1. 처분의 경위

가. ○○는 2004. 12. 31. 건설교통부장관으로부터 00시 00읍 00리 780-1 일원에 아파트 1채당 면적이 36㎡ 내지 51㎡인 국민임대아파트 12개동, 957세대를 건설하는 국민임대주택건설사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)의 사업계획승인을 받았다.

나. ○○는 2007. 11.경 피고에게 자신이 취득한 이 사건 사업의 부지인 00시 00읍 00리 748 외 146필지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)가 제3자에게 공급할 목적으로 일시취득한 부동산이라는 이유로 지방세법 제289조 제1항 등에 의한 취득세 등의 감면신청을 하여, 2007. 11. 27. 피고로부터 지방세법 제289조 제1항에 의해 위 토지에 관한 취득세, 등록세 및 농어촌특별세를 감면한다는 결정(이하 ‘이 사건 감면결정’이라 한다)을 통지받았다.

다. ○○는 2009. 10. 1. 한국토지주택공사법(2009. 5. 22. 법률 제9706호)에 의하여 원고로 합병되었고, 원고는 ○○의 재산과 채권·채무, 그 밖의 권리·의무를 포괄적으로 승계하였다.

라. 피고는 이 사건 사업의 국민임대주택이 1 가구당 건축면적이 60㎡ 이하인 소규모 공동주택에 해당되어 지방세법 제269조 제1항에 의해 그 부속토지에 관한 취득세, 등록세 등이 감면되었으나 원고가 이 사건 사업에 관한 사업계획승인을 받은 2004. 12. 31.로부터 4년내에 착공하지 않았다는 이유로, 2010. 10. 19. 원고에 대하여 지방세법 제269조 제3항, 같은 법 시행령 제223조 제2항에 의해 감면된 취득세, 등록세 등을 추징하는 청구취지 기재 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 6, 8호증, 갑 제10호증의 1, 2의 각 기재

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 피고는 당초 지방세법 제289조 제1항에 의해 이 사건 감면결정을 하였는데 위 조항에 의한 지방세 면제에 대하여는 사후에 추징할 수 있는 근거규정이 없고, 동법 제269조 제3항에 의한 추징은 동조 제1항의 감면을 전제로 하는 것인데 피고가 동조 제1항에 의한 감면결정을 한 바 없으므로, 이 사건 처분은 그 처분사유가 부존재한다.

(2) 피고의 이 사건 감면결정은 공적인 견해표명에 해당하고, 원고는 위 감면결정에 의해 착공여부와 관계 없이 취득세 등의 면제가 유지되는 것으로 믿었으므로, 이 사건 처분은 위와 같은 비과세처리를 믿은 원고의 신뢰이익을 침해한 것으로서 신뢰보호의 원칙 또는 신의성실의 원칙에 위배된다.

나. 관계 법령

지방세법

제269조(소규모 임대주택 등에 대한 감면) ①「○○법」에 의하여 설립된 ○○(이하 이 조에서 "○○"라 한다)가 임대를 목적으로 취득하여 소유하는 대통령령으로 정하는 소규모 공동주택(「주택법」 제2조제2호에 따른 공동주택을 말하되, 기숙사는 제외한다. 이하 이 조에서 "소규모 공동주택"이라 한다)용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세의 100분의 50을 경감한다.

제289조(공공사업용 토지 등에 대한 감면) ①「한국토지공사법」에 의하여 설립된 한국토지공사와 「○○법」에 의하여 설립된 ○○가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다.

○○법(2009. 5. 22. 법률 제9706호로 폐지되기 전의 것)

제3조 (업무)

①공사는 제1조의 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 업무를 행한다.<개정 1997.8.22, 2007.4.27>

1. 주택의 건설·개량(설계 및 감리를 포함한다. 이하 제2호 및 제3호에서 같다)·매입·비축·공급·임대 및 관리

2. 주택 및 공용 또는 공공용건축물의 건설·개량·공급 및 관리의 수탁

9. 제1호 내지 제8호의 업무에 부대되는 업무

지방세법 시행령

제223조 ①법 제269조제1항에서 "대통령령으로 정하는 소규모 공동주택(「주택법」 제2조제2호에 따른 공동주택을 말하되, 기숙사는 제외한다. 이하 이 조에서 "소규모 공동주택"이라 한다)용 부동산"이란은 1구당 건축면적(전용면적을 말한다)이 60제곱미터이하의 공동주택(당해 공동주택의 입주자가 공동으로 사용하는 부대시설 및 공공용에 사용하는 토지와 영구임대주택단지안의 복리시설중 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 시설을 포함한다) 및 그 부속토지(관계법령의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속될 공공시설용지를 포함한다)를 말한다.

제225조(2008.12.31. 대통령령 제21217호로 개정되기 전의 것) 법 제289조제1항에서 "대통령령이 정하는 사업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 말한다.

2. ○○법 제3조 제1항 제1호·제3호·제5호·제6호 및 제8호의 규정에 의한 사업

다. 판단

(1) 처분사유의 부존재 주장에 관하여

살피건대, 과세관청이 면제사유가 구비된 것으로 판단하여 감면결정을 하였다가 나중에 추징사유가 있다는 이유로 추징처분을 하는 경우에는 면제되는 과세표준 및 세액의 결정 및 추징처분이 동시에 이루어진 것으로 봄이 상당하고, 반드시 면제되는 과세표준 및 세액의 결정을 별도의 절차에 의하여 먼저 하고 난 후에만 비로소 추징처분을 할 수 있는 것은 아니라 할 것인바(대법원 2001. 6. 29. 선고 99두2000 판결 참조), 이 사건에서도 피고의 이 사건 처분과 동시에 지방세법 제269조 제1항에 의한 감면결정이 동시에 이루어진 것으로 봄이 상당하므로, 원고의 위 주장은 이유 없다(원고가 원용하는 판례는 당초 면제요건을 갖추지 못한 상태에서 과세관청으로부터 세금을 감면받은 후 과세관청의 추징처분이 있었고 그 추징처분이 추징요건을 구비하지 못한 경우이거나 당초 면제요건을 구비하였음에도 불구하고 세금을 부과받은 후에 세금을 추징할 사유가 발생한 경우로서, 지방세법 269조 제1항의 면제요건을 구비하여 취득세 등의 부과처분을 받지 않았다가 추후에 동조 제3항의 추징요건을 구비하게 된 이 사건에 원용되기에는 적절하지 아니하다).

(2) 신뢰보호의 원칙 또는 신의성실의 원칙 위배 주장에 관하여

(가) 일반적으로 행정상의 법률관계에 있어서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는, 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 상응하는 어떠한 행위를 하였어야 하고, 넷째 행정청이 그 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, 마지막으로 위 견해표명에 따른 행정처분을 할 경우 이로 인하여 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아니어야 한다(대법원 2002. 11. 8. 선고 2001두1512 판결 등).

(나) 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 사실, 을 제3호증의 기재에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 원고는 이 사건 처분이 행하여지기 전에 이미 이 사건 토지를 취득하였던바, 원고가 그 후 이 사건 감면결정을 신뢰하여 이에 상응하는 어떠한 행위를 하였다고 볼 만한 자료가 없는 점, 피고가 이 사건 감면결정을 한 시점인 2007. 11. 26.로부터 이 사건 사업에 관한 사업계획승인을 받은 2004. 12. 31.에서 4년이 되는 날인 2008. 12. 30.까지의 기간은 약 1년 1개월에 불과하고, 착공이 연기된 것은 이 사건 사업의 사업부지에 편입된 토지 중 산지전용이 불가한 토지에 대한 처리 문제 때문이었던 것으로 보이므로, 원고가 위 감면결정에 의해 착공여부와 관계 없이 취득세 등의 면제가 유지되는 것으로 믿었기 때문에 2008. 12. 30.이 지나도록 착공을 하지 않은 것으로 보기는 어려운 점, 원고가 당초 지방세법 제289조 제1항에 의한 감면신청을 하였고, 이 사건의 경우에는 원고가 이 사건 토지를 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득한 것이 아니어서 위 법조 소정의 감면사유에 해당하지 아니함에도 과세관청인 피고가 법령적용을 잘못하여 이 사건 감면결정을 한 것으로 이를 두고 과세관청의 공식적인 견해표명이라거나, 원고에게 귀책사유가 없다고 할 수는 없고, 이로 인한 원고의 개인적 불이익보다는 조세형평이라는 공익이 더 큰 것으로 보이는 점 등을 종합하면, 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙을 위반하였다고 볼 수 없다.

3. 결 론

따라서 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.