ㆍ 지방세특례제한법 제45조【학술연구단체 및 장학단체에 대한 감면】 ㆍ 지방세특례제한법 시행령 제22조【학술연구단체 등의 범위】

정부의 연구ㆍ개발지원기관 통합방침에 따른 산업기술촉진법 개정 등 관련법령에서 규정한 조직변경으로 매각하는 경우, 이는 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유로 유예기간 내에 매각 할 수밖에 없는 정당한 사유가 있으므로 면제된 취득세 등은 추징대상에 해당되지 않는다.

회신

가. 지방세법 제288조 제2항의 규정에 의거 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나「민법」외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ기술진흥단체 등이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등이 면제되나 그 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일로부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 않고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 취득세 등을 추징토록 규정하고 있음.

나. 귀 매각사유와 같이 정부의 연구ㆍ개발지원기관 통합방침에 따른「산업기술촉진법」개정 등 관련법령에서 규정한 조직변경으로 매각하는 경우라면, 이는 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유로 유예기간 내에 매각 할 수밖에 없는 정당한 사유가 있다(대법원97누5121, 1998.11.27. 참조)고 할 것이므로 면제된 취득세 등은 추징대상에 해당되지 아니한다고 생각되지만, 이에 해당여부는 당해 과세권자가 사실조사를 통하여 판단할 사항임.