청을 하여, 2007. 11. 27. 피고로부터 지방세법 제289조 제1항에 의해 위 토지에 관한 취득세, 등록세 및 농어촌특별세를 감면한다는 결정(이하 ‘이 사건 감면결정’이라 한다)을 통지받았다.

다. 대한주택공사는 2009. 10. 1. 한국토지주택공사법(2009. 5. 22. 법률 제9706호)에 의하여 원고로 합병되었고, 원고는 대한주택공사의 재산과 채권·채무, 그 밖의 권리·의무를 포괄적으로 승계하였다.

라. 피고는 이 사건 사업의 국민임대주택이 1 가구당 건축면적이 60㎡ 이하인 소규모 공동주택에 해당되어 지방세법 제269조 제1항에 의해 그 부속토지에 관한 취득세, 등록세 등이 감면되었으나 원고가 이 사건 사업에 관한 사업계획승인을 받은 2004. 12. 31.로부터 4년내에 착공하지 않았다는 이유로, 2010. 10. 19. 원고에 대하여 지방세법 제269조 제3항, 같은 법 시행령 제223조 제2항에 의해 감면된 취득세, 등록세 등을 추징하는 청구취지 기재 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 6, 8호증, 갑 제10호증의 1, 2의 각 기재

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 피고는 당초 지방세법 제289조 제1항에 의해 이 사건 감면결정을 하였는데 위 조항에 의한 지방세 면제에 대하여는 사후에 추징할 수 있는 근거규정이 없고, 동법 제269조 제3항에 의한 추징은 동조 제1항의 감면을 전제로 하는 것인데 피고가 동조 제1항에 의한 감면결정을 한 바 없으므로, 이 사건 처분은 그 처분사유가 부존재한다.

(2) 피고의 이 사건 감면결정은 공적인 견해표명에 해당하고, 원고는 위 감면결정에 의해 착공여부와 관계 없이 취득세 등의 면제가 유지되는 것으로 믿었으므로, 이 사건 처분은 위와 같은 비과세처리를 믿은 원고의 신뢰이익을 침해한 것으로서 신뢰보호의 원칙 또는 신의성실의 원칙에 위배된다.

나. 관계 법령

별지와 같다.

다. 판단

(1) 처분사유의 부존재 주장에 관하여

살피건대, 과세관청이 면제사유가 구비된 것으로 판단하여 감면결정을 하였다가 나중에 추징사유가 있다는 이유로 추징처분을 하는 경우에는 면제되는 과세표준 및 세액의 결정 및 추징처분이 동시에 이루어진 것으로 봄이 상당하고, 반드시 면제되는 과세표준 및 세액의 결정을 별도의 절차에 의하여 먼저 하고 난 후에만 비로소 추징처분을 할 수 있는 것은 아니라 할 것인바(대법원 2001. 6. 29. 선고 99두2000 판결 참조), 이 사건에서도 피고의 이 사건 처분과 동시에 지방세법 제269조 제1항에 의한 감면결정이 동시에 이루어진 것으로 봄이 상당하므로, 원고의 위 주장은 이유 없다(원고가 원용하는 판례는 당초 면제요건을 갖추지 못한 상태에서 과세관청으로부터 세금을 감면받은 후 과세관청의 추징처분이 있었고 그 추징처분이 추징요건을 구비하지 못한 경우이거나 당초 면제요건을 구비하였음에도 불구하고 세금을 부과받은 후에 세금을 추징할 사유가 발생한 경우로서, 지방세법 269조 제1항의 면제요건을 구비하여 취득세 등의 부과처분을 받지 않았다가 추후에 동조 제3항의 추징요건을 구비하게 된 이 사건에 원용되기에는 적절하지 아니하다).

(2) 신뢰보호의 원칙 또는 신의성실의 원칙 위배 주장에 관하여

(가) 일반적으로 행정상의 법률관계에 있어서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는, 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 상응하는 어떠한 행위를 하였어야 하고, 넷째 행정청이 그 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, 마지막으로 위 견해표명에 따른 행정처분을 할 경우 이로 인하여 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아니어야 한다(대법원 2002. 11. 8. 선고 2001두1512 판결 등).

(나) 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 사실, 을 제3호증의 기재에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 원고는 이 사건 처분이 행하여지기 전에 이미 이 사건 토지를 취득하였던바, 원고가 그 후 이 사건 감면결정을 신뢰하여 이에 상응하는 어떠한 행위를 하였다고 볼 만한 자료가 없는 점, 피고가 이 사건 감면결정을 한 시점인 2007. 11. 26.로부터 이 사건 사업에 관한 사업계획승인을 받은 2004. 12. 31.에서 4년이 되는 날인 2008. 12. 30.까지의 기간은 약 1년 1개월에 불과하고, 착공이 연기된 것은 이 사건 사업의 사업부지에 편입된 토지 중 산지전용이 불가한 토지에 대한 처리 문제 때문이었던 것으로 보이므로, 원고가 위 감면결정에 의해 착공여부와 관계 없이 취득세 등의 면제가 유지되는 것으로 믿었기 때문에 2008. 12. 30.이 지나도록 착공을 하지 않은 것으로 보기는 어려운 점, 원고가 당초 지방세법 제289조 제1항에 의한 감면신청을 하였고, 이 사건의 경우에는 원고가 이 사건 토지를 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득한 것이 아니어서 위 법조 소정의 감면사유에 해당하지 아니함에도 과세관청인 피고가 법령적용을 잘못하여 이 사건 감면결정을 한 것으로 이를 두고 과세관청의 공식적인 견해표명이라거나, 원고에게 귀책사유가 없다고 할 수는 없고, 이로 인한 원고의 개인적 불이익보다는 조세형평이라는 공익이 더 큰 것으로 보이는 점 등을 종합하면, 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙을 위반하였다고 볼 수 없다.

3. 결 론

따라서 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【관계법령】

지방세법

제269조(소규모 임대주택 등에 대한 감면) ①「대한주택공사법」에 의하여 설립된 대한주택공사(이하 이 조에서 "대한주택공사"라 한다)가 임대를 목적으로 취득하여 소유하는 대통령령으로 정하는 소규모 공동주택(「주택법」 제2조제2호에 따른 공동주택을 말하되, 기숙사는 제외한다. 이하 이 조에서 "소규모 공동주택"이라 한다)용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세의 100분의 50을 경감한다.

제289조(공공사업용 토지 등에 대한 감면) ①「한국토지공사법」에 의하여 설립된 한국토지공사와 「대한주택공사법」에 의하여 설립된 대한주택공사가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다.

대한주택공사법(2009. 5. 22. 법률 제9706호로 폐지되기 전의 것)

제3조 (업무)

①공사는 제1조의 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 업무를 행한다.<개정 1997.8.22, 2007.4.27>

1. 주택의 건설·개량(설계 및 감리를 포함한다. 이하 제2호 및 제3호에서 같다)·매입·비축·공급·임대 및 관리

2. 주택 및 공용 또는 공공용건축물의 건설·개량·공급 및 관리의 수탁

9. 제1호 내지 제8호의 업무에 부대되는 업무

지방세법 시행령

제223조 ①법 제269조제1항에서 "대통령령으로 정하는 소규모 공동주택(「주택법」 제2조제2호에 따른 공동주택을 말하되, 기숙사는 제외한다. 이하 이 조에서 "소규모 공동주택"이라 한다)용 부동산"이란은 1구당 건축면적(전용면적을 말한다)이 60제곱미터이하의 공동주택(당해 공동주택의 입주자가 공동으로 사용하는 부대시설 및 공공용에 사용하는 토지와 영구임대주택단지안의 복리시설중 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 시설을 포함한다) 및 그 부속토지(관계법령의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속될 공공시설용지를 포함한다)를 말한다.

제225조(2008.12.31. 대통령령 제21217호로 개정되기 전의 것) 법 제289조제1항에서 "대통령령이 정하는 사업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 말한다.

2. 대한주택공사법 제3조 제1항 제1호·제3호·제5호·제6호 및 제8호의 규정에 의한 사업 끝.

【참조조문】

구 지방세법 제269조제1항 및 제289조제1항 (현 지방세특례법 제32조 및 제76조제1항)