회신

가.「지방세법」제120조 제3항 및 제150조의 제3항에서 이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득ㆍ등록세를 비과세ㆍ과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 취득ㆍ등록세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일로부터 30일이내에 당해 과세표준액에 제112조 및 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 신고하고 납부하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제30조의4 제1항에서는 지방세는 대통령령이 정하는 부과할 수 있는 날부터 5년간 지방세를 부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제14조의2 제2항 제3호에서는 비과세 또는 감면받은 세액 등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 그 신고납부기한의 다음 날을 지방세를 부과할 수 있는 날이라고 규정하고 있음.

나. 대법원(2006두11781, 2009.3.12.)에서는 구 지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개전되기 이전의 것, 이하 같다) 제290조 제1항 단서에서 규정하고 있는 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다는 추징규정을 해석함에 있어, 추징을 위한 과세요건에는 해당 부동산의 취득 외에 유예기간 1년의 경과도 포함한다고 할 것이므로 법인이 부동산을 취득한 날로부터 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니한 데 정당한 사유가 있는 경우라고 하더라도, 추징을 위한 과세기준일은 부동산 취득일로부터 1년이 경과한 날이 되고, 정당한 사유가 소멸된 날로부터 1년이 경과한 날이 되는 것은 아니라고 판단하면서, 당해 사건 토지 중 근린생활시설 부분의 경우 취득일로부터 1년의 유예기간 경과일 현재 정당한 사유 없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하였다고 할 것이므로 그 부분은 추징대상이 된다고 할 것이나, 그 추징사유 발생일부터 30일이내에 원고가 추징세액을 신고납부하지 아니하였으므로 그 신고납부기한 다음날부터 5년간 취득ㆍ등록세 등의 추징세액을 부과할 수 있음에도, 그 제척기간이 만료된 이후에 추징과세한 것은 위법하다고 판단하였음. 한편 추징대상 근린생화부분을 제외한 부분이 차지하는 비율에 해당하는 토지 부분은 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는 경우라고 할 것이므로 이에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징할 수 없고, 이와 같이 이 사건 토지의 취득으로 인한 취득세 등이 면제된 것으로 확정된 이상, 나중에 원고가 사건 토지 중 일부에 고유업무 이외의 용도의 건물을 신축하여 사용하더라도 그 부속토지에 대하여 취득세 등을 추징할 수는 없다고 판단하였음.

다. 위를 종합해 볼 때, 취득일로부터 1년의 유예기간 경과일 현재 정당한 사유 없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 것으로 확인된 토지부분에 대하여는 건축 착공 여부와 관계없이 유예기간 만료일부터 신고납부기간(30일)이 경과한 다음날을 지방세를 부과할 수 있는 날로 보아 부과의 제척기간을 산정하여야 할 것이고,

라. 유예기간 내에 목적사업으로 사용하기 위한 건물의 착공 등으로 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있어 추징을 할 수 없는 경우 중, 당초 토지의 취득으로 인한 취득세 등의 면제가 확정된 경우에 있어서는 이후에 당해 토지상에 일부 목적 사업이외의 용도의 건축물을 신축하였다고 하여 그 부속토지에 대하여 취득세 등을 추징할 수는 없고, 당초 토지의 취득으로 인한 취득세 등의 면제가 확정되기 전에 추징요건이 성립(유예기간 이후)하였다면 그 추징요건이 성립한 날부터 30일이 경과한 다음날을 지방세를 부과할 수 있는 부과의 제척기간으로 보아야 할 것으로 판단됨. 다만 면제가 확정되었는지 및 추징요건이 성립하였는지에 대한 여부는 개별사안별로 과세권자가 사실조사 후 최종 결정할 사항이라 할 것임.